JAL-2325 post-document JAL-2284 released in 2.10.0
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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Release History</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>Release History</strong>
28   </p>
29   <table border="1">
30     <tr>
31       <td width="60" nowrap>
32         <div align="center">
33           <em><strong>Release</strong></em>
34         </div>
35       </td>
36       <td>
37         <div align="center">
38           <em><strong>New Features</strong></em>
39         </div>
40       </td>
41       <td>
42         <div align="center">
43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
44         </div>
45       </td>
46     </tr>
47     <tr>
48       <td width="60" nowrap>
49         <div align="center">
50           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
51             <em>22/11/2016</em></strong>
52         </div>
53       </td>
54       <td><div align="left">
55             <em>General</em>
56             <ul>
57               <li><!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used for all consensus calculations</li>
58               <li><!-- JAL- --></li>
59           </ul>
60           <em>Application</em>
61           <ul>
62         <li><!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tips have been tamed (databases sorted alphabetically, abridged ID sets) </li>
63             <li><!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em> from database cross references. Users with custom links will receive a warning dialog asking them to update their preferences.</li>
64             <li><!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on dialog warning user about disconnecting Jalview from a Chimera session</li>
65             <li><!-- JAL-2281-->Custom URL links for database cross-references are matched to database name regardless of case</li>
66             <li></li>
67             
68
69           </ul>
70           <em>Applet</em>
71           <ul>
72           </ul>
73           <em>Build and deployment</em>
74           <ul>
75             <li></li>
76           </ul>
77           </div>
78       </td>
79       <td>
80         <div align="left">
81           <em>General</em>
82           <ul>
83             <li><!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue are not coloured or thresholded according to percent identity (first observed in Jalview 2.8.2)</li>
84             <li><!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not hydrophobic</li>
85             <li><!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID threshold, amino acid properties)</li>
86             <li><!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not reported as mapped to residues in a structure file in the View Mapping report</li>
87           </ul>
88           <em>Application</em>
89           <ul>
90             <li><!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database names without regular expressions also offer invalid links from Sequence ID</li>
91             <li><!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the URL links pane in Connections preferences doesn't actually update Jalview configuration</li>
92             <li><!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan</li>
93             <li><!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF files with similarly named sequences if dropped onto the alignment</li>
94             <li><!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB entries where more chains exist in the PDB accession than are reported in the SIFTS file</li>
95             <li><!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to the structure view when displayed with Chimera</li>
96             <li><!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view panel's View->Show Chains submenu</li>
97       
98       <li><!-- --></li>
99             <li><!-- --></li>
100           </ul>
101           <em>Applet</em>
102           <ul>
103           </ul>
104           <em>Build and deployment</em>
105           <ul>
106             <li><!-- JAL-2308, -->Failing/passing unit tests</li>
107           </ul>
108           <em>New Known Issues</em>
109           <ul>
110             <li></li>
111           </ul>
112         </div>
113       </td>
114     </tr>
115       <td width="60" nowrap>
116         <div align="center">
117           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
118             <em>25/10/2016</em></strong>
119         </div>
120       </td>
121       <td><em>Application</em>
122         <ul>
123           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
124             view if structures already loaded</li>
125           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
126             structure views</li>
127         </ul></td>
128       <td>
129         <div align="left">
130           <em>General</em>
131           <ul>
132             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
133               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
134             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
135               example sequences/projects/trees</li>
136           </ul>
137           <em>Application</em>
138           <ul>
139             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
140               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
141             <li>Multiple structure views can be opened and
142               superposed without timeout for structures with multiple
143               models or multiple sequences in alignment</li>
144             <li>Cannot import or associated local PDB files without
145               a PDB ID HEADER line</li>
146             <li>RMSD is not output in Jmol console when
147               superposition is performed</li>
148             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
149               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
150             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
151             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
152               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
153               Refs UI option</li>
154             <li>Exceptions are not raised in console when a new
155               view is created on the alignment</li>
156             <li>OSX right-click fixed for group selections:
157               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
158               to open group pop-up menu</li>
159           </ul>
160           <em>Build and deployment</em>
161           <ul>
162             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
163               tags</li>
164           </ul>
165           <em>New Known Issues</em>
166           <ul>
167             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
168               work on Windows</li>
169           </ul>
170         </div>
171       </td>
172     </tr>
173     <tr>
174       <td width="60" nowrap>
175         <div align="center">
176           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
177         </div>
178       </td>
179       <td><em>General</em>
180         <ul>
181           <li>
182           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
183           </li> 
184           <li>
185             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
186             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
187             better PDB parsing.
188           </li>
189           <li>
190             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
191             reference sequence
192           </li>
193           <li>
194             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
195             mousing over sequence associated annotation
196           </li>
197           <li>
198             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
199             for manual entry
200           </li>
201           <li>
202             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
203             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
204             for each column
205           </li>
206           <li>
207             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
208             showing or hiding columns containing a feature
209           </li>
210           <li>
211             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
212             group and sequence associated annotation labels
213           </li>
214           <li>
215             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
216             select/hide columns by annotation and colour by annotation
217             dialogs
218           </li>
219
220         </ul> <em>Application</em>
221         <ul>
222           <li>
223             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
224             gene/transcript view
225           </li>
226           <li>
227             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
228             dialog
229           </li>
230           <li>
231             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
232             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
233           </li>
234           <li>
235             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
236             Pfam sources to xfam.org
237           </li>
238           <li>
239             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
240           </li>
241           <li>
242             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
243             over sequences in Jalview
244           </li>
245           <li>
246             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
247             regions in ENA and EMBL
248           </li>
249           <li>
250             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
251             for record retrieval via ENA rest API
252           </li>
253           <li>
254             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
255             complement operator
256           </li>
257           <li>
258             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
259             groovy script execution
260           </li>
261           <li>
262             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
263             alignment window's Calculate menu
264           </li>
265           <li>
266             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
267             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
268           </li>
269           <li>
270             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
271             calculation workers from groovy scripts
272           </li>
273           <li>
274             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
275             Jalview projects
276           </li>
277           <li>
278             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
279             associations are now saved/restored from project
280           </li>
281           <li>
282             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
283             before sequence fetcher is opened
284           </li>
285           <li>
286             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
287             database chooser opens a sequence fetcher
288           </li>
289           <li>
290             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
291             the UniProt REST API
292           </li>
293           <li>
294             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
295             the news reader opening
296           </li>
297           <li>
298             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
299             querying stored in preferences
300           </li>
301           <li>
302             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
303             search results
304           </li>
305           <li>
306             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
307           </li>
308           <li>
309             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
310             menu for nucleotide sequences
311           </li>
312           <li>
313             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
314             and feature counts preserves alignment ordering (and
315             debugged for complex feature sets).
316           </li>
317           <li>
318             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
319             viewing structures with Jalview 2.10
320           </li>
321           <li>
322             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
323             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
324             Ensembl Genomes REST API
325           </li>
326           <li>
327             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
328             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
329             (Ensembl)
330           </li>
331           <li>
332             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
333             sequences
334           </li>
335           <li>
336             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
337             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
338             data from external database records.
339           </li>
340           <li>
341             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
342             efficient recovery of sequence coding and alignment
343             annotation relationships.
