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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
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  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70       <td width="60" nowrap>
  71         <div align="center">
  72           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.5</a><br />
  73             <em>4/09/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79           </ul>
  80         </div>
  81       </td>
  82       <td><div align="left">
  83           <em></em>
  84           <ul>
  85           </ul>
  86         </div>
  87       </td>
  88     </tr>
  89     <tr>
  90       <td width="60" nowrap>
  91         <div align="center">
  92           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
  93             <em>7/06/2018</em></strong>
  94         </div>
  95       </td>
  96       <td><div align="left">
  97           <em></em>
  98           <ul>
  99             <li>
 100               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 101               annotation retrieved from Uniprot
 102             </li>
 103             <li>
 104               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 105               onto the Jalview Desktop
 106             </li>
 107           </ul>
 108         </div></td>
 109       <td><div align="left">
 110           <em></em>
 111           <ul>
 112             <li>
 113               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 114               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 115             </li>
 116             <li>
 117               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 118               right-hand column parsed correctly
 119             </li>
 120             <li>
 121               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 122               not alignment area in exported graphic
 123             </li>
 124             <li>
 125               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 126               window has input focus
 127             </li>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 130               annotation added to view (Windows)
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when network connectivity is poor
 134             </li>
 135             <li>
 136               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 137               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 138                 the currently open URL and links from a page viewed in
 139                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 140                 you are using Edge, only links in the page can be
 141                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 142                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 143             </li>
 144           </ul>
 145         </div></td>
 146     </tr>
 147     <tr>
 148       <td width="60" nowrap>
 149         <div align="center">
 150           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 151         </div>
 152       </td>
 153       <td><div align="left">
 154           <em></em>
 155           <ul>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 158               for disabling automatic superposition of multiple
 159               structures and open structures in existing views
 160             </li>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 163               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 164               adjust them.
 165             </li>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 168               Ensembl services
 169             </li>
 170             <li>
 171               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 172               and lots of hidden columns
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 176               of features (particularly when transparency is disabled)
 177             </li>
 178           </ul>
 179           </div>
 180       </td>
 181       <td><div align="left">
 182           <ul>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 185               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 189               overlapping alignment panel
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 193               sequence as gaps
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 197               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 198               UTR
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 202               factor annotation not added to sequence when local PDB
 203               file associated with it by drag'n'drop or structure
 204               chooser
 205             </li>
 206             <li>
 207               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 208               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 209             </li>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 212               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 216               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 217             </li>
 218             <li>
 219               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 220               columns in annotation row
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 224               honored in batch mode
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 228               for structures added to existing Jmol view
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 232               entries after importing project with multiple views
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 236               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 237               with negative residue numbers or missing residues fails
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 241               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 242               as generated by CONSURF)
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 246               tooltip doesn't include a text description of mutation
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 250               structure and/or overview windows are also shown
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 254               very slow for alignments with large numbers of sequences
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 258               with 'StringIndexOutOfBounds'
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 262               platforms running Java 10
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 266               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 267             </li>
 268           </ul>
 269           <em>Applet</em>
 270           <ul>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 273               should copy the group consensus when popup is opened on it
 274             </li>
 275           </ul>
 276           <em>Batch Mode</em>
 277           <ul>
 278           <li>
 279             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 280           </li>
 281           </ul>
 282           <em>New Known Defects</em>
 283           <ul>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 286               editing a large alignment and overview is displayed
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 290               repeatedly after a series of edits even when the overview
 291               is no longer reflecting updates
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 295               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 296               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 297               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 298             </li>
 299           </ul>
 300         </div>
 301           </td>
 302     </tr>
 303     <tr>
 304       <td width="60" nowrap>
 305         <div align="center">
 306           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 307         </div>
 308       </td>
 309       <td><div align="left">
 310           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 311               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 312       <td><div align="left">
 313           <em>Desktop</em><ul>
 314           <ul>
 315             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 316             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 317             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 318             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 319             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 320             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 321             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 322           </ul>
 323           </div>
 324       </td>
 325     </tr>
 326     <tr>
 327       <td width="60" nowrap>
 328         <div align="center">
 329           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 330         </div>
 331       </td>
 332       <td><div align="left">
 333           <em></em>
 334           <ul>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 337               rendering of sequence features
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 341               429 rate limit request hander
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 345               their colours have changed
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 349               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 353               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 357               view from Ensembl locus cross-references
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 361               Alignment report
 362             </li>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 365               feature can be disabled
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 369               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 373               Uniprot
 374             </li>
 375           </ul>
 376           <em>Scripting</em>
 377           <ul>
 378             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 379             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 380               percent identity scores for current alignment.</li>
 381           </ul>
 382           <em>Testing and Deployment</em>
 383           <ul>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 386             </li>
 387           </ul>
 388         </div></td>
 389       <td><div align="left">
 390           <em>General</em>
 391           <ul>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 394               threshold text field doesn't trigger an update to the
 395               alignment view
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 399               strings in parallel
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 403               alignment window is closed
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 407               group visibility
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 411               takes a long time in Cursor mode
 412             </li>
 413           </ul>
 414           <em>Desktop</em>
 415           <ul>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 418               cannot be viewed in Chimera
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 422               CDS/Protein view
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 426               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 427               Search Dialogs
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 437               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 441               scrolling right in unwapped alignment view
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 445               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 446               database
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 450               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 454               features of same type and group to be selected for
 455               amending
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 459               alignments when hidden columns are present
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 463               displaying several structures
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 467               moving a window
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 471               within the Jalview desktop on OSX
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 475               when in wrapped alignment mode
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 479               hand end of alignment
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 483               each selected sequence do not have correct start/end
 484               positions
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 488               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 492               restoring project until a new view is created
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 496               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 497               configured (since 2.10.2b2)
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 501               position is adjusted
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 505               in a multi-chain structure when viewing alignment
 506               involving more than one chain (since 2.10)
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 510               if new selection moves alignment window
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 514               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 518               that produces correctly annotated transcripts and products
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 522               doesn't update associated structure view
 523             </li>
 524           </ul>
 525           <em>Applet</em><br />
 526           <ul>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 529               closing alignment panel
 530             </li>
 531           </ul>
 532           <em>BioJSON</em><br />
 533           <ul>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 536               non-positional features
 537             </li>
 538           </ul>
 539           <em>New Known Issues</em>
 540           <ul>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 543               sequence features correctly (for many previous versions of
 544               Jalview)
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 548               using cursor in wrapped panel other than top
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 552               graduated colour threshold
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 556               always preserve numbering and sequence features
 557             </li>
 558           </ul>
 559           <em>Known Java 9 Issues</em>
 560           <ul>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 563               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 564               9.01, OSX 10.10)
 565             </li>
 566           </ul>
 567         </div></td>
 568     </tr>
 569     <tr>
 570       <td width="60" nowrap>
 571         <div align="center">
 572           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 573             <em>2/10/2017</em></strong>
 574         </div>
 575       </td>
 576       <td><div align="left">
 577           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 578           <ul>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 581             </li>
 582             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 583             </li>
 584           </ul>
 585         </div></td>
 586       <td><div align="left">
 587         </div></td>
 588     </tr>
 589     <tr>
 590       <td width="60" nowrap>
 591         <div align="center">
 592           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 593             <em>7/9/2017</em></strong>
 594         </div>
 595       </td>
 596       <td><div align="left">
 597           <em></em>
 598           <ul>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 601               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 602               white)
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 606               Preferences
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 610               in size and progress bar shown as higher resolution
 611               overview is recalculated
 612             </li>
 613
 614           </ul>
 615         </div></td>
 616       <td><div align="left">
 617           <em></em>
 618           <ul>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 621               column region row by row
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 625               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 629               format setting is unticked
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 633               if group has show boxes format setting unticked
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 637               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 638               include sequences and columns not currently displayed
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 642               assemblies are imported via CIF file
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 646               displayed when threshold or conservation colouring is also
 647               enabled.
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 651               server version
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 655               dragging a selected region off the visible region of the
 656               alignment
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 660               colourscheme to all groups in a view
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 664               initially after font size change using the Font chooser or
 665               middle-mouse zoom
 666             </li>
 667           </ul>
 668         </div></td>
 669     </tr>
 670     <tr>
 671       <td width="60" nowrap>
 672         <div align="center">
 673           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 674         </div>
 675       </td>
 676       <td><div align="left">
 677           <em>Calculations</em>
 678           <ul>
 679
 680             <li>
 681               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 682               ungapped positions in each column of the alignment.
