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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>14/05/2019 (final due date !)</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3141 -->Optional automatic backups when saving
  67             Jalview project or alignment files</li>
  68           <li>
  69             <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis and
  70             Viewer state is saved in Jalview Project<br />The 'Change
  71             parameters' option has also been removed from the PCA viewer</li>
  72           <li>
  73             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' (subgroup) option</li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables supported for
  76             'Translate as cDNA'</li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each view</li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
  81             multiple groups when working with large alignments</li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
  84             parsing stockholm files</li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  87           <li>
  88             <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
  89             shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  90             attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
  91             column 9 of GFF file)</li>
  92           <li>
  93             <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide sequences</li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-2792 -->Popup report of a selected sequence feature's details</li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
  98             algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)</li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now by default shows
 101             only visible region of alignment (this can be changed in
 102             user preferences)</li>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after Cancel overwrite</li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when
 107           all sequences are hidden</li>
 108           <li>
 109             <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a selection
 110           region, and gap count when inserting or deleting gaps</li>
 111           <li>
 112             <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation labels</li>
 113           <li>
 114             <!-- JAL-3093 -->Show annotation tooltips and popup menus in wrapped mode</li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in annotations</li>
 117           <li>
 118             <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings dialog</li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels</li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview panel</li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3203  -->Overview panel default changed to not show hidden regions</li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id popup menu</li>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top of report</li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3218 -->Scale panel popup menu allows Hide selected columns adjacent
 131             to a hidden column marker</li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image incrementally</li>
 134           <li>
 135             <!-- JAL-2965 -->PCA depth queuing with graduated colours</li>
 136         </ul>
 137         <em>Deprecations</em>
 138         <ul>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 141             capabilities removed from the Jalview Desktop
 142           </li>
 143         </ul>
 144         <em>Release Processes</em>
 145         <ul>
 146           <li>
 147           Atlassian Bamboo continuous integration server for
 148             unattended Test Suite execution</li>
 149           <li>
 150             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 151             operations</li>
 152           <li>
 153             <!-- JAL-3140 -->IntervalStoreJ (new updatable NCList
 154             implementation) used for Sequence Feature collections</li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 157             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 158             and XML based data retrieval clients</li>
 159         </ul>
 160       </td>
 161     <td align="left" valign="top">
 162         <ul>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl</li>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
 167             Jalview project involving multiple views</li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 170             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 171             Annotation dialog hides columns</li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
 174             a CDS/Protein alignment stops working after making a
 175             selection in one view, then making another selection in the
 176             other view</li>
 177           <li>
 178             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible columns</li>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
 181             Feature Settings and Jalview Preferences panels</li>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
 184             or the overview updates with large alignments</li>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 187             region if columns were selected by dragging right-to-left
 188             and the mouse moved to the left of the first column</li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
 191             URLs doesn't tell users the invalid URL</li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 194             on export as Jalview features file</li>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
 197             printed when columns are hidden</li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select Columns by Annotation description</li>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
 202             dragging out of Scale or Annotation Panel</li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of scale panel</li>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll alignment down</li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in scale panel</li>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down, Page Up in wrapped mode</li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions</li>
 213           <li>
 214             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments</li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected on
 217             opening an alignment</li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in Colour menu</li>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 222             different groups in the alignment are selected</li>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown correctly in menu</li>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max threshold limit</li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour threshold gets 'unrounded'</li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background colour</li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis</li>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel</li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not Tree font</li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from project file</li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview shown in complementary view</li>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on peptide sequence</li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice</li>
 245         </ul>
 246         <em>Editing</em>
 247         <ul>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 250             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 251             via 'Edit' sequence</li>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 254             sequence features correctly when start of sequence is
 255             removed (Known defect since 2.10)</li>
 256         </ul>
 257         <em>New Known Defects</em>
 258         <ul>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View is restored from a Jalview 2.11 project</li>
 261           <li>
 262             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after 'New View'</li>
 263         </ul>
 264       </td>
 265     </tr>
 266     <tr>
 267     <td width="60" nowrap>
 268       <div align="center">
 269         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 270       </div>
 271     </td>
 272     <td><div align="left">
 273         <em></em>
 274         <ul>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 277               InstallAnywhere increased to 1G.
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 281               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 282               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 283                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 284                 properties file.</em>
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 288               API and sequence data now imported as JSON.
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 292               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 293               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 294               property.
 295             </li>
 296           </ul>
 297           <em>Development</em>
 298           <ul>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 301               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 302                 Clover</a>
 303             </li>
 304           </ul>
 305         </div></td>
 306     <td><div align="left">
 307         <em></em>
 308         <ul>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 311               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 312               alignment.
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 316               annotation displayed.
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 320               for newly created group when 'Apply to all groups'
 321               selected
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 325               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 326               visible.
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 330               when sequences are selected in exported view.</em>
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 334               aren't rendered with correct colour.
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 338               types of knotted RNA secondary structure.
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 342               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 343               do not start at 1.
 344             </li>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 347               annotation when columns are inserted into an alignment,
 348               and when exporting as Stockholm flatfile.
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 352               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 353               treated as RNA secondary structure.
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 357               (not .jar) when saving a jalview project file.
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 361               transfers focus to previous window on OSX
 362             </li>
 363           </ul>
 364           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 365           <ul>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 368               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 369               box.
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 373               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 374               'look and feel' which has improved compatibility with the
 375               latest version of OSX.
 376             </li>
 377           </ul>
 378         </div>
 379     </td>
 380     </tr>
 381     <tr>
 382       <td width="60" nowrap>
 383         <div align="center">
 384           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 385             <em>7/06/2018</em></strong>
 386         </div>
 387       </td>
 388       <td><div align="left">
 389           <em></em>
 390           <ul>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 393               annotation retrieved from Uniprot
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 397               onto the Jalview Desktop
 398             </li>
 399           </ul>
 400         </div></td>
 401       <td><div align="left">
 402           <em></em>
 403           <ul>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 406               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 410               right-hand column parsed correctly
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 414               not alignment area in exported graphic
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 418               window has input focus
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 422               annotation added to view (Windows)
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 426               network connectivity is poor
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 430               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 431                 the currently open URL and links from a page viewed in
 432                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 433                 you are using Edge, only links in the page can be
 434                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 435                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 436             </li>
 437           </ul>
 438         </div></td>
 439     </tr>
 440     <tr>
 441       <td width="60" nowrap>
 442         <div align="center">
 443           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 444         </div>
 445       </td>
 446       <td><div align="left">
 447           <em></em>
 448           <ul>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 451               for disabling automatic superposition of multiple
 452               structures and open structures in existing views
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 456               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 457               adjust them.
 458             </li>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 461               Ensembl services
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 465               and lots of hidden columns
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 469               of features (particularly when transparency is disabled)
 470             </li>
 471           </ul>
 472           </div>
 473       </td>
 474       <td><div align="left">
 475           <ul>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 478               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 482               overlapping alignment panel
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 486               sequence as gaps
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 490               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 491               UTR
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 495               factor annotation not added to sequence when local PDB
 496               file associated with it by drag'n'drop or structure
 497               chooser
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 501               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 505               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 509               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 513               columns in annotation row
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 517               honored in batch mode
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 521               for structures added to existing Jmol view
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 525               entries after importing project with multiple views
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 529               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 530               with negative residue numbers or missing residues fails
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 534               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 535               as generated by CONSURF)
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 539               tooltip doesn't include a text description of mutation
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 543               structure and/or overview windows are also shown
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 547               very slow for alignments with large numbers of sequences
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 551               with 'StringIndexOutOfBounds'
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 555               platforms running Java 10
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 559               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 560             </li>
 561           </ul>
 562           <em>Applet</em>
 563           <ul>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 566               should copy the group consensus when popup is opened on it
 567             </li>
 568           </ul>
 569           <em>Batch Mode</em>
 570           <ul>
 571           <li>
 572             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 573           </li>
 574           </ul>
 575           <em>New Known Defects</em>
 576           <ul>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 579               editing a large alignment and overview is displayed
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 583               repeatedly after a series of edits even when the overview
 584               is no longer reflecting updates
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 588               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 589               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 590               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 591             </li>
 592           </ul>
 593         </div>
 594           </td>
 595     </tr>
 596     <tr>
 597       <td width="60" nowrap>
 598         <div align="center">
 599           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 600         </div>
 601       </td>
 602       <td><div align="left">
 603           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 604               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 605       <td><div align="left">
 606           <em>Desktop</em><ul>
 607           <ul>
 608             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 609             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 610             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 611             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 612             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 613             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 614             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 615           </ul>
 616           </div>
 617       </td>
 618     </tr>
 619     <tr>
 620       <td width="60" nowrap>
 621         <div align="center">
 622           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 623         </div>
 624       </td>
 625       <td><div align="left">
 626           <em></em>
 627           <ul>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 630               rendering of sequence features
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 634               429 rate limit request hander
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 638               their colours have changed
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 642               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 646               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 650               view from Ensembl locus cross-references
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 654               Alignment report
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 658               feature can be disabled
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 662               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 666               Uniprot
 667             </li>
 668           </ul>
 669           <em>Scripting</em>
 670           <ul>
 671             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 672             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 673               percent identity scores for current alignment.</li>
 674           </ul>
 675           <em>Testing and Deployment</em>
 676           <ul>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 679             </li>
 680           </ul>
 681         </div></td>
 682       <td><div align="left">
 683           <em>General</em>
 684           <ul>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 687               threshold text field doesn't trigger an update to the
