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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>23/1/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78       </td>
  79       <td><div align="left">
  80           <ul>
  81             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
  82             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
  83             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
  84             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
  85             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
  86             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
  87           </ul>
  88       </td>
  89     </tr>
  90     <tr>
  91       <td width="60" nowrap>
  92         <div align="center">
  93           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
  94         </div>
  95       </td>
  96       <td><div align="left">
  97           <em></em>
  98           <ul>
  99             <li>
 100               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 101               rendering of sequence features
 102             </li>
 103             <li>
 104               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 105               429 rate limit request hander
 106             </li>
 107             <li>
 108               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 109               their colours have changed
 110             </li>
 111             <li>
 112               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 113               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 114             </li>
 115             <li>
 116               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 117               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 118             </li>
 119             <li>
 120               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 121               view from Ensembl locus cross-references
 122             </li>
 123             <li>
 124               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 125               Alignment report
 126             </li>
 127             <li>
 128               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 129               feature can be disabled
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 133               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 134             </li>
 135             <li>
 136               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 137               Uniprot
 138             </li>
 139           </ul>
 140           <em>Scripting</em>
 141           <ul>
 142             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 143             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 144               percent identity scores for current alignment.</li>
 145           </ul>
 146           <em>Testing and Deployment</em>
 147           <ul>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 150             </li>
 151           </ul>
 152         </div></td>
 153       <td><div align="left">
 154           <em>General</em>
 155           <ul>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 158               threshold text field doesn't trigger an update to the
 159               alignment view
 160             </li>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 163               strings in parallel
 164             </li>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 167               alignment window is closed
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 171               group visibility
 172             </li>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 175               takes a long time in Cursor mode
 176             </li>
 177           </ul>
 178           <em>Desktop</em>
 179           <ul>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 182               cannot be viewed in Chimera
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 186               CDS/Protein view
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 190               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 191               Search Dialogs
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 201               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 202             </li>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 205               scrolling right in unwapped alignment view
 206             </li>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 209               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 210               database
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 214               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 218               features of same type and group to be selected for
 219               amending
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 223               alignments when hidden columns are present
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 227               displaying several structures
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 231               moving a window
 232             </li>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 235               within the Jalview desktop on OSX
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 239               when in wrapped alignment mode
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 243               hand end of alignment
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 247               each selected sequence do not have correct start/end
 248               positions
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 252               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 256               restoring project until a new view is created
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 260               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 261               configured (since 2.10.2b2)
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 265               position is adjusted
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 269               in a multi-chain structure when viewing alignment
 270               involving more than one chain (since 2.10)
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 274               if new selection moves alignment window
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 278               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 282               that produces correctly annotated transcripts and products
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 286               doesn't update associated structure view
 287             </li>
 288           </ul>
 289           <em>Applet</em><br />
 290           <ul>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 293               closing alignment panel
 294             </li>
 295           </ul>
 296           <em>BioJSON</em><br />
 297           <ul>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 300               non-positional features
 301             </li>
 302           </ul>
 303           <em>New Known Issues</em>
 304           <ul>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 307               sequence features correctly (for many previous versions of
 308               Jalview)
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 312               using cursor in wrapped panel other than top
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 316               graduated colour threshold
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 320               always preserve numbering and sequence features
 321             </li>
 322           </ul>
 323           <em>Known Java 9 Issues</em>
 324           <ul>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 327               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 328               9.01, OSX 10.10)
 329             </li>
 330           </ul>
 331         </div></td>
 332     </tr>
 333     <tr>
 334       <td width="60" nowrap>
 335         <div align="center">
 336           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 337             <em>2/10/2017</em></strong>
 338         </div>
 339       </td>
 340       <td><div align="left">
 341           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 342           <ul>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 345             </li>
 346             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 347             </li>
 348           </ul>
 349         </div></td>
 350       <td><div align="left">
 351         </div></td>
 352     </tr>
 353     <tr>
 354       <td width="60" nowrap>
 355         <div align="center">
 356           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 357             <em>7/9/2017</em></strong>
 358         </div>
 359       </td>
 360       <td><div align="left">
 361           <em></em>
 362           <ul>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 365               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 366               white)
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 370               Preferences
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 374               in size and progress bar shown as higher resolution
 375               overview is recalculated
 376             </li>
 377
 378           </ul>
 379         </div></td>
 380       <td><div align="left">
 381           <em></em>
 382           <ul>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 385               column region row by row
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 389               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 393               format setting is unticked
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 397               if group has show boxes format setting unticked
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 401               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 402               include sequences and columns not currently displayed
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 406               assemblies are imported via CIF file
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 410               displayed when threshold or conservation colouring is also
 411               enabled.
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 415               server version
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 419               dragging a selected region off the visible region of the
 420               alignment
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 424               colourscheme to all groups in a view
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 428               initially after font size change using the Font chooser or
 429               middle-mouse zoom
 430             </li>
 431           </ul>
 432         </div></td>
 433     </tr>
 434     <tr>
 435       <td width="60" nowrap>
 436         <div align="center">
 437           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 438         </div>
 439       </td>
 440       <td><div align="left">
 441           <em>Calculations</em>
 442           <ul>
 443
 444             <li>
 445               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 446               ungapped positions in each column of the alignment.
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 450               a calculation dialog box
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 454               and memory efficiency (~30x faster)
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 458               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 459               and other calculations
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 463               files within the Jalview codebase
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 467               Similarity may have different topology due to increased
 468               precision
 469             </li>
 470           </ul>
 471           <em>Rendering</em>
 472           <ul>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 475               model for alignments and groups
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 479               scripts
 480             </li>
 481           </ul>
 482           <em>Overview</em>
 483           <ul>
 484             <li>
 485               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 486               with alignment and overview windows
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 490               overview
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 494               omitted in Overview
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 498               adjustment of visible position
 499             </li>
 500           </ul>
 501
 502           <em>Data import/export</em>
 503           <ul>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 506               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 510               annotation input/output via stockholm flatfile
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 514               extension when importing structure files without embedded
 515               names or PDB accessions
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 519               format sequence substitution matrices
 520             </li>
 521           </ul>
 522           <em>User Interface</em>
 523           <ul>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 526               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 527               the application.
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 531               via Overview or sequence motif search operations
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 535               opened by double clicking gaps within sequence feature
 536               extent
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 540               aligned positions were available to create a 3D structure
 541               superposition.
 542             </li>
 543           </ul>
 544           <em>3D Structure</em>
 545           <ul>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 548               coloured in linked structure views
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 552               file-based command exchange
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 556               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 557               structures are already available for sequences
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 561               the Jalview project rather than downloaded again when the
 562               project is reopened.
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 566               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 567               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 568                 Feature</strong>)
 569             </li>
 570           </ul>
 571           <em>Web Services</em>
 572           <ul>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 578               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 579               Analysis services
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 583               cross-references provided by identifiers.org and the
 584               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 585             </li>
 586           </ul>
 587
 588           <em>Scripting</em>
 589           <ul>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 592               identifying file formats (instead of String constants)
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 596               efficiency when counting all displayed features (not
 597               backwards compatible with 2.10.1)
 598             </li>
 599           </ul>
 600           <em>Example files</em>
 601           <ul>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 604               included in the example feature file
 605             </li>
 606           </ul>
 607           <em>Documentation</em>
 608           <ul>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 611               with the built-in Java help viewer
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 615               sequence description' option
 616             </li>
 617           </ul>
 618           <em>Test Suite</em>
 619           <ul>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 622               Uniprot REST Free Text Search Client
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 629               during tests
 630             </li>
 631           </ul>
 632         </div></td>
 633       <td><div align="left">
 634           <em>Calculations</em>
 635           <ul>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 638               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 639               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 640             </li>
 641             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 642               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 643               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 644               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 645               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 646               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 647               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 648               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 649               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 650               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 651               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 652               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 653               // for 2.10.1 mode <br />
 654               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 655               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 656                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 657                 calculations (not recommended)</em></li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 660               scaling of branch lengths for trees computed using
 661               Sequence Feature Similarity.
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 665               generating output report when working with highly
 666               redundant alignments
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 670               right of selected region when gaps present on right-hand
 671               boundary
 672             </li>
 673           </ul>
 674           <em>User Interface</em>
 675           <ul>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 678               doesn't reselect a specific sequence's associated
 679               annotation after it was used for colouring a view
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 683               opened on a region of alignment without groups
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 687               of an alignment with overlapping groups
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 691               name and description match
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 695               hidden regions results in incorrect hidden regions
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 699               changing colour does not apply Conservation slider value
 700               to all groups
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 704               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 708               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 712               gaps before start of features
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 716               restored to UI when feature colour is edited
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 720               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 724               as graduate feature colour settings are modified via the
 725               dialog box
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 729               when a group defined on the alignment is resized
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 733               wrapped view result in positional status updates
 734             </li>
 735
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 738               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 742               alignment included gapped columns
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 746               widgets don't permanently disappear
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 750               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 751               T-Coffee column reliability scores)
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 755               sequence feature on gaps only
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 759               button from a Find inherit previously defined feature type
 760               rather than the Find query string
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 764               exporting tree calculated in Jalview
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 768               and then revealing them reorders sequences on the
 769               alignment
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 773               doesn't update to reflect available set of groups after
 774               interactively adding or modifying features
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 778               Linux
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 782               only excluded gaps in current sequence and ignored
 783               selection.
