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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71     <td width="60" nowrap>
  72       <div align="center">
  73         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
  74       </div>
  75     </td>
  76     <td><div align="left">
  77         <em></em>
  78         <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
  81               InstallAnywhere increased to 1G.
  82             </li>
  83             <li>
  84               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
  85               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
  86               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
  87                 Format menu, or for command-line use via a jalview
  88                 properties file.</em>
  89             </li>
  90             <li>
  91               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
  92               API and sequence data now imported as JSON.
  93             </li>
  94             <li>
  95               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
  96               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
  97               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
  98               property.
  99             </li>
 100           </ul>
 101           <em>Development</em>
 102           <ul>
 103             <li>
 104               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 105               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 106                 Clover</a>
 107             </li>
 108           </ul>
 109         </div></td>
 110     <td><div align="left">
 111         <em></em>
 112         <ul>
 113             <li>
 114               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 115               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 116               alignment.
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 120               annotation displayed.
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 124               for newly created group when 'Apply to all groups'
 125               selected
 126             </li>
 127             <li>
 128               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 129               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 130               visible.
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 134               when sequences are selected in exported view.</em>
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 138               aren't rendered with correct colour.
 139             </li>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 142               types of knotted RNA secondary structure.
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 146               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 147               do not start at 1.
 148             </li>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 151               annotation when columns are inserted into an alignment,
 152               and when exporting as Stockholm flatfile.
 153             </li>
 154             <li>
 155               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 156               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 157               treated as RNA secondary structure.
 158             </li>
 159             <li>
 160               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 161               (not .jar) when saving a jalview project file.
 162             </li>
 163             <li>
 164               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 165               transfers focus to previous window on OSX
 166             </li>
 167           </ul>
 168           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 169           <ul>
 170             <li>
 171               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 172               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 173               box.
 174             </li>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 177               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 178               'look and feel' which has improved compatibility with the
 179               latest version of OSX.
 180             </li>
 181           </ul>
 182         </div>
 183     </td>
 184     </tr>
 185     <tr>
 186       <td width="60" nowrap>
 187         <div align="center">
 188           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 189             <em>7/06/2018</em></strong>
 190         </div>
 191       </td>
 192       <td><div align="left">
 193           <em></em>
 194           <ul>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 197               annotation retrieved from Uniprot
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 201               onto the Jalview Desktop
 202             </li>
 203           </ul>
 204         </div></td>
 205       <td><div align="left">
 206           <em></em>
 207           <ul>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 210               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 214               right-hand column parsed correctly
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 218               not alignment area in exported graphic
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 222               window has input focus
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 226               annotation added to view (Windows)
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 230               network connectivity is poor
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 234               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 235                 the currently open URL and links from a page viewed in
 236                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 237                 you are using Edge, only links in the page can be
 238                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 239                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 240             </li>
 241           </ul>
 242         </div></td>
 243     </tr>
 244     <tr>
 245       <td width="60" nowrap>
 246         <div align="center">
 247           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 248         </div>
 249       </td>
 250       <td><div align="left">
 251           <em></em>
 252           <ul>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 255               for disabling automatic superposition of multiple
 256               structures and open structures in existing views
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 260               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 261               adjust them.
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 265               Ensembl services
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 269               and lots of hidden columns
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 273               of features (particularly when transparency is disabled)
 274             </li>
 275           </ul>
 276           </div>
 277       </td>
 278       <td><div align="left">
 279           <ul>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 282               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 286               overlapping alignment panel
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 290               sequence as gaps
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 294               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 295               UTR
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 299               factor annotation not added to sequence when local PDB
 300               file associated with it by drag'n'drop or structure
 301               chooser
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 305               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 309               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 313               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 317               columns in annotation row
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 321               honored in batch mode
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 325               for structures added to existing Jmol view
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 329               entries after importing project with multiple views
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 333               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 334               with negative residue numbers or missing residues fails
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 338               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 339               as generated by CONSURF)
 340             </li>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 343               tooltip doesn't include a text description of mutation
 344             </li>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 347               structure and/or overview windows are also shown
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 351               very slow for alignments with large numbers of sequences
 352             </li>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 355               with 'StringIndexOutOfBounds'
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 359               platforms running Java 10
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 363               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 364             </li>
 365           </ul>
 366           <em>Applet</em>
 367           <ul>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 370               should copy the group consensus when popup is opened on it
 371             </li>
 372           </ul>
 373           <em>Batch Mode</em>
 374           <ul>
 375           <li>
 376             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 377           </li>
 378           </ul>
 379           <em>New Known Defects</em>
 380           <ul>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 383               editing a large alignment and overview is displayed
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 387               repeatedly after a series of edits even when the overview
 388               is no longer reflecting updates
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 392               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 393               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 394               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 395             </li>
 396           </ul>
 397         </div>
 398           </td>
 399     </tr>
 400     <tr>
 401       <td width="60" nowrap>
 402         <div align="center">
 403           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 404         </div>
 405       </td>
 406       <td><div align="left">
 407           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 408               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 409       <td><div align="left">
 410           <em>Desktop</em><ul>
 411           <ul>
 412             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 413             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 414             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 415             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 416             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 417             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 418             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 419           </ul>
 420           </div>
 421       </td>
 422     </tr>
 423     <tr>
 424       <td width="60" nowrap>
 425         <div align="center">
 426           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 427         </div>
 428       </td>
 429       <td><div align="left">
 430           <em></em>
 431           <ul>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 434               rendering of sequence features
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 438               429 rate limit request hander
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 442               their colours have changed
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 446               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 450               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 454               view from Ensembl locus cross-references
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 458               Alignment report
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 462               feature can be disabled
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 466               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 470               Uniprot
 471             </li>
 472           </ul>
 473           <em>Scripting</em>
 474           <ul>
 475             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 476             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 477               percent identity scores for current alignment.</li>
 478           </ul>
 479           <em>Testing and Deployment</em>
 480           <ul>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 483             </li>
 484           </ul>
 485         </div></td>
 486       <td><div align="left">
 487           <em>General</em>
 488           <ul>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 491               threshold text field doesn't trigger an update to the
 492               alignment view
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 496               strings in parallel
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 500               alignment window is closed
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 504               group visibility
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 508               takes a long time in Cursor mode
 509             </li>
 510           </ul>
 511           <em>Desktop</em>
 512           <ul>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 515               cannot be viewed in Chimera
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 519               CDS/Protein view
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 523               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 524               Search Dialogs
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 534               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 538               scrolling right in unwapped alignment view
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 542               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 543               database
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 547               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 551               features of same type and group to be selected for
 552               amending
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 556               alignments when hidden columns are present
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 560               displaying several structures
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 564               moving a window
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 568               within the Jalview desktop on OSX
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 572               when in wrapped alignment mode
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 576               hand end of alignment
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 580               each selected sequence do not have correct start/end
 581               positions
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 585               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 589               restoring project until a new view is created
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 593               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 594               configured (since 2.10.2b2)
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 598               position is adjusted
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 602               in a multi-chain structure when viewing alignment
 603               involving more than one chain (since 2.10)
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 607               if new selection moves alignment window
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 611               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 615               that produces correctly annotated transcripts and products
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 619               doesn't update associated structure view
 620             </li>
 621           </ul>
 622           <em>Applet</em><br />
 623           <ul>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 626               closing alignment panel
 627             </li>
 628           </ul>
 629           <em>BioJSON</em><br />
 630           <ul>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 633               non-positional features
 634             </li>
 635           </ul>
 636           <em>New Known Issues</em>
 637           <ul>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 640               sequence features correctly (for many previous versions of
 641               Jalview)
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 645               using cursor in wrapped panel other than top
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 649               graduated colour threshold
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 653               always preserve numbering and sequence features
 654             </li>
 655           </ul>
 656           <em>Known Java 9 Issues</em>
 657           <ul>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 660               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 661               9.01, OSX 10.10)
 662             </li>
 663           </ul>
 664         </div></td>
 665     </tr>
 666     <tr>
 667       <td width="60" nowrap>
 668         <div align="center">
 669           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 670             <em>2/10/2017</em></strong>
 671         </div>
 672       </td>
 673       <td><div align="left">
 674           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 675           <ul>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 678             </li>
 679             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 680             </li>
 681           </ul>
 682         </div></td>
 683       <td><div align="left">
 684         </div></td>
 685     </tr>
 686     <tr>
 687       <td width="60" nowrap>
 688         <div align="center">
 689           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 690             <em>7/9/2017</em></strong>
 691         </div>
 692       </td>
 693       <td><div align="left">
 694           <em></em>
 695           <ul>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 698               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 699               white)
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 703               Preferences
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 707               in size and progress bar shown as higher resolution
 708               overview is recalculated
 709             </li>
 710
 711           </ul>
 712         </div></td>
 713       <td><div align="left">
 714           <em></em>
 715           <ul>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 718               column region row by row
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 722               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 726               format setting is unticked
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 730               if group has show boxes format setting unticked
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 734               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 735               include sequences and columns not currently displayed
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 739               assemblies are imported via CIF file
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 743               displayed when threshold or conservation colouring is also
 744               enabled.
