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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  74             <em>29/01/2019</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77     <td><div align="left">
  78         <em></em>
  79         <ul>
  80           <li>
  81             <!-- JAL-2865 -->Jalview doesn't hang when closing windows
  82             or the overview updates with large alignments.
  83           </li>
  84         </ul>
  85       </div></td>
  86     <td><div align="left">
  87         <em></em>
  88         <ul>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
  91             capabilities removed from the Jalview Desktop
  92           </li>
  93         </ul>
  94         <em>Editing</em>
  95         <ul>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
  98             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
  99             via 'Edit' sequence
 100           </li>
 101           <li>
 102             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 103             sequence features correctly when start of sequence is
 104             removed (Known defect since 2.10)
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL- -->
 108           </li>
 109         </ul>
 110       </div></td>
 111     </tr>
 112     <tr>
 113     <td width="60" nowrap>
 114       <div align="center">
 115         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 116       </div>
 117     </td>
 118     <td><div align="left">
 119         <em></em>
 120         <ul>
 121             <li>
 122               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 123               InstallAnywhere increased to 1G.
 124             </li>
 125             <li>
 126               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 127               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 128               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 129                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 130                 properties file.</em>
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 134               API and sequence data now imported as JSON.
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 138               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 139               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 140               property.
 141             </li>
 142           </ul>
 143           <em>Development</em>
 144           <ul>
 145             <li>
 146               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 147               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 148                 Clover</a>
 149             </li>
 150           </ul>
 151         </div></td>
 152     <td><div align="left">
 153         <em></em>
 154         <ul>
 155             <li>
 156               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 157               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 158               alignment.
 159             </li>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 162               annotation displayed.
 163             </li>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 166               for newly created group when 'Apply to all groups'
 167               selected
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 171               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 172               visible.
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 176               when sequences are selected in exported view.</em>
 177             </li>
 178             <li>
 179               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 180               aren't rendered with correct colour.
 181             </li>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 184               types of knotted RNA secondary structure.
 185             </li>
 186             <li>
 187               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 188               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 189               do not start at 1.
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 193               annotation when columns are inserted into an alignment,
 194               and when exporting as Stockholm flatfile.
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 198               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 199               treated as RNA secondary structure.
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 203               (not .jar) when saving a jalview project file.
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 207               transfers focus to previous window on OSX
 208             </li>
 209           </ul>
 210           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 211           <ul>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 214               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 215               box.
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 219               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 220               'look and feel' which has improved compatibility with the
 221               latest version of OSX.
 222             </li>
 223           </ul>
 224         </div>
 225     </td>
 226     </tr>
 227     <tr>
 228       <td width="60" nowrap>
 229         <div align="center">
 230           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 231             <em>7/06/2018</em></strong>
 232         </div>
 233       </td>
 234       <td><div align="left">
 235           <em></em>
 236           <ul>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 239               annotation retrieved from Uniprot
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 243               onto the Jalview Desktop
 244             </li>
 245           </ul>
 246         </div></td>
 247       <td><div align="left">
 248           <em></em>
 249           <ul>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 252               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 256               right-hand column parsed correctly
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 260               not alignment area in exported graphic
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 264               window has input focus
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 268               annotation added to view (Windows)
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 272               network connectivity is poor
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 276               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 277                 the currently open URL and links from a page viewed in
 278                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 279                 you are using Edge, only links in the page can be
 280                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 281                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 282             </li>
 283           </ul>
 284         </div></td>
 285     </tr>
 286     <tr>
 287       <td width="60" nowrap>
 288         <div align="center">
 289           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 290         </div>
 291       </td>
 292       <td><div align="left">
 293           <em></em>
 294           <ul>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 297               for disabling automatic superposition of multiple
 298               structures and open structures in existing views
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 302               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 303               adjust them.
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 307               Ensembl services
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 311               and lots of hidden columns
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 315               of features (particularly when transparency is disabled)
 316             </li>
 317           </ul>
 318           </div>
 319       </td>
 320       <td><div align="left">
 321           <ul>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 324               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 328               overlapping alignment panel
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 332               sequence as gaps
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 336               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 337               UTR
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 341               factor annotation not added to sequence when local PDB
 342               file associated with it by drag'n'drop or structure
 343               chooser
 344             </li>
 345             <li>
 346               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 347               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 351               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 352             </li>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 355               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 359               columns in annotation row
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 363               honored in batch mode
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 367               for structures added to existing Jmol view
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 371               entries after importing project with multiple views
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 375               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 376               with negative residue numbers or missing residues fails
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 380               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 381               as generated by CONSURF)
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 385               tooltip doesn't include a text description of mutation
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 389               structure and/or overview windows are also shown
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 393               very slow for alignments with large numbers of sequences
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 397               with 'StringIndexOutOfBounds'
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 401               platforms running Java 10
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 405               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 406             </li>
 407           </ul>
 408           <em>Applet</em>
 409           <ul>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 412               should copy the group consensus when popup is opened on it
 413             </li>
 414           </ul>
 415           <em>Batch Mode</em>
 416           <ul>
 417           <li>
 418             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 419           </li>
 420           </ul>
 421           <em>New Known Defects</em>
 422           <ul>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 425               editing a large alignment and overview is displayed
 426             </li>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 429               repeatedly after a series of edits even when the overview
 430               is no longer reflecting updates
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 434               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 435               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 436               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 437             </li>
 438           </ul>
 439         </div>
 440           </td>
 441     </tr>
 442     <tr>
 443       <td width="60" nowrap>
 444         <div align="center">
 445           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 446         </div>
 447       </td>
 448       <td><div align="left">
 449           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 450               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 451       <td><div align="left">
 452           <em>Desktop</em><ul>
 453           <ul>
 454             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 455             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 456             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 457             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 458             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 459             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 460             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 461           </ul>
 462           </div>
 463       </td>
 464     </tr>
 465     <tr>
 466       <td width="60" nowrap>
 467         <div align="center">
 468           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 469         </div>
 470       </td>
 471       <td><div align="left">
 472           <em></em>
 473           <ul>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 476               rendering of sequence features
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 480               429 rate limit request hander
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 484               their colours have changed
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 488               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 492               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 496               view from Ensembl locus cross-references
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 500               Alignment report
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 504               feature can be disabled
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 508               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 512               Uniprot
 513             </li>
 514           </ul>
 515           <em>Scripting</em>
 516           <ul>
 517             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 518             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 519               percent identity scores for current alignment.</li>
 520           </ul>
 521           <em>Testing and Deployment</em>
 522           <ul>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 525             </li>
 526           </ul>
 527         </div></td>
 528       <td><div align="left">
 529           <em>General</em>
 530           <ul>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 533               threshold text field doesn't trigger an update to the
 534               alignment view
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 538               strings in parallel
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 542               alignment window is closed
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 546               group visibility
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 550               takes a long time in Cursor mode
 551             </li>
 552           </ul>
 553           <em>Desktop</em>
 554           <ul>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 557               cannot be viewed in Chimera
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 561               CDS/Protein view
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 565               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 566               Search Dialogs
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 576               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 580               scrolling right in unwapped alignment view
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 584               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 585               database
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 589               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 593               features of same type and group to be selected for
 594               amending
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 598               alignments when hidden columns are present
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 602               displaying several structures
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 606               moving a window
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 610               within the Jalview desktop on OSX
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 614               when in wrapped alignment mode
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 618               hand end of alignment
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 622               each selected sequence do not have correct start/end
 623               positions
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 627               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 631               restoring project until a new view is created
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 635               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 636               configured (since 2.10.2b2)
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 640               position is adjusted
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 644               in a multi-chain structure when viewing alignment
 645               involving more than one chain (since 2.10)
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 649               if new selection moves alignment window
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 653               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 657               that produces correctly annotated transcripts and products
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 661               doesn't update associated structure view
 662             </li>
 663           </ul>
 664           <em>Applet</em><br />
 665           <ul>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 668               closing alignment panel
 669             </li>
 670           </ul>
 671           <em>BioJSON</em><br />
 672           <ul>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 675               non-positional features
 676             </li>
 677           </ul>
 678           <em>New Known Issues</em>
 679           <ul>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 682               sequence features correctly (for many previous versions of
 683               Jalview)
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 687               using cursor in wrapped panel other than top
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 691               graduated colour threshold
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 695               always preserve numbering and sequence features
 696             </li>
 697           </ul>
 698           <em>Known Java 9 Issues</em>
 699           <ul>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 702               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 703               9.01, OSX 10.10)
 704             </li>
 705           </ul>
 706         </div></td>
 707     </tr>
 708     <tr>
 709       <td width="60" nowrap>
 710         <div align="center">
 711           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 712             <em>2/10/2017</em></strong>
 713         </div>
 714       </td>
 715       <td><div align="left">
 716           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 717           <ul>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 720             </li>
 721             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 722             </li>
 723           </ul>
 724         </div></td>
 725       <td><div align="left">
 726         </div></td>
 727     </tr>
 728     <tr>
 729       <td width="60" nowrap>
 730         <div align="center">
 731           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 732             <em>7/9/2017</em></strong>
 733         </div>
 734       </td>
 735       <td><div align="left">
 736           <em></em>
 737           <ul>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 740               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 741               white)
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 745               Preferences
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 749               in size and progress bar shown as higher resolution
 750               overview is recalculated
 751             </li>
 752
 753           </ul>
 754         </div></td>
 755       <td><div align="left">
 756           <em></em>
 757           <ul>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 760               column region row by row
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 764               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 768               format setting is unticked
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 772               if group has show boxes format setting unticked
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 776               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 777               include sequences and columns not currently displayed
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 781               assemblies are imported via CIF file
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 785               displayed when threshold or conservation colouring is also
 786               enabled.
