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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width=="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>5/12/2017</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78       </td>
  79       <td><div align="left">
  80           <ul>
  81             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
  82             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
  83           <ul>
  84       </td>
  85     </tr>
  86     <tr>
  87       <td width="60" nowrap>
  88         <div align="center">
  89           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
  90         </div>
  91       </td>
  92       <td><div align="left">
  93           <em></em>
  94           <ul>
  95             <li>
  96               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  97               rendering of sequence features
  98             </li>
  99             <li>
 100               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 101               429 rate limit request hander
 102             </li>
 103             <li>
 104               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 105               their colours have changed
 106             </li>
 107             <li>
 108               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 109               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 110             </li>
 111             <li>
 112               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 113               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 114             </li>
 115             <li>
 116               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 117               view from Ensembl locus cross-references
 118             </li>
 119             <li>
 120               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 121               Alignment report
 122             </li>
 123             <li>
 124               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 125               feature can be disabled
 126             </li>
 127             <li>
 128               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 129               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 133               Uniprot
 134             </li>
 135           </ul>
 136           <em>Scripting</em>
 137           <ul>
 138             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 139             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 140               percent identity scores for current alignment.</li>
 141           </ul>
 142           <em>Testing and Deployment</em>
 143           <ul>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 146             </li>
 147           </ul>
 148         </div></td>
 149       <td><div align="left">
 150           <em>General</em>
 151           <ul>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 154               threshold text field doesn't trigger an update to the
 155               alignment view
 156             </li>
 157             <li>
 158               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 159               strings in parallel
 160             </li>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 163               alignment window is closed
 164             </li>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 167               group visibility
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 171               takes a long time in Cursor mode
 172             </li>
 173           </ul>
 174           <em>Desktop</em>
 175           <ul>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 178               cannot be viewed in Chimera
 179             </li>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 182               CDS/Protein view
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 186               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 187               Search Dialogs
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 197               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 201               scrolling right in unwapped alignment view
 202             </li>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 205               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 206               database
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 210               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 214               features of same type and group to be selected for
 215               amending
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 219               alignments when hidden columns are present
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 223               displaying several structures
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 227               moving a window
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 231               within the Jalview desktop on OSX
 232             </li>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 235               when in wrapped alignment mode
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 239               hand end of alignment
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 243               each selected sequence do not have correct start/end
 244               positions
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 248               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 252               restoring project until a new view is created
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 256               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 257               configured (since 2.10.2b2)
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 261               position is adjusted
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 265               in a multi-chain structure when viewing alignment
 266               involving more than one chain (since 2.10)
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 270               if new selection moves alignment window
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 274               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 278               that produces correctly annotated transcripts and products
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 282               doesn't update associated structure view
 283             </li>
 284           </ul>
 285           <em>Applet</em><br />
 286           <ul>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 289               closing alignment panel
 290             </li>
 291           </ul>
 292           <em>BioJSON</em><br />
 293           <ul>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 296               non-positional features
 297             </li>
 298           </ul>
 299           <em>New Known Issues</em>
 300           <ul>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 303               sequence features correctly (for many previous versions of
 304               Jalview)
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 308               using cursor in wrapped panel other than top
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 312               graduated colour threshold
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 316               always preserve numbering and sequence features
 317             </li>
 318           </ul>
 319           <em>Known Java 9 Issues</em>
 320           <ul>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 323               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 324               9.01, OSX 10.10)
 325             </li>
 326           </ul>
 327         </div></td>
 328     </tr>
 329     <tr>
 330       <td width="60" nowrap>
 331         <div align="center">
 332           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 333             <em>2/10/2017</em></strong>
 334         </div>
 335       </td>
 336       <td><div align="left">
 337           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 338           <ul>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 341             </li>
 342             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 343             </li>
 344           </ul>
 345         </div></td>
 346       <td><div align="left">
 347         </div></td>
 348     </tr>
 349     <tr>
 350       <td width="60" nowrap>
 351         <div align="center">
 352           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 353             <em>7/9/2017</em></strong>
 354         </div>
 355       </td>
 356       <td><div align="left">
 357           <em></em>
 358           <ul>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 361               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 362               white)
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 366               Preferences
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 370               in size and progress bar shown as higher resolution
 371               overview is recalculated
 372             </li>
 373
 374           </ul>
 375         </div></td>
 376       <td><div align="left">
 377           <em></em>
 378           <ul>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 381               column region row by row
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 385               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 389               format setting is unticked
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 393               if group has show boxes format setting unticked
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 397               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 398               include sequences and columns not currently displayed
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 402               assemblies are imported via CIF file
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 406               displayed when threshold or conservation colouring is also
 407               enabled.