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 748               server version
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 752               dragging a selected region off the visible region of the
 753               alignment
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 757               colourscheme to all groups in a view
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 761               initially after font size change using the Font chooser or
 762               middle-mouse zoom
 763             </li>
 764           </ul>
 765         </div></td>
 766     </tr>
 767     <tr>
 768       <td width="60" nowrap>
 769         <div align="center">
 770           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 771         </div>
 772       </td>
 773       <td><div align="left">
 774           <em>Calculations</em>
 775           <ul>
 776
 777             <li>
 778               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 779               ungapped positions in each column of the alignment.
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 783               a calculation dialog box
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 787               and memory efficiency (~30x faster)
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 791               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 792               and other calculations
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 796               files within the Jalview codebase
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 800               Similarity may have different topology due to increased
 801               precision
 802             </li>
 803           </ul>
 804           <em>Rendering</em>
 805           <ul>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 808               model for alignments and groups
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 812               scripts
 813             </li>
 814           </ul>
 815           <em>Overview</em>
 816           <ul>
 817             <li>
 818               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 819               with alignment and overview windows
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 823               overview
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 827               omitted in Overview
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 831               adjustment of visible position
 832             </li>
 833           </ul>
 834
 835           <em>Data import/export</em>
 836           <ul>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 839               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 843               annotation input/output via stockholm flatfile
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 847               extension when importing structure files without embedded
 848               names or PDB accessions
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 852               format sequence substitution matrices
 853             </li>
 854           </ul>
 855           <em>User Interface</em>
 856           <ul>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 859               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 860               the application.
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 864               via Overview or sequence motif search operations
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 868               opened by double clicking gaps within sequence feature
 869               extent
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 873               aligned positions were available to create a 3D structure
 874               superposition.
 875             </li>
 876           </ul>
 877           <em>3D Structure</em>
 878           <ul>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 881               coloured in linked structure views
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 885               file-based command exchange
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 889               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 890               structures are already available for sequences
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 894               the Jalview project rather than downloaded again when the
 895               project is reopened.
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 899               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 900               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 901                 Feature</strong>)
 902             </li>
 903           </ul>
 904           <em>Web Services</em>
 905           <ul>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 911               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 912               Analysis services
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 916               cross-references provided by identifiers.org and the
 917               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 918             </li>
 919           </ul>
 920
 921           <em>Scripting</em>
 922           <ul>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 925               identifying file formats (instead of String constants)
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 929               efficiency when counting all displayed features (not
 930               backwards compatible with 2.10.1)
 931             </li>
 932           </ul>
 933           <em>Example files</em>
 934           <ul>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 937               included in the example feature file
 938             </li>
 939           </ul>
 940           <em>Documentation</em>
 941           <ul>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 944               with the built-in Java help viewer
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 948               sequence description' option
 949             </li>
 950           </ul>
 951           <em>Test Suite</em>
 952           <ul>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 955               Uniprot REST Free Text Search Client
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 962               during tests
 963             </li>
 964           </ul>
 965         </div></td>
 966       <td><div align="left">
 967           <em>Calculations</em>
 968           <ul>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 971               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 972               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 973             </li>
 974             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 975               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 976               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 977               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 978               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 979               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 980               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 981               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 982               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 983               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 984               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 985               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 986               // for 2.10.1 mode <br />
 987               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 988               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 989                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 990                 calculations (not recommended)</em></li>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 993               scaling of branch lengths for trees computed using
 994               Sequence Feature Similarity.
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 998               generating output report when working with highly
 999               redundant alignments
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1003               right of selected region when gaps present on right-hand
1004               boundary
1005             </li>
1006           </ul>
1007           <em>User Interface</em>
1008           <ul>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1011               doesn't reselect a specific sequence's associated
1012               annotation after it was used for colouring a view
1013             </li>
1014             <li>
1015               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1016               opened on a region of alignment without groups
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1020               of an alignment with overlapping groups
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1024               name and description match
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1028               hidden regions results in incorrect hidden regions
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1032               changing colour does not apply Conservation slider value
1033               to all groups
1034             </li>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1037               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1038             </li>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1041               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1042             </li>
1043             <li>
1044               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1045               gaps before start of features
1046             </li>
1047             <li>
1048               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1049               restored to UI when feature colour is edited
1050             </li>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1053               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1057               as graduate feature colour settings are modified via the
1058               dialog box
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1062               when a group defined on the alignment is resized
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1066               wrapped view result in positional status updates
1067             </li>
1068
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1071               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1075               alignment included gapped columns
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1079               widgets don't permanently disappear
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1083               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1084               T-Coffee column reliability scores)
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1088               sequence feature on gaps only
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1092               button from a Find inherit previously defined feature type
1093               rather than the Find query string
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1097               exporting tree calculated in Jalview
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1101               and then revealing them reorders sequences on the
1102               alignment
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1106               doesn't update to reflect available set of groups after
1107               interactively adding or modifying features
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1111               Linux
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1115               only excluded gaps in current sequence and ignored
1116               selection.
1117             </li>
1118           </ul>
1119           <em>Rendering</em>
1120           <ul>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1123               erratically when hidden rows or columns are present
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1127               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1128               sequence colouring
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1132               colour and group colour menu for protein alignments
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1136               reflect currently selected view or group's shading
1137               thresholds
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1141               when rendered on overview and structures when opacity at
1142               100%
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1146               overview when features overlaid on alignment
1147             </li>
1148           </ul>
1149           <em>Data import/export</em>
1150           <ul>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1153               load
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1157               added after a sequence was imported are not written to
1158               Stockholm File
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1162               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1166               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1170               with lightGray or darkGray via features file (but can
1171               specify lightgray)
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1175               when alignment view imported from project
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1179               structure and sequences extracted from structure files
1180               imported via URL and viewed in Jmol
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1184               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1185               the project is loaded and the structure viewed
1186             </li>
1187           </ul>
1188           <em>Web Services</em>
1189           <ul>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1192               release of Ensembl v.88
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1196               appear enabled in Preferences->Connections
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1200               removed from console output
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1204               Ensembl by Peptide ID
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1208               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1209               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1210               due to 'null' string rather than empty string used for
1211               residues with no corresponding PDB mapping).
1212             </li>
1213           </ul>
1214           <em>Application UI</em>
1215           <ul>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1218               menu
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1222               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1223               new documentation and tooltips added)
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1227               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1231               new features are added to alignment
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1235               changes to feature colours via the Amend features dialog
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1239               edit graduated feature colour via amend features dialog
1240               box
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1244               selection menu changes colours of alignment views
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1248               from alignment calculation workers after alignment has
1249               been closed
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1253               groups now 'Create Group'
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1257               Create/Undefine group doesn't always work
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1261               shown again after pressing 'Cancel'
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1265               adjusts start position in wrap mode
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1269               ambiguous amino acids
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1273               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1274               proteins
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1278               Defined' don't appear in Colours menu
1279             </li>
1280           </ul>
1281           <em>Applet</em>
1282           <ul>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1285               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1289               overview or linked structure view
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1293               work (since 2.8)
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1297               user-defined colourscheme doesn't restore original
1298               colourscheme
1299             </li>
1300           </ul>
1301           <em>Test Suite</em>
1302           <ul>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1305               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1309               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1310               problems with deep array comparison equality asserts in
1311               successive versions of TestNG
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1315               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1316             </li>
1317           </ul>
1318           <em>New Known Issues</em>
1319           <ul>
1320             <li>
1321               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1322               phase after a sequence motif find operation
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1326               containing just upper and lower case letters are
1327               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1331               reliably from eggnog Ortholog database
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1335               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1336               to mark columns containing highlighted regions.
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1340               doesn't always add secondary structure annotation.
