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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>04/10/2016</em></strong>
  51         </div>
  52       </td>
  53       <td><em>General</em>
  54         <ul>
  55           <li>
  56             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
  57             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
  58             better PDB parsing.
  59           </li>
  60           <li>
  61             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
  62             reference sequence
  63           </li>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
  66             mousing over sequence associated annotation
  67           </li>
  68           <li>
  69             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
  70             for manual entry
  71           </li>
  72           <li>
  73             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
  74             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
  75             for each column
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
  79             showing or hiding columns containing a feature
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
  83             group and sequence associated annotation labels
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
  87             select/hide columns by annotation and colour by annotation
  88             dialogs
  89           </li>
  90
  91         </ul> <em>Application</em>
  92         <ul>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
  95             gene/transcript view
  96           </li>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
  99             dialog
 100           </li>
 101           <li>
 102             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 103             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 104           </li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 107             Pfam sources to xfam.org
 108           </li>
 109           <li>
 110             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 111           </li>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 114             over sequences in Jalview
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 118             regions in ENA and EMBL
 119           </li>
 120           <li>
 121             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 122             for record retrieval via ENA rest API
 123           </li>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 126             complement operator
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 130             groovy script execution
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 134             alignment window's Calculate menu
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 138             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 139           </li>
 140           <li>
 141             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 142             calculation workers from groovy scripts
 143           </li>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 146             Jalview projects
 147           </li>
 148           <li>
 149             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 150             associations are now saved/restored from project
 151           </li>
 152           <li>
 153             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 154             before sequence fetcher is opened
 155           </li>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 158             database chooser opens a sequence fetcher
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 162             the UniProt REST API
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 166             the news reader opening
 167           </li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 170             querying stored in preferences
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 174             search results
 175           </li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 178           </li>
 179           <li>
 180             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 181             menu for nucleotide sequences
 182           </li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 185             and feature counts preserves alignment ordering (and
 186             debugged for complex feature sets).
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 190             viewing structures with Jalview 2.10
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 194             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 195             Ensembl Genomes REST API
 196           </li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 199             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 200             (Ensembl)
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 204             sequences
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 208             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 209             data from external database records.
 210           </li>
 211
 212         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 213         <ul>
 214           <li>
 215             -- JAL---
 216           </li>
 217         </ul> --></td>
 218       <td>
 219         <div align="left">
 220           <em>General</em>
 221           <ul>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 224               menu on OSX
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 228               includes graduated colourschemes
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 232               working with big alignments and lots of hidden columns
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 236               at right of alignment window
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 240               contents
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 244               for DNA alignments
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 248               based tree calculation
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 252               unconserved enabled for group on alignment
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 256               set as reference
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 260               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 261               annotation
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 265               hidden columns present
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 269               user created annotation added to alignment
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 273               '()' base pair annotation
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 277               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 278               Consensus
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 282               feature not working
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 286               beginning of sequence
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 290               entry 3a6s
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 294               from a tree when t-coffee scores are shown
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 298               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 302               some structures
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 306               to Clustal, PIR and PileUp output
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 310               not visible causes alignment window to repaint
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 314               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 315               scores associated with features and annotation rows
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 319               calculation should be case independent
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 323               columns
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 327               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 328               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 332               problems when reference sequence defined and 'show
 333               non-conserved' enabled
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 337               load even when Consensus calculation is disabled
 338             </li>
 339           </ul>
 340           <em>Application</em>
 341           <ul>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 344               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 345               yet fixed for El Capitan)
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 349               output when running on non-gb/us i18n platforms
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 353               hidden sequences as flat-file alignment
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 357               launching Chimera
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 361               (also hotfix for 2.9.0b2)
 362             </li>
 363             <li>
 364               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 365               reference sequence defined
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 369               alignments and views when revealing hidden columns
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 373               view in a cDNA/Protein splitframe
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 377               sequence from project when only one sequence is
 378               represented
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 382               in Structure Chooser
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 386               structure consensus didn't refresh annotation panel
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 390               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 394               dialogs format columns correctly, don't display array
 395               data, sort columns according to type
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 399               file chooser is cancelled during an image export
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 403               sequence name containing special characters
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 407               case insensitive
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 411               formatting don't wrap
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 415               truncated so L looks like I in consensus annotation
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 419               currently displayed features for the current selection or
 420               view
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 424               after fetching cross-references
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 428               followed in the structure viewer
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 432               splitframe not restored from project
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 436               trailing end of protein alignment in transcript/product
 437               splitview when pad-gaps not enabled by default
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 441               is case dependent
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 445               article has been read (reopened issue due to
 446               internationalisation problems)
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 450               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 451               cross-references
 452             </li>
 453
 454             <li>
 455               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 456               alignment as HTML
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 460               multiple structures are shown for one or more sequences.
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 464               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 465               is enabled.
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 469               specific PDB id for sequence
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 473               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 474               columns' is disabled.
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 478               selects lowest rather than highest resolution structures
 479               for each sequence
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 483               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 484             </li>
 485             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 486             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 487           </ul>
 488           <em>Applet</em>
 489           <ul>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 492               hidden columns present before start of sequence
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 496               (JSON jars)
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 500               sequences are hidden in applet
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 504               deployment on examples pages.