 784             </li>
 785           </ul>
 786           <em>Rendering</em>
 787           <ul>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 790               erratically when hidden rows or columns are present
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 794               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 795               sequence colouring
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 799               colour and group colour menu for protein alignments
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 803               reflect currently selected view or group's shading
 804               thresholds
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 808               when rendered on overview and structures when opacity at
 809               100%
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 813               overview when features overlaid on alignment
 814             </li>
 815           </ul>
 816           <em>Data import/export</em>
 817           <ul>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 820               load
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 824               added after a sequence was imported are not written to
 825               Stockholm File
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 829               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 833               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 837               with lightGray or darkGray via features file (but can
 838               specify lightgray)
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 842               when alignment view imported from project
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 846               structure and sequences extracted from structure files
 847               imported via URL and viewed in Jmol
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 851               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 852               the project is loaded and the structure viewed
 853             </li>
 854           </ul>
 855           <em>Web Services</em>
 856           <ul>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 859               release of Ensembl v.88
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 863               appear enabled in Preferences->Connections
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 867               removed from console output
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 871               Ensembl by Peptide ID
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 875               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 876               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 877               due to 'null' string rather than empty string used for
 878               residues with no corresponding PDB mapping).
 879             </li>
 880           </ul>
 881           <em>Application UI</em>
 882           <ul>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 885               menu
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 889               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 890               new documentation and tooltips added)
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 894               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 898               new features are added to alignment
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 902               changes to feature colours via the Amend features dialog
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 906               edit graduated feature colour via amend features dialog
 907               box
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 911               selection menu changes colours of alignment views
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 915               from alignment calculation workers after alignment has
 916               been closed
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 920               groups now 'Create Group'
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 924               Create/Undefine group doesn't always work
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 928               shown again after pressing 'Cancel'
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 932               adjusts start position in wrap mode
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 936               ambiguous amino acids
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 940               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 941               proteins
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 945               Defined' don't appear in Colours menu
 946             </li>
 947           </ul>
 948           <em>Applet</em>
 949           <ul>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 952               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 956               overview or linked structure view
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 960               work (since 2.8)
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 964               user-defined colourscheme doesn't restore original
 965               colourscheme
 966             </li>
 967           </ul>
 968           <em>Test Suite</em>
 969           <ul>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 972               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 976               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 977               problems with deep array comparison equality asserts in
 978               successive versions of TestNG
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 982               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 983             </li>
 984           </ul>
 985           <em>New Known Issues</em>
 986           <ul>
 987             <li>
 988               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 989               phase after a sequence motif find operation
 990             </li>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 993               containing just upper and lower case letters are
 994               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 998               reliably from eggnog Ortholog database
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1002               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1003               to mark columns containing highlighted regions.
1004             </li>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1007               doesn't always add secondary structure annotation.
1008             </li>
1009           </ul>
1010         </div>
1011     <tr>
1012       <td width="60" nowrap>
1013         <div align="center">
1014           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1015         </div>
1016       </td>
1017       <td><div align="left">
1018           <em>General</em>
1019           <ul>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1022               for all consensus calculations
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1026               3rd Oct 2016)
1027             </li>
1028             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1029               for 2016-2017</li>
1030           </ul>
1031           <em>Application</em>
1032           <ul>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1035               set of database cross-references, sorted alphabetically
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1039               from database cross references. Users with custom links
1040               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1041                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1042             </li>
1043             <li>
1044               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1045               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1046               Chimera session
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1050               the Chimera it is connected to is shut down
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1054               columns menu item to mark columns containing highlighted
1055               regions (e.g. from structure selections or results of a
1056               Find operation)
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1060               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1061               MSAviewer
1062             </li>
1063           </ul>
1064         </div></td>
1065       <td>
1066         <div align="left">
1067           <em>General</em>
1068           <ul>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1071               are not coloured or thresholded according to percent
1072               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1076               hydrophobic
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1080               threshold, amino acid properties)
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1084               reported as mapped to residues in a structure file in the
1085               View Mapping report
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1089               could be added multiple times to a sequence
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1093               bond features shown as two highlighted residues rather
1094               than a range in linked structure views, and treated
1095               correctly when selecting and computing trees from features
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1099               cross-references are matched to database name regardless
1100               of case
1101             </li>
1102
1103           </ul>
1104           <em>Application</em>
1105           <ul>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1108               names without regular expressions also offer links from
1109               Sequence ID
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1113               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1114               update Jalview configuration
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1118               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1122               files with similarly named sequences if dropped onto the
1123               alignment
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1127               entries where more chains exist in the PDB accession than
1128               are reported in the SIFTS file
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1132               the structure view when displayed with Chimera
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1136               panel's View->Show Chains submenu
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1140               work for wrapped alignment views
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1144               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1148               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1149               first annotation row
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1153               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1157               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1158             </li>
1159             <!-- JAL-2319 -->
1160             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1161             coordindate data
1162             </li>
1163           </ul>
1164           <!--           <em>New Known Issues</em>
1165           <ul>
1166             <li></li>
1167           </ul> -->
1168         </div>
1169       </td>
1170     </tr>
1171     <td width="60" nowrap>
1172       <div align="center">
1173         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1174           <em>25/10/2016</em></strong>
1175       </div>
1176     </td>
1177     <td><em>Application</em>
1178       <ul>
1179         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1180           view if structures already loaded</li>
1181         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1182           structure views</li>
1183       </ul></td>
1184     <td>
1185       <div align="left">
1186         <em>General</em>
1187         <ul>
1188           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1189             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1190           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1191             example sequences/projects/trees</li>
1192         </ul>
1193         <em>Application</em>
1194         <ul>
1195           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1196             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1197           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1198             without timeout for structures with multiple models or
1199             multiple sequences in alignment</li>
1200           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1201             PDB ID HEADER line</li>
1202           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1203             is performed</li>
1204           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1205             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1206           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1207           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1208             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1209             option</li>
1210           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1211             is created on the alignment</li>
1212           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1213             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1214             pop-up menu</li>
1215         </ul>
1216         <em>Build and deployment</em>
1217         <ul>
1218           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1219             tags</li>
1220         </ul>
1221         <em>New Known Issues</em>
1222         <ul>
1223           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1224             on Windows</li>
1225         </ul>
1226       </div>
1227     </td>
1228     </tr>
1229     <tr>
1230       <td width="60" nowrap>
1231         <div align="center">
1232           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1233         </div>
1234       </td>
1235       <td><em>General</em>
1236         <ul>
1237           <li>
1238             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1239           </li>
1240           <li>
1241             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1242             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1243             better PDB parsing.