 688               alignment view
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 692               strings in parallel
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 696               alignment window is closed
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 700               group visibility
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 704               takes a long time in Cursor mode
 705             </li>
 706           </ul>
 707           <em>Desktop</em>
 708           <ul>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 711               cannot be viewed in Chimera
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 715               CDS/Protein view
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 719               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 720               Search Dialogs
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 730               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 734               scrolling right in unwapped alignment view
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 738               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 739               database
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 743               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 747               features of same type and group to be selected for
 748               amending
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 752               alignments when hidden columns are present
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 756               displaying several structures
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 760               moving a window
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 764               within the Jalview desktop on OSX
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 768               when in wrapped alignment mode
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 772               hand end of alignment
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 776               each selected sequence do not have correct start/end
 777               positions
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 781               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 785               restoring project until a new view is created
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 789               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 790               configured (since 2.10.2b2)
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 794               position is adjusted
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 798               in a multi-chain structure when viewing alignment
 799               involving more than one chain (since 2.10)
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 803               if new selection moves alignment window
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 807               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 811               that produces correctly annotated transcripts and products
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 815               doesn't update associated structure view
 816             </li>
 817           </ul>
 818           <em>Applet</em><br />
 819           <ul>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 822               closing alignment panel
 823             </li>
 824           </ul>
 825           <em>BioJSON</em><br />
 826           <ul>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 829               non-positional features
 830             </li>
 831           </ul>
 832           <em>New Known Issues</em>
 833           <ul>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 836               sequence features correctly (for many previous versions of
 837               Jalview)
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 841               using cursor in wrapped panel other than top
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 845               graduated colour threshold
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 849               always preserve numbering and sequence features
 850             </li>
 851           </ul>
 852           <em>Known Java 9 Issues</em>
 853           <ul>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 856               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 857               9.01, OSX 10.10)
 858             </li>
 859           </ul>
 860         </div></td>
 861     </tr>
 862     <tr>
 863       <td width="60" nowrap>
 864         <div align="center">
 865           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 866             <em>2/10/2017</em></strong>
 867         </div>
 868       </td>
 869       <td><div align="left">
 870           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 871           <ul>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 874             </li>
 875             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 876             </li>
 877           </ul>
 878         </div></td>
 879       <td><div align="left">
 880         </div></td>
 881     </tr>
 882     <tr>
 883       <td width="60" nowrap>
 884         <div align="center">
 885           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 886             <em>7/9/2017</em></strong>
 887         </div>
 888       </td>
 889       <td><div align="left">
 890           <em></em>
 891           <ul>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 894               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 895               white)
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 899               Preferences
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 903               in size and progress bar shown as higher resolution
 904               overview is recalculated
 905             </li>
 906
 907           </ul>
 908         </div></td>
 909       <td><div align="left">
 910           <em></em>
 911           <ul>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 914               column region row by row
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 918               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 922               format setting is unticked
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 926               if group has show boxes format setting unticked
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 930               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 931               include sequences and columns not currently displayed
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 935               assemblies are imported via CIF file
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 939               displayed when threshold or conservation colouring is also
 940               enabled.
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 944               server version
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 948               dragging a selected region off the visible region of the
 949               alignment
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 953               colourscheme to all groups in a view
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 957               initially after font size change using the Font chooser or
 958               middle-mouse zoom
 959             </li>
 960           </ul>
 961         </div></td>
 962     </tr>
 963     <tr>
 964       <td width="60" nowrap>
 965         <div align="center">
 966           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 967         </div>
 968       </td>
 969       <td><div align="left">
 970           <em>Calculations</em>
 971           <ul>
 972
 973             <li>
 974               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 975               ungapped positions in each column of the alignment.
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 979               a calculation dialog box
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 983               and memory efficiency (~30x faster)
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 987               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 988               and other calculations
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 992               files within the Jalview codebase
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 996               Similarity may have different topology due to increased
 997               precision
 998             </li>
 999           </ul>
1000           <em>Rendering</em>
1001           <ul>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1004               model for alignments and groups
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1008               scripts
1009             </li>
1010           </ul>
1011           <em>Overview</em>
1012           <ul>
1013             <li>
1014               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1015               with alignment and overview windows
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1019               overview
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1023               omitted in Overview
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1027               adjustment of visible position
1028             </li>
1029           </ul>
1030
1031           <em>Data import/export</em>
1032           <ul>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1035               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1039               annotation input/output via stockholm flatfile
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1043               extension when importing structure files without embedded
1044               names or PDB accessions
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1048               format sequence substitution matrices
1049             </li>
1050           </ul>
1051           <em>User Interface</em>
1052           <ul>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1055               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1056               the application.
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1060               via Overview or sequence motif search operations
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1064               opened by double clicking gaps within sequence feature
1065               extent
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1069               aligned positions were available to create a 3D structure
1070               superposition.
1071             </li>
1072           </ul>
1073           <em>3D Structure</em>
1074           <ul>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1077               coloured in linked structure views
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1081               file-based command exchange
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1085               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1086               structures are already available for sequences
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1090               the Jalview project rather than downloaded again when the
1091               project is reopened.
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1095               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1096               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1097                 Feature</strong>)
1098             </li>
1099           </ul>
1100           <em>Web Services</em>
1101           <ul>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1107               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1108               Analysis services
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1112               cross-references provided by identifiers.org and the
1113               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1114             </li>
1115           </ul>
1116
1117           <em>Scripting</em>
1118           <ul>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1121               identifying file formats (instead of String constants)
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1125               efficiency when counting all displayed features (not
1126               backwards compatible with 2.10.1)
1127             </li>
1128           </ul>
1129           <em>Example files</em>
1130           <ul>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1133               included in the example feature file
1134             </li>
1135           </ul>
1136           <em>Documentation</em>
1137           <ul>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1140               with the built-in Java help viewer
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1144               sequence description' option
1145             </li>
1146           </ul>
1147           <em>Test Suite</em>
1148           <ul>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1151               Uniprot REST Free Text Search Client
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1158               during tests
1159             </li>
1160           </ul>
1161         </div></td>
1162       <td><div align="left">
1163           <em>Calculations</em>
1164           <ul>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1167               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1168               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1169             </li>
1170             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1171               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1172               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1173               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1174               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1175               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1176               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1177               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1178               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1179               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1180               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1181               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1182               // for 2.10.1 mode <br />
1183               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1184               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1185                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1186                 calculations (not recommended)</em></li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1189               scaling of branch lengths for trees computed using
1190               Sequence Feature Similarity.
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1194               generating output report when working with highly
1195               redundant alignments
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1199               right of selected region when gaps present on right-hand
1200               boundary
1201             </li>
1202           </ul>
1203           <em>User Interface</em>
1204           <ul>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1207               doesn't reselect a specific sequence's associated
1208               annotation after it was used for colouring a view
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1212               opened on a region of alignment without groups
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1216               of an alignment with overlapping groups
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1220               name and description match
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1224               hidden regions results in incorrect hidden regions
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1228               changing colour does not apply Conservation slider value
1229               to all groups
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1233               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1237               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1241               gaps before start of features
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1245               restored to UI when feature colour is edited
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1249               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1253               as graduate feature colour settings are modified via the
1254               dialog box
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1258               when a group defined on the alignment is resized
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1262               wrapped view result in positional status updates
1263             </li>
1264
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1267               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1271               alignment included gapped columns
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1275               widgets don't permanently disappear
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1279               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1280               T-Coffee column reliability scores)
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1284               sequence feature on gaps only
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1288               button from a Find inherit previously defined feature type
1289               rather than the Find query string
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1293               exporting tree calculated in Jalview
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1297               and then revealing them reorders sequences on the
1298               alignment
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1302               doesn't update to reflect available set of groups after
1303               interactively adding or modifying features
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1307               Linux
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1311               only excluded gaps in current sequence and ignored
1312               selection.
1313             </li>
1314           </ul>
1315           <em>Rendering</em>
1316           <ul>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1319               erratically when hidden rows or columns are present
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1323               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1324               sequence colouring
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1328               colour and group colour menu for protein alignments
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1332               reflect currently selected view or group's shading
1333               thresholds
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1337               when rendered on overview and structures when opacity at
1338               100%
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1342               overview when features overlaid on alignment
1343             </li>
1344           </ul>
1345           <em>Data import/export</em>
1346           <ul>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1349               load
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1353               added after a sequence was imported are not written to
1354               Stockholm File
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1358               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1362               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1366               with lightGray or darkGray via features file (but can
1367               specify lightgray)
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1371               when alignment view imported from project
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1375               structure and sequences extracted from structure files
1376               imported via URL and viewed in Jmol
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1380               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1381               the project is loaded and the structure viewed
1382             </li>
1383           </ul>
1384           <em>Web Services</em>
1385           <ul>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1388               release of Ensembl v.88
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1392               appear enabled in Preferences->Connections
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1396               removed from console output
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1400               Ensembl by Peptide ID
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1404               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1405               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1406               due to 'null' string rather than empty string used for
1407               residues with no corresponding PDB mapping).