 505             </li>
 506           </ul>
 507         </div>
 508       </td>
 509     </tr>
 510     <tr>
 511       <td width="60" nowrap>
 512         <div align="center">
 513           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 514             <em>16/10/2015</em></strong>
 515         </div>
 516       </td>
 517       <td><em>General</em>
 518         <ul>
 519           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 520             jars</li>
 521         </ul></td>
 522       <td>
 523         <div align="left">
 524           <em>Application</em>
 525           <ul>
 526             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 527               shown when tree is partitioned</li>
 528             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 529               multiple cDNA/Protein split views</li>
 530           </ul>
 531         </div>
 532       </td>
 533     </tr>
 534     <tr>
 535       <td width="60" nowrap>
 536         <div align="center">
 537           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 538             <em>8/10/2015</em></strong>
 539         </div>
 540       </td>
 541       <td><em>General</em>
 542         <ul>
 543           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 544             2.9</li>
 545         </ul> <em>Application</em>
 546         <ul>
 547           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 548           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 549           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 550         </ul> <em>Applet</em>
 551         <ul>
 552           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 553         </ul></td>
 554       <td>
 555         <div align="left">
 556           <em>General</em>
 557           <ul>
 558             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 559               incorrect when sequence start > 1</li>
 560             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 561               documentation</li>
 562             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 563             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 564               loading a features file containing HTML tags in feature
 565               description</li>
 566
 567           </ul>
 568           <em>Application</em>
 569           <ul>
 570             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 571               reimport</li>
 572             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 573               with 'trim retrieved sequences'</li>
 574             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 575               deleting selected columns</li>
 576             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 577               JNLP templates for webstart launch</li>
 578             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 579               unreleased structures for download or viewing</li>
 580             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 581               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 582             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 583               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 584             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 585               recovered from jalview project</li>
 586             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 587               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 588               alignment view</li>
 589             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 590               color schemes from BioJSON</li>
 591           </ul>
 592           <em>Applet</em>
 593           <ul>
 594             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 595               frame</li>
 596             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 597           </ul>
 598         </div>
 599       </td>
 600     </tr>
 601     <tr>
 602       <td><div align="center">
 603           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 604         </div></td>
 605       <td><em>General</em>
 606         <ul>
 607           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 608             alignments:
 609             <ul>
 610               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 611                 and DNA alignment views</li>
 612               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 613                 cDNA alignment views</li>
 614               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 615                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 616               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 617                 protein sequences</li>
 618             </ul>
 619           </li>
 620           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 621           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 622             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 623           <li>New alignment annotation file statements for
 624             reference sequences and marking hidden columns</li>
 625           <li>Reference sequence based alignment shading to
 626             highlight variation</li>
 627           <li>Select or hide columns according to alignment
 628             annotation</li>
 629           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 630           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 631             acid conservation row</li>
 632           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 633         </ul> <em>Application</em>
 634         <ul>
 635           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 636             <ul>
 637               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 638                 view with cDNA/Protein</li>
 639               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 640                 sequences are placed in the same alignment</li>
 641               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 642                 projects</li>
 643             </ul>
 644           </li>
 645
 646           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 647           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 648             Jalview windows</li>
 649
 650           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 651           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 652           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 653             be shown in VARNA</li>
 654
 655           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 656             as the active selected region</li>
 657
 658           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 659             similarity</li>
 660           <li>New Export options
 661             <ul>
 662               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 663                 region export in flat file generation</li>
 664
 665               <li>Export alignment views for display with the <a
 666                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 667
 668               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 669               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 670                 alignment figures to HTML</li>
 671           </li>
 672           <li>3D structure retrieval and display
 673             <ul>
 674               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 675                 Search API</li>
 676               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 677                 PDB structures for a sequence set</li>
 678             </ul>
 679           </li>
 680
 681           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 682             predictions</li>
 683           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 684             for one or a group of sequences</li>
 685           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 686             from the JPred4 web server</li>
 687           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 688             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 689             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 690           </li>
 691           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 692             VARNA 2D Structure'</li>
 693           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 694             Structure ..."</li>
 695
 696         </ul> <em>Applet</em>
 697         <ul>
 698           <li>New layout for applet example pages</li>
 699           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 700             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 701           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 702             Protein alignments</li>
 703         </ul> <em>Development and deployment</em>
 704         <ul>
 705           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 706           <li>Include installation type and git revision in build
 707             properties and console log output</li>
 708           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 709             storing BioJsMSA Templates</li>
 710           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 711         </ul></td>
 712       <td>
 713         <!-- <em>General</em>
 714         <ul>
 715         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 716         <ul>
 717           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 718           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 719           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 720             predictions are not highlighted in amber</li>
 721           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 722             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 723           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 724             associated structure views</li>
 725           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 726             width checkbox not enabled</li>
 727           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 728             creating user defined colours</li>
 729           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 730             mappings for just that viewer's sequences</li>
 731           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 732             multiple models in Chimera</li>
 733           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 734             over Jmol structure</li>
 735           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 736             output to text box</li>
 737           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 738             have incorrect sequence start/end</li>
 739           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 740             Jalview fails</li>
 741           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 742             work for nucleotide</li>
 743           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 744             to a grey/invisible alignment window</li>
 745           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 746             imports to different position</li>
 747           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 748             on some platforms</li>
 749           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 750             populated</li>
 751           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 752             console if Chimera has been opened</li>
 753           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 754           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 755             retrieved</li>
 756           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 757           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 758             either sequence shows on first structure</li>
 759           <li>'Show annotations' options should not make
 760             non-positional annotations visible</li>
 761           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 762             in right place after 'view flanking regions'</li>
 763           <li>File Save As type unset when current file format is
 764             unknown</li>
 765           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 766             projects</li>
 767           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 768             responsive</li>
 769           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 770             several views on same alignment</li>
 771           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 772           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 773             spaces</li>
 774         </ul> <em>Applet</em>
 775         <ul>
 776           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 777           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 778             descriptions containing angle brackets</li>
 779         </ul> <em>General</em>
 780         <ul>
 781           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 782             via jalview annotation file</li>
 783           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 784             with RNA secondary structure</li>
 785           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 786             translation doesn't work.</li>
 787           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 788           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 789             positions</li>
 790           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 791             choosing 1pt font</li>
 792           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 793             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 794             'h'</li>
 795           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 796             new feature</li>
 797           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 798             order dependent</li>
 799           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 800             sequences</li>
 801           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 802         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 803         <ul>
 804           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 805             www.jalview.org</li>
 806         </ul> <em>Application Known issues</em>
 807         <ul>
 808           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 809           <li>Misleading message appears after trying to delete
 810             solid column.</li>
 811           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 812             version launches</li>
 813           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 814             fails with a sequence mismatch</li>
 815           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 816             scrolling alignment to right</li>
 817           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 818             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 819           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 820             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 821           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 822             ultra-high resolution</li>
 823           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 824             quality and conservation</li>
