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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71     <td width="60" nowrap>
  72       <div align="center">
  73         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>4/09/2018</em></strong>
  74       </div>
  75     </td>
  76     <td><div align="left">
  77         <em></em>
  78         <ul>
  79         </ul>
  80       </div></td>
  81     <td><div align="left">
  82         <em></em>
  83         <ul>
  84           <li>
  85             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
  86             sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
  87             SVG, PNG or HTML. <em>Display of these can be
  88               configured via the Format menu or in batch mode with a
  89               jalview properties file.</em>
  90           </li>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
  93             when sequences are selected in exported view.</em>
  94           </li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
  97             aren't rendered with correct colour.
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain types of knotted RNA secondary structure
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight in trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that do not start at 1
 104           </li>
 105         </ul>
 106       </div>
 107     </td>
 108     </tr>
 109     <tr>
 110       <td width="60" nowrap>
 111         <div align="center">
 112           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 113             <em>7/06/2018</em></strong>
 114         </div>
 115       </td>
 116       <td><div align="left">
 117           <em></em>
 118           <ul>
 119             <li>
 120               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 121               annotation retrieved from Uniprot
 122             </li>
 123             <li>
 124               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 125               onto the Jalview Desktop
 126             </li>
 127           </ul>
 128         </div></td>
 129       <td><div align="left">
 130           <em></em>
 131           <ul>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 134               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 138               right-hand column parsed correctly
 139             </li>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 142               not alignment area in exported graphic
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 146               window has input focus
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 150               annotation added to view (Windows)
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 154               network connectivity is poor
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 158               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 159                 the currently open URL and links from a page viewed in
 160                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 161                 you are using Edge, only links in the page can be
 162                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 163                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 164             </li>
 165           </ul>
 166         </div></td>
 167     </tr>
 168     <tr>
 169       <td width="60" nowrap>
 170         <div align="center">
 171           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 172         </div>
 173       </td>
 174       <td><div align="left">
 175           <em></em>
 176           <ul>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 179               for disabling automatic superposition of multiple
 180               structures and open structures in existing views
 181             </li>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 184               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 185               adjust them.
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 189               Ensembl services
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 193               and lots of hidden columns
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 197               of features (particularly when transparency is disabled)
 198             </li>
 199           </ul>
 200           </div>
 201       </td>
 202       <td><div align="left">
 203           <ul>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 206               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 210               overlapping alignment panel
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 214               sequence as gaps
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 218               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 219               UTR
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 223               factor annotation not added to sequence when local PDB
 224               file associated with it by drag'n'drop or structure
 225               chooser
 226             </li>
 227             <li>
 228               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 229               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 230             </li>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 233               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 237               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 241               columns in annotation row
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 245               honored in batch mode
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 249               for structures added to existing Jmol view
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 253               entries after importing project with multiple views
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 257               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 258               with negative residue numbers or missing residues fails
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 262               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 263               as generated by CONSURF)
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 267               tooltip doesn't include a text description of mutation
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 271               structure and/or overview windows are also shown
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 275               very slow for alignments with large numbers of sequences
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 279               with 'StringIndexOutOfBounds'
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 283               platforms running Java 10
 284             </li>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 287               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 288             </li>
 289           </ul>
 290           <em>Applet</em>
 291           <ul>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 294               should copy the group consensus when popup is opened on it
 295             </li>
 296           </ul>
 297           <em>Batch Mode</em>
 298           <ul>
 299           <li>
 300             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 301           </li>
 302           </ul>
 303           <em>New Known Defects</em>
 304           <ul>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 307               editing a large alignment and overview is displayed
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 311               repeatedly after a series of edits even when the overview
 312               is no longer reflecting updates
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 316               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 317               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 318               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 319             </li>
 320           </ul>
 321         </div>
 322           </td>
 323     </tr>
 324     <tr>
 325       <td width="60" nowrap>
 326         <div align="center">
 327           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 328         </div>
 329       </td>
 330       <td><div align="left">
 331           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 332               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 333       <td><div align="left">
 334           <em>Desktop</em><ul>
 335           <ul>
 336             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 337             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 338             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 339             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 340             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 341             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 342             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 343           </ul>
 344           </div>
 345       </td>
 346     </tr>
 347     <tr>
 348       <td width="60" nowrap>
 349         <div align="center">
 350           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 351         </div>
 352       </td>
 353       <td><div align="left">
 354           <em></em>
 355           <ul>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 358               rendering of sequence features
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 362               429 rate limit request hander
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 366               their colours have changed
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 370               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 374               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 378               view from Ensembl locus cross-references
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 382               Alignment report
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 386               feature can be disabled
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 390               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 394               Uniprot
 395             </li>
 396           </ul>
 397           <em>Scripting</em>
 398           <ul>
 399             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 400             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 401               percent identity scores for current alignment.</li>
 402           </ul>
 403           <em>Testing and Deployment</em>
 404           <ul>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 407             </li>
 408           </ul>
 409         </div></td>
 410       <td><div align="left">
 411           <em>General</em>
 412           <ul>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 415               threshold text field doesn't trigger an update to the
 416               alignment view
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 420               strings in parallel
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 424               alignment window is closed
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 428               group visibility
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 432               takes a long time in Cursor mode
 433             </li>
 434           </ul>
 435           <em>Desktop</em>
 436           <ul>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 439               cannot be viewed in Chimera
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 443               CDS/Protein view
 444             </li>
 445             <li>
 446               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 447               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 448               Search Dialogs
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 458               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 462               scrolling right in unwapped alignment view
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 466               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 467               database
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 471               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 475               features of same type and group to be selected for
 476               amending
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 480               alignments when hidden columns are present
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 484               displaying several structures
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 488               moving a window
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 492               within the Jalview desktop on OSX
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 496               when in wrapped alignment mode
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 500               hand end of alignment
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 504               each selected sequence do not have correct start/end
 505               positions
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 509               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 513               restoring project until a new view is created
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 517               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 518               configured (since 2.10.2b2)
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 522               position is adjusted
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 526               in a multi-chain structure when viewing alignment
 527               involving more than one chain (since 2.10)
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 531               if new selection moves alignment window
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 535               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 539               that produces correctly annotated transcripts and products
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 543               doesn't update associated structure view
 544             </li>
 545           </ul>
 546           <em>Applet</em><br />
 547           <ul>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 550               closing alignment panel
 551             </li>
 552           </ul>
 553           <em>BioJSON</em><br />
 554           <ul>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 557               non-positional features
 558             </li>
 559           </ul>
 560           <em>New Known Issues</em>
 561           <ul>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 564               sequence features correctly (for many previous versions of
 565               Jalview)
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 569               using cursor in wrapped panel other than top
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 573               graduated colour threshold
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 577               always preserve numbering and sequence features
 578             </li>
 579           </ul>
 580           <em>Known Java 9 Issues</em>
 581           <ul>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 584               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 585               9.01, OSX 10.10)
 586             </li>
 587           </ul>
 588         </div></td>
 589     </tr>
 590     <tr>
 591       <td width="60" nowrap>
 592         <div align="center">
 593           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 594             <em>2/10/2017</em></strong>
 595         </div>
 596       </td>
 597       <td><div align="left">
 598           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 599           <ul>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 602             </li>
 603             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 604             </li>
 605           </ul>
 606         </div></td>
 607       <td><div align="left">
 608         </div></td>
 609     </tr>
 610     <tr>
 611       <td width="60" nowrap>
 612         <div align="center">
 613           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 614             <em>7/9/2017</em></strong>
 615         </div>
 616       </td>
 617       <td><div align="left">
 618           <em></em>
 619           <ul>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 622               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 623               white)
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 627               Preferences
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 631               in size and progress bar shown as higher resolution
 632               overview is recalculated
 633             </li>
 634
 635           </ul>
 636         </div></td>
 637       <td><div align="left">
 638           <em></em>
 639           <ul>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 642               column region row by row
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 646               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 650               format setting is unticked
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 654               if group has show boxes format setting unticked
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 658               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 659               include sequences and columns not currently displayed
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 663               assemblies are imported via CIF file
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 667               displayed when threshold or conservation colouring is also
 668               enabled.
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 672               server version
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 676               dragging a selected region off the visible region of the
 677               alignment
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 681               colourscheme to all groups in a view
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 685               initially after font size change using the Font chooser or
 686               middle-mouse zoom
 687             </li>
 688           </ul>
 689         </div></td>
 690     </tr>
 691     <tr>
 692       <td width="60" nowrap>
 693         <div align="center">
 694           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 695         </div>
 696       </td>
 697       <td><div align="left">
 698           <em>Calculations</em>
 699           <ul>
 700
 701             <li>
 702               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 703               ungapped positions in each column of the alignment.