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 790               server version
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 794               dragging a selected region off the visible region of the
 795               alignment
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 799               colourscheme to all groups in a view
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 803               initially after font size change using the Font chooser or
 804               middle-mouse zoom
 805             </li>
 806           </ul>
 807         </div></td>
 808     </tr>
 809     <tr>
 810       <td width="60" nowrap>
 811         <div align="center">
 812           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 813         </div>
 814       </td>
 815       <td><div align="left">
 816           <em>Calculations</em>
 817           <ul>
 818
 819             <li>
 820               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 821               ungapped positions in each column of the alignment.
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 825               a calculation dialog box
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 829               and memory efficiency (~30x faster)
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 833               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 834               and other calculations
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 838               files within the Jalview codebase
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 842               Similarity may have different topology due to increased
 843               precision
 844             </li>
 845           </ul>
 846           <em>Rendering</em>
 847           <ul>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 850               model for alignments and groups
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 854               scripts
 855             </li>
 856           </ul>
 857           <em>Overview</em>
 858           <ul>
 859             <li>
 860               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 861               with alignment and overview windows
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 865               overview
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 869               omitted in Overview
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 873               adjustment of visible position
 874             </li>
 875           </ul>
 876
 877           <em>Data import/export</em>
 878           <ul>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 881               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 885               annotation input/output via stockholm flatfile
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 889               extension when importing structure files without embedded
 890               names or PDB accessions
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 894               format sequence substitution matrices
 895             </li>
 896           </ul>
 897           <em>User Interface</em>
 898           <ul>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 901               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 902               the application.
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 906               via Overview or sequence motif search operations
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 910               opened by double clicking gaps within sequence feature
 911               extent
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 915               aligned positions were available to create a 3D structure
 916               superposition.
 917             </li>
 918           </ul>
 919           <em>3D Structure</em>
 920           <ul>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 923               coloured in linked structure views
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 927               file-based command exchange
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 931               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 932               structures are already available for sequences
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 936               the Jalview project rather than downloaded again when the
 937               project is reopened.
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 941               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 942               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 943                 Feature</strong>)
 944             </li>
 945           </ul>
 946           <em>Web Services</em>
 947           <ul>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 953               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 954               Analysis services
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 958               cross-references provided by identifiers.org and the
 959               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 960             </li>
 961           </ul>
 962
 963           <em>Scripting</em>
 964           <ul>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 967               identifying file formats (instead of String constants)
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 971               efficiency when counting all displayed features (not
 972               backwards compatible with 2.10.1)
 973             </li>
 974           </ul>
 975           <em>Example files</em>
 976           <ul>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 979               included in the example feature file
 980             </li>
 981           </ul>
 982           <em>Documentation</em>
 983           <ul>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 986               with the built-in Java help viewer
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 990               sequence description' option
 991             </li>
 992           </ul>
 993           <em>Test Suite</em>
 994           <ul>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 997               Uniprot REST Free Text Search Client
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1004               during tests
1005             </li>
1006           </ul>
1007         </div></td>
1008       <td><div align="left">
1009           <em>Calculations</em>
1010           <ul>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1013               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1014               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1015             </li>
1016             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1017               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1018               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1019               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1020               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1021               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1022               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1023               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1024               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1025               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1026               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1027               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1028               // for 2.10.1 mode <br />
1029               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1030               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1031                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1032                 calculations (not recommended)</em></li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1035               scaling of branch lengths for trees computed using
1036               Sequence Feature Similarity.
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1040               generating output report when working with highly
1041               redundant alignments
1042             </li>
1043             <li>
1044               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1045               right of selected region when gaps present on right-hand
1046               boundary
1047             </li>
1048           </ul>
1049           <em>User Interface</em>
1050           <ul>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1053               doesn't reselect a specific sequence's associated
1054               annotation after it was used for colouring a view
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1058               opened on a region of alignment without groups
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1062               of an alignment with overlapping groups
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1066               name and description match
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1070               hidden regions results in incorrect hidden regions
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1074               changing colour does not apply Conservation slider value
1075               to all groups
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1079               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1083               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1087               gaps before start of features
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1091               restored to UI when feature colour is edited
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1095               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1099               as graduate feature colour settings are modified via the
1100               dialog box
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1104               when a group defined on the alignment is resized
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1108               wrapped view result in positional status updates
1109             </li>
1110
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1113               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1117               alignment included gapped columns
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1121               widgets don't permanently disappear
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1125               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1126               T-Coffee column reliability scores)
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1130               sequence feature on gaps only
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1134               button from a Find inherit previously defined feature type
1135               rather than the Find query string
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1139               exporting tree calculated in Jalview
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1143               and then revealing them reorders sequences on the
1144               alignment
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1148               doesn't update to reflect available set of groups after
1149               interactively adding or modifying features
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1153               Linux
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1157               only excluded gaps in current sequence and ignored
1158               selection.
1159             </li>
1160           </ul>
1161           <em>Rendering</em>
1162           <ul>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1165               erratically when hidden rows or columns are present
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1169               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1170               sequence colouring
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1174               colour and group colour menu for protein alignments
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1178               reflect currently selected view or group's shading
1179               thresholds
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1183               when rendered on overview and structures when opacity at
1184               100%
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1188               overview when features overlaid on alignment
1189             </li>
1190           </ul>
1191           <em>Data import/export</em>
1192           <ul>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1195               load
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1199               added after a sequence was imported are not written to
1200               Stockholm File
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1204               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1208               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1212               with lightGray or darkGray via features file (but can
1213               specify lightgray)
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1217               when alignment view imported from project
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1221               structure and sequences extracted from structure files
1222               imported via URL and viewed in Jmol
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1226               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1227               the project is loaded and the structure viewed
1228             </li>
1229           </ul>
1230           <em>Web Services</em>
1231           <ul>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1234               release of Ensembl v.88
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1238               appear enabled in Preferences->Connections
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1242               removed from console output
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1246               Ensembl by Peptide ID
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1250               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1251               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1252               due to 'null' string rather than empty string used for
1253               residues with no corresponding PDB mapping).
1254             </li>
1255           </ul>
1256           <em>Application UI</em>
1257           <ul>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1260               menu
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1264               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1265               new documentation and tooltips added)
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1269               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1273               new features are added to alignment
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1277               changes to feature colours via the Amend features dialog
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1281               edit graduated feature colour via amend features dialog
1282               box
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1286               selection menu changes colours of alignment views
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1290               from alignment calculation workers after alignment has
1291               been closed
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1295               groups now 'Create Group'
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1299               Create/Undefine group doesn't always work
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1303               shown again after pressing 'Cancel'
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1307               adjusts start position in wrap mode
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1311               ambiguous amino acids
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1315               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1316               proteins
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1320               Defined' don't appear in Colours menu
1321             </li>
1322           </ul>
1323           <em>Applet</em>
1324           <ul>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1327               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1331               overview or linked structure view
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1335               work (since 2.8)
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1339               user-defined colourscheme doesn't restore original
1340               colourscheme
1341             </li>
1342           </ul>
1343           <em>Test Suite</em>
1344           <ul>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1347               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1351               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1352               problems with deep array comparison equality asserts in
1353               successive versions of TestNG
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1357               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1358             </li>
1359           </ul>
1360           <em>New Known Issues</em>
1361           <ul>
1362             <li>
1363               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1364               phase after a sequence motif find operation
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1368               containing just upper and lower case letters are
1369               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1373               reliably from eggnog Ortholog database
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1377               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1378               to mark columns containing highlighted regions.
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1382               doesn't always add secondary structure annotation.