1244           </li>
1245           <li>
1246             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1247             reference sequence
1248           </li>
1249           <li>
1250             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1251             mousing over sequence associated annotation
1252           </li>
1253           <li>
1254             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1255             for manual entry
1256           </li>
1257           <li>
1258             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1259             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1260             for each column
1261           </li>
1262           <li>
1263             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1264             showing or hiding columns containing a feature
1265           </li>
1266           <li>
1267             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1268             group and sequence associated annotation labels
1269           </li>
1270           <li>
1271             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1272             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1273             dialogs
1274           </li>
1275
1276         </ul> <em>Application</em>
1277         <ul>
1278           <li>
1279             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1280             gene/transcript view
1281           </li>
1282           <li>
1283             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1284             dialog
1285           </li>
1286           <li>
1287             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1288             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1289           </li>
1290           <li>
1291             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1292             Pfam sources to xfam.org
1293           </li>
1294           <li>
1295             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1296           </li>
1297           <li>
1298             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1299             over sequences in Jalview
1300           </li>
1301           <li>
1302             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1303             regions in ENA and EMBL
1304           </li>
1305           <li>
1306             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1307             for record retrieval via ENA rest API
1308           </li>
1309           <li>
1310             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1311             complement operator
1312           </li>
1313           <li>
1314             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1315             groovy script execution
1316           </li>
1317           <li>
1318             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1319             alignment window's Calculate menu
1320           </li>
1321           <li>
1322             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1323             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1324           </li>
1325           <li>
1326             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1327             calculation workers from groovy scripts
1328           </li>
1329           <li>
1330             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1331             Jalview projects
1332           </li>
1333           <li>
1334             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1335             associations are now saved/restored from project
1336           </li>
1337           <li>
1338             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1339             before sequence fetcher is opened
1340           </li>
1341           <li>
1342             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1343             database chooser opens a sequence fetcher
1344           </li>
1345           <li>
1346             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1347             the UniProt REST API
1348           </li>
1349           <li>
1350             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1351             the news reader opening
1352           </li>
1353           <li>
1354             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1355             querying stored in preferences
1356           </li>
1357           <li>
1358             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1359             search results
1360           </li>
1361           <li>
1362             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1363           </li>
1364           <li>
1365             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1366             menu for nucleotide sequences
1367           </li>
1368           <li>
1369             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1370             and feature counts preserves alignment ordering (and
1371             debugged for complex feature sets).
1372           </li>
1373           <li>
1374             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1375             viewing structures with Jalview 2.10
1376           </li>
1377           <li>
1378             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1379             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1380             Ensembl Genomes REST API
1381           </li>
1382           <li>
1383             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1384             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1385             (Ensembl)
1386           </li>
1387           <li>
1388             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1389             sequences
1390           </li>
1391           <li>
1392             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1393             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1394             data from external database records.
1395           </li>
1396           <li>
1397             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1398             efficient recovery of sequence coding and alignment
1399             annotation relationships.
1400           </li>
1401         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1402         <ul>
1403           <li>
1404             -- JAL---
1405           </li>
1406         </ul> --></td>
1407       <td>
1408         <div align="left">
1409           <em>General</em>
1410           <ul>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1413               menu on OSX
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1417               includes graduated colourschemes
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1421               working with big alignments and lots of hidden columns
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1425               at right of alignment window
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1429               contents
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1433               for DNA alignments
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1437               based tree calculation
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1441               unconserved enabled for group on alignment
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1445               set as reference
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1449               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1450               annotation
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1454               hidden columns present
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1458               user created annotation added to alignment
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1462               '()' base pair annotation
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1466               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1467               Consensus
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1471               feature not working
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1475               beginning of sequence
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1479               entry 3a6s
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1483               from a tree when t-coffee scores are shown
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1487               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1491               some structures
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1495               to Clustal, PIR and PileUp output
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1499               not visible causes alignment window to repaint
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1503               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1504               scores associated with features and annotation rows
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1508               calculation should be case independent
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1512               columns
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1516               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1517               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1521               problems when reference sequence defined and 'show
1522               non-conserved' enabled
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1526               load even when Consensus calculation is disabled
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1530               alignment does nothing
1531             </li>
1532           </ul>
1533           <em>Application</em>
1534           <ul>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1537               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1538               yet fixed for El Capitan)
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1542               output when running on non-gb/us i18n platforms
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1546               hidden sequences as flat-file alignment
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1550               launching Chimera
1551             </li>
1552             <li>
1553               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1554               (also hotfix for 2.9.0b2)
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1558               reference sequence defined
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1562               alignments and views when revealing hidden columns
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1566               view in a cDNA/Protein splitframe
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1570               sequence from project when only one sequence is
1571               represented
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1575               in Structure Chooser
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1579               structure consensus didn't refresh annotation panel
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1583               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1587               dialogs format columns correctly, don't display array
1588               data, sort columns according to type
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1592               file chooser is cancelled during an image export
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1596               sequence name containing special characters
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1600               case insensitive
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1604               formatting don't wrap
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1608               truncated so L looks like I in consensus annotation
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1612               currently displayed features for the current selection or
1613               view
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1617               after fetching cross-references, and restoring from
1618               project
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1622               followed in the structure viewer
1623             </li>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1626               splitframe not restored from project
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1630               trailing end of protein alignment in transcript/product
1631               splitview when pad-gaps not enabled by default
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1635               is case dependent
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1639               article has been read (reopened issue due to
1640               internationalisation problems)
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1644               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1645               cross-references
1646             </li>
1647
1648             <li>
1649               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1650               alignment as HTML
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1654               multiple structures are shown for one or more sequences.
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1658               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1659               is enabled.
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1663               specific PDB id for sequence
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1667               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1668               columns' is disabled.
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1672               selects lowest rather than highest resolution structures
1673               for each sequence
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1677               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1681               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1685               after clicking on it to create new annotation for a
1686               column.
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1690               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1691             </li>
1692             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1693             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1694           </ul>
1695           <em>Applet</em>
1696           <ul>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1699               hidden columns present before start of sequence
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1703               (JSON jars)
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1707               sequences are hidden in applet
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1711               deployment on examples pages.
1712             </li>
1713           </ul>
1714         </div>
1715       </td>
1716     </tr>
1717     <tr>
1718       <td width="60" nowrap>
1719         <div align="center">
1720           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1721             <em>16/10/2015</em></strong>
1722         </div>
1723       </td>
1724       <td><em>General</em>
1725         <ul>
1726           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1727             jars</li>
1728         </ul></td>
1729       <td>
1730         <div align="left">
1731           <em>Application</em>
1732           <ul>
1733             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1734               shown when tree is partitioned</li>
1735             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1736               multiple cDNA/Protein split views</li>
1737           </ul>
1738         </div>
1739       </td>
1740     </tr>
1741     <tr>
1742       <td width="60" nowrap>
1743         <div align="center">
1744           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1745             <em>8/10/2015</em></strong>
1746         </div>
1747       </td>
1748       <td><em>General</em>
1749         <ul>
1750           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1751             2.9</li>
1752         </ul> <em>Application</em>
1753         <ul>
1754           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1755           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1756           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1757         </ul> <em>Applet</em>
1758         <ul>
1759           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1760         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1761         <ul>
1762           <li>
1763             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1764             suite
1765           </li>
1766         </ul></td>
1767       <td>
1768         <div align="left">
1769           <em>General</em>
1770           <ul>
1771             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1772               incorrect when sequence start > 1</li>
1773             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1774               documentation</li>
1775             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1776             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1777               loading a features file containing HTML tags in feature
1778               description</li>
1779
1780           </ul>
1781           <em>Application</em>
1782           <ul>
1783             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1784               reimport</li>
1785             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1786               with 'trim retrieved sequences'</li>
1787             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1788               deleting selected columns</li>
1789             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1790               JNLP templates for webstart launch</li>
1791             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1792               unreleased structures for download or viewing</li>
1793             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1794               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1795             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1796               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1797             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1798               recovered from jalview project</li>
1799             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1800               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1801               alignment view</li>
1802             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1803               color schemes from BioJSON</li>
1804           </ul>
1805           <em>Applet</em>
1806           <ul>
1807             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1808               frame</li>
1809             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1810           </ul>
1811         </div>
1812       </td>
1813     </tr>
1814     <tr>
1815       <td><div align="center">
1816           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1817         </div></td>
1818       <td><em>General</em>
1819         <ul>
1820           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1821             alignments:
1822             <ul>
1823               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1824                 and DNA alignment views</li>
1825               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1826                 cDNA alignment views</li>
1827               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1828                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1829               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1830                 protein sequences</li>
1831             </ul>
1832           </li>
1833           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1834           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1835             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1836           <li>New alignment annotation file statements for
1837             reference sequences and marking hidden columns</li>
1838           <li>Reference sequence based alignment shading to
1839             highlight variation</li>
1840           <li>Select or hide columns according to alignment
1841             annotation</li>
1842           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1843           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1844             acid conservation row</li>
1845           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1846         </ul> <em>Application</em>
1847         <ul>
1848           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1849             <ul>
1850               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1851                 view with cDNA/Protein</li>
1852               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1853                 sequences are placed in the same alignment</li>
1854               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1855                 projects</li>
1856             </ul>
1857           </li>
1858
1859           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1860           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1861             Jalview windows</li>
1862
1863           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1864           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1865           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1866             be shown in VARNA</li>
1867
1868           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1869             as the active selected region</li>
1870
1871           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1872             similarity</li>
1873           <li>New Export options
1874             <ul>
1875               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1876                 region export in flat file generation</li>
1877
1878               <li>Export alignment views for display with the <a
1879                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1880
1881               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1882               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1883                 alignment figures to HTML</li>
1884           </li>
1885           <li>3D structure retrieval and display
1886             <ul>
1887               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1888                 Search API</li>
1889               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1890                 PDB structures for a sequence set</li>
1891             </ul>
1892           </li>
1893
1894           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1895             predictions</li>
1896           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1897             for one or a group of sequences</li>