344           </li>
345         </ul> <!-- <em>Applet</em>
346         <ul>
347           <li>
348             -- JAL---
349           </li>
350         </ul> --></td>
351       <td>
352         <div align="left">
353           <em>General</em>
354           <ul>
355             <li>
356               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
357               menu on OSX
358             </li>
359             <li>
360               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
361               includes graduated colourschemes
362             </li>
363             <li>
364               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
365               working with big alignments and lots of hidden columns
366             </li>
367             <li>
368               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
369               at right of alignment window
370             </li>
371             <li>
372               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
373               contents
374             </li>
375             <li>
376               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
377               for DNA alignments
378             </li>
379             <li>
380               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
381               based tree calculation
382             </li>
383             <li>
384               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
385               unconserved enabled for group on alignment
386             </li>
387             <li>
388               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
389               set as reference
390             </li>
391             <li>
392               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
393               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
394               annotation
395             </li>
396             <li>
397               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
398               hidden columns present
399             </li>
400             <li>
401               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
402               user created annotation added to alignment
403             </li>
404             <li>
405               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
406               '()' base pair annotation
407             </li>
408             <li>
409               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
410               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
411               Consensus
412             </li>
413             <li>
414               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
415               feature not working
416             </li>
417             <li>
418               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
419               beginning of sequence
420             </li>
421             <li>
422               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
423               entry 3a6s
424             </li>
425             <li>
426               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
427               from a tree when t-coffee scores are shown
428             </li>
429             <li>
430               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
431               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
432             </li>
433             <li>
434               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
435               some structures
436             </li>
437             <li>
438               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
439               to Clustal, PIR and PileUp output
440             </li>
441             <li>
442               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
443               not visible causes alignment window to repaint
444             </li>
445             <li>
446               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
447               graduated colour and colour by annotation row for e-value
448               scores associated with features and annotation rows
449             </li>
450             <li>
451               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
452               calculation should be case independent
453             </li>
454             <li>
455               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
456               columns
457             </li>
458             <li>
459               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
460               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
461               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
462             </li>
463             <li>
464               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
465               problems when reference sequence defined and 'show
466               non-conserved' enabled
467             </li>
468             <li>
469               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
470               load even when Consensus calculation is disabled
471             </li>
472             <li>
473               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of 
474               alignment does nothing
475             </li>
476           </ul>
477           <em>Application</em>
478           <ul>
479             <li>
480               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
481               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
482               yet fixed for El Capitan)
483             </li>
484             <li>
485               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
486               output when running on non-gb/us i18n platforms
487             </li>
488             <li>
489               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
490               hidden sequences as flat-file alignment
491             </li>
492             <li>
493               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
494               launching Chimera
495             </li>
496             <li>
497               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
498               (also hotfix for 2.9.0b2)
499             </li>
500             <li>
501               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
502               reference sequence defined
503             </li>
504             <li>
505               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
506               alignments and views when revealing hidden columns
507             </li>
508             <li>
509               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
510               view in a cDNA/Protein splitframe
511             </li>
512             <li>
513               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
514               sequence from project when only one sequence is
515               represented
516             </li>
517             <li>
518               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
519               in Structure Chooser
520             </li>
521             <li>
522               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
523               structure consensus didn't refresh annotation panel
524             </li>
525             <li>
526               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
527               mappings between sequence and all chains in a PDB file
528             </li>
529             <li>
530               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
531               dialogs format columns correctly, don't display array
532               data, sort columns according to type
533             </li>
534             <li>
535               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
536               file chooser is cancelled during an image export
537             </li>
538             <li>
539               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
540               sequence name containing special characters
541             </li>
542             <li>
543               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
544               case insensitive
545             </li>
546             <li>
547               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
548               formatting don't wrap
549             </li>
550             <li>
551               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
552               truncated so L looks like I in consensus annotation
553             </li>
554             <li>
555               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
556               currently displayed features for the current selection or
557               view
558             </li>
559             <li>
560               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
561               after fetching cross-references, and restoring from project
562             </li>
563             <li>
564               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
565               followed in the structure viewer
566             </li>
567             <li>
568               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
569               splitframe not restored from project
570             </li>
571             <li>
572               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
573               trailing end of protein alignment in transcript/product
574               splitview when pad-gaps not enabled by default
575             </li>
576             <li>
577               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
578               is case dependent
579             </li>
580             <li>
581               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
582               article has been read (reopened issue due to
583               internationalisation problems)
584             </li>
585             <li>
586               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
587               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
588               cross-references
589             </li>
590
591             <li>
592               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
593               alignment as HTML
594             </li>
595             <li>
596               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
597               multiple structures are shown for one or more sequences.
598             </li>
599             <li>
600               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
601               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
602               is enabled.
603             </li>
604             <li>
605               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
606               specific PDB id for sequence
607             </li>
608             <li>
609               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
610               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
611               columns' is disabled.
612             </li>
613             <li>
614               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
615               selects lowest rather than highest resolution structures
616               for each sequence
617             </li>
618             <li>
619               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
620               to sequence mapping in 'View Mappings' report
621             </li>
622             <li>
623               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
624               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
625             </li>
626             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941 
627             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
628           </ul>
629           <em>Applet</em>
630           <ul>
631             <li>
632               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
633               hidden columns present before start of sequence
634             </li>
635             <li>
636               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
637               (JSON jars)
638             </li>
639             <li>
640               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
641               sequences are hidden in applet
642             </li>
643             <li>
644               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
645               deployment on examples pages.