1383             </li>
1384           </ul>
1385         </div>
1386     <tr>
1387       <td width="60" nowrap>
1388         <div align="center">
1389           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1390         </div>
1391       </td>
1392       <td><div align="left">
1393           <em>General</em>
1394           <ul>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1397               for all consensus calculations
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1401               3rd Oct 2016)
1402             </li>
1403             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1404               for 2016-2017</li>
1405           </ul>
1406           <em>Application</em>
1407           <ul>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1410               set of database cross-references, sorted alphabetically
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1414               from database cross references. Users with custom links
1415               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1416                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1420               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1421               Chimera session
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1425               the Chimera it is connected to is shut down
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1429               columns menu item to mark columns containing highlighted
1430               regions (e.g. from structure selections or results of a
1431               Find operation)
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1435               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1436               MSAviewer
1437             </li>
1438           </ul>
1439         </div></td>
1440       <td>
1441         <div align="left">
1442           <em>General</em>
1443           <ul>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1446               are not coloured or thresholded according to percent
1447               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1451               hydrophobic
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1455               threshold, amino acid properties)
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1459               reported as mapped to residues in a structure file in the
1460               View Mapping report
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1464               could be added multiple times to a sequence
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1468               bond features shown as two highlighted residues rather
1469               than a range in linked structure views, and treated
1470               correctly when selecting and computing trees from features
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1474               cross-references are matched to database name regardless
1475               of case
1476             </li>
1477
1478           </ul>
1479           <em>Application</em>
1480           <ul>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1483               names without regular expressions also offer links from
1484               Sequence ID
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1488               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1489               update Jalview configuration
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1493               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1497               files with similarly named sequences if dropped onto the
1498               alignment
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1502               entries where more chains exist in the PDB accession than
1503               are reported in the SIFTS file
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1507               the structure view when displayed with Chimera
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1511               panel's View->Show Chains submenu
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1515               work for wrapped alignment views
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1519               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1523               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1524               first annotation row
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1528               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1532               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1533             </li>
1534             <!-- JAL-2319 -->
1535             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1536             coordindate data
1537             </li>
1538           </ul>
1539           <!--           <em>New Known Issues</em>
1540           <ul>
1541             <li></li>
1542           </ul> -->
1543         </div>
1544       </td>
1545     </tr>
1546     <td width="60" nowrap>
1547       <div align="center">
1548         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1549           <em>25/10/2016</em></strong>
1550       </div>
1551     </td>
1552     <td><em>Application</em>
1553       <ul>
1554         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1555           view if structures already loaded</li>
1556         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1557           structure views</li>
1558       </ul></td>
1559     <td>
1560       <div align="left">
1561         <em>General</em>
1562         <ul>
1563           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1564             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1565           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1566             example sequences/projects/trees</li>
1567         </ul>
1568         <em>Application</em>
1569         <ul>
1570           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1571             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1572           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1573             without timeout for structures with multiple models or
1574             multiple sequences in alignment</li>
1575           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1576             PDB ID HEADER line</li>
1577           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1578             is performed</li>
1579           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1580             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1581           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1582           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1583             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1584             option</li>
1585           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1586             is created on the alignment</li>
1587           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1588             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1589             pop-up menu</li>
1590         </ul>
1591         <em>Build and deployment</em>
1592         <ul>
1593           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1594             tags</li>
1595         </ul>
1596         <em>New Known Issues</em>
1597         <ul>
1598           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1599             on Windows</li>
1600         </ul>
1601       </div>
1602     </td>
1603     </tr>
1604     <tr>
1605       <td width="60" nowrap>
1606         <div align="center">
1607           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1608         </div>
1609       </td>
1610       <td><em>General</em>
1611         <ul>
1612           <li>
1613             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1614           </li>
1615           <li>
1616             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1617             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1618             better PDB parsing.
1619           </li>
1620           <li>
1621             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1622             reference sequence
1623           </li>
1624           <li>
1625             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1626             mousing over sequence associated annotation
1627           </li>
1628           <li>
1629             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1630             for manual entry
1631           </li>
1632           <li>
1633             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1634             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1635             for each column
1636           </li>
1637           <li>
1638             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1639             showing or hiding columns containing a feature
1640           </li>
1641           <li>
1642             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1643             group and sequence associated annotation labels
1644           </li>
1645           <li>
1646             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1647             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1648             dialogs
1649           </li>
1650
1651         </ul> <em>Application</em>
1652         <ul>
1653           <li>
1654             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1655             gene/transcript view
1656           </li>
1657           <li>
1658             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1659             dialog
1660           </li>
1661           <li>
1662             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1663             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1664           </li>
1665           <li>
1666             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1667             Pfam sources to xfam.org
1668           </li>
1669           <li>
1670             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1671           </li>
1672           <li>
1673             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1674             over sequences in Jalview
1675           </li>
1676           <li>
1677             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1678             regions in ENA and EMBL
1679           </li>
1680           <li>
1681             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1682             for record retrieval via ENA rest API
1683           </li>
1684           <li>
1685             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1686             complement operator
1687           </li>
1688           <li>
1689             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1690             groovy script execution
1691           </li>
1692           <li>
1693             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1694             alignment window's Calculate menu
1695           </li>
1696           <li>
1697             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1698             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1699           </li>
1700           <li>
1701             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1702             calculation workers from groovy scripts
1703           </li>
1704           <li>
1705             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1706             Jalview projects
1707           </li>
1708           <li>
1709             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1710             associations are now saved/restored from project
1711           </li>
1712           <li>
1713             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1714             before sequence fetcher is opened
1715           </li>
1716           <li>
1717             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1718             database chooser opens a sequence fetcher
1719           </li>
1720           <li>
1721             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1722             the UniProt REST API
1723           </li>
1724           <li>
1725             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1726             the news reader opening
1727           </li>
1728           <li>
1729             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1730             querying stored in preferences
1731           </li>
1732           <li>
1733             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1734             search results
1735           </li>
1736           <li>
1737             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1738           </li>
1739           <li>
1740             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1741             menu for nucleotide sequences
1742           </li>
1743           <li>
1744             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1745             and feature counts preserves alignment ordering (and
1746             debugged for complex feature sets).
1747           </li>
1748           <li>
1749             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1750             viewing structures with Jalview 2.10
1751           </li>
1752           <li>
1753             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1754             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1755             Ensembl Genomes REST API
1756           </li>
1757           <li>
1758             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1759             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1760             (Ensembl)
1761           </li>
1762           <li>
1763             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1764             sequences
1765           </li>
1766           <li>
1767             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1768             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1769             data from external database records.
1770           </li>
1771           <li>
1772             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1773             efficient recovery of sequence coding and alignment
1774             annotation relationships.
1775           </li>
1776         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1777         <ul>
1778           <li>
1779             -- JAL---
1780           </li>
1781         </ul> --></td>
1782       <td>
1783         <div align="left">
1784           <em>General</em>
1785           <ul>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1788               menu on OSX
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1792               includes graduated colourschemes
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1796               working with big alignments and lots of hidden columns
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1800               at right of alignment window
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1804               contents
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1808               for DNA alignments
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1812               based tree calculation
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1816               unconserved enabled for group on alignment
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1820               set as reference
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1824               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1825               annotation
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1829               hidden columns present
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1833               user created annotation added to alignment
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1837               '()' base pair annotation
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1841               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1842               Consensus
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1846               feature not working
1847             </li>
1848             <li>
1849               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1850               beginning of sequence
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1854               entry 3a6s
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1858               from a tree when t-coffee scores are shown
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1862               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1866               some structures
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1870               to Clustal, PIR and PileUp output
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1874               not visible causes alignment window to repaint
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1878               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1879               scores associated with features and annotation rows
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1883               calculation should be case independent
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1887               columns
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1891               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1892               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1896               problems when reference sequence defined and 'show
1897               non-conserved' enabled
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1901               load even when Consensus calculation is disabled
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1905               alignment does nothing
1906             </li>
1907           </ul>
1908           <em>Application</em>
1909           <ul>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1912               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1913               yet fixed for El Capitan)
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1917               output when running on non-gb/us i18n platforms
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1921               hidden sequences as flat-file alignment
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1925               launching Chimera
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1929               (also hotfix for 2.9.0b2)
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1933               reference sequence defined
1934             </li>
1935             <li>
1936               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1937               alignments and views when revealing hidden columns
1938             </li>
1939             <li>
1940               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1941               view in a cDNA/Protein splitframe
1942             </li>
1943             <li>
1944               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1945               sequence from project when only one sequence is
1946               represented
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1950               in Structure Chooser
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1954               structure consensus didn't refresh annotation panel
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1958               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1962               dialogs format columns correctly, don't display array
1963               data, sort columns according to type
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1967               file chooser is cancelled during an image export
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1971               sequence name containing special characters
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1975               case insensitive
1976             </li>
1977             <li>
1978               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1979               formatting don't wrap
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1983               truncated so L looks like I in consensus annotation
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1987               currently displayed features for the current selection or
1988               view
1989             </li>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1992               after fetching cross-references, and restoring from
1993               project
1994             </li>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1997               followed in the structure viewer
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2001               splitframe not restored from project
2002             </li>
2003             <li>
2004               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2005               trailing end of protein alignment in transcript/product
2006               splitview when pad-gaps not enabled by default
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2010               is case dependent
2011             </li>
2012             <li>
2013               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2014               article has been read (reopened issue due to
2015               internationalisation problems)
2016             </li>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2019               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2020               cross-references
2021             </li>
2022
2023             <li>
2024               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2025               alignment as HTML
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2029               multiple structures are shown for one or more sequences.
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2033               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2034               is enabled.
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2038               specific PDB id for sequence
2039             </li>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2042               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2043               columns' is disabled.
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2047               selects lowest rather than highest resolution structures
2048               for each sequence
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2052               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2053             </li>
2054             <li>
2055               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2056               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2057             </li>
2058             <li>
2059               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2060               after clicking on it to create new annotation for a
2061               column.