1898           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1899             from the JPred4 web server</li>
1900           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1901             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1902             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1903           </li>
1904           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1905             VARNA 2D Structure'</li>
1906           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1907             Structure ..."</li>
1908
1909         </ul> <em>Applet</em>
1910         <ul>
1911           <li>New layout for applet example pages</li>
1912           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1913             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1914           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1915             Protein alignments</li>
1916         </ul> <em>Development and deployment</em>
1917         <ul>
1918           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1919           <li>Include installation type and git revision in build
1920             properties and console log output</li>
1921           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1922             storing BioJsMSA Templates</li>
1923           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1924         </ul></td>
1925       <td>
1926         <!-- <em>General</em>
1927         <ul>
1928         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1929         <ul>
1930           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1931           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1932           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1933             predictions are not highlighted in amber</li>
1934           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1935             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1936           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1937             associated structure views</li>
1938           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1939             width checkbox not enabled</li>
1940           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1941             creating user defined colours</li>
1942           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1943             mappings for just that viewer's sequences</li>
1944           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1945             multiple models in Chimera</li>
1946           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1947             over Jmol structure</li>
1948           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1949             output to text box</li>
1950           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1951             have incorrect sequence start/end</li>
1952           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1953             Jalview fails</li>
1954           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1955             work for nucleotide</li>
1956           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1957             to a grey/invisible alignment window</li>
1958           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1959             imports to different position</li>
1960           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1961             on some platforms</li>
1962           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1963             populated</li>
1964           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1965             console if Chimera has been opened</li>
1966           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1967           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1968             retrieved</li>
1969           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1970           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1971             either sequence shows on first structure</li>
1972           <li>'Show annotations' options should not make
1973             non-positional annotations visible</li>
1974           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1975             in right place after 'view flanking regions'</li>
1976           <li>File Save As type unset when current file format is
1977             unknown</li>
1978           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1979             projects</li>
1980           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1981             responsive</li>
1982           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1983             several views on same alignment</li>
1984           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1985           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1986             spaces</li>
1987         </ul> <em>Applet</em>
1988         <ul>
1989           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1990           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1991             descriptions containing angle brackets</li>
1992         </ul> <em>General</em>
1993         <ul>
1994           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1995             via jalview annotation file</li>
1996           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1997             with RNA secondary structure</li>
1998           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1999             translation doesn't work.</li>
2000           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2001           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2002             positions</li>
2003           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2004             choosing 1pt font</li>
2005           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2006             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2007             'h'</li>
2008           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2009             new feature</li>
2010           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2011             order dependent</li>
2012           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2013             sequences</li>
2014           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2015         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2016         <ul>
2017           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2018             www.jalview.org</li>
2019         </ul> <em>Application Known issues</em>
2020         <ul>
2021           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2022           <li>Misleading message appears after trying to delete
2023             solid column.</li>
2024           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2025             version launches</li>
2026           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2027             fails with a sequence mismatch</li>
2028           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2029             scrolling alignment to right</li>
2030           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2031             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2032           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2033             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2034           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2035             ultra-high resolution</li>
2036           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2037             quality and conservation</li>
2038           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2039             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2040         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2041         <ul>
2042           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2043           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2044             window is being resized</li>
2045
2046         </ul>
2047       </td>
2048     </tr>
2049     <tr>
2050       <td><div align="center">
2051           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2052         </div></td>
2053       <td><em>General</em>
2054         <ul>
2055           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2056             Certum.PL.</li>
2057           <li>Features and annotation preserved when performing
2058             pairwise alignment</li>
2059           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2060             imported/exported/displayed</li>
2061           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2062             protein secondary structure</li>
2063           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2064               post-hoc with 2.9 release</em>)
2065           </li>
2066
2067         </ul> <em>Application</em>
2068         <ul>
2069           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2070             with 3D structures</li>
2071           <li>Support for parsing RNAML</li>
2072           <li>Annotations menu for layout
2073             <ul>
2074               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2075               <li>place sequence annotation above/below alignment
2076                 annotation</li>
2077             </ul>
2078           <li>Output in Stockholm format</li>
2079           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2080             translation</li>
2081           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2082           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2083             shared between alignments</li>
2084           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2085             Jalview</li>
2086           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2087             all or current selection</li>
2088           <li>disorder and secondary structure predictions
2089             available as dataset annotation</li>
2090           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2091
2092
2093           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2094             alignments from Rfam</li>
2095           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2096
2097           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2098             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2099           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2100           <li>include installation type in build properties and
2101             console log output</li>
2102           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2103             annotation</li>
2104         </ul></td>
2105       <td>
2106         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2107         <ul>
2108           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2109             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2110           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2111             alignment</li>
2112           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2113           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2114           <li>Double click on sequence associated annotation
2115             selects only first column</li>
2116           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2117             leaves shown in tree</li>
2118           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2119             properly</li>
2120           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2121           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2122             screen and buttons not visible</li>
2123           <li>author list isn't updated if already written to
2124             Jalview properties</li>
2125           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2126             from database</li>
2127           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2128           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2129             browser search window</li>
2130           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2131             in feature settings dialog</li>
2132           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2133             desktop</li>
2134           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2135             pass validation</li>
2136           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2137             fit on screen</li>
2138           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2139             tooltip</li>
2140           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2141             defined user preset</li>
2142           <li>MSA web services warns user if they were launched
2143             with invalid input</li>
2144           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2145             Java 8</li>
2146           <li>
2147             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2148             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2149             created
2150           </li>
2151
2152         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2153         <ul>
2154         </ul> <em>General</em>
2155         <ul>
2156         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2157         <ul>
2158           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2159             memory allocation</li>
2160           <li>launchApp service doesn't automatically open
2161             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2162           <li>
2163             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2164             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2165             1.7_055 is available
2166           </li>
2167         </ul> <em>Application Known issues</em>
2168         <ul>
2169           <li>
2170             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2171             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2172             alignment to right
2173           </li>
2174           <li>
2175             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2176             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2177             with large number of ID
2178           </li>
2179           <li>
2180             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2181             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2182             start/end
2183           </li>
2184           <li>
2185             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2186             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2187             structure tracks are rearranged
2188           </li>
2189           <li>
2190             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2191             invalid rna structure positional highlighting does not
2192             highlight position of invalid base pairs
2193           </li>
2194           <li>
2195             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2196             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2197             project from alignment window file menu
2198           </li>
2199           <li>
2200             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2201             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2202             structures
2203           </li>
2204           <li>
2205             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2206             colour by RNA Helices not enabled when user created
2207             annotation added to alignment
2208           </li>
2209           <li>
2210             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2211             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2212           </li>
2213         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2214         <ul>
2215           <li>
2216             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2217             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2218           </li>
2219           <li>
2220             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2221             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2222           </li>
2223
2224           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2225             when selected</li>
2226         </ul>
2227       </td>
2228     </tr>
2229     <tr>
2230       <td><div align="center">
2231           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2232         </div></td>
2233       <td>
2234         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2235         <em>General</em>
2236         <ul>
2237           <li>Internationalisation of user interface (usually
2238             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2239           <li>Define/Undefine group on current selection with
2240             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2241           <li>Improved group creation/removal options in
2242             alignment/sequence Popup menu</li>
2243           <li>Sensible precision for symbol distribution
2244             percentages shown in logo tooltip.</li>
2245           <li>Annotation panel height set according to amount of
2246             annotation when alignment first opened</li>
2247         </ul> <em>Application</em>
2248         <ul>
2249           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2250             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2251           <li>Select columns containing particular features from
2252             Feature Settings dialog</li>
2253           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2254             sequences</li>
2255           <li>Update Jalview project format:
2256             <ul>
2257               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2258               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2259                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2260               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2261                 colouring</li>
2262             </ul>
2263           </li>
2264           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2265             (PAM250)</li>
2266           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2267             flanking regions for an alignment</li>
2268         </ul>
2269       </td>
2270       <td>
2271         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2272         <ul>
2273           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2274             running after job is cancelled</li>
2275           <li>cannot export features from alignments imported from
2276             Jalview/VAMSAS projects</li>
2277           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2278             float values</li>
2279           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2280             have 'display all symbols' flag set</li>
2281           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2282             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2283           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2284             Jalview</li>
2285           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2286             Lion/Webstart</li>
2287           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2288           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2289           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2290             alignment onto desktop</li>
2291           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2292             'extract scores' function</li>
2293           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2294             alignment window</li>
2295           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2296             performing IUPred disorder prediction</li>
2297           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2298             changing 'normalise logo' display setting</li>
2299           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2300             nothing matches query</li>
2301           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2302             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2303           </li>
2304           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2305             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2306           </li>
2307           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2308             Jalview's menu</li>
2309           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2310             'invalid literal/length code'</li>
2311           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2312             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2313           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2314             colourscheme</li>
2315
2316         </ul> <em>Applet</em>
2317         <ul>
2318           <li>Remove group option is shown even when selection is
2319             not a group</li>
2320           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2321             don't affect groups</li>
2322           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2323             colourscheme name</li>
2324           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2325             Annotation panel is not displayed</li>
2326           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2327             embedded windows</li>
2328         </ul> <em>Other</em>
2329         <ul>
2330           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2331             single sequence were not calculated</li>
2332           <li>annotation files that contain only groups imported as
2333             annotation and junk sequences</li>
2334           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2335             recognised as PFAM or BLC</li>
2336           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2337             doesn't affect background (2.8.0b1)
2338           <li></li>
2339           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2340           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2341             trailing gaps</li>
2342           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2343             registered correctly on import</li>
2344           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2345             certain alignments</li>
2346           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2347             existing annotation based 'use original colours'
2348             colourscheme loses original colours setting</li>
2349         </ul>
2350       </td>
2351     </tr>
2352     <tr>
2353       <td><div align="center">
2354           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2355             <em>30/1/2014</em></strong>
2356         </div></td>
2357       <td>
2358         <ul>
2359           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2360             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2361             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2362             open source project).