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 686               a calculation dialog box
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 690               and memory efficiency (~30x faster)
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 694               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 695               and other calculations
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 699               files within the Jalview codebase
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 703               Similarity may have different topology due to increased
 704               precision
 705             </li>
 706           </ul>
 707           <em>Rendering</em>
 708           <ul>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 711               model for alignments and groups
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 715               scripts
 716             </li>
 717           </ul>
 718           <em>Overview</em>
 719           <ul>
 720             <li>
 721               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 722               with alignment and overview windows
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 726               overview
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 730               omitted in Overview
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 734               adjustment of visible position
 735             </li>
 736           </ul>
 737
 738           <em>Data import/export</em>
 739           <ul>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 742               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 746               annotation input/output via stockholm flatfile
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 750               extension when importing structure files without embedded
 751               names or PDB accessions
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 755               format sequence substitution matrices
 756             </li>
 757           </ul>
 758           <em>User Interface</em>
 759           <ul>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 762               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 763               the application.
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 767               via Overview or sequence motif search operations
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 771               opened by double clicking gaps within sequence feature
 772               extent
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 776               aligned positions were available to create a 3D structure
 777               superposition.
 778             </li>
 779           </ul>
 780           <em>3D Structure</em>
 781           <ul>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 784               coloured in linked structure views
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 788               file-based command exchange
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 792               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 793               structures are already available for sequences
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 797               the Jalview project rather than downloaded again when the
 798               project is reopened.
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 802               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 803               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 804                 Feature</strong>)
 805             </li>
 806           </ul>
 807           <em>Web Services</em>
 808           <ul>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 814               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 815               Analysis services
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 819               cross-references provided by identifiers.org and the
 820               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 821             </li>
 822           </ul>
 823
 824           <em>Scripting</em>
 825           <ul>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 828               identifying file formats (instead of String constants)
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 832               efficiency when counting all displayed features (not
 833               backwards compatible with 2.10.1)
 834             </li>
 835           </ul>
 836           <em>Example files</em>
 837           <ul>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 840               included in the example feature file
 841             </li>
 842           </ul>
 843           <em>Documentation</em>
 844           <ul>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 847               with the built-in Java help viewer
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 851               sequence description' option
 852             </li>
 853           </ul>
 854           <em>Test Suite</em>
 855           <ul>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 858               Uniprot REST Free Text Search Client
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 865               during tests
 866             </li>
 867           </ul>
 868         </div></td>
 869       <td><div align="left">
 870           <em>Calculations</em>
 871           <ul>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 874               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 875               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 876             </li>
 877             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 878               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 879               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 880               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 881               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 882               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 883               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 884               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 885               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 886               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 887               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 888               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 889               // for 2.10.1 mode <br />
 890               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 891               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 892                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 893                 calculations (not recommended)</em></li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 896               scaling of branch lengths for trees computed using
 897               Sequence Feature Similarity.
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 901               generating output report when working with highly
 902               redundant alignments
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 906               right of selected region when gaps present on right-hand
 907               boundary
 908             </li>
 909           </ul>
 910           <em>User Interface</em>
 911           <ul>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 914               doesn't reselect a specific sequence's associated
 915               annotation after it was used for colouring a view
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 919               opened on a region of alignment without groups
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 923               of an alignment with overlapping groups
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 927               name and description match
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 931               hidden regions results in incorrect hidden regions
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 935               changing colour does not apply Conservation slider value
 936               to all groups
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 940               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 944               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 948               gaps before start of features
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 952               restored to UI when feature colour is edited
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 956               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 960               as graduate feature colour settings are modified via the
 961               dialog box
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 965               when a group defined on the alignment is resized
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 969               wrapped view result in positional status updates
 970             </li>
 971
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 974               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 978               alignment included gapped columns
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 982               widgets don't permanently disappear
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 986               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 987               T-Coffee column reliability scores)
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 991               sequence feature on gaps only
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 995               button from a Find inherit previously defined feature type
 996               rather than the Find query string
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1000               exporting tree calculated in Jalview
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1004               and then revealing them reorders sequences on the
1005               alignment
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1009               doesn't update to reflect available set of groups after
1010               interactively adding or modifying features
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1014               Linux
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1018               only excluded gaps in current sequence and ignored
1019               selection.
1020             </li>
1021           </ul>
1022           <em>Rendering</em>
1023           <ul>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1026               erratically when hidden rows or columns are present
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1030               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1031               sequence colouring
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1035               colour and group colour menu for protein alignments
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1039               reflect currently selected view or group's shading
1040               thresholds
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1044               when rendered on overview and structures when opacity at
1045               100%
1046             </li>
1047             <li>
1048               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1049               overview when features overlaid on alignment
1050             </li>
1051           </ul>
1052           <em>Data import/export</em>
1053           <ul>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1056               load
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1060               added after a sequence was imported are not written to
1061               Stockholm File
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1065               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1069               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1073               with lightGray or darkGray via features file (but can
1074               specify lightgray)
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1078               when alignment view imported from project
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1082               structure and sequences extracted from structure files
1083               imported via URL and viewed in Jmol
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1087               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1088               the project is loaded and the structure viewed
1089             </li>
1090           </ul>
1091           <em>Web Services</em>
1092           <ul>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1095               release of Ensembl v.88
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1099               appear enabled in Preferences->Connections
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1103               removed from console output
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1107               Ensembl by Peptide ID
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1111               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1112               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1113               due to 'null' string rather than empty string used for
1114               residues with no corresponding PDB mapping).
1115             </li>
1116           </ul>
1117           <em>Application UI</em>
1118           <ul>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1121               menu
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1125               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1126               new documentation and tooltips added)
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1130               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1134               new features are added to alignment
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1138               changes to feature colours via the Amend features dialog
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1142               edit graduated feature colour via amend features dialog
1143               box
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1147               selection menu changes colours of alignment views
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1151               from alignment calculation workers after alignment has
1152               been closed
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1156               groups now 'Create Group'
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1160               Create/Undefine group doesn't always work
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1164               shown again after pressing 'Cancel'
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1168               adjusts start position in wrap mode
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1172               ambiguous amino acids
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1176               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1177               proteins
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1181               Defined' don't appear in Colours menu
1182             </li>
1183           </ul>
1184           <em>Applet</em>
1185           <ul>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1188               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1192               overview or linked structure view
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1196               work (since 2.8)
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1200               user-defined colourscheme doesn't restore original
1201               colourscheme
1202             </li>
1203           </ul>
1204           <em>Test Suite</em>
1205           <ul>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1208               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1212               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1213               problems with deep array comparison equality asserts in
1214               successive versions of TestNG
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1218               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1219             </li>
1220           </ul>
1221           <em>New Known Issues</em>
1222           <ul>
1223             <li>
1224               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1225               phase after a sequence motif find operation
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1229               containing just upper and lower case letters are
1230               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1234               reliably from eggnog Ortholog database
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1238               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1239               to mark columns containing highlighted regions.
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1243               doesn't always add secondary structure annotation.
1244             </li>
1245           </ul>
1246         </div>
1247     <tr>
1248       <td width="60" nowrap>
1249         <div align="center">
1250           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1251         </div>
1252       </td>
1253       <td><div align="left">
1254           <em>General</em>
1255           <ul>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1258               for all consensus calculations
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1262               3rd Oct 2016)
1263             </li>
1264             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1265               for 2016-2017</li>
1266           </ul>
1267           <em>Application</em>
1268           <ul>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1271               set of database cross-references, sorted alphabetically
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1275               from database cross references. Users with custom links
1276               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1277                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1281               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1282               Chimera session
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1286               the Chimera it is connected to is shut down
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1290               columns menu item to mark columns containing highlighted
1291               regions (e.g. from structure selections or results of a
1292               Find operation)
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1296               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1297               MSAviewer
1298             </li>
1299           </ul>
1300         </div></td>
1301       <td>
1302         <div align="left">
1303           <em>General</em>
1304           <ul>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1307               are not coloured or thresholded according to percent
1308               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1312               hydrophobic
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1316               threshold, amino acid properties)
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1320               reported as mapped to residues in a structure file in the
1321               View Mapping report
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1325               could be added multiple times to a sequence
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1329               bond features shown as two highlighted residues rather
1330               than a range in linked structure views, and treated
1331               correctly when selecting and computing trees from features
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1335               cross-references are matched to database name regardless
1336               of case
1337             </li>
1338
1339           </ul>
1340           <em>Application</em>
1341           <ul>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1344               names without regular expressions also offer links from
1345               Sequence ID
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1349               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1350               update Jalview configuration
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1354               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1358               files with similarly named sequences if dropped onto the
1359               alignment
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1363               entries where more chains exist in the PDB accession than
1364               are reported in the SIFTS file
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1368               the structure view when displayed with Chimera
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1372               panel's View->Show Chains submenu
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1376               work for wrapped alignment views
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1380               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1384               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1385               first annotation row
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1389               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1393               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1394             </li>
1395             <!-- JAL-2319 -->
1396             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1397             coordindate data
1398             </li>
1399           </ul>
1400           <!--           <em>New Known Issues</em>
1401           <ul>
1402             <li></li>
1403           </ul> -->
1404         </div>
1405       </td>
1406     </tr>
1407     <td width="60" nowrap>
1408       <div align="center">
1409         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1410           <em>25/10/2016</em></strong>
1411       </div>
1412     </td>
1413     <td><em>Application</em>
1414       <ul>
1415         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1416           view if structures already loaded</li>
1417         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1418           structure views</li>
1419       </ul></td>
1420     <td>
1421       <div align="left">
1422         <em>General</em>
1423         <ul>
1424           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1425             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1426           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1427             example sequences/projects/trees</li>
1428         </ul>
1429         <em>Application</em>
1430         <ul>
1431           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1432             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1433           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1434             without timeout for structures with multiple models or
1435             multiple sequences in alignment</li>
1436           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1437             PDB ID HEADER line</li>
1438           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1439             is performed</li>
1440           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1441             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1442           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1443           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1444             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1445             option</li>
1446           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1447             is created on the alignment</li>
1448           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1449             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1450             pop-up menu</li>
1451         </ul>
1452         <em>Build and deployment</em>
1453         <ul>
1454           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1455             tags</li>
1456         </ul>
1457         <em>New Known Issues</em>
1458         <ul>
1459           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1460             on Windows</li>
1461         </ul>
1462       </div>
1463     </td>
1464     </tr>
1465     <tr>
1466       <td width="60" nowrap>
1467         <div align="center">
1468           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1469         </div>
1470       </td>
1471       <td><em>General</em>
1472         <ul>
1473           <li>
1474             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1475           </li>
1476           <li>
1477             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1478             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1479             better PDB parsing.