646             </li>
647           </ul>
648         </div>
649       </td>
650     </tr>
651     <tr>
652       <td width="60" nowrap>
653         <div align="center">
654           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
655             <em>16/10/2015</em></strong>
656         </div>
657       </td>
658       <td><em>General</em>
659         <ul>
660           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
661             jars</li>
662         </ul></td>
663       <td>
664         <div align="left">
665           <em>Application</em>
666           <ul>
667             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
668               shown when tree is partitioned</li>
669             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
670               multiple cDNA/Protein split views</li>
671           </ul>
672         </div>
673       </td>
674     </tr>
675     <tr>
676       <td width="60" nowrap>
677         <div align="center">
678           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
679             <em>8/10/2015</em></strong>
680         </div>
681       </td>
682       <td><em>General</em>
683         <ul>
684           <li>Updated Spanish translations of localized text for
685             2.9</li>
686         </ul> <em>Application</em>
687         <ul>
688           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
689           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
690           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
691         </ul> <em>Applet</em>
692         <ul>
693           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
694         </ul><em>Build and Deployment</em>
695         <ul>
696           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
697         </ul></td>
698       <td>
699         <div align="left">
700           <em>General</em>
701           <ul>
702             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
703               incorrect when sequence start > 1</li>
704             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
705               documentation</li>
706             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
707             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
708               loading a features file containing HTML tags in feature
709               description</li>
710
711           </ul>
712           <em>Application</em>
713           <ul>
714             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
715               reimport</li>
716             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
717               with 'trim retrieved sequences'</li>
718             <li>Incorrect warning about deleting all data when
719               deleting selected columns</li>
720             <li>Patch to build system for shipping properly signed
721               JNLP templates for webstart launch</li>
722             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
723               unreleased structures for download or viewing</li>
724             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
725               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
726             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
727               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
728             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
729               recovered from jalview project</li>
730             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
731               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
732               alignment view</li>
733             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
734               color schemes from BioJSON</li>
735           </ul>
736           <em>Applet</em>
737           <ul>
738             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
739               frame</li>
740             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
741           </ul>
742         </div>
743       </td>
744     </tr>
745     <tr>
746       <td><div align="center">
747           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
748         </div></td>
749       <td><em>General</em>
750         <ul>
751           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
752             alignments:
753             <ul>
754               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
755                 and DNA alignment views</li>
756               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
757                 cDNA alignment views</li>
758               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
759                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
760               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
761                 protein sequences</li>
762             </ul>
763           </li>
764           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
765           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
766             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
767           <li>New alignment annotation file statements for
768             reference sequences and marking hidden columns</li>
769           <li>Reference sequence based alignment shading to
770             highlight variation</li>
771           <li>Select or hide columns according to alignment
772             annotation</li>
773           <li>Find option for locating sequences by description</li>
774           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
775             acid conservation row</li>
776           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
777         </ul> <em>Application</em>
778         <ul>
779           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
780             <ul>
781               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
782                 view with cDNA/Protein</li>
783               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
784                 sequences are placed in the same alignment</li>
785               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
786                 projects</li>
787             </ul>
788           </li>
789
790           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
791           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
792             Jalview windows</li>
793
794           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
795           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
796           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
797             be shown in VARNA</li>
798
799           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
800             as the active selected region</li>
801
802           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
803             similarity</li>
804           <li>New Export options
805             <ul>
806               <li>New Export Settings dialog to control hidden
807                 region export in flat file generation</li>
808
809               <li>Export alignment views for display with the <a
810                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
811
812               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
813               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
814                 alignment figures to HTML</li>
815           </li>
816           <li>3D structure retrieval and display
817             <ul>
818               <li>Free text and structured queries with the PDBe
819                 Search API</li>
820               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
821                 PDB structures for a sequence set</li>
822             </ul>
823           </li>
824
825           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
826             predictions</li>
827           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
828             for one or a group of sequences</li>
829           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
830             from the JPred4 web server</li>
831           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
832             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
833             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
834           </li>
835           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
836             VARNA 2D Structure'</li>
837           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
838             Structure ..."</li>
839
840         </ul> <em>Applet</em>
841         <ul>
842           <li>New layout for applet example pages</li>
843           <li>New parameters to enable SplitFrame view
844             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
845           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
846             Protein alignments</li>
847         </ul> <em>Development and deployment</em>
848         <ul>
849           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
850           <li>Include installation type and git revision in build
851             properties and console log output</li>
852           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
853             storing BioJsMSA Templates</li>
854           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
855         </ul></td>
856       <td>
857         <!-- <em>General</em>
858         <ul>
859         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
860         <ul>
861           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
862           <li>Typo in select-by-features status report</li>
863           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
864             predictions are not highlighted in amber</li>
865           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
866             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
867           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
868             associated structure views</li>
869           <li>ID width preference option is greyed out when auto
870             width checkbox not enabled</li>
871           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
872             creating user defined colours</li>
873           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
874             mappings for just that viewer's sequences</li>
875           <li>Workaround for superposing PDB files containing
876             multiple models in Chimera</li>
877           <li>Report sequence position in status bar when hovering
878             over Jmol structure</li>
879           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
880             output to text box</li>
881           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
882             have incorrect sequence start/end</li>
883           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
884             Jalview fails</li>
885           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
886             work for nucleotide</li>
887           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
888             to a grey/invisible alignment window</li>
889           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
890             imports to different position</li>
891           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
892             on some platforms</li>
893           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
894             populated</li>
895           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
896             console if Chimera has been opened</li>
897           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
898           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
899             retrieved</li>
900           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
901           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
902             either sequence shows on first structure</li>
903           <li>'Show annotations' options should not make
904             non-positional annotations visible</li>
905           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
906             in right place after 'view flanking regions'</li>
907           <li>File Save As type unset when current file format is
908             unknown</li>
909           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
910             projects</li>
911           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
912             responsive</li>
913           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
914             several views on same alignment</li>
915           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
916           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
917             spaces</li>
918         </ul> <em>Applet</em>
919         <ul>
920           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
921           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
922             descriptions containing angle brackets</li>
923         </ul> <em>General</em>
924         <ul>
925           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
926             via jalview annotation file</li>
927           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
928             with RNA secondary structure</li>
929           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
930             translation doesn't work.</li>
931           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
932           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
933             positions</li>
934           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
935             choosing 1pt font</li>
936           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
937             annotation file when annotation display text includes 'e' or
938             'h'</li>
939           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
940             new feature</li>
941           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
942             order dependent</li>
943           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
944             sequences</li>
945           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
946         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
947         <ul>
948           <li>Applet example pages appear different to the rest of
949             www.jalview.org</li>
950         </ul> <em>Application Known issues</em>
951         <ul>
952           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
953           <li>Misleading message appears after trying to delete
954             solid column.</li>
955           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
956             version launches</li>
957           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
958             fails with a sequence mismatch</li>
959           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
960             scrolling alignment to right</li>
961           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
962             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
963           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
964             placed above or below non-autocalculated rows</li>
965           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
966             ultra-high resolution</li>
967           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
968             quality and conservation</li>
969           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
970             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
971         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
972         <ul>
973           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
974           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
975             window is being resized</li>
976
977         </ul>
978       </td>
979     </tr>
980     <tr>
981       <td><div align="center">
982           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
983         </div></td>
984       <td><em>General</em>
985         <ul>
986           <li>Updated Java code signing certificate donated by
987             Certum.PL.</li>
988           <li>Features and annotation preserved when performing