 825           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 826             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 827         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 828         <ul>
 829           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 830           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 831             window is being resized</li>
 832
 833         </ul>
 834       </td>
 835     </tr>
 836     <tr>
 837       <td><div align="center">
 838           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 839         </div></td>
 840       <td><em>General</em>
 841         <ul>
 842           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 843             Certum.PL.</li>
 844           <li>Features and annotation preserved when performing
 845             pairwise alignment</li>
 846           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 847             imported/exported/displayed</li>
 848           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 849             protein secondary structure</li>
 850           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 851               post-hoc with 2.9 release</em>)
 852           </li>
 853
 854         </ul> <em>Application</em>
 855         <ul>
 856           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 857             with 3D structures</li>
 858           <li>Support for parsing RNAML</li>
 859           <li>Annotations menu for layout
 860             <ul>
 861               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 862               <li>place sequence annotation above/below alignment
 863                 annotation</li>
 864             </ul>
 865           <li>Output in Stockholm format</li>
 866           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 867             translation</li>
 868           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 869           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 870             shared between alignments</li>
 871           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 872             Jalview</li>
 873           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 874             all or current selection</li>
 875           <li>disorder and secondary structure predictions
 876             available as dataset annotation</li>
 877           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 878
 879
 880           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 881             alignments from Rfam</li>
 882           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 883
 884           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 885             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 886           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 887           <li>include installation type in build properties and
 888             console log output</li>
 889           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 890             annotation</li>
 891         </ul></td>
 892       <td>
 893         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 894         <ul>
 895           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 896             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 897           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 898             alignment</li>
 899           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 900           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 901           <li>Double click on sequence associated annotation
 902             selects only first column</li>
 903           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 904             leaves shown in tree</li>
 905           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 906             properly</li>
 907           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 908           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 909             screen and buttons not visible</li>
 910           <li>author list isn't updated if already written to
 911             Jalview properties</li>
 912           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 913             from database</li>
 914           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 915           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 916             browser search window</li>
 917           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 918             in feature settings dialog</li>
 919           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 920             desktop</li>
 921           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 922             pass validation</li>
 923           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 924             fit on screen</li>
 925           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 926             tooltip</li>
 927           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 928             defined user preset</li>
 929           <li>MSA web services warns user if they were launched
 930             with invalid input</li>
 931           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 932             Java 8</li>
 933           <li>
 934             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 935             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 936             created
 937           </li>
 938
 939         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 940                                 <ul>
 941                                 </ul> <em>General</em>
 942                                 <ul>
 943                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 944         <ul>
 945           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 946             memory allocation</li>
 947           <li>launchApp service doesn't automatically open
 948             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 949           <li>
 950             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 951             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 952             1.7_055 is available
 953           </li>
 954         </ul> <em>Application Known issues</em>
 955         <ul>
 956           <li>
 957             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 958             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 959             alignment to right
 960           </li>
 961           <li>
 962             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 963             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
 964             with large number of ID
 965           </li>
 966           <li>
 967             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
 968             flatfile output of visible region has incorrect sequence
 969             start/end
 970           </li>
 971           <li>
 972             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
 973             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
 974             structure tracks are rearranged
 975           </li>
 976           <li>
 977             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
 978             invalid rna structure positional highlighting does not
 979             highlight position of invalid base pairs
 980           </li>
 981           <li>
 982             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
 983             out of memory errors are not raised when saving Jalview
 984             project from alignment window file menu
 985           </li>
 986           <li>
 987             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
 988             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
 989             structures
 990           </li>
 991           <li>
 992             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
 993             colour by RNA Helices not enabled when user created
 994             annotation added to alignment
 995           </li>
 996           <li>
 997             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
 998             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
 999           </li>
1000         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1001         <ul>
1002           <li>
1003             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1004             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1005           </li>
1006           <li>
1007             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1008             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1009           </li>
1010
1011           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1012             when selected</li>
1013         </ul>
1014       </td>
1015     </tr>
1016     <tr>
1017       <td><div align="center">
1018           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1019         </div></td>
1020       <td>
1021         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1022         <em>General</em>
1023         <ul>
1024           <li>Internationalisation of user interface (usually
1025             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1026           <li>Define/Undefine group on current selection with
1027             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1028           <li>Improved group creation/removal options in
1029             alignment/sequence Popup menu</li>
1030           <li>Sensible precision for symbol distribution
1031             percentages shown in logo tooltip.</li>
1032           <li>Annotation panel height set according to amount of
1033             annotation when alignment first opened</li>
1034         </ul> <em>Application</em>
1035         <ul>
1036           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1037             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1038           <li>Select columns containing particular features from
1039             Feature Settings dialog</li>
1040           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1041             sequences</li>
1042           <li>Update Jalview project format:
1043             <ul>
1044               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1045               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1046                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1047               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1048                 colouring</li>
1049             </ul>
1050           </li>
1051           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1052             (PAM250)</li>
1053           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1054             flanking regions for an alignment</li>
1055         </ul>
1056       </td>
1057       <td>
1058         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1059         <ul>
1060           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1061             running after job is cancelled</li>
1062           <li>cannot export features from alignments imported from
1063             Jalview/VAMSAS projects</li>
1064           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1065             float values</li>
1066           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1067             have 'display all symbols' flag set</li>
1068           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1069             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1070           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1071             Jalview</li>
1072           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1073             Lion/Webstart</li>
1074           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1075           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1076           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1077             alignment onto desktop</li>
1078           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1079             'extract scores' function</li>
1080           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1081             alignment window</li>
1082           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1083             performing IUPred disorder prediction</li>
1084           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1085             changing 'normalise logo' display setting</li>
1086           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1087             nothing matches query</li>
1088           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1089             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1090           </li>
1091           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1092             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1093           </li>
1094           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1095             Jalview's menu</li>
1096           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1097             'invalid literal/length code'</li>
1098           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1099             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1100           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1101             colourscheme</li>
1102
1103         </ul> <em>Applet</em>
1104         <ul>
1105           <li>Remove group option is shown even when selection is
1106             not a group</li>
1107           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1108             don't affect groups</li>
1109           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1110             colourscheme name</li>
1111           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1112             Annotation panel is not displayed</li>
1113           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1114             embedded windows</li>
1115         </ul> <em>Other</em>
1116         <ul>
1117           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1118             single sequence were not calculated</li>
1119           <li>annotation files that contain only groups imported as
1120             annotation and junk sequences</li>
1121           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1122             recognised as PFAM or BLC</li>
1123           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1124             doesn't affect background (2.8.0b1)
1125           <li></li>
1126           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1127           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1128             trailing gaps</li>
1129           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1130             registered correctly on import</li>
1131           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1132             certain alignments</li>
1133           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1134             existing annotation based 'use original colours'
1135             colourscheme loses original colours setting</li>
1136         </ul>
1137       </td>
1138     </tr>
1139     <tr>
1140       <td><div align="center">
1141           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1142             <em>30/1/2014</em></strong>
1143         </div></td>
1144       <td>
1145         <ul>
1146           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1147             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1148             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1149             open source project).