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 707               a calculation dialog box
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 711               and memory efficiency (~30x faster)
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 715               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 716               and other calculations
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 720               files within the Jalview codebase
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 724               Similarity may have different topology due to increased
 725               precision
 726             </li>
 727           </ul>
 728           <em>Rendering</em>
 729           <ul>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 732               model for alignments and groups
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 736               scripts
 737             </li>
 738           </ul>
 739           <em>Overview</em>
 740           <ul>
 741             <li>
 742               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 743               with alignment and overview windows
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 747               overview
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 751               omitted in Overview
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 755               adjustment of visible position
 756             </li>
 757           </ul>
 758
 759           <em>Data import/export</em>
 760           <ul>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 763               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 767               annotation input/output via stockholm flatfile
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 771               extension when importing structure files without embedded
 772               names or PDB accessions
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 776               format sequence substitution matrices
 777             </li>
 778           </ul>
 779           <em>User Interface</em>
 780           <ul>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 783               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 784               the application.
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 788               via Overview or sequence motif search operations
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 792               opened by double clicking gaps within sequence feature
 793               extent
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 797               aligned positions were available to create a 3D structure
 798               superposition.
 799             </li>
 800           </ul>
 801           <em>3D Structure</em>
 802           <ul>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 805               coloured in linked structure views
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 809               file-based command exchange
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 813               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 814               structures are already available for sequences
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 818               the Jalview project rather than downloaded again when the
 819               project is reopened.
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 823               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 824               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 825                 Feature</strong>)
 826             </li>
 827           </ul>
 828           <em>Web Services</em>
 829           <ul>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 835               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 836               Analysis services
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 840               cross-references provided by identifiers.org and the
 841               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 842             </li>
 843           </ul>
 844
 845           <em>Scripting</em>
 846           <ul>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 849               identifying file formats (instead of String constants)
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 853               efficiency when counting all displayed features (not
 854               backwards compatible with 2.10.1)
 855             </li>
 856           </ul>
 857           <em>Example files</em>
 858           <ul>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 861               included in the example feature file
 862             </li>
 863           </ul>
 864           <em>Documentation</em>
 865           <ul>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 868               with the built-in Java help viewer
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 872               sequence description' option
 873             </li>
 874           </ul>
 875           <em>Test Suite</em>
 876           <ul>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 879               Uniprot REST Free Text Search Client
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 886               during tests
 887             </li>
 888           </ul>
 889         </div></td>
 890       <td><div align="left">
 891           <em>Calculations</em>
 892           <ul>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 895               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 896               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 897             </li>
 898             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 899               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 900               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 901               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 902               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 903               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 904               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 905               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 906               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 907               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 908               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 909               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 910               // for 2.10.1 mode <br />
 911               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 912               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 913                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 914                 calculations (not recommended)</em></li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 917               scaling of branch lengths for trees computed using
 918               Sequence Feature Similarity.
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 922               generating output report when working with highly
 923               redundant alignments
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 927               right of selected region when gaps present on right-hand
 928               boundary
 929             </li>
 930           </ul>
 931           <em>User Interface</em>
 932           <ul>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 935               doesn't reselect a specific sequence's associated
 936               annotation after it was used for colouring a view
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 940               opened on a region of alignment without groups
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 944               of an alignment with overlapping groups
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 948               name and description match
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 952               hidden regions results in incorrect hidden regions
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 956               changing colour does not apply Conservation slider value
 957               to all groups
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 961               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 965               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 969               gaps before start of features
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 973               restored to UI when feature colour is edited
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 977               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 981               as graduate feature colour settings are modified via the
 982               dialog box
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 986               when a group defined on the alignment is resized
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 990               wrapped view result in positional status updates
 991             </li>
 992
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 995               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 999               alignment included gapped columns
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1003               widgets don't permanently disappear
1004             </li>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1007               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1008               T-Coffee column reliability scores)
1009             </li>
1010             <li>
1011               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1012               sequence feature on gaps only
1013             </li>
1014             <li>
1015               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1016               button from a Find inherit previously defined feature type
1017               rather than the Find query string
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1021               exporting tree calculated in Jalview
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1025               and then revealing them reorders sequences on the
1026               alignment
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1030               doesn't update to reflect available set of groups after
1031               interactively adding or modifying features
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1035               Linux
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1039               only excluded gaps in current sequence and ignored
1040               selection.
1041             </li>
1042           </ul>
1043           <em>Rendering</em>
1044           <ul>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1047               erratically when hidden rows or columns are present
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1051               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1052               sequence colouring
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1056               colour and group colour menu for protein alignments
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1060               reflect currently selected view or group's shading
1061               thresholds
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1065               when rendered on overview and structures when opacity at
1066               100%
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1070               overview when features overlaid on alignment
1071             </li>
1072           </ul>
1073           <em>Data import/export</em>
1074           <ul>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1077               load
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1081               added after a sequence was imported are not written to
1082               Stockholm File
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1086               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1090               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1094               with lightGray or darkGray via features file (but can
1095               specify lightgray)
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1099               when alignment view imported from project
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1103               structure and sequences extracted from structure files
1104               imported via URL and viewed in Jmol
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1108               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1109               the project is loaded and the structure viewed
1110             </li>
1111           </ul>
1112           <em>Web Services</em>
1113           <ul>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1116               release of Ensembl v.88
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1120               appear enabled in Preferences->Connections
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1124               removed from console output
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1128               Ensembl by Peptide ID
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1132               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1133               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1134               due to 'null' string rather than empty string used for
1135               residues with no corresponding PDB mapping).
1136             </li>
1137           </ul>
1138           <em>Application UI</em>
1139           <ul>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1142               menu
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1146               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1147               new documentation and tooltips added)
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1151               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1155               new features are added to alignment
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1159               changes to feature colours via the Amend features dialog
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1163               edit graduated feature colour via amend features dialog
1164               box
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1168               selection menu changes colours of alignment views
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1172               from alignment calculation workers after alignment has
1173               been closed
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1177               groups now 'Create Group'
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1181               Create/Undefine group doesn't always work
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1185               shown again after pressing 'Cancel'
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1189               adjusts start position in wrap mode
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1193               ambiguous amino acids
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1197               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1198               proteins
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1202               Defined' don't appear in Colours menu
1203             </li>
1204           </ul>
1205           <em>Applet</em>
1206           <ul>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1209               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1213               overview or linked structure view
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1217               work (since 2.8)
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1221               user-defined colourscheme doesn't restore original
1222               colourscheme
1223             </li>
1224           </ul>
1225           <em>Test Suite</em>
1226           <ul>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1229               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1233               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1234               problems with deep array comparison equality asserts in
1235               successive versions of TestNG
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1239               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1240             </li>
1241           </ul>
1242           <em>New Known Issues</em>
1243           <ul>
1244             <li>
1245               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1246               phase after a sequence motif find operation
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1250               containing just upper and lower case letters are
1251               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1255               reliably from eggnog Ortholog database
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1259               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1260               to mark columns containing highlighted regions.
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1264               doesn't always add secondary structure annotation.
1265             </li>
1266           </ul>
1267         </div>
1268     <tr>
1269       <td width="60" nowrap>
1270         <div align="center">
1271           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1272         </div>
1273       </td>
1274       <td><div align="left">
1275           <em>General</em>
1276           <ul>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1279               for all consensus calculations
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1283               3rd Oct 2016)
1284             </li>
1285             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1286               for 2016-2017</li>
1287           </ul>
1288           <em>Application</em>
1289           <ul>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1292               set of database cross-references, sorted alphabetically
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1296               from database cross references. Users with custom links
1297               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1298                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1302               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1303               Chimera session
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1307               the Chimera it is connected to is shut down
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1311               columns menu item to mark columns containing highlighted
1312               regions (e.g. from structure selections or results of a
1313               Find operation)
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1317               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1318               MSAviewer
1319             </li>
1320           </ul>
1321         </div></td>
1322       <td>
1323         <div align="left">
1324           <em>General</em>
1325           <ul>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1328               are not coloured or thresholded according to percent
1329               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1333               hydrophobic
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1337               threshold, amino acid properties)
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1341               reported as mapped to residues in a structure file in the
1342               View Mapping report
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1346               could be added multiple times to a sequence
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1350               bond features shown as two highlighted residues rather
1351               than a range in linked structure views, and treated
1352               correctly when selecting and computing trees from features
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1356               cross-references are matched to database name regardless
1357               of case
1358             </li>
1359
1360           </ul>
1361           <em>Application</em>
1362           <ul>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1365               names without regular expressions also offer links from
1366               Sequence ID
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1370               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1371               update Jalview configuration
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1375               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1379               files with similarly named sequences if dropped onto the
1380               alignment
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1384               entries where more chains exist in the PDB accession than
1385               are reported in the SIFTS file
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1389               the structure view when displayed with Chimera
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1393               panel's View->Show Chains submenu
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1397               work for wrapped alignment views
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1401               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1405               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1406               first annotation row
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1410               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1414               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1415             </li>
1416             <!-- JAL-2319 -->
1417             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1418             coordindate data
1419             </li>
1420           </ul>
1421           <!--           <em>New Known Issues</em>
1422           <ul>
1423             <li></li>
1424           </ul> -->
1425         </div>
1426       </td>
1427     </tr>
1428     <td width="60" nowrap>
1429       <div align="center">
1430         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1431           <em>25/10/2016</em></strong>
1432       </div>
1433     </td>
1434     <td><em>Application</em>
1435       <ul>
1436         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1437           view if structures already loaded</li>
1438         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1439           structure views</li>
1440       </ul></td>
1441     <td>
1442       <div align="left">
1443         <em>General</em>
1444         <ul>
1445           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1446             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1447           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1448             example sequences/projects/trees</li>
1449         </ul>
1450         <em>Application</em>
1451         <ul>
1452           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1453             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1454           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1455             without timeout for structures with multiple models or
1456             multiple sequences in alignment</li>
1457           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1458             PDB ID HEADER line</li>
1459           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1460             is performed</li>
1461           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1462             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1463           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1464           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1465             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1466             option</li>
1467           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1468             is created on the alignment</li>
1469           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1470             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1471             pop-up menu</li>
1472         </ul>
1473         <em>Build and deployment</em>
1474         <ul>
1475           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1476             tags</li>
1477         </ul>
1478         <em>New Known Issues</em>
1479         <ul>
1480           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1481             on Windows</li>
1482         </ul>
1483       </div>
1484     </td>
1485     </tr>
1486     <tr>
1487       <td width="60" nowrap>
1488         <div align="center">
1489           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1490         </div>
1491       </td>
1492       <td><em>General</em>
1493         <ul>
1494           <li>
1495             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1496           </li>
1497           <li>
1498             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1499             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1500             better PDB parsing.