989             pairwise alignment</li>
990           <li>RNA pseudoknot annotation can be
991             imported/exported/displayed</li>
992           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
993             protein secondary structure</li>
994           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
995               post-hoc with 2.9 release</em>)
996           </li>
997
998         </ul> <em>Application</em>
999         <ul>
1000           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1001             with 3D structures</li>
1002           <li>Support for parsing RNAML</li>
1003           <li>Annotations menu for layout
1004             <ul>
1005               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1006               <li>place sequence annotation above/below alignment
1007                 annotation</li>
1008             </ul>
1009           <li>Output in Stockholm format</li>
1010           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1011             translation</li>
1012           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1013           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1014             shared between alignments</li>
1015           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1016             Jalview</li>
1017           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1018             all or current selection</li>
1019           <li>disorder and secondary structure predictions
1020             available as dataset annotation</li>
1021           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1022
1023
1024           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1025             alignments from Rfam</li>
1026           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1027
1028           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1029             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1030           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1031           <li>include installation type in build properties and
1032             console log output</li>
1033           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1034             annotation</li>
1035         </ul></td>
1036       <td>
1037         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1038         <ul>
1039           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1040             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1041           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1042             alignment</li>
1043           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1044           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1045           <li>Double click on sequence associated annotation
1046             selects only first column</li>
1047           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1048             leaves shown in tree</li>
1049           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1050             properly</li>
1051           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1052           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1053             screen and buttons not visible</li>
1054           <li>author list isn't updated if already written to
1055             Jalview properties</li>
1056           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1057             from database</li>
1058           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1059           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1060             browser search window</li>
1061           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1062             in feature settings dialog</li>
1063           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1064             desktop</li>
1065           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1066             pass validation</li>
1067           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1068             fit on screen</li>
1069           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1070             tooltip</li>
1071           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1072             defined user preset</li>
1073           <li>MSA web services warns user if they were launched
1074             with invalid input</li>
1075           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1076             Java 8</li>
1077           <li>
1078             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1079             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1080             created
1081           </li>
1082
1083         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1084                                 <ul>
1085                                 </ul> <em>General</em>
1086                                 <ul> 
1087                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1088         <ul>
1089           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1090             memory allocation</li>
1091           <li>launchApp service doesn't automatically open
1092             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1093           <li>
1094             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1095             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1096             1.7_055 is available
1097           </li>
1098         </ul> <em>Application Known issues</em>
1099         <ul>
1100           <li>
1101             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1102             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1103             alignment to right
1104           </li>
1105           <li>
1106             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1107             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1108             with large number of ID
1109           </li>
1110           <li>
1111             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1112             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1113             start/end
1114           </li>
1115           <li>
1116             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1117             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1118             structure tracks are rearranged
1119           </li>
1120           <li>
1121             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1122             invalid rna structure positional highlighting does not
1123             highlight position of invalid base pairs
1124           </li>
1125           <li>
1126             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1127             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1128             project from alignment window file menu
1129           </li>
1130           <li>
1131             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1132             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1133             structures
1134           </li>
1135           <li>
1136             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1137             colour by RNA Helices not enabled when user created
1138             annotation added to alignment
1139           </li>
1140           <li>
1141             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1142             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1143           </li>
1144         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1145         <ul>
1146           <li>
1147             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1148             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1149           </li>
1150           <li>
1151             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1152             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1153           </li>
1154
1155           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1156             when selected</li>
1157         </ul>
1158       </td>
1159     </tr>
1160     <tr>
1161       <td><div align="center">
1162           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1163         </div></td>
1164       <td>
1165         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1166         <em>General</em>
1167         <ul>
1168           <li>Internationalisation of user interface (usually
1169             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1170           <li>Define/Undefine group on current selection with
1171             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1172           <li>Improved group creation/removal options in
1173             alignment/sequence Popup menu</li>
1174           <li>Sensible precision for symbol distribution
1175             percentages shown in logo tooltip.</li>
1176           <li>Annotation panel height set according to amount of
1177             annotation when alignment first opened</li>
1178         </ul> <em>Application</em>
1179         <ul>
1180           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1181             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1182           <li>Select columns containing particular features from
1183             Feature Settings dialog</li>
1184           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1185             sequences</li>
1186           <li>Update Jalview project format:
1187             <ul>
1188               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1189               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1190                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1191               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1192                 colouring</li>
1193             </ul>
1194           </li>
1195           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1196             (PAM250)</li>
1197           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1198             flanking regions for an alignment</li>
1199         </ul>
1200       </td>
1201       <td>
1202         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1203         <ul>
1204           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1205             running after job is cancelled</li>
1206           <li>cannot export features from alignments imported from
1207             Jalview/VAMSAS projects</li>
1208           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1209             float values</li>
1210           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1211             have 'display all symbols' flag set</li>
1212           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1213             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1214           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1215             Jalview</li>
1216           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1217             Lion/Webstart</li>
1218           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1219           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1220           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1221             alignment onto desktop</li>
1222           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1223             'extract scores' function</li>
1224           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1225             alignment window</li>
1226           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1227             performing IUPred disorder prediction</li>
1228           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1229             changing 'normalise logo' display setting</li>
1230           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1231             nothing matches query</li>
1232           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1233             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1234           </li>
1235           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1236             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1237           </li>
1238           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1239             Jalview's menu</li>
1240           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1241             'invalid literal/length code'</li>
1242           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1243             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1244           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1245             colourscheme</li>
1246
1247         </ul> <em>Applet</em>
1248         <ul>
1249           <li>Remove group option is shown even when selection is
1250             not a group</li>
1251           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1252             don't affect groups</li>
1253           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1254             colourscheme name</li>
1255           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1256             Annotation panel is not displayed</li>
1257           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1258             embedded windows</li>
1259         </ul> <em>Other</em>
1260         <ul>
1261           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1262             single sequence were not calculated</li>
1263           <li>annotation files that contain only groups imported as
1264             annotation and junk sequences</li>
1265           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1266             recognised as PFAM or BLC</li>
1267           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1268             doesn't affect background (2.8.0b1)
1269           <li></li>
1270           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1271           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1272             trailing gaps</li>
1273           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1274             registered correctly on import</li>
1275           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1276             certain alignments</li>
1277           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1278             existing annotation based 'use original colours'
1279             colourscheme loses original colours setting</li>
1280         </ul>
1281       </td>
1282     </tr>
1283     <tr>
1284       <td><div align="center">
1285           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1286             <em>30/1/2014</em></strong>
1287         </div></td>
1288       <td>
1289         <ul>
1290           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1291             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1292             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1293             open source project).
1294           </li>
1295           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1296           </li>
1297           <li>Output in Stockholm format</li>
1298           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1299           <li>Export/import group and sequence associated line
1300             graph thresholds</li>
1301           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1302             ambiguity codes</li>
1303           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1304             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1305             works</li>
1306           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1307         </ul> <em>Other improvements</em>
1308         <ul>
1309           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1310           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1311             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1312           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1313             files</li>
1314           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1315           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1316             link but no description</li>
1317           <li>Select primary source when selecting authority in
1318             database fetcher GUI</li>
1319           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1320             Jalview</li>
1321           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1322         </ul>