1341             </li>
1342           </ul>
1343         </div>
1344     <tr>
1345       <td width="60" nowrap>
1346         <div align="center">
1347           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1348         </div>
1349       </td>
1350       <td><div align="left">
1351           <em>General</em>
1352           <ul>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1355               for all consensus calculations
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1359               3rd Oct 2016)
1360             </li>
1361             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1362               for 2016-2017</li>
1363           </ul>
1364           <em>Application</em>
1365           <ul>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1368               set of database cross-references, sorted alphabetically
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1372               from database cross references. Users with custom links
1373               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1374                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1378               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1379               Chimera session
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1383               the Chimera it is connected to is shut down
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1387               columns menu item to mark columns containing highlighted
1388               regions (e.g. from structure selections or results of a
1389               Find operation)
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1393               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1394               MSAviewer
1395             </li>
1396           </ul>
1397         </div></td>
1398       <td>
1399         <div align="left">
1400           <em>General</em>
1401           <ul>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1404               are not coloured or thresholded according to percent
1405               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1409               hydrophobic
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1413               threshold, amino acid properties)
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1417               reported as mapped to residues in a structure file in the
1418               View Mapping report
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1422               could be added multiple times to a sequence
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1426               bond features shown as two highlighted residues rather
1427               than a range in linked structure views, and treated
1428               correctly when selecting and computing trees from features
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1432               cross-references are matched to database name regardless
1433               of case
1434             </li>
1435
1436           </ul>
1437           <em>Application</em>
1438           <ul>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1441               names without regular expressions also offer links from
1442               Sequence ID
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1446               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1447               update Jalview configuration
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1451               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1455               files with similarly named sequences if dropped onto the
1456               alignment
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1460               entries where more chains exist in the PDB accession than
1461               are reported in the SIFTS file
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1465               the structure view when displayed with Chimera
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1469               panel's View->Show Chains submenu
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1473               work for wrapped alignment views
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1477               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1481               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1482               first annotation row
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1486               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1490               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1491             </li>
1492             <!-- JAL-2319 -->
1493             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1494             coordindate data
1495             </li>
1496           </ul>
1497           <!--           <em>New Known Issues</em>
1498           <ul>
1499             <li></li>
1500           </ul> -->
1501         </div>
1502       </td>
1503     </tr>
1504     <td width="60" nowrap>
1505       <div align="center">
1506         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1507           <em>25/10/2016</em></strong>
1508       </div>
1509     </td>
1510     <td><em>Application</em>
1511       <ul>
1512         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1513           view if structures already loaded</li>
1514         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1515           structure views</li>
1516       </ul></td>
1517     <td>
1518       <div align="left">
1519         <em>General</em>
1520         <ul>
1521           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1522             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1523           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1524             example sequences/projects/trees</li>
1525         </ul>
1526         <em>Application</em>
1527         <ul>
1528           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1529             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1530           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1531             without timeout for structures with multiple models or
1532             multiple sequences in alignment</li>
1533           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1534             PDB ID HEADER line</li>
1535           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1536             is performed</li>
1537           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1538             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1539           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1540           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1541             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1542             option</li>
1543           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1544             is created on the alignment</li>
1545           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1546             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1547             pop-up menu</li>
1548         </ul>
1549         <em>Build and deployment</em>
1550         <ul>
1551           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1552             tags</li>
1553         </ul>
1554         <em>New Known Issues</em>
1555         <ul>
1556           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1557             on Windows</li>
1558         </ul>
1559       </div>
1560     </td>
1561     </tr>
1562     <tr>
1563       <td width="60" nowrap>
1564         <div align="center">
1565           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1566         </div>
1567       </td>
1568       <td><em>General</em>
1569         <ul>
1570           <li>
1571             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1572           </li>
1573           <li>
1574             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1575             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1576             better PDB parsing.
1577           </li>
1578           <li>
1579             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1580             reference sequence
1581           </li>
1582           <li>
1583             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1584             mousing over sequence associated annotation
1585           </li>
1586           <li>
1587             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1588             for manual entry
1589           </li>
1590           <li>
1591             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1592             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1593             for each column
1594           </li>
1595           <li>
1596             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1597             showing or hiding columns containing a feature
1598           </li>
1599           <li>
1600             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1601             group and sequence associated annotation labels
1602           </li>
1603           <li>
1604             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1605             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1606             dialogs
1607           </li>
1608
1609         </ul> <em>Application</em>
1610         <ul>
1611           <li>
1612             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1613             gene/transcript view
1614           </li>
1615           <li>
1616             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1617             dialog
1618           </li>
1619           <li>
1620             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1621             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1622           </li>
1623           <li>
1624             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1625             Pfam sources to xfam.org
1626           </li>
1627           <li>
1628             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1629           </li>
1630           <li>
1631             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1632             over sequences in Jalview
1633           </li>
1634           <li>
1635             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1636             regions in ENA and EMBL
1637           </li>
1638           <li>
1639             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1640             for record retrieval via ENA rest API
1641           </li>
1642           <li>
1643             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1644             complement operator
1645           </li>
1646           <li>
1647             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1648             groovy script execution
1649           </li>
1650           <li>
1651             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1652             alignment window's Calculate menu
1653           </li>
1654           <li>
1655             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1656             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1657           </li>
1658           <li>
1659             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1660             calculation workers from groovy scripts
1661           </li>
1662           <li>
1663             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1664             Jalview projects
1665           </li>
1666           <li>
1667             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1668             associations are now saved/restored from project
1669           </li>
1670           <li>
1671             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1672             before sequence fetcher is opened
1673           </li>
1674           <li>
1675             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1676             database chooser opens a sequence fetcher
1677           </li>
1678           <li>
1679             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1680             the UniProt REST API
1681           </li>
1682           <li>
1683             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1684             the news reader opening
1685           </li>
1686           <li>
1687             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1688             querying stored in preferences
1689           </li>
1690           <li>
1691             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1692             search results
1693           </li>
1694           <li>
1695             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1696           </li>
1697           <li>
1698             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1699             menu for nucleotide sequences
1700           </li>
1701           <li>
1702             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1703             and feature counts preserves alignment ordering (and
1704             debugged for complex feature sets).
1705           </li>
1706           <li>
1707             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1708             viewing structures with Jalview 2.10
1709           </li>
1710           <li>
1711             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1712             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1713             Ensembl Genomes REST API
1714           </li>
1715           <li>
1716             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1717             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1718             (Ensembl)
1719           </li>
1720           <li>
1721             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1722             sequences
1723           </li>
1724           <li>
1725             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1726             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1727             data from external database records.
1728           </li>
1729           <li>
1730             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1731             efficient recovery of sequence coding and alignment
1732             annotation relationships.
1733           </li>
1734         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1735         <ul>
1736           <li>
1737             -- JAL---
1738           </li>
1739         </ul> --></td>
1740       <td>
1741         <div align="left">
1742           <em>General</em>
1743           <ul>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1746               menu on OSX
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1750               includes graduated colourschemes
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1754               working with big alignments and lots of hidden columns
1755             </li>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1758               at right of alignment window
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1762               contents
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1766               for DNA alignments
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1770               based tree calculation
1771             </li>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1774               unconserved enabled for group on alignment
1775             </li>
1776             <li>
1777               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1778               set as reference
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1782               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1783               annotation
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1787               hidden columns present
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1791               user created annotation added to alignment
1792             </li>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1795               '()' base pair annotation
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1799               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1800               Consensus
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1804               feature not working
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1808               beginning of sequence
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1812               entry 3a6s
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1816               from a tree when t-coffee scores are shown
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1820               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1824               some structures
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1828               to Clustal, PIR and PileUp output
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1832               not visible causes alignment window to repaint
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1836               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1837               scores associated with features and annotation rows
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1841               calculation should be case independent
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1845               columns
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1849               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1850               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1854               problems when reference sequence defined and 'show
1855               non-conserved' enabled
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1859               load even when Consensus calculation is disabled
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1863               alignment does nothing
1864             </li>
1865           </ul>
1866           <em>Application</em>
1867           <ul>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1870               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1871               yet fixed for El Capitan)
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1875               output when running on non-gb/us i18n platforms
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1879               hidden sequences as flat-file alignment
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1883               launching Chimera
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1887               (also hotfix for 2.9.0b2)
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1891               reference sequence defined
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1895               alignments and views when revealing hidden columns
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1899               view in a cDNA/Protein splitframe
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1903               sequence from project when only one sequence is
1904               represented
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1908               in Structure Chooser
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1912               structure consensus didn't refresh annotation panel
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1916               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1917             </li>
1918             <li>
1919               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1920               dialogs format columns correctly, don't display array
1921               data, sort columns according to type
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1925               file chooser is cancelled during an image export
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1929               sequence name containing special characters
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1933               case insensitive
1934             </li>
1935             <li>
1936               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1937               formatting don't wrap
1938             </li>
1939             <li>
1940               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1941               truncated so L looks like I in consensus annotation
1942             </li>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1945               currently displayed features for the current selection or
1946               view
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1950               after fetching cross-references, and restoring from
1951               project
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1955               followed in the structure viewer
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1959               splitframe not restored from project
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1963               trailing end of protein alignment in transcript/product
1964               splitview when pad-gaps not enabled by default
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1968               is case dependent
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1972               article has been read (reopened issue due to
1973               internationalisation problems)
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1977               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1978               cross-references
1979             </li>
1980
1981             <li>
1982               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1983               alignment as HTML
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1987               multiple structures are shown for one or more sequences.
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1991               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1992               is enabled.
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1996               specific PDB id for sequence
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2000               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2001               columns' is disabled.
2002             </li>
2003             <li>
2004               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2005               selects lowest rather than highest resolution structures
2006               for each sequence
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2010               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2011             </li>
2012             <li>
2013               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2014               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2015             </li>
2016             <li>
2017               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2018               after clicking on it to create new annotation for a
2019               column.
2020             </li>
2021             <li>
2022               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2023               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2024             </li>
2025             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2026             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2027           </ul>
2028           <em>Applet</em>
2029           <ul>
2030             <li>
2031               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2032               hidden columns present before start of sequence
2033             </li>
2034             <li>
2035               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2036               (JSON jars)
2037             </li>
2038             <li>
2039               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2040               sequences are hidden in applet
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2044               deployment on examples pages.