1501           </li>
1502           <li>
1503             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1504             reference sequence
1505           </li>
1506           <li>
1507             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1508             mousing over sequence associated annotation
1509           </li>
1510           <li>
1511             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1512             for manual entry
1513           </li>
1514           <li>
1515             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1516             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1517             for each column
1518           </li>
1519           <li>
1520             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1521             showing or hiding columns containing a feature
1522           </li>
1523           <li>
1524             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1525             group and sequence associated annotation labels
1526           </li>
1527           <li>
1528             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1529             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1530             dialogs
1531           </li>
1532
1533         </ul> <em>Application</em>
1534         <ul>
1535           <li>
1536             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1537             gene/transcript view
1538           </li>
1539           <li>
1540             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1541             dialog
1542           </li>
1543           <li>
1544             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1545             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1546           </li>
1547           <li>
1548             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1549             Pfam sources to xfam.org
1550           </li>
1551           <li>
1552             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1553           </li>
1554           <li>
1555             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1556             over sequences in Jalview
1557           </li>
1558           <li>
1559             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1560             regions in ENA and EMBL
1561           </li>
1562           <li>
1563             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1564             for record retrieval via ENA rest API
1565           </li>
1566           <li>
1567             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1568             complement operator
1569           </li>
1570           <li>
1571             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1572             groovy script execution
1573           </li>
1574           <li>
1575             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1576             alignment window's Calculate menu
1577           </li>
1578           <li>
1579             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1580             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1581           </li>
1582           <li>
1583             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1584             calculation workers from groovy scripts
1585           </li>
1586           <li>
1587             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1588             Jalview projects
1589           </li>
1590           <li>
1591             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1592             associations are now saved/restored from project
1593           </li>
1594           <li>
1595             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1596             before sequence fetcher is opened
1597           </li>
1598           <li>
1599             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1600             database chooser opens a sequence fetcher
1601           </li>
1602           <li>
1603             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1604             the UniProt REST API
1605           </li>
1606           <li>
1607             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1608             the news reader opening
1609           </li>
1610           <li>
1611             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1612             querying stored in preferences
1613           </li>
1614           <li>
1615             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1616             search results
1617           </li>
1618           <li>
1619             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1620           </li>
1621           <li>
1622             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1623             menu for nucleotide sequences
1624           </li>
1625           <li>
1626             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1627             and feature counts preserves alignment ordering (and
1628             debugged for complex feature sets).
1629           </li>
1630           <li>
1631             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1632             viewing structures with Jalview 2.10
1633           </li>
1634           <li>
1635             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1636             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1637             Ensembl Genomes REST API
1638           </li>
1639           <li>
1640             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1641             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1642             (Ensembl)
1643           </li>
1644           <li>
1645             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1646             sequences
1647           </li>
1648           <li>
1649             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1650             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1651             data from external database records.
1652           </li>
1653           <li>
1654             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1655             efficient recovery of sequence coding and alignment
1656             annotation relationships.
1657           </li>
1658         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1659         <ul>
1660           <li>
1661             -- JAL---
1662           </li>
1663         </ul> --></td>
1664       <td>
1665         <div align="left">
1666           <em>General</em>
1667           <ul>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1670               menu on OSX
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1674               includes graduated colourschemes
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1678               working with big alignments and lots of hidden columns
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1682               at right of alignment window
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1686               contents
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1690               for DNA alignments
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1694               based tree calculation
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1698               unconserved enabled for group on alignment
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1702               set as reference
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1706               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1707               annotation
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1711               hidden columns present
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1715               user created annotation added to alignment
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1719               '()' base pair annotation
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1723               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1724               Consensus
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1728               feature not working
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1732               beginning of sequence
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1736               entry 3a6s
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1740               from a tree when t-coffee scores are shown
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1744               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1748               some structures
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1752               to Clustal, PIR and PileUp output
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1756               not visible causes alignment window to repaint
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1760               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1761               scores associated with features and annotation rows
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1765               calculation should be case independent
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1769               columns
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1773               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1774               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1775             </li>
1776             <li>
1777               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1778               problems when reference sequence defined and 'show
1779               non-conserved' enabled
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1783               load even when Consensus calculation is disabled
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1787               alignment does nothing
1788             </li>
1789           </ul>
1790           <em>Application</em>
1791           <ul>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1794               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1795               yet fixed for El Capitan)
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1799               output when running on non-gb/us i18n platforms
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1803               hidden sequences as flat-file alignment
1804             </li>
1805             <li>
1806               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1807               launching Chimera
1808             </li>
1809             <li>
1810               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1811               (also hotfix for 2.9.0b2)
1812             </li>
1813             <li>
1814               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1815               reference sequence defined
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1819               alignments and views when revealing hidden columns
1820             </li>
1821             <li>
1822               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1823               view in a cDNA/Protein splitframe
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1827               sequence from project when only one sequence is
1828               represented
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1832               in Structure Chooser
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1836               structure consensus didn't refresh annotation panel
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1840               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1844               dialogs format columns correctly, don't display array
1845               data, sort columns according to type
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1849               file chooser is cancelled during an image export
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1853               sequence name containing special characters
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1857               case insensitive
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1861               formatting don't wrap
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1865               truncated so L looks like I in consensus annotation
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1869               currently displayed features for the current selection or
1870               view
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1874               after fetching cross-references, and restoring from
1875               project
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1879               followed in the structure viewer
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1883               splitframe not restored from project
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1887               trailing end of protein alignment in transcript/product
1888               splitview when pad-gaps not enabled by default
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1892               is case dependent
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1896               article has been read (reopened issue due to
1897               internationalisation problems)
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1901               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1902               cross-references
1903             </li>
1904
1905             <li>
1906               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1907               alignment as HTML
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1911               multiple structures are shown for one or more sequences.
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1915               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1916               is enabled.
1917             </li>
1918             <li>
1919               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1920               specific PDB id for sequence
1921             </li>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1924               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1925               columns' is disabled.
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1929               selects lowest rather than highest resolution structures
1930               for each sequence
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1934               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1938               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1942               after clicking on it to create new annotation for a
1943               column.
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1947               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1948             </li>
1949             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1950             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1951           </ul>
1952           <em>Applet</em>
1953           <ul>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1956               hidden columns present before start of sequence
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1960               (JSON jars)
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1964               sequences are hidden in applet
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1968               deployment on examples pages.
