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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  74             <em>14/05/2019 (final due date !)</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77     <td><div align="left">
  78         <ul>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3141 -->Optional automatic backups when saving
  81             Jalview project or alignment files</li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis and
  84             Viewer state is saved in Jalview Project<br />The 'Change
  85             parameters' option has also been removed from the PCA viewer</li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' (subgroup) option</li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables supported for
  90             'Translate as cDNA'</li>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each view</li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
  95             multiple groups when working with large alignments</li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
  98             parsing stockholm files</li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 101           <li>
 102             <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
 103             shaded according to any associated attributes (e.g. variant
 104             attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
 105             column 9 of GFF file)</li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
 108             algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)</li>
 109           <li>
 110             <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now by default shows
 111             only visible region of alignment (this can be changed in
 112             user preferences)</li>
 113           <li>
 114             <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after Cancel overwrite</li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when
 117           all sequences are hidden</li>
 118           <li>
 119             <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a selection
 120           region, and gap count when inserting or deleting gaps</li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation labels</li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3093 -->Show annotation tooltips and popup menus in wrapped mode</li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in annotations</li>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings dialog</li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels</li>
 131           <li>
 132             <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview panel</li>
 133           <li>
 134             <!-- JAL-3203  -->Overview panel default changed to not show hidden regions</li>
 135           <li>
 136             <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id popup menu</li>
 137           <li>
 138             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top of report</li>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-3218 -->Scale panel popup menu allows Hide selected columns adjacent
 141             to a hidden column marker</li>
 142         </ul>
 143         <em>Deprecations</em>
 144         <ul>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 147             capabilities removed from the Jalview Desktop
 148           </li>
 149         </ul>
 150         <em>Release Processes</em>
 151         <ul>
 152           <li>
 153           Atlassian Bamboo continuous integration server for
 154             unattended Test Suite execution</li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 157             operations</li>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-3140 -->IntervalStoreJ (new updatable NCList
 160             implementation) used for Sequence Feature collections</li>
 161           <li>
 162             <!-- JAL-3063 -->Castor library for XML marshalling and
 163             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 164             and XML based data retrieval clients</li>
 165         </ul>
 166       </div></td>
 167     <td><div align="left">
 168         <em></em>
 169         <ul>
 170           <li>
 171             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl</li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
 174             Jalview project involving multiple views</li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 177             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 178             Annotation dialog hides columns</li>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
 181             a CDS/Protein alignment stops working after making a
 182             selection in one view, then making another selection in the
 183             other view</li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible columns</li>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
 188             Feature Settings and Jalview Preferences panels</li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
 191             or the overview updates with large alignments</li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-2865 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 194             region if columns were selected by dragging right-to-left
 195             and the mouse moved to the left of the first column</li>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
 198             URLs doesn't tell users the invalid URL</li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 201             on export as Jalview features file</li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3161 -->Status bar updates beyond visible columns</li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
 206             printed when columns are hidden</li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error in Select Columns by Annotation description</li>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
 211             dragging out of Scale or Annotation Panel</li>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-3002 -->Display is incorrect after Page Down and Up in wrapped mode</li>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice</li>
 216           <li>
 217             <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions</li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of scale panel</li>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-2750 -->Tree calculation fails on a selection dragged to left of alignment</li>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected on
 224             opening an alignment</li>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in Colour menu</li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 229             different groups in the alignment are selected</li>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour threshold gets 'unrounded'</li>
 232         </ul>
 233         <em>Editing</em>
 234         <ul>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 237             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 238             via 'Edit' sequence</li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 241             sequence features correctly when start of sequence is
 242             removed (Known defect since 2.10)</li>
 243         </ul>
 244         <em>New Known Defects</em>
 245         <ul>
 246           <li>
 247             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View is restored from a Jalview 2.11 project</li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after 'New View'</li>
 250         </ul>
 251       </div></td>
 252     </tr>
 253     <tr>
 254     <td width="60" nowrap>
 255       <div align="center">
 256         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 257       </div>
 258     </td>
 259     <td><div align="left">
 260         <em></em>
 261         <ul>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 264               InstallAnywhere increased to 1G.
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 268               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 269               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 270                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 271                 properties file.</em>
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 275               API and sequence data now imported as JSON.
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 279               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 280               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 281               property.
 282             </li>
 283           </ul>
 284           <em>Development</em>
 285           <ul>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 288               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 289                 Clover</a>
 290             </li>
 291           </ul>
 292         </div></td>
 293     <td><div align="left">
 294         <em></em>
 295         <ul>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 298               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 299               alignment.
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 303               annotation displayed.
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 307               for newly created group when 'Apply to all groups'
 308               selected
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 312               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 313               visible.
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 317               when sequences are selected in exported view.</em>
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 321               aren't rendered with correct colour.
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 325               types of knotted RNA secondary structure.
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 329               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 330               do not start at 1.
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 334               annotation when columns are inserted into an alignment,
 335               and when exporting as Stockholm flatfile.
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 339               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 340               treated as RNA secondary structure.
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 344               (not .jar) when saving a jalview project file.
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 348               transfers focus to previous window on OSX
 349             </li>
 350           </ul>
 351           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 352           <ul>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 355               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 356               box.
 357             </li>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 360               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 361               'look and feel' which has improved compatibility with the
 362               latest version of OSX.
 363             </li>
 364           </ul>
 365         </div>
 366     </td>
 367     </tr>
 368     <tr>
 369       <td width="60" nowrap>
 370         <div align="center">
 371           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 372             <em>7/06/2018</em></strong>
 373         </div>
 374       </td>
 375       <td><div align="left">
 376           <em></em>
 377           <ul>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 380               annotation retrieved from Uniprot
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 384               onto the Jalview Desktop
 385             </li>
 386           </ul>
 387         </div></td>
 388       <td><div align="left">
 389           <em></em>
 390           <ul>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 393               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 397               right-hand column parsed correctly
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 401               not alignment area in exported graphic
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 405               window has input focus
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 409               annotation added to view (Windows)
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 413               network connectivity is poor
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 417               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 418                 the currently open URL and links from a page viewed in
 419                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 420                 you are using Edge, only links in the page can be
 421                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 422                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 423             </li>
 424           </ul>
 425         </div></td>
 426     </tr>
 427     <tr>
 428       <td width="60" nowrap>
 429         <div align="center">
 430           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 431         </div>
 432       </td>
 433       <td><div align="left">
 434           <em></em>
 435           <ul>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 438               for disabling automatic superposition of multiple
 439               structures and open structures in existing views
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 443               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 444               adjust them.
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 448               Ensembl services
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 452               and lots of hidden columns
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 456               of features (particularly when transparency is disabled)
 457             </li>
 458           </ul>
 459           </div>
 460       </td>
 461       <td><div align="left">
 462           <ul>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 465               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 469               overlapping alignment panel
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 473               sequence as gaps
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 477               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 478               UTR
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 482               factor annotation not added to sequence when local PDB
 483               file associated with it by drag'n'drop or structure
 484               chooser
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 488               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 492               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 496               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 500               columns in annotation row
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 504               honored in batch mode
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 508               for structures added to existing Jmol view
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 512               entries after importing project with multiple views
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 516               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 517               with negative residue numbers or missing residues fails
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 521               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 522               as generated by CONSURF)
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 526               tooltip doesn't include a text description of mutation
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 530               structure and/or overview windows are also shown
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 534               very slow for alignments with large numbers of sequences
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 538               with 'StringIndexOutOfBounds'
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 542               platforms running Java 10
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 546               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 547             </li>
 548           </ul>
 549           <em>Applet</em>
 550           <ul>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 553               should copy the group consensus when popup is opened on it
 554             </li>
 555           </ul>
 556           <em>Batch Mode</em>
 557           <ul>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 560           </li>
 561           </ul>
 562           <em>New Known Defects</em>
 563           <ul>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 566               editing a large alignment and overview is displayed
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 570               repeatedly after a series of edits even when the overview
 571               is no longer reflecting updates
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 575               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 576               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 577               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 578             </li>
 579           </ul>
 580         </div>
 581           </td>
 582     </tr>
 583     <tr>
 584       <td width="60" nowrap>
 585         <div align="center">
 586           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 587         </div>
 588       </td>
 589       <td><div align="left">
 590           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 591               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 592       <td><div align="left">
 593           <em>Desktop</em><ul>
 594           <ul>
 595             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 596             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 597             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 598             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 599             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 600             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 601             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 602           </ul>
 603           </div>
 604       </td>
 605     </tr>
 606     <tr>
 607       <td width="60" nowrap>
 608         <div align="center">
 609           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 610         </div>
 611       </td>
 612       <td><div align="left">
 613           <em></em>
 614           <ul>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 617               rendering of sequence features
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 621               429 rate limit request hander
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 625               their colours have changed
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 629               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 633               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 637               view from Ensembl locus cross-references
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 641               Alignment report
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 645               feature can be disabled
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 649               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 653               Uniprot
 654             </li>
 655           </ul>
 656           <em>Scripting</em>
 657           <ul>
 658             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 659             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 660               percent identity scores for current alignment.</li>
 661           </ul>
 662           <em>Testing and Deployment</em>
 663           <ul>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 666             </li>
 667           </ul>
 668         </div></td>
 669       <td><div align="left">
 670           <em>General</em>
 671           <ul>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 674               threshold text field doesn't trigger an update to the
 675               alignment view
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 679               strings in parallel
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 683               alignment window is closed
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 687               group visibility
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 691               takes a long time in Cursor mode
 692             </li>