1323       </td>
1324       <td>
1325         <ul>
1326           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1327             displayed</li>
1328           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1329             secondary structure annotation line</li>
1330           <li>Sequence database accessions not imported when
1331             fetching alignments from Rfam</li>
1332           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1333             identical IDs</li>
1334           <li>View all structures does not always superpose
1335             structures</li>
1336           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1337             reflect user or preset settings</li>
1338           <li>Null pointer exceptions for some services without
1339             presets or adjustable parameters</li>
1340           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1341             discover PDB xRefs</li>
1342           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1343             features with DAS</li>
1344           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1345             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1346           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1347             residue follows a gap</li>
1348           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1349             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1350           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1351             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1352           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1353             annotation already exists on alignment</li>
1354           <li>oninit javascript function should be called after
1355             initialisation completes</li>
1356           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1357             alignment window display</li>
1358           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1359           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1360             to annotation file</li>
1361           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1362             groups created</li>
1363           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1364             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1365           <li>Pressing return several times causes Number Format
1366             exceptions in keyboard mode</li>
1367           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1368             correct partitions for input data</li>
1369           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1370           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1371           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1372           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1373             mode</li>
1374           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1375             changes one row&#39;s threshold</li>
1376           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1377             doesn&#39;t open</li>
1378           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1379             quality histograms</li>
1380         </ul>
1381       </td>
1382     </tr>
1383     <tr>
1384       <td><div align="center">
1385           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1386         </div></td>
1387       <td><em>Application</em>
1388         <ul>
1389           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1390             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1391           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1392             preferences</li>
1393           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1394             in Jalview alignment window</li>
1395           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1396             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1397           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1398             RNA and ambiguity codes</li>
1399
1400           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1401           <li>Support fetching and database reference look up
1402             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1403             refs')</li>
1404           <li>Jalview project improvements
1405             <ul>
1406               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1407                 flag for annotation</li>
1408               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1409                 alignment</li>
1410               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1411                 Jalview project</li>
1412
1413             </ul>
1414           </li>
1415           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1416           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1417             running</li>
1418           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1419           <li>visual indication that web service results are still
1420             being retrieved from server</li>
1421           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1422             starts up for first time</li>
1423           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1424             services</li>
1425           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1426             client library</li>
1427           <li>Examples directory and Groovy library included in
1428             InstallAnywhere distribution</li>
1429         </ul> <em>Applet</em>
1430         <ul>
1431           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1432             visualization applet example</li>
1433         </ul> <em>General</em>
1434         <ul>
1435           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1436           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1437             defaults</li>
1438           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1439             calculation</li>
1440           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1441             matrices
1442           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1443             in HTML</li>
1444           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1445             structure contacts</li>
1446           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1447           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1448           <li>Parse sequence associated secondary structure
1449             information in Stockholm files</li>
1450           <li>HTML Export database accessions and annotation
1451             information presented in tooltip for sequences</li>
1452           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1453             style RNA alignment files</li>
1454           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1455             alignment</li>
1456           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1457             shade each sequence according to its associated alignment
1458             annotation</li>
1459           <li>New Jalview Logo</li>
1460         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1461         <ul>
1462           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1463           <li>New Website!</li>
1464         </ul></td>
1465       <td><em>Application</em>
1466         <ul>
1467           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1468             wsdbfetch REST service</li>
1469           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1470           <li>Filetype associations not installed for webstart
1471             launch</li>
1472           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1473             job execution in full once it is complete</li>
1474           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1475             uploaded via ali_file parameter</li>
1476           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1477           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1478           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1479             submitted for prediction</li>
1480           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1481             desktop window</li>
1482           <li>Putting fractional value into integer text box in
1483             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1484           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1485             windows 7</li>
1486           <li>View all structures fails with exception shown in
1487             structure view</li>
1488           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1489             escaped in a platform independent way</li>
1490           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1491             using proxy</li>
1492           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1493             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1494           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1495             failure when java web start temporary file caching is
1496             disabled</li>
1497           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1498             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1499           <li>Errors during processing of command line arguments
1500             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1501           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1502             DAS sources in sequence fetcher</li>
1503           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1504             dialog is shown</li>
1505           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1506           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1507           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1508           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1509             on OSX Mountain Lion</li>
1510           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1511             sequences with alignment annotation are pasted into the
1512             alignment</li>
1513           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1514             when loaded from Jalview project</li>
1515           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1516           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1517             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1518           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1519             associated with all views</li>
1520           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1521             annotation rows to new window</li>
1522         </ul> <em>Applet</em>
1523         <ul>
1524           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1525             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1526           <li>loading features via javascript API automatically
1527             enables feature display</li>
1528           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1529             work</li>
1530         </ul> <em>General</em>
1531         <ul>
1532           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1533           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1534             and then deselected</li>
1535           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1536           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1537             coloured with clustalx</li>
1538           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1539             exceptions and redraw errors</li>
1540           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1541             reconfigured view</li>
1542           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1543             colour</li>
1544           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1545             for lots of labels</li>
1546         </ul>
1547     </tr>
1548     <tr>
1549       <td>
1550         <div align="center">
1551           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1552         </div>
1553       </td>
1554       <td><em>Application</em>
1555         <ul>
1556           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1557           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1558           <li>View/alignment association menu to enable user to
1559             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1560             its colours/correspondences from</li>
1561           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1562           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1563             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1564           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1565           <li>Annotation row column label formatting attributes
1566             stored in project file</li>
1567           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1568             rows preserved in Jalview project file</li>
1569           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1570             saved using Desktop window menu</li>
1571           <li>Visual indication that command line arguments are
1572             still being processed</li>
1573           <li>Groovy script execution from URL</li>
1574           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1575             preferences</li>
1576           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1577             alignment with sequences that have high similarity and
1578             matching IDs</li>
1579           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1580           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1581             structures in same window</li>
1582           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1583           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1584             analysis function in its own submenu</li>
1585         </ul> <em>Applet</em>
1586         <ul>
1587           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1588             groups</li>
1589           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1590           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1591           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1592           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1593           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1594             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1595           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1596           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1597             parameters are treated as such</li>
1598           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1599             <ul>
1600               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1601               <li>Javascript callbacks for
1602                 <ul>
1603                   <li>Applet initialisation</li>
1604                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1605                 </ul>
1606               </li>
1607               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1608                 functions</li>
1609               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1610               <li>javascript structure viewer harness to pass
1611                 messages between Jmol and Jalview when running as
1612                 distinct applets</li>
1613               <li>sortBy method</li>
1614               <li>Set of applet and application examples shipped
1615                 with documentation</li>
1616               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1617                 javascript message exchange</li>
1618             </ul>
1619         </ul> <em>General</em>
1620         <ul>
1621           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1622             multiple alignments</li>
1623           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1624           <li>User configurable link to enable redirects to a
1625             www.Jalview.org mirror</li>
1626           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1627           <li>Configurable newline string when writing alignment
1628             and other flat files</li>