2045             </li>
2046           </ul>
2047         </div>
2048       </td>
2049     </tr>
2050     <tr>
2051       <td width="60" nowrap>
2052         <div align="center">
2053           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2054             <em>16/10/2015</em></strong>
2055         </div>
2056       </td>
2057       <td><em>General</em>
2058         <ul>
2059           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2060             jars</li>
2061         </ul></td>
2062       <td>
2063         <div align="left">
2064           <em>Application</em>
2065           <ul>
2066             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2067               shown when tree is partitioned</li>
2068             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2069               multiple cDNA/Protein split views</li>
2070           </ul>
2071         </div>
2072       </td>
2073     </tr>
2074     <tr>
2075       <td width="60" nowrap>
2076         <div align="center">
2077           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2078             <em>8/10/2015</em></strong>
2079         </div>
2080       </td>
2081       <td><em>General</em>
2082         <ul>
2083           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2084             2.9</li>
2085         </ul> <em>Application</em>
2086         <ul>
2087           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2088           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2089           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2090         </ul> <em>Applet</em>
2091         <ul>
2092           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2093         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2094         <ul>
2095           <li>
2096             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2097             suite
2098           </li>
2099         </ul></td>
2100       <td>
2101         <div align="left">
2102           <em>General</em>
2103           <ul>
2104             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2105               incorrect when sequence start > 1</li>
2106             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2107               documentation</li>
2108             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2109             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2110               loading a features file containing HTML tags in feature
2111               description</li>
2112
2113           </ul>
2114           <em>Application</em>
2115           <ul>
2116             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2117               reimport</li>
2118             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2119               with 'trim retrieved sequences'</li>
2120             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2121               deleting selected columns</li>
2122             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2123               JNLP templates for webstart launch</li>
2124             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2125               unreleased structures for download or viewing</li>
2126             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2127               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2128             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2129               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2130             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2131               recovered from jalview project</li>
2132             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2133               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2134               alignment view</li>
2135             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2136               color schemes from BioJSON</li>
2137           </ul>
2138           <em>Applet</em>
2139           <ul>
2140             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2141               frame</li>
2142             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2143           </ul>
2144         </div>
2145       </td>
2146     </tr>
2147     <tr>
2148       <td><div align="center">
2149           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2150         </div></td>
2151       <td><em>General</em>
2152         <ul>
2153           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2154             alignments:
2155             <ul>
2156               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2157                 and DNA alignment views</li>
2158               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2159                 cDNA alignment views</li>
2160               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2161                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2162               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2163                 protein sequences</li>
2164             </ul>
2165           </li>
2166           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2167           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2168             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2169           <li>New alignment annotation file statements for
2170             reference sequences and marking hidden columns</li>
2171           <li>Reference sequence based alignment shading to
2172             highlight variation</li>
2173           <li>Select or hide columns according to alignment
2174             annotation</li>
2175           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2176           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2177             acid conservation row</li>
2178           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2179         </ul> <em>Application</em>
2180         <ul>
2181           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2182             <ul>
2183               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2184                 view with cDNA/Protein</li>
2185               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2186                 sequences are placed in the same alignment</li>
2187               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2188                 projects</li>
2189             </ul>
2190           </li>
2191
2192           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2193           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2194             Jalview windows</li>
2195
2196           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2197           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2198           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2199             be shown in VARNA</li>
2200
2201           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2202             as the active selected region</li>
2203
2204           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2205             similarity</li>
2206           <li>New Export options
2207             <ul>
2208               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2209                 region export in flat file generation</li>
2210
2211               <li>Export alignment views for display with the <a
2212                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2213
2214               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2215               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2216                 alignment figures to HTML</li>
2217           </li>
2218           <li>3D structure retrieval and display
2219             <ul>
2220               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2221                 Search API</li>
2222               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2223                 PDB structures for a sequence set</li>
2224             </ul>
2225           </li>
2226
2227           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2228             predictions</li>
2229           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2230             for one or a group of sequences</li>
2231           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2232             from the JPred4 web server</li>
2233           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2234             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2235             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2236           </li>
2237           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2238             VARNA 2D Structure'</li>
2239           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2240             Structure ..."</li>
2241
2242         </ul> <em>Applet</em>
2243         <ul>
2244           <li>New layout for applet example pages</li>
2245           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2246             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2247           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2248             Protein alignments</li>
2249         </ul> <em>Development and deployment</em>
2250         <ul>
2251           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2252           <li>Include installation type and git revision in build
2253             properties and console log output</li>
2254           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2255             storing BioJsMSA Templates</li>
2256           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2257         </ul></td>
2258       <td>
2259         <!-- <em>General</em>
2260         <ul>
2261         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2262         <ul>
2263           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2264           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2265           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2266             predictions are not highlighted in amber</li>
2267           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2268             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2269           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2270             associated structure views</li>
2271           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2272             width checkbox not enabled</li>
2273           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2274             creating user defined colours</li>
2275           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2276             mappings for just that viewer's sequences</li>
2277           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2278             multiple models in Chimera</li>
2279           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2280             over Jmol structure</li>
2281           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2282             output to text box</li>
2283           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2284             have incorrect sequence start/end</li>
2285           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2286             Jalview fails</li>
2287           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2288             work for nucleotide</li>
2289           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2290             to a grey/invisible alignment window</li>
2291           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2292             imports to different position</li>
2293           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2294             on some platforms</li>
2295           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2296             populated</li>
2297           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2298             console if Chimera has been opened</li>
2299           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2300           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2301             retrieved</li>
2302           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2303           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2304             either sequence shows on first structure</li>
2305           <li>'Show annotations' options should not make
2306             non-positional annotations visible</li>
2307           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2308             in right place after 'view flanking regions'</li>
2309           <li>File Save As type unset when current file format is
2310             unknown</li>
2311           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2312             projects</li>
2313           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2314             responsive</li>
2315           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2316             several views on same alignment</li>
2317           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2318           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2319             spaces</li>
2320         </ul> <em>Applet</em>
2321         <ul>
2322           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2323           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2324             descriptions containing angle brackets</li>
2325         </ul> <em>General</em>
2326         <ul>
2327           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2328             via jalview annotation file</li>
2329           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2330             with RNA secondary structure</li>
2331           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2332             translation doesn't work.</li>
2333           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2334           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2335             positions</li>
2336           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2337             choosing 1pt font</li>
2338           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2339             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2340             'h'</li>
2341           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2342             new feature</li>
2343           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2344             order dependent</li>
2345           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2346             sequences</li>
2347           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2348         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2349         <ul>
2350           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2351             www.jalview.org</li>
2352         </ul> <em>Application Known issues</em>
2353         <ul>
2354           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2355           <li>Misleading message appears after trying to delete
2356             solid column.</li>
2357           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2358             version launches</li>
2359           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2360             fails with a sequence mismatch</li>
2361           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2362             scrolling alignment to right</li>
2363           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2364             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2365           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2366             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2367           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2368             ultra-high resolution</li>
2369           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2370             quality and conservation</li>
2371           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2372             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2373         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2374         <ul>
2375           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2376           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2377             window is being resized</li>
2378
2379         </ul>
2380       </td>
2381     </tr>
2382     <tr>
2383       <td><div align="center">
2384           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2385         </div></td>
2386       <td><em>General</em>
2387         <ul>
2388           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2389             Certum.PL.</li>
2390           <li>Features and annotation preserved when performing
2391             pairwise alignment</li>
2392           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2393             imported/exported/displayed</li>
2394           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2395             protein secondary structure</li>
2396           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2397               post-hoc with 2.9 release</em>)
2398           </li>
2399
2400         </ul> <em>Application</em>
2401         <ul>
2402           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2403             with 3D structures</li>
2404           <li>Support for parsing RNAML</li>
2405           <li>Annotations menu for layout
2406             <ul>
2407               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2408               <li>place sequence annotation above/below alignment
2409                 annotation</li>
2410             </ul>
2411           <li>Output in Stockholm format</li>
2412           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2413             translation</li>
2414           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2415           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2416             shared between alignments</li>
2417           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2418             Jalview</li>
2419           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2420             all or current selection</li>
2421           <li>disorder and secondary structure predictions
2422             available as dataset annotation</li>
2423           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2424
2425
2426           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2427             alignments from Rfam</li>
2428           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2429
2430           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2431             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2432           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2433           <li>include installation type in build properties and
2434             console log output</li>
2435           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2436             annotation</li>
2437         </ul></td>
2438       <td>
2439         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2440         <ul>
2441           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2442             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2443           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2444             alignment</li>
2445           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2446           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2447           <li>Double click on sequence associated annotation
2448             selects only first column</li>
2449           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2450             leaves shown in tree</li>