 693           </ul>
 694           <em>Desktop</em>
 695           <ul>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 698               cannot be viewed in Chimera
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 702               CDS/Protein view
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 706               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 707               Search Dialogs
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 717               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 721               scrolling right in unwapped alignment view
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 725               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 726               database
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 730               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 734               features of same type and group to be selected for
 735               amending
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 739               alignments when hidden columns are present
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 743               displaying several structures
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 747               moving a window
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 751               within the Jalview desktop on OSX
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 755               when in wrapped alignment mode
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 759               hand end of alignment
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 763               each selected sequence do not have correct start/end
 764               positions
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 768               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 772               restoring project until a new view is created
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 776               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 777               configured (since 2.10.2b2)
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 781               position is adjusted
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 785               in a multi-chain structure when viewing alignment
 786               involving more than one chain (since 2.10)
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 790               if new selection moves alignment window
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 794               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 798               that produces correctly annotated transcripts and products
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 802               doesn't update associated structure view
 803             </li>
 804           </ul>
 805           <em>Applet</em><br />
 806           <ul>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 809               closing alignment panel
 810             </li>
 811           </ul>
 812           <em>BioJSON</em><br />
 813           <ul>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 816               non-positional features
 817             </li>
 818           </ul>
 819           <em>New Known Issues</em>
 820           <ul>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 823               sequence features correctly (for many previous versions of
 824               Jalview)
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 828               using cursor in wrapped panel other than top
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 832               graduated colour threshold
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 836               always preserve numbering and sequence features
 837             </li>
 838           </ul>
 839           <em>Known Java 9 Issues</em>
 840           <ul>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 843               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 844               9.01, OSX 10.10)
 845             </li>
 846           </ul>
 847         </div></td>
 848     </tr>
 849     <tr>
 850       <td width="60" nowrap>
 851         <div align="center">
 852           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 853             <em>2/10/2017</em></strong>
 854         </div>
 855       </td>
 856       <td><div align="left">
 857           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 858           <ul>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 861             </li>
 862             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 863             </li>
 864           </ul>
 865         </div></td>
 866       <td><div align="left">
 867         </div></td>
 868     </tr>
 869     <tr>
 870       <td width="60" nowrap>
 871         <div align="center">
 872           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 873             <em>7/9/2017</em></strong>
 874         </div>
 875       </td>
 876       <td><div align="left">
 877           <em></em>
 878           <ul>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 881               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 882               white)
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 886               Preferences
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 890               in size and progress bar shown as higher resolution
 891               overview is recalculated
 892             </li>
 893
 894           </ul>
 895         </div></td>
 896       <td><div align="left">
 897           <em></em>
 898           <ul>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 901               column region row by row
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 905               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 909               format setting is unticked
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 913               if group has show boxes format setting unticked
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 917               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 918               include sequences and columns not currently displayed
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 922               assemblies are imported via CIF file
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 926               displayed when threshold or conservation colouring is also
 927               enabled.
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 931               server version
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 935               dragging a selected region off the visible region of the
 936               alignment
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 940               colourscheme to all groups in a view
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 944               initially after font size change using the Font chooser or
 945               middle-mouse zoom
 946             </li>
 947           </ul>
 948         </div></td>
 949     </tr>
 950     <tr>
 951       <td width="60" nowrap>
 952         <div align="center">
 953           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 954         </div>
 955       </td>
 956       <td><div align="left">
 957           <em>Calculations</em>
 958           <ul>
 959
 960             <li>
 961               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 962               ungapped positions in each column of the alignment.
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 966               a calculation dialog box
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 970               and memory efficiency (~30x faster)
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 974               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 975               and other calculations
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 979               files within the Jalview codebase
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 983               Similarity may have different topology due to increased
 984               precision
 985             </li>
 986           </ul>
 987           <em>Rendering</em>
 988           <ul>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 991               model for alignments and groups
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 995               scripts
 996             </li>
 997           </ul>
 998           <em>Overview</em>
 999           <ul>
1000             <li>
1001               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1002               with alignment and overview windows
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1006               overview
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1010               omitted in Overview
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1014               adjustment of visible position
1015             </li>
1016           </ul>
1017
1018           <em>Data import/export</em>
1019           <ul>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1022               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1026               annotation input/output via stockholm flatfile
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1030               extension when importing structure files without embedded
1031               names or PDB accessions
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1035               format sequence substitution matrices
1036             </li>
1037           </ul>
1038           <em>User Interface</em>
1039           <ul>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1042               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1043               the application.
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1047               via Overview or sequence motif search operations
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1051               opened by double clicking gaps within sequence feature
1052               extent
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1056               aligned positions were available to create a 3D structure
1057               superposition.
1058             </li>
1059           </ul>
1060           <em>3D Structure</em>
1061           <ul>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1064               coloured in linked structure views
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1068               file-based command exchange
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1072               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1073               structures are already available for sequences
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1077               the Jalview project rather than downloaded again when the
1078               project is reopened.
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1082               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1083               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1084                 Feature</strong>)
1085             </li>
1086           </ul>
1087           <em>Web Services</em>
1088           <ul>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1094               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1095               Analysis services
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1099               cross-references provided by identifiers.org and the
1100               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1101             </li>
1102           </ul>
1103
1104           <em>Scripting</em>
1105           <ul>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1108               identifying file formats (instead of String constants)
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1112               efficiency when counting all displayed features (not
1113               backwards compatible with 2.10.1)
1114             </li>
1115           </ul>
1116           <em>Example files</em>
1117           <ul>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1120               included in the example feature file
1121             </li>
1122           </ul>
1123           <em>Documentation</em>
1124           <ul>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1127               with the built-in Java help viewer
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1131               sequence description' option
1132             </li>
1133           </ul>
1134           <em>Test Suite</em>
1135           <ul>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1138               Uniprot REST Free Text Search Client
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1142             </li>
1143             <li>
1144               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1145               during tests
1146             </li>
1147           </ul>
1148         </div></td>
1149       <td><div align="left">
1150           <em>Calculations</em>
1151           <ul>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1154               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1155               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1156             </li>
1157             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1158               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1159               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1160               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1161               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1162               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1163               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1164               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1165               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1166               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1167               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1168               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1169               // for 2.10.1 mode <br />
1170               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1171               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1172                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1173                 calculations (not recommended)</em></li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1176               scaling of branch lengths for trees computed using
1177               Sequence Feature Similarity.
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1181               generating output report when working with highly
1182               redundant alignments
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1186               right of selected region when gaps present on right-hand
1187               boundary
1188             </li>
1189           </ul>
1190           <em>User Interface</em>
1191           <ul>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1194               doesn't reselect a specific sequence's associated
1195               annotation after it was used for colouring a view
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1199               opened on a region of alignment without groups
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1203               of an alignment with overlapping groups
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1207               name and description match
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1211               hidden regions results in incorrect hidden regions
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1215               changing colour does not apply Conservation slider value
1216               to all groups
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1220               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1224               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1228               gaps before start of features
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1232               restored to UI when feature colour is edited
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1236               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1240               as graduate feature colour settings are modified via the
1241               dialog box
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1245               when a group defined on the alignment is resized
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1249               wrapped view result in positional status updates
1250             </li>
1251
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1254               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1258               alignment included gapped columns
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1262               widgets don't permanently disappear
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1266               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1267               T-Coffee column reliability scores)
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1271               sequence feature on gaps only
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1275               button from a Find inherit previously defined feature type
1276               rather than the Find query string
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1280               exporting tree calculated in Jalview
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1284               and then revealing them reorders sequences on the
1285               alignment
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1289               doesn't update to reflect available set of groups after
1290               interactively adding or modifying features
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1294               Linux
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1298               only excluded gaps in current sequence and ignored
1299               selection.
1300             </li>
1301           </ul>
1302           <em>Rendering</em>
1303           <ul>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1306               erratically when hidden rows or columns are present
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1310               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1311               sequence colouring
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1315               colour and group colour menu for protein alignments
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1319               reflect currently selected view or group's shading
1320               thresholds
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1324               when rendered on overview and structures when opacity at
1325               100%
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1329               overview when features overlaid on alignment
1330             </li>
1331           </ul>
1332           <em>Data import/export</em>
1333           <ul>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1336               load
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1340               added after a sequence was imported are not written to
1341               Stockholm File
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1345               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1349               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1353               with lightGray or darkGray via features file (but can
1354               specify lightgray)
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1358               when alignment view imported from project
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1362               structure and sequences extracted from structure files
1363               imported via URL and viewed in Jmol
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1367               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1368               the project is loaded and the structure viewed
1369             </li>
1370           </ul>
1371           <em>Web Services</em>
1372           <ul>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1375               release of Ensembl v.88
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1379               appear enabled in Preferences->Connections
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1383               removed from console output
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1387               Ensembl by Peptide ID
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1391               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1392               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1393               due to 'null' string rather than empty string used for
1394               residues with no corresponding PDB mapping).