2363           </li>
2364           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2365           <li>Output in Stockholm format</li>
2366           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2367           <li>Export/import group and sequence associated line
2368             graph thresholds</li>
2369           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2370             ambiguity codes</li>
2371           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2372             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2373             works</li>
2374           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2375         </ul> <em>Other improvements</em>
2376         <ul>
2377           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2378           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2379             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2380           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2381             files</li>
2382           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2383           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2384             link but no description</li>
2385           <li>Select primary source when selecting authority in
2386             database fetcher GUI</li>
2387           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2388             Jalview</li>
2389           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2390         </ul>
2391       </td>
2392       <td>
2393         <ul>
2394           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2395             displayed</li>
2396           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2397             secondary structure annotation line</li>
2398           <li>Sequence database accessions not imported when
2399             fetching alignments from Rfam</li>
2400           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2401             identical IDs</li>
2402           <li>View all structures does not always superpose
2403             structures</li>
2404           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2405             reflect user or preset settings</li>
2406           <li>Null pointer exceptions for some services without
2407             presets or adjustable parameters</li>
2408           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2409             discover PDB xRefs</li>
2410           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2411             features with DAS</li>
2412           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2413             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2414           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2415             residue follows a gap</li>
2416           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2417             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2418           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2419             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2420           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2421             annotation already exists on alignment</li>
2422           <li>oninit javascript function should be called after
2423             initialisation completes</li>
2424           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2425             alignment window display</li>
2426           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2427           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2428             to annotation file</li>
2429           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2430             groups created</li>
2431           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2432             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2433           <li>Pressing return several times causes Number Format
2434             exceptions in keyboard mode</li>
2435           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2436             correct partitions for input data</li>
2437           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2438           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2439           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2440           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2441             mode</li>
2442           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2443             changes one row&#39;s threshold</li>
2444           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2445             doesn&#39;t open</li>
2446           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2447             quality histograms</li>
2448         </ul>
2449       </td>
2450     </tr>
2451     <tr>
2452       <td><div align="center">
2453           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2454         </div></td>
2455       <td><em>Application</em>
2456         <ul>
2457           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2458             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2459           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2460             preferences</li>
2461           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2462             in Jalview alignment window</li>
2463           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2464             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2465           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2466             RNA and ambiguity codes</li>
2467
2468           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2469           <li>Support fetching and database reference look up
2470             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2471             refs')</li>
2472           <li>Jalview project improvements
2473             <ul>
2474               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2475                 flag for annotation</li>
2476               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2477                 alignment</li>
2478               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2479                 Jalview project</li>
2480
2481             </ul>
2482           </li>
2483           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2484           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2485             running</li>
2486           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2487           <li>visual indication that web service results are still
2488             being retrieved from server</li>
2489           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2490             starts up for first time</li>
2491           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2492             services</li>
2493           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2494             client library</li>
2495           <li>Examples directory and Groovy library included in
2496             InstallAnywhere distribution</li>
2497         </ul> <em>Applet</em>
2498         <ul>
2499           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2500             visualization applet example</li>
2501         </ul> <em>General</em>
2502         <ul>
2503           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2504           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2505             defaults</li>
2506           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2507             calculation</li>
2508           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2509             matrices
2510           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2511             in HTML</li>
2512           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2513             structure contacts</li>
2514           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2515           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2516           <li>Parse sequence associated secondary structure
2517             information in Stockholm files</li>
2518           <li>HTML Export database accessions and annotation
2519             information presented in tooltip for sequences</li>
2520           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2521             style RNA alignment files</li>
2522           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2523             alignment</li>
2524           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2525             shade each sequence according to its associated alignment
2526             annotation</li>
2527           <li>New Jalview Logo</li>
2528         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2529         <ul>
2530           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2531           <li>New Website!</li>
2532         </ul></td>
2533       <td><em>Application</em>
2534         <ul>
2535           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2536             wsdbfetch REST service</li>
2537           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2538           <li>Filetype associations not installed for webstart
2539             launch</li>
2540           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2541             job execution in full once it is complete</li>
2542           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2543             uploaded via ali_file parameter</li>
2544           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2545           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2546           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2547             submitted for prediction</li>
2548           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2549             desktop window</li>
2550           <li>Putting fractional value into integer text box in
2551             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2552           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2553             windows 7</li>
2554           <li>View all structures fails with exception shown in
2555             structure view</li>
2556           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2557             escaped in a platform independent way</li>
2558           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2559             using proxy</li>
2560           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2561             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2562           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2563             failure when java web start temporary file caching is
2564             disabled</li>
2565           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2566             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2567           <li>Errors during processing of command line arguments
2568             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2569           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2570             DAS sources in sequence fetcher</li>
2571           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2572             dialog is shown</li>
2573           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2574           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2575           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2576           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2577             on OSX Mountain Lion</li>
2578           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2579             sequences with alignment annotation are pasted into the
2580             alignment</li>
2581           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2582             when loaded from Jalview project</li>
2583           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2584           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2585             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2586           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2587             associated with all views</li>
2588           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2589             annotation rows to new window</li>
2590         </ul> <em>Applet</em>
2591         <ul>
2592           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2593             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2594           <li>loading features via javascript API automatically
2595             enables feature display</li>
2596           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2597             work</li>
2598         </ul> <em>General</em>
2599         <ul>
2600           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2601           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2602             and then deselected</li>
2603           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2604           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2605             coloured with clustalx</li>
2606           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2607             exceptions and redraw errors</li>
2608           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2609             reconfigured view</li>
2610           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2611             colour</li>
2612           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2613             for lots of labels</li>
2614         </ul>
2615     </tr>
2616     <tr>
2617       <td>
2618         <div align="center">
2619           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2620         </div>
2621       </td>
2622       <td><em>Application</em>
2623         <ul>
2624           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2625           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2626           <li>View/alignment association menu to enable user to
2627             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2628             its colours/correspondences from</li>
2629           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2630           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2631             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2632           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2633           <li>Annotation row column label formatting attributes
2634             stored in project file</li>
2635           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2636             rows preserved in Jalview project file</li>
2637           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2638             saved using Desktop window menu</li>
2639           <li>Visual indication that command line arguments are
2640             still being processed</li>
2641           <li>Groovy script execution from URL</li>
2642           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2643             preferences</li>
2644           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2645             alignment with sequences that have high similarity and
2646             matching IDs</li>
2647           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2648           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2649             structures in same window</li>
2650           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2651           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2652             analysis function in its own submenu</li>
2653         </ul> <em>Applet</em>
2654         <ul>
2655           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2656             groups</li>
2657           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2658           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2659           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2660           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2661           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2662             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2663           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2664           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2665             parameters are treated as such</li>
2666           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2667             <ul>
2668               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2669               <li>Javascript callbacks for
2670                 <ul>
2671                   <li>Applet initialisation</li>
2672                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2673                 </ul>
2674               </li>