1629           <li>Allow alignment annotation description lines to
1630             contain html tags</li>
1631         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1632         <ul>
1633           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1634             examples</li>
1635           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1636             using a web service before displaying the result in the
1637             Jalview desktop</li>
1638           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1639           <li>Ant target to publish example html files with applet
1640             archive</li>
1641           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1642           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1643         </ul></td>
1644       <td><em>Application</em>
1645         <ul>
1646           <li>User defined colourscheme throws exception when
1647             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1648           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1649             dialog for valid filename/format</li>
1650           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1651           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1652             P37173</li>
1653           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1654             which sequence is to be associated with the file</li>
1655           <li>Find All raises null pointer exception when query
1656             only matches sequence IDs</li>
1657           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1658           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1659             2.4 cannot be loaded</li>
1660           <li>Filetype associations not installed for webstart
1661             launch</li>
1662           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1663             with sequences in different alignments do not get coloured
1664             by their associated sequence</li>
1665           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1666             not preserved when project is loaded</li>
1667           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1668             stored in Jalview project</li>
1669           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1670             Jalview project</li>
1671           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1672           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1673             by conservation</li>
1674           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1675             created on new view</li>
1676           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1677             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1678           <li>Alignment quality not updated after alignment
1679             annotation row is hidden then shown</li>
1680           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1681             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1682           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1683             properly</li>
1684           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1685             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1686           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1687           <li>Structures imported from file and saved in project
1688             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1689           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1690             job execution in full once it is complete</li>
1691         </ul> <em>Applet</em>
1692         <ul>
1693           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1694             annotation rows are displayed</li>
1695           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1696             codebase</li>
1697           <li>View follows highlighting does not work for positions
1698             in sequences</li>
1699           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1700           <li>Export features raises exception when no features
1701             exist</li>
1702           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1703             for javascript api is modified when separator string
1704             provided as parameter</li>
1705           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1706             alignment with no existing selection</li>
1707           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1708             to applet&#39;s codebase</li>
1709           <li>Status bar not updated after finished searching and
1710             search wraps around to first result</li>
1711           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1712             several Jalview applets causes race conditions and memory
1713             leaks</li>
1714           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1715             not sent from Jmol in applet</li>
1716           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1717             applet API fatally hang browser</li>
1718         </ul> <em>General</em>
1719         <ul>
1720           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1721             position with wrapped view and hidden regions</li>
1722           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1723             with/without hidden columns</li>
1724           <li>Sequence length given in alignment properties window
1725             is off by 1</li>
1726           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1727             import PDB like structure files</li>
1728           <li>Positional search results are only highlighted
1729             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1730           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1731           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1732             given sequence position</li>
1733           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1734             output</li>
1735           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1736             from nucleotide chains correctly</li>
1737           <li>Structure colours not updated when tree partition
1738             changed in alignment</li>
1739           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1740             parsed in interleaved stockholm</li>
1741           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1742             state</li>
1743           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1744             properly</li>
1745           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1746             properly associated with their pdb files</li>
1747         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1748         <ul>
1749           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1750             ApplyCopyright tool</li>
1751         </ul></td>
1752     </tr>
1753     <tr>
1754       <td>
1755         <div align="center">
1756           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1757         </div>
1758       </td>
1759       <td><em>Application</em>
1760         <ul>
1761           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1762             contact web services</li>
1763           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1764             service job window</li>
1765           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1766         </ul></td>
1767       <td>
1768         <ul>
1769           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1770             pir file emitted by Jalview</li>
1771           <li>Existing feature settings transferred to new
1772             alignment view created from cut'n'paste</li>
1773           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1774             parsing PDB files</li>
1775           <li>Consensus and conservation annotation rows
1776             occasionally become blank for all new windows</li>
1777           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1778             in wrapped view mode</li>
1779         </ul> <em>Application</em>
1780         <ul>
1781           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1782             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1783           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1784             parameter names</li>
1785           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1786             is down</li>
1787         </ul>
1788       </td>
1789     </tr>
1790     <tr>
1791       <td>
1792         <div align="center">
1793           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1794         </div>
1795       </td>
1796       <td><em>Application</em>
1797         <ul>
1798           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1799             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1800             (JABAWS)
1801           </li>
1802           <li>Web Services preference tab</li>
1803           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1804             preferences</li>
1805           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1806           <li>Superpose structures using associated sequence
1807             alignment</li>
1808           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1809             viewer</li>
1810         </ul> <em>Applet</em>
1811         <ul>
1812           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1813             link out mechanism</li>
1814         </ul> <em>Other</em>
1815         <ul>
1816           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1817             series 12</li>
1818           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1819             require Java 1.5</li>
1820           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1821             sequence annotation files</li>
1822           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1823             type colour specification</li>
1824           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1825             script to check if it being run in an interactive session or
1826             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1827         </ul></td>
1828       <td>
1829         <ul>
1830           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1831             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1832         </ul> <em>Application</em>
1833         <ul>
1834           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1835             selected Regions menu item</li>
1836           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1837             part of a valid accession ID</li>
1838           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1839             runs out of memory</li>
1840           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1841             analysis results</li>
1842           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1843             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1844           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1845         </ul> <em>Applet</em>
1846         <ul>
1847           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1848             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1849             defined.</li>
1850         </ul>
1851       </td>
1852     </tr>
1853     <tr>
1854       <td>
1855         <div align="center">
1856           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1857         </div>
1858       </td>
1859       <td></td>
1860       <td>
1861         <ul>
1862           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1863             sequence IDs</li>
1864           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1865             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1866           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1867             import correctly</li>
1868           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1869             number of columns are hidden</li>
1870           <li>annotation label popup menu not providing correct
1871             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1872             present</li>
1873           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1874             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1875           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1876             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1877
1878         </ul> <em>Applet</em>
1879         <ul>
1880           <li>annotation panel disappears when annotation is
1881             hidden/removed</li>
1882         </ul> <em>Application</em>
1883         <ul>
1884           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1885             alignment opened where annotation panel is visible but no
1886             annotations are present on alignment</li>
1887           <li>pasted region containing hidden columns is
1888             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1889           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1890             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1891           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1892             selected Rregions menu item.</li>
1893           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1894             'Un' or 'Non'conserved</li>
1895           <li>Sequence feature settings are being shared by
1896             multiple distinct alignments</li>
1897           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1898             changed</li>
1899           <li>double click on group annotation to select sequences
1900             does not propagate to associated trees</li>
1901           <li>Mac OSX specific issues:
1902             <ul>
1903               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1904                 window background</li>
1905               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1906                 name set correctly</li>
1907               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1908                 save feature colourscheme button</li>
1909             </ul>
1910           </li>
1911         </ul>
1912       </td>
1913     </tr>
1914     <tr>
1915
1916       <td>
1917         <div align="center">
1918           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1919         </div>
1920       </td>
1921       <td><em>New Capabilities</em>
1922         <ul>
1923           <li>URL links generated from description line for
1924             regular-expression based URL links (applet and application)
1925
1926
1927
1928
1929
1930           
1931           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1932             menu</li>
1933           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1934             structures</li>
1935           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1936             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1937           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1938             average score or total feature count for each sequence.</li>
1939           <li>Shading features by score or associated description</li>
1940           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1941             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1942           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1943             hide everything but the currently selected region.</li>
1944           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1945         </ul> <em>Application</em>
1946         <ul>
1947           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1948             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1949           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1950             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1951           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1952             database references and protein_name is parsed as
1953             description line (BioSapiens terms).</li>
1954           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1955             references in sequence ID tooltip from View menu in
1956             application.</li>