1150           </li>
1151           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1152           </li>
1153           <li>Output in Stockholm format</li>
1154           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1155           <li>Export/import group and sequence associated line
1156             graph thresholds</li>
1157           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1158             ambiguity codes</li>
1159           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1160             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1161             works</li>
1162           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1163         </ul> <em>Other improvements</em>
1164         <ul>
1165           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1166           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1167             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1168           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1169             files</li>
1170           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1171           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1172             link but no description</li>
1173           <li>Select primary source when selecting authority in
1174             database fetcher GUI</li>
1175           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1176             Jalview</li>
1177           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1178         </ul>
1179       </td>
1180       <td>
1181         <ul>
1182           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1183             displayed</li>
1184           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1185             secondary structure annotation line</li>
1186           <li>Sequence database accessions not imported when
1187             fetching alignments from Rfam</li>
1188           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1189             identical IDs</li>
1190           <li>View all structures does not always superpose
1191             structures</li>
1192           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1193             reflect user or preset settings</li>
1194           <li>Null pointer exceptions for some services without
1195             presets or adjustable parameters</li>
1196           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1197             discover PDB xRefs</li>
1198           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1199             features with DAS</li>
1200           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1201             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1202           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1203             residue follows a gap</li>
1204           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1205             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1206           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1207             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1208           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1209             annotation already exists on alignment</li>
1210           <li>oninit javascript function should be called after
1211             initialisation completes</li>
1212           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1213             alignment window display</li>
1214           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1215           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1216             to annotation file</li>
1217           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1218             groups created</li>
1219           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1220             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1221           <li>Pressing return several times causes Number Format
1222             exceptions in keyboard mode</li>
1223           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1224             correct partitions for input data</li>
1225           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1226           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1227           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1228           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1229             mode</li>
1230           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1231             changes one row&#39;s threshold</li>
1232           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1233             doesn&#39;t open</li>
1234           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1235             quality histograms</li>
1236         </ul>
1237       </td>
1238     </tr>
1239     <tr>
1240       <td><div align="center">
1241           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1242         </div></td>
1243       <td><em>Application</em>
1244         <ul>
1245           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1246             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1247           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1248             preferences</li>
1249           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1250             in Jalview alignment window</li>
1251           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1252             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1253           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1254             RNA and ambiguity codes</li>
1255
1256           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1257           <li>Support fetching and database reference look up
1258             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1259             refs')</li>
1260           <li>Jalview project improvements
1261             <ul>
1262               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1263                 flag for annotation</li>
1264               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1265                 alignment</li>
1266               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1267                 Jalview project</li>
1268
1269             </ul>
1270           </li>
1271           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1272           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1273             running</li>
1274           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1275           <li>visual indication that web service results are still
1276             being retrieved from server</li>
1277           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1278             starts up for first time</li>
1279           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1280             services</li>
1281           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1282             client library</li>
1283           <li>Examples directory and Groovy library included in
1284             InstallAnywhere distribution</li>
1285         </ul> <em>Applet</em>
1286         <ul>
1287           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1288             visualization applet example</li>
1289         </ul> <em>General</em>
1290         <ul>
1291           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1292           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1293             defaults</li>
1294           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1295             calculation</li>
1296           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1297             matrices
1298           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1299             in HTML</li>
1300           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1301             structure contacts</li>
1302           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1303           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1304           <li>Parse sequence associated secondary structure
1305             information in Stockholm files</li>
1306           <li>HTML Export database accessions and annotation
1307             information presented in tooltip for sequences</li>
1308           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1309             style RNA alignment files</li>
1310           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1311             alignment</li>
1312           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1313             shade each sequence according to its associated alignment
1314             annotation</li>
1315           <li>New Jalview Logo</li>
1316         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1317         <ul>
1318           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1319           <li>New Website!</li>
1320         </ul></td>
1321       <td><em>Application</em>
1322         <ul>
1323           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1324             wsdbfetch REST service</li>
1325           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1326           <li>Filetype associations not installed for webstart
1327             launch</li>
1328           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1329             job execution in full once it is complete</li>
1330           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1331             uploaded via ali_file parameter</li>
1332           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1333           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1334           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1335             submitted for prediction</li>
1336           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1337             desktop window</li>
1338           <li>Putting fractional value into integer text box in
1339             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1340           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1341             windows 7</li>
1342           <li>View all structures fails with exception shown in
1343             structure view</li>
1344           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1345             escaped in a platform independent way</li>
1346           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1347             using proxy</li>
1348           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1349             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1350           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1351             failure when java web start temporary file caching is
1352             disabled</li>
1353           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1354             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1355           <li>Errors during processing of command line arguments
1356             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1357           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1358             DAS sources in sequence fetcher</li>
1359           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1360             dialog is shown</li>
1361           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1362           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1363           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1364           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1365             on OSX Mountain Lion</li>
1366           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1367             sequences with alignment annotation are pasted into the
1368             alignment</li>
1369           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1370             when loaded from Jalview project</li>
1371           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1372           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1373             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1374           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1375             associated with all views</li>
1376           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1377             annotation rows to new window</li>
1378         </ul> <em>Applet</em>
1379         <ul>
1380           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1381             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1382           <li>loading features via javascript API automatically
1383             enables feature display</li>
1384           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1385             work</li>
1386         </ul> <em>General</em>
1387         <ul>
1388           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1389           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1390             and then deselected</li>
1391           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1392           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1393             coloured with clustalx</li>
1394           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1395             exceptions and redraw errors</li>
1396           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1397             reconfigured view</li>
1398           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1399             colour</li>