1408             </li>
1409           </ul>
1410           <em>Application UI</em>
1411           <ul>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1414               menu
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1418               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1419               new documentation and tooltips added)
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1423               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1427               new features are added to alignment
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1431               changes to feature colours via the Amend features dialog
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1435               edit graduated feature colour via amend features dialog
1436               box
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1440               selection menu changes colours of alignment views
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1444               from alignment calculation workers after alignment has
1445               been closed
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1449               groups now 'Create Group'
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1453               Create/Undefine group doesn't always work
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1457               shown again after pressing 'Cancel'
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1461               adjusts start position in wrap mode
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1465               ambiguous amino acids
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1469               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1470               proteins
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1474               Defined' don't appear in Colours menu
1475             </li>
1476           </ul>
1477           <em>Applet</em>
1478           <ul>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1481               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1485               overview or linked structure view
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1489               work (since 2.8)
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1493               user-defined colourscheme doesn't restore original
1494               colourscheme
1495             </li>
1496           </ul>
1497           <em>Test Suite</em>
1498           <ul>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1501               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1505               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1506               problems with deep array comparison equality asserts in
1507               successive versions of TestNG
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1511               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1512             </li>
1513           </ul>
1514           <em>New Known Issues</em>
1515           <ul>
1516             <li>
1517               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1518               phase after a sequence motif find operation
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1522               containing just upper and lower case letters are
1523               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1527               reliably from eggnog Ortholog database
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1531               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1532               to mark columns containing highlighted regions.
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1536               doesn't always add secondary structure annotation.
1537             </li>
1538           </ul>
1539         </div>
1540     <tr>
1541       <td width="60" nowrap>
1542         <div align="center">
1543           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1544         </div>
1545       </td>
1546       <td><div align="left">
1547           <em>General</em>
1548           <ul>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1551               for all consensus calculations
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1555               3rd Oct 2016)
1556             </li>
1557             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1558               for 2016-2017</li>
1559           </ul>
1560           <em>Application</em>
1561           <ul>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1564               set of database cross-references, sorted alphabetically
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1568               from database cross references. Users with custom links
1569               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1570                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1574               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1575               Chimera session
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1579               the Chimera it is connected to is shut down
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1583               columns menu item to mark columns containing highlighted
1584               regions (e.g. from structure selections or results of a
1585               Find operation)
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1589               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1590               MSAviewer
1591             </li>
1592           </ul>
1593         </div></td>
1594       <td>
1595         <div align="left">
1596           <em>General</em>
1597           <ul>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1600               are not coloured or thresholded according to percent
1601               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1605               hydrophobic
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1609               threshold, amino acid properties)
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1613               reported as mapped to residues in a structure file in the
1614               View Mapping report
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1618               could be added multiple times to a sequence
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1622               bond features shown as two highlighted residues rather
1623               than a range in linked structure views, and treated
1624               correctly when selecting and computing trees from features
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1628               cross-references are matched to database name regardless
1629               of case
1630             </li>
1631
1632           </ul>
1633           <em>Application</em>
1634           <ul>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1637               names without regular expressions also offer links from
1638               Sequence ID
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1642               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1643               update Jalview configuration
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1647               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1651               files with similarly named sequences if dropped onto the
1652               alignment
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1656               entries where more chains exist in the PDB accession than
1657               are reported in the SIFTS file
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1661               the structure view when displayed with Chimera
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1665               panel's View->Show Chains submenu
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1669               work for wrapped alignment views
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1673               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1677               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1678               first annotation row
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1682               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1686               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1687             </li>
1688             <!-- JAL-2319 -->
1689             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1690             coordindate data
1691             </li>
1692           </ul>
1693           <!--           <em>New Known Issues</em>
1694           <ul>
1695             <li></li>
1696           </ul> -->
1697         </div>
1698       </td>
1699     </tr>
1700     <td width="60" nowrap>
1701       <div align="center">
1702         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1703           <em>25/10/2016</em></strong>
1704       </div>
1705     </td>
1706     <td><em>Application</em>
1707       <ul>
1708         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1709           view if structures already loaded</li>
1710         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1711           structure views</li>
1712       </ul></td>
1713     <td>
1714       <div align="left">
1715         <em>General</em>
1716         <ul>
1717           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1718             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1719           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1720             example sequences/projects/trees</li>
1721         </ul>
1722         <em>Application</em>
1723         <ul>
1724           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1725             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1726           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1727             without timeout for structures with multiple models or
1728             multiple sequences in alignment</li>
1729           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1730             PDB ID HEADER line</li>
1731           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1732             is performed</li>
1733           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1734             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1735           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1736           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1737             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1738             option</li>
1739           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1740             is created on the alignment</li>
1741           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1742             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1743             pop-up menu</li>
1744         </ul>
1745         <em>Build and deployment</em>
1746         <ul>
1747           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1748             tags</li>
1749         </ul>
1750         <em>New Known Issues</em>
1751         <ul>
1752           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1753             on Windows</li>
1754         </ul>
1755       </div>
1756     </td>
1757     </tr>
1758     <tr>
1759       <td width="60" nowrap>
1760         <div align="center">
1761           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1762         </div>
1763       </td>
1764       <td><em>General</em>
1765         <ul>
1766           <li>
1767             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1768           </li>
1769           <li>
1770             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1771             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1772             better PDB parsing.
1773           </li>
1774           <li>
1775             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1776             reference sequence
1777           </li>
1778           <li>
1779             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1780             mousing over sequence associated annotation
1781           </li>
1782           <li>
1783             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1784             for manual entry
1785           </li>
1786           <li>
1787             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1788             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1789             for each column
1790           </li>
1791           <li>
1792             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1793             showing or hiding columns containing a feature
1794           </li>
1795           <li>
1796             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1797             group and sequence associated annotation labels
1798           </li>
1799           <li>
1800             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1801             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1802             dialogs
1803           </li>
1804
1805         </ul> <em>Application</em>
1806         <ul>
1807           <li>
1808             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1809             gene/transcript view
1810           </li>
1811           <li>
1812             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1813             dialog
1814           </li>
1815           <li>
1816             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1817             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1818           </li>
1819           <li>
1820             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1821             Pfam sources to xfam.org
1822           </li>
1823           <li>
1824             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1825           </li>
1826           <li>
1827             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1828             over sequences in Jalview
1829           </li>
1830           <li>
1831             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1832             regions in ENA and EMBL
1833           </li>
1834           <li>
1835             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1836             for record retrieval via ENA rest API
1837           </li>
1838           <li>
1839             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1840             complement operator
1841           </li>
1842           <li>
1843             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1844             groovy script execution
1845           </li>
1846           <li>
1847             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1848             alignment window's Calculate menu
1849           </li>
1850           <li>
1851             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1852             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1853           </li>
1854           <li>
1855             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1856             calculation workers from groovy scripts
1857           </li>
1858           <li>
1859             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1860             Jalview projects
1861           </li>
1862           <li>
1863             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1864             associations are now saved/restored from project
1865           </li>
1866           <li>
1867             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1868             before sequence fetcher is opened
1869           </li>
1870           <li>
1871             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1872             database chooser opens a sequence fetcher
1873           </li>
1874           <li>
1875             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1876             the UniProt REST API
1877           </li>
1878           <li>
1879             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1880             the news reader opening
1881           </li>
1882           <li>
1883             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1884             querying stored in preferences
1885           </li>
1886           <li>
1887             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1888             search results
1889           </li>
1890           <li>
1891             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1892           </li>
1893           <li>
1894             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1895             menu for nucleotide sequences
1896           </li>
1897           <li>
1898             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1899             and feature counts preserves alignment ordering (and
1900             debugged for complex feature sets).
1901           </li>
1902           <li>
1903             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1904             viewing structures with Jalview 2.10
1905           </li>
1906           <li>
1907             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1908             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1909             Ensembl Genomes REST API
1910           </li>
1911           <li>
1912             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1913             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1914             (Ensembl)
1915           </li>
1916           <li>
1917             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1918             sequences
1919           </li>
1920           <li>
1921             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1922             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1923             data from external database records.
1924           </li>
1925           <li>
1926             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1927             efficient recovery of sequence coding and alignment
1928             annotation relationships.
1929           </li>
1930         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1931         <ul>
1932           <li>
1933             -- JAL---
1934           </li>
1935         </ul> --></td>
1936       <td>
1937         <div align="left">
1938           <em>General</em>
1939           <ul>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1942               menu on OSX
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1946               includes graduated colourschemes
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1950               working with big alignments and lots of hidden columns
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1954               at right of alignment window
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1958               contents
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1962               for DNA alignments
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1966               based tree calculation
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1970               unconserved enabled for group on alignment
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1974               set as reference
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1978               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1979               annotation
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1983               hidden columns present
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1987               user created annotation added to alignment
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1991               '()' base pair annotation
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1995               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1996               Consensus
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2000               feature not working
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2004               beginning of sequence
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2008               entry 3a6s
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2012               from a tree when t-coffee scores are shown
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2016               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2020               some structures
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2024               to Clustal, PIR and PileUp output
2025             </li>
2026             <li>
2027               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2028               not visible causes alignment window to repaint
2029             </li>
2030             <li>
2031               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2032               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2033               scores associated with features and annotation rows
2034             </li>
2035             <li>
2036               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2037               calculation should be case independent
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2041               columns
2042             </li>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2045               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2046               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2050               problems when reference sequence defined and 'show
2051               non-conserved' enabled
2052             </li>
2053             <li>
2054               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2055               load even when Consensus calculation is disabled
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2059               alignment does nothing
2060             </li>
2061           </ul>
2062           <em>Application</em>
2063           <ul>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2066               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2067               yet fixed for El Capitan)
2068             </li>
2069             <li>
2070               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2071               output when running on non-gb/us i18n platforms
2072             </li>
2073             <li>
2074               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2075               hidden sequences as flat-file alignment
2076             </li>
2077             <li>
2078               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2079               launching Chimera
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2083               (also hotfix for 2.9.0b2)
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2087               reference sequence defined
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2091               alignments and views when revealing hidden columns
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2095               view in a cDNA/Protein splitframe
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2099               sequence from project when only one sequence is
2100               represented
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2104               in Structure Chooser
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2108               structure consensus didn't refresh annotation panel
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2112               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2116               dialogs format columns correctly, don't display array
2117               data, sort columns according to type
2118             </li>
2119             <li>
2120               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2121               file chooser is cancelled during an image export
2122             </li>
2123             <li>
2124               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2125               sequence name containing special characters
2126             </li>
2127             <li>
2128               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2129               case insensitive
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2133               formatting don't wrap
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2137               truncated so L looks like I in consensus annotation
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2141               currently displayed features for the current selection or
2142               view
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2146               after fetching cross-references, and restoring from
2147               project
2148             </li>
2149             <li>
2150               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2151               followed in the structure viewer
2152             </li>
2153             <li>
2154               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2155               splitframe not restored from project
2156             </li>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2159               trailing end of protein alignment in transcript/product
2160               splitview when pad-gaps not enabled by default
2161             </li>
2162             <li>
2163               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2164               is case dependent
2165             </li>
2166             <li>
2167               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2168               article has been read (reopened issue due to
2169               internationalisation problems)
2170             </li>
2171             <li>
2172               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2173               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2174               cross-references
2175             </li>
2176
2177             <li>
2178               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2179               alignment as HTML
2180             </li>
2181             <li>
2182               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2183               multiple structures are shown for one or more sequences.