1395             </li>
1396           </ul>
1397           <em>Application UI</em>
1398           <ul>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1401               menu
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1405               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1406               new documentation and tooltips added)
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1410               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1414               new features are added to alignment
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1418               changes to feature colours via the Amend features dialog
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1422               edit graduated feature colour via amend features dialog
1423               box
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1427               selection menu changes colours of alignment views
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1431               from alignment calculation workers after alignment has
1432               been closed
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1436               groups now 'Create Group'
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1440               Create/Undefine group doesn't always work
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1444               shown again after pressing 'Cancel'
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1448               adjusts start position in wrap mode
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1452               ambiguous amino acids
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1456               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1457               proteins
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1461               Defined' don't appear in Colours menu
1462             </li>
1463           </ul>
1464           <em>Applet</em>
1465           <ul>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1468               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1472               overview or linked structure view
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1476               work (since 2.8)
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1480               user-defined colourscheme doesn't restore original
1481               colourscheme
1482             </li>
1483           </ul>
1484           <em>Test Suite</em>
1485           <ul>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1488               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1492               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1493               problems with deep array comparison equality asserts in
1494               successive versions of TestNG
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1498               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1499             </li>
1500           </ul>
1501           <em>New Known Issues</em>
1502           <ul>
1503             <li>
1504               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1505               phase after a sequence motif find operation
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1509               containing just upper and lower case letters are
1510               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1514               reliably from eggnog Ortholog database
1515             </li>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1518               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1519               to mark columns containing highlighted regions.
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1523               doesn't always add secondary structure annotation.
1524             </li>
1525           </ul>
1526         </div>
1527     <tr>
1528       <td width="60" nowrap>
1529         <div align="center">
1530           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1531         </div>
1532       </td>
1533       <td><div align="left">
1534           <em>General</em>
1535           <ul>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1538               for all consensus calculations
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1542               3rd Oct 2016)
1543             </li>
1544             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1545               for 2016-2017</li>
1546           </ul>
1547           <em>Application</em>
1548           <ul>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1551               set of database cross-references, sorted alphabetically
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1555               from database cross references. Users with custom links
1556               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1557                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1561               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1562               Chimera session
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1566               the Chimera it is connected to is shut down
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1570               columns menu item to mark columns containing highlighted
1571               regions (e.g. from structure selections or results of a
1572               Find operation)
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1576               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1577               MSAviewer
1578             </li>
1579           </ul>
1580         </div></td>
1581       <td>
1582         <div align="left">
1583           <em>General</em>
1584           <ul>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1587               are not coloured or thresholded according to percent
1588               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1592               hydrophobic
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1596               threshold, amino acid properties)
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1600               reported as mapped to residues in a structure file in the
1601               View Mapping report
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1605               could be added multiple times to a sequence
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1609               bond features shown as two highlighted residues rather
1610               than a range in linked structure views, and treated
1611               correctly when selecting and computing trees from features
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1615               cross-references are matched to database name regardless
1616               of case
1617             </li>
1618
1619           </ul>
1620           <em>Application</em>
1621           <ul>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1624               names without regular expressions also offer links from
1625               Sequence ID
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1629               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1630               update Jalview configuration
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1634               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1638               files with similarly named sequences if dropped onto the
1639               alignment
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1643               entries where more chains exist in the PDB accession than
1644               are reported in the SIFTS file
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1648               the structure view when displayed with Chimera
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1652               panel's View->Show Chains submenu
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1656               work for wrapped alignment views
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1660               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1664               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1665               first annotation row
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1669               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1673               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1674             </li>
1675             <!-- JAL-2319 -->
1676             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1677             coordindate data
1678             </li>
1679           </ul>
1680           <!--           <em>New Known Issues</em>
1681           <ul>
1682             <li></li>
1683           </ul> -->
1684         </div>
1685       </td>
1686     </tr>
1687     <td width="60" nowrap>
1688       <div align="center">
1689         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1690           <em>25/10/2016</em></strong>
1691       </div>
1692     </td>
1693     <td><em>Application</em>
1694       <ul>
1695         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1696           view if structures already loaded</li>
1697         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1698           structure views</li>
1699       </ul></td>
1700     <td>
1701       <div align="left">
1702         <em>General</em>
1703         <ul>
1704           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1705             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1706           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1707             example sequences/projects/trees</li>
1708         </ul>
1709         <em>Application</em>
1710         <ul>
1711           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1712             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1713           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1714             without timeout for structures with multiple models or
1715             multiple sequences in alignment</li>
1716           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1717             PDB ID HEADER line</li>
1718           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1719             is performed</li>
1720           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1721             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1722           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1723           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1724             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1725             option</li>
1726           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1727             is created on the alignment</li>
1728           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1729             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1730             pop-up menu</li>
1731         </ul>
1732         <em>Build and deployment</em>
1733         <ul>
1734           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1735             tags</li>
1736         </ul>
1737         <em>New Known Issues</em>
1738         <ul>
1739           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1740             on Windows</li>
1741         </ul>
1742       </div>
1743     </td>
1744     </tr>
1745     <tr>
1746       <td width="60" nowrap>
1747         <div align="center">
1748           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1749         </div>
1750       </td>
1751       <td><em>General</em>
1752         <ul>
1753           <li>
1754             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1755           </li>
1756           <li>
1757             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1758             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1759             better PDB parsing.
1760           </li>
1761           <li>
1762             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1763             reference sequence
1764           </li>
1765           <li>
1766             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1767             mousing over sequence associated annotation
1768           </li>
1769           <li>
1770             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1771             for manual entry
1772           </li>
1773           <li>
1774             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1775             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1776             for each column
1777           </li>
1778           <li>
1779             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1780             showing or hiding columns containing a feature
1781           </li>
1782           <li>
1783             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1784             group and sequence associated annotation labels
1785           </li>
1786           <li>
1787             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1788             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1789             dialogs
1790           </li>
1791
1792         </ul> <em>Application</em>
1793         <ul>
1794           <li>
1795             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1796             gene/transcript view
1797           </li>
1798           <li>
1799             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1800             dialog
1801           </li>
1802           <li>
1803             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1804             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1805           </li>
1806           <li>
1807             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1808             Pfam sources to xfam.org
1809           </li>
1810           <li>
1811             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1812           </li>
1813           <li>
1814             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1815             over sequences in Jalview
1816           </li>
1817           <li>
1818             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1819             regions in ENA and EMBL
1820           </li>
1821           <li>
1822             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1823             for record retrieval via ENA rest API
1824           </li>
1825           <li>
1826             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1827             complement operator
1828           </li>
1829           <li>
1830             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1831             groovy script execution
1832           </li>
1833           <li>
1834             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1835             alignment window's Calculate menu
1836           </li>
1837           <li>
1838             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1839             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1840           </li>
1841           <li>
1842             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1843             calculation workers from groovy scripts
1844           </li>
1845           <li>
1846             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1847             Jalview projects
1848           </li>
1849           <li>
1850             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1851             associations are now saved/restored from project
1852           </li>
1853           <li>
1854             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1855             before sequence fetcher is opened
1856           </li>
1857           <li>
1858             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1859             database chooser opens a sequence fetcher
1860           </li>
1861           <li>
1862             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1863             the UniProt REST API
1864           </li>
1865           <li>
1866             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1867             the news reader opening
1868           </li>
1869           <li>
1870             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1871             querying stored in preferences
1872           </li>
1873           <li>
1874             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1875             search results
1876           </li>
1877           <li>
1878             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1879           </li>
1880           <li>
1881             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1882             menu for nucleotide sequences
1883           </li>
1884           <li>
1885             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1886             and feature counts preserves alignment ordering (and
1887             debugged for complex feature sets).
1888           </li>
1889           <li>
1890             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1891             viewing structures with Jalview 2.10
1892           </li>
1893           <li>
1894             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1895             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1896             Ensembl Genomes REST API
1897           </li>
1898           <li>
1899             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1900             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1901             (Ensembl)
1902           </li>
1903           <li>
1904             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1905             sequences
1906           </li>
1907           <li>
1908             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1909             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1910             data from external database records.
1911           </li>
1912           <li>
1913             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1914             efficient recovery of sequence coding and alignment
1915             annotation relationships.
1916           </li>
1917         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1918         <ul>
1919           <li>
1920             -- JAL---
1921           </li>
1922         </ul> --></td>
1923       <td>
1924         <div align="left">
1925           <em>General</em>
1926           <ul>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1929               menu on OSX
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1933               includes graduated colourschemes
1934             </li>
1935             <li>
1936               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1937               working with big alignments and lots of hidden columns
1938             </li>
1939             <li>
1940               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1941               at right of alignment window
1942             </li>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1945               contents
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1949               for DNA alignments
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1953               based tree calculation
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1957               unconserved enabled for group on alignment
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1961               set as reference
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1965               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1966               annotation
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1970               hidden columns present
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1974               user created annotation added to alignment
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1978               '()' base pair annotation
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1982               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1983               Consensus
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1987               feature not working
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1991               beginning of sequence
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1995               entry 3a6s
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1999               from a tree when t-coffee scores are shown
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2003               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2007               some structures
2008             </li>
2009             <li>
2010               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2011               to Clustal, PIR and PileUp output
2012             </li>
2013             <li>
2014               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2015               not visible causes alignment window to repaint
2016             </li>
2017             <li>
2018               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2019               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2020               scores associated with features and annotation rows
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2024               calculation should be case independent
2025             </li>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2028               columns
2029             </li>
2030             <li>
2031               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2032               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2033               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2034             </li>
2035             <li>
2036               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2037               problems when reference sequence defined and 'show
2038               non-conserved' enabled
2039             </li>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2042               load even when Consensus calculation is disabled
2043             </li>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2046               alignment does nothing
2047             </li>
2048           </ul>
2049           <em>Application</em>
2050           <ul>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2053               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2054               yet fixed for El Capitan)
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2058               output when running on non-gb/us i18n platforms
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2062               hidden sequences as flat-file alignment
2063             </li>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2066               launching Chimera
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2070               (also hotfix for 2.9.0b2)
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2074               reference sequence defined
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2078               alignments and views when revealing hidden columns
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2082               view in a cDNA/Protein splitframe
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2086               sequence from project when only one sequence is
2087               represented
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2091               in Structure Chooser
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2095               structure consensus didn't refresh annotation panel
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2099               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2103               dialogs format columns correctly, don't display array
2104               data, sort columns according to type
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2108               file chooser is cancelled during an image export
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2112               sequence name containing special characters
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2116               case insensitive
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2120               formatting don't wrap
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2124               truncated so L looks like I in consensus annotation
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2128               currently displayed features for the current selection or
2129               view
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2133               after fetching cross-references, and restoring from
2134               project
2135             </li>
2136             <li>
2137               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2138               followed in the structure viewer
2139             </li>
2140             <li>
2141               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2142               splitframe not restored from project
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2146               trailing end of protein alignment in transcript/product
2147               splitview when pad-gaps not enabled by default
2148             </li>
2149             <li>
2150               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2151               is case dependent
2152             </li>
2153             <li>
2154               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2155               article has been read (reopened issue due to
2156               internationalisation problems)
2157             </li>
2158             <li>
2159               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2160               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2161               cross-references
2162             </li>
2163
2164             <li>
2165               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2166               alignment as HTML
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2170               multiple structures are shown for one or more sequences.