1480           </li>
1481           <li>
1482             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1483             reference sequence
1484           </li>
1485           <li>
1486             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1487             mousing over sequence associated annotation
1488           </li>
1489           <li>
1490             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1491             for manual entry
1492           </li>
1493           <li>
1494             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1495             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1496             for each column
1497           </li>
1498           <li>
1499             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1500             showing or hiding columns containing a feature
1501           </li>
1502           <li>
1503             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1504             group and sequence associated annotation labels
1505           </li>
1506           <li>
1507             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1508             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1509             dialogs
1510           </li>
1511
1512         </ul> <em>Application</em>
1513         <ul>
1514           <li>
1515             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1516             gene/transcript view
1517           </li>
1518           <li>
1519             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1520             dialog
1521           </li>
1522           <li>
1523             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1524             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1525           </li>
1526           <li>
1527             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1528             Pfam sources to xfam.org
1529           </li>
1530           <li>
1531             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1532           </li>
1533           <li>
1534             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1535             over sequences in Jalview
1536           </li>
1537           <li>
1538             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1539             regions in ENA and EMBL
1540           </li>
1541           <li>
1542             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1543             for record retrieval via ENA rest API
1544           </li>
1545           <li>
1546             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1547             complement operator
1548           </li>
1549           <li>
1550             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1551             groovy script execution
1552           </li>
1553           <li>
1554             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1555             alignment window's Calculate menu
1556           </li>
1557           <li>
1558             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1559             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1560           </li>
1561           <li>
1562             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1563             calculation workers from groovy scripts
1564           </li>
1565           <li>
1566             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1567             Jalview projects
1568           </li>
1569           <li>
1570             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1571             associations are now saved/restored from project
1572           </li>
1573           <li>
1574             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1575             before sequence fetcher is opened
1576           </li>
1577           <li>
1578             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1579             database chooser opens a sequence fetcher
1580           </li>
1581           <li>
1582             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1583             the UniProt REST API
1584           </li>
1585           <li>
1586             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1587             the news reader opening
1588           </li>
1589           <li>
1590             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1591             querying stored in preferences
1592           </li>
1593           <li>
1594             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1595             search results
1596           </li>
1597           <li>
1598             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1599           </li>
1600           <li>
1601             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1602             menu for nucleotide sequences
1603           </li>
1604           <li>
1605             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1606             and feature counts preserves alignment ordering (and
1607             debugged for complex feature sets).
1608           </li>
1609           <li>
1610             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1611             viewing structures with Jalview 2.10
1612           </li>
1613           <li>
1614             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1615             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1616             Ensembl Genomes REST API
1617           </li>
1618           <li>
1619             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1620             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1621             (Ensembl)
1622           </li>
1623           <li>
1624             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1625             sequences
1626           </li>
1627           <li>
1628             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1629             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1630             data from external database records.
1631           </li>
1632           <li>
1633             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1634             efficient recovery of sequence coding and alignment
1635             annotation relationships.
1636           </li>
1637         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1638         <ul>
1639           <li>
1640             -- JAL---
1641           </li>
1642         </ul> --></td>
1643       <td>
1644         <div align="left">
1645           <em>General</em>
1646           <ul>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1649               menu on OSX
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1653               includes graduated colourschemes
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1657               working with big alignments and lots of hidden columns
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1661               at right of alignment window
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1665               contents
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1669               for DNA alignments
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1673               based tree calculation
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1677               unconserved enabled for group on alignment
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1681               set as reference
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1685               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1686               annotation
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1690               hidden columns present
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1694               user created annotation added to alignment
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1698               '()' base pair annotation
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1702               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1703               Consensus
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1707               feature not working
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1711               beginning of sequence
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1715               entry 3a6s
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1719               from a tree when t-coffee scores are shown
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1723               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1727               some structures
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1731               to Clustal, PIR and PileUp output
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1735               not visible causes alignment window to repaint
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1739               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1740               scores associated with features and annotation rows
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1744               calculation should be case independent
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1748               columns
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1752               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1753               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1757               problems when reference sequence defined and 'show
1758               non-conserved' enabled
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1762               load even when Consensus calculation is disabled
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1766               alignment does nothing
1767             </li>
1768           </ul>
1769           <em>Application</em>
1770           <ul>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1773               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1774               yet fixed for El Capitan)
1775             </li>
1776             <li>
1777               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1778               output when running on non-gb/us i18n platforms
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1782               hidden sequences as flat-file alignment
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1786               launching Chimera
1787             </li>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1790               (also hotfix for 2.9.0b2)
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1794               reference sequence defined
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1798               alignments and views when revealing hidden columns
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1802               view in a cDNA/Protein splitframe
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1806               sequence from project when only one sequence is
1807               represented
1808             </li>
1809             <li>
1810               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1811               in Structure Chooser
1812             </li>
1813             <li>
1814               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1815               structure consensus didn't refresh annotation panel
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1819               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1820             </li>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1823               dialogs format columns correctly, don't display array
1824               data, sort columns according to type
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1828               file chooser is cancelled during an image export
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1832               sequence name containing special characters
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1836               case insensitive
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1840               formatting don't wrap
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1844               truncated so L looks like I in consensus annotation
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1848               currently displayed features for the current selection or
1849               view
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1853               after fetching cross-references, and restoring from
1854               project
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1858               followed in the structure viewer
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1862               splitframe not restored from project
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1866               trailing end of protein alignment in transcript/product
1867               splitview when pad-gaps not enabled by default
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1871               is case dependent
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1875               article has been read (reopened issue due to
1876               internationalisation problems)
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1880               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1881               cross-references
1882             </li>
1883
1884             <li>
1885               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1886               alignment as HTML
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1890               multiple structures are shown for one or more sequences.
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1894               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1895               is enabled.
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1899               specific PDB id for sequence
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1903               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1904               columns' is disabled.
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1908               selects lowest rather than highest resolution structures
1909               for each sequence
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1913               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1917               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1921               after clicking on it to create new annotation for a
1922               column.
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1926               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1927             </li>
1928             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1929             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1930           </ul>
1931           <em>Applet</em>
1932           <ul>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1935               hidden columns present before start of sequence
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1939               (JSON jars)
1940             </li>
1941             <li>
1942               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1943               sequences are hidden in applet
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1947               deployment on examples pages.