2184             </li>
2185             <li>
2186               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2187               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2188               is enabled.
2189             </li>
2190             <li>
2191               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2192               specific PDB id for sequence
2193             </li>
2194             <li>
2195               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2196               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2197               columns' is disabled.
2198             </li>
2199             <li>
2200               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2201               selects lowest rather than highest resolution structures
2202               for each sequence
2203             </li>
2204             <li>
2205               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2206               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2207             </li>
2208             <li>
2209               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2210               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2211             </li>
2212             <li>
2213               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2214               after clicking on it to create new annotation for a
2215               column.
2216             </li>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2219               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2220             </li>
2221             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2222             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2223           </ul>
2224           <em>Applet</em>
2225           <ul>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2228               hidden columns present before start of sequence
2229             </li>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2232               (JSON jars)
2233             </li>
2234             <li>
2235               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2236               sequences are hidden in applet
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2240               deployment on examples pages.
2241             </li>
2242           </ul>
2243         </div>
2244       </td>
2245     </tr>
2246     <tr>
2247       <td width="60" nowrap>
2248         <div align="center">
2249           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2250             <em>16/10/2015</em></strong>
2251         </div>
2252       </td>
2253       <td><em>General</em>
2254         <ul>
2255           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2256             jars</li>
2257         </ul></td>
2258       <td>
2259         <div align="left">
2260           <em>Application</em>
2261           <ul>
2262             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2263               shown when tree is partitioned</li>
2264             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2265               multiple cDNA/Protein split views</li>
2266           </ul>
2267         </div>
2268       </td>
2269     </tr>
2270     <tr>
2271       <td width="60" nowrap>
2272         <div align="center">
2273           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2274             <em>8/10/2015</em></strong>
2275         </div>
2276       </td>
2277       <td><em>General</em>
2278         <ul>
2279           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2280             2.9</li>
2281         </ul> <em>Application</em>
2282         <ul>
2283           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2284           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2285           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2286         </ul> <em>Applet</em>
2287         <ul>
2288           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2289         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2290         <ul>
2291           <li>
2292             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2293             suite
2294           </li>
2295         </ul></td>
2296       <td>
2297         <div align="left">
2298           <em>General</em>
2299           <ul>
2300             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2301               incorrect when sequence start > 1</li>
2302             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2303               documentation</li>
2304             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2305             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2306               loading a features file containing HTML tags in feature
2307               description</li>
2308
2309           </ul>
2310           <em>Application</em>
2311           <ul>
2312             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2313               reimport</li>
2314             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2315               with 'trim retrieved sequences'</li>
2316             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2317               deleting selected columns</li>
2318             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2319               JNLP templates for webstart launch</li>
2320             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2321               unreleased structures for download or viewing</li>
2322             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2323               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2324             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2325               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2326             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2327               recovered from jalview project</li>
2328             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2329               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2330               alignment view</li>
2331             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2332               color schemes from BioJSON</li>
2333           </ul>
2334           <em>Applet</em>
2335           <ul>
2336             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2337               frame</li>
2338             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2339           </ul>
2340         </div>
2341       </td>
2342     </tr>
2343     <tr>
2344       <td><div align="center">
2345           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2346         </div></td>
2347       <td><em>General</em>
2348         <ul>
2349           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2350             alignments:
2351             <ul>
2352               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2353                 and DNA alignment views</li>
2354               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2355                 cDNA alignment views</li>
2356               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2357                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2358               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2359                 protein sequences</li>
2360             </ul>
2361           </li>
2362           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2363           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2364             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2365           <li>New alignment annotation file statements for
2366             reference sequences and marking hidden columns</li>
2367           <li>Reference sequence based alignment shading to
2368             highlight variation</li>
2369           <li>Select or hide columns according to alignment
2370             annotation</li>
2371           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2372           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2373             acid conservation row</li>
2374           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2375         </ul> <em>Application</em>
2376         <ul>
2377           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2378             <ul>
2379               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2380                 view with cDNA/Protein</li>
2381               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2382                 sequences are placed in the same alignment</li>
2383               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2384                 projects</li>
2385             </ul>
2386           </li>
2387
2388           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2389           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2390             Jalview windows</li>
2391
2392           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2393           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2394           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2395             be shown in VARNA</li>
2396
2397           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2398             as the active selected region</li>
2399
2400           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2401             similarity</li>
2402           <li>New Export options
2403             <ul>
2404               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2405                 region export in flat file generation</li>
2406
2407               <li>Export alignment views for display with the <a
2408                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2409
2410               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2411               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2412                 alignment figures to HTML</li>
2413           </li>
2414           <li>3D structure retrieval and display
2415             <ul>
2416               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2417                 Search API</li>
2418               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2419                 PDB structures for a sequence set</li>
2420             </ul>
2421           </li>
2422
2423           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2424             predictions</li>
2425           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2426             for one or a group of sequences</li>
2427           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2428             from the JPred4 web server</li>
2429           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2430             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2431             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2432           </li>
2433           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2434             VARNA 2D Structure'</li>
2435           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2436             Structure ..."</li>
2437
2438         </ul> <em>Applet</em>
2439         <ul>
2440           <li>New layout for applet example pages</li>
2441           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2442             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2443           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2444             Protein alignments</li>
2445         </ul> <em>Development and deployment</em>
2446         <ul>
2447           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2448           <li>Include installation type and git revision in build
2449             properties and console log output</li>
2450           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2451             storing BioJsMSA Templates</li>
2452           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2453         </ul></td>
2454       <td>
2455         <!-- <em>General</em>
2456         <ul>
2457         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2458         <ul>
2459           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2460           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2461           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2462             predictions are not highlighted in amber</li>
2463           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2464             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2465           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2466             associated structure views</li>
2467           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2468             width checkbox not enabled</li>
2469           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2470             creating user defined colours</li>
2471           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2472             mappings for just that viewer's sequences</li>
2473           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2474             multiple models in Chimera</li>
2475           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2476             over Jmol structure</li>
2477           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2478             output to text box</li>
2479           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2480             have incorrect sequence start/end</li>
2481           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2482             Jalview fails</li>
2483           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2484             work for nucleotide</li>
2485           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2486             to a grey/invisible alignment window</li>
2487           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2488             imports to different position</li>
2489           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2490             on some platforms</li>
2491           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2492             populated</li>
2493           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2494             console if Chimera has been opened</li>
2495           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2496           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2497             retrieved</li>
2498           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2499           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2500             either sequence shows on first structure</li>
2501           <li>'Show annotations' options should not make
2502             non-positional annotations visible</li>
2503           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2504             in right place after 'view flanking regions'</li>
2505           <li>File Save As type unset when current file format is
2506             unknown</li>
2507           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2508             projects</li>
2509           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2510             responsive</li>
2511           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2512             several views on same alignment</li>
2513           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2514           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2515             spaces</li>
2516         </ul> <em>Applet</em>
2517         <ul>
2518           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2519           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2520             descriptions containing angle brackets</li>
2521         </ul> <em>General</em>
2522         <ul>
2523           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2524             via jalview annotation file</li>
2525           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2526             with RNA secondary structure</li>
2527           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2528             translation doesn't work.</li>
2529           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2530           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2531             positions</li>
2532           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2533             choosing 1pt font</li>
2534           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2535             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2536             'h'</li>
2537           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2538             new feature</li>
2539           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2540             order dependent</li>
2541           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2542             sequences</li>
2543           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2544         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2545         <ul>