1957           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1958                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1959           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1960             conservation plots</li>
1961           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1962             and visualized as sequence logos</li>
1963           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1964             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1965           </li>
1966           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1967             when a new tree is opened.</li>
1968           <li>Jalview Java Console</li>
1969           <li>Better placement of desktop window when moving
1970             between different screens.</li>
1971           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1972             consensus annotation</li>
1973           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1974             Workflows</li>
1975           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1976             <ul>
1977               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1978                 used to preserve views, structures, and tree display
1979                 settings)</li>
1980               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1981                 command line</li>
1982               <li>Sharing of selected regions between views and
1983                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1984               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1985             </ul></li>
1986         </ul> <em>Applet</em>
1987         <ul>
1988           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1989           <li>New Parameters
1990             <ul>
1991               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1992                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1993                 opened.</li>
1994               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1995                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1996               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1997                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1998               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1999                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2000                 view</li>
2001               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2002                 increase the height or width of a cell in the alignment
2003                 grid relative to the current font size.</li>
2004             </ul>
2005           </li>
2006           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2007             tooltip</li>
2008         </ul> <em>Other</em>
2009         <ul>
2010           <li>Features format: graduated colour definitions and
2011             specification of feature scores</li>
2012           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2013             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2014             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2015           <li>XML formats extended to support graduated feature
2016             colourschemes, group associated annotation, and profile
2017             visualization settings.</li></td>
2018       <td>
2019         <ul>
2020           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2021             rather than description</li>
2022           <li>Non-positional features are now included in sequence
2023             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2024             visibility in tooltip).</li>
2025           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2026           <li>Added URL embedding instructions to features file
2027             documentation.</li>
2028           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2029             'X' in peptide product</li>
2030           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2031             sequence ID and sequence string and query strings do not
2032             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2033           <li>AMSA files only contain first column of
2034             multi-character column annotation labels</li>
2035           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2036             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2037             exported and re-imported)</li>
2038           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2039             name</li>
2040           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2041             as subsequence matches, and correctly reports total number
2042             of both.</li>
2043           <li>Application:
2044             <ul>
2045               <li>Better handling of exceptions during sequence
2046                 retrieval</li>
2047               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2048                 link text excludes the start_end suffix</li>
2049               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2050                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2051               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2052               <li>Sequence description lines properly shared via
2053                 VAMSAS</li>
2054               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2055                 data sources</li>
2056               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2057                 completes before alignment figures are generated.</li>
2058               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2059                 first time.</li>
2060               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2061                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2062               <li>User defined group colours properly recovered
2063                 from Jalview projects.</li>
2064             </ul>
2065           </li>
2066         </ul>
2067       </td>
2068
2069     </tr>
2070     <tr>
2071       <td>
2072         <div align="center">
2073           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2074         </div>
2075       </td>
2076       <td>
2077         <ul>
2078           <li>Experimental support for google analytics usage
2079             tracking.</li>
2080           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2081         </ul>
2082       </td>
2083       <td>
2084         <ul>
2085           <li>Race condition in applet preventing startup in
2086             jre1.6.0u12+.</li>
2087           <li>Exception when feature created from selection beyond
2088             length of sequence.</li>
2089           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2090           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2091             all sequences with a given id</li>
2092           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2093             ID string searches</li>
2094           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2095             alignment to fail with exception</li>
2096         </ul> <em>Application Issues</em>
2097         <ul>
2098           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2099           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2100             data sources</li>
2101         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2102         <ul>
2103           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2104             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2105           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2106             version (java class versioning error fixed)</li>
2107         </ul>
2108       </td>
2109     </tr>
2110     <tr>
2111       <td>
2112
2113         <div align="center">
2114           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2115         </div>
2116       </td>
2117       <td><em>User Interface</em>
2118         <ul>
2119           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2120             translation and protein products</li>
2121           <li>Linked highlighting of structure associated with
2122             residue mapping to codon position</li>
2123           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2124             and 'clear' button</li>
2125           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2126             Tools menu</li>
2127           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2128             numeric data in description line</li>
2129           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2130           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2131             of sequence</li>
2132         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2133         <ul>
2134           <li>JPred3 web service</li>
2135           <li>Prototype sequence search client (no public services
2136             available yet)</li>
2137           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2138             PFAM</li>
2139           <li>URL Links created for matching database cross
2140             references as well as sequence ID</li>
2141           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2142         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2143         <ul>
2144           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2145             databases</li>
2146           <li>Generalised database reference retrieval and
2147             validation to all fetchable databases</li>
2148           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2149             sequence command</li>
2150         </ul> <em>Import and Export</em>
2151         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2152         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2153           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2154         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2155           File</li>
2156         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2157           triplet as name of colourscheme</li>
2158         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2159         <ul>
2160           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2161           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2162             alignments (experimental)</li>
2163           <li>Create new or select existing session to join</li>
2164           <li>load and save of vamsas documents</li>
2165         </ul> <em>Application command line</em>
2166         <ul>
2167           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2168             from applet)</li>
2169           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2170             of DAS servers to query for alignment features</li>
2171           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2172             that are also automatically queried for features</li>
2173           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2174             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2175         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2176         <ul>
2177           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2178             application (when using &quot;View in full
2179             application&quot;)</li>
2180         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2181         <ul>
2182           <li>feature group display control parameter</li>
2183           <li>debug parameter</li>
2184           <li>showbutton parameter</li>
2185         </ul> <em>Applet API methods</em>
2186         <ul>
2187           <li>newView public method</li>
2188           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2189           <li>Feature display control methods</li>
2190           <li>get list of currently selected sequences</li>
2191         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2192         <ul>
2193           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2194           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2195             Jalview release.</li>
2196           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2197             property controls execution of obfuscator</li>
2198           <li>Build target for generating source distribution</li>
2199           <li>Debug flag for javacc</li>
2200           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2201             jalview.bin.Cache</li>
2202           <li>Continuous Build Integration for stable and
2203             development version of Application, Applet and source
2204             distribution</li>
2205         </ul></td>
2206       <td>
2207         <ul>
2208           <li>selected region output includes visible annotations
2209             (for certain formats)</li>
2210           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2211             for editing</li>
2212           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2213           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2214           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2215           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2216             comments</li>
2217           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2218             filenames containing a ':'</li>
2219           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2220             global sequence features</li>
2221           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2222             references from alignment sequences goes to zero</li>
2223           <li>Close of tree branch colour box without colour
2224             selection causes cascading exceptions</li>
2225           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2226           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2227             file parsing fails.</li>
2228           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2229           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2230             not a valid output format</li>
2231           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2232             vamsas</li>
2233           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2234           <li>error messages passed up and output when data read
2235             fails</li>
2236           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2237             sequence is edited</li>
2238           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2239             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2240           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2241             filetype</li>
2242           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2243             import fixed for PFAM records</li>
2244           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2245             window list</li>
2246           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2247             can be read and written correctly to annotation file</li>
2248           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2249             correctly</li>
2250           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2251             non-italic font for representatives in Applet</li>
2252           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2253             Macs.</li>
2254           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2255             Applet)</li>
2256           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2257             due to null pointer exceptions</li>
2258           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2259             first column of alignment</li>
2260           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2261             July 2008</li>
2262           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2263             file is case-insensitive</li>
2264           <li>Sequence features read from Features file appended to
2265             all sequences with matching IDs</li>
2266           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2267             containing a sub-sequence</li>
2268           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2269           <li>feature and annotation file applet parameters