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2065               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2066             </li>
2067             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2068             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2069           </ul>
2070           <em>Applet</em>
2071           <ul>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2074               hidden columns present before start of sequence
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2078               (JSON jars)
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2082               sequences are hidden in applet
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2086               deployment on examples pages.
2087             </li>
2088           </ul>
2089         </div>
2090       </td>
2091     </tr>
2092     <tr>
2093       <td width="60" nowrap>
2094         <div align="center">
2095           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2096             <em>16/10/2015</em></strong>
2097         </div>
2098       </td>
2099       <td><em>General</em>
2100         <ul>
2101           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2102             jars</li>
2103         </ul></td>
2104       <td>
2105         <div align="left">
2106           <em>Application</em>
2107           <ul>
2108             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2109               shown when tree is partitioned</li>
2110             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2111               multiple cDNA/Protein split views</li>
2112           </ul>
2113         </div>
2114       </td>
2115     </tr>
2116     <tr>
2117       <td width="60" nowrap>
2118         <div align="center">
2119           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2120             <em>8/10/2015</em></strong>
2121         </div>
2122       </td>
2123       <td><em>General</em>
2124         <ul>
2125           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2126             2.9</li>
2127         </ul> <em>Application</em>
2128         <ul>
2129           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2130           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2131           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2132         </ul> <em>Applet</em>
2133         <ul>
2134           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2135         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2136         <ul>
2137           <li>
2138             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2139             suite
2140           </li>
2141         </ul></td>
2142       <td>
2143         <div align="left">
2144           <em>General</em>
2145           <ul>
2146             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2147               incorrect when sequence start > 1</li>
2148             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2149               documentation</li>
2150             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2151             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2152               loading a features file containing HTML tags in feature
2153               description</li>
2154
2155           </ul>
2156           <em>Application</em>
2157           <ul>
2158             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2159               reimport</li>
2160             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2161               with 'trim retrieved sequences'</li>
2162             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2163               deleting selected columns</li>
2164             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2165               JNLP templates for webstart launch</li>
2166             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2167               unreleased structures for download or viewing</li>
2168             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2169               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2170             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2171               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2172             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2173               recovered from jalview project</li>
2174             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2175               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2176               alignment view</li>
2177             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2178               color schemes from BioJSON</li>
2179           </ul>
2180           <em>Applet</em>
2181           <ul>
2182             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2183               frame</li>
2184             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2185           </ul>
2186         </div>
2187       </td>
2188     </tr>
2189     <tr>
2190       <td><div align="center">
2191           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2192         </div></td>
2193       <td><em>General</em>
2194         <ul>
2195           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2196             alignments:
2197             <ul>
2198               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2199                 and DNA alignment views</li>
2200               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2201                 cDNA alignment views</li>
2202               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2203                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2204               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2205                 protein sequences</li>
2206             </ul>
2207           </li>
2208           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2209           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2210             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2211           <li>New alignment annotation file statements for
2212             reference sequences and marking hidden columns</li>
2213           <li>Reference sequence based alignment shading to
2214             highlight variation</li>
2215           <li>Select or hide columns according to alignment
2216             annotation</li>
2217           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2218           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2219             acid conservation row</li>
2220           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2221         </ul> <em>Application</em>
2222         <ul>
2223           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2224             <ul>
2225               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2226                 view with cDNA/Protein</li>
2227               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2228                 sequences are placed in the same alignment</li>
2229               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2230                 projects</li>
2231             </ul>
2232           </li>
2233
2234           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2235           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2236             Jalview windows</li>
2237
2238           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2239           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2240           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2241             be shown in VARNA</li>
2242
2243           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2244             as the active selected region</li>
2245
2246           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2247             similarity</li>
2248           <li>New Export options
2249             <ul>
2250               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2251                 region export in flat file generation</li>
2252
2253               <li>Export alignment views for display with the <a
2254                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2255
2256               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2257               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2258                 alignment figures to HTML</li>
2259           </li>
2260           <li>3D structure retrieval and display
2261             <ul>
2262               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2263                 Search API</li>
2264               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2265                 PDB structures for a sequence set</li>
2266             </ul>
2267           </li>
2268
2269           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2270             predictions</li>
2271           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2272             for one or a group of sequences</li>
2273           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2274             from the JPred4 web server</li>
2275           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2276             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2277             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2278           </li>
2279           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2280             VARNA 2D Structure'</li>
2281           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2282             Structure ..."</li>
2283
2284         </ul> <em>Applet</em>
2285         <ul>
2286           <li>New layout for applet example pages</li>
2287           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2288             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2289           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2290             Protein alignments</li>
2291         </ul> <em>Development and deployment</em>
2292         <ul>
2293           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2294           <li>Include installation type and git revision in build
2295             properties and console log output</li>
2296           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2297             storing BioJsMSA Templates</li>
2298           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2299         </ul></td>
2300       <td>
2301         <!-- <em>General</em>
2302         <ul>
2303         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2304         <ul>
2305           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2306           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2307           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2308             predictions are not highlighted in amber</li>
2309           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2310             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2311           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2312             associated structure views</li>
2313           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2314             width checkbox not enabled</li>
2315           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2316             creating user defined colours</li>
2317           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2318             mappings for just that viewer's sequences</li>
2319           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2320             multiple models in Chimera</li>
2321           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2322             over Jmol structure</li>
2323           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2324             output to text box</li>
2325           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2326             have incorrect sequence start/end</li>
2327           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2328             Jalview fails</li>
2329           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2330             work for nucleotide</li>
2331           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2332             to a grey/invisible alignment window</li>
2333           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2334             imports to different position</li>
2335           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2336             on some platforms</li>
2337           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2338             populated</li>
2339           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2340             console if Chimera has been opened</li>
2341           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2342           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2343             retrieved</li>
2344           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2345           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2346             either sequence shows on first structure</li>
2347           <li>'Show annotations' options should not make
2348             non-positional annotations visible</li>
2349           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2350             in right place after 'view flanking regions'</li>
2351           <li>File Save As type unset when current file format is
2352             unknown</li>
2353           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2354             projects</li>
2355           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2356             responsive</li>
2357           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2358             several views on same alignment</li>
2359           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2360           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2361             spaces</li>
2362         </ul> <em>Applet</em>
2363         <ul>
2364           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2365           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2366             descriptions containing angle brackets</li>
2367         </ul> <em>General</em>
2368         <ul>
2369           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2370             via jalview annotation file</li>
2371           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2372             with RNA secondary structure</li>
2373           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2374             translation doesn't work.</li>
2375           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2376           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2377             positions</li>
2378           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2379             choosing 1pt font</li>
2380           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2381             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2382             'h'</li>
2383           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2384             new feature</li>
2385           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2386             order dependent</li>
2387           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2388             sequences</li>
2389           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2390         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2391         <ul>
2392           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2393             www.jalview.org</li>
2394         </ul> <em>Application Known issues</em>
2395         <ul>
2396           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2397           <li>Misleading message appears after trying to delete
2398             solid column.</li>
2399           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2400             version launches</li>
2401           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2402             fails with a sequence mismatch</li>
2403           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2404             scrolling alignment to right</li>
2405           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2406             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2407           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2408             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2409           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2410             ultra-high resolution</li>
2411           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2412             quality and conservation</li>
2413           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2414             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2415         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2416         <ul>
2417           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2418           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2419             window is being resized</li>
2420
2421         </ul>
2422       </td>
2423     </tr>
2424     <tr>
2425       <td><div align="center">
2426           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2427         </div></td>
2428       <td><em>General</em>
2429         <ul>
2430           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2431             Certum.PL.</li>
2432           <li>Features and annotation preserved when performing
2433             pairwise alignment</li>
2434           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2435             imported/exported/displayed</li>
2436           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2437             protein secondary structure</li>
2438           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2439               post-hoc with 2.9 release</em>)
2440           </li>
2441
2442         </ul> <em>Application</em>
2443         <ul>
2444           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2445             with 3D structures</li>
2446           <li>Support for parsing RNAML</li>
2447           <li>Annotations menu for layout
2448             <ul>
2449               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2450               <li>place sequence annotation above/below alignment
2451                 annotation</li>
2452             </ul>
2453           <li>Output in Stockholm format</li>
2454           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2455             translation</li>
2456           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2457           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2458             shared between alignments</li>
2459           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2460             Jalview</li>
2461           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2462             all or current selection</li>
2463           <li>disorder and secondary structure predictions
2464             available as dataset annotation</li>
2465           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2466
2467
2468           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2469             alignments from Rfam</li>
2470           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2471
2472           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2473             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2474           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2475           <li>include installation type in build properties and
2476             console log output</li>
2477           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2478             annotation</li>
2479         </ul></td>
2480       <td>
2481         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2482         <ul>