2546           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2547             www.jalview.org</li>
2548         </ul> <em>Application Known issues</em>
2549         <ul>
2550           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2551           <li>Misleading message appears after trying to delete
2552             solid column.</li>
2553           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2554             version launches</li>
2555           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2556             fails with a sequence mismatch</li>
2557           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2558             scrolling alignment to right</li>
2559           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2560             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2561           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2562             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2563           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2564             ultra-high resolution</li>
2565           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2566             quality and conservation</li>
2567           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2568             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2569         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2570         <ul>
2571           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2572           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2573             window is being resized</li>
2574
2575         </ul>
2576       </td>
2577     </tr>
2578     <tr>
2579       <td><div align="center">
2580           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2581         </div></td>
2582       <td><em>General</em>
2583         <ul>
2584           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2585             Certum.PL.</li>
2586           <li>Features and annotation preserved when performing
2587             pairwise alignment</li>
2588           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2589             imported/exported/displayed</li>
2590           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2591             protein secondary structure</li>
2592           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2593               post-hoc with 2.9 release</em>)
2594           </li>
2595
2596         </ul> <em>Application</em>
2597         <ul>
2598           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2599             with 3D structures</li>
2600           <li>Support for parsing RNAML</li>
2601           <li>Annotations menu for layout
2602             <ul>
2603               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2604               <li>place sequence annotation above/below alignment
2605                 annotation</li>
2606             </ul>
2607           <li>Output in Stockholm format</li>
2608           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2609             translation</li>
2610           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2611           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2612             shared between alignments</li>
2613           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2614             Jalview</li>
2615           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2616             all or current selection</li>
2617           <li>disorder and secondary structure predictions
2618             available as dataset annotation</li>
2619           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2620
2621
2622           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2623             alignments from Rfam</li>
2624           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2625
2626           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2627             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2628           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2629           <li>include installation type in build properties and
2630             console log output</li>
2631           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2632             annotation</li>
2633         </ul></td>
2634       <td>
2635         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2636         <ul>
2637           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2638             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2639           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2640             alignment</li>
2641           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2642           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2643           <li>Double click on sequence associated annotation
2644             selects only first column</li>
2645           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2646             leaves shown in tree</li>
2647           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2648             properly</li>
2649           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2650           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2651             screen and buttons not visible</li>
2652           <li>author list isn't updated if already written to
2653             Jalview properties</li>
2654           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2655             from database</li>
2656           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2657           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2658             browser search window</li>
2659           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2660             in feature settings dialog</li>
2661           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2662             desktop</li>
2663           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2664             pass validation</li>
2665           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2666             fit on screen</li>
2667           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2668             tooltip</li>
2669           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2670             defined user preset</li>
2671           <li>MSA web services warns user if they were launched
2672             with invalid input</li>
2673           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2674             Java 8</li>
2675           <li>
2676             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2677             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2678             created
2679           </li>
2680
2681         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2682         <ul>
2683         </ul> <em>General</em>
2684         <ul>
2685         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2686         <ul>
2687           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2688             memory allocation</li>
2689           <li>launchApp service doesn't automatically open
2690             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2691           <li>
2692             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2693             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2694             1.7_055 is available
2695           </li>
2696         </ul> <em>Application Known issues</em>
2697         <ul>
2698           <li>
2699             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2700             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2701             alignment to right
2702           </li>
2703           <li>
2704             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2705             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2706             with large number of ID
2707           </li>
2708           <li>
2709             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2710             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2711             start/end
2712           </li>
2713           <li>
2714             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2715             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2716             structure tracks are rearranged
2717           </li>
2718           <li>
2719             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2720             invalid rna structure positional highlighting does not
2721             highlight position of invalid base pairs
2722           </li>
2723           <li>
2724             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2725             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2726             project from alignment window file menu
2727           </li>
2728           <li>
2729             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2730             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2731             structures
2732           </li>
2733           <li>
2734             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2735             colour by RNA Helices not enabled when user created
2736             annotation added to alignment
2737           </li>
2738           <li>
2739             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2740             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2741           </li>
2742         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2743         <ul>
2744           <li>
2745             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2746             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2747           </li>
2748           <li>
2749             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2750             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2751           </li>
2752
2753           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2754             when selected</li>
2755         </ul>
2756       </td>
2757     </tr>
2758     <tr>
2759       <td><div align="center">
2760           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2761         </div></td>
2762       <td>
2763         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2764         <em>General</em>
2765         <ul>
2766           <li>Internationalisation of user interface (usually
2767             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2768           <li>Define/Undefine group on current selection with
2769             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2770           <li>Improved group creation/removal options in
2771             alignment/sequence Popup menu</li>
2772           <li>Sensible precision for symbol distribution
2773             percentages shown in logo tooltip.</li>
2774           <li>Annotation panel height set according to amount of
2775             annotation when alignment first opened</li>
2776         </ul> <em>Application</em>
2777         <ul>
2778           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2779             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2780           <li>Select columns containing particular features from
2781             Feature Settings dialog</li>
2782           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2783             sequences</li>
2784           <li>Update Jalview project format:
2785             <ul>
2786               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2787               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2788                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2789               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2790                 colouring</li>
2791             </ul>
2792           </li>
2793           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2794             (PAM250)</li>
2795           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2796             flanking regions for an alignment</li>
2797         </ul>
2798       </td>
2799       <td>
2800         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2801         <ul>
2802           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2803             running after job is cancelled</li>
2804           <li>cannot export features from alignments imported from
2805             Jalview/VAMSAS projects</li>
2806           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2807             float values</li>
2808           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2809             have 'display all symbols' flag set</li>
2810           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2811             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2812           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2813             Jalview</li>
2814           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2815             Lion/Webstart</li>
2816           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2817           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2818           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2819             alignment onto desktop</li>
2820           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2821             'extract scores' function</li>
2822           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2823             alignment window</li>
2824           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2825             performing IUPred disorder prediction</li>
2826           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2827             changing 'normalise logo' display setting</li>
2828           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2829             nothing matches query</li>
2830           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2831             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2832           </li>
2833           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2834             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2835           </li>
2836           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2837             Jalview's menu</li>
2838           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2839             'invalid literal/length code'</li>
2840           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2841             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2842           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2843             colourscheme</li>
2844
2845         </ul> <em>Applet</em>
2846         <ul>
2847           <li>Remove group option is shown even when selection is
2848             not a group</li>
2849           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2850             don't affect groups</li>
2851           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2852             colourscheme name</li>
2853           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2854             Annotation panel is not displayed</li>
2855           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2856             embedded windows</li>
2857         </ul> <em>Other</em>
2858         <ul>
2859           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2860             single sequence were not calculated</li>
2861           <li>annotation files that contain only groups imported as
2862             annotation and junk sequences</li>
2863           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2864             recognised as PFAM or BLC</li>
2865           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2866             doesn't affect background (2.8.0b1)
2867           <li></li>
2868           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2869           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2870             trailing gaps</li>
2871           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2872             registered correctly on import</li>
2873           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2874             certain alignments</li>
2875           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2876             existing annotation based 'use original colours'
2877             colourscheme loses original colours setting</li>
2878         </ul>
2879       </td>
2880     </tr>
2881     <tr>
2882       <td><div align="center">
2883           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2884             <em>30/1/2014</em></strong>
2885         </div></td>
2886       <td>
2887         <ul>
2888           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2889             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2890             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2891             open source project).