2451           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2452             properly</li>
2453           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2454           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2455             screen and buttons not visible</li>
2456           <li>author list isn't updated if already written to
2457             Jalview properties</li>
2458           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2459             from database</li>
2460           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2461           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2462             browser search window</li>
2463           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2464             in feature settings dialog</li>
2465           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2466             desktop</li>
2467           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2468             pass validation</li>
2469           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2470             fit on screen</li>
2471           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2472             tooltip</li>
2473           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2474             defined user preset</li>
2475           <li>MSA web services warns user if they were launched
2476             with invalid input</li>
2477           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2478             Java 8</li>
2479           <li>
2480             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2481             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2482             created
2483           </li>
2484
2485         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2486         <ul>
2487         </ul> <em>General</em>
2488         <ul>
2489         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2490         <ul>
2491           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2492             memory allocation</li>
2493           <li>launchApp service doesn't automatically open
2494             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2495           <li>
2496             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2497             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2498             1.7_055 is available
2499           </li>
2500         </ul> <em>Application Known issues</em>
2501         <ul>
2502           <li>
2503             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2504             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2505             alignment to right
2506           </li>
2507           <li>
2508             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2509             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2510             with large number of ID
2511           </li>
2512           <li>
2513             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2514             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2515             start/end
2516           </li>
2517           <li>
2518             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2519             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2520             structure tracks are rearranged
2521           </li>
2522           <li>
2523             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2524             invalid rna structure positional highlighting does not
2525             highlight position of invalid base pairs
2526           </li>
2527           <li>
2528             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2529             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2530             project from alignment window file menu
2531           </li>
2532           <li>
2533             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2534             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2535             structures
2536           </li>
2537           <li>
2538             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2539             colour by RNA Helices not enabled when user created
2540             annotation added to alignment
2541           </li>
2542           <li>
2543             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2544             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2545           </li>
2546         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2547         <ul>
2548           <li>
2549             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2550             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2551           </li>
2552           <li>
2553             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2554             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2555           </li>
2556
2557           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2558             when selected</li>
2559         </ul>
2560       </td>
2561     </tr>
2562     <tr>
2563       <td><div align="center">
2564           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2565         </div></td>
2566       <td>
2567         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2568         <em>General</em>
2569         <ul>
2570           <li>Internationalisation of user interface (usually
2571             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2572           <li>Define/Undefine group on current selection with
2573             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2574           <li>Improved group creation/removal options in
2575             alignment/sequence Popup menu</li>
2576           <li>Sensible precision for symbol distribution
2577             percentages shown in logo tooltip.</li>
2578           <li>Annotation panel height set according to amount of
2579             annotation when alignment first opened</li>
2580         </ul> <em>Application</em>
2581         <ul>
2582           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2583             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2584           <li>Select columns containing particular features from
2585             Feature Settings dialog</li>
2586           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2587             sequences</li>
2588           <li>Update Jalview project format:
2589             <ul>
2590               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2591               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2592                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2593               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2594                 colouring</li>
2595             </ul>
2596           </li>
2597           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2598             (PAM250)</li>
2599           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2600             flanking regions for an alignment</li>
2601         </ul>
2602       </td>
2603       <td>
2604         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2605         <ul>
2606           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2607             running after job is cancelled</li>
2608           <li>cannot export features from alignments imported from
2609             Jalview/VAMSAS projects</li>
2610           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2611             float values</li>
2612           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2613             have 'display all symbols' flag set</li>
2614           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2615             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2616           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2617             Jalview</li>
2618           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2619             Lion/Webstart</li>
2620           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2621           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2622           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2623             alignment onto desktop</li>
2624           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2625             'extract scores' function</li>
2626           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2627             alignment window</li>
2628           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2629             performing IUPred disorder prediction</li>
2630           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2631             changing 'normalise logo' display setting</li>
2632           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2633             nothing matches query</li>
2634           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2635             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2636           </li>
2637           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2638             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2639           </li>
2640           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2641             Jalview's menu</li>
2642           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2643             'invalid literal/length code'</li>
2644           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2645             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2646           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2647             colourscheme</li>
2648
2649         </ul> <em>Applet</em>
2650         <ul>
2651           <li>Remove group option is shown even when selection is
2652             not a group</li>
2653           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2654             don't affect groups</li>
2655           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2656             colourscheme name</li>
2657           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2658             Annotation panel is not displayed</li>
2659           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2660             embedded windows</li>
2661         </ul> <em>Other</em>
2662         <ul>
2663           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2664             single sequence were not calculated</li>
2665           <li>annotation files that contain only groups imported as
2666             annotation and junk sequences</li>
2667           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2668             recognised as PFAM or BLC</li>
2669           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2670             doesn't affect background (2.8.0b1)
2671           <li></li>
2672           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2673           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2674             trailing gaps</li>
2675           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2676             registered correctly on import</li>
2677           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2678             certain alignments</li>
2679           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2680             existing annotation based 'use original colours'
2681             colourscheme loses original colours setting</li>
2682         </ul>
2683       </td>
2684     </tr>
2685     <tr>
2686       <td><div align="center">
2687           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2688             <em>30/1/2014</em></strong>
2689         </div></td>
2690       <td>
2691         <ul>
2692           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2693             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2694             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2695             open source project).
2696           </li>
2697           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2698           <li>Output in Stockholm format</li>
2699           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2700           <li>Export/import group and sequence associated line
2701             graph thresholds</li>
2702           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2703             ambiguity codes</li>
2704           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2705             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2706             works</li>
2707           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2708         </ul> <em>Other improvements</em>
2709         <ul>
2710           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2711           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2712             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2713           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2714             files</li>
2715           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2716           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2717             link but no description</li>
2718           <li>Select primary source when selecting authority in
2719             database fetcher GUI</li>
2720           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2721             Jalview</li>
2722           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2723         </ul>
2724       </td>
2725       <td>
2726         <ul>
2727           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2728             displayed</li>
2729           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2730             secondary structure annotation line</li>
2731           <li>Sequence database accessions not imported when
2732             fetching alignments from Rfam</li>
2733           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2734             identical IDs</li>
2735           <li>View all structures does not always superpose
2736             structures</li>
2737           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2738             reflect user or preset settings</li>
2739           <li>Null pointer exceptions for some services without
2740             presets or adjustable parameters</li>
2741           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2742             discover PDB xRefs</li>
2743           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2744             features with DAS</li>
2745           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2746             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2747           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2748             residue follows a gap</li>
2749           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2750             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2751           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2752             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2753           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2754             annotation already exists on alignment</li>
2755           <li>oninit javascript function should be called after
2756             initialisation completes</li>
2757           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2758             alignment window display</li>
2759           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2760           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2761             to annotation file</li>
2762           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2763             groups created</li>
2764           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2765             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2766           <li>Pressing return several times causes Number Format
2767             exceptions in keyboard mode</li>
2768           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2769             correct partitions for input data</li>
2770           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2771           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2772           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2773           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2774             mode</li>
2775           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2776             changes one row&#39;s threshold</li>
2777           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2778             doesn&#39;t open</li>
2779           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2780             quality histograms</li>
2781         </ul>
2782       </td>
2783     </tr>
2784     <tr>
2785       <td><div align="center">
2786           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2787         </div></td>
2788       <td><em>Application</em>
2789         <ul>
2790           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2791             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2792           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2793             preferences</li>
2794           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2795             in Jalview alignment window</li>
2796           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2797             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2798           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2799             RNA and ambiguity codes</li>
2800
2801           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2802           <li>Support fetching and database reference look up
2803             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2804             refs')</li>
2805           <li>Jalview project improvements
2806             <ul>
2807               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2808                 flag for annotation</li>
2809               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2810                 alignment</li>
2811               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2812                 Jalview project</li>
2813
2814             </ul>
2815           </li>
2816           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2817           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2818             running</li>
2819           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2820           <li>visual indication that web service results are still
2821             being retrieved from server</li>
2822           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2823             starts up for first time</li>
2824           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2825             services</li>
2826           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2827             client library</li>
2828           <li>Examples directory and Groovy library included in
2829             InstallAnywhere distribution</li>
2830         </ul> <em>Applet</em>
2831         <ul>
2832           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2833             visualization applet example</li>
2834         </ul> <em>General</em>
2835         <ul>
2836           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2837           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2838             defaults</li>
2839           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2840             calculation</li>
2841           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2842             matrices
2843           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2844             in HTML</li>
2845           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2846             structure contacts</li>