2171             </li>
2172             <li>
2173               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2174               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2175               is enabled.
2176             </li>
2177             <li>
2178               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2179               specific PDB id for sequence
2180             </li>
2181             <li>
2182               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2183               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2184               columns' is disabled.
2185             </li>
2186             <li>
2187               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2188               selects lowest rather than highest resolution structures
2189               for each sequence
2190             </li>
2191             <li>
2192               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2193               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2194             </li>
2195             <li>
2196               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2197               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2198             </li>
2199             <li>
2200               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2201               after clicking on it to create new annotation for a
2202               column.
2203             </li>
2204             <li>
2205               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2206               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2207             </li>
2208             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2209             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2210           </ul>
2211           <em>Applet</em>
2212           <ul>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2215               hidden columns present before start of sequence
2216             </li>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2219               (JSON jars)
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2223               sequences are hidden in applet
2224             </li>
2225             <li>
2226               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2227               deployment on examples pages.
2228             </li>
2229           </ul>
2230         </div>
2231       </td>
2232     </tr>
2233     <tr>
2234       <td width="60" nowrap>
2235         <div align="center">
2236           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2237             <em>16/10/2015</em></strong>
2238         </div>
2239       </td>
2240       <td><em>General</em>
2241         <ul>
2242           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2243             jars</li>
2244         </ul></td>
2245       <td>
2246         <div align="left">
2247           <em>Application</em>
2248           <ul>
2249             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2250               shown when tree is partitioned</li>
2251             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2252               multiple cDNA/Protein split views</li>
2253           </ul>
2254         </div>
2255       </td>
2256     </tr>
2257     <tr>
2258       <td width="60" nowrap>
2259         <div align="center">
2260           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2261             <em>8/10/2015</em></strong>
2262         </div>
2263       </td>
2264       <td><em>General</em>
2265         <ul>
2266           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2267             2.9</li>
2268         </ul> <em>Application</em>
2269         <ul>
2270           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2271           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2272           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2273         </ul> <em>Applet</em>
2274         <ul>
2275           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2276         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2277         <ul>
2278           <li>
2279             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2280             suite
2281           </li>
2282         </ul></td>
2283       <td>
2284         <div align="left">
2285           <em>General</em>
2286           <ul>
2287             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2288               incorrect when sequence start > 1</li>
2289             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2290               documentation</li>
2291             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2292             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2293               loading a features file containing HTML tags in feature
2294               description</li>
2295
2296           </ul>
2297           <em>Application</em>
2298           <ul>
2299             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2300               reimport</li>
2301             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2302               with 'trim retrieved sequences'</li>
2303             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2304               deleting selected columns</li>
2305             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2306               JNLP templates for webstart launch</li>
2307             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2308               unreleased structures for download or viewing</li>
2309             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2310               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2311             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2312               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2313             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2314               recovered from jalview project</li>
2315             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2316               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2317               alignment view</li>
2318             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2319               color schemes from BioJSON</li>
2320           </ul>
2321           <em>Applet</em>
2322           <ul>
2323             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2324               frame</li>
2325             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2326           </ul>
2327         </div>
2328       </td>
2329     </tr>
2330     <tr>
2331       <td><div align="center">
2332           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2333         </div></td>
2334       <td><em>General</em>
2335         <ul>
2336           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2337             alignments:
2338             <ul>
2339               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2340                 and DNA alignment views</li>
2341               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2342                 cDNA alignment views</li>
2343               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2344                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2345               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2346                 protein sequences</li>
2347             </ul>
2348           </li>
2349           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2350           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2351             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2352           <li>New alignment annotation file statements for
2353             reference sequences and marking hidden columns</li>
2354           <li>Reference sequence based alignment shading to
2355             highlight variation</li>
2356           <li>Select or hide columns according to alignment
2357             annotation</li>
2358           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2359           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2360             acid conservation row</li>
2361           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2362         </ul> <em>Application</em>
2363         <ul>
2364           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2365             <ul>
2366               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2367                 view with cDNA/Protein</li>
2368               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2369                 sequences are placed in the same alignment</li>
2370               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2371                 projects</li>
2372             </ul>
2373           </li>
2374
2375           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2376           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2377             Jalview windows</li>
2378
2379           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2380           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2381           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2382             be shown in VARNA</li>
2383
2384           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2385             as the active selected region</li>
2386
2387           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2388             similarity</li>
2389           <li>New Export options
2390             <ul>
2391               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2392                 region export in flat file generation</li>
2393
2394               <li>Export alignment views for display with the <a
2395                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2396
2397               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2398               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2399                 alignment figures to HTML</li>
2400           </li>
2401           <li>3D structure retrieval and display
2402             <ul>
2403               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2404                 Search API</li>
2405               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2406                 PDB structures for a sequence set</li>
2407             </ul>
2408           </li>
2409
2410           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2411             predictions</li>
2412           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2413             for one or a group of sequences</li>
2414           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2415             from the JPred4 web server</li>
2416           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2417             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2418             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2419           </li>
2420           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2421             VARNA 2D Structure'</li>
2422           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2423             Structure ..."</li>
2424
2425         </ul> <em>Applet</em>
2426         <ul>
2427           <li>New layout for applet example pages</li>
2428           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2429             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2430           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2431             Protein alignments</li>
2432         </ul> <em>Development and deployment</em>
2433         <ul>
2434           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2435           <li>Include installation type and git revision in build
2436             properties and console log output</li>
2437           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2438             storing BioJsMSA Templates</li>
2439           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2440         </ul></td>
2441       <td>
2442         <!-- <em>General</em>
2443         <ul>
2444         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2445         <ul>
2446           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2447           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2448           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2449             predictions are not highlighted in amber</li>
2450           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2451             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2452           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2453             associated structure views</li>
2454           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2455             width checkbox not enabled</li>
2456           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2457             creating user defined colours</li>
2458           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2459             mappings for just that viewer's sequences</li>
2460           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2461             multiple models in Chimera</li>
2462           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2463             over Jmol structure</li>
2464           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2465             output to text box</li>
2466           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2467             have incorrect sequence start/end</li>
2468           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2469             Jalview fails</li>
2470           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2471             work for nucleotide</li>
2472           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2473             to a grey/invisible alignment window</li>
2474           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2475             imports to different position</li>
2476           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2477             on some platforms</li>
2478           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2479             populated</li>
2480           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2481             console if Chimera has been opened</li>
2482           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2483           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2484             retrieved</li>
2485           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2486           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2487             either sequence shows on first structure</li>
2488           <li>'Show annotations' options should not make
2489             non-positional annotations visible</li>
2490           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2491             in right place after 'view flanking regions'</li>
2492           <li>File Save As type unset when current file format is
2493             unknown</li>
2494           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2495             projects</li>
2496           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2497             responsive</li>
2498           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2499             several views on same alignment</li>
2500           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2501           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2502             spaces</li>
2503         </ul> <em>Applet</em>
2504         <ul>
2505           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2506           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2507             descriptions containing angle brackets</li>
2508         </ul> <em>General</em>
2509         <ul>
2510           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2511             via jalview annotation file</li>
2512           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2513             with RNA secondary structure</li>
2514           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2515             translation doesn't work.</li>
2516           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2517           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2518             positions</li>
2519           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2520             choosing 1pt font</li>
2521           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2522             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2523             'h'</li>
2524           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2525             new feature</li>
2526           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2527             order dependent</li>
2528           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2529             sequences</li>
2530           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2531         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2532         <ul>
2533           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2534             www.jalview.org</li>
2535         </ul> <em>Application Known issues</em>
2536         <ul>
2537           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2538           <li>Misleading message appears after trying to delete
2539             solid column.</li>
2540           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2541             version launches</li>
2542           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2543             fails with a sequence mismatch</li>
2544           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2545             scrolling alignment to right</li>
2546           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2547             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2548           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2549             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2550           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2551             ultra-high resolution</li>
2552           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2553             quality and conservation</li>
2554           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2555             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2556         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2557         <ul>
2558           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2559           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2560             window is being resized</li>
2561
2562         </ul>
2563       </td>
2564     </tr>
2565     <tr>
2566       <td><div align="center">
2567           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2568         </div></td>
2569       <td><em>General</em>
2570         <ul>
2571           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2572             Certum.PL.</li>
2573           <li>Features and annotation preserved when performing
2574             pairwise alignment</li>
2575           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2576             imported/exported/displayed</li>
2577           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2578             protein secondary structure</li>
2579           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2580               post-hoc with 2.9 release</em>)
2581           </li>
2582
2583         </ul> <em>Application</em>
2584         <ul>
2585           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2586             with 3D structures</li>
2587           <li>Support for parsing RNAML</li>
2588           <li>Annotations menu for layout
2589             <ul>
2590               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2591               <li>place sequence annotation above/below alignment
2592                 annotation</li>
2593             </ul>
2594           <li>Output in Stockholm format</li>
2595           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2596             translation</li>