2675               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2676                 functions</li>
2677               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2678               <li>javascript structure viewer harness to pass
2679                 messages between Jmol and Jalview when running as
2680                 distinct applets</li>
2681               <li>sortBy method</li>
2682               <li>Set of applet and application examples shipped
2683                 with documentation</li>
2684               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2685                 javascript message exchange</li>
2686             </ul>
2687         </ul> <em>General</em>
2688         <ul>
2689           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2690             multiple alignments</li>
2691           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2692           <li>User configurable link to enable redirects to a
2693             www.Jalview.org mirror</li>
2694           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2695           <li>Configurable newline string when writing alignment
2696             and other flat files</li>
2697           <li>Allow alignment annotation description lines to
2698             contain html tags</li>
2699         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2700         <ul>
2701           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2702             examples</li>
2703           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2704             using a web service before displaying the result in the
2705             Jalview desktop</li>
2706           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2707           <li>Ant target to publish example html files with applet
2708             archive</li>
2709           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2710           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2711         </ul></td>
2712       <td><em>Application</em>
2713         <ul>
2714           <li>User defined colourscheme throws exception when
2715             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2716           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2717             dialog for valid filename/format</li>
2718           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2719           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2720             P37173</li>
2721           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2722             which sequence is to be associated with the file</li>
2723           <li>Find All raises null pointer exception when query
2724             only matches sequence IDs</li>
2725           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2726           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2727             2.4 cannot be loaded</li>
2728           <li>Filetype associations not installed for webstart
2729             launch</li>
2730           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2731             with sequences in different alignments do not get coloured
2732             by their associated sequence</li>
2733           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2734             not preserved when project is loaded</li>
2735           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2736             stored in Jalview project</li>
2737           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2738             Jalview project</li>
2739           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2740           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2741             by conservation</li>
2742           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2743             created on new view</li>
2744           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2745             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2746           <li>Alignment quality not updated after alignment
2747             annotation row is hidden then shown</li>
2748           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2749             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2750           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2751             properly</li>
2752           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2753             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2754           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2755           <li>Structures imported from file and saved in project
2756             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2757           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2758             job execution in full once it is complete</li>
2759         </ul> <em>Applet</em>
2760         <ul>
2761           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2762             annotation rows are displayed</li>
2763           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2764             codebase</li>
2765           <li>View follows highlighting does not work for positions
2766             in sequences</li>
2767           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2768           <li>Export features raises exception when no features
2769             exist</li>
2770           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2771             for javascript api is modified when separator string
2772             provided as parameter</li>
2773           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2774             alignment with no existing selection</li>
2775           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2776             to applet&#39;s codebase</li>
2777           <li>Status bar not updated after finished searching and
2778             search wraps around to first result</li>
2779           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2780             several Jalview applets causes race conditions and memory
2781             leaks</li>
2782           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2783             not sent from Jmol in applet</li>
2784           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2785             applet API fatally hang browser</li>
2786         </ul> <em>General</em>
2787         <ul>
2788           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2789             position with wrapped view and hidden regions</li>
2790           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2791             with/without hidden columns</li>
2792           <li>Sequence length given in alignment properties window
2793             is off by 1</li>
2794           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2795             import PDB like structure files</li>
2796           <li>Positional search results are only highlighted
2797             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2798           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2799           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2800             given sequence position</li>
2801           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2802             output</li>
2803           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2804             from nucleotide chains correctly</li>
2805           <li>Structure colours not updated when tree partition
2806             changed in alignment</li>
2807           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2808             parsed in interleaved stockholm</li>
2809           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2810             state</li>
2811           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2812             properly</li>
2813           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2814             properly associated with their pdb files</li>
2815         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2816         <ul>
2817           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2818             ApplyCopyright tool</li>
2819         </ul></td>
2820     </tr>
2821     <tr>
2822       <td>
2823         <div align="center">
2824           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2825         </div>
2826       </td>
2827       <td><em>Application</em>
2828         <ul>
2829           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2830             contact web services</li>
2831           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2832             service job window</li>
2833           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2834         </ul></td>
2835       <td>
2836         <ul>
2837           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2838             pir file emitted by Jalview</li>
2839           <li>Existing feature settings transferred to new
2840             alignment view created from cut'n'paste</li>
2841           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2842             parsing PDB files</li>
2843           <li>Consensus and conservation annotation rows
2844             occasionally become blank for all new windows</li>
2845           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2846             in wrapped view mode</li>
2847         </ul> <em>Application</em>
2848         <ul>
2849           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2850             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2851           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2852             parameter names</li>
2853           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2854             is down</li>
2855         </ul>
2856       </td>
2857     </tr>
2858     <tr>
2859       <td>
2860         <div align="center">
2861           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2862         </div>
2863       </td>
2864       <td><em>Application</em>
2865         <ul>
2866           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2867             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2868             (JABAWS)
2869           </li>
2870           <li>Web Services preference tab</li>
2871           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2872             preferences</li>
2873           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2874           <li>Superpose structures using associated sequence
2875             alignment</li>
2876           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2877             viewer</li>
2878         </ul> <em>Applet</em>
2879         <ul>
2880           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2881             link out mechanism</li>
2882         </ul> <em>Other</em>
2883         <ul>
2884           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2885             series 12</li>
2886           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2887             require Java 1.5</li>
2888           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2889             sequence annotation files</li>
2890           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2891             type colour specification</li>
2892           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2893             script to check if it being run in an interactive session or
2894             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2895         </ul></td>
2896       <td>
2897         <ul>
2898           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2899             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2900         </ul> <em>Application</em>
2901         <ul>
2902           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2903             selected Regions menu item</li>
2904           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2905             part of a valid accession ID</li>
2906           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2907             runs out of memory</li>
2908           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2909             analysis results</li>
2910           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2911             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2912           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2913         </ul> <em>Applet</em>
2914         <ul>
2915           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2916             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2917             defined.</li>
2918         </ul>
2919       </td>
2920     </tr>
2921     <tr>
2922       <td>
2923         <div align="center">
2924           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2925         </div>
2926       </td>
2927       <td></td>
2928       <td>
2929         <ul>
2930           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2931             sequence IDs</li>
2932           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2933             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2934           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2935             import correctly</li>
2936           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2937             number of columns are hidden</li>
2938           <li>annotation label popup menu not providing correct
2939             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2940             present</li>
2941           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2942             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2943           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2944             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2945
2946         </ul> <em>Applet</em>
2947         <ul>
2948           <li>annotation panel disappears when annotation is
2949             hidden/removed</li>
2950         </ul> <em>Application</em>
2951         <ul>
2952           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2953             alignment opened where annotation panel is visible but no
2954             annotations are present on alignment</li>
2955           <li>pasted region containing hidden columns is
2956             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2957           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2958             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2959           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2960             selected Rregions menu item.</li>
2961           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2962             'Un' or 'Non'conserved</li>
2963           <li>Sequence feature settings are being shared by
2964             multiple distinct alignments</li>
2965           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2966             changed</li>
2967           <li>double click on group annotation to select sequences
2968             does not propagate to associated trees</li>
2969           <li>Mac OSX specific issues:
2970             <ul>
2971               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2972                 window background</li>
2973               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2974                 name set correctly</li>
2975               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2976                 save feature colourscheme button</li>
2977             </ul>
2978           </li>
2979         </ul>
2980       </td>
2981     </tr>
2982     <tr>
2983
2984       <td>
2985         <div align="center">
2986           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2987         </div>
2988       </td>
2989       <td><em>New Capabilities</em>
2990         <ul>
2991           <li>URL links generated from description line for
2992             regular-expression based URL links (applet and application)
2993
2994           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2995             menu</li>
2996           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2997             structures</li>
2998           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2999             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3000           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3001             average score or total feature count for each sequence.</li>
3002           <li>Shading features by score or associated description</li>
3003           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3004             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3005           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3006             hide everything but the currently selected region.</li>