2483           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2484             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2485           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2486             alignment</li>
2487           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2488           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2489           <li>Double click on sequence associated annotation
2490             selects only first column</li>
2491           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2492             leaves shown in tree</li>
2493           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2494             properly</li>
2495           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2496           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2497             screen and buttons not visible</li>
2498           <li>author list isn't updated if already written to
2499             Jalview properties</li>
2500           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2501             from database</li>
2502           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2503           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2504             browser search window</li>
2505           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2506             in feature settings dialog</li>
2507           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2508             desktop</li>
2509           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2510             pass validation</li>
2511           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2512             fit on screen</li>
2513           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2514             tooltip</li>
2515           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2516             defined user preset</li>
2517           <li>MSA web services warns user if they were launched
2518             with invalid input</li>
2519           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2520             Java 8</li>
2521           <li>
2522             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2523             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2524             created
2525           </li>
2526
2527         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2528         <ul>
2529         </ul> <em>General</em>
2530         <ul>
2531         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2532         <ul>
2533           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2534             memory allocation</li>
2535           <li>launchApp service doesn't automatically open
2536             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2537           <li>
2538             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2539             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2540             1.7_055 is available
2541           </li>
2542         </ul> <em>Application Known issues</em>
2543         <ul>
2544           <li>
2545             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2546             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2547             alignment to right
2548           </li>
2549           <li>
2550             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2551             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2552             with large number of ID
2553           </li>
2554           <li>
2555             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2556             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2557             start/end
2558           </li>
2559           <li>
2560             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2561             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2562             structure tracks are rearranged
2563           </li>
2564           <li>
2565             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2566             invalid rna structure positional highlighting does not
2567             highlight position of invalid base pairs
2568           </li>
2569           <li>
2570             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2571             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2572             project from alignment window file menu
2573           </li>
2574           <li>
2575             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2576             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2577             structures
2578           </li>
2579           <li>
2580             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2581             colour by RNA Helices not enabled when user created
2582             annotation added to alignment
2583           </li>
2584           <li>
2585             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2586             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2587           </li>
2588         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2589         <ul>
2590           <li>
2591             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2592             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2593           </li>
2594           <li>
2595             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2596             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2597           </li>
2598
2599           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2600             when selected</li>
2601         </ul>
2602       </td>
2603     </tr>
2604     <tr>
2605       <td><div align="center">
2606           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2607         </div></td>
2608       <td>
2609         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2610         <em>General</em>
2611         <ul>
2612           <li>Internationalisation of user interface (usually
2613             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2614           <li>Define/Undefine group on current selection with
2615             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2616           <li>Improved group creation/removal options in
2617             alignment/sequence Popup menu</li>
2618           <li>Sensible precision for symbol distribution
2619             percentages shown in logo tooltip.</li>
2620           <li>Annotation panel height set according to amount of
2621             annotation when alignment first opened</li>
2622         </ul> <em>Application</em>
2623         <ul>
2624           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2625             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2626           <li>Select columns containing particular features from
2627             Feature Settings dialog</li>
2628           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2629             sequences</li>
2630           <li>Update Jalview project format:
2631             <ul>
2632               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2633               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2634                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2635               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2636                 colouring</li>
2637             </ul>
2638           </li>
2639           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2640             (PAM250)</li>
2641           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2642             flanking regions for an alignment</li>
2643         </ul>
2644       </td>
2645       <td>
2646         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2647         <ul>
2648           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2649             running after job is cancelled</li>
2650           <li>cannot export features from alignments imported from
2651             Jalview/VAMSAS projects</li>
2652           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2653             float values</li>
2654           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2655             have 'display all symbols' flag set</li>
2656           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2657             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2658           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2659             Jalview</li>
2660           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2661             Lion/Webstart</li>
2662           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2663           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2664           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2665             alignment onto desktop</li>
2666           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2667             'extract scores' function</li>
2668           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2669             alignment window</li>
2670           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2671             performing IUPred disorder prediction</li>
2672           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2673             changing 'normalise logo' display setting</li>
2674           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2675             nothing matches query</li>
2676           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2677             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2678           </li>
2679           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2680             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2681           </li>
2682           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2683             Jalview's menu</li>
2684           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2685             'invalid literal/length code'</li>
2686           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2687             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2688           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2689             colourscheme</li>
2690
2691         </ul> <em>Applet</em>
2692         <ul>
2693           <li>Remove group option is shown even when selection is
2694             not a group</li>
2695           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2696             don't affect groups</li>
2697           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2698             colourscheme name</li>
2699           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2700             Annotation panel is not displayed</li>
2701           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2702             embedded windows</li>
2703         </ul> <em>Other</em>
2704         <ul>
2705           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2706             single sequence were not calculated</li>
2707           <li>annotation files that contain only groups imported as
2708             annotation and junk sequences</li>
2709           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2710             recognised as PFAM or BLC</li>
2711           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2712             doesn't affect background (2.8.0b1)
2713           <li></li>
2714           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2715           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2716             trailing gaps</li>
2717           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2718             registered correctly on import</li>
2719           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2720             certain alignments</li>
2721           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2722             existing annotation based 'use original colours'
2723             colourscheme loses original colours setting</li>
2724         </ul>
2725       </td>
2726     </tr>
2727     <tr>
2728       <td><div align="center">
2729           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2730             <em>30/1/2014</em></strong>
2731         </div></td>
2732       <td>
2733         <ul>
2734           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2735             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2736             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2737             open source project).
2738           </li>
2739           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2740           <li>Output in Stockholm format</li>
2741           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2742           <li>Export/import group and sequence associated line
2743             graph thresholds</li>
2744           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2745             ambiguity codes</li>
2746           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2747             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2748             works</li>
2749           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2750         </ul> <em>Other improvements</em>
2751         <ul>
2752           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2753           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2754             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2755           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2756             files</li>
2757           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2758           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2759             link but no description</li>
2760           <li>Select primary source when selecting authority in
2761             database fetcher GUI</li>
2762           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2763             Jalview</li>
2764           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2765         </ul>
2766       </td>
2767       <td>
2768         <ul>
2769           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2770             displayed</li>
2771           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2772             secondary structure annotation line</li>
2773           <li>Sequence database accessions not imported when
2774             fetching alignments from Rfam</li>
2775           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2776             identical IDs</li>
2777           <li>View all structures does not always superpose
2778             structures</li>
2779           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2780             reflect user or preset settings</li>
2781           <li>Null pointer exceptions for some services without
2782             presets or adjustable parameters</li>
2783           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2784             discover PDB xRefs</li>
2785           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2786             features with DAS</li>
2787           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2788             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2789           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2790             residue follows a gap</li>
2791           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2792             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2793           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2794             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2795           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2796             annotation already exists on alignment</li>
2797           <li>oninit javascript function should be called after
2798             initialisation completes</li>
2799           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2800             alignment window display</li>
2801           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2802           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2803             to annotation file</li>
2804           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2805             groups created</li>
2806           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2807             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2808           <li>Pressing return several times causes Number Format
2809             exceptions in keyboard mode</li>
2810           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2811             correct partitions for input data</li>
2812           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2813           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2814           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2815           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2816             mode</li>
2817           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2818             changes one row&#39;s threshold</li>
2819           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2820             doesn&#39;t open</li>
2821           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2822             quality histograms</li>
2823         </ul>
2824       </td>
2825     </tr>
2826     <tr>
2827       <td><div align="center">
2828           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2829         </div></td>
2830       <td><em>Application</em>
2831         <ul>
2832           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2833             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2834           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2835             preferences</li>
2836           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2837             in Jalview alignment window</li>
2838           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2839             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2840           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2841             RNA and ambiguity codes</li>
2842
2843           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2844           <li>Support fetching and database reference look up
2845             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2846             refs')</li>
2847           <li>Jalview project improvements
2848             <ul>
2849               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2850                 flag for annotation</li>
2851               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2852                 alignment</li>
2853               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2854                 Jalview project</li>
2855
2856             </ul>
2857           </li>
2858           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2859           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2860             running</li>
2861           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2862           <li>visual indication that web service results are still
2863             being retrieved from server</li>
2864           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2865             starts up for first time</li>
2866           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2867             services</li>
2868           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2869             client library</li>
2870           <li>Examples directory and Groovy library included in
2871             InstallAnywhere distribution</li>
2872         </ul> <em>Applet</em>
2873         <ul>
2874           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2875             visualization applet example</li>
2876         </ul> <em>General</em>
2877         <ul>
2878           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2879           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2880             defaults</li>