1948             </li>
1949           </ul>
1950         </div>
1951       </td>
1952     </tr>
1953     <tr>
1954       <td width="60" nowrap>
1955         <div align="center">
1956           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1957             <em>16/10/2015</em></strong>
1958         </div>
1959       </td>
1960       <td><em>General</em>
1961         <ul>
1962           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1963             jars</li>
1964         </ul></td>
1965       <td>
1966         <div align="left">
1967           <em>Application</em>
1968           <ul>
1969             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1970               shown when tree is partitioned</li>
1971             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1972               multiple cDNA/Protein split views</li>
1973           </ul>
1974         </div>
1975       </td>
1976     </tr>
1977     <tr>
1978       <td width="60" nowrap>
1979         <div align="center">
1980           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1981             <em>8/10/2015</em></strong>
1982         </div>
1983       </td>
1984       <td><em>General</em>
1985         <ul>
1986           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1987             2.9</li>
1988         </ul> <em>Application</em>
1989         <ul>
1990           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1991           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1992           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1993         </ul> <em>Applet</em>
1994         <ul>
1995           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1996         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1997         <ul>
1998           <li>
1999             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2000             suite
2001           </li>
2002         </ul></td>
2003       <td>
2004         <div align="left">
2005           <em>General</em>
2006           <ul>
2007             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2008               incorrect when sequence start > 1</li>
2009             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2010               documentation</li>
2011             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2012             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2013               loading a features file containing HTML tags in feature
2014               description</li>
2015
2016           </ul>
2017           <em>Application</em>
2018           <ul>
2019             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2020               reimport</li>
2021             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2022               with 'trim retrieved sequences'</li>
2023             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2024               deleting selected columns</li>
2025             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2026               JNLP templates for webstart launch</li>
2027             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2028               unreleased structures for download or viewing</li>
2029             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2030               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2031             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2032               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2033             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2034               recovered from jalview project</li>
2035             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2036               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2037               alignment view</li>
2038             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2039               color schemes from BioJSON</li>
2040           </ul>
2041           <em>Applet</em>
2042           <ul>
2043             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2044               frame</li>
2045             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2046           </ul>
2047         </div>
2048       </td>
2049     </tr>
2050     <tr>
2051       <td><div align="center">
2052           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2053         </div></td>
2054       <td><em>General</em>
2055         <ul>
2056           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2057             alignments:
2058             <ul>
2059               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2060                 and DNA alignment views</li>
2061               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2062                 cDNA alignment views</li>
2063               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2064                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2065               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2066                 protein sequences</li>
2067             </ul>
2068           </li>
2069           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2070           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2071             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2072           <li>New alignment annotation file statements for
2073             reference sequences and marking hidden columns</li>
2074           <li>Reference sequence based alignment shading to
2075             highlight variation</li>
2076           <li>Select or hide columns according to alignment
2077             annotation</li>
2078           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2079           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2080             acid conservation row</li>
2081           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2082         </ul> <em>Application</em>
2083         <ul>
2084           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2085             <ul>
2086               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2087                 view with cDNA/Protein</li>
2088               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2089                 sequences are placed in the same alignment</li>
2090               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2091                 projects</li>
2092             </ul>
2093           </li>
2094
2095           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2096           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2097             Jalview windows</li>
2098
2099           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2100           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2101           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2102             be shown in VARNA</li>
2103
2104           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2105             as the active selected region</li>
2106
2107           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2108             similarity</li>
2109           <li>New Export options
2110             <ul>
2111               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2112                 region export in flat file generation</li>
2113
2114               <li>Export alignment views for display with the <a
2115                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2116
2117               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2118               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2119                 alignment figures to HTML</li>
2120           </li>
2121           <li>3D structure retrieval and display
2122             <ul>
2123               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2124                 Search API</li>
2125               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2126                 PDB structures for a sequence set</li>
2127             </ul>
2128           </li>
2129
2130           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2131             predictions</li>
2132           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2133             for one or a group of sequences</li>
2134           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2135             from the JPred4 web server</li>
2136           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2137             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2138             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2139           </li>
2140           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2141             VARNA 2D Structure'</li>
2142           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2143             Structure ..."</li>
2144
2145         </ul> <em>Applet</em>
2146         <ul>
2147           <li>New layout for applet example pages</li>
2148           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2149             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2150           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2151             Protein alignments</li>
2152         </ul> <em>Development and deployment</em>
2153         <ul>
2154           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2155           <li>Include installation type and git revision in build
2156             properties and console log output</li>
2157           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2158             storing BioJsMSA Templates</li>
2159           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2160         </ul></td>
2161       <td>
2162         <!-- <em>General</em>
2163         <ul>
2164         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2165         <ul>
2166           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2167           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2168           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2169             predictions are not highlighted in amber</li>
2170           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2171             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2172           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2173             associated structure views</li>
2174           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2175             width checkbox not enabled</li>
2176           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2177             creating user defined colours</li>
2178           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2179             mappings for just that viewer's sequences</li>
2180           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2181             multiple models in Chimera</li>
2182           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2183             over Jmol structure</li>
2184           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2185             output to text box</li>
2186           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2187             have incorrect sequence start/end</li>
2188           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2189             Jalview fails</li>
2190           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2191             work for nucleotide</li>
2192           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2193             to a grey/invisible alignment window</li>
2194           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2195             imports to different position</li>
2196           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2197             on some platforms</li>
2198           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2199             populated</li>
2200           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2201             console if Chimera has been opened</li>
2202           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2203           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2204             retrieved</li>
2205           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2206           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2207             either sequence shows on first structure</li>
2208           <li>'Show annotations' options should not make
2209             non-positional annotations visible</li>
2210           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2211             in right place after 'view flanking regions'</li>
2212           <li>File Save As type unset when current file format is
2213             unknown</li>
2214           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2215             projects</li>
2216           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2217             responsive</li>
2218           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2219             several views on same alignment</li>
2220           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2221           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2222             spaces</li>
2223         </ul> <em>Applet</em>
2224         <ul>
2225           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2226           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2227             descriptions containing angle brackets</li>
2228         </ul> <em>General</em>
2229         <ul>
2230           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2231             via jalview annotation file</li>
2232           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2233             with RNA secondary structure</li>
2234           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2235             translation doesn't work.</li>
2236           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2237           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2238             positions</li>
2239           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2240             choosing 1pt font</li>
2241           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2242             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2243             'h'</li>
2244           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2245             new feature</li>
2246           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2247             order dependent</li>
2248           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2249             sequences</li>
2250           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2251         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2252         <ul>
2253           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2254             www.jalview.org</li>
2255         </ul> <em>Application Known issues</em>
2256         <ul>
2257           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2258           <li>Misleading message appears after trying to delete
2259             solid column.</li>
2260           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2261             version launches</li>
2262           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2263             fails with a sequence mismatch</li>
2264           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2265             scrolling alignment to right</li>
2266           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2267             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2268           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2269             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2270           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2271             ultra-high resolution</li>
2272           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2273             quality and conservation</li>
2274           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2275             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2276         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2277         <ul>
2278           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2279           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2280             window is being resized</li>
2281
2282         </ul>
2283       </td>
2284     </tr>
2285     <tr>
2286       <td><div align="center">
2287           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2288         </div></td>
2289       <td><em>General</em>
2290         <ul>
2291           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2292             Certum.PL.</li>
2293           <li>Features and annotation preserved when performing
2294             pairwise alignment</li>
2295           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2296             imported/exported/displayed</li>
2297           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2298             protein secondary structure</li>
2299           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2300               post-hoc with 2.9 release</em>)
2301           </li>
2302
2303         </ul> <em>Application</em>
2304         <ul>
2305           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2306             with 3D structures</li>
2307           <li>Support for parsing RNAML</li>
2308           <li>Annotations menu for layout
2309             <ul>
2310               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2311               <li>place sequence annotation above/below alignment
2312                 annotation</li>
2313             </ul>
2314           <li>Output in Stockholm format</li>
2315           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2316             translation</li>
2317           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2318           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2319             shared between alignments</li>
2320           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2321             Jalview</li>
2322           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2323             all or current selection</li>
2324           <li>disorder and secondary structure predictions
2325             available as dataset annotation</li>
2326           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2327
2328
2329           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2330             alignments from Rfam</li>
2331           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2332
2333           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2334             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2335           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2336           <li>include installation type in build properties and
2337             console log output</li>
2338           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2339             annotation</li>
2340         </ul></td>
2341       <td>
2342         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2343         <ul>
2344           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2345             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2346           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2347             alignment</li>
2348           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2349           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2350           <li>Double click on sequence associated annotation
2351             selects only first column</li>
2352           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2353             leaves shown in tree</li>