2597           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2598           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2599             shared between alignments</li>
2600           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2601             Jalview</li>
2602           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2603             all or current selection</li>
2604           <li>disorder and secondary structure predictions
2605             available as dataset annotation</li>
2606           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2607
2608
2609           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2610             alignments from Rfam</li>
2611           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2612
2613           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2614             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2615           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2616           <li>include installation type in build properties and
2617             console log output</li>
2618           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2619             annotation</li>
2620         </ul></td>
2621       <td>
2622         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2623         <ul>
2624           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2625             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2626           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2627             alignment</li>
2628           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2629           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2630           <li>Double click on sequence associated annotation
2631             selects only first column</li>
2632           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2633             leaves shown in tree</li>
2634           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2635             properly</li>
2636           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2637           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2638             screen and buttons not visible</li>
2639           <li>author list isn't updated if already written to
2640             Jalview properties</li>
2641           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2642             from database</li>
2643           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2644           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2645             browser search window</li>
2646           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2647             in feature settings dialog</li>
2648           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2649             desktop</li>
2650           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2651             pass validation</li>
2652           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2653             fit on screen</li>
2654           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2655             tooltip</li>
2656           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2657             defined user preset</li>
2658           <li>MSA web services warns user if they were launched
2659             with invalid input</li>
2660           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2661             Java 8</li>
2662           <li>
2663             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2664             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2665             created
2666           </li>
2667
2668         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2669         <ul>
2670         </ul> <em>General</em>
2671         <ul>
2672         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2673         <ul>
2674           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2675             memory allocation</li>
2676           <li>launchApp service doesn't automatically open
2677             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2678           <li>
2679             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2680             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2681             1.7_055 is available
2682           </li>
2683         </ul> <em>Application Known issues</em>
2684         <ul>
2685           <li>
2686             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2687             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2688             alignment to right
2689           </li>
2690           <li>
2691             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2692             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2693             with large number of ID
2694           </li>
2695           <li>
2696             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2697             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2698             start/end
2699           </li>
2700           <li>
2701             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2702             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2703             structure tracks are rearranged
2704           </li>
2705           <li>
2706             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2707             invalid rna structure positional highlighting does not
2708             highlight position of invalid base pairs
2709           </li>
2710           <li>
2711             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2712             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2713             project from alignment window file menu
2714           </li>
2715           <li>
2716             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2717             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2718             structures
2719           </li>
2720           <li>
2721             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2722             colour by RNA Helices not enabled when user created
2723             annotation added to alignment
2724           </li>
2725           <li>
2726             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2727             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2728           </li>
2729         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2730         <ul>
2731           <li>
2732             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2733             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2734           </li>
2735           <li>
2736             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2737             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2738           </li>
2739
2740           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2741             when selected</li>
2742         </ul>
2743       </td>
2744     </tr>
2745     <tr>
2746       <td><div align="center">
2747           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2748         </div></td>
2749       <td>
2750         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2751         <em>General</em>
2752         <ul>
2753           <li>Internationalisation of user interface (usually
2754             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2755           <li>Define/Undefine group on current selection with
2756             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2757           <li>Improved group creation/removal options in
2758             alignment/sequence Popup menu</li>
2759           <li>Sensible precision for symbol distribution
2760             percentages shown in logo tooltip.</li>
2761           <li>Annotation panel height set according to amount of
2762             annotation when alignment first opened</li>
2763         </ul> <em>Application</em>
2764         <ul>
2765           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2766             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2767           <li>Select columns containing particular features from
2768             Feature Settings dialog</li>
2769           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2770             sequences</li>
2771           <li>Update Jalview project format:
2772             <ul>
2773               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2774               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2775                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2776               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2777                 colouring</li>
2778             </ul>
2779           </li>
2780           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2781             (PAM250)</li>
2782           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2783             flanking regions for an alignment</li>
2784         </ul>
2785       </td>
2786       <td>
2787         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2788         <ul>
2789           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2790             running after job is cancelled</li>
2791           <li>cannot export features from alignments imported from
2792             Jalview/VAMSAS projects</li>
2793           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2794             float values</li>
2795           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2796             have 'display all symbols' flag set</li>
2797           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2798             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2799           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2800             Jalview</li>
2801           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2802             Lion/Webstart</li>
2803           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2804           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2805           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2806             alignment onto desktop</li>
2807           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2808             'extract scores' function</li>
2809           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2810             alignment window</li>
2811           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2812             performing IUPred disorder prediction</li>
2813           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2814             changing 'normalise logo' display setting</li>
2815           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2816             nothing matches query</li>
2817           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2818             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2819           </li>
2820           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2821             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2822           </li>
2823           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2824             Jalview's menu</li>
2825           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2826             'invalid literal/length code'</li>
2827           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2828             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2829           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2830             colourscheme</li>
2831
2832         </ul> <em>Applet</em>
2833         <ul>
2834           <li>Remove group option is shown even when selection is
2835             not a group</li>
2836           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2837             don't affect groups</li>
2838           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2839             colourscheme name</li>
2840           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2841             Annotation panel is not displayed</li>
2842           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2843             embedded windows</li>
2844         </ul> <em>Other</em>
2845         <ul>
2846           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2847             single sequence were not calculated</li>
2848           <li>annotation files that contain only groups imported as
2849             annotation and junk sequences</li>
2850           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2851             recognised as PFAM or BLC</li>
2852           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2853             doesn't affect background (2.8.0b1)
2854           <li></li>
2855           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2856           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2857             trailing gaps</li>
2858           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2859             registered correctly on import</li>
2860           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2861             certain alignments</li>
2862           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2863             existing annotation based 'use original colours'
2864             colourscheme loses original colours setting</li>
2865         </ul>
2866       </td>
2867     </tr>
2868     <tr>
2869       <td><div align="center">
2870           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2871             <em>30/1/2014</em></strong>
2872         </div></td>
2873       <td>
2874         <ul>
2875           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2876             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2877             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2878             open source project).
2879           </li>
2880           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2881           <li>Output in Stockholm format</li>
2882           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2883           <li>Export/import group and sequence associated line
2884             graph thresholds</li>
2885           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2886             ambiguity codes</li>
2887           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2888             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2889             works</li>
2890           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2891         </ul> <em>Other improvements</em>
2892         <ul>
2893           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2894           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2895             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2896           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2897             files</li>
2898           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2899           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2900             link but no description</li>
2901           <li>Select primary source when selecting authority in
2902             database fetcher GUI</li>
2903           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2904             Jalview</li>
2905           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2906         </ul>
2907       </td>
2908       <td>
2909         <ul>
2910           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2911             displayed</li>
2912           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2913             secondary structure annotation line</li>
2914           <li>Sequence database accessions not imported when
2915             fetching alignments from Rfam</li>
2916           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2917             identical IDs</li>
2918           <li>View all structures does not always superpose
2919             structures</li>
2920           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2921             reflect user or preset settings</li>
2922           <li>Null pointer exceptions for some services without
2923             presets or adjustable parameters</li>
2924           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2925             discover PDB xRefs</li>
2926           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2927             features with DAS</li>
2928           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2929             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2930           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2931             residue follows a gap</li>
2932           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2933             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2934           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2935             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2936           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2937             annotation already exists on alignment</li>
2938           <li>oninit javascript function should be called after
2939             initialisation completes</li>
2940           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2941             alignment window display</li>
2942           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2943           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2944             to annotation file</li>
2945           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2946             groups created</li>
2947           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2948             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2949           <li>Pressing return several times causes Number Format
2950             exceptions in keyboard mode</li>
2951           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2952             correct partitions for input data</li>
2953           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2954           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2955           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2956           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2957             mode</li>
2958           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2959             changes one row&#39;s threshold</li>
2960           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2961             doesn&#39;t open</li>
2962           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2963             quality histograms</li>
2964         </ul>
2965       </td>
2966     </tr>
2967     <tr>
2968       <td><div align="center">
2969           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2970         </div></td>
2971       <td><em>Application</em>
2972         <ul>
2973           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2974             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2975           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2976             preferences</li>
2977           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2978             in Jalview alignment window</li>
2979           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2980             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2981           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2982             RNA and ambiguity codes</li>
2983
2984           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2985           <li>Support fetching and database reference look up
2986             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2987             refs')</li>
2988           <li>Jalview project improvements
2989             <ul>
2990               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2991                 flag for annotation</li>
2992               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2993                 alignment</li>
2994               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2995                 Jalview project</li>
2996
2997             </ul>
2998           </li>
2999           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3000           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3001             running</li>