1400           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1401             for lots of labels</li>
1402         </ul>
1403     </tr>
1404     <tr>
1405       <td>
1406         <div align="center">
1407           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1408         </div>
1409       </td>
1410       <td><em>Application</em>
1411         <ul>
1412           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1413           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1414           <li>View/alignment association menu to enable user to
1415             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1416             its colours/correspondences from</li>
1417           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1418           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1419             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1420           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1421           <li>Annotation row column label formatting attributes
1422             stored in project file</li>
1423           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1424             rows preserved in Jalview project file</li>
1425           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1426             saved using Desktop window menu</li>
1427           <li>Visual indication that command line arguments are
1428             still being processed</li>
1429           <li>Groovy script execution from URL</li>
1430           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1431             preferences</li>
1432           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1433             alignment with sequences that have high similarity and
1434             matching IDs</li>
1435           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1436           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1437             structures in same window</li>
1438           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1439           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1440             analysis function in its own submenu</li>
1441         </ul> <em>Applet</em>
1442         <ul>
1443           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1444             groups</li>
1445           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1446           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1447           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1448           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1449           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1450             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1451           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1452           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1453             parameters are treated as such</li>
1454           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1455             <ul>
1456               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1457               <li>Javascript callbacks for
1458                 <ul>
1459                   <li>Applet initialisation</li>
1460                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1461                 </ul>
1462               </li>
1463               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1464                 functions</li>
1465               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1466               <li>javascript structure viewer harness to pass
1467                 messages between Jmol and Jalview when running as
1468                 distinct applets</li>
1469               <li>sortBy method</li>
1470               <li>Set of applet and application examples shipped
1471                 with documentation</li>
1472               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1473                 javascript message exchange</li>
1474             </ul>
1475         </ul> <em>General</em>
1476         <ul>
1477           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1478             multiple alignments</li>
1479           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1480           <li>User configurable link to enable redirects to a
1481             www.Jalview.org mirror</li>
1482           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1483           <li>Configurable newline string when writing alignment
1484             and other flat files</li>
1485           <li>Allow alignment annotation description lines to
1486             contain html tags</li>
1487         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1488         <ul>
1489           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1490             examples</li>
1491           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1492             using a web service before displaying the result in the
1493             Jalview desktop</li>
1494           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1495           <li>Ant target to publish example html files with applet
1496             archive</li>
1497           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1498           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1499         </ul></td>
1500       <td><em>Application</em>
1501         <ul>
1502           <li>User defined colourscheme throws exception when
1503             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1504           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1505             dialog for valid filename/format</li>
1506           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1507           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1508             P37173</li>
1509           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1510             which sequence is to be associated with the file</li>
1511           <li>Find All raises null pointer exception when query
1512             only matches sequence IDs</li>
1513           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1514           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1515             2.4 cannot be loaded</li>
1516           <li>Filetype associations not installed for webstart
1517             launch</li>
1518           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1519             with sequences in different alignments do not get coloured
1520             by their associated sequence</li>
1521           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1522             not preserved when project is loaded</li>
1523           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1524             stored in Jalview project</li>
1525           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1526             Jalview project</li>
1527           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1528           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1529             by conservation</li>
1530           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1531             created on new view</li>
1532           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1533             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1534           <li>Alignment quality not updated after alignment
1535             annotation row is hidden then shown</li>
1536           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1537             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1538           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1539             properly</li>
1540           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1541             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1542           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1543           <li>Structures imported from file and saved in project
1544             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1545           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1546             job execution in full once it is complete</li>
1547         </ul> <em>Applet</em>
1548         <ul>
1549           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1550             annotation rows are displayed</li>
1551           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1552             codebase</li>
1553           <li>View follows highlighting does not work for positions
1554             in sequences</li>
1555           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1556           <li>Export features raises exception when no features
1557             exist</li>
1558           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1559             for javascript api is modified when separator string
1560             provided as parameter</li>
1561           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1562             alignment with no existing selection</li>
1563           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1564             to applet&#39;s codebase</li>
1565           <li>Status bar not updated after finished searching and
1566             search wraps around to first result</li>
1567           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1568             several Jalview applets causes race conditions and memory
1569             leaks</li>
1570           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1571             not sent from Jmol in applet</li>
1572           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1573             applet API fatally hang browser</li>
1574         </ul> <em>General</em>
1575         <ul>
1576           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1577             position with wrapped view and hidden regions</li>
1578           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1579             with/without hidden columns</li>
1580           <li>Sequence length given in alignment properties window
1581             is off by 1</li>
1582           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1583             import PDB like structure files</li>
1584           <li>Positional search results are only highlighted
1585             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1586           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1587           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1588             given sequence position</li>
1589           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1590             output</li>
1591           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1592             from nucleotide chains correctly</li>
1593           <li>Structure colours not updated when tree partition
1594             changed in alignment</li>
1595           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1596             parsed in interleaved stockholm</li>
1597           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1598             state</li>
1599           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1600             properly</li>
1601           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1602             properly associated with their pdb files</li>
1603         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1604         <ul>
1605           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1606             ApplyCopyright tool</li>
1607         </ul></td>
1608     </tr>
1609     <tr>
1610       <td>
1611         <div align="center">
1612           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1613         </div>
1614       </td>
1615       <td><em>Application</em>
1616         <ul>
1617           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1618             contact web services</li>
1619           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1620             service job window</li>
1621           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1622         </ul></td>
1623       <td>
1624         <ul>
1625           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1626             pir file emitted by Jalview</li>
1627           <li>Existing feature settings transferred to new
1628             alignment view created from cut'n'paste</li>
1629           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1630             parsing PDB files</li>
1631           <li>Consensus and conservation annotation rows
1632             occasionally become blank for all new windows</li>
1633           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1634             in wrapped view mode</li>
1635         </ul> <em>Application</em>
1636         <ul>
1637           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1638             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1639           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1640             parameter names</li>
1641           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1642             is down</li>
1643         </ul>
1644       </td>
1645     </tr>
1646     <tr>
1647       <td>
1648         <div align="center">
1649           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1650         </div>
1651       </td>
1652       <td><em>Application</em>
1653         <ul>
1654           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1655             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1656             (JABAWS)