1969             </li>
1970           </ul>
1971         </div>
1972       </td>
1973     </tr>
1974     <tr>
1975       <td width="60" nowrap>
1976         <div align="center">
1977           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1978             <em>16/10/2015</em></strong>
1979         </div>
1980       </td>
1981       <td><em>General</em>
1982         <ul>
1983           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1984             jars</li>
1985         </ul></td>
1986       <td>
1987         <div align="left">
1988           <em>Application</em>
1989           <ul>
1990             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1991               shown when tree is partitioned</li>
1992             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1993               multiple cDNA/Protein split views</li>
1994           </ul>
1995         </div>
1996       </td>
1997     </tr>
1998     <tr>
1999       <td width="60" nowrap>
2000         <div align="center">
2001           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2002             <em>8/10/2015</em></strong>
2003         </div>
2004       </td>
2005       <td><em>General</em>
2006         <ul>
2007           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2008             2.9</li>
2009         </ul> <em>Application</em>
2010         <ul>
2011           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2012           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2013           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2014         </ul> <em>Applet</em>
2015         <ul>
2016           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2017         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2018         <ul>
2019           <li>
2020             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2021             suite
2022           </li>
2023         </ul></td>
2024       <td>
2025         <div align="left">
2026           <em>General</em>
2027           <ul>
2028             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2029               incorrect when sequence start > 1</li>
2030             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2031               documentation</li>
2032             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2033             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2034               loading a features file containing HTML tags in feature
2035               description</li>
2036
2037           </ul>
2038           <em>Application</em>
2039           <ul>
2040             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2041               reimport</li>
2042             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2043               with 'trim retrieved sequences'</li>
2044             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2045               deleting selected columns</li>
2046             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2047               JNLP templates for webstart launch</li>
2048             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2049               unreleased structures for download or viewing</li>
2050             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2051               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2052             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2053               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2054             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2055               recovered from jalview project</li>
2056             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2057               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2058               alignment view</li>
2059             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2060               color schemes from BioJSON</li>
2061           </ul>
2062           <em>Applet</em>
2063           <ul>
2064             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2065               frame</li>
2066             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2067           </ul>
2068         </div>
2069       </td>
2070     </tr>
2071     <tr>
2072       <td><div align="center">
2073           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2074         </div></td>
2075       <td><em>General</em>
2076         <ul>
2077           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2078             alignments:
2079             <ul>
2080               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2081                 and DNA alignment views</li>
2082               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2083                 cDNA alignment views</li>
2084               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2085                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2086               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2087                 protein sequences</li>
2088             </ul>
2089           </li>
2090           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2091           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2092             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2093           <li>New alignment annotation file statements for
2094             reference sequences and marking hidden columns</li>
2095           <li>Reference sequence based alignment shading to
2096             highlight variation</li>
2097           <li>Select or hide columns according to alignment
2098             annotation</li>
2099           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2100           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2101             acid conservation row</li>
2102           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2103         </ul> <em>Application</em>
2104         <ul>
2105           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2106             <ul>
2107               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2108                 view with cDNA/Protein</li>
2109               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2110                 sequences are placed in the same alignment</li>
2111               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2112                 projects</li>
2113             </ul>
2114           </li>
2115
2116           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2117           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2118             Jalview windows</li>
2119
2120           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2121           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2122           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2123             be shown in VARNA</li>
2124
2125           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2126             as the active selected region</li>
2127
2128           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2129             similarity</li>
2130           <li>New Export options
2131             <ul>
2132               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2133                 region export in flat file generation</li>
2134
2135               <li>Export alignment views for display with the <a
2136                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2137
2138               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2139               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2140                 alignment figures to HTML</li>
2141           </li>
2142           <li>3D structure retrieval and display
2143             <ul>
2144               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2145                 Search API</li>
2146               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2147                 PDB structures for a sequence set</li>
2148             </ul>
2149           </li>
2150
2151           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2152             predictions</li>
2153           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2154             for one or a group of sequences</li>
2155           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2156             from the JPred4 web server</li>
2157           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2158             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2159             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2160           </li>
2161           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2162             VARNA 2D Structure'</li>
2163           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2164             Structure ..."</li>
2165
2166         </ul> <em>Applet</em>
2167         <ul>
2168           <li>New layout for applet example pages</li>
2169           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2170             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2171           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2172             Protein alignments</li>
2173         </ul> <em>Development and deployment</em>
2174         <ul>
2175           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2176           <li>Include installation type and git revision in build
2177             properties and console log output</li>
2178           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2179             storing BioJsMSA Templates</li>
2180           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2181         </ul></td>
2182       <td>
2183         <!-- <em>General</em>
2184         <ul>
2185         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2186         <ul>
2187           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2188           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2189           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2190             predictions are not highlighted in amber</li>
2191           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2192             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2193           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2194             associated structure views</li>
2195           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2196             width checkbox not enabled</li>
2197           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2198             creating user defined colours</li>
2199           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2200             mappings for just that viewer's sequences</li>
2201           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2202             multiple models in Chimera</li>
2203           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2204             over Jmol structure</li>
2205           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2206             output to text box</li>
2207           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2208             have incorrect sequence start/end</li>
2209           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2210             Jalview fails</li>
2211           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2212             work for nucleotide</li>
2213           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2214             to a grey/invisible alignment window</li>
2215           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2216             imports to different position</li>
2217           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2218             on some platforms</li>
2219           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2220             populated</li>
2221           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2222             console if Chimera has been opened</li>
2223           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2224           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2225             retrieved</li>
2226           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2227           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2228             either sequence shows on first structure</li>
2229           <li>'Show annotations' options should not make
2230             non-positional annotations visible</li>
2231           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2232             in right place after 'view flanking regions'</li>
2233           <li>File Save As type unset when current file format is
2234             unknown</li>
2235           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2236             projects</li>
2237           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2238             responsive</li>
2239           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2240             several views on same alignment</li>
2241           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2242           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2243             spaces</li>
2244         </ul> <em>Applet</em>
2245         <ul>
2246           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2247           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2248             descriptions containing angle brackets</li>
2249         </ul> <em>General</em>
2250         <ul>
2251           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2252             via jalview annotation file</li>
2253           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2254             with RNA secondary structure</li>
2255           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2256             translation doesn't work.</li>
2257           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2258           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2259             positions</li>
2260           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2261             choosing 1pt font</li>
2262           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2263             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2264             'h'</li>
2265           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2266             new feature</li>
2267           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2268             order dependent</li>
2269           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2270             sequences</li>
2271           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2272         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2273         <ul>
2274           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2275             www.jalview.org</li>
2276         </ul> <em>Application Known issues</em>
2277         <ul>
2278           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2279           <li>Misleading message appears after trying to delete
2280             solid column.</li>
2281           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2282             version launches</li>
2283           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2284             fails with a sequence mismatch</li>
2285           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2286             scrolling alignment to right</li>
2287           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2288             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2289           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2290             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2291           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2292             ultra-high resolution</li>
2293           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2294             quality and conservation</li>
2295           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2296             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2297         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2298         <ul>
2299           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2300           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2301             window is being resized</li>
2302
2303         </ul>
2304       </td>
2305     </tr>
2306     <tr>
2307       <td><div align="center">
2308           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2309         </div></td>
2310       <td><em>General</em>
2311         <ul>
2312           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2313             Certum.PL.</li>
2314           <li>Features and annotation preserved when performing
2315             pairwise alignment</li>
2316           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2317             imported/exported/displayed</li>
2318           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2319             protein secondary structure</li>
2320           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2321               post-hoc with 2.9 release</em>)
2322           </li>
2323
2324         </ul> <em>Application</em>
2325         <ul>
2326           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2327             with 3D structures</li>
2328           <li>Support for parsing RNAML</li>
2329           <li>Annotations menu for layout
2330             <ul>
2331               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2332               <li>place sequence annotation above/below alignment
2333                 annotation</li>
2334             </ul>
2335           <li>Output in Stockholm format</li>
2336           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2337             translation</li>
2338           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2339           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2340             shared between alignments</li>
2341           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2342             Jalview</li>
2343           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2344             all or current selection</li>
2345           <li>disorder and secondary structure predictions
2346             available as dataset annotation</li>
2347           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2348
2349
2350           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2351             alignments from Rfam</li>
2352           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2353
2354           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2355             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2356           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2357           <li>include installation type in build properties and
2358             console log output</li>
2359           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2360             annotation</li>
2361         </ul></td>
2362       <td>
2363         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2364         <ul>
2365           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2366             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2367           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2368             alignment</li>
2369           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2370           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2371           <li>Double click on sequence associated annotation
2372             selects only first column</li>
2373           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2374             leaves shown in tree</li>