2354           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2355             properly</li>
2356           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2357           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2358             screen and buttons not visible</li>
2359           <li>author list isn't updated if already written to
2360             Jalview properties</li>
2361           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2362             from database</li>
2363           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2364           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2365             browser search window</li>
2366           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2367             in feature settings dialog</li>
2368           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2369             desktop</li>
2370           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2371             pass validation</li>
2372           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2373             fit on screen</li>
2374           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2375             tooltip</li>
2376           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2377             defined user preset</li>
2378           <li>MSA web services warns user if they were launched
2379             with invalid input</li>
2380           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2381             Java 8</li>
2382           <li>
2383             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2384             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2385             created
2386           </li>
2387
2388         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2389         <ul>
2390         </ul> <em>General</em>
2391         <ul>
2392         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2393         <ul>
2394           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2395             memory allocation</li>
2396           <li>launchApp service doesn't automatically open
2397             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2398           <li>
2399             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2400             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2401             1.7_055 is available
2402           </li>
2403         </ul> <em>Application Known issues</em>
2404         <ul>
2405           <li>
2406             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2407             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2408             alignment to right
2409           </li>
2410           <li>
2411             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2412             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2413             with large number of ID
2414           </li>
2415           <li>
2416             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2417             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2418             start/end
2419           </li>
2420           <li>
2421             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2422             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2423             structure tracks are rearranged
2424           </li>
2425           <li>
2426             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2427             invalid rna structure positional highlighting does not
2428             highlight position of invalid base pairs
2429           </li>
2430           <li>
2431             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2432             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2433             project from alignment window file menu
2434           </li>
2435           <li>
2436             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2437             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2438             structures
2439           </li>
2440           <li>
2441             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2442             colour by RNA Helices not enabled when user created
2443             annotation added to alignment
2444           </li>
2445           <li>
2446             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2447             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2448           </li>
2449         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2450         <ul>
2451           <li>
2452             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2453             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2454           </li>
2455           <li>
2456             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2457             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2458           </li>
2459
2460           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2461             when selected</li>
2462         </ul>
2463       </td>
2464     </tr>
2465     <tr>
2466       <td><div align="center">
2467           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2468         </div></td>
2469       <td>
2470         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2471         <em>General</em>
2472         <ul>
2473           <li>Internationalisation of user interface (usually
2474             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2475           <li>Define/Undefine group on current selection with
2476             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2477           <li>Improved group creation/removal options in
2478             alignment/sequence Popup menu</li>
2479           <li>Sensible precision for symbol distribution
2480             percentages shown in logo tooltip.</li>
2481           <li>Annotation panel height set according to amount of
2482             annotation when alignment first opened</li>
2483         </ul> <em>Application</em>
2484         <ul>
2485           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2486             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2487           <li>Select columns containing particular features from
2488             Feature Settings dialog</li>
2489           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2490             sequences</li>
2491           <li>Update Jalview project format:
2492             <ul>
2493               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2494               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2495                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2496               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2497                 colouring</li>
2498             </ul>
2499           </li>
2500           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2501             (PAM250)</li>
2502           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2503             flanking regions for an alignment</li>
2504         </ul>
2505       </td>
2506       <td>
2507         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2508         <ul>
2509           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2510             running after job is cancelled</li>
2511           <li>cannot export features from alignments imported from
2512             Jalview/VAMSAS projects</li>
2513           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2514             float values</li>
2515           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2516             have 'display all symbols' flag set</li>
2517           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2518             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2519           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2520             Jalview</li>
2521           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2522             Lion/Webstart</li>
2523           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2524           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2525           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2526             alignment onto desktop</li>
2527           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2528             'extract scores' function</li>
2529           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2530             alignment window</li>
2531           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2532             performing IUPred disorder prediction</li>
2533           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2534             changing 'normalise logo' display setting</li>
2535           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2536             nothing matches query</li>
2537           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2538             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2539           </li>
2540           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2541             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2542           </li>
2543           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2544             Jalview's menu</li>
2545           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2546             'invalid literal/length code'</li>
2547           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2548             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2549           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2550             colourscheme</li>
2551
2552         </ul> <em>Applet</em>
2553         <ul>
2554           <li>Remove group option is shown even when selection is
2555             not a group</li>
2556           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2557             don't affect groups</li>
2558           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2559             colourscheme name</li>
2560           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2561             Annotation panel is not displayed</li>
2562           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2563             embedded windows</li>
2564         </ul> <em>Other</em>
2565         <ul>
2566           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2567             single sequence were not calculated</li>
2568           <li>annotation files that contain only groups imported as
2569             annotation and junk sequences</li>
2570           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2571             recognised as PFAM or BLC</li>
2572           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2573             doesn't affect background (2.8.0b1)
2574           <li></li>
2575           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2576           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2577             trailing gaps</li>
2578           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2579             registered correctly on import</li>
2580           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2581             certain alignments</li>
2582           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2583             existing annotation based 'use original colours'
2584             colourscheme loses original colours setting</li>
2585         </ul>
2586       </td>
2587     </tr>
2588     <tr>
2589       <td><div align="center">
2590           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2591             <em>30/1/2014</em></strong>
2592         </div></td>
2593       <td>
2594         <ul>
2595           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2596             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2597             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2598             open source project).
2599           </li>
2600           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2601           <li>Output in Stockholm format</li>
2602           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2603           <li>Export/import group and sequence associated line
2604             graph thresholds</li>
2605           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2606             ambiguity codes</li>
2607           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2608             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2609             works</li>
2610           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2611         </ul> <em>Other improvements</em>
2612         <ul>
2613           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2614           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2615             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2616           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2617             files</li>
2618           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2619           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2620             link but no description</li>
2621           <li>Select primary source when selecting authority in
2622             database fetcher GUI</li>
2623           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2624             Jalview</li>
2625           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2626         </ul>
2627       </td>
2628       <td>
2629         <ul>
2630           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2631             displayed</li>
2632           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2633             secondary structure annotation line</li>
2634           <li>Sequence database accessions not imported when
2635             fetching alignments from Rfam</li>
2636           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2637             identical IDs</li>
2638           <li>View all structures does not always superpose
2639             structures</li>
2640           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2641             reflect user or preset settings</li>
2642           <li>Null pointer exceptions for some services without
2643             presets or adjustable parameters</li>
2644           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2645             discover PDB xRefs</li>
2646           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2647             features with DAS</li>
2648           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2649             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2650           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2651             residue follows a gap</li>
2652           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2653             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2654           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2655             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2656           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2657             annotation already exists on alignment</li>
2658           <li>oninit javascript function should be called after
2659             initialisation completes</li>
2660           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2661             alignment window display</li>
2662           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2663           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2664             to annotation file</li>
2665           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2666             groups created</li>
2667           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2668             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2669           <li>Pressing return several times causes Number Format
2670             exceptions in keyboard mode</li>
2671           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2672             correct partitions for input data</li>
2673           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2674           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2675           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2676           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2677             mode</li>
2678           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2679             changes one row&#39;s threshold</li>
2680           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2681             doesn&#39;t open</li>
2682           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2683             quality histograms</li>
2684         </ul>
2685       </td>
2686     </tr>
2687     <tr>
2688       <td><div align="center">
2689           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2690         </div></td>
2691       <td><em>Application</em>
2692         <ul>
2693           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2694             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2695           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2696             preferences</li>
2697           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2698             in Jalview alignment window</li>
2699           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2700             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2701           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2702             RNA and ambiguity codes</li>
2703
2704           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2705           <li>Support fetching and database reference look up
2706             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2707             refs')</li>
2708           <li>Jalview project improvements
2709             <ul>
2710               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2711                 flag for annotation</li>
2712               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2713                 alignment</li>
2714               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2715                 Jalview project</li>
2716
2717             </ul>
2718           </li>
2719           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2720           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2721             running</li>
2722           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2723           <li>visual indication that web service results are still
2724             being retrieved from server</li>
2725           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2726             starts up for first time</li>
2727           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2728             services</li>
2729           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2730             client library</li>
2731           <li>Examples directory and Groovy library included in
2732             InstallAnywhere distribution</li>
2733         </ul> <em>Applet</em>
2734         <ul>
2735           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2736             visualization applet example</li>
2737         </ul> <em>General</em>
2738         <ul>
2739           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2740           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2741             defaults</li>
2742           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2743             calculation</li>
2744           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2745             matrices
2746           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2747             in HTML</li>
2748           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2749             structure contacts</li>