2847           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2848           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2849           <li>Parse sequence associated secondary structure
2850             information in Stockholm files</li>
2851           <li>HTML Export database accessions and annotation
2852             information presented in tooltip for sequences</li>
2853           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2854             style RNA alignment files</li>
2855           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2856             alignment</li>
2857           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2858             shade each sequence according to its associated alignment
2859             annotation</li>
2860           <li>New Jalview Logo</li>
2861         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2862         <ul>
2863           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2864           <li>New Website!</li>
2865         </ul></td>
2866       <td><em>Application</em>
2867         <ul>
2868           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2869             wsdbfetch REST service</li>
2870           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2871           <li>Filetype associations not installed for webstart
2872             launch</li>
2873           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2874             job execution in full once it is complete</li>
2875           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2876             uploaded via ali_file parameter</li>
2877           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2878           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2879           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2880             submitted for prediction</li>
2881           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2882             desktop window</li>
2883           <li>Putting fractional value into integer text box in
2884             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2885           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2886             windows 7</li>
2887           <li>View all structures fails with exception shown in
2888             structure view</li>
2889           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2890             escaped in a platform independent way</li>
2891           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2892             using proxy</li>
2893           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2894             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2895           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2896             failure when java web start temporary file caching is
2897             disabled</li>
2898           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2899             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2900           <li>Errors during processing of command line arguments
2901             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2902           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2903             DAS sources in sequence fetcher</li>
2904           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2905             dialog is shown</li>
2906           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2907           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2908           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2909           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2910             on OSX Mountain Lion</li>
2911           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2912             sequences with alignment annotation are pasted into the
2913             alignment</li>
2914           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2915             when loaded from Jalview project</li>
2916           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2917           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2918             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2919           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2920             associated with all views</li>
2921           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2922             annotation rows to new window</li>
2923         </ul> <em>Applet</em>
2924         <ul>
2925           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2926             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2927           <li>loading features via javascript API automatically
2928             enables feature display</li>
2929           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2930             work</li>
2931         </ul> <em>General</em>
2932         <ul>
2933           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2934           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2935             and then deselected</li>
2936           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2937           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2938             coloured with clustalx</li>
2939           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2940             exceptions and redraw errors</li>
2941           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2942             reconfigured view</li>
2943           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2944             colour</li>
2945           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2946             for lots of labels</li>
2947         </ul>
2948     </tr>
2949     <tr>
2950       <td>
2951         <div align="center">
2952           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2953         </div>
2954       </td>
2955       <td><em>Application</em>
2956         <ul>
2957           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2958           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2959           <li>View/alignment association menu to enable user to
2960             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2961             its colours/correspondences from</li>
2962           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2963           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2964             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2965           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2966           <li>Annotation row column label formatting attributes
2967             stored in project file</li>
2968           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2969             rows preserved in Jalview project file</li>
2970           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2971             saved using Desktop window menu</li>
2972           <li>Visual indication that command line arguments are
2973             still being processed</li>
2974           <li>Groovy script execution from URL</li>
2975           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2976             preferences</li>
2977           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2978             alignment with sequences that have high similarity and
2979             matching IDs</li>
2980           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2981           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2982             structures in same window</li>
2983           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2984           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2985             analysis function in its own submenu</li>
2986         </ul> <em>Applet</em>
2987         <ul>
2988           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2989             groups</li>
2990           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2991           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2992           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2993           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2994           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2995             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2996           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2997           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2998             parameters are treated as such</li>
2999           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3000             <ul>
3001               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3002               <li>Javascript callbacks for
3003                 <ul>
3004                   <li>Applet initialisation</li>
3005                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3006                 </ul>
3007               </li>
3008               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3009                 functions</li>
3010               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3011               <li>javascript structure viewer harness to pass
3012                 messages between Jmol and Jalview when running as
3013                 distinct applets</li>
3014               <li>sortBy method</li>
3015               <li>Set of applet and application examples shipped
3016                 with documentation</li>
3017               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3018                 javascript message exchange</li>
3019             </ul>
3020         </ul> <em>General</em>
3021         <ul>
3022           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3023             multiple alignments</li>
3024           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3025           <li>User configurable link to enable redirects to a
3026             www.Jalview.org mirror</li>
3027           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3028           <li>Configurable newline string when writing alignment
3029             and other flat files</li>
3030           <li>Allow alignment annotation description lines to
3031             contain html tags</li>
3032         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3033         <ul>
3034           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3035             examples</li>
3036           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3037             using a web service before displaying the result in the
3038             Jalview desktop</li>
3039           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3040           <li>Ant target to publish example html files with applet
3041             archive</li>
3042           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3043           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3044         </ul></td>
3045       <td><em>Application</em>
3046         <ul>
3047           <li>User defined colourscheme throws exception when
3048             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3049           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3050             dialog for valid filename/format</li>
3051           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3052           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3053             P37173</li>
3054           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3055             which sequence is to be associated with the file</li>
3056           <li>Find All raises null pointer exception when query
3057             only matches sequence IDs</li>
3058           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3059           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3060             2.4 cannot be loaded</li>
3061           <li>Filetype associations not installed for webstart
3062             launch</li>
3063           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3064             with sequences in different alignments do not get coloured
3065             by their associated sequence</li>
3066           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3067             not preserved when project is loaded</li>
3068           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3069             stored in Jalview project</li>
3070           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3071             Jalview project</li>
3072           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3073           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3074             by conservation</li>
3075           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3076             created on new view</li>
3077           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3078             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3079           <li>Alignment quality not updated after alignment
3080             annotation row is hidden then shown</li>
3081           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3082             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3083           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3084             properly</li>
3085           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3086             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3087           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3088           <li>Structures imported from file and saved in project
3089             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3090           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3091             job execution in full once it is complete</li>
3092         </ul> <em>Applet</em>
3093         <ul>
3094           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3095             annotation rows are displayed</li>
3096           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3097             codebase</li>
3098           <li>View follows highlighting does not work for positions
3099             in sequences</li>
3100           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3101           <li>Export features raises exception when no features
3102             exist</li>
3103           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3104             for javascript api is modified when separator string
3105             provided as parameter</li>
3106           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3107             alignment with no existing selection</li>
3108           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3109             to applet&#39;s codebase</li>
3110           <li>Status bar not updated after finished searching and
3111             search wraps around to first result</li>
3112           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3113             several Jalview applets causes race conditions and memory
3114             leaks</li>
3115           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3116             not sent from Jmol in applet</li>
3117           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3118             applet API fatally hang browser</li>
3119         </ul> <em>General</em>
3120         <ul>
3121           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3122             position with wrapped view and hidden regions</li>
3123           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3124             with/without hidden columns</li>
3125           <li>Sequence length given in alignment properties window
3126             is off by 1</li>
3127           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3128             import PDB like structure files</li>
3129           <li>Positional search results are only highlighted
3130             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3131           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3132           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3133             given sequence position</li>
3134           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3135             output</li>
3136           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3137             from nucleotide chains correctly</li>
3138           <li>Structure colours not updated when tree partition
3139             changed in alignment</li>
3140           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3141             parsed in interleaved stockholm</li>
3142           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3143             state</li>
3144           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3145             properly</li>
3146           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3147             properly associated with their pdb files</li>
3148         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3149         <ul>
3150           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3151             ApplyCopyright tool</li>
3152         </ul></td>
3153     </tr>
3154     <tr>
3155       <td>
3156         <div align="center">
3157           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3158         </div>
3159       </td>
3160       <td><em>Application</em>
3161         <ul>
3162           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3163             contact web services</li>
3164           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3165             service job window</li>
3166           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3167         </ul></td>
3168       <td>
3169         <ul>
3170           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3171             pir file emitted by Jalview</li>
3172           <li>Existing feature settings transferred to new
3173             alignment view created from cut'n'paste</li>
3174           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3175             parsing PDB files</li>
3176           <li>Consensus and conservation annotation rows
3177             occasionally become blank for all new windows</li>
3178           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3179             in wrapped view mode</li>
3180         </ul> <em>Application</em>
3181         <ul>
3182           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3183             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3184           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3185             parameter names</li>
3186           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3187             is down</li>
3188         </ul>
3189       </td>
3190     </tr>
3191     <tr>
3192       <td>
3193         <div align="center">
3194           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3195         </div>
3196       </td>
3197       <td><em>Application</em>
3198         <ul>
3199           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3200             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3201             (JABAWS)
3202           </li>
3203           <li>Web Services preference tab</li>
3204           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3205             preferences</li>
3206           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3207           <li>Superpose structures using associated sequence
3208             alignment</li>
3209           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3210             viewer</li>
3211         </ul> <em>Applet</em>
3212         <ul>
3213           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3214             link out mechanism</li>
3215         </ul> <em>Other</em>
3216         <ul>
3217           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3218             series 12</li>