1657           </li>
1658           <li>Web Services preference tab</li>
1659           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1660             preferences</li>
1661           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1662           <li>Superpose structures using associated sequence
1663             alignment</li>
1664           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1665             viewer</li>
1666         </ul> <em>Applet</em>
1667         <ul>
1668           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1669             link out mechanism</li>
1670         </ul> <em>Other</em>
1671         <ul>
1672           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1673             series 12</li>
1674           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1675             require Java 1.5</li>
1676           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1677             sequence annotation files</li>
1678           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1679             type colour specification</li>
1680           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1681             script to check if it being run in an interactive session or
1682             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1683         </ul></td>
1684       <td>
1685         <ul>
1686           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1687             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1688         </ul> <em>Application</em>
1689         <ul>
1690           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1691             selected Regions menu item</li>
1692           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1693             part of a valid accession ID</li>
1694           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1695             runs out of memory</li>
1696           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1697             analysis results</li>
1698           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1699             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1700           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1701         </ul> <em>Applet</em>
1702         <ul>
1703           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1704             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1705             defined.</li>
1706         </ul>
1707       </td>
1708     </tr>
1709     <tr>
1710       <td>
1711         <div align="center">
1712           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1713         </div>
1714       </td>
1715       <td></td>
1716       <td>
1717         <ul>
1718           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1719             sequence IDs</li>
1720           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1721             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1722           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1723             import correctly</li>
1724           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1725             number of columns are hidden</li>
1726           <li>annotation label popup menu not providing correct
1727             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1728             present</li>
1729           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1730             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1731           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1732             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1733
1734         </ul> <em>Applet</em>
1735         <ul>
1736           <li>annotation panel disappears when annotation is
1737             hidden/removed</li>
1738         </ul> <em>Application</em>
1739         <ul>
1740           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1741             alignment opened where annotation panel is visible but no
1742             annotations are present on alignment</li>
1743           <li>pasted region containing hidden columns is
1744             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1745           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1746             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1747           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1748             selected Rregions menu item.</li>
1749           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1750             'Un' or 'Non'conserved</li>
1751           <li>Sequence feature settings are being shared by
1752             multiple distinct alignments</li>
1753           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1754             changed</li>
1755           <li>double click on group annotation to select sequences
1756             does not propagate to associated trees</li>
1757           <li>Mac OSX specific issues:
1758             <ul>
1759               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1760                 window background</li>
1761               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1762                 name set correctly</li>
1763               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1764                 save feature colourscheme button</li>
1765             </ul>
1766           </li>
1767         </ul>
1768       </td>
1769     </tr>
1770     <tr>
1771
1772       <td>
1773         <div align="center">
1774           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1775         </div>
1776       </td>
1777       <td><em>New Capabilities</em>
1778         <ul>
1779           <li>URL links generated from description line for
1780             regular-expression based URL links (applet and application)
1781
1782
1783
1784
1785
1786
1787           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1788             menu</li>
1789           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1790             structures</li>
1791           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1792             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1793           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1794             average score or total feature count for each sequence.</li>
1795           <li>Shading features by score or associated description</li>
1796           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1797             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1798           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1799             hide everything but the currently selected region.</li>
1800           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1801         </ul> <em>Application</em>
1802         <ul>
1803           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1804             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1805           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1806             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1807           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1808             database references and protein_name is parsed as
1809             description line (BioSapiens terms).</li>
1810           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1811             references in sequence ID tooltip from View menu in
1812             application.</li>
1813           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1814                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1815           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1816             conservation plots</li>
1817           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1818             and visualized as sequence logos</li>
1819           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1820             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1821           </li>
1822           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1823             when a new tree is opened.</li>
1824           <li>Jalview Java Console</li>
1825           <li>Better placement of desktop window when moving
1826             between different screens.</li>
1827           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1828             consensus annotation</li>
1829           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1830             Workflows</li>
1831           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1832             <ul>
1833               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1834                 used to preserve views, structures, and tree display
1835                 settings)</li>
1836               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1837                 command line</li>
1838               <li>Sharing of selected regions between views and
1839                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1840               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1841             </ul></li>
1842         </ul> <em>Applet</em>
1843         <ul>
1844           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1845           <li>New Parameters
1846             <ul>
1847               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1848                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1849                 opened.</li>
1850               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1851                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1852               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1853                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1854               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1855                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1856                 view</li>
1857               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1858                 increase the height or width of a cell in the alignment
1859                 grid relative to the current font size.</li>
1860             </ul>
1861           </li>
1862           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1863             tooltip</li>
1864         </ul> <em>Other</em>
1865         <ul>
1866           <li>Features format: graduated colour definitions and
1867             specification of feature scores</li>
1868           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1869             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1870             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1871           <li>XML formats extended to support graduated feature
1872             colourschemes, group associated annotation, and profile
1873             visualization settings.</li></td>
1874       <td>
1875         <ul>
1876           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1877             rather than description</li>
1878           <li>Non-positional features are now included in sequence
1879             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1880             visibility in tooltip).</li>
1881           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1882           <li>Added URL embedding instructions to features file
1883             documentation.</li>
1884           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1885             'X' in peptide product</li>
1886           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1887             sequence ID and sequence string and query strings do not
1888             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1889           <li>AMSA files only contain first column of
1890             multi-character column annotation labels</li>
1891           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1892             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1893             exported and re-imported)</li>
1894           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1895             name</li>
1896           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1897             as subsequence matches, and correctly reports total number
1898             of both.</li>
1899           <li>Application:
1900             <ul>
1901               <li>Better handling of exceptions during sequence
1902                 retrieval</li>
1903               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1904                 link text excludes the start_end suffix</li>
1905               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1906                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1907               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1908               <li>Sequence description lines properly shared via
1909                 VAMSAS</li>
1910               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1911                 data sources</li>
1912               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1913                 completes before alignment figures are generated.</li>
1914               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1915                 first time.</li>
1916               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1917                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1918               <li>User defined group colours properly recovered