3007           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3008         </ul> <em>Application</em>
3009         <ul>
3010           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3011             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3012           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3013             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3014           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3015             database references and protein_name is parsed as
3016             description line (BioSapiens terms).</li>
3017           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3018             references in sequence ID tooltip from View menu in
3019             application.</li>
3020           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3021       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3022           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3023             conservation plots</li>
3024           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3025             and visualized as sequence logos</li>
3026           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3027             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3028           </li>
3029           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3030             when a new tree is opened.</li>
3031           <li>Jalview Java Console</li>
3032           <li>Better placement of desktop window when moving
3033             between different screens.</li>
3034           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3035             consensus annotation</li>
3036           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3037             Workflows</li>
3038           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3039             <ul>
3040               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3041                 used to preserve views, structures, and tree display
3042                 settings)</li>
3043               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3044                 command line</li>
3045               <li>Sharing of selected regions between views and
3046                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3047               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3048             </ul></li>
3049         </ul> <em>Applet</em>
3050         <ul>
3051           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3052           <li>New Parameters
3053             <ul>
3054               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3055                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3056                 opened.</li>
3057               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3058                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3059               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3060                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3061               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3062                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3063                 view</li>
3064               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3065                 increase the height or width of a cell in the alignment
3066                 grid relative to the current font size.</li>
3067             </ul>
3068           </li>
3069           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3070             tooltip</li>
3071         </ul> <em>Other</em>
3072         <ul>
3073           <li>Features format: graduated colour definitions and
3074             specification of feature scores</li>
3075           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3076             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3077             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3078           <li>XML formats extended to support graduated feature
3079             colourschemes, group associated annotation, and profile
3080             visualization settings.</li></td>
3081       <td>
3082         <ul>
3083           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3084             rather than description</li>
3085           <li>Non-positional features are now included in sequence
3086             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3087             visibility in tooltip).</li>
3088           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3089           <li>Added URL embedding instructions to features file
3090             documentation.</li>
3091           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3092             'X' in peptide product</li>
3093           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3094             sequence ID and sequence string and query strings do not
3095             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3096           <li>AMSA files only contain first column of
3097             multi-character column annotation labels</li>
3098           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3099             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3100             exported and re-imported)</li>
3101           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3102             name</li>
3103           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3104             as subsequence matches, and correctly reports total number
3105             of both.</li>
3106           <li>Application:
3107             <ul>
3108               <li>Better handling of exceptions during sequence
3109                 retrieval</li>
3110               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3111                 link text excludes the start_end suffix</li>
3112               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3113                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3114               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3115               <li>Sequence description lines properly shared via
3116                 VAMSAS</li>
3117               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3118                 data sources</li>
3119               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3120                 completes before alignment figures are generated.</li>
3121               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3122                 first time.</li>
3123               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3124                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3125               <li>User defined group colours properly recovered
3126                 from Jalview projects.</li>
3127             </ul>
3128           </li>
3129         </ul>
3130       </td>
3131
3132     </tr>
3133     <tr>
3134       <td>
3135         <div align="center">
3136           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3137         </div>
3138       </td>
3139       <td>
3140         <ul>
3141           <li>Experimental support for google analytics usage
3142             tracking.</li>
3143           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3144         </ul>
3145       </td>
3146       <td>
3147         <ul>
3148           <li>Race condition in applet preventing startup in
3149             jre1.6.0u12+.</li>
3150           <li>Exception when feature created from selection beyond
3151             length of sequence.</li>
3152           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3153           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3154             all sequences with a given id</li>
3155           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3156             ID string searches</li>
3157           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3158             alignment to fail with exception</li>
3159         </ul> <em>Application Issues</em>
3160         <ul>
3161           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3162           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3163             data sources</li>
3164         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3165         <ul>
3166           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3167             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3168           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3169             version (java class versioning error fixed)</li>
3170         </ul>
3171       </td>
3172     </tr>
3173     <tr>
3174       <td>
3175
3176         <div align="center">
3177           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3178         </div>
3179       </td>
3180       <td><em>User Interface</em>
3181         <ul>
3182           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3183             translation and protein products</li>
3184           <li>Linked highlighting of structure associated with
3185             residue mapping to codon position</li>
3186           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3187             and 'clear' button</li>
3188           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3189             Tools menu</li>
3190           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3191             numeric data in description line</li>
3192           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3193           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3194             of sequence</li>
3195         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3196         <ul>
3197           <li>JPred3 web service</li>
3198           <li>Prototype sequence search client (no public services
3199             available yet)</li>
3200           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3201             PFAM</li>
3202           <li>URL Links created for matching database cross
3203             references as well as sequence ID</li>
3204           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3205         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3206         <ul>
3207           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3208             databases</li>
3209           <li>Generalised database reference retrieval and
3210             validation to all fetchable databases</li>
3211           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3212             sequence command</li>
3213         </ul> <em>Import and Export</em>
3214         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3215         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3216           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3217         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3218           File</li>
3219         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3220           triplet as name of colourscheme</li>
3221         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3222         <ul>
3223           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3224           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3225             alignments (experimental)</li>
3226           <li>Create new or select existing session to join</li>
3227           <li>load and save of vamsas documents</li>
3228         </ul> <em>Application command line</em>
3229         <ul>
3230           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3231             from applet)</li>
3232           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3233             of DAS servers to query for alignment features</li>
3234           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3235             that are also automatically queried for features</li>
3236           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3237             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3238         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3239         <ul>
3240           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3241             application (when using &quot;View in full
3242             application&quot;)</li>
3243         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3244         <ul>
3245           <li>feature group display control parameter</li>
3246           <li>debug parameter</li>
3247           <li>showbutton parameter</li>
3248         </ul> <em>Applet API methods</em>
3249         <ul>
3250           <li>newView public method</li>
3251           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3252           <li>Feature display control methods</li>
3253           <li>get list of currently selected sequences</li>
3254         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3255         <ul>
3256           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3257           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3258             Jalview release.</li>
3259           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3260             property controls execution of obfuscator</li>
3261           <li>Build target for generating source distribution</li>
3262           <li>Debug flag for javacc</li>
3263           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3264             jalview.bin.Cache</li>
3265           <li>Continuous Build Integration for stable and
3266             development version of Application, Applet and source
3267             distribution</li>
3268         </ul></td>
3269       <td>
3270         <ul>
3271           <li>selected region output includes visible annotations
3272             (for certain formats)</li>
3273           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3274             for editing</li>
3275           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3276           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3277           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3278           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3279             comments</li>
3280           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3281             filenames containing a ':'</li>
3282           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3283             global sequence features</li>
3284           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3285             references from alignment sequences goes to zero</li>
3286           <li>Close of tree branch colour box without colour
3287             selection causes cascading exceptions</li>
3288           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3289           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3290             file parsing fails.</li>
3291           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3292           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3293             not a valid output format</li>
3294           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3295             vamsas</li>
3296           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3297           <li>error messages passed up and output when data read
3298             fails</li>
3299           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3300             sequence is edited</li>
3301           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3302             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3303           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3304             filetype</li>
3305           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3306             import fixed for PFAM records</li>
3307           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3308             window list</li>
3309           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3310             can be read and written correctly to annotation file</li>
3311           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3312             correctly</li>
3313           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3314             non-italic font for representatives in Applet</li>
3315           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3316             Macs.</li>
3317           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3318             Applet)</li>
3319           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3320             due to null pointer exceptions</li>
3321           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3322             first column of alignment</li>
3323           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3324             July 2008</li>
3325           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3326             file is case-insensitive</li>