3002           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3003           <li>visual indication that web service results are still
3004             being retrieved from server</li>
3005           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3006             starts up for first time</li>
3007           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3008             services</li>
3009           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3010             client library</li>
3011           <li>Examples directory and Groovy library included in
3012             InstallAnywhere distribution</li>
3013         </ul> <em>Applet</em>
3014         <ul>
3015           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3016             visualization applet example</li>
3017         </ul> <em>General</em>
3018         <ul>
3019           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3020           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3021             defaults</li>
3022           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3023             calculation</li>
3024           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3025             matrices
3026           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3027             in HTML</li>
3028           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3029             structure contacts</li>
3030           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3031           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3032           <li>Parse sequence associated secondary structure
3033             information in Stockholm files</li>
3034           <li>HTML Export database accessions and annotation
3035             information presented in tooltip for sequences</li>
3036           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3037             style RNA alignment files</li>
3038           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3039             alignment</li>
3040           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3041             shade each sequence according to its associated alignment
3042             annotation</li>
3043           <li>New Jalview Logo</li>
3044         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3045         <ul>
3046           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3047           <li>New Website!</li>
3048         </ul></td>
3049       <td><em>Application</em>
3050         <ul>
3051           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3052             wsdbfetch REST service</li>
3053           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3054           <li>Filetype associations not installed for webstart
3055             launch</li>
3056           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3057             job execution in full once it is complete</li>
3058           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3059             uploaded via ali_file parameter</li>
3060           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3061           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3062           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3063             submitted for prediction</li>
3064           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3065             desktop window</li>
3066           <li>Putting fractional value into integer text box in
3067             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3068           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3069             windows 7</li>
3070           <li>View all structures fails with exception shown in
3071             structure view</li>
3072           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3073             escaped in a platform independent way</li>
3074           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3075             using proxy</li>
3076           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3077             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3078           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3079             failure when java web start temporary file caching is
3080             disabled</li>
3081           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3082             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3083           <li>Errors during processing of command line arguments
3084             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3085           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3086             DAS sources in sequence fetcher</li>
3087           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3088             dialog is shown</li>
3089           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3090           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3091           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3092           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3093             on OSX Mountain Lion</li>
3094           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3095             sequences with alignment annotation are pasted into the
3096             alignment</li>
3097           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3098             when loaded from Jalview project</li>
3099           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3100           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3101             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3102           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3103             associated with all views</li>
3104           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3105             annotation rows to new window</li>
3106         </ul> <em>Applet</em>
3107         <ul>
3108           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3109             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3110           <li>loading features via javascript API automatically
3111             enables feature display</li>
3112           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3113             work</li>
3114         </ul> <em>General</em>
3115         <ul>
3116           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3117           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3118             and then deselected</li>
3119           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3120           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3121             coloured with clustalx</li>
3122           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3123             exceptions and redraw errors</li>
3124           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3125             reconfigured view</li>
3126           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3127             colour</li>
3128           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3129             for lots of labels</li>
3130         </ul>
3131     </tr>
3132     <tr>
3133       <td>
3134         <div align="center">
3135           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3136         </div>
3137       </td>
3138       <td><em>Application</em>
3139         <ul>
3140           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3141           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3142           <li>View/alignment association menu to enable user to
3143             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3144             its colours/correspondences from</li>
3145           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3146           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3147             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3148           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3149           <li>Annotation row column label formatting attributes
3150             stored in project file</li>
3151           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3152             rows preserved in Jalview project file</li>
3153           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3154             saved using Desktop window menu</li>
3155           <li>Visual indication that command line arguments are
3156             still being processed</li>
3157           <li>Groovy script execution from URL</li>
3158           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3159             preferences</li>
3160           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3161             alignment with sequences that have high similarity and
3162             matching IDs</li>
3163           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3164           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3165             structures in same window</li>
3166           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3167           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3168             analysis function in its own submenu</li>
3169         </ul> <em>Applet</em>
3170         <ul>
3171           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3172             groups</li>
3173           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3174           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3175           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3176           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3177           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3178             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3179           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3180           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3181             parameters are treated as such</li>
3182           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3183             <ul>
3184               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3185               <li>Javascript callbacks for
3186                 <ul>
3187                   <li>Applet initialisation</li>
3188                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3189                 </ul>
3190               </li>
3191               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3192                 functions</li>
3193               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3194               <li>javascript structure viewer harness to pass
3195                 messages between Jmol and Jalview when running as
3196                 distinct applets</li>
3197               <li>sortBy method</li>
3198               <li>Set of applet and application examples shipped
3199                 with documentation</li>
3200               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3201                 javascript message exchange</li>
3202             </ul>
3203         </ul> <em>General</em>
3204         <ul>
3205           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3206             multiple alignments</li>
3207           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3208           <li>User configurable link to enable redirects to a
3209             www.Jalview.org mirror</li>
3210           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3211           <li>Configurable newline string when writing alignment
3212             and other flat files</li>
3213           <li>Allow alignment annotation description lines to
3214             contain html tags</li>
3215         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3216         <ul>
3217           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3218             examples</li>
3219           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3220             using a web service before displaying the result in the
3221             Jalview desktop</li>
3222           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3223           <li>Ant target to publish example html files with applet
3224             archive</li>
3225           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3226           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3227         </ul></td>
3228       <td><em>Application</em>
3229         <ul>
3230           <li>User defined colourscheme throws exception when
3231             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3232           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3233             dialog for valid filename/format</li>
3234           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3235           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3236             P37173</li>
3237           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3238             which sequence is to be associated with the file</li>
3239           <li>Find All raises null pointer exception when query
3240             only matches sequence IDs</li>
3241           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3242           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3243             2.4 cannot be loaded</li>
3244           <li>Filetype associations not installed for webstart
3245             launch</li>
3246           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3247             with sequences in different alignments do not get coloured
3248             by their associated sequence</li>
3249           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3250             not preserved when project is loaded</li>
3251           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3252             stored in Jalview project</li>
3253           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3254             Jalview project</li>
3255           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3256           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3257             by conservation</li>
3258           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3259             created on new view</li>
3260           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3261             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3262           <li>Alignment quality not updated after alignment
3263             annotation row is hidden then shown</li>
3264           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3265             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3266           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3267             properly</li>
3268           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3269             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3270           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3271           <li>Structures imported from file and saved in project
3272             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3273           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3274             job execution in full once it is complete</li>
3275         </ul> <em>Applet</em>
3276         <ul>
3277           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3278             annotation rows are displayed</li>
3279           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3280             codebase</li>
3281           <li>View follows highlighting does not work for positions
3282             in sequences</li>
3283           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3284           <li>Export features raises exception when no features
3285             exist</li>
3286           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3287             for javascript api is modified when separator string
3288             provided as parameter</li>
3289           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3290             alignment with no existing selection</li>
3291           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3292             to applet&#39;s codebase</li>
3293           <li>Status bar not updated after finished searching and
3294             search wraps around to first result</li>
3295           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3296             several Jalview applets causes race conditions and memory
3297             leaks</li>
3298           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3299             not sent from Jmol in applet</li>
3300           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3301             applet API fatally hang browser</li>
3302         </ul> <em>General</em>
3303         <ul>
3304           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3305             position with wrapped view and hidden regions</li>
3306           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3307             with/without hidden columns</li>
3308           <li>Sequence length given in alignment properties window
3309             is off by 1</li>
3310           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3311             import PDB like structure files</li>
3312           <li>Positional search results are only highlighted
3313             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3314           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3315           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3316             given sequence position</li>
3317           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3318             output</li>
3319           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3320             from nucleotide chains correctly</li>
3321           <li>Structure colours not updated when tree partition
3322             changed in alignment</li>
3323           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3324             parsed in interleaved stockholm</li>
3325           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3326             state</li>
3327           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3328             properly</li>
3329           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3330             properly associated with their pdb files</li>
3331         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3332         <ul>
3333           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3334             ApplyCopyright tool</li>
3335         </ul></td>
3336     </tr>
3337     <tr>
3338       <td>
3339         <div align="center">
3340           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3341         </div>
3342       </td>
3343       <td><em>Application</em>
3344         <ul>
3345           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3346             contact web services</li>
3347           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3348             service job window</li>
3349           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3350         </ul></td>
3351       <td>
3352         <ul>
3353           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3354             pir file emitted by Jalview</li>
3355           <li>Existing feature settings transferred to new
3356             alignment view created from cut'n'paste</li>
3357           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3358             parsing PDB files</li>
3359           <li>Consensus and conservation annotation rows
3360             occasionally become blank for all new windows</li>
3361           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3362             in wrapped view mode</li>
3363         </ul> <em>Application</em>
3364         <ul>
3365           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3366             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3367           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3368             parameter names</li>
3369           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3370             is down</li>
3371         </ul>
3372       </td>
3373     </tr>
3374     <tr>
3375       <td>
3376         <div align="center">
3377           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3378         </div>
3379       </td>