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 411               server version
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 415               dragging a selected region off the visible region of the
 416               alignment
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 420               colourscheme to all groups in a view
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 424               initially after font size change using the Font chooser or
 425               middle-mouse zoom
 426             </li>
 427           </ul>
 428         </div></td>
 429     </tr>
 430     <tr>
 431       <td width="60" nowrap>
 432         <div align="center">
 433           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 434         </div>
 435       </td>
 436       <td><div align="left">
 437           <em>Calculations</em>
 438           <ul>
 439
 440             <li>
 441               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 442               ungapped positions in each column of the alignment.
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 446               a calculation dialog box
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 450               and memory efficiency (~30x faster)
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 454               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 455               and other calculations
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 459               files within the Jalview codebase
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 463               Similarity may have different topology due to increased
 464               precision
 465             </li>
 466           </ul>
 467           <em>Rendering</em>
 468           <ul>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 471               model for alignments and groups
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 475               scripts
 476             </li>
 477           </ul>
 478           <em>Overview</em>
 479           <ul>
 480             <li>
 481               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 482               with alignment and overview windows
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 486               overview
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 490               omitted in Overview
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 494               adjustment of visible position
 495             </li>
 496           </ul>
 497
 498           <em>Data import/export</em>
 499           <ul>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 502               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 506               annotation input/output via stockholm flatfile
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 510               extension when importing structure files without embedded
 511               names or PDB accessions
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 515               format sequence substitution matrices
 516             </li>
 517           </ul>
 518           <em>User Interface</em>
 519           <ul>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 522               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 523               the application.
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 527               via Overview or sequence motif search operations
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 531               opened by double clicking gaps within sequence feature
 532               extent
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 536               aligned positions were available to create a 3D structure
 537               superposition.
 538             </li>
 539           </ul>
 540           <em>3D Structure</em>
 541           <ul>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 544               coloured in linked structure views
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 548               file-based command exchange
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 552               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 553               structures are already available for sequences
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 557               the Jalview project rather than downloaded again when the
 558               project is reopened.
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 562               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 563               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 564                 Feature</strong>)
 565             </li>
 566           </ul>
 567           <em>Web Services</em>
 568           <ul>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 574               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 575               Analysis services
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 579               cross-references provided by identifiers.org and the
 580               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 581             </li>
 582           </ul>
 583
 584           <em>Scripting</em>
 585           <ul>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 588               identifying file formats (instead of String constants)
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 592               efficiency when counting all displayed features (not
 593               backwards compatible with 2.10.1)
 594             </li>
 595           </ul>
 596           <em>Example files</em>
 597           <ul>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 600               included in the example feature file
 601             </li>
 602           </ul>
 603           <em>Documentation</em>
 604           <ul>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 607               with the built-in Java help viewer
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 611               sequence description' option
 612             </li>
 613           </ul>
 614           <em>Test Suite</em>
 615           <ul>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 618               Uniprot REST Free Text Search Client
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 625               during tests
 626             </li>
 627           </ul>
 628         </div></td>
 629       <td><div align="left">
 630           <em>Calculations</em>
 631           <ul>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 634               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 635               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 636             </li>
 637             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 638               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 639               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 640               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 641               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 642               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 643               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 644               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 645               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 646               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 647               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 648               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 649               // for 2.10.1 mode <br />
 650               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 651               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 652                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 653                 calculations (not recommended)</em></li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 656               scaling of branch lengths for trees computed using