2270             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2271           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2272           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2273             splash-screen version check to complete</li>
2274           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2275             when passing them to the launchApp service</li>
2276           <li>display name and local features preserved in results
2277             retrieved from web service</li>
2278           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2279             sequence fetcher initialisation</li>
2280           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2281             dasobert DAS client</li>
2282           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2283             association</li>
2284           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2285             sequences
2286           </li>
2287         </ul>
2288       </td>
2289     </tr>
2290     <tr>
2291       <td>
2292         <div align="center">
2293           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2294         </div>
2295       </td>
2296       <td>
2297         <ul>
2298           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2299           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2300           <li>Slide sequences</li>
2301           <li>Edit sequence in place</li>
2302           <li>EMBL CDS features</li>
2303           <li>DAS Feature mapping</li>
2304           <li>Feature ordering</li>
2305           <li>Alignment Properties</li>
2306           <li>Annotation Scores</li>
2307           <li>Sort by scores</li>
2308           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2309         </ul>
2310       </td>
2311       <td>
2312         <ul>
2313           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2314           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2315           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2316           <li>Feature group display state in XML</li>
2317           <li>Feature ordering in XML</li>
2318           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2319           <li>Stockholm alignment properties</li>
2320           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2321           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2322           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2323           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2324         </ul>
2325       </td>
2326
2327     </tr>
2328     <tr>
2329       <td>
2330         <div align="center">
2331           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2332         </div>
2333       </td>
2334       <td>
2335         <ul>
2336           <li>Non standard characters can be read and displayed
2337           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2338             applet via textbox
2339           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2340             name &amp; description
2341           <li>Preference setting to display sequence name in
2342             italics
2343           <li>Annotation file format extended to allow
2344             Sequence_groups to be defined
2345           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2346             specified in preferences
2347           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2348             sequences
2349         </ul>
2350       </td>
2351       <td>
2352         <ul>
2353           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2354             installed
2355           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2356           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2357         </ul>
2358       </td>
2359     </tr>
2360     <tr>
2361       <td>
2362         <div align="center">
2363           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2364         </div>
2365       </td>
2366       <td>
2367         <ul>
2368           <li>Multiple views on alignment
2369           <li>Sequence feature editing
2370           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2371           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2372           <li>Background dependent text colour
2373           <li>Right align sequence ids
2374           <li>User-defined lower case residue colours
2375           <li>Format Menu
2376           <li>Select Menu
2377           <li>Menu item accelerator keys
2378           <li>Control-V pastes to current alignment
2379           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2380           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2381           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2382
2383
2384
2385
2386
2387           
2388           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2389         </ul>
2390       </td>
2391       <td>
2392         <ul>
2393           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2394           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2395             calculations
2396           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2397             edits
2398           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2399             of alignment)
2400           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2401
2402
2403
2404
2405
2406           
2407           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2408             display correctly
2409           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2410           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2411             analysis results
2412           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2413             &#8739;
2414           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2415           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2416           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2417
2418
2419
2420
2421
2422           
2423         </ul>
2424       </td>
2425     </tr>
2426     <tr>
2427       <td>
2428         <div align="center">
2429           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2430         </div>
2431       </td>
2432       <td>
2433         <ul>
2434           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2435         </ul>
2436       </td>
2437       <td>
2438         <ul>
2439           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2440             sequence id panel has been resized</li>
2441           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2442             rendered</li>
2443           <li>Annotation files with sequence references - all
2444             elements in file are relative to sequence position</li>
2445           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2446         </ul>
2447       </td>
2448     </tr>
2449     <tr>
2450       <td>
2451         <div align="center">
2452           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2453         </div>
2454       </td>
2455       <td>
2456         <ul>
2457           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2458           <li>DAS Feature fetching</li>
2459           <li>Hide sequences and columns</li>
2460           <li>Export Annotations and Features</li>
2461           <li>GFF file reading / writing</li>
2462           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2463             files</li>
2464           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2465           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2466           <li>Applet can launch the full application</li>
2467           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2468             required)</li>
2469           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2470           <li>Applet can load sequences from parameter
2471             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2472           </li>
2473         </ul>
2474       </td>
2475       <td>
2476         <ul>
2477           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2478           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2479           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2480         </ul>
2481       </td>
2482     </tr>
2483     <tr>
2484       <td>
2485         <div align="center">
2486           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2487         </div>
2488       </td>
2489       <td>
2490         <ul>
2491           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2492           <li>Choose to match case when searching</li>
2493           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2494             expand the visible width and height of the alignment</li>
2495         </ul>
2496       </td>
2497       <td>
2498         <ul>
2499           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2500         </ul>
2501       </td>
2502     </tr>
2503     <tr>
2504       <td>
2505         <div align="center">
2506           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2507         </div>
2508       </td>
2509       <td>&nbsp;</td>
2510       <td>
2511         <ul>
2512           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2513           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2514             value</li>
2515         </ul>
2516       </td>
2517     </tr>
2518     <tr>
2519       <td>
2520         <div align="center">
2521           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2522         </div>
2523       </td>
2524       <td>
2525         <ul>
2526           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2527           <li>Keyboard editing</li>
2528           <li>Create sequence features from searches</li>
2529           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2530             alignments</li>
2531           <li>Features file allows grouping of features</li>
2532           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2533           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2534           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2535         </ul>
2536       </td>
2537       <td>
2538         <ul>
2539           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2540           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2541             descriptions saved.</li>
2542         </ul>
2543       </td>
2544     </tr>
2545     <tr>
2546       <td>
2547         <div align="center">
2548           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2549         </div>
2550       </td>
2551       <td>
2552         <ul>
2553           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2554           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2555           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2556             name for file output</li>
2557           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2558           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2559             used for HTML form input</li>
2560         </ul>
2561       </td>
2562       <td>
2563         <ul>
2564           <li>HTML output writes groups and features</li>
2565           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2566           <li>File IO bugs</li>
2567         </ul>
2568       </td>
2569     </tr>
2570     <tr>
2571       <td>
2572         <div align="center">
2573           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2574         </div>
2575       </td>
2576       <td>
2577         <ul>
2578           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2579           <li>More options for PCA viewer</li>
2580         </ul>
2581       </td>
2582       <td>
2583         <ul>
2584           <li>GUI bugs resolved</li>
2585           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2586         </ul>
2587       </td>
2588     </tr>
2589     <tr>
2590       <td height="63">
2591         <div align="center">
2592           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2593         </div>
2594       </td>
2595       <td>
2596         <ul>
2597           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2598           <li>Jar files are executable</li>
2599           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2600         </ul>
2601       </td>
2602       <td>
2603         <ul>
2604           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2605           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2606           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2607         </ul>
2608       </td>
2609     </tr>
2610     <tr>
2611       <td>
2612         <div align="center">
2613           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2614         </div>
2615       </td>
2616       <td>
2617         <ul>
2618           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2619         </ul>
2620       </td>
2621       <td>
2622         <ul>
2623           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2624         </ul>
2625       </td>
2626     </tr>
2627     <tr>
2628       <td>
2629         <div align="center">
2630           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2631         </div>
2632       </td>
2633       <td>
2634         <ul>
2635           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2636             size</li>
2637         </ul>
2638       </td>
2639       <td>
2640         <ul>
2641           <li>Improved JPred client reliability</li>
2642           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2643         </ul>
2644       </td>
2645     </tr>
2646     <tr>
2647       <td>
2648         <div align="center">
2649           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2650         </div>
2651       </td>
2652       <td>
2653         <ul>
2654           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2655           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2656           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2657             to Colour Menu</li>
2658           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2659           <li>Unix users can set default web browser</li>
2660           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2661           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2662         </ul>
2663       </td>
2664       <td>
2665         <ul>
2666           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2667         </ul>
2668       </td>
2669     </tr>
2670     <tr>
2671       <td>
2672         <div align="center">
2673           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2674         </div>
2675       </td>
2676       <td>&nbsp;</td>
2677       <td>
2678         <ul>
2679           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2680             alignment order.</li>
2681         </ul>
2682       </td>
2683     </tr>
2684     <tr>
2685       <td>
2686         <div align="center">
2687           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2688         </div>
2689       </td>
2690       <td>
2691         <ul>
2692           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2693           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2694           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2695             annotations.</li>
2696           <li>Version and build date written to build properties
2697             file.</li>
2698           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2699             at launch of Jalview.</li>
2700         </ul>
2701       </td>
2702       <td>
2703         <ul>
2704           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2705           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2706           <li>Can remove groups one by one.</li>
2707           <li>Filechooser icons installed.</li>
2708           <li>Finder ignores return character when searching.
2709             Return key will initiate a search.<br>
2710           </li>
2711         </ul>
2712       </td>
2713     </tr>
2714     <tr>
2715       <td>
2716         <div align="center">
2717           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2718         </div>
2719       </td>
2720       <td>
2721         <ul>
2722           <li>New codebase</li>
2723         </ul>
2724       </td>
2725       <td>&nbsp;</td>
2726     </tr>
2727   </table>
2728   <p>&nbsp;</p>
2729 </body>
2730 </html>