2881           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2882             calculation</li>
2883           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2884             matrices
2885           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2886             in HTML</li>
2887           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2888             structure contacts</li>
2889           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2890           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2891           <li>Parse sequence associated secondary structure
2892             information in Stockholm files</li>
2893           <li>HTML Export database accessions and annotation
2894             information presented in tooltip for sequences</li>
2895           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2896             style RNA alignment files</li>
2897           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2898             alignment</li>
2899           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2900             shade each sequence according to its associated alignment
2901             annotation</li>
2902           <li>New Jalview Logo</li>
2903         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2904         <ul>
2905           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2906           <li>New Website!</li>
2907         </ul></td>
2908       <td><em>Application</em>
2909         <ul>
2910           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2911             wsdbfetch REST service</li>
2912           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2913           <li>Filetype associations not installed for webstart
2914             launch</li>
2915           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2916             job execution in full once it is complete</li>
2917           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2918             uploaded via ali_file parameter</li>
2919           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2920           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2921           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2922             submitted for prediction</li>
2923           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2924             desktop window</li>
2925           <li>Putting fractional value into integer text box in
2926             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2927           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2928             windows 7</li>
2929           <li>View all structures fails with exception shown in
2930             structure view</li>
2931           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2932             escaped in a platform independent way</li>
2933           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2934             using proxy</li>
2935           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2936             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2937           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2938             failure when java web start temporary file caching is
2939             disabled</li>
2940           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2941             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2942           <li>Errors during processing of command line arguments
2943             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2944           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2945             DAS sources in sequence fetcher</li>
2946           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2947             dialog is shown</li>
2948           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2949           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2950           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2951           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2952             on OSX Mountain Lion</li>
2953           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2954             sequences with alignment annotation are pasted into the
2955             alignment</li>
2956           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2957             when loaded from Jalview project</li>
2958           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2959           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2960             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2961           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2962             associated with all views</li>
2963           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2964             annotation rows to new window</li>
2965         </ul> <em>Applet</em>
2966         <ul>
2967           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2968             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2969           <li>loading features via javascript API automatically
2970             enables feature display</li>
2971           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2972             work</li>
2973         </ul> <em>General</em>
2974         <ul>
2975           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2976           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2977             and then deselected</li>
2978           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2979           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2980             coloured with clustalx</li>
2981           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2982             exceptions and redraw errors</li>
2983           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2984             reconfigured view</li>
2985           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2986             colour</li>
2987           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2988             for lots of labels</li>
2989         </ul>
2990     </tr>
2991     <tr>
2992       <td>
2993         <div align="center">
2994           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2995         </div>
2996       </td>
2997       <td><em>Application</em>
2998         <ul>
2999           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3000           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3001           <li>View/alignment association menu to enable user to
3002             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3003             its colours/correspondences from</li>
3004           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3005           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3006             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3007           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3008           <li>Annotation row column label formatting attributes
3009             stored in project file</li>
3010           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3011             rows preserved in Jalview project file</li>
3012           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3013             saved using Desktop window menu</li>
3014           <li>Visual indication that command line arguments are
3015             still being processed</li>
3016           <li>Groovy script execution from URL</li>
3017           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3018             preferences</li>
3019           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3020             alignment with sequences that have high similarity and
3021             matching IDs</li>
3022           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3023           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3024             structures in same window</li>
3025           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3026           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3027             analysis function in its own submenu</li>
3028         </ul> <em>Applet</em>
3029         <ul>
3030           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3031             groups</li>
3032           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3033           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3034           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3035           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3036           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3037             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3038           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3039           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3040             parameters are treated as such</li>
3041           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3042             <ul>
3043               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3044               <li>Javascript callbacks for
3045                 <ul>
3046                   <li>Applet initialisation</li>
3047                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3048                 </ul>
3049               </li>
3050               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3051                 functions</li>
3052               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3053               <li>javascript structure viewer harness to pass
3054                 messages between Jmol and Jalview when running as
3055                 distinct applets</li>
3056               <li>sortBy method</li>
3057               <li>Set of applet and application examples shipped
3058                 with documentation</li>
3059               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3060                 javascript message exchange</li>
3061             </ul>
3062         </ul> <em>General</em>
3063         <ul>
3064           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3065             multiple alignments</li>
3066           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3067           <li>User configurable link to enable redirects to a
3068             www.Jalview.org mirror</li>
3069           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3070           <li>Configurable newline string when writing alignment
3071             and other flat files</li>
3072           <li>Allow alignment annotation description lines to
3073             contain html tags</li>
3074         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3075         <ul>
3076           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3077             examples</li>
3078           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3079             using a web service before displaying the result in the
3080             Jalview desktop</li>
3081           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3082           <li>Ant target to publish example html files with applet
3083             archive</li>
3084           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3085           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3086         </ul></td>
3087       <td><em>Application</em>
3088         <ul>
3089           <li>User defined colourscheme throws exception when
3090             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3091           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3092             dialog for valid filename/format</li>
3093           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3094           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3095             P37173</li>
3096           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3097             which sequence is to be associated with the file</li>
3098           <li>Find All raises null pointer exception when query
3099             only matches sequence IDs</li>
3100           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3101           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3102             2.4 cannot be loaded</li>
3103           <li>Filetype associations not installed for webstart
3104             launch</li>
3105           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3106             with sequences in different alignments do not get coloured
3107             by their associated sequence</li>
3108           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3109             not preserved when project is loaded</li>
3110           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3111             stored in Jalview project</li>
3112           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3113             Jalview project</li>
3114           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3115           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3116             by conservation</li>
3117           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3118             created on new view</li>
3119           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3120             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3121           <li>Alignment quality not updated after alignment
3122             annotation row is hidden then shown</li>
3123           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3124             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3125           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3126             properly</li>
3127           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3128             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3129           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3130           <li>Structures imported from file and saved in project
3131             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3132           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3133             job execution in full once it is complete</li>
3134         </ul> <em>Applet</em>
3135         <ul>
3136           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3137             annotation rows are displayed</li>
3138           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3139             codebase</li>
3140           <li>View follows highlighting does not work for positions
3141             in sequences</li>
3142           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3143           <li>Export features raises exception when no features
3144             exist</li>
3145           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3146             for javascript api is modified when separator string
3147             provided as parameter</li>
3148           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3149             alignment with no existing selection</li>
3150           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3151             to applet&#39;s codebase</li>
3152           <li>Status bar not updated after finished searching and
3153             search wraps around to first result</li>
3154           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3155             several Jalview applets causes race conditions and memory
3156             leaks</li>
3157           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3158             not sent from Jmol in applet</li>
3159           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3160             applet API fatally hang browser</li>
3161         </ul> <em>General</em>
3162         <ul>
3163           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3164             position with wrapped view and hidden regions</li>
3165           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3166             with/without hidden columns</li>
3167           <li>Sequence length given in alignment properties window
3168             is off by 1</li>
3169           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3170             import PDB like structure files</li>
3171           <li>Positional search results are only highlighted
3172             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3173           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3174           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3175             given sequence position</li>
3176           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3177             output</li>
3178           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3179             from nucleotide chains correctly</li>
3180           <li>Structure colours not updated when tree partition
3181             changed in alignment</li>
3182           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3183             parsed in interleaved stockholm</li>
3184           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3185             state</li>
3186           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3187             properly</li>
3188           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3189             properly associated with their pdb files</li>
3190         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3191         <ul>
3192           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3193             ApplyCopyright tool</li>
3194         </ul></td>
3195     </tr>
3196     <tr>
3197       <td>
3198         <div align="center">
3199           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3200         </div>
3201       </td>
3202       <td><em>Application</em>
3203         <ul>
3204           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3205             contact web services</li>
3206           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3207             service job window</li>
3208           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3209         </ul></td>
3210       <td>
3211         <ul>
3212           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3213             pir file emitted by Jalview</li>
3214           <li>Existing feature settings transferred to new
3215             alignment view created from cut'n'paste</li>
3216           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3217             parsing PDB files</li>
3218           <li>Consensus and conservation annotation rows
3219             occasionally become blank for all new windows</li>
3220           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3221             in wrapped view mode</li>
3222         </ul> <em>Application</em>
3223         <ul>
3224           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3225             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3226           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3227             parameter names</li>
3228           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3229             is down</li>
3230         </ul>
3231       </td>
3232     </tr>
3233     <tr>
3234       <td>
3235         <div align="center">
3236           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3237         </div>
3238       </td>
3239       <td><em>Application</em>
3240         <ul>
3241           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3242             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3243             (JABAWS)
3244           </li>
3245           <li>Web Services preference tab</li>
3246           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3247             preferences</li>
3248           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3249           <li>Superpose structures using associated sequence
3250             alignment</li>
3251           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3252             viewer</li>