3219           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3220             require Java 1.5</li>
3221           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3222             sequence annotation files</li>
3223           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3224             type colour specification</li>
3225           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3226             script to check if it being run in an interactive session or
3227             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3228         </ul></td>
3229       <td>
3230         <ul>
3231           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3232             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3233         </ul> <em>Application</em>
3234         <ul>
3235           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3236             selected Regions menu item</li>
3237           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3238             part of a valid accession ID</li>
3239           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3240             runs out of memory</li>
3241           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3242             analysis results</li>
3243           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3244             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3245           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3246         </ul> <em>Applet</em>
3247         <ul>
3248           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3249             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3250             defined.</li>
3251         </ul>
3252       </td>
3253     </tr>
3254     <tr>
3255       <td>
3256         <div align="center">
3257           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3258         </div>
3259       </td>
3260       <td></td>
3261       <td>
3262         <ul>
3263           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3264             sequence IDs</li>
3265           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3266             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3267           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3268             import correctly</li>
3269           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3270             number of columns are hidden</li>
3271           <li>annotation label popup menu not providing correct
3272             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3273             present</li>
3274           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3275             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3276           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3277             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3278
3279         </ul> <em>Applet</em>
3280         <ul>
3281           <li>annotation panel disappears when annotation is
3282             hidden/removed</li>
3283         </ul> <em>Application</em>
3284         <ul>
3285           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3286             alignment opened where annotation panel is visible but no
3287             annotations are present on alignment</li>
3288           <li>pasted region containing hidden columns is
3289             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3290           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3291             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3292           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3293             selected Rregions menu item.</li>
3294           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3295             'Un' or 'Non'conserved</li>
3296           <li>Sequence feature settings are being shared by
3297             multiple distinct alignments</li>
3298           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3299             changed</li>
3300           <li>double click on group annotation to select sequences
3301             does not propagate to associated trees</li>
3302           <li>Mac OSX specific issues:
3303             <ul>
3304               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3305                 window background</li>
3306               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3307                 name set correctly</li>
3308               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3309                 save feature colourscheme button</li>
3310             </ul>
3311           </li>
3312         </ul>
3313       </td>
3314     </tr>
3315     <tr>
3316
3317       <td>
3318         <div align="center">
3319           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3320         </div>
3321       </td>
3322       <td><em>New Capabilities</em>
3323         <ul>
3324           <li>URL links generated from description line for
3325             regular-expression based URL links (applet and application)
3326
3327           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3328             menu</li>
3329           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3330             structures</li>
3331           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3332             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3333           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3334             average score or total feature count for each sequence.</li>
3335           <li>Shading features by score or associated description</li>
3336           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3337             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3338           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3339             hide everything but the currently selected region.</li>
3340           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3341         </ul> <em>Application</em>
3342         <ul>
3343           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3344             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3345           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3346             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3347           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3348             database references and protein_name is parsed as
3349             description line (BioSapiens terms).</li>
3350           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3351             references in sequence ID tooltip from View menu in
3352             application.</li>
3353           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3354       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3355           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3356             conservation plots</li>
3357           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3358             and visualized as sequence logos</li>
3359           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3360             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3361           </li>
3362           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3363             when a new tree is opened.</li>
3364           <li>Jalview Java Console</li>
3365           <li>Better placement of desktop window when moving
3366             between different screens.</li>
3367           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3368             consensus annotation</li>
3369           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3370             Workflows</li>
3371           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3372             <ul>
3373               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3374                 used to preserve views, structures, and tree display
3375                 settings)</li>
3376               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3377                 command line</li>
3378               <li>Sharing of selected regions between views and
3379                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3380               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3381             </ul></li>
3382         </ul> <em>Applet</em>
3383         <ul>
3384           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3385           <li>New Parameters
3386             <ul>
3387               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3388                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3389                 opened.</li>
3390               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3391                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3392               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3393                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3394               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3395                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3396                 view</li>
3397               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3398                 increase the height or width of a cell in the alignment
3399                 grid relative to the current font size.</li>
3400             </ul>
3401           </li>
3402           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3403             tooltip</li>
3404         </ul> <em>Other</em>
3405         <ul>
3406           <li>Features format: graduated colour definitions and
3407             specification of feature scores</li>
3408           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3409             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3410             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3411           <li>XML formats extended to support graduated feature
3412             colourschemes, group associated annotation, and profile
3413             visualization settings.</li></td>
3414       <td>
3415         <ul>
3416           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3417             rather than description</li>
3418           <li>Non-positional features are now included in sequence
3419             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3420             visibility in tooltip).</li>
3421           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3422           <li>Added URL embedding instructions to features file
3423             documentation.</li>
3424           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3425             'X' in peptide product</li>
3426           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3427             sequence ID and sequence string and query strings do not
3428             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3429           <li>AMSA files only contain first column of
3430             multi-character column annotation labels</li>
3431           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3432             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3433             exported and re-imported)</li>
3434           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3435             name</li>
3436           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3437             as subsequence matches, and correctly reports total number
3438             of both.</li>
3439           <li>Application:
3440             <ul>
3441               <li>Better handling of exceptions during sequence
3442                 retrieval</li>
3443               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3444                 link text excludes the start_end suffix</li>
3445               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3446                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3447               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3448               <li>Sequence description lines properly shared via
3449                 VAMSAS</li>
3450               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3451                 data sources</li>
3452               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3453                 completes before alignment figures are generated.</li>
3454               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3455                 first time.</li>
3456               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3457                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3458               <li>User defined group colours properly recovered
3459                 from Jalview projects.</li>
3460             </ul>
3461           </li>
3462         </ul>
3463       </td>
3464
3465     </tr>
3466     <tr>
3467       <td>
3468         <div align="center">
3469           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3470         </div>
3471       </td>
3472       <td>
3473         <ul>
3474           <li>Experimental support for google analytics usage
3475             tracking.</li>
3476           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3477         </ul>
3478       </td>
3479       <td>
3480         <ul>
3481           <li>Race condition in applet preventing startup in
3482             jre1.6.0u12+.</li>
3483           <li>Exception when feature created from selection beyond
3484             length of sequence.</li>
3485           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3486           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3487             all sequences with a given id</li>
3488           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3489             ID string searches</li>
3490           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3491             alignment to fail with exception</li>
3492         </ul> <em>Application Issues</em>
3493         <ul>
3494           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3495           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3496             data sources</li>
3497         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3498         <ul>
3499           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3500             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3501           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3502             version (java class versioning error fixed)</li>
3503         </ul>
3504       </td>
3505     </tr>
3506     <tr>
3507       <td>
3508
3509         <div align="center">
3510           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3511         </div>
3512       </td>
3513       <td><em>User Interface</em>
3514         <ul>
3515           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3516             translation and protein products</li>
3517           <li>Linked highlighting of structure associated with
3518             residue mapping to codon position</li>
3519           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3520             and 'clear' button</li>
3521           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3522             Tools menu</li>
3523           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3524             numeric data in description line</li>
3525           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3526           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3527             of sequence</li>
3528         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3529         <ul>
3530           <li>JPred3 web service</li>
3531           <li>Prototype sequence search client (no public services
3532             available yet)</li>
3533           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3534             PFAM</li>
3535           <li>URL Links created for matching database cross
3536             references as well as sequence ID</li>
3537           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3538         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3539         <ul>
3540           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3541             databases</li>
3542           <li>Generalised database reference retrieval and
3543             validation to all fetchable databases</li>
3544           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3545             sequence command</li>
3546         </ul> <em>Import and Export</em>
3547         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3548         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3549           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3550         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3551           File</li>
3552         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3553           triplet as name of colourscheme</li>
3554         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3555         <ul>
3556           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3557           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3558             alignments (experimental)</li>
3559           <li>Create new or select existing session to join</li>
3560           <li>load and save of vamsas documents</li>
3561         </ul> <em>Application command line</em>
3562         <ul>
3563           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3564             from applet)</li>
3565           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3566             of DAS servers to query for alignment features</li>
3567           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3568             that are also automatically queried for features</li>
3569           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3570             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3571         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3572         <ul>
3573           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3574             application (when using &quot;View in full
3575             application&quot;)</li>
3576         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3577         <ul>
3578           <li>feature group display control parameter</li>
3579           <li>debug parameter</li>
3580           <li>showbutton parameter</li>
3581         </ul> <em>Applet API methods</em>
3582         <ul>
3583           <li>newView public method</li>
3584           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3585           <li>Feature display control methods</li>
3586           <li>get list of currently selected sequences</li>
3587         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3588         <ul>
3589           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3590           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3591             Jalview release.</li>
3592           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3593             property controls execution of obfuscator</li>
3594           <li>Build target for generating source distribution</li>
3595           <li>Debug flag for javacc</li>
3596           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3597             jalview.bin.Cache</li>
3598           <li>Continuous Build Integration for stable and
3599             development version of Application, Applet and source
3600             distribution</li>
3601         </ul></td>
3602       <td>
3603         <ul>
3604           <li>selected region output includes visible annotations
3605             (for certain formats)</li>
3606           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3607             for editing</li>