3380       <td><em>Application</em>
3381         <ul>
3382           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3383             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3384             (JABAWS)
3385           </li>
3386           <li>Web Services preference tab</li>
3387           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3388             preferences</li>
3389           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3390           <li>Superpose structures using associated sequence
3391             alignment</li>
3392           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3393             viewer</li>
3394         </ul> <em>Applet</em>
3395         <ul>
3396           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3397             link out mechanism</li>
3398         </ul> <em>Other</em>
3399         <ul>
3400           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3401             series 12</li>
3402           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3403             require Java 1.5</li>
3404           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3405             sequence annotation files</li>
3406           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3407             type colour specification</li>
3408           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3409             script to check if it being run in an interactive session or
3410             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3411         </ul></td>
3412       <td>
3413         <ul>
3414           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3415             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3416         </ul> <em>Application</em>
3417         <ul>
3418           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3419             selected Regions menu item</li>
3420           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3421             part of a valid accession ID</li>
3422           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3423             runs out of memory</li>
3424           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3425             analysis results</li>
3426           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3427             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3428           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3429         </ul> <em>Applet</em>
3430         <ul>
3431           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3432             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3433             defined.</li>
3434         </ul>
3435       </td>
3436     </tr>
3437     <tr>
3438       <td>
3439         <div align="center">
3440           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3441         </div>
3442       </td>
3443       <td></td>
3444       <td>
3445         <ul>
3446           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3447             sequence IDs</li>
3448           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3449             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3450           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3451             import correctly</li>
3452           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3453             number of columns are hidden</li>
3454           <li>annotation label popup menu not providing correct
3455             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3456             present</li>
3457           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3458             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3459           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3460             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3461
3462         </ul> <em>Applet</em>
3463         <ul>
3464           <li>annotation panel disappears when annotation is
3465             hidden/removed</li>
3466         </ul> <em>Application</em>
3467         <ul>
3468           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3469             alignment opened where annotation panel is visible but no
3470             annotations are present on alignment</li>
3471           <li>pasted region containing hidden columns is
3472             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3473           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3474             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3475           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3476             selected Rregions menu item.</li>
3477           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3478             'Un' or 'Non'conserved</li>
3479           <li>Sequence feature settings are being shared by
3480             multiple distinct alignments</li>
3481           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3482             changed</li>
3483           <li>double click on group annotation to select sequences
3484             does not propagate to associated trees</li>
3485           <li>Mac OSX specific issues:
3486             <ul>
3487               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3488                 window background</li>
3489               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3490                 name set correctly</li>
3491               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3492                 save feature colourscheme button</li>
3493             </ul>
3494           </li>
3495         </ul>
3496       </td>
3497     </tr>
3498     <tr>
3499
3500       <td>
3501         <div align="center">
3502           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3503         </div>
3504       </td>
3505       <td><em>New Capabilities</em>
3506         <ul>
3507           <li>URL links generated from description line for
3508             regular-expression based URL links (applet and application)
3509
3510           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3511             menu</li>
3512           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3513             structures</li>
3514           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3515             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3516           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3517             average score or total feature count for each sequence.</li>
3518           <li>Shading features by score or associated description</li>
3519           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3520             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3521           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3522             hide everything but the currently selected region.</li>
3523           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3524         </ul> <em>Application</em>
3525         <ul>
3526           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3527             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3528           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3529             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3530           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3531             database references and protein_name is parsed as
3532             description line (BioSapiens terms).</li>
3533           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3534             references in sequence ID tooltip from View menu in
3535             application.</li>
3536           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3537       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3538           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3539             conservation plots</li>
3540           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3541             and visualized as sequence logos</li>
3542           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3543             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3544           </li>
3545           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3546             when a new tree is opened.</li>
3547           <li>Jalview Java Console</li>
3548           <li>Better placement of desktop window when moving
3549             between different screens.</li>
3550           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3551             consensus annotation</li>
3552           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3553             Workflows</li>
3554           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3555             <ul>
3556               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3557                 used to preserve views, structures, and tree display
3558                 settings)</li>
3559               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3560                 command line</li>
3561               <li>Sharing of selected regions between views and
3562                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3563               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3564             </ul></li>
3565         </ul> <em>Applet</em>
3566         <ul>
3567           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3568           <li>New Parameters
3569             <ul>
3570               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3571                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3572                 opened.</li>
3573               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3574                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3575               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3576                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3577               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3578                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3579                 view</li>
3580               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3581                 increase the height or width of a cell in the alignment
3582                 grid relative to the current font size.</li>
3583             </ul>
3584           </li>
3585           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3586             tooltip</li>
3587         </ul> <em>Other</em>
3588         <ul>
3589           <li>Features format: graduated colour definitions and
3590             specification of feature scores</li>
3591           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3592             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3593             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3594           <li>XML formats extended to support graduated feature
3595             colourschemes, group associated annotation, and profile
3596             visualization settings.</li></td>
3597       <td>
3598         <ul>
3599           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3600             rather than description</li>
3601           <li>Non-positional features are now included in sequence
3602             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3603             visibility in tooltip).</li>
3604           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3605           <li>Added URL embedding instructions to features file
3606             documentation.</li>
3607           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3608             'X' in peptide product</li>
3609           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3610             sequence ID and sequence string and query strings do not
3611             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3612           <li>AMSA files only contain first column of
3613             multi-character column annotation labels</li>
3614           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3615             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3616             exported and re-imported)</li>
3617           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3618             name</li>
3619           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3620             as subsequence matches, and correctly reports total number
3621             of both.</li>
3622           <li>Application:
3623             <ul>
3624               <li>Better handling of exceptions during sequence
3625                 retrieval</li>
3626               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3627                 link text excludes the start_end suffix</li>
3628               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3629                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3630               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3631               <li>Sequence description lines properly shared via
3632                 VAMSAS</li>
3633               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3634                 data sources</li>
3635               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3636                 completes before alignment figures are generated.</li>
3637               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3638                 first time.</li>
3639               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3640                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3641               <li>User defined group colours properly recovered
3642                 from Jalview projects.</li>
3643             </ul>
3644           </li>
3645         </ul>
3646       </td>
3647
3648     </tr>
3649     <tr>
3650       <td>
3651         <div align="center">
3652           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3653         </div>
3654       </td>
3655       <td>
3656         <ul>
3657           <li>Experimental support for google analytics usage
3658             tracking.</li>
3659           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3660         </ul>
3661       </td>
3662       <td>
3663         <ul>
3664           <li>Race condition in applet preventing startup in
3665             jre1.6.0u12+.</li>
3666           <li>Exception when feature created from selection beyond
3667             length of sequence.</li>
3668           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3669           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3670             all sequences with a given id</li>
3671           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3672             ID string searches</li>
3673           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3674             alignment to fail with exception</li>
3675         </ul> <em>Application Issues</em>
3676         <ul>
3677           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3678           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3679             data sources</li>
3680         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3681         <ul>
3682           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3683             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3684           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3685             version (java class versioning error fixed)</li>
3686         </ul>
3687       </td>
3688     </tr>
3689     <tr>
3690       <td>
3691
3692         <div align="center">
3693           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3694         </div>
3695       </td>
3696       <td><em>User Interface</em>
3697         <ul>
3698           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3699             translation and protein products</li>
3700           <li>Linked highlighting of structure associated with
3701             residue mapping to codon position</li>
3702           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3703             and 'clear' button</li>
3704           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3705             Tools menu</li>
3706           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3707             numeric data in description line</li>
3708           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3709           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3710             of sequence</li>
3711         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3712         <ul>
3713           <li>JPred3 web service</li>
3714           <li>Prototype sequence search client (no public services
3715             available yet)</li>
3716           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3717             PFAM</li>
3718           <li>URL Links created for matching database cross
3719             references as well as sequence ID</li>
3720           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3721         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3722         <ul>
3723           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3724             databases</li>
3725           <li>Generalised database reference retrieval and
3726             validation to all fetchable databases</li>
3727           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3728             sequence command</li>
3729         </ul> <em>Import and Export</em>
3730         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3731         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3732           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3733         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3734           File</li>
3735         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3736           triplet as name of colourscheme</li>
3737         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3738         <ul>
3739           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3740           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3741             alignments (experimental)</li>
3742           <li>Create new or select existing session to join</li>
3743           <li>load and save of vamsas documents</li>
3744         </ul> <em>Application command line</em>
3745         <ul>
3746           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3747             from applet)</li>
3748           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3749             of DAS servers to query for alignment features</li>
3750           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3751             that are also automatically queried for features</li>
3752           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3753             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3754         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3755         <ul>
3756           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3757             application (when using &quot;View in full
3758             application&quot;)</li>
3759         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3760         <ul>
3761           <li>feature group display control parameter</li>
3762           <li>debug parameter</li>
3763           <li>showbutton parameter</li>
3764         </ul> <em>Applet API methods</em>
3765         <ul>
3766           <li>newView public method</li>
3767           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3768           <li>Feature display control methods</li>
3769           <li>get list of currently selected sequences</li>
3770         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3771         <ul>
3772           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3773           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3774             Jalview release.</li>
3775           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3776             property controls execution of obfuscator</li>
3777           <li>Build target for generating source distribution</li>
3778           <li>Debug flag for javacc</li>
3779           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3780             jalview.bin.Cache</li>