3253         </ul> <em>Applet</em>
3254         <ul>
3255           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3256             link out mechanism</li>
3257         </ul> <em>Other</em>
3258         <ul>
3259           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3260             series 12</li>
3261           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3262             require Java 1.5</li>
3263           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3264             sequence annotation files</li>
3265           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3266             type colour specification</li>
3267           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3268             script to check if it being run in an interactive session or
3269             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3270         </ul></td>
3271       <td>
3272         <ul>
3273           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3274             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3275         </ul> <em>Application</em>
3276         <ul>
3277           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3278             selected Regions menu item</li>
3279           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3280             part of a valid accession ID</li>
3281           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3282             runs out of memory</li>
3283           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3284             analysis results</li>
3285           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3286             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3287           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3288         </ul> <em>Applet</em>
3289         <ul>
3290           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3291             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3292             defined.</li>
3293         </ul>
3294       </td>
3295     </tr>
3296     <tr>
3297       <td>
3298         <div align="center">
3299           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3300         </div>
3301       </td>
3302       <td></td>
3303       <td>
3304         <ul>
3305           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3306             sequence IDs</li>
3307           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3308             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3309           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3310             import correctly</li>
3311           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3312             number of columns are hidden</li>
3313           <li>annotation label popup menu not providing correct
3314             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3315             present</li>
3316           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3317             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3318           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3319             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3320
3321         </ul> <em>Applet</em>
3322         <ul>
3323           <li>annotation panel disappears when annotation is
3324             hidden/removed</li>
3325         </ul> <em>Application</em>
3326         <ul>
3327           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3328             alignment opened where annotation panel is visible but no
3329             annotations are present on alignment</li>
3330           <li>pasted region containing hidden columns is
3331             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3332           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3333             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3334           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3335             selected Rregions menu item.</li>
3336           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3337             'Un' or 'Non'conserved</li>
3338           <li>Sequence feature settings are being shared by
3339             multiple distinct alignments</li>
3340           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3341             changed</li>
3342           <li>double click on group annotation to select sequences
3343             does not propagate to associated trees</li>
3344           <li>Mac OSX specific issues:
3345             <ul>
3346               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3347                 window background</li>
3348               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3349                 name set correctly</li>
3350               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3351                 save feature colourscheme button</li>
3352             </ul>
3353           </li>
3354         </ul>
3355       </td>
3356     </tr>
3357     <tr>
3358
3359       <td>
3360         <div align="center">
3361           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3362         </div>
3363       </td>
3364       <td><em>New Capabilities</em>
3365         <ul>
3366           <li>URL links generated from description line for
3367             regular-expression based URL links (applet and application)
3368
3369           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3370             menu</li>
3371           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3372             structures</li>
3373           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3374             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3375           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3376             average score or total feature count for each sequence.</li>
3377           <li>Shading features by score or associated description</li>
3378           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3379             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3380           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3381             hide everything but the currently selected region.</li>
3382           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3383         </ul> <em>Application</em>
3384         <ul>
3385           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3386             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3387           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3388             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3389           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3390             database references and protein_name is parsed as
3391             description line (BioSapiens terms).</li>
3392           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3393             references in sequence ID tooltip from View menu in
3394             application.</li>
3395           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3396       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3397           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3398             conservation plots</li>
3399           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3400             and visualized as sequence logos</li>
3401           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3402             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3403           </li>
3404           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3405             when a new tree is opened.</li>
3406           <li>Jalview Java Console</li>
3407           <li>Better placement of desktop window when moving
3408             between different screens.</li>
3409           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3410             consensus annotation</li>
3411           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3412             Workflows</li>
3413           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3414             <ul>
3415               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3416                 used to preserve views, structures, and tree display
3417                 settings)</li>
3418               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3419                 command line</li>
3420               <li>Sharing of selected regions between views and
3421                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3422               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3423             </ul></li>
3424         </ul> <em>Applet</em>
3425         <ul>
3426           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3427           <li>New Parameters
3428             <ul>
3429               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3430                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3431                 opened.</li>
3432               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3433                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3434               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3435                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3436               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3437                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3438                 view</li>
3439               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3440                 increase the height or width of a cell in the alignment
3441                 grid relative to the current font size.</li>
3442             </ul>
3443           </li>
3444           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3445             tooltip</li>
3446         </ul> <em>Other</em>
3447         <ul>
3448           <li>Features format: graduated colour definitions and
3449             specification of feature scores</li>
3450           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3451             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3452             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3453           <li>XML formats extended to support graduated feature
3454             colourschemes, group associated annotation, and profile
3455             visualization settings.</li></td>
3456       <td>
3457         <ul>
3458           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3459             rather than description</li>
3460           <li>Non-positional features are now included in sequence
3461             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3462             visibility in tooltip).</li>
3463           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3464           <li>Added URL embedding instructions to features file
3465             documentation.</li>
3466           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3467             'X' in peptide product</li>
3468           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3469             sequence ID and sequence string and query strings do not
3470             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3471           <li>AMSA files only contain first column of
3472             multi-character column annotation labels</li>
3473           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3474             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3475             exported and re-imported)</li>
3476           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3477             name</li>
3478           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3479             as subsequence matches, and correctly reports total number
3480             of both.</li>
3481           <li>Application:
3482             <ul>
3483               <li>Better handling of exceptions during sequence
3484                 retrieval</li>
3485               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3486                 link text excludes the start_end suffix</li>
3487               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3488                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3489               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3490               <li>Sequence description lines properly shared via
3491                 VAMSAS</li>
3492               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3493                 data sources</li>
3494               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3495                 completes before alignment figures are generated.</li>
3496               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3497                 first time.</li>
3498               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3499                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3500               <li>User defined group colours properly recovered
3501                 from Jalview projects.</li>
3502             </ul>
3503           </li>
3504         </ul>
3505       </td>
3506
3507     </tr>
3508     <tr>
3509       <td>
3510         <div align="center">
3511           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3512         </div>
3513       </td>
3514       <td>
3515         <ul>
3516           <li>Experimental support for google analytics usage
3517             tracking.</li>
3518           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3519         </ul>
3520       </td>
3521       <td>
3522         <ul>
3523           <li>Race condition in applet preventing startup in
3524             jre1.6.0u12+.</li>
3525           <li>Exception when feature created from selection beyond
3526             length of sequence.</li>
3527           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3528           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3529             all sequences with a given id</li>
3530           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3531             ID string searches</li>
3532           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3533             alignment to fail with exception</li>
3534         </ul> <em>Application Issues</em>
3535         <ul>
3536           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3537           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3538             data sources</li>
3539         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3540         <ul>
3541           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3542             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3543           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3544             version (java class versioning error fixed)</li>
3545         </ul>
3546       </td>
3547     </tr>
3548     <tr>
3549       <td>
3550
3551         <div align="center">
3552           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3553         </div>
3554       </td>
3555       <td><em>User Interface</em>
3556         <ul>
3557           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3558             translation and protein products</li>
3559           <li>Linked highlighting of structure associated with
3560             residue mapping to codon position</li>
3561           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3562             and 'clear' button</li>
3563           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3564             Tools menu</li>
3565           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3566             numeric data in description line</li>
3567           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3568           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3569             of sequence</li>
3570         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3571         <ul>
3572           <li>JPred3 web service</li>
3573           <li>Prototype sequence search client (no public services
3574             available yet)</li>
3575           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3576             PFAM</li>
3577           <li>URL Links created for matching database cross
3578             references as well as sequence ID</li>
3579           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3580         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3581         <ul>
3582           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3583             databases</li>
3584           <li>Generalised database reference retrieval and
3585             validation to all fetchable databases</li>
3586           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3587             sequence command</li>
3588         </ul> <em>Import and Export</em>
3589         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3590         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3591           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3592         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3593           File</li>
3594         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3595           triplet as name of colourscheme</li>
3596         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3597         <ul>
3598           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3599           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3600             alignments (experimental)</li>
3601           <li>Create new or select existing session to join</li>
3602           <li>load and save of vamsas documents</li>
3603         </ul> <em>Application command line</em>
3604         <ul>
3605           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3606             from applet)</li>
3607           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3608             of DAS servers to query for alignment features</li>
3609           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3610             that are also automatically queried for features</li>
3611           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3612             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3613         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3614         <ul>
3615           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3616             application (when using &quot;View in full
3617             application&quot;)</li>
3618         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3619         <ul>
3620           <li>feature group display control parameter</li>
3621           <li>debug parameter</li>
3622           <li>showbutton parameter</li>
3623         </ul> <em>Applet API methods</em>
3624         <ul>
3625           <li>newView public method</li>
3626           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3627           <li>Feature display control methods</li>
3628           <li>get list of currently selected sequences</li>
3629         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3630         <ul>
3631           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3632           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3633             Jalview release.</li>
3634           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3635             property controls execution of obfuscator</li>
3636           <li>Build target for generating source distribution</li>
3637           <li>Debug flag for javacc</li>
3638           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3639             jalview.bin.Cache</li>
3640           <li>Continuous Build Integration for stable and
3641             development version of Application, Applet and source
3642             distribution</li>
3643         </ul></td>
3644       <td>
3645         <ul>
3646           <li>selected region output includes visible annotations