2892           </li>
2893           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2894           <li>Output in Stockholm format</li>
2895           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2896           <li>Export/import group and sequence associated line
2897             graph thresholds</li>
2898           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2899             ambiguity codes</li>
2900           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2901             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2902             works</li>
2903           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2904         </ul> <em>Other improvements</em>
2905         <ul>
2906           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2907           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2908             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2909           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2910             files</li>
2911           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2912           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2913             link but no description</li>
2914           <li>Select primary source when selecting authority in
2915             database fetcher GUI</li>
2916           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2917             Jalview</li>
2918           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2919         </ul>
2920       </td>
2921       <td>
2922         <ul>
2923           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2924             displayed</li>
2925           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2926             secondary structure annotation line</li>
2927           <li>Sequence database accessions not imported when
2928             fetching alignments from Rfam</li>
2929           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2930             identical IDs</li>
2931           <li>View all structures does not always superpose
2932             structures</li>
2933           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2934             reflect user or preset settings</li>
2935           <li>Null pointer exceptions for some services without
2936             presets or adjustable parameters</li>
2937           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2938             discover PDB xRefs</li>
2939           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2940             features with DAS</li>
2941           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2942             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2943           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2944             residue follows a gap</li>
2945           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2946             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2947           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2948             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2949           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2950             annotation already exists on alignment</li>
2951           <li>oninit javascript function should be called after
2952             initialisation completes</li>
2953           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2954             alignment window display</li>
2955           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2956           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2957             to annotation file</li>
2958           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2959             groups created</li>
2960           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2961             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2962           <li>Pressing return several times causes Number Format
2963             exceptions in keyboard mode</li>
2964           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2965             correct partitions for input data</li>
2966           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2967           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2968           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2969           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2970             mode</li>
2971           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2972             changes one row&#39;s threshold</li>
2973           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2974             doesn&#39;t open</li>
2975           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2976             quality histograms</li>
2977         </ul>
2978       </td>
2979     </tr>
2980     <tr>
2981       <td><div align="center">
2982           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2983         </div></td>
2984       <td><em>Application</em>
2985         <ul>
2986           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2987             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2988           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2989             preferences</li>
2990           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2991             in Jalview alignment window</li>
2992           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2993             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2994           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2995             RNA and ambiguity codes</li>
2996
2997           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2998           <li>Support fetching and database reference look up
2999             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3000             refs')</li>
3001           <li>Jalview project improvements
3002             <ul>
3003               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3004                 flag for annotation</li>
3005               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3006                 alignment</li>
3007               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3008                 Jalview project</li>
3009
3010             </ul>
3011           </li>
3012           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3013           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3014             running</li>
3015           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3016           <li>visual indication that web service results are still
3017             being retrieved from server</li>
3018           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3019             starts up for first time</li>
3020           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3021             services</li>
3022           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3023             client library</li>
3024           <li>Examples directory and Groovy library included in
3025             InstallAnywhere distribution</li>
3026         </ul> <em>Applet</em>
3027         <ul>
3028           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3029             visualization applet example</li>
3030         </ul> <em>General</em>
3031         <ul>
3032           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3033           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3034             defaults</li>
3035           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3036             calculation</li>
3037           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3038             matrices
3039           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3040             in HTML</li>
3041           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3042             structure contacts</li>
3043           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3044           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3045           <li>Parse sequence associated secondary structure
3046             information in Stockholm files</li>
3047           <li>HTML Export database accessions and annotation
3048             information presented in tooltip for sequences</li>
3049           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3050             style RNA alignment files</li>
3051           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3052             alignment</li>
3053           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3054             shade each sequence according to its associated alignment
3055             annotation</li>
3056           <li>New Jalview Logo</li>
3057         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3058         <ul>
3059           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3060           <li>New Website!</li>
3061         </ul></td>
3062       <td><em>Application</em>
3063         <ul>
3064           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3065             wsdbfetch REST service</li>
3066           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3067           <li>Filetype associations not installed for webstart
3068             launch</li>
3069           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3070             job execution in full once it is complete</li>
3071           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3072             uploaded via ali_file parameter</li>
3073           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3074           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3075           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3076             submitted for prediction</li>
3077           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3078             desktop window</li>
3079           <li>Putting fractional value into integer text box in
3080             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3081           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3082             windows 7</li>
3083           <li>View all structures fails with exception shown in
3084             structure view</li>
3085           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3086             escaped in a platform independent way</li>
3087           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3088             using proxy</li>
3089           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3090             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3091           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3092             failure when java web start temporary file caching is
3093             disabled</li>
3094           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3095             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3096           <li>Errors during processing of command line arguments
3097             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3098           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3099             DAS sources in sequence fetcher</li>
3100           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3101             dialog is shown</li>
3102           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3103           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3104           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3105           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3106             on OSX Mountain Lion</li>
3107           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3108             sequences with alignment annotation are pasted into the
3109             alignment</li>
3110           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3111             when loaded from Jalview project</li>
3112           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3113           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3114             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3115           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3116             associated with all views</li>
3117           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3118             annotation rows to new window</li>
3119         </ul> <em>Applet</em>
3120         <ul>
3121           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3122             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3123           <li>loading features via javascript API automatically
3124             enables feature display</li>
3125           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3126             work</li>
3127         </ul> <em>General</em>
3128         <ul>
3129           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3130           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3131             and then deselected</li>
3132           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3133           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3134             coloured with clustalx</li>
3135           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3136             exceptions and redraw errors</li>
3137           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3138             reconfigured view</li>
3139           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3140             colour</li>
3141           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3142             for lots of labels</li>
3143         </ul>
3144     </tr>
3145     <tr>
3146       <td>
3147         <div align="center">
3148           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3149         </div>
3150       </td>
3151       <td><em>Application</em>
3152         <ul>
3153           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3154           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3155           <li>View/alignment association menu to enable user to
3156             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3157             its colours/correspondences from</li>
3158           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3159           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3160             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3161           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3162           <li>Annotation row column label formatting attributes
3163             stored in project file</li>
3164           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3165             rows preserved in Jalview project file</li>
3166           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3167             saved using Desktop window menu</li>
3168           <li>Visual indication that command line arguments are
3169             still being processed</li>
3170           <li>Groovy script execution from URL</li>
3171           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3172             preferences</li>
3173           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3174             alignment with sequences that have high similarity and
3175             matching IDs</li>
3176           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3177           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3178             structures in same window</li>
3179           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3180           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3181             analysis function in its own submenu</li>
3182         </ul> <em>Applet</em>
3183         <ul>
3184           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3185             groups</li>
3186           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3187           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3188           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3189           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3190           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3191             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3192           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3193           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3194             parameters are treated as such</li>
3195           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3196             <ul>
3197               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3198               <li>Javascript callbacks for
3199                 <ul>
3200                   <li>Applet initialisation</li>
3201                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3202                 </ul>
3203               </li>
3204               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3205                 functions</li>
3206               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3207               <li>javascript structure viewer harness to pass
3208                 messages between Jmol and Jalview when running as
3209                 distinct applets</li>
3210               <li>sortBy method</li>
3211               <li>Set of applet and application examples shipped
3212                 with documentation</li>
3213               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3214                 javascript message exchange</li>
3215             </ul>
3216         </ul> <em>General</em>
3217         <ul>
3218           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3219             multiple alignments</li>
3220           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3221           <li>User configurable link to enable redirects to a
3222             www.Jalview.org mirror</li>
3223           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3224           <li>Configurable newline string when writing alignment
3225             and other flat files</li>
3226           <li>Allow alignment annotation description lines to
3227             contain html tags</li>
3228         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3229         <ul>
3230           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3231             examples</li>
3232           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3233             using a web service before displaying the result in the
3234             Jalview desktop</li>
3235           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3236           <li>Ant target to publish example html files with applet
3237             archive</li>
3238           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3239           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3240         </ul></td>
3241       <td><em>Application</em>
3242         <ul>
3243           <li>User defined colourscheme throws exception when
3244             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3245           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3246             dialog for valid filename/format</li>
3247           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3248           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3249             P37173</li>
3250           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3251             which sequence is to be associated with the file</li>
3252           <li>Find All raises null pointer exception when query
3253             only matches sequence IDs</li>
3254           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3255           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3256             2.4 cannot be loaded</li>
3257           <li>Filetype associations not installed for webstart
3258             launch</li>
3259           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3260             with sequences in different alignments do not get coloured
3261             by their associated sequence</li>
3262           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3263             not preserved when project is loaded</li>
3264           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3265             stored in Jalview project</li>
3266           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3267             Jalview project</li>
3268           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3269           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3270             by conservation</li>
3271           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3272             created on new view</li>
3273           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3274             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3275           <li>Alignment quality not updated after alignment
3276             annotation row is hidden then shown</li>
3277           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3278             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3279           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3280             properly</li>
3281           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3282             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3283           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3284           <li>Structures imported from file and saved in project
3285             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3286           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3287             job execution in full once it is complete</li>
3288         </ul> <em>Applet</em>
3289         <ul>
3290           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3291             annotation rows are displayed</li>
3292           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3293             codebase</li>
3294           <li>View follows highlighting does not work for positions
3295             in sequences</li>
3296           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3297           <li>Export features raises exception when no features
3298             exist</li>
3299           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3300             for javascript api is modified when separator string
3301             provided as parameter</li>
3302           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3303             alignment with no existing selection</li>