2750           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2751           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2752           <li>Parse sequence associated secondary structure
2753             information in Stockholm files</li>
2754           <li>HTML Export database accessions and annotation
2755             information presented in tooltip for sequences</li>
2756           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2757             style RNA alignment files</li>
2758           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2759             alignment</li>
2760           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2761             shade each sequence according to its associated alignment
2762             annotation</li>
2763           <li>New Jalview Logo</li>
2764         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2765         <ul>
2766           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2767           <li>New Website!</li>
2768         </ul></td>
2769       <td><em>Application</em>
2770         <ul>
2771           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2772             wsdbfetch REST service</li>
2773           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2774           <li>Filetype associations not installed for webstart
2775             launch</li>
2776           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2777             job execution in full once it is complete</li>
2778           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2779             uploaded via ali_file parameter</li>
2780           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2781           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2782           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2783             submitted for prediction</li>
2784           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2785             desktop window</li>
2786           <li>Putting fractional value into integer text box in
2787             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2788           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2789             windows 7</li>
2790           <li>View all structures fails with exception shown in
2791             structure view</li>
2792           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2793             escaped in a platform independent way</li>
2794           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2795             using proxy</li>
2796           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2797             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2798           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2799             failure when java web start temporary file caching is
2800             disabled</li>
2801           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2802             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2803           <li>Errors during processing of command line arguments
2804             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2805           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2806             DAS sources in sequence fetcher</li>
2807           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2808             dialog is shown</li>
2809           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2810           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2811           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2812           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2813             on OSX Mountain Lion</li>
2814           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2815             sequences with alignment annotation are pasted into the
2816             alignment</li>
2817           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2818             when loaded from Jalview project</li>
2819           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2820           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2821             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2822           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2823             associated with all views</li>
2824           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2825             annotation rows to new window</li>
2826         </ul> <em>Applet</em>
2827         <ul>
2828           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2829             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2830           <li>loading features via javascript API automatically
2831             enables feature display</li>
2832           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2833             work</li>
2834         </ul> <em>General</em>
2835         <ul>
2836           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2837           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2838             and then deselected</li>
2839           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2840           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2841             coloured with clustalx</li>
2842           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2843             exceptions and redraw errors</li>
2844           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2845             reconfigured view</li>
2846           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2847             colour</li>
2848           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2849             for lots of labels</li>
2850         </ul>
2851     </tr>
2852     <tr>
2853       <td>
2854         <div align="center">
2855           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2856         </div>
2857       </td>
2858       <td><em>Application</em>
2859         <ul>
2860           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2861           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2862           <li>View/alignment association menu to enable user to
2863             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2864             its colours/correspondences from</li>
2865           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2866           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2867             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2868           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2869           <li>Annotation row column label formatting attributes
2870             stored in project file</li>
2871           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2872             rows preserved in Jalview project file</li>
2873           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2874             saved using Desktop window menu</li>
2875           <li>Visual indication that command line arguments are
2876             still being processed</li>
2877           <li>Groovy script execution from URL</li>
2878           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2879             preferences</li>
2880           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2881             alignment with sequences that have high similarity and
2882             matching IDs</li>
2883           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2884           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2885             structures in same window</li>
2886           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2887           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2888             analysis function in its own submenu</li>
2889         </ul> <em>Applet</em>
2890         <ul>
2891           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2892             groups</li>
2893           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2894           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2895           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2896           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2897           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2898             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2899           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2900           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2901             parameters are treated as such</li>
2902           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2903             <ul>
2904               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2905               <li>Javascript callbacks for
2906                 <ul>
2907                   <li>Applet initialisation</li>
2908                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2909                 </ul>
2910               </li>
2911               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2912                 functions</li>
2913               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2914               <li>javascript structure viewer harness to pass
2915                 messages between Jmol and Jalview when running as
2916                 distinct applets</li>
2917               <li>sortBy method</li>
2918               <li>Set of applet and application examples shipped
2919                 with documentation</li>
2920               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2921                 javascript message exchange</li>
2922             </ul>
2923         </ul> <em>General</em>
2924         <ul>
2925           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2926             multiple alignments</li>
2927           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2928           <li>User configurable link to enable redirects to a
2929             www.Jalview.org mirror</li>
2930           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2931           <li>Configurable newline string when writing alignment
2932             and other flat files</li>
2933           <li>Allow alignment annotation description lines to
2934             contain html tags</li>
2935         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2936         <ul>
2937           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2938             examples</li>
2939           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2940             using a web service before displaying the result in the
2941             Jalview desktop</li>
2942           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2943           <li>Ant target to publish example html files with applet
2944             archive</li>
2945           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2946           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2947         </ul></td>
2948       <td><em>Application</em>
2949         <ul>
2950           <li>User defined colourscheme throws exception when
2951             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2952           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2953             dialog for valid filename/format</li>
2954           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2955           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2956             P37173</li>
2957           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2958             which sequence is to be associated with the file</li>
2959           <li>Find All raises null pointer exception when query
2960             only matches sequence IDs</li>
2961           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2962           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2963             2.4 cannot be loaded</li>
2964           <li>Filetype associations not installed for webstart
2965             launch</li>
2966           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2967             with sequences in different alignments do not get coloured
2968             by their associated sequence</li>
2969           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2970             not preserved when project is loaded</li>
2971           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2972             stored in Jalview project</li>
2973           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2974             Jalview project</li>
2975           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2976           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2977             by conservation</li>
2978           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2979             created on new view</li>
2980           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2981             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2982           <li>Alignment quality not updated after alignment
2983             annotation row is hidden then shown</li>
2984           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2985             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2986           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2987             properly</li>
2988           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2989             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2990           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2991           <li>Structures imported from file and saved in project
2992             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2993           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2994             job execution in full once it is complete</li>
2995         </ul> <em>Applet</em>
2996         <ul>
2997           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2998             annotation rows are displayed</li>
2999           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3000             codebase</li>
3001           <li>View follows highlighting does not work for positions
3002             in sequences</li>
3003           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3004           <li>Export features raises exception when no features
3005             exist</li>
3006           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3007             for javascript api is modified when separator string
3008             provided as parameter</li>
3009           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3010             alignment with no existing selection</li>
3011           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3012             to applet&#39;s codebase</li>
3013           <li>Status bar not updated after finished searching and
3014             search wraps around to first result</li>
3015           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3016             several Jalview applets causes race conditions and memory
3017             leaks</li>
3018           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3019             not sent from Jmol in applet</li>
3020           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3021             applet API fatally hang browser</li>
3022         </ul> <em>General</em>
3023         <ul>
3024           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3025             position with wrapped view and hidden regions</li>
3026           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3027             with/without hidden columns</li>
3028           <li>Sequence length given in alignment properties window
3029             is off by 1</li>
3030           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3031             import PDB like structure files</li>
3032           <li>Positional search results are only highlighted
3033             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3034           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3035           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3036             given sequence position</li>
3037           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3038             output</li>
3039           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3040             from nucleotide chains correctly</li>
3041           <li>Structure colours not updated when tree partition
3042             changed in alignment</li>
3043           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3044             parsed in interleaved stockholm</li>
3045           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3046             state</li>
3047           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3048             properly</li>
3049           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3050             properly associated with their pdb files</li>
3051         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3052         <ul>
3053           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3054             ApplyCopyright tool</li>
3055         </ul></td>
3056     </tr>
3057     <tr>
3058       <td>
3059         <div align="center">
3060           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3061         </div>
3062       </td>
3063       <td><em>Application</em>
3064         <ul>
3065           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3066             contact web services</li>
3067           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3068             service job window</li>
3069           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3070         </ul></td>
3071       <td>
3072         <ul>
3073           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3074             pir file emitted by Jalview</li>
3075           <li>Existing feature settings transferred to new
3076             alignment view created from cut'n'paste</li>
3077           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3078             parsing PDB files</li>
3079           <li>Consensus and conservation annotation rows
3080             occasionally become blank for all new windows</li>
3081           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3082             in wrapped view mode</li>
3083         </ul> <em>Application</em>
3084         <ul>
3085           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3086             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3087           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3088             parameter names</li>
3089           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3090             is down</li>
3091         </ul>
3092       </td>
3093     </tr>
3094     <tr>
3095       <td>
3096         <div align="center">
3097           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3098         </div>
3099       </td>
3100       <td><em>Application</em>
3101         <ul>
3102           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3103             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3104             (JABAWS)
3105           </li>
3106           <li>Web Services preference tab</li>
3107           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3108             preferences</li>
3109           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3110           <li>Superpose structures using associated sequence
3111             alignment</li>
3112           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3113             viewer</li>
3114         </ul> <em>Applet</em>
3115         <ul>
3116           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3117             link out mechanism</li>
3118         </ul> <em>Other</em>
3119         <ul>
3120           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3121             series 12</li>