3647             (for certain formats)</li>
3648           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3649             for editing</li>
3650           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3651           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3652           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3653           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3654             comments</li>
3655           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3656             filenames containing a ':'</li>
3657           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3658             global sequence features</li>
3659           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3660             references from alignment sequences goes to zero</li>
3661           <li>Close of tree branch colour box without colour
3662             selection causes cascading exceptions</li>
3663           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3664           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3665             file parsing fails.</li>
3666           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3667           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3668             not a valid output format</li>
3669           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3670             vamsas</li>
3671           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3672           <li>error messages passed up and output when data read
3673             fails</li>
3674           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3675             sequence is edited</li>
3676           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3677             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3678           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3679             filetype</li>
3680           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3681             import fixed for PFAM records</li>
3682           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3683             window list</li>
3684           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3685             can be read and written correctly to annotation file</li>
3686           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3687             correctly</li>
3688           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3689             non-italic font for representatives in Applet</li>
3690           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3691             Macs.</li>
3692           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3693             Applet)</li>
3694           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3695             due to null pointer exceptions</li>
3696           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3697             first column of alignment</li>
3698           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3699             July 2008</li>
3700           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3701             file is case-insensitive</li>
3702           <li>Sequence features read from Features file appended to
3703             all sequences with matching IDs</li>
3704           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3705             containing a sub-sequence</li>
3706           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3707           <li>feature and annotation file applet parameters
3708             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3709           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3710           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3711             splash-screen version check to complete</li>
3712           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3713             when passing them to the launchApp service</li>
3714           <li>display name and local features preserved in results
3715             retrieved from web service</li>
3716           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3717             sequence fetcher initialisation</li>
3718           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3719             dasobert DAS client</li>
3720           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3721             association</li>
3722           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3723             sequences
3724           </li>
3725         </ul>
3726       </td>
3727     </tr>
3728     <tr>
3729       <td>
3730         <div align="center">
3731           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3732         </div>
3733       </td>
3734       <td>
3735         <ul>
3736           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3737           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3738           <li>Slide sequences</li>
3739           <li>Edit sequence in place</li>
3740           <li>EMBL CDS features</li>
3741           <li>DAS Feature mapping</li>
3742           <li>Feature ordering</li>
3743           <li>Alignment Properties</li>
3744           <li>Annotation Scores</li>
3745           <li>Sort by scores</li>
3746           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3747         </ul>
3748       </td>
3749       <td>
3750         <ul>
3751           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3752           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3753           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3754           <li>Feature group display state in XML</li>
3755           <li>Feature ordering in XML</li>
3756           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3757           <li>Stockholm alignment properties</li>
3758           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3759           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3760           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3761           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3762         </ul>
3763       </td>
3764
3765     </tr>
3766     <tr>
3767       <td>
3768         <div align="center">
3769           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3770         </div>
3771       </td>
3772       <td>
3773         <ul>
3774           <li>Non standard characters can be read and displayed
3775           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3776             applet via textbox
3777           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3778             name &amp; description
3779           <li>Preference setting to display sequence name in
3780             italics
3781           <li>Annotation file format extended to allow
3782             Sequence_groups to be defined
3783           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3784             specified in preferences
3785           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3786             sequences
3787         </ul>
3788       </td>
3789       <td>
3790         <ul>
3791           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3792             installed
3793           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3794           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3795         </ul>
3796       </td>
3797     </tr>
3798     <tr>
3799       <td>
3800         <div align="center">
3801           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3802         </div>
3803       </td>
3804       <td>
3805         <ul>
3806           <li>Multiple views on alignment
3807           <li>Sequence feature editing
3808           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3809           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3810           <li>Background dependent text colour
3811           <li>Right align sequence ids
3812           <li>User-defined lower case residue colours
3813           <li>Format Menu
3814           <li>Select Menu
3815           <li>Menu item accelerator keys
3816           <li>Control-V pastes to current alignment
3817           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3818           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3819           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3820
3821           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3822         </ul>
3823       </td>
3824       <td>
3825         <ul>
3826           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3827           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3828             calculations
3829           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3830             edits
3831           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3832             of alignment)
3833           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3834
3835           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3836             display correctly
3837           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3838           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3839             analysis results
3840           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3841             &#8739;
3842           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3843           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3844           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3845
3846         </ul>
3847       </td>
3848     </tr>
3849     <tr>
3850       <td>
3851         <div align="center">
3852           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3853         </div>
3854       </td>
3855       <td>
3856         <ul>
3857           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3858         </ul>
3859       </td>
3860       <td>
3861         <ul>
3862           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3863             sequence id panel has been resized</li>
3864           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3865             rendered</li>
3866           <li>Annotation files with sequence references - all
3867             elements in file are relative to sequence position</li>
3868           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3869         </ul>
3870       </td>
3871     </tr>
3872     <tr>
3873       <td>
3874         <div align="center">
3875           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3876         </div>
3877       </td>
3878       <td>
3879         <ul>
3880           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3881           <li>DAS Feature fetching</li>
3882           <li>Hide sequences and columns</li>
3883           <li>Export Annotations and Features</li>
3884           <li>GFF file reading / writing</li>
3885           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3886             files</li>
3887           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3888           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3889           <li>Applet can launch the full application</li>
3890           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3891             required)</li>
3892           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3893           <li>Applet can load sequences from parameter
3894             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3895           </li>
3896         </ul>
3897       </td>
3898       <td>
3899         <ul>
3900           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3901           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3902           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3903         </ul>
3904       </td>
3905     </tr>
3906     <tr>
3907       <td>
3908         <div align="center">
3909           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3910         </div>
3911       </td>
3912       <td>
3913         <ul>
3914           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3915           <li>Choose to match case when searching</li>
3916           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3917             expand the visible width and height of the alignment</li>
3918         </ul>
3919       </td>
3920       <td>
3921         <ul>
3922           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3923         </ul>
3924       </td>
3925     </tr>
3926     <tr>
3927       <td>
3928         <div align="center">
3929           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3930         </div>
3931       </td>
3932       <td>&nbsp;</td>
3933       <td>
3934         <ul>
3935           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3936           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3937             value</li>
3938         </ul>
3939       </td>
3940     </tr>
3941     <tr>
3942       <td>
3943         <div align="center">
3944           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3945         </div>
3946       </td>
3947       <td>
3948         <ul>
3949           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3950           <li>Keyboard editing</li>
3951           <li>Create sequence features from searches</li>
3952           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3953             alignments</li>
3954           <li>Features file allows grouping of features</li>
3955           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3956           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3957           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3958         </ul>
3959       </td>
3960       <td>
3961         <ul>
3962           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3963           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3964             descriptions saved.</li>
3965         </ul>
3966       </td>
3967     </tr>
3968     <tr>
3969       <td>
3970         <div align="center">
3971           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3972         </div>
3973       </td>
3974       <td>
3975         <ul>
3976           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3977           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3978           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3979             name for file output</li>
3980           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3981           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3982             used for HTML form input</li>
3983         </ul>
3984       </td>
3985       <td>
3986         <ul>
3987           <li>HTML output writes groups and features</li>
3988           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3989           <li>File IO bugs</li>
3990         </ul>
3991       </td>
3992     </tr>
3993     <tr>
3994       <td>
3995         <div align="center">
3996           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3997         </div>
3998       </td>
3999       <td>
4000         <ul>
4001           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4002           <li>More options for PCA viewer</li>
4003         </ul>
4004       </td>
4005       <td>
4006         <ul>
4007           <li>GUI bugs resolved</li>
4008           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4009         </ul>
4010       </td>
4011     </tr>
4012     <tr>
4013       <td height="63">
4014         <div align="center">
4015           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4016         </div>
4017       </td>
4018       <td>
4019         <ul>
4020           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4021           <li>Jar files are executable</li>
4022           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4023         </ul>
4024       </td>
4025       <td>
4026         <ul>
4027           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4028           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4029           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4030         </ul>
4031       </td>
4032     </tr>
4033     <tr>
4034       <td>
4035         <div align="center">
4036           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4037         </div>
4038       </td>
4039       <td>
4040         <ul>
4041           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4042         </ul>
4043       </td>
4044       <td>
4045         <ul>
4046           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4047         </ul>
4048       </td>
4049     </tr>
4050     <tr>
4051       <td>
4052         <div align="center">
4053           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4054         </div>
4055       </td>
4056       <td>
4057         <ul>
4058           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4059             size</li>
4060         </ul>
4061       </td>
4062       <td>
4063         <ul>
4064           <li>Improved JPred client reliability</li>
4065           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4066         </ul>
4067       </td>
4068     </tr>
4069     <tr>
4070       <td>
4071         <div align="center">
4072           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4073         </div>
4074       </td>
4075       <td>
4076         <ul>
4077           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4078           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4079           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4080             to Colour Menu</li>
4081           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4082           <li>Unix users can set default web browser</li>
4083           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4084           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4085         </ul>
4086       </td>
4087       <td>
4088         <ul>
4089           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4090         </ul>
4091       </td>
4092     </tr>
4093     <tr>
4094       <td>
4095         <div align="center">
4096           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4097         </div>
4098       </td>
4099       <td>&nbsp;</td>
4100       <td>
4101         <ul>
4102           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4103             alignment order.</li>
4104         </ul>
4105       </td>
4106     </tr>
4107     <tr>
4108       <td>
4109         <div align="center">
4110           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4111         </div>
4112       </td>
4113       <td>
4114         <ul>
4115           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4116           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4117           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4118             annotations.</li>
4119           <li>Version and build date written to build properties
4120             file.</li>
4121           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4122             at launch of Jalview.</li>
4123         </ul>
4124       </td>
4125       <td>
4126         <ul>
4127           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4128           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4129           <li>Can remove groups one by one.</li>
4130           <li>Filechooser icons installed.</li>
4131           <li>Finder ignores return character when searching.
4132             Return key will initiate a search.<br>
4133           </li>
4134         </ul>
4135       </td>
4136     </tr>
4137     <tr>
4138       <td>
4139         <div align="center">
4140           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4141         </div>
4142       </td>
4143       <td>
4144         <ul>
4145           <li>New codebase</li>
4146         </ul>
4147       </td>
4148       <td>&nbsp;</td>
4149     </tr>
4150   </table>
4151   <p>&nbsp;</p>
4152 </body>
4153 </html>