3781           <li>Continuous Build Integration for stable and
3782             development version of Application, Applet and source
3783             distribution</li>
3784         </ul></td>
3785       <td>
3786         <ul>
3787           <li>selected region output includes visible annotations
3788             (for certain formats)</li>
3789           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3790             for editing</li>
3791           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3792           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3793           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3794           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3795             comments</li>
3796           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3797             filenames containing a ':'</li>
3798           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3799             global sequence features</li>
3800           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3801             references from alignment sequences goes to zero</li>
3802           <li>Close of tree branch colour box without colour
3803             selection causes cascading exceptions</li>
3804           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3805           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3806             file parsing fails.</li>
3807           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3808           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3809             not a valid output format</li>
3810           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3811             vamsas</li>
3812           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3813           <li>error messages passed up and output when data read
3814             fails</li>
3815           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3816             sequence is edited</li>
3817           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3818             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3819           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3820             filetype</li>
3821           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3822             import fixed for PFAM records</li>
3823           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3824             window list</li>
3825           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3826             can be read and written correctly to annotation file</li>
3827           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3828             correctly</li>
3829           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3830             non-italic font for representatives in Applet</li>
3831           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3832             Macs.</li>
3833           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3834             Applet)</li>
3835           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3836             due to null pointer exceptions</li>
3837           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3838             first column of alignment</li>
3839           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3840             July 2008</li>
3841           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3842             file is case-insensitive</li>
3843           <li>Sequence features read from Features file appended to
3844             all sequences with matching IDs</li>
3845           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3846             containing a sub-sequence</li>
3847           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3848           <li>feature and annotation file applet parameters
3849             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3850           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3851           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3852             splash-screen version check to complete</li>
3853           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3854             when passing them to the launchApp service</li>
3855           <li>display name and local features preserved in results
3856             retrieved from web service</li>
3857           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3858             sequence fetcher initialisation</li>
3859           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3860             dasobert DAS client</li>
3861           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3862             association</li>
3863           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3864             sequences
3865           </li>
3866         </ul>
3867       </td>
3868     </tr>
3869     <tr>
3870       <td>
3871         <div align="center">
3872           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3873         </div>
3874       </td>
3875       <td>
3876         <ul>
3877           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3878           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3879           <li>Slide sequences</li>
3880           <li>Edit sequence in place</li>
3881           <li>EMBL CDS features</li>
3882           <li>DAS Feature mapping</li>
3883           <li>Feature ordering</li>
3884           <li>Alignment Properties</li>
3885           <li>Annotation Scores</li>
3886           <li>Sort by scores</li>
3887           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3888         </ul>
3889       </td>
3890       <td>
3891         <ul>
3892           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3893           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3894           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3895           <li>Feature group display state in XML</li>
3896           <li>Feature ordering in XML</li>
3897           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3898           <li>Stockholm alignment properties</li>
3899           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3900           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3901           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3902           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3903         </ul>
3904       </td>
3905
3906     </tr>
3907     <tr>
3908       <td>
3909         <div align="center">
3910           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3911         </div>
3912       </td>
3913       <td>
3914         <ul>
3915           <li>Non standard characters can be read and displayed
3916           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3917             applet via textbox
3918           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3919             name &amp; description
3920           <li>Preference setting to display sequence name in
3921             italics
3922           <li>Annotation file format extended to allow
3923             Sequence_groups to be defined
3924           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3925             specified in preferences
3926           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3927             sequences
3928         </ul>
3929       </td>
3930       <td>
3931         <ul>
3932           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3933             installed
3934           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3935           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3936         </ul>
3937       </td>
3938     </tr>
3939     <tr>
3940       <td>
3941         <div align="center">
3942           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3943         </div>
3944       </td>
3945       <td>
3946         <ul>
3947           <li>Multiple views on alignment
3948           <li>Sequence feature editing
3949           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3950           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3951           <li>Background dependent text colour
3952           <li>Right align sequence ids
3953           <li>User-defined lower case residue colours
3954           <li>Format Menu
3955           <li>Select Menu
3956           <li>Menu item accelerator keys
3957           <li>Control-V pastes to current alignment
3958           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3959           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3960           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3961
3962           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3963         </ul>
3964       </td>
3965       <td>
3966         <ul>
3967           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3968           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3969             calculations
3970           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3971             edits
3972           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3973             of alignment)
3974           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3975
3976           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3977             display correctly
3978           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3979           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3980             analysis results
3981           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3982             &#8739;
3983           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3984           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3985           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3986
3987         </ul>
3988       </td>
3989     </tr>
3990     <tr>
3991       <td>
3992         <div align="center">
3993           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3994         </div>
3995       </td>
3996       <td>
3997         <ul>
3998           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3999         </ul>
4000       </td>
4001       <td>
4002         <ul>
4003           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4004             sequence id panel has been resized</li>
4005           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4006             rendered</li>
4007           <li>Annotation files with sequence references - all
4008             elements in file are relative to sequence position</li>
4009           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4010         </ul>
4011       </td>
4012     </tr>
4013     <tr>
4014       <td>
4015         <div align="center">
4016           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4017         </div>
4018       </td>
4019       <td>
4020         <ul>
4021           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4022           <li>DAS Feature fetching</li>
4023           <li>Hide sequences and columns</li>
4024           <li>Export Annotations and Features</li>
4025           <li>GFF file reading / writing</li>
4026           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4027             files</li>
4028           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4029           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4030           <li>Applet can launch the full application</li>
4031           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4032             required)</li>
4033           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4034           <li>Applet can load sequences from parameter
4035             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4036           </li>
4037         </ul>
4038       </td>
4039       <td>
4040         <ul>
4041           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4042           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4043           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4044         </ul>
4045       </td>
4046     </tr>
4047     <tr>
4048       <td>
4049         <div align="center">
4050           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4051         </div>
4052       </td>
4053       <td>
4054         <ul>
4055           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4056           <li>Choose to match case when searching</li>
4057           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4058             expand the visible width and height of the alignment</li>
4059         </ul>
4060       </td>
4061       <td>
4062         <ul>
4063           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4064         </ul>
4065       </td>
4066     </tr>
4067     <tr>
4068       <td>
4069         <div align="center">
4070           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4071         </div>
4072       </td>
4073       <td>&nbsp;</td>
4074       <td>
4075         <ul>
4076           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4077           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4078             value</li>
4079         </ul>
4080       </td>
4081     </tr>
4082     <tr>
4083       <td>
4084         <div align="center">
4085           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4086         </div>
4087       </td>
4088       <td>
4089         <ul>
4090           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4091           <li>Keyboard editing</li>
4092           <li>Create sequence features from searches</li>
4093           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4094             alignments</li>
4095           <li>Features file allows grouping of features</li>
4096           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4097           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4098           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4099         </ul>
4100       </td>
4101       <td>
4102         <ul>
4103           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4104           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4105             descriptions saved.</li>
4106         </ul>
4107       </td>
4108     </tr>
4109     <tr>
4110       <td>
4111         <div align="center">
4112           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4113         </div>
4114       </td>
4115       <td>
4116         <ul>
4117           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4118           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4119           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4120             name for file output</li>
4121           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4122           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4123             used for HTML form input</li>
4124         </ul>
4125       </td>
4126       <td>
4127         <ul>
4128           <li>HTML output writes groups and features</li>
4129           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4130           <li>File IO bugs</li>
4131         </ul>
4132       </td>
4133     </tr>
4134     <tr>
4135       <td>
4136         <div align="center">
4137           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4138         </div>
4139       </td>
4140       <td>
4141         <ul>
4142           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4143           <li>More options for PCA viewer</li>
4144         </ul>
4145       </td>
4146       <td>
4147         <ul>
4148           <li>GUI bugs resolved</li>
4149           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4150         </ul>
4151       </td>
4152     </tr>
4153     <tr>
4154       <td height="63">
4155         <div align="center">
4156           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4157         </div>
4158       </td>
4159       <td>
4160         <ul>
4161           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4162           <li>Jar files are executable</li>
4163           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4164         </ul>
4165       </td>
4166       <td>
4167         <ul>
4168           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4169           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4170           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4171         </ul>
4172       </td>
4173     </tr>
4174     <tr>
4175       <td>
4176         <div align="center">
4177           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4178         </div>
4179       </td>
4180       <td>
4181         <ul>
4182           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4183         </ul>
4184       </td>
4185       <td>
4186         <ul>
4187           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4188         </ul>
4189       </td>
4190     </tr>
4191     <tr>
4192       <td>
4193         <div align="center">
4194           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4195         </div>
4196       </td>
4197       <td>
4198         <ul>
4199           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4200             size</li>
4201         </ul>
4202       </td>
4203       <td>
4204         <ul>
4205           <li>Improved JPred client reliability</li>
4206           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4207         </ul>
4208       </td>
4209     </tr>
4210     <tr>
4211       <td>
4212         <div align="center">
4213           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4214         </div>
4215       </td>
4216       <td>
4217         <ul>
4218           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4219           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4220           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4221             to Colour Menu</li>
4222           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4223           <li>Unix users can set default web browser</li>
4224           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4225           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4226         </ul>
4227       </td>
4228       <td>
4229         <ul>
4230           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4231         </ul>
4232       </td>
4233     </tr>
4234     <tr>
4235       <td>
4236         <div align="center">
4237           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4238         </div>
4239       </td>
4240       <td>&nbsp;</td>
4241       <td>
4242         <ul>
4243           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4244             alignment order.</li>
4245         </ul>
4246       </td>
4247     </tr>
4248     <tr>
4249       <td>
4250         <div align="center">
4251           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4252         </div>
4253       </td>
4254       <td>
4255         <ul>
4256           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4257           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4258           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4259             annotations.</li>
4260           <li>Version and build date written to build properties
4261             file.</li>
4262           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4263             at launch of Jalview.</li>
4264         </ul>
4265       </td>
4266       <td>
4267         <ul>
4268           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4269           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4270           <li>Can remove groups one by one.</li>
4271           <li>Filechooser icons installed.</li>
4272           <li>Finder ignores return character when searching.
4273             Return key will initiate a search.<br>
4274           </li>
4275         </ul>
4276       </td>
4277     </tr>
4278     <tr>
4279       <td>
4280         <div align="center">
4281           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4282         </div>
4283       </td>
4284       <td>
4285         <ul>
4286           <li>New codebase</li>
4287         </ul>
4288       </td>
4289       <td>&nbsp;</td>
4290     </tr>
4291   </table>
4292   <p>&nbsp;</p>
4293 </body>
4294 </html>