3304           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3305             to applet&#39;s codebase</li>
3306           <li>Status bar not updated after finished searching and
3307             search wraps around to first result</li>
3308           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3309             several Jalview applets causes race conditions and memory
3310             leaks</li>
3311           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3312             not sent from Jmol in applet</li>
3313           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3314             applet API fatally hang browser</li>
3315         </ul> <em>General</em>
3316         <ul>
3317           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3318             position with wrapped view and hidden regions</li>
3319           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3320             with/without hidden columns</li>
3321           <li>Sequence length given in alignment properties window
3322             is off by 1</li>
3323           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3324             import PDB like structure files</li>
3325           <li>Positional search results are only highlighted
3326             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3327           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3328           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3329             given sequence position</li>
3330           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3331             output</li>
3332           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3333             from nucleotide chains correctly</li>
3334           <li>Structure colours not updated when tree partition
3335             changed in alignment</li>
3336           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3337             parsed in interleaved stockholm</li>
3338           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3339             state</li>
3340           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3341             properly</li>
3342           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3343             properly associated with their pdb files</li>
3344         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3345         <ul>
3346           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3347             ApplyCopyright tool</li>
3348         </ul></td>
3349     </tr>
3350     <tr>
3351       <td>
3352         <div align="center">
3353           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3354         </div>
3355       </td>
3356       <td><em>Application</em>
3357         <ul>
3358           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3359             contact web services</li>
3360           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3361             service job window</li>
3362           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3363         </ul></td>
3364       <td>
3365         <ul>
3366           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3367             pir file emitted by Jalview</li>
3368           <li>Existing feature settings transferred to new
3369             alignment view created from cut'n'paste</li>
3370           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3371             parsing PDB files</li>
3372           <li>Consensus and conservation annotation rows
3373             occasionally become blank for all new windows</li>
3374           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3375             in wrapped view mode</li>
3376         </ul> <em>Application</em>
3377         <ul>
3378           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3379             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3380           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3381             parameter names</li>
3382           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3383             is down</li>
3384         </ul>
3385       </td>
3386     </tr>
3387     <tr>
3388       <td>
3389         <div align="center">
3390           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3391         </div>
3392       </td>
3393       <td><em>Application</em>
3394         <ul>
3395           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3396             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3397             (JABAWS)
3398           </li>
3399           <li>Web Services preference tab</li>
3400           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3401             preferences</li>
3402           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3403           <li>Superpose structures using associated sequence
3404             alignment</li>
3405           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3406             viewer</li>
3407         </ul> <em>Applet</em>
3408         <ul>
3409           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3410             link out mechanism</li>
3411         </ul> <em>Other</em>
3412         <ul>
3413           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3414             series 12</li>
3415           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3416             require Java 1.5</li>
3417           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3418             sequence annotation files</li>
3419           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3420             type colour specification</li>
3421           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3422             script to check if it being run in an interactive session or
3423             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3424         </ul></td>
3425       <td>
3426         <ul>
3427           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3428             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3429         </ul> <em>Application</em>
3430         <ul>
3431           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3432             selected Regions menu item</li>
3433           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3434             part of a valid accession ID</li>
3435           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3436             runs out of memory</li>
3437           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3438             analysis results</li>
3439           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3440             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3441           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3442         </ul> <em>Applet</em>
3443         <ul>
3444           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3445             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3446             defined.</li>
3447         </ul>
3448       </td>
3449     </tr>
3450     <tr>
3451       <td>
3452         <div align="center">
3453           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3454         </div>
3455       </td>
3456       <td></td>
3457       <td>
3458         <ul>
3459           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3460             sequence IDs</li>
3461           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3462             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3463           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3464             import correctly</li>
3465           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3466             number of columns are hidden</li>
3467           <li>annotation label popup menu not providing correct
3468             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3469             present</li>
3470           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3471             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3472           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3473             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3474
3475         </ul> <em>Applet</em>
3476         <ul>
3477           <li>annotation panel disappears when annotation is
3478             hidden/removed</li>
3479         </ul> <em>Application</em>
3480         <ul>
3481           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3482             alignment opened where annotation panel is visible but no
3483             annotations are present on alignment</li>
3484           <li>pasted region containing hidden columns is
3485             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3486           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3487             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3488           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3489             selected Rregions menu item.</li>
3490           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3491             'Un' or 'Non'conserved</li>
3492           <li>Sequence feature settings are being shared by
3493             multiple distinct alignments</li>
3494           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3495             changed</li>
3496           <li>double click on group annotation to select sequences
3497             does not propagate to associated trees</li>
3498           <li>Mac OSX specific issues:
3499             <ul>
3500               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3501                 window background</li>
3502               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3503                 name set correctly</li>
3504               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3505                 save feature colourscheme button</li>
3506             </ul>
3507           </li>
3508         </ul>
3509       </td>
3510     </tr>
3511     <tr>
3512
3513       <td>
3514         <div align="center">
3515           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3516         </div>
3517       </td>
3518       <td><em>New Capabilities</em>
3519         <ul>
3520           <li>URL links generated from description line for
3521             regular-expression based URL links (applet and application)
3522
3523           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3524             menu</li>
3525           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3526             structures</li>
3527           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3528             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3529           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3530             average score or total feature count for each sequence.</li>
3531           <li>Shading features by score or associated description</li>
3532           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3533             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3534           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3535             hide everything but the currently selected region.</li>
3536           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3537         </ul> <em>Application</em>
3538         <ul>
3539           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3540             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3541           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3542             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3543           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3544             database references and protein_name is parsed as
3545             description line (BioSapiens terms).</li>
3546           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3547             references in sequence ID tooltip from View menu in
3548             application.</li>
3549           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3550       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3551           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3552             conservation plots</li>
3553           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3554             and visualized as sequence logos</li>
3555           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3556             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3557           </li>
3558           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3559             when a new tree is opened.</li>
3560           <li>Jalview Java Console</li>
3561           <li>Better placement of desktop window when moving
3562             between different screens.</li>
3563           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3564             consensus annotation</li>
3565           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3566             Workflows</li>
3567           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3568             <ul>
3569               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3570                 used to preserve views, structures, and tree display
3571                 settings)</li>
3572               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3573                 command line</li>
3574               <li>Sharing of selected regions between views and
3575                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3576               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3577             </ul></li>
3578         </ul> <em>Applet</em>
3579         <ul>
3580           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3581           <li>New Parameters
3582             <ul>
3583               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3584                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3585                 opened.</li>
3586               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3587                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3588               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3589                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3590               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3591                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3592                 view</li>
3593               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3594                 increase the height or width of a cell in the alignment
3595                 grid relative to the current font size.</li>
3596             </ul>
3597           </li>
3598           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3599             tooltip</li>
3600         </ul> <em>Other</em>
3601         <ul>
3602           <li>Features format: graduated colour definitions and
3603             specification of feature scores</li>
3604           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3605             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3606             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3607           <li>XML formats extended to support graduated feature
3608             colourschemes, group associated annotation, and profile
3609             visualization settings.</li></td>
3610       <td>
3611         <ul>
3612           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3613             rather than description</li>
3614           <li>Non-positional features are now included in sequence
3615             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3616             visibility in tooltip).</li>
3617           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3618           <li>Added URL embedding instructions to features file
3619             documentation.</li>
3620           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3621             'X' in peptide product</li>
3622           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3623             sequence ID and sequence string and query strings do not
3624             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3625           <li>AMSA files only contain first column of
3626             multi-character column annotation labels</li>
3627           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3628             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3629             exported and re-imported)</li>
3630           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3631             name</li>
3632           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3633             as subsequence matches, and correctly reports total number
3634             of both.</li>
3635           <li>Application:
3636             <ul>
3637               <li>Better handling of exceptions during sequence
3638                 retrieval</li>
3639               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3640                 link text excludes the start_end suffix</li>
3641               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3642                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3643               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3644               <li>Sequence description lines properly shared via
3645                 VAMSAS</li>
3646               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3647                 data sources</li>
3648               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3649                 completes before alignment figures are generated.</li>
3650               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3651                 first time.</li>
3652               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3653                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3654               <li>User defined group colours properly recovered
3655                 from Jalview projects.</li>
3656             </ul>
3657           </li>
3658         </ul>
3659       </td>
3660
3661     </tr>
3662     <tr>
3663       <td>
3664         <div align="center">
3665           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3666         </div>
3667       </td>
3668       <td>
3669         <ul>
3670           <li>Experimental support for google analytics usage
3671             tracking.</li>
3672           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3673         </ul>
3674       </td>
3675       <td>
3676         <ul>
3677           <li>Race condition in applet preventing startup in
3678             jre1.6.0u12+.</li>
3679           <li>Exception when feature created from selection beyond
3680             length of sequence.</li>
3681           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3682           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3683             all sequences with a given id</li>
3684           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3685             ID string searches</li>
3686           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3687             alignment to fail with exception</li>
3688         </ul> <em>Application Issues</em>
3689         <ul>
3690           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3691           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3692             data sources</li>
3693         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3694         <ul>
3695           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3696             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3697           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3698             version (java class versioning error fixed)</li>
3699         </ul>
3700       </td>
3701     </tr>
3702     <tr>
3703       <td>
3704
3705         <div align="center">
3706           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3707         </div>
3708       </td>
3709       <td><em>User Interface</em>
3710         <ul>
3711           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3712             translation and protein products</li>
3713           <li>Linked highlighting of structure associated with
3714             residue mapping to codon position</li>
3715           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3716             and 'clear' button</li>
3717           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3718             Tools menu</li>
3719           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3720             numeric data in description line</li>
3721           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3722           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3723             of sequence</li>
3724         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3725         <ul>
3726           <li>JPred3 web service</li>
3727           <li>Prototype sequence search client (no public services
3728             available yet)</li>
3729           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3730             PFAM</li>
3731           <li>URL Links created for matching database cross
3732             references as well as sequence ID</li>
3733           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3734         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3735         <ul>
3736           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3737             databases</li>
3738           <li>Generalised database reference retrieval and
3739             validation to all fetchable databases</li>
3740           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3741             sequence command</li>
3742         </ul> <em>Import and Export</em>
3743         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3744         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3745           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3746         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3747           File</li>
3748         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3749           triplet as name of colourscheme</li>
3750         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3751         <ul>
3752           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3753           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3754             alignments (experimental)</li>