1919                 from Jalview projects.</li>
1920             </ul>
1921           </li>
1922         </ul>
1923       </td>
1924
1925     </tr>
1926     <tr>
1927       <td>
1928         <div align="center">
1929           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1930         </div>
1931       </td>
1932       <td>
1933         <ul>
1934           <li>Experimental support for google analytics usage
1935             tracking.</li>
1936           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1937         </ul>
1938       </td>
1939       <td>
1940         <ul>
1941           <li>Race condition in applet preventing startup in
1942             jre1.6.0u12+.</li>
1943           <li>Exception when feature created from selection beyond
1944             length of sequence.</li>
1945           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1946           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1947             all sequences with a given id</li>
1948           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1949             ID string searches</li>
1950           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1951             alignment to fail with exception</li>
1952         </ul> <em>Application Issues</em>
1953         <ul>
1954           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1955           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1956             data sources</li>
1957         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1958         <ul>
1959           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1960             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1961           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1962             version (java class versioning error fixed)</li>
1963         </ul>
1964       </td>
1965     </tr>
1966     <tr>
1967       <td>
1968
1969         <div align="center">
1970           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1971         </div>
1972       </td>
1973       <td><em>User Interface</em>
1974         <ul>
1975           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
1976             translation and protein products</li>
1977           <li>Linked highlighting of structure associated with
1978             residue mapping to codon position</li>
1979           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
1980             and 'clear' button</li>
1981           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
1982             Tools menu</li>
1983           <li>Extract score function to parse whitespace separated
1984             numeric data in description line</li>
1985           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
1986           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
1987             of sequence</li>
1988         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
1989         <ul>
1990           <li>JPred3 web service</li>
1991           <li>Prototype sequence search client (no public services
1992             available yet)</li>
1993           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
1994             PFAM</li>
1995           <li>URL Links created for matching database cross
1996             references as well as sequence ID</li>
1997           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
1998         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
1999         <ul>
2000           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2001             databases</li>
2002           <li>Generalised database reference retrieval and
2003             validation to all fetchable databases</li>
2004           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2005             sequence command</li>
2006         </ul> <em>Import and Export</em>
2007         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2008         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2009           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2010         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2011           File</li>
2012         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2013           triplet as name of colourscheme</li>
2014         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2015         <ul>
2016           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2017           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2018             alignments (experimental)</li>
2019           <li>Create new or select existing session to join</li>
2020           <li>load and save of vamsas documents</li>
2021         </ul> <em>Application command line</em>
2022         <ul>
2023           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2024             from applet)</li>
2025           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2026             of DAS servers to query for alignment features</li>
2027           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2028             that are also automatically queried for features</li>
2029           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2030             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2031         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2032         <ul>
2033           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2034             application (when using &quot;View in full
2035             application&quot;)</li>
2036         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2037         <ul>
2038           <li>feature group display control parameter</li>
2039           <li>debug parameter</li>
2040           <li>showbutton parameter</li>
2041         </ul> <em>Applet API methods</em>
2042         <ul>
2043           <li>newView public method</li>
2044           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2045           <li>Feature display control methods</li>
2046           <li>get list of currently selected sequences</li>
2047         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2048         <ul>
2049           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2050           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2051             Jalview release.</li>
2052           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2053             property controls execution of obfuscator</li>
2054           <li>Build target for generating source distribution</li>
2055           <li>Debug flag for javacc</li>
2056           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2057             jalview.bin.Cache</li>
2058           <li>Continuous Build Integration for stable and
2059             development version of Application, Applet and source
2060             distribution</li>
2061         </ul></td>
2062       <td>
2063         <ul>
2064           <li>selected region output includes visible annotations
2065             (for certain formats)</li>
2066           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2067             for editing</li>
2068           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2069           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2070           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2071           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2072             comments</li>
2073           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2074             filenames containing a ':'</li>
2075           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2076             global sequence features</li>
2077           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2078             references from alignment sequences goes to zero</li>
2079           <li>Close of tree branch colour box without colour
2080             selection causes cascading exceptions</li>
2081           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2082           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2083             file parsing fails.</li>
2084           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2085           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2086             not a valid output format</li>
2087           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2088             vamsas</li>
2089           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2090           <li>error messages passed up and output when data read
2091             fails</li>
2092           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2093             sequence is edited</li>
2094           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2095             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2096           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2097             filetype</li>
2098           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2099             import fixed for PFAM records</li>
2100           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2101             window list</li>
2102           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2103             can be read and written correctly to annotation file</li>
2104           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2105             correctly</li>
2106           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2107             non-italic font for representatives in Applet</li>
2108           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2109             Macs.</li>
2110           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2111             Applet)</li>
2112           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2113             due to null pointer exceptions</li>
2114           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2115             first column of alignment</li>
2116           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2117             July 2008</li>
2118           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2119             file is case-insensitive</li>
2120           <li>Sequence features read from Features file appended to
2121             all sequences with matching IDs</li>
2122           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2123             containing a sub-sequence</li>
2124           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2125           <li>feature and annotation file applet parameters
2126             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2127           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2128           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2129             splash-screen version check to complete</li>
2130           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2131             when passing them to the launchApp service</li>
2132           <li>display name and local features preserved in results
2133             retrieved from web service</li>
2134           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2135             sequence fetcher initialisation</li>
2136           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2137             dasobert DAS client</li>
2138           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2139             association</li>
2140           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2141             sequences
2142           </li>
2143         </ul>
2144       </td>
2145     </tr>
2146     <tr>
2147       <td>
2148         <div align="center">
2149           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2150         </div>
2151       </td>
2152       <td>
2153         <ul>
2154           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2155           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2156           <li>Slide sequences</li>
2157           <li>Edit sequence in place</li>
2158           <li>EMBL CDS features</li>
2159           <li>DAS Feature mapping</li>
2160           <li>Feature ordering</li>
2161           <li>Alignment Properties</li>
2162           <li>Annotation Scores</li>
2163           <li>Sort by scores</li>
2164           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2165         </ul>
2166       </td>
2167       <td>
2168         <ul>
2169           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2170           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2171           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2172           <li>Feature group display state in XML</li>
2173           <li>Feature ordering in XML</li>
2174           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2175           <li>Stockholm alignment properties</li>
2176           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2177           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2178           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2179           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2180         </ul>
2181       </td>
2182
2183     </tr>
2184     <tr>
2185       <td>
2186         <div align="center">
2187           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2188         </div>
2189       </td>
2190       <td>
2191         <ul>
2192           <li>Non standard characters can be read and displayed
2193           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2194             applet via textbox