2375           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2376             properly</li>
2377           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2378           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2379             screen and buttons not visible</li>
2380           <li>author list isn't updated if already written to
2381             Jalview properties</li>
2382           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2383             from database</li>
2384           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2385           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2386             browser search window</li>
2387           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2388             in feature settings dialog</li>
2389           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2390             desktop</li>
2391           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2392             pass validation</li>
2393           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2394             fit on screen</li>
2395           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2396             tooltip</li>
2397           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2398             defined user preset</li>
2399           <li>MSA web services warns user if they were launched
2400             with invalid input</li>
2401           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2402             Java 8</li>
2403           <li>
2404             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2405             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2406             created
2407           </li>
2408
2409         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2410         <ul>
2411         </ul> <em>General</em>
2412         <ul>
2413         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2414         <ul>
2415           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2416             memory allocation</li>
2417           <li>launchApp service doesn't automatically open
2418             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2419           <li>
2420             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2421             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2422             1.7_055 is available
2423           </li>
2424         </ul> <em>Application Known issues</em>
2425         <ul>
2426           <li>
2427             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2428             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2429             alignment to right
2430           </li>
2431           <li>
2432             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2433             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2434             with large number of ID
2435           </li>
2436           <li>
2437             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2438             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2439             start/end
2440           </li>
2441           <li>
2442             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2443             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2444             structure tracks are rearranged
2445           </li>
2446           <li>
2447             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2448             invalid rna structure positional highlighting does not
2449             highlight position of invalid base pairs
2450           </li>
2451           <li>
2452             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2453             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2454             project from alignment window file menu
2455           </li>
2456           <li>
2457             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2458             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2459             structures
2460           </li>
2461           <li>
2462             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2463             colour by RNA Helices not enabled when user created
2464             annotation added to alignment
2465           </li>
2466           <li>
2467             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2468             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2469           </li>
2470         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2471         <ul>
2472           <li>
2473             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2474             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2475           </li>
2476           <li>
2477             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2478             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2479           </li>
2480
2481           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2482             when selected</li>
2483         </ul>
2484       </td>
2485     </tr>
2486     <tr>
2487       <td><div align="center">
2488           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2489         </div></td>
2490       <td>
2491         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2492         <em>General</em>
2493         <ul>
2494           <li>Internationalisation of user interface (usually
2495             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2496           <li>Define/Undefine group on current selection with
2497             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2498           <li>Improved group creation/removal options in
2499             alignment/sequence Popup menu</li>
2500           <li>Sensible precision for symbol distribution
2501             percentages shown in logo tooltip.</li>
2502           <li>Annotation panel height set according to amount of
2503             annotation when alignment first opened</li>
2504         </ul> <em>Application</em>
2505         <ul>
2506           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2507             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2508           <li>Select columns containing particular features from
2509             Feature Settings dialog</li>
2510           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2511             sequences</li>
2512           <li>Update Jalview project format:
2513             <ul>
2514               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2515               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2516                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2517               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2518                 colouring</li>
2519             </ul>
2520           </li>
2521           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2522             (PAM250)</li>
2523           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2524             flanking regions for an alignment</li>
2525         </ul>
2526       </td>
2527       <td>
2528         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2529         <ul>
2530           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2531             running after job is cancelled</li>
2532           <li>cannot export features from alignments imported from
2533             Jalview/VAMSAS projects</li>
2534           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2535             float values</li>
2536           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2537             have 'display all symbols' flag set</li>
2538           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2539             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2540           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2541             Jalview</li>
2542           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2543             Lion/Webstart</li>
2544           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2545           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2546           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2547             alignment onto desktop</li>
2548           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2549             'extract scores' function</li>
2550           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2551             alignment window</li>
2552           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2553             performing IUPred disorder prediction</li>
2554           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2555             changing 'normalise logo' display setting</li>
2556           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2557             nothing matches query</li>
2558           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2559             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2560           </li>
2561           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2562             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2563           </li>
2564           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2565             Jalview's menu</li>
2566           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2567             'invalid literal/length code'</li>
2568           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2569             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2570           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2571             colourscheme</li>
2572
2573         </ul> <em>Applet</em>
2574         <ul>
2575           <li>Remove group option is shown even when selection is
2576             not a group</li>
2577           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2578             don't affect groups</li>
2579           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2580             colourscheme name</li>
2581           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2582             Annotation panel is not displayed</li>
2583           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2584             embedded windows</li>
2585         </ul> <em>Other</em>
2586         <ul>
2587           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2588             single sequence were not calculated</li>
2589           <li>annotation files that contain only groups imported as
2590             annotation and junk sequences</li>
2591           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2592             recognised as PFAM or BLC</li>
2593           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2594             doesn't affect background (2.8.0b1)
2595           <li></li>
2596           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2597           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2598             trailing gaps</li>
2599           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2600             registered correctly on import</li>
2601           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2602             certain alignments</li>
2603           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2604             existing annotation based 'use original colours'
2605             colourscheme loses original colours setting</li>
2606         </ul>
2607       </td>
2608     </tr>
2609     <tr>
2610       <td><div align="center">
2611           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2612             <em>30/1/2014</em></strong>
2613         </div></td>
2614       <td>
2615         <ul>
2616           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2617             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2618             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2619             open source project).
2620           </li>
2621           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2622           <li>Output in Stockholm format</li>
2623           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2624           <li>Export/import group and sequence associated line
2625             graph thresholds</li>
2626           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2627             ambiguity codes</li>
2628           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2629             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2630             works</li>
2631           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2632         </ul> <em>Other improvements</em>
2633         <ul>
2634           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2635           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2636             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2637           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2638             files</li>
2639           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2640           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2641             link but no description</li>
2642           <li>Select primary source when selecting authority in
2643             database fetcher GUI</li>
2644           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2645             Jalview</li>
2646           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2647         </ul>
2648       </td>
2649       <td>
2650         <ul>
2651           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2652             displayed</li>
2653           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2654             secondary structure annotation line</li>
2655           <li>Sequence database accessions not imported when
2656             fetching alignments from Rfam</li>
2657           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2658             identical IDs</li>
2659           <li>View all structures does not always superpose
2660             structures</li>
2661           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2662             reflect user or preset settings</li>
2663           <li>Null pointer exceptions for some services without
2664             presets or adjustable parameters</li>
2665           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2666             discover PDB xRefs</li>
2667           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2668             features with DAS</li>
2669           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2670             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2671           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2672             residue follows a gap</li>
2673           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2674             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2675           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2676             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2677           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2678             annotation already exists on alignment</li>
2679           <li>oninit javascript function should be called after
2680             initialisation completes</li>
2681           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2682             alignment window display</li>
2683           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2684           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2685             to annotation file</li>
2686           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2687             groups created</li>
2688           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2689             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2690           <li>Pressing return several times causes Number Format
2691             exceptions in keyboard mode</li>
2692           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2693             correct partitions for input data</li>
2694           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2695           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2696           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2697           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2698             mode</li>
2699           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2700             changes one row&#39;s threshold</li>
2701           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2702             doesn&#39;t open</li>
2703           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2704             quality histograms</li>
2705         </ul>
2706       </td>
2707     </tr>
2708     <tr>
2709       <td><div align="center">
2710           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2711         </div></td>
2712       <td><em>Application</em>
2713         <ul>
2714           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2715             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2716           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2717             preferences</li>
2718           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2719             in Jalview alignment window</li>
2720           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2721             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2722           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2723             RNA and ambiguity codes</li>
2724
2725           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2726           <li>Support fetching and database reference look up
2727             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2728             refs')</li>
2729           <li>Jalview project improvements
2730             <ul>
2731               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2732                 flag for annotation</li>
2733               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2734                 alignment</li>
2735               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2736                 Jalview project</li>
2737
2738             </ul>
2739           </li>
2740           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2741           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2742             running</li>
2743           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2744           <li>visual indication that web service results are still
2745             being retrieved from server</li>
2746           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2747             starts up for first time</li>
2748           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2749             services</li>
2750           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2751             client library</li>
2752           <li>Examples directory and Groovy library included in
2753             InstallAnywhere distribution</li>
2754         </ul> <em>Applet</em>
2755         <ul>
2756           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2757             visualization applet example</li>
2758         </ul> <em>General</em>
2759         <ul>
2760           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2761           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2762             defaults</li>
2763           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2764             calculation</li>
2765           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2766             matrices
2767           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2768             in HTML</li>
2769           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2770             structure contacts</li>