3608           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3609           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3610           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3611           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3612             comments</li>
3613           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3614             filenames containing a ':'</li>
3615           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3616             global sequence features</li>
3617           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3618             references from alignment sequences goes to zero</li>
3619           <li>Close of tree branch colour box without colour
3620             selection causes cascading exceptions</li>
3621           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3622           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3623             file parsing fails.</li>
3624           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3625           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3626             not a valid output format</li>
3627           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3628             vamsas</li>
3629           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3630           <li>error messages passed up and output when data read
3631             fails</li>
3632           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3633             sequence is edited</li>
3634           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3635             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3636           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3637             filetype</li>
3638           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3639             import fixed for PFAM records</li>
3640           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3641             window list</li>
3642           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3643             can be read and written correctly to annotation file</li>
3644           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3645             correctly</li>
3646           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3647             non-italic font for representatives in Applet</li>
3648           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3649             Macs.</li>
3650           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3651             Applet)</li>
3652           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3653             due to null pointer exceptions</li>
3654           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3655             first column of alignment</li>
3656           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3657             July 2008</li>
3658           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3659             file is case-insensitive</li>
3660           <li>Sequence features read from Features file appended to
3661             all sequences with matching IDs</li>
3662           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3663             containing a sub-sequence</li>
3664           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3665           <li>feature and annotation file applet parameters
3666             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3667           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3668           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3669             splash-screen version check to complete</li>
3670           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3671             when passing them to the launchApp service</li>
3672           <li>display name and local features preserved in results
3673             retrieved from web service</li>
3674           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3675             sequence fetcher initialisation</li>
3676           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3677             dasobert DAS client</li>
3678           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3679             association</li>
3680           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3681             sequences
3682           </li>
3683         </ul>
3684       </td>
3685     </tr>
3686     <tr>
3687       <td>
3688         <div align="center">
3689           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3690         </div>
3691       </td>
3692       <td>
3693         <ul>
3694           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3695           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3696           <li>Slide sequences</li>
3697           <li>Edit sequence in place</li>
3698           <li>EMBL CDS features</li>
3699           <li>DAS Feature mapping</li>
3700           <li>Feature ordering</li>
3701           <li>Alignment Properties</li>
3702           <li>Annotation Scores</li>
3703           <li>Sort by scores</li>
3704           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3705         </ul>
3706       </td>
3707       <td>
3708         <ul>
3709           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3710           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3711           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3712           <li>Feature group display state in XML</li>
3713           <li>Feature ordering in XML</li>
3714           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3715           <li>Stockholm alignment properties</li>
3716           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3717           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3718           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3719           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3720         </ul>
3721       </td>
3722
3723     </tr>
3724     <tr>
3725       <td>
3726         <div align="center">
3727           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3728         </div>
3729       </td>
3730       <td>
3731         <ul>
3732           <li>Non standard characters can be read and displayed
3733           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3734             applet via textbox
3735           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3736             name &amp; description
3737           <li>Preference setting to display sequence name in
3738             italics
3739           <li>Annotation file format extended to allow
3740             Sequence_groups to be defined
3741           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3742             specified in preferences
3743           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3744             sequences
3745         </ul>
3746       </td>
3747       <td>
3748         <ul>
3749           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3750             installed
3751           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3752           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3753         </ul>
3754       </td>
3755     </tr>
3756     <tr>
3757       <td>
3758         <div align="center">
3759           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3760         </div>
3761       </td>
3762       <td>
3763         <ul>
3764           <li>Multiple views on alignment
3765           <li>Sequence feature editing
3766           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3767           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3768           <li>Background dependent text colour
3769           <li>Right align sequence ids
3770           <li>User-defined lower case residue colours
3771           <li>Format Menu
3772           <li>Select Menu
3773           <li>Menu item accelerator keys
3774           <li>Control-V pastes to current alignment
3775           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3776           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3777           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3778
3779           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3780         </ul>
3781       </td>
3782       <td>
3783         <ul>
3784           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3785           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3786             calculations
3787           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3788             edits
3789           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3790             of alignment)
3791           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3792
3793           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3794             display correctly
3795           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3796           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3797             analysis results
3798           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3799             &#8739;
3800           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3801           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3802           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3803
3804         </ul>
3805       </td>
3806     </tr>
3807     <tr>
3808       <td>
3809         <div align="center">
3810           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3811         </div>
3812       </td>
3813       <td>
3814         <ul>
3815           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3816         </ul>
3817       </td>
3818       <td>
3819         <ul>
3820           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3821             sequence id panel has been resized</li>
3822           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3823             rendered</li>
3824           <li>Annotation files with sequence references - all
3825             elements in file are relative to sequence position</li>
3826           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3827         </ul>
3828       </td>
3829     </tr>
3830     <tr>
3831       <td>
3832         <div align="center">
3833           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3834         </div>
3835       </td>
3836       <td>
3837         <ul>
3838           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3839           <li>DAS Feature fetching</li>
3840           <li>Hide sequences and columns</li>
3841           <li>Export Annotations and Features</li>
3842           <li>GFF file reading / writing</li>
3843           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3844             files</li>
3845           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3846           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3847           <li>Applet can launch the full application</li>
3848           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3849             required)</li>
3850           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3851           <li>Applet can load sequences from parameter
3852             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3853           </li>
3854         </ul>
3855       </td>
3856       <td>
3857         <ul>
3858           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3859           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3860           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3861         </ul>
3862       </td>
3863     </tr>
3864     <tr>
3865       <td>
3866         <div align="center">
3867           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3868         </div>
3869       </td>
3870       <td>
3871         <ul>
3872           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3873           <li>Choose to match case when searching</li>
3874           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3875             expand the visible width and height of the alignment</li>
3876         </ul>
3877       </td>
3878       <td>
3879         <ul>
3880           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3881         </ul>
3882       </td>
3883     </tr>
3884     <tr>
3885       <td>
3886         <div align="center">
3887           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3888         </div>
3889       </td>
3890       <td>&nbsp;</td>
3891       <td>
3892         <ul>
3893           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3894           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3895             value</li>
3896         </ul>
3897       </td>
3898     </tr>
3899     <tr>
3900       <td>
3901         <div align="center">
3902           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3903         </div>
3904       </td>
3905       <td>
3906         <ul>
3907           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3908           <li>Keyboard editing</li>
3909           <li>Create sequence features from searches</li>
3910           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3911             alignments</li>
3912           <li>Features file allows grouping of features</li>
3913           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3914           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3915           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3916         </ul>
3917       </td>
3918       <td>
3919         <ul>
3920           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3921           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3922             descriptions saved.</li>
3923         </ul>
3924       </td>
3925     </tr>
3926     <tr>
3927       <td>
3928         <div align="center">
3929           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3930         </div>
3931       </td>
3932       <td>
3933         <ul>
3934           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3935           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3936           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3937             name for file output</li>
3938           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3939           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3940             used for HTML form input</li>
3941         </ul>
3942       </td>
3943       <td>
3944         <ul>
3945           <li>HTML output writes groups and features</li>
3946           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3947           <li>File IO bugs</li>
3948         </ul>
3949       </td>
3950     </tr>
3951     <tr>
3952       <td>
3953         <div align="center">
3954           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3955         </div>
3956       </td>
3957       <td>
3958         <ul>
3959           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3960           <li>More options for PCA viewer</li>
3961         </ul>
3962       </td>
3963       <td>
3964         <ul>
3965           <li>GUI bugs resolved</li>
3966           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3967         </ul>
3968       </td>
3969     </tr>
3970     <tr>
3971       <td height="63">
3972         <div align="center">
3973           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3974         </div>
3975       </td>
3976       <td>
3977         <ul>
3978           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3979           <li>Jar files are executable</li>
3980           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3981         </ul>
3982       </td>
3983       <td>
3984         <ul>
3985           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3986           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3987           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3988         </ul>
3989       </td>
3990     </tr>
3991     <tr>
3992       <td>
3993         <div align="center">
3994           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3995         </div>
3996       </td>
3997       <td>
3998         <ul>
3999           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4000         </ul>
4001       </td>
4002       <td>
4003         <ul>
4004           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4005         </ul>
4006       </td>
4007     </tr>
4008     <tr>
4009       <td>
4010         <div align="center">
4011           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4012         </div>
4013       </td>
4014       <td>
4015         <ul>
4016           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4017             size</li>
4018         </ul>
4019       </td>
4020       <td>
4021         <ul>
4022           <li>Improved JPred client reliability</li>
4023           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4024         </ul>
4025       </td>
4026     </tr>
4027     <tr>
4028       <td>
4029         <div align="center">
4030           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4031         </div>
4032       </td>
4033       <td>
4034         <ul>
4035           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4036           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4037           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4038             to Colour Menu</li>
4039           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4040           <li>Unix users can set default web browser</li>
4041           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4042           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4043         </ul>
4044       </td>
4045       <td>
4046         <ul>
4047           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4048         </ul>
4049       </td>
4050     </tr>
4051     <tr>
4052       <td>
4053         <div align="center">
4054           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4055         </div>
4056       </td>
4057       <td>&nbsp;</td>
4058       <td>
4059         <ul>
4060           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4061             alignment order.</li>
4062         </ul>
4063       </td>
4064     </tr>
4065     <tr>
4066       <td>
4067         <div align="center">
4068           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4069         </div>
4070       </td>
4071       <td>
4072         <ul>
4073           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4074           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4075           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4076             annotations.</li>
4077           <li>Version and build date written to build properties
4078             file.</li>
4079           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4080             at launch of Jalview.</li>
4081         </ul>
4082       </td>
4083       <td>
4084         <ul>
4085           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4086           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4087           <li>Can remove groups one by one.</li>
4088           <li>Filechooser icons installed.</li>
4089           <li>Finder ignores return character when searching.
4090             Return key will initiate a search.<br>
4091           </li>
4092         </ul>
4093       </td>
4094     </tr>
4095     <tr>
4096       <td>
4097         <div align="center">
4098           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4099         </div>
4100       </td>
4101       <td>
4102         <ul>
4103           <li>New codebase</li>
4104         </ul>
4105       </td>
4106       <td>&nbsp;</td>
4107     </tr>
4108   </table>
4109   <p>&nbsp;</p>
4110 </body>
4111 </html>