3122           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3123             require Java 1.5</li>
3124           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3125             sequence annotation files</li>
3126           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3127             type colour specification</li>
3128           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3129             script to check if it being run in an interactive session or
3130             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3131         </ul></td>
3132       <td>
3133         <ul>
3134           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3135             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3136         </ul> <em>Application</em>
3137         <ul>
3138           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3139             selected Regions menu item</li>
3140           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3141             part of a valid accession ID</li>
3142           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3143             runs out of memory</li>
3144           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3145             analysis results</li>
3146           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3147             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3148           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3149         </ul> <em>Applet</em>
3150         <ul>
3151           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3152             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3153             defined.</li>
3154         </ul>
3155       </td>
3156     </tr>
3157     <tr>
3158       <td>
3159         <div align="center">
3160           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3161         </div>
3162       </td>
3163       <td></td>
3164       <td>
3165         <ul>
3166           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3167             sequence IDs</li>
3168           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3169             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3170           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3171             import correctly</li>
3172           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3173             number of columns are hidden</li>
3174           <li>annotation label popup menu not providing correct
3175             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3176             present</li>
3177           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3178             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3179           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3180             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3181
3182         </ul> <em>Applet</em>
3183         <ul>
3184           <li>annotation panel disappears when annotation is
3185             hidden/removed</li>
3186         </ul> <em>Application</em>
3187         <ul>
3188           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3189             alignment opened where annotation panel is visible but no
3190             annotations are present on alignment</li>
3191           <li>pasted region containing hidden columns is
3192             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3193           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3194             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3195           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3196             selected Rregions menu item.</li>
3197           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3198             'Un' or 'Non'conserved</li>
3199           <li>Sequence feature settings are being shared by
3200             multiple distinct alignments</li>
3201           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3202             changed</li>
3203           <li>double click on group annotation to select sequences
3204             does not propagate to associated trees</li>
3205           <li>Mac OSX specific issues:
3206             <ul>
3207               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3208                 window background</li>
3209               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3210                 name set correctly</li>
3211               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3212                 save feature colourscheme button</li>
3213             </ul>
3214           </li>
3215         </ul>
3216       </td>
3217     </tr>
3218     <tr>
3219
3220       <td>
3221         <div align="center">
3222           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3223         </div>
3224       </td>
3225       <td><em>New Capabilities</em>
3226         <ul>
3227           <li>URL links generated from description line for
3228             regular-expression based URL links (applet and application)
3229
3230           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3231             menu</li>
3232           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3233             structures</li>
3234           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3235             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3236           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3237             average score or total feature count for each sequence.</li>
3238           <li>Shading features by score or associated description</li>
3239           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3240             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3241           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3242             hide everything but the currently selected region.</li>
3243           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3244         </ul> <em>Application</em>
3245         <ul>
3246           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3247             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3248           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3249             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3250           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3251             database references and protein_name is parsed as
3252             description line (BioSapiens terms).</li>
3253           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3254             references in sequence ID tooltip from View menu in
3255             application.</li>
3256           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3257       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3258           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3259             conservation plots</li>
3260           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3261             and visualized as sequence logos</li>
3262           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3263             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3264           </li>
3265           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3266             when a new tree is opened.</li>
3267           <li>Jalview Java Console</li>
3268           <li>Better placement of desktop window when moving
3269             between different screens.</li>
3270           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3271             consensus annotation</li>
3272           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3273             Workflows</li>
3274           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3275             <ul>
3276               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3277                 used to preserve views, structures, and tree display
3278                 settings)</li>
3279               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3280                 command line</li>
3281               <li>Sharing of selected regions between views and
3282                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3283               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3284             </ul></li>
3285         </ul> <em>Applet</em>
3286         <ul>
3287           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3288           <li>New Parameters
3289             <ul>
3290               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3291                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3292                 opened.</li>
3293               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3294                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3295               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3296                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3297               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3298                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3299                 view</li>
3300               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3301                 increase the height or width of a cell in the alignment
3302                 grid relative to the current font size.</li>
3303             </ul>
3304           </li>
3305           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3306             tooltip</li>
3307         </ul> <em>Other</em>
3308         <ul>
3309           <li>Features format: graduated colour definitions and
3310             specification of feature scores</li>
3311           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3312             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3313             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3314           <li>XML formats extended to support graduated feature
3315             colourschemes, group associated annotation, and profile
3316             visualization settings.</li></td>
3317       <td>
3318         <ul>
3319           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3320             rather than description</li>
3321           <li>Non-positional features are now included in sequence
3322             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3323             visibility in tooltip).</li>
3324           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3325           <li>Added URL embedding instructions to features file
3326             documentation.</li>
3327           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3328             'X' in peptide product</li>
3329           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3330             sequence ID and sequence string and query strings do not
3331             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3332           <li>AMSA files only contain first column of
3333             multi-character column annotation labels</li>
3334           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3335             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3336             exported and re-imported)</li>
3337           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3338             name</li>
3339           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3340             as subsequence matches, and correctly reports total number
3341             of both.</li>
3342           <li>Application:
3343             <ul>
3344               <li>Better handling of exceptions during sequence
3345                 retrieval</li>
3346               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3347                 link text excludes the start_end suffix</li>
3348               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3349                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3350               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3351               <li>Sequence description lines properly shared via
3352                 VAMSAS</li>
3353               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3354                 data sources</li>
3355               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3356                 completes before alignment figures are generated.</li>
3357               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3358                 first time.</li>
3359               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3360                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3361               <li>User defined group colours properly recovered
3362                 from Jalview projects.</li>
3363             </ul>
3364           </li>
3365         </ul>
3366       </td>
3367
3368     </tr>
3369     <tr>
3370       <td>
3371         <div align="center">
3372           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3373         </div>
3374       </td>
3375       <td>
3376         <ul>
3377           <li>Experimental support for google analytics usage
3378             tracking.</li>
3379           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3380         </ul>
3381       </td>
3382       <td>
3383         <ul>
3384           <li>Race condition in applet preventing startup in
3385             jre1.6.0u12+.</li>
3386           <li>Exception when feature created from selection beyond
3387             length of sequence.</li>
3388           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3389           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3390             all sequences with a given id</li>
3391           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3392             ID string searches</li>
3393           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3394             alignment to fail with exception</li>
3395         </ul> <em>Application Issues</em>
3396         <ul>
3397           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3398           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3399             data sources</li>
3400         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3401         <ul>
3402           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3403             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3404           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3405             version (java class versioning error fixed)</li>
3406         </ul>
3407       </td>
3408     </tr>
3409     <tr>
3410       <td>
3411
3412         <div align="center">
3413           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3414         </div>
3415       </td>
3416       <td><em>User Interface</em>
3417         <ul>
3418           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3419             translation and protein products</li>
3420           <li>Linked highlighting of structure associated with
3421             residue mapping to codon position</li>
3422           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3423             and 'clear' button</li>
3424           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3425             Tools menu</li>
3426           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3427             numeric data in description line</li>
3428           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3429           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3430             of sequence</li>
3431         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3432         <ul>
3433           <li>JPred3 web service</li>
3434           <li>Prototype sequence search client (no public services
3435             available yet)</li>
3436           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3437             PFAM</li>
3438           <li>URL Links created for matching database cross
3439             references as well as sequence ID</li>
3440           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3441         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3442         <ul>
3443           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3444             databases</li>
3445           <li>Generalised database reference retrieval and
3446             validation to all fetchable databases</li>
3447           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3448             sequence command</li>
3449         </ul> <em>Import and Export</em>
3450         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3451         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3452           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3453         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3454           File</li>
3455         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3456           triplet as name of colourscheme</li>
3457         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3458         <ul>
3459           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3460           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3461             alignments (experimental)</li>
3462           <li>Create new or select existing session to join</li>
3463           <li>load and save of vamsas documents</li>
3464         </ul> <em>Application command line</em>
3465         <ul>
3466           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3467             from applet)</li>
3468           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3469             of DAS servers to query for alignment features</li>
3470           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3471             that are also automatically queried for features</li>
3472           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3473             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3474         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3475         <ul>
3476           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3477             application (when using &quot;View in full
3478             application&quot;)</li>
3479         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3480         <ul>
3481           <li>feature group display control parameter</li>
3482           <li>debug parameter</li>
3483           <li>showbutton parameter</li>
3484         </ul> <em>Applet API methods</em>
3485         <ul>
3486           <li>newView public method</li>
3487           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3488           <li>Feature display control methods</li>
3489           <li>get list of currently selected sequences</li>
3490         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3491         <ul>
3492           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3493           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3494             Jalview release.</li>
3495           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3496             property controls execution of obfuscator</li>
3497           <li>Build target for generating source distribution</li>
3498           <li>Debug flag for javacc</li>
3499           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3500             jalview.bin.Cache</li>
3501           <li>Continuous Build Integration for stable and
3502             development version of Application, Applet and source
3503             distribution</li>
3504         </ul></td>
3505       <td>
3506         <ul>
3507           <li>selected region output includes visible annotations
3508             (for certain formats)</li>
3509           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3510             for editing</li>