2771           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2772           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2773           <li>Parse sequence associated secondary structure
2774             information in Stockholm files</li>
2775           <li>HTML Export database accessions and annotation
2776             information presented in tooltip for sequences</li>
2777           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2778             style RNA alignment files</li>
2779           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2780             alignment</li>
2781           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2782             shade each sequence according to its associated alignment
2783             annotation</li>
2784           <li>New Jalview Logo</li>
2785         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2786         <ul>
2787           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2788           <li>New Website!</li>
2789         </ul></td>
2790       <td><em>Application</em>
2791         <ul>
2792           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2793             wsdbfetch REST service</li>
2794           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2795           <li>Filetype associations not installed for webstart
2796             launch</li>
2797           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2798             job execution in full once it is complete</li>
2799           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2800             uploaded via ali_file parameter</li>
2801           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2802           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2803           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2804             submitted for prediction</li>
2805           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2806             desktop window</li>
2807           <li>Putting fractional value into integer text box in
2808             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2809           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2810             windows 7</li>
2811           <li>View all structures fails with exception shown in
2812             structure view</li>
2813           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2814             escaped in a platform independent way</li>
2815           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2816             using proxy</li>
2817           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2818             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2819           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2820             failure when java web start temporary file caching is
2821             disabled</li>
2822           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2823             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2824           <li>Errors during processing of command line arguments
2825             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2826           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2827             DAS sources in sequence fetcher</li>
2828           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2829             dialog is shown</li>
2830           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2831           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2832           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2833           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2834             on OSX Mountain Lion</li>
2835           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2836             sequences with alignment annotation are pasted into the
2837             alignment</li>
2838           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2839             when loaded from Jalview project</li>
2840           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2841           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2842             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2843           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2844             associated with all views</li>
2845           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2846             annotation rows to new window</li>
2847         </ul> <em>Applet</em>
2848         <ul>
2849           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2850             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2851           <li>loading features via javascript API automatically
2852             enables feature display</li>
2853           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2854             work</li>
2855         </ul> <em>General</em>
2856         <ul>
2857           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2858           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2859             and then deselected</li>
2860           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2861           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2862             coloured with clustalx</li>
2863           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2864             exceptions and redraw errors</li>
2865           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2866             reconfigured view</li>
2867           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2868             colour</li>
2869           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2870             for lots of labels</li>
2871         </ul>
2872     </tr>
2873     <tr>
2874       <td>
2875         <div align="center">
2876           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2877         </div>
2878       </td>
2879       <td><em>Application</em>
2880         <ul>
2881           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2882           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2883           <li>View/alignment association menu to enable user to
2884             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2885             its colours/correspondences from</li>
2886           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2887           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2888             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2889           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2890           <li>Annotation row column label formatting attributes
2891             stored in project file</li>
2892           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2893             rows preserved in Jalview project file</li>
2894           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2895             saved using Desktop window menu</li>
2896           <li>Visual indication that command line arguments are
2897             still being processed</li>
2898           <li>Groovy script execution from URL</li>
2899           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2900             preferences</li>
2901           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2902             alignment with sequences that have high similarity and
2903             matching IDs</li>
2904           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2905           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2906             structures in same window</li>
2907           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2908           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2909             analysis function in its own submenu</li>
2910         </ul> <em>Applet</em>
2911         <ul>
2912           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2913             groups</li>
2914           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2915           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2916           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2917           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2918           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2919             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2920           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2921           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2922             parameters are treated as such</li>
2923           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2924             <ul>
2925               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2926               <li>Javascript callbacks for
2927                 <ul>
2928                   <li>Applet initialisation</li>
2929                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2930                 </ul>
2931               </li>
2932               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2933                 functions</li>
2934               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2935               <li>javascript structure viewer harness to pass
2936                 messages between Jmol and Jalview when running as
2937                 distinct applets</li>
2938               <li>sortBy method</li>
2939               <li>Set of applet and application examples shipped
2940                 with documentation</li>
2941               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2942                 javascript message exchange</li>
2943             </ul>
2944         </ul> <em>General</em>
2945         <ul>
2946           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2947             multiple alignments</li>
2948           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2949           <li>User configurable link to enable redirects to a
2950             www.Jalview.org mirror</li>
2951           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2952           <li>Configurable newline string when writing alignment
2953             and other flat files</li>
2954           <li>Allow alignment annotation description lines to
2955             contain html tags</li>
2956         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2957         <ul>
2958           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2959             examples</li>
2960           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2961             using a web service before displaying the result in the
2962             Jalview desktop</li>
2963           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2964           <li>Ant target to publish example html files with applet
2965             archive</li>
2966           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2967           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2968         </ul></td>
2969       <td><em>Application</em>
2970         <ul>
2971           <li>User defined colourscheme throws exception when
2972             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2973           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2974             dialog for valid filename/format</li>
2975           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2976           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2977             P37173</li>
2978           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2979             which sequence is to be associated with the file</li>
2980           <li>Find All raises null pointer exception when query
2981             only matches sequence IDs</li>
2982           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2983           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2984             2.4 cannot be loaded</li>
2985           <li>Filetype associations not installed for webstart
2986             launch</li>
2987           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2988             with sequences in different alignments do not get coloured
2989             by their associated sequence</li>
2990           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2991             not preserved when project is loaded</li>
2992           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2993             stored in Jalview project</li>
2994           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2995             Jalview project</li>
2996           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2997           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2998             by conservation</li>
2999           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3000             created on new view</li>
3001           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3002             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3003           <li>Alignment quality not updated after alignment
3004             annotation row is hidden then shown</li>
3005           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3006             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3007           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3008             properly</li>
3009           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3010             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3011           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3012           <li>Structures imported from file and saved in project
3013             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3014           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3015             job execution in full once it is complete</li>
3016         </ul> <em>Applet</em>
3017         <ul>
3018           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3019             annotation rows are displayed</li>
3020           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3021             codebase</li>
3022           <li>View follows highlighting does not work for positions
3023             in sequences</li>
3024           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3025           <li>Export features raises exception when no features
3026             exist</li>
3027           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3028             for javascript api is modified when separator string
3029             provided as parameter</li>
3030           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3031             alignment with no existing selection</li>
3032           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3033             to applet&#39;s codebase</li>
3034           <li>Status bar not updated after finished searching and
3035             search wraps around to first result</li>
3036           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3037             several Jalview applets causes race conditions and memory
3038             leaks</li>
3039           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3040             not sent from Jmol in applet</li>
3041           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3042             applet API fatally hang browser</li>
3043         </ul> <em>General</em>
3044         <ul>
3045           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3046             position with wrapped view and hidden regions</li>
3047           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3048             with/without hidden columns</li>
3049           <li>Sequence length given in alignment properties window
3050             is off by 1</li>
3051           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3052             import PDB like structure files</li>
3053           <li>Positional search results are only highlighted
3054             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3055           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3056           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3057             given sequence position</li>
3058           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3059             output</li>
3060           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3061             from nucleotide chains correctly</li>
3062           <li>Structure colours not updated when tree partition
3063             changed in alignment</li>
3064           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3065             parsed in interleaved stockholm</li>
3066           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3067             state</li>
3068           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3069             properly</li>
3070           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3071             properly associated with their pdb files</li>
3072         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3073         <ul>
3074           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3075             ApplyCopyright tool</li>
3076         </ul></td>
3077     </tr>
3078     <tr>
3079       <td>
3080         <div align="center">
3081           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3082         </div>
3083       </td>
3084       <td><em>Application</em>
3085         <ul>
3086           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3087             contact web services</li>
3088           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3089             service job window</li>
3090           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3091         </ul></td>
3092       <td>
3093         <ul>
3094           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3095             pir file emitted by Jalview</li>
3096           <li>Existing feature settings transferred to new
3097             alignment view created from cut'n'paste</li>
3098           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3099             parsing PDB files</li>
3100           <li>Consensus and conservation annotation rows
3101             occasionally become blank for all new windows</li>
3102           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3103             in wrapped view mode</li>
3104         </ul> <em>Application</em>
3105         <ul>
3106           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3107             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3108           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3109             parameter names</li>
3110           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3111             is down</li>
3112         </ul>
3113       </td>
3114     </tr>
3115     <tr>
3116       <td>
3117         <div align="center">
3118           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3119         </div>
3120       </td>
3121       <td><em>Application</em>
3122         <ul>
3123           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3124             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3125             (JABAWS)
3126           </li>
3127           <li>Web Services preference tab</li>
3128           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3129             preferences</li>
3130           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3131           <li>Superpose structures using associated sequence
3132             alignment</li>
3133           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3134             viewer</li>
3135         </ul> <em>Applet</em>
3136         <ul>
3137           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3138             link out mechanism</li>
3139         </ul> <em>Other</em>
3140         <ul>
3141           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3142             series 12</li>