3755           <li>Create new or select existing session to join</li>
3756           <li>load and save of vamsas documents</li>
3757         </ul> <em>Application command line</em>
3758         <ul>
3759           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3760             from applet)</li>
3761           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3762             of DAS servers to query for alignment features</li>
3763           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3764             that are also automatically queried for features</li>
3765           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3766             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3767         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3768         <ul>
3769           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3770             application (when using &quot;View in full
3771             application&quot;)</li>
3772         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3773         <ul>
3774           <li>feature group display control parameter</li>
3775           <li>debug parameter</li>
3776           <li>showbutton parameter</li>
3777         </ul> <em>Applet API methods</em>
3778         <ul>
3779           <li>newView public method</li>
3780           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3781           <li>Feature display control methods</li>
3782           <li>get list of currently selected sequences</li>
3783         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3784         <ul>
3785           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3786           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3787             Jalview release.</li>
3788           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3789             property controls execution of obfuscator</li>
3790           <li>Build target for generating source distribution</li>
3791           <li>Debug flag for javacc</li>
3792           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3793             jalview.bin.Cache</li>
3794           <li>Continuous Build Integration for stable and
3795             development version of Application, Applet and source
3796             distribution</li>
3797         </ul></td>
3798       <td>
3799         <ul>
3800           <li>selected region output includes visible annotations
3801             (for certain formats)</li>
3802           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3803             for editing</li>
3804           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3805           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3806           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3807           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3808             comments</li>
3809           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3810             filenames containing a ':'</li>
3811           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3812             global sequence features</li>
3813           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3814             references from alignment sequences goes to zero</li>
3815           <li>Close of tree branch colour box without colour
3816             selection causes cascading exceptions</li>
3817           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3818           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3819             file parsing fails.</li>
3820           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3821           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3822             not a valid output format</li>
3823           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3824             vamsas</li>
3825           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3826           <li>error messages passed up and output when data read
3827             fails</li>
3828           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3829             sequence is edited</li>
3830           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3831             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3832           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3833             filetype</li>
3834           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3835             import fixed for PFAM records</li>
3836           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3837             window list</li>
3838           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3839             can be read and written correctly to annotation file</li>
3840           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3841             correctly</li>
3842           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3843             non-italic font for representatives in Applet</li>
3844           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3845             Macs.</li>
3846           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3847             Applet)</li>
3848           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3849             due to null pointer exceptions</li>
3850           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3851             first column of alignment</li>
3852           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3853             July 2008</li>
3854           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3855             file is case-insensitive</li>
3856           <li>Sequence features read from Features file appended to
3857             all sequences with matching IDs</li>
3858           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3859             containing a sub-sequence</li>
3860           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3861           <li>feature and annotation file applet parameters
3862             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3863           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3864           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3865             splash-screen version check to complete</li>
3866           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3867             when passing them to the launchApp service</li>
3868           <li>display name and local features preserved in results
3869             retrieved from web service</li>
3870           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3871             sequence fetcher initialisation</li>
3872           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3873             dasobert DAS client</li>
3874           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3875             association</li>
3876           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3877             sequences
3878           </li>
3879         </ul>
3880       </td>
3881     </tr>
3882     <tr>
3883       <td>
3884         <div align="center">
3885           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3886         </div>
3887       </td>
3888       <td>
3889         <ul>
3890           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3891           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3892           <li>Slide sequences</li>
3893           <li>Edit sequence in place</li>
3894           <li>EMBL CDS features</li>
3895           <li>DAS Feature mapping</li>
3896           <li>Feature ordering</li>
3897           <li>Alignment Properties</li>
3898           <li>Annotation Scores</li>
3899           <li>Sort by scores</li>
3900           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3901         </ul>
3902       </td>
3903       <td>
3904         <ul>
3905           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3906           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3907           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3908           <li>Feature group display state in XML</li>
3909           <li>Feature ordering in XML</li>
3910           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3911           <li>Stockholm alignment properties</li>
3912           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3913           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3914           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3915           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3916         </ul>
3917       </td>
3918
3919     </tr>
3920     <tr>
3921       <td>
3922         <div align="center">
3923           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3924         </div>
3925       </td>
3926       <td>
3927         <ul>
3928           <li>Non standard characters can be read and displayed
3929           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3930             applet via textbox
3931           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3932             name &amp; description
3933           <li>Preference setting to display sequence name in
3934             italics
3935           <li>Annotation file format extended to allow
3936             Sequence_groups to be defined
3937           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3938             specified in preferences
3939           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3940             sequences
3941         </ul>
3942       </td>
3943       <td>
3944         <ul>
3945           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3946             installed
3947           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3948           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3949         </ul>
3950       </td>
3951     </tr>
3952     <tr>
3953       <td>
3954         <div align="center">
3955           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3956         </div>
3957       </td>
3958       <td>
3959         <ul>
3960           <li>Multiple views on alignment
3961           <li>Sequence feature editing
3962           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3963           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3964           <li>Background dependent text colour
3965           <li>Right align sequence ids
3966           <li>User-defined lower case residue colours
3967           <li>Format Menu
3968           <li>Select Menu
3969           <li>Menu item accelerator keys
3970           <li>Control-V pastes to current alignment
3971           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3972           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3973           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3974
3975           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3976         </ul>
3977       </td>
3978       <td>
3979         <ul>
3980           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3981           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3982             calculations
3983           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3984             edits
3985           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3986             of alignment)
3987           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3988
3989           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3990             display correctly
3991           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3992           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3993             analysis results
3994           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3995             &#8739;
3996           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3997           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3998           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3999
4000         </ul>
4001       </td>
4002     </tr>
4003     <tr>
4004       <td>
4005         <div align="center">
4006           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4007         </div>
4008       </td>
4009       <td>
4010         <ul>
4011           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4012         </ul>
4013       </td>
4014       <td>
4015         <ul>
4016           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4017             sequence id panel has been resized</li>
4018           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4019             rendered</li>
4020           <li>Annotation files with sequence references - all
4021             elements in file are relative to sequence position</li>
4022           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4023         </ul>
4024       </td>
4025     </tr>
4026     <tr>
4027       <td>
4028         <div align="center">
4029           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4030         </div>
4031       </td>
4032       <td>
4033         <ul>
4034           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4035           <li>DAS Feature fetching</li>
4036           <li>Hide sequences and columns</li>
4037           <li>Export Annotations and Features</li>
4038           <li>GFF file reading / writing</li>
4039           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4040             files</li>
4041           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4042           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4043           <li>Applet can launch the full application</li>
4044           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4045             required)</li>
4046           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4047           <li>Applet can load sequences from parameter
4048             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4049           </li>
4050         </ul>
4051       </td>
4052       <td>
4053         <ul>
4054           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4055           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4056           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4057         </ul>
4058       </td>
4059     </tr>
4060     <tr>
4061       <td>
4062         <div align="center">
4063           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4064         </div>
4065       </td>
4066       <td>
4067         <ul>
4068           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4069           <li>Choose to match case when searching</li>
4070           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4071             expand the visible width and height of the alignment</li>
4072         </ul>
4073       </td>
4074       <td>
4075         <ul>
4076           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4077         </ul>
4078       </td>
4079     </tr>
4080     <tr>
4081       <td>
4082         <div align="center">
4083           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4084         </div>
4085       </td>
4086       <td>&nbsp;</td>
4087       <td>
4088         <ul>
4089           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4090           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4091             value</li>
4092         </ul>
4093       </td>
4094     </tr>
4095     <tr>
4096       <td>
4097         <div align="center">
4098           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4099         </div>
4100       </td>
4101       <td>
4102         <ul>
4103           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4104           <li>Keyboard editing</li>
4105           <li>Create sequence features from searches</li>
4106           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4107             alignments</li>
4108           <li>Features file allows grouping of features</li>
4109           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4110           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4111           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4112         </ul>
4113       </td>
4114       <td>
4115         <ul>
4116           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4117           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4118             descriptions saved.</li>
4119         </ul>
4120       </td>
4121     </tr>
4122     <tr>
4123       <td>
4124         <div align="center">
4125           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4126         </div>
4127       </td>
4128       <td>
4129         <ul>
4130           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4131           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4132           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4133             name for file output</li>
4134           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4135           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4136             used for HTML form input</li>
4137         </ul>
4138       </td>
4139       <td>
4140         <ul>
4141           <li>HTML output writes groups and features</li>
4142           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4143           <li>File IO bugs</li>
4144         </ul>
4145       </td>
4146     </tr>
4147     <tr>
4148       <td>
4149         <div align="center">
4150           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4151         </div>
4152       </td>
4153       <td>
4154         <ul>
4155           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4156           <li>More options for PCA viewer</li>
4157         </ul>
4158       </td>
4159       <td>
4160         <ul>
4161           <li>GUI bugs resolved</li>
4162           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4163         </ul>
4164       </td>
4165     </tr>
4166     <tr>
4167       <td height="63">
4168         <div align="center">
4169           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4170         </div>
4171       </td>
4172       <td>
4173         <ul>
4174           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4175           <li>Jar files are executable</li>
4176           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4177         </ul>
4178       </td>
4179       <td>
4180         <ul>
4181           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4182           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4183           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4184         </ul>
4185       </td>
4186     </tr>
4187     <tr>
4188       <td>
4189         <div align="center">
4190           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4191         </div>
4192       </td>
4193       <td>
4194         <ul>
4195           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4196         </ul>
4197       </td>
4198       <td>
4199         <ul>
4200           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4201         </ul>
4202       </td>
4203     </tr>
4204     <tr>
4205       <td>
4206         <div align="center">
4207           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4208         </div>
4209       </td>
4210       <td>
4211         <ul>
4212           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4213             size</li>
4214         </ul>
4215       </td>
4216       <td>
4217         <ul>
4218           <li>Improved JPred client reliability</li>
4219           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4220         </ul>
4221       </td>
4222     </tr>
4223     <tr>
4224       <td>
4225         <div align="center">
4226           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4227         </div>
4228       </td>
4229       <td>
4230         <ul>
4231           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4232           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4233           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4234             to Colour Menu</li>
4235           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4236           <li>Unix users can set default web browser</li>
4237           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4238           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4239         </ul>
4240       </td>
4241       <td>
4242         <ul>
4243           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4244         </ul>
4245       </td>
4246     </tr>
4247     <tr>
4248       <td>
4249         <div align="center">
4250           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4251         </div>
4252       </td>
4253       <td>&nbsp;</td>
4254       <td>
4255         <ul>
4256           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4257             alignment order.</li>
4258         </ul>
4259       </td>
4260     </tr>
4261     <tr>
4262       <td>
4263         <div align="center">
4264           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4265         </div>
4266       </td>
4267       <td>
4268         <ul>
4269           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4270           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4271           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4272             annotations.</li>
4273           <li>Version and build date written to build properties
4274             file.</li>
4275           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4276             at launch of Jalview.</li>
4277         </ul>
4278       </td>
4279       <td>
4280         <ul>
4281           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4282           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4283           <li>Can remove groups one by one.</li>
4284           <li>Filechooser icons installed.</li>
4285           <li>Finder ignores return character when searching.
4286             Return key will initiate a search.<br>
4287           </li>
4288         </ul>
4289       </td>
4290     </tr>
4291     <tr>
4292       <td>
4293         <div align="center">
4294           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4295         </div>
4296       </td>
4297       <td>
4298         <ul>
4299           <li>New codebase</li>
4300         </ul>
4301       </td>
4302       <td>&nbsp;</td>
4303     </tr>
4304   </table>
4305   <p>&nbsp;</p>
4306 </body>
4307 </html>