3511           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3512           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3513           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3514           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3515             comments</li>
3516           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3517             filenames containing a ':'</li>
3518           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3519             global sequence features</li>
3520           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3521             references from alignment sequences goes to zero</li>
3522           <li>Close of tree branch colour box without colour
3523             selection causes cascading exceptions</li>
3524           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3525           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3526             file parsing fails.</li>
3527           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3528           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3529             not a valid output format</li>
3530           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3531             vamsas</li>
3532           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3533           <li>error messages passed up and output when data read
3534             fails</li>
3535           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3536             sequence is edited</li>
3537           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3538             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3539           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3540             filetype</li>
3541           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3542             import fixed for PFAM records</li>
3543           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3544             window list</li>
3545           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3546             can be read and written correctly to annotation file</li>
3547           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3548             correctly</li>
3549           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3550             non-italic font for representatives in Applet</li>
3551           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3552             Macs.</li>
3553           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3554             Applet)</li>
3555           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3556             due to null pointer exceptions</li>
3557           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3558             first column of alignment</li>
3559           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3560             July 2008</li>
3561           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3562             file is case-insensitive</li>
3563           <li>Sequence features read from Features file appended to
3564             all sequences with matching IDs</li>
3565           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3566             containing a sub-sequence</li>
3567           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3568           <li>feature and annotation file applet parameters
3569             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3570           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3571           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3572             splash-screen version check to complete</li>
3573           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3574             when passing them to the launchApp service</li>
3575           <li>display name and local features preserved in results
3576             retrieved from web service</li>
3577           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3578             sequence fetcher initialisation</li>
3579           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3580             dasobert DAS client</li>
3581           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3582             association</li>
3583           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3584             sequences
3585           </li>
3586         </ul>
3587       </td>
3588     </tr>
3589     <tr>
3590       <td>
3591         <div align="center">
3592           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3593         </div>
3594       </td>
3595       <td>
3596         <ul>
3597           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3598           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3599           <li>Slide sequences</li>
3600           <li>Edit sequence in place</li>
3601           <li>EMBL CDS features</li>
3602           <li>DAS Feature mapping</li>
3603           <li>Feature ordering</li>
3604           <li>Alignment Properties</li>
3605           <li>Annotation Scores</li>
3606           <li>Sort by scores</li>
3607           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3608         </ul>
3609       </td>
3610       <td>
3611         <ul>
3612           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3613           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3614           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3615           <li>Feature group display state in XML</li>
3616           <li>Feature ordering in XML</li>
3617           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3618           <li>Stockholm alignment properties</li>
3619           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3620           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3621           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3622           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3623         </ul>
3624       </td>
3625
3626     </tr>
3627     <tr>
3628       <td>
3629         <div align="center">
3630           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3631         </div>
3632       </td>
3633       <td>
3634         <ul>
3635           <li>Non standard characters can be read and displayed
3636           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3637             applet via textbox
3638           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3639             name &amp; description
3640           <li>Preference setting to display sequence name in
3641             italics
3642           <li>Annotation file format extended to allow
3643             Sequence_groups to be defined
3644           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3645             specified in preferences
3646           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3647             sequences
3648         </ul>
3649       </td>
3650       <td>
3651         <ul>
3652           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3653             installed
3654           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3655           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3656         </ul>
3657       </td>
3658     </tr>
3659     <tr>
3660       <td>
3661         <div align="center">
3662           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3663         </div>
3664       </td>
3665       <td>
3666         <ul>
3667           <li>Multiple views on alignment
3668           <li>Sequence feature editing
3669           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3670           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3671           <li>Background dependent text colour
3672           <li>Right align sequence ids
3673           <li>User-defined lower case residue colours
3674           <li>Format Menu
3675           <li>Select Menu
3676           <li>Menu item accelerator keys
3677           <li>Control-V pastes to current alignment
3678           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3679           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3680           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3681
3682           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3683         </ul>
3684       </td>
3685       <td>
3686         <ul>
3687           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3688           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3689             calculations
3690           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3691             edits
3692           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3693             of alignment)
3694           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3695
3696           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3697             display correctly
3698           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3699           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3700             analysis results
3701           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3702             &#8739;
3703           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3704           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3705           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3706
3707         </ul>
3708       </td>
3709     </tr>
3710     <tr>
3711       <td>
3712         <div align="center">
3713           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3714         </div>
3715       </td>
3716       <td>
3717         <ul>
3718           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3719         </ul>
3720       </td>
3721       <td>
3722         <ul>
3723           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3724             sequence id panel has been resized</li>
3725           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3726             rendered</li>
3727           <li>Annotation files with sequence references - all
3728             elements in file are relative to sequence position</li>
3729           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3730         </ul>
3731       </td>
3732     </tr>
3733     <tr>
3734       <td>
3735         <div align="center">
3736           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3737         </div>
3738       </td>
3739       <td>
3740         <ul>
3741           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3742           <li>DAS Feature fetching</li>
3743           <li>Hide sequences and columns</li>
3744           <li>Export Annotations and Features</li>
3745           <li>GFF file reading / writing</li>
3746           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3747             files</li>
3748           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3749           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3750           <li>Applet can launch the full application</li>
3751           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3752             required)</li>
3753           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3754           <li>Applet can load sequences from parameter
3755             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3756           </li>
3757         </ul>
3758       </td>
3759       <td>
3760         <ul>
3761           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3762           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3763           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3764         </ul>
3765       </td>
3766     </tr>
3767     <tr>
3768       <td>
3769         <div align="center">
3770           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3771         </div>
3772       </td>
3773       <td>
3774         <ul>
3775           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3776           <li>Choose to match case when searching</li>
3777           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3778             expand the visible width and height of the alignment</li>
3779         </ul>
3780       </td>
3781       <td>
3782         <ul>
3783           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3784         </ul>
3785       </td>
3786     </tr>
3787     <tr>
3788       <td>
3789         <div align="center">
3790           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3791         </div>
3792       </td>
3793       <td>&nbsp;</td>
3794       <td>
3795         <ul>
3796           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3797           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3798             value</li>
3799         </ul>
3800       </td>
3801     </tr>
3802     <tr>
3803       <td>
3804         <div align="center">
3805           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3806         </div>
3807       </td>
3808       <td>
3809         <ul>
3810           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3811           <li>Keyboard editing</li>
3812           <li>Create sequence features from searches</li>
3813           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3814             alignments</li>
3815           <li>Features file allows grouping of features</li>
3816           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3817           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3818           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3819         </ul>
3820       </td>
3821       <td>
3822         <ul>
3823           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3824           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3825             descriptions saved.</li>
3826         </ul>
3827       </td>
3828     </tr>
3829     <tr>
3830       <td>
3831         <div align="center">
3832           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3833         </div>
3834       </td>
3835       <td>
3836         <ul>
3837           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3838           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3839           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3840             name for file output</li>
3841           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3842           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3843             used for HTML form input</li>
3844         </ul>
3845       </td>
3846       <td>
3847         <ul>
3848           <li>HTML output writes groups and features</li>
3849           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3850           <li>File IO bugs</li>
3851         </ul>
3852       </td>
3853     </tr>
3854     <tr>
3855       <td>
3856         <div align="center">
3857           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3858         </div>
3859       </td>
3860       <td>
3861         <ul>
3862           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3863           <li>More options for PCA viewer</li>
3864         </ul>
3865       </td>
3866       <td>
3867         <ul>
3868           <li>GUI bugs resolved</li>
3869           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3870         </ul>
3871       </td>
3872     </tr>
3873     <tr>
3874       <td height="63">
3875         <div align="center">
3876           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3877         </div>
3878       </td>
3879       <td>
3880         <ul>
3881           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3882           <li>Jar files are executable</li>
3883           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3884         </ul>
3885       </td>
3886       <td>
3887         <ul>
3888           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3889           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3890           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3891         </ul>
3892       </td>
3893     </tr>
3894     <tr>
3895       <td>
3896         <div align="center">
3897           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3898         </div>
3899       </td>
3900       <td>
3901         <ul>
3902           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3903         </ul>
3904       </td>
3905       <td>
3906         <ul>
3907           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3908         </ul>
3909       </td>
3910     </tr>
3911     <tr>
3912       <td>
3913         <div align="center">
3914           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3915         </div>
3916       </td>
3917       <td>
3918         <ul>
3919           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3920             size</li>
3921         </ul>
3922       </td>
3923       <td>
3924         <ul>
3925           <li>Improved JPred client reliability</li>
3926           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3927         </ul>
3928       </td>
3929     </tr>
3930     <tr>
3931       <td>
3932         <div align="center">
3933           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3934         </div>
3935       </td>
3936       <td>
3937         <ul>
3938           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3939           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3940           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3941             to Colour Menu</li>
3942           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3943           <li>Unix users can set default web browser</li>
3944           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3945           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3946         </ul>
3947       </td>
3948       <td>
3949         <ul>
3950           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3951         </ul>
3952       </td>
3953     </tr>
3954     <tr>
3955       <td>
3956         <div align="center">
3957           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3958         </div>
3959       </td>
3960       <td>&nbsp;</td>
3961       <td>
3962         <ul>
3963           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3964             alignment order.</li>
3965         </ul>
3966       </td>
3967     </tr>
3968     <tr>
3969       <td>
3970         <div align="center">
3971           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3972         </div>
3973       </td>
3974       <td>
3975         <ul>
3976           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3977           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3978           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3979             annotations.</li>
3980           <li>Version and build date written to build properties
3981             file.</li>
3982           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3983             at launch of Jalview.</li>
3984         </ul>
3985       </td>
3986       <td>
3987         <ul>
3988           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3989           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3990           <li>Can remove groups one by one.</li>
3991           <li>Filechooser icons installed.</li>
3992           <li>Finder ignores return character when searching.
3993             Return key will initiate a search.<br>
3994           </li>
3995         </ul>
3996       </td>
3997     </tr>
3998     <tr>
3999       <td>
4000         <div align="center">
4001           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4002         </div>
4003       </td>
4004       <td>
4005         <ul>
4006           <li>New codebase</li>
4007         </ul>
4008       </td>
4009       <td>&nbsp;</td>
4010     </tr>
4011   </table>
4012   <p>&nbsp;</p>
4013 </body>
4014 </html>