3143           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3144             require Java 1.5</li>
3145           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3146             sequence annotation files</li>
3147           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3148             type colour specification</li>
3149           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3150             script to check if it being run in an interactive session or
3151             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3152         </ul></td>
3153       <td>
3154         <ul>
3155           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3156             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3157         </ul> <em>Application</em>
3158         <ul>
3159           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3160             selected Regions menu item</li>
3161           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3162             part of a valid accession ID</li>
3163           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3164             runs out of memory</li>
3165           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3166             analysis results</li>
3167           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3168             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3169           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3170         </ul> <em>Applet</em>
3171         <ul>
3172           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3173             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3174             defined.</li>
3175         </ul>
3176       </td>
3177     </tr>
3178     <tr>
3179       <td>
3180         <div align="center">
3181           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3182         </div>
3183       </td>
3184       <td></td>
3185       <td>
3186         <ul>
3187           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3188             sequence IDs</li>
3189           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3190             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3191           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3192             import correctly</li>
3193           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3194             number of columns are hidden</li>
3195           <li>annotation label popup menu not providing correct
3196             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3197             present</li>
3198           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3199             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3200           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3201             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3202
3203         </ul> <em>Applet</em>
3204         <ul>
3205           <li>annotation panel disappears when annotation is
3206             hidden/removed</li>
3207         </ul> <em>Application</em>
3208         <ul>
3209           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3210             alignment opened where annotation panel is visible but no
3211             annotations are present on alignment</li>
3212           <li>pasted region containing hidden columns is
3213             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3214           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3215             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3216           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3217             selected Rregions menu item.</li>
3218           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3219             'Un' or 'Non'conserved</li>
3220           <li>Sequence feature settings are being shared by
3221             multiple distinct alignments</li>
3222           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3223             changed</li>
3224           <li>double click on group annotation to select sequences
3225             does not propagate to associated trees</li>
3226           <li>Mac OSX specific issues:
3227             <ul>
3228               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3229                 window background</li>
3230               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3231                 name set correctly</li>
3232               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3233                 save feature colourscheme button</li>
3234             </ul>
3235           </li>
3236         </ul>
3237       </td>
3238     </tr>
3239     <tr>
3240
3241       <td>
3242         <div align="center">
3243           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3244         </div>
3245       </td>
3246       <td><em>New Capabilities</em>
3247         <ul>
3248           <li>URL links generated from description line for
3249             regular-expression based URL links (applet and application)
3250
3251           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3252             menu</li>
3253           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3254             structures</li>
3255           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3256             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3257           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3258             average score or total feature count for each sequence.</li>
3259           <li>Shading features by score or associated description</li>
3260           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3261             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3262           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3263             hide everything but the currently selected region.</li>
3264           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3265         </ul> <em>Application</em>
3266         <ul>
3267           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3268             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3269           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3270             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3271           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3272             database references and protein_name is parsed as
3273             description line (BioSapiens terms).</li>
3274           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3275             references in sequence ID tooltip from View menu in
3276             application.</li>
3277           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3278       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3279           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3280             conservation plots</li>
3281           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3282             and visualized as sequence logos</li>
3283           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3284             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3285           </li>
3286           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3287             when a new tree is opened.</li>
3288           <li>Jalview Java Console</li>
3289           <li>Better placement of desktop window when moving
3290             between different screens.</li>
3291           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3292             consensus annotation</li>
3293           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3294             Workflows</li>
3295           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3296             <ul>
3297               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3298                 used to preserve views, structures, and tree display
3299                 settings)</li>
3300               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3301                 command line</li>
3302               <li>Sharing of selected regions between views and
3303                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3304               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3305             </ul></li>
3306         </ul> <em>Applet</em>
3307         <ul>
3308           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3309           <li>New Parameters
3310             <ul>
3311               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3312                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3313                 opened.</li>
3314               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3315                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3316               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3317                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3318               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3319                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3320                 view</li>
3321               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3322                 increase the height or width of a cell in the alignment
3323                 grid relative to the current font size.</li>
3324             </ul>
3325           </li>
3326           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3327             tooltip</li>
3328         </ul> <em>Other</em>
3329         <ul>
3330           <li>Features format: graduated colour definitions and
3331             specification of feature scores</li>
3332           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3333             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3334             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3335           <li>XML formats extended to support graduated feature
3336             colourschemes, group associated annotation, and profile
3337             visualization settings.</li></td>
3338       <td>
3339         <ul>
3340           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3341             rather than description</li>
3342           <li>Non-positional features are now included in sequence
3343             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3344             visibility in tooltip).</li>
3345           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3346           <li>Added URL embedding instructions to features file
3347             documentation.</li>
3348           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3349             'X' in peptide product</li>
3350           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3351             sequence ID and sequence string and query strings do not
3352             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3353           <li>AMSA files only contain first column of
3354             multi-character column annotation labels</li>
3355           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3356             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3357             exported and re-imported)</li>
3358           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3359             name</li>
3360           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3361             as subsequence matches, and correctly reports total number
3362             of both.</li>
3363           <li>Application:
3364             <ul>
3365               <li>Better handling of exceptions during sequence
3366                 retrieval</li>
3367               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3368                 link text excludes the start_end suffix</li>
3369               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3370                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3371               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3372               <li>Sequence description lines properly shared via
3373                 VAMSAS</li>
3374               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3375                 data sources</li>
3376               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3377                 completes before alignment figures are generated.</li>
3378               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3379                 first time.</li>
3380               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3381                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3382               <li>User defined group colours properly recovered
3383                 from Jalview projects.</li>
3384             </ul>
3385           </li>
3386         </ul>
3387       </td>
3388
3389     </tr>
3390     <tr>
3391       <td>
3392         <div align="center">
3393           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3394         </div>
3395       </td>
3396       <td>
3397         <ul>
3398           <li>Experimental support for google analytics usage
3399             tracking.</li>
3400           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3401         </ul>
3402       </td>
3403       <td>
3404         <ul>
3405           <li>Race condition in applet preventing startup in
3406             jre1.6.0u12+.</li>
3407           <li>Exception when feature created from selection beyond
3408             length of sequence.</li>
3409           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3410           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3411             all sequences with a given id</li>
3412           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3413             ID string searches</li>
3414           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3415             alignment to fail with exception</li>
3416         </ul> <em>Application Issues</em>
3417         <ul>
3418           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3419           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3420             data sources</li>
3421         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3422         <ul>
3423           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3424             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3425           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3426             version (java class versioning error fixed)</li>
3427         </ul>
3428       </td>
3429     </tr>
3430     <tr>
3431       <td>
3432
3433         <div align="center">
3434           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3435         </div>
3436       </td>
3437       <td><em>User Interface</em>
3438         <ul>
3439           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3440             translation and protein products</li>
3441           <li>Linked highlighting of structure associated with
3442             residue mapping to codon position</li>
3443           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3444             and 'clear' button</li>
3445           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3446             Tools menu</li>
3447           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3448             numeric data in description line</li>
3449           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3450           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3451             of sequence</li>
3452         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3453         <ul>
3454           <li>JPred3 web service</li>
3455           <li>Prototype sequence search client (no public services
3456             available yet)</li>
3457           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3458             PFAM</li>
3459           <li>URL Links created for matching database cross
3460             references as well as sequence ID</li>
3461           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3462         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3463         <ul>
3464           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3465             databases</li>
3466           <li>Generalised database reference retrieval and
3467             validation to all fetchable databases</li>
3468           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3469             sequence command</li>
3470         </ul> <em>Import and Export</em>
3471         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3472         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3473           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3474         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3475           File</li>
3476         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3477           triplet as name of colourscheme</li>
3478         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3479         <ul>
3480           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3481           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3482             alignments (experimental)</li>
3483           <li>Create new or select existing session to join</li>
3484           <li>load and save of vamsas documents</li>
3485         </ul> <em>Application command line</em>
3486         <ul>
3487           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3488             from applet)</li>
3489           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3490             of DAS servers to query for alignment features</li>
3491           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3492             that are also automatically queried for features</li>
3493           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3494             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3495         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3496         <ul>
3497           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3498             application (when using &quot;View in full
3499             application&quot;)</li>
3500         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3501         <ul>
3502           <li>feature group display control parameter</li>
3503           <li>debug parameter</li>
3504           <li>showbutton parameter</li>
3505         </ul> <em>Applet API methods</em>
3506         <ul>
3507           <li>newView public method</li>
3508           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3509           <li>Feature display control methods</li>
3510           <li>get list of currently selected sequences</li>
3511         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3512         <ul>
3513           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3514           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3515             Jalview release.</li>
3516           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3517             property controls execution of obfuscator</li>
3518           <li>Build target for generating source distribution</li>
3519           <li>Debug flag for javacc</li>
3520           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3521             jalview.bin.Cache</li>
3522           <li>Continuous Build Integration for stable and
3523             development version of Application, Applet and source
3524             distribution</li>
3525         </ul></td>
3526       <td>
3527         <ul>
3528           <li>selected region output includes visible annotations
3529             (for certain formats)</li>
3530           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3531             for editing</li>