2195           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2196             name &amp; description
2197           <li>Preference setting to display sequence name in
2198             italics
2199           <li>Annotation file format extended to allow
2200             Sequence_groups to be defined
2201           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2202             specified in preferences
2203           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2204             sequences
2205         </ul>
2206       </td>
2207       <td>
2208         <ul>
2209           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2210             installed
2211           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2212           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2213         </ul>
2214       </td>
2215     </tr>
2216     <tr>
2217       <td>
2218         <div align="center">
2219           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2220         </div>
2221       </td>
2222       <td>
2223         <ul>
2224           <li>Multiple views on alignment
2225           <li>Sequence feature editing
2226           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2227           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2228           <li>Background dependent text colour
2229           <li>Right align sequence ids
2230           <li>User-defined lower case residue colours
2231           <li>Format Menu
2232           <li>Select Menu
2233           <li>Menu item accelerator keys
2234           <li>Control-V pastes to current alignment
2235           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2236           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2237           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2238
2239
2240
2241
2242
2243
2244           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2245         </ul>
2246       </td>
2247       <td>
2248         <ul>
2249           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2250           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2251             calculations
2252           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2253             edits
2254           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2255             of alignment)
2256           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2257
2258
2259
2260
2261
2262
2263           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2264             display correctly
2265           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2266           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2267             analysis results
2268           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2269             &#8739;
2270           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2271           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2272           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2273
2274
2275
2276
2277
2278
2279         </ul>
2280       </td>
2281     </tr>
2282     <tr>
2283       <td>
2284         <div align="center">
2285           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2286         </div>
2287       </td>
2288       <td>
2289         <ul>
2290           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2291         </ul>
2292       </td>
2293       <td>
2294         <ul>
2295           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2296             sequence id panel has been resized</li>
2297           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2298             rendered</li>
2299           <li>Annotation files with sequence references - all
2300             elements in file are relative to sequence position</li>
2301           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2302         </ul>
2303       </td>
2304     </tr>
2305     <tr>
2306       <td>
2307         <div align="center">
2308           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2309         </div>
2310       </td>
2311       <td>
2312         <ul>
2313           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2314           <li>DAS Feature fetching</li>
2315           <li>Hide sequences and columns</li>
2316           <li>Export Annotations and Features</li>
2317           <li>GFF file reading / writing</li>
2318           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2319             files</li>
2320           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2321           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2322           <li>Applet can launch the full application</li>
2323           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2324             required)</li>
2325           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2326           <li>Applet can load sequences from parameter
2327             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2328           </li>
2329         </ul>
2330       </td>
2331       <td>
2332         <ul>
2333           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2334           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2335           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2336         </ul>
2337       </td>
2338     </tr>
2339     <tr>
2340       <td>
2341         <div align="center">
2342           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2343         </div>
2344       </td>
2345       <td>
2346         <ul>
2347           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2348           <li>Choose to match case when searching</li>
2349           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2350             expand the visible width and height of the alignment</li>
2351         </ul>
2352       </td>
2353       <td>
2354         <ul>
2355           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2356         </ul>
2357       </td>
2358     </tr>
2359     <tr>
2360       <td>
2361         <div align="center">
2362           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2363         </div>
2364       </td>
2365       <td>&nbsp;</td>
2366       <td>
2367         <ul>
2368           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2369           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2370             value</li>
2371         </ul>
2372       </td>
2373     </tr>
2374     <tr>
2375       <td>
2376         <div align="center">
2377           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2378         </div>
2379       </td>
2380       <td>
2381         <ul>
2382           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2383           <li>Keyboard editing</li>
2384           <li>Create sequence features from searches</li>
2385           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2386             alignments</li>
2387           <li>Features file allows grouping of features</li>
2388           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2389           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2390           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2391         </ul>
2392       </td>
2393       <td>
2394         <ul>
2395           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2396           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2397             descriptions saved.</li>
2398         </ul>
2399       </td>
2400     </tr>
2401     <tr>
2402       <td>
2403         <div align="center">
2404           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2405         </div>
2406       </td>
2407       <td>
2408         <ul>
2409           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2410           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2411           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2412             name for file output</li>
2413           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2414           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2415             used for HTML form input</li>
2416         </ul>
2417       </td>
2418       <td>
2419         <ul>
2420           <li>HTML output writes groups and features</li>
2421           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2422           <li>File IO bugs</li>
2423         </ul>
2424       </td>
2425     </tr>
2426     <tr>
2427       <td>
2428         <div align="center">
2429           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2430         </div>
2431       </td>
2432       <td>
2433         <ul>
2434           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2435           <li>More options for PCA viewer</li>
2436         </ul>
2437       </td>
2438       <td>
2439         <ul>
2440           <li>GUI bugs resolved</li>
2441           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2442         </ul>
2443       </td>
2444     </tr>
2445     <tr>
2446       <td height="63">
2447         <div align="center">
2448           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2449         </div>
2450       </td>
2451       <td>
2452         <ul>
2453           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2454           <li>Jar files are executable</li>
2455           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2456         </ul>
2457       </td>
2458       <td>
2459         <ul>
2460           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2461           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2462           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2463         </ul>
2464       </td>
2465     </tr>
2466     <tr>
2467       <td>
2468         <div align="center">
2469           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2470         </div>
2471       </td>
2472       <td>
2473         <ul>
2474           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2475         </ul>
2476       </td>
2477       <td>
2478         <ul>
2479           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2480         </ul>
2481       </td>
2482     </tr>
2483     <tr>
2484       <td>
2485         <div align="center">
2486           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2487         </div>
2488       </td>
2489       <td>
2490         <ul>
2491           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2492             size</li>
2493         </ul>
2494       </td>
2495       <td>
2496         <ul>
2497           <li>Improved JPred client reliability</li>
2498           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2499         </ul>
2500       </td>
2501     </tr>
2502     <tr>
2503       <td>
2504         <div align="center">
2505           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2506         </div>
2507       </td>
2508       <td>
2509         <ul>
2510           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2511           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2512           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2513             to Colour Menu</li>
2514           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2515           <li>Unix users can set default web browser</li>
2516           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2517           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2518         </ul>
2519       </td>
2520       <td>
2521         <ul>
2522           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2523         </ul>
2524       </td>
2525     </tr>
2526     <tr>
2527       <td>
2528         <div align="center">
2529           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2530         </div>
2531       </td>
2532       <td>&nbsp;</td>
2533       <td>
2534         <ul>
2535           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2536             alignment order.</li>
2537         </ul>
2538       </td>
2539     </tr>
2540     <tr>
2541       <td>
2542         <div align="center">
2543           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2544         </div>
2545       </td>
2546       <td>
2547         <ul>
2548           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2549           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2550           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2551             annotations.</li>
2552           <li>Version and build date written to build properties
2553             file.</li>
2554           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2555             at launch of Jalview.</li>
2556         </ul>
2557       </td>
2558       <td>
2559         <ul>
2560           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2561           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2562           <li>Can remove groups one by one.</li>
2563           <li>Filechooser icons installed.</li>
2564           <li>Finder ignores return character when searching.
2565             Return key will initiate a search.<br>
2566           </li>
2567         </ul>
2568       </td>
2569     </tr>
2570     <tr>
2571       <td>
2572         <div align="center">
2573           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2574         </div>
2575       </td>
2576       <td>
2577         <ul>
2578           <li>New codebase</li>
2579         </ul>
2580       </td>
2581       <td>&nbsp;</td>
2582     </tr>
2583   </table>
2584   <p>&nbsp;</p>
2585 </body>
2586 </html>