3327           <li>Sequence features read from Features file appended to
3328             all sequences with matching IDs</li>
3329           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3330             containing a sub-sequence</li>
3331           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3332           <li>feature and annotation file applet parameters
3333             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3334           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3335           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3336             splash-screen version check to complete</li>
3337           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3338             when passing them to the launchApp service</li>
3339           <li>display name and local features preserved in results
3340             retrieved from web service</li>
3341           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3342             sequence fetcher initialisation</li>
3343           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3344             dasobert DAS client</li>
3345           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3346             association</li>
3347           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3348             sequences
3349           </li>
3350         </ul>
3351       </td>
3352     </tr>
3353     <tr>
3354       <td>
3355         <div align="center">
3356           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3357         </div>
3358       </td>
3359       <td>
3360         <ul>
3361           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3362           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3363           <li>Slide sequences</li>
3364           <li>Edit sequence in place</li>
3365           <li>EMBL CDS features</li>
3366           <li>DAS Feature mapping</li>
3367           <li>Feature ordering</li>
3368           <li>Alignment Properties</li>
3369           <li>Annotation Scores</li>
3370           <li>Sort by scores</li>
3371           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3372         </ul>
3373       </td>
3374       <td>
3375         <ul>
3376           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3377           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3378           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3379           <li>Feature group display state in XML</li>
3380           <li>Feature ordering in XML</li>
3381           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3382           <li>Stockholm alignment properties</li>
3383           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3384           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3385           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3386           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3387         </ul>
3388       </td>
3389
3390     </tr>
3391     <tr>
3392       <td>
3393         <div align="center">
3394           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3395         </div>
3396       </td>
3397       <td>
3398         <ul>
3399           <li>Non standard characters can be read and displayed
3400           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3401             applet via textbox
3402           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3403             name &amp; description
3404           <li>Preference setting to display sequence name in
3405             italics
3406           <li>Annotation file format extended to allow
3407             Sequence_groups to be defined
3408           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3409             specified in preferences
3410           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3411             sequences
3412         </ul>
3413       </td>
3414       <td>
3415         <ul>
3416           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3417             installed
3418           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3419           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3420         </ul>
3421       </td>
3422     </tr>
3423     <tr>
3424       <td>
3425         <div align="center">
3426           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3427         </div>
3428       </td>
3429       <td>
3430         <ul>
3431           <li>Multiple views on alignment
3432           <li>Sequence feature editing
3433           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3434           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3435           <li>Background dependent text colour
3436           <li>Right align sequence ids
3437           <li>User-defined lower case residue colours
3438           <li>Format Menu
3439           <li>Select Menu
3440           <li>Menu item accelerator keys
3441           <li>Control-V pastes to current alignment
3442           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3443           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3444           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3445
3446           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3447         </ul>
3448       </td>
3449       <td>
3450         <ul>
3451           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3452           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3453             calculations
3454           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3455             edits
3456           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3457             of alignment)
3458           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3459
3460           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3461             display correctly
3462           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3463           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3464             analysis results
3465           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3466             &#8739;
3467           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3468           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3469           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3470
3471         </ul>
3472       </td>
3473     </tr>
3474     <tr>
3475       <td>
3476         <div align="center">
3477           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3478         </div>
3479       </td>
3480       <td>
3481         <ul>
3482           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3483         </ul>
3484       </td>
3485       <td>
3486         <ul>
3487           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3488             sequence id panel has been resized</li>
3489           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3490             rendered</li>
3491           <li>Annotation files with sequence references - all
3492             elements in file are relative to sequence position</li>
3493           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3494         </ul>
3495       </td>
3496     </tr>
3497     <tr>
3498       <td>
3499         <div align="center">
3500           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3501         </div>
3502       </td>
3503       <td>
3504         <ul>
3505           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3506           <li>DAS Feature fetching</li>
3507           <li>Hide sequences and columns</li>
3508           <li>Export Annotations and Features</li>
3509           <li>GFF file reading / writing</li>
3510           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3511             files</li>
3512           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3513           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3514           <li>Applet can launch the full application</li>
3515           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3516             required)</li>
3517           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3518           <li>Applet can load sequences from parameter
3519             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3520           </li>
3521         </ul>
3522       </td>
3523       <td>
3524         <ul>
3525           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3526           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3527           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3528         </ul>
3529       </td>
3530     </tr>
3531     <tr>
3532       <td>
3533         <div align="center">
3534           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3535         </div>
3536       </td>
3537       <td>
3538         <ul>
3539           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3540           <li>Choose to match case when searching</li>
3541           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3542             expand the visible width and height of the alignment</li>
3543         </ul>
3544       </td>
3545       <td>
3546         <ul>
3547           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3548         </ul>
3549       </td>
3550     </tr>
3551     <tr>
3552       <td>
3553         <div align="center">
3554           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3555         </div>
3556       </td>
3557       <td>&nbsp;</td>
3558       <td>
3559         <ul>
3560           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3561           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3562             value</li>
3563         </ul>
3564       </td>
3565     </tr>
3566     <tr>
3567       <td>
3568         <div align="center">
3569           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3570         </div>
3571       </td>
3572       <td>
3573         <ul>
3574           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3575           <li>Keyboard editing</li>
3576           <li>Create sequence features from searches</li>
3577           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3578             alignments</li>
3579           <li>Features file allows grouping of features</li>
3580           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3581           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3582           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3583         </ul>
3584       </td>
3585       <td>
3586         <ul>
3587           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3588           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3589             descriptions saved.</li>
3590         </ul>
3591       </td>
3592     </tr>
3593     <tr>
3594       <td>
3595         <div align="center">
3596           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3597         </div>
3598       </td>
3599       <td>
3600         <ul>
3601           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3602           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3603           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3604             name for file output</li>
3605           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3606           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3607             used for HTML form input</li>
3608         </ul>
3609       </td>
3610       <td>
3611         <ul>
3612           <li>HTML output writes groups and features</li>
3613           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3614           <li>File IO bugs</li>
3615         </ul>
3616       </td>
3617     </tr>
3618     <tr>
3619       <td>
3620         <div align="center">
3621           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3622         </div>
3623       </td>
3624       <td>
3625         <ul>
3626           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3627           <li>More options for PCA viewer</li>
3628         </ul>
3629       </td>
3630       <td>
3631         <ul>
3632           <li>GUI bugs resolved</li>
3633           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3634         </ul>
3635       </td>
3636     </tr>
3637     <tr>
3638       <td height="63">
3639         <div align="center">
3640           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3641         </div>
3642       </td>
3643       <td>
3644         <ul>
3645           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3646           <li>Jar files are executable</li>
3647           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3648         </ul>
3649       </td>
3650       <td>
3651         <ul>
3652           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3653           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3654           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3655         </ul>
3656       </td>
3657     </tr>
3658     <tr>
3659       <td>
3660         <div align="center">
3661           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3662         </div>
3663       </td>
3664       <td>
3665         <ul>
3666           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3667         </ul>
3668       </td>
3669       <td>
3670         <ul>
3671           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3672         </ul>
3673       </td>
3674     </tr>
3675     <tr>
3676       <td>
3677         <div align="center">
3678           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3679         </div>
3680       </td>
3681       <td>
3682         <ul>
3683           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3684             size</li>
3685         </ul>
3686       </td>
3687       <td>
3688         <ul>
3689           <li>Improved JPred client reliability</li>
3690           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3691         </ul>
3692       </td>
3693     </tr>
3694     <tr>
3695       <td>
3696         <div align="center">
3697           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3698         </div>
3699       </td>
3700       <td>
3701         <ul>
3702           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3703           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3704           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3705             to Colour Menu</li>
3706           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3707           <li>Unix users can set default web browser</li>
3708           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3709           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3710         </ul>
3711       </td>
3712       <td>
3713         <ul>
3714           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3715         </ul>
3716       </td>
3717     </tr>
3718     <tr>
3719       <td>
3720         <div align="center">
3721           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3722         </div>
3723       </td>
3724       <td>&nbsp;</td>
3725       <td>
3726         <ul>
3727           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3728             alignment order.</li>
3729         </ul>
3730       </td>
3731     </tr>
3732     <tr>
3733       <td>
3734         <div align="center">
3735           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3736         </div>
3737       </td>
3738       <td>
3739         <ul>
3740           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3741           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3742           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3743             annotations.</li>
3744           <li>Version and build date written to build properties
3745             file.</li>
3746           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3747             at launch of Jalview.</li>
3748         </ul>
3749       </td>
3750       <td>
3751         <ul>
3752           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3753           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3754           <li>Can remove groups one by one.</li>
3755           <li>Filechooser icons installed.</li>
3756           <li>Finder ignores return character when searching.
3757             Return key will initiate a search.<br>
3758           </li>
3759         </ul>
3760       </td>
3761     </tr>
3762     <tr>
3763       <td>
3764         <div align="center">
3765           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3766         </div>
3767       </td>
3768       <td>
3769         <ul>
3770           <li>New codebase</li>
3771         </ul>
3772       </td>
3773       <td>&nbsp;</td>
3774     </tr>
3775   </table>
3776   <p>&nbsp;</p>
3777 </body>
3778 </html>