3532           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3533           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3534           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3535           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3536             comments</li>
3537           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3538             filenames containing a ':'</li>
3539           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3540             global sequence features</li>
3541           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3542             references from alignment sequences goes to zero</li>
3543           <li>Close of tree branch colour box without colour
3544             selection causes cascading exceptions</li>
3545           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3546           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3547             file parsing fails.</li>
3548           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3549           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3550             not a valid output format</li>
3551           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3552             vamsas</li>
3553           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3554           <li>error messages passed up and output when data read
3555             fails</li>
3556           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3557             sequence is edited</li>
3558           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3559             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3560           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3561             filetype</li>
3562           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3563             import fixed for PFAM records</li>
3564           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3565             window list</li>
3566           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3567             can be read and written correctly to annotation file</li>
3568           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3569             correctly</li>
3570           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3571             non-italic font for representatives in Applet</li>
3572           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3573             Macs.</li>
3574           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3575             Applet)</li>
3576           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3577             due to null pointer exceptions</li>
3578           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3579             first column of alignment</li>
3580           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3581             July 2008</li>
3582           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3583             file is case-insensitive</li>
3584           <li>Sequence features read from Features file appended to
3585             all sequences with matching IDs</li>
3586           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3587             containing a sub-sequence</li>
3588           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3589           <li>feature and annotation file applet parameters
3590             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3591           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3592           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3593             splash-screen version check to complete</li>
3594           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3595             when passing them to the launchApp service</li>
3596           <li>display name and local features preserved in results
3597             retrieved from web service</li>
3598           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3599             sequence fetcher initialisation</li>
3600           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3601             dasobert DAS client</li>
3602           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3603             association</li>
3604           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3605             sequences
3606           </li>
3607         </ul>
3608       </td>
3609     </tr>
3610     <tr>
3611       <td>
3612         <div align="center">
3613           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3614         </div>
3615       </td>
3616       <td>
3617         <ul>
3618           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3619           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3620           <li>Slide sequences</li>
3621           <li>Edit sequence in place</li>
3622           <li>EMBL CDS features</li>
3623           <li>DAS Feature mapping</li>
3624           <li>Feature ordering</li>
3625           <li>Alignment Properties</li>
3626           <li>Annotation Scores</li>
3627           <li>Sort by scores</li>
3628           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3629         </ul>
3630       </td>
3631       <td>
3632         <ul>
3633           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3634           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3635           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3636           <li>Feature group display state in XML</li>
3637           <li>Feature ordering in XML</li>
3638           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3639           <li>Stockholm alignment properties</li>
3640           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3641           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3642           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3643           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3644         </ul>
3645       </td>
3646
3647     </tr>
3648     <tr>
3649       <td>
3650         <div align="center">
3651           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3652         </div>
3653       </td>
3654       <td>
3655         <ul>
3656           <li>Non standard characters can be read and displayed
3657           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3658             applet via textbox
3659           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3660             name &amp; description
3661           <li>Preference setting to display sequence name in
3662             italics
3663           <li>Annotation file format extended to allow
3664             Sequence_groups to be defined
3665           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3666             specified in preferences
3667           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3668             sequences
3669         </ul>
3670       </td>
3671       <td>
3672         <ul>
3673           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3674             installed
3675           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3676           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3677         </ul>
3678       </td>
3679     </tr>
3680     <tr>
3681       <td>
3682         <div align="center">
3683           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3684         </div>
3685       </td>
3686       <td>
3687         <ul>
3688           <li>Multiple views on alignment
3689           <li>Sequence feature editing
3690           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3691           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3692           <li>Background dependent text colour
3693           <li>Right align sequence ids
3694           <li>User-defined lower case residue colours
3695           <li>Format Menu
3696           <li>Select Menu
3697           <li>Menu item accelerator keys
3698           <li>Control-V pastes to current alignment
3699           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3700           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3701           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3702
3703           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3704         </ul>
3705       </td>
3706       <td>
3707         <ul>
3708           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3709           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3710             calculations
3711           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3712             edits
3713           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3714             of alignment)
3715           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3716
3717           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3718             display correctly
3719           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3720           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3721             analysis results
3722           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3723             &#8739;
3724           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3725           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3726           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3727
3728         </ul>
3729       </td>
3730     </tr>
3731     <tr>
3732       <td>
3733         <div align="center">
3734           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3735         </div>
3736       </td>
3737       <td>
3738         <ul>
3739           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3740         </ul>
3741       </td>
3742       <td>
3743         <ul>
3744           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3745             sequence id panel has been resized</li>
3746           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3747             rendered</li>
3748           <li>Annotation files with sequence references - all
3749             elements in file are relative to sequence position</li>
3750           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3751         </ul>
3752       </td>
3753     </tr>
3754     <tr>
3755       <td>
3756         <div align="center">
3757           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3758         </div>
3759       </td>
3760       <td>
3761         <ul>
3762           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3763           <li>DAS Feature fetching</li>
3764           <li>Hide sequences and columns</li>
3765           <li>Export Annotations and Features</li>
3766           <li>GFF file reading / writing</li>
3767           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3768             files</li>
3769           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3770           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3771           <li>Applet can launch the full application</li>
3772           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3773             required)</li>
3774           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3775           <li>Applet can load sequences from parameter
3776             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3777           </li>
3778         </ul>
3779       </td>
3780       <td>
3781         <ul>
3782           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3783           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3784           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3785         </ul>
3786       </td>
3787     </tr>
3788     <tr>
3789       <td>
3790         <div align="center">
3791           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3792         </div>
3793       </td>
3794       <td>
3795         <ul>
3796           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3797           <li>Choose to match case when searching</li>
3798           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3799             expand the visible width and height of the alignment</li>
3800         </ul>
3801       </td>
3802       <td>
3803         <ul>
3804           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3805         </ul>
3806       </td>
3807     </tr>
3808     <tr>
3809       <td>
3810         <div align="center">
3811           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3812         </div>
3813       </td>
3814       <td>&nbsp;</td>
3815       <td>
3816         <ul>
3817           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3818           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3819             value</li>
3820         </ul>
3821       </td>
3822     </tr>
3823     <tr>
3824       <td>
3825         <div align="center">
3826           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3827         </div>
3828       </td>
3829       <td>
3830         <ul>
3831           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3832           <li>Keyboard editing</li>
3833           <li>Create sequence features from searches</li>
3834           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3835             alignments</li>
3836           <li>Features file allows grouping of features</li>
3837           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3838           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3839           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3840         </ul>
3841       </td>
3842       <td>
3843         <ul>
3844           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3845           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3846             descriptions saved.</li>
3847         </ul>
3848       </td>
3849     </tr>
3850     <tr>
3851       <td>
3852         <div align="center">
3853           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3854         </div>
3855       </td>
3856       <td>
3857         <ul>
3858           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3859           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3860           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3861             name for file output</li>
3862           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3863           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3864             used for HTML form input</li>
3865         </ul>
3866       </td>
3867       <td>
3868         <ul>
3869           <li>HTML output writes groups and features</li>
3870           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3871           <li>File IO bugs</li>
3872         </ul>
3873       </td>
3874     </tr>
3875     <tr>
3876       <td>
3877         <div align="center">
3878           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3879         </div>
3880       </td>
3881       <td>
3882         <ul>
3883           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3884           <li>More options for PCA viewer</li>
3885         </ul>
3886       </td>
3887       <td>
3888         <ul>
3889           <li>GUI bugs resolved</li>
3890           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3891         </ul>
3892       </td>
3893     </tr>
3894     <tr>
3895       <td height="63">
3896         <div align="center">
3897           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3898         </div>
3899       </td>
3900       <td>
3901         <ul>
3902           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3903           <li>Jar files are executable</li>
3904           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3905         </ul>
3906       </td>
3907       <td>
3908         <ul>
3909           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3910           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3911           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3912         </ul>
3913       </td>
3914     </tr>
3915     <tr>
3916       <td>
3917         <div align="center">
3918           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3919         </div>
3920       </td>
3921       <td>
3922         <ul>
3923           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3924         </ul>
3925       </td>
3926       <td>
3927         <ul>
3928           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3929         </ul>
3930       </td>
3931     </tr>
3932     <tr>
3933       <td>
3934         <div align="center">
3935           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3936         </div>
3937       </td>
3938       <td>
3939         <ul>
3940           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3941             size</li>
3942         </ul>
3943       </td>
3944       <td>
3945         <ul>
3946           <li>Improved JPred client reliability</li>
3947           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3948         </ul>
3949       </td>
3950     </tr>
3951     <tr>
3952       <td>
3953         <div align="center">
3954           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3955         </div>
3956       </td>
3957       <td>
3958         <ul>
3959           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3960           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3961           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3962             to Colour Menu</li>
3963           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3964           <li>Unix users can set default web browser</li>
3965           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3966           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3967         </ul>
3968       </td>
3969       <td>
3970         <ul>
3971           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3972         </ul>
3973       </td>
3974     </tr>
3975     <tr>
3976       <td>
3977         <div align="center">
3978           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3979         </div>
3980       </td>
3981       <td>&nbsp;</td>
3982       <td>
3983         <ul>
3984           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3985             alignment order.</li>
3986         </ul>
3987       </td>
3988     </tr>
3989     <tr>
3990       <td>
3991         <div align="center">
3992           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3993         </div>
3994       </td>
3995       <td>
3996         <ul>
3997           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3998           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3999           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4000             annotations.</li>
4001           <li>Version and build date written to build properties
4002             file.</li>
4003           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4004             at launch of Jalview.</li>
4005         </ul>
4006       </td>
4007       <td>
4008         <ul>
4009           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4010           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4011           <li>Can remove groups one by one.</li>
4012           <li>Filechooser icons installed.</li>
4013           <li>Finder ignores return character when searching.
4014             Return key will initiate a search.<br>
4015           </li>
4016         </ul>
4017       </td>
4018     </tr>
4019     <tr>
4020       <td>
4021         <div align="center">
4022           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4023         </div>
4024       </td>
4025       <td>
4026         <ul>
4027           <li>New codebase</li>
4028         </ul>
4029       </td>
4030       <td>&nbsp;</td>
4031     </tr>
4032   </table>
4033   <p>&nbsp;</p>
4034 </body>
4035 </html>