 657               Sequence Feature Similarity.
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 661               generating output report when working with highly
 662               redundant alignments
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 666               right of selected region when gaps present on right-hand
 667               boundary
 668             </li>
 669           </ul>
 670           <em>User Interface</em>
 671           <ul>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 674               doesn't reselect a specific sequence's associated
 675               annotation after it was used for colouring a view
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 679               opened on a region of alignment without groups
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 683               of an alignment with overlapping groups
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 687               name and description match
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 691               hidden regions results in incorrect hidden regions
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 695               changing colour does not apply Conservation slider value
 696               to all groups
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 700               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 704               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 708               gaps before start of features
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 712               restored to UI when feature colour is edited
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 716               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 720               as graduate feature colour settings are modified via the
 721               dialog box
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 725               when a group defined on the alignment is resized
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 729               wrapped view result in positional status updates
 730             </li>
 731
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 734               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 738               alignment included gapped columns
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 742               widgets don't permanently disappear
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 746               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 747               T-Coffee column reliability scores)
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 751               sequence feature on gaps only
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 755               button from a Find inherit previously defined feature type
 756               rather than the Find query string
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 760               exporting tree calculated in Jalview
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 764               and then revealing them reorders sequences on the
 765               alignment
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 769               doesn't update to reflect available set of groups after
 770               interactively adding or modifying features
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 774               Linux
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 778               only excluded gaps in current sequence and ignored
 779               selection.
 780             </li>
 781           </ul>
 782           <em>Rendering</em>
 783           <ul>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 786               erratically when hidden rows or columns are present
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 790               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 791               sequence colouring
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 795               colour and group colour menu for protein alignments
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 799               reflect currently selected view or group's shading
 800               thresholds
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 804               when rendered on overview and structures when opacity at
 805               100%
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 809               overview when features overlaid on alignment
 810             </li>
 811           </ul>
 812           <em>Data import/export</em>
 813           <ul>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 816               load
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 820               added after a sequence was imported are not written to
 821               Stockholm File
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 825               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 829               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 833               with lightGray or darkGray via features file (but can
 834               specify lightgray)
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 838               when alignment view imported from project
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 842               structure and sequences extracted from structure files
 843               imported via URL and viewed in Jmol
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 847               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 848               the project is loaded and the structure viewed
 849             </li>
 850           </ul>
 851           <em>Web Services</em>
 852           <ul>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 855               release of Ensembl v.88
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 859               appear enabled in Preferences->Connections
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 863               removed from console output
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 867               Ensembl by Peptide ID
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 871               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 872               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 873               due to 'null' string rather than empty string used for
 874               residues with no corresponding PDB mapping).
 875             </li>
 876           </ul>
 877           <em>Application UI</em>
 878           <ul>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 881               menu
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 885               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 886               new documentation and tooltips added)
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 890               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 894               new features are added to alignment
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 898               changes to feature colours via the Amend features dialog
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 902               edit graduated feature colour via amend features dialog
 903               box
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 907               selection menu changes colours of alignment views
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 911               from alignment calculation workers after alignment has
 912               been closed
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 916               groups now 'Create Group'
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 920               Create/Undefine group doesn't always work
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 924               shown again after pressing 'Cancel'
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 928               adjusts start position in wrap mode
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 932               ambiguous amino acids
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 936               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 937               proteins
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 941               Defined' don't appear in Colours menu
 942             </li>
 943           </ul>
 944           <em>Applet</em>
 945           <ul>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 948               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 952               overview or linked structure view
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 956               work (since 2.8)
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 960               user-defined colourscheme doesn't restore original
 961               colourscheme
 962             </li>
 963           </ul>
 964           <em>Test Suite</em>
 965           <ul>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 968               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 972               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 973               problems with deep array comparison equality asserts in
 974               successive versions of TestNG
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 978               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 979             </li>
 980           </ul>
 981           <em>New Known Issues</em>
 982           <ul>
 983             <li>
 984               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 985               phase after a sequence motif find operation
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 989               containing just upper and lower case letters are
 990               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 994               reliably from eggnog Ortholog database
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 998               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 999               to mark columns containing highlighted regions.
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1003               doesn't always add secondary structure annotation.
1004             </li>
1005           </ul>
1006         </div>
1007     <tr>
1008       <td width="60" nowrap>
1009         <div align="center">
1010           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1011         </div>
1012       </td>
1013       <td><div align="left">
1014           <em>General</em>
1015           <ul>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1018               for all consensus calculations
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1022               3rd Oct 2016)
1023             </li>
1024             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1025               for 2016-2017</li>
1026           </ul>
1027           <em>Application</em>
1028           <ul>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1031               set of database cross-references, sorted alphabetically
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1035               from database cross references. Users with custom links
1036               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1037                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1038             </li>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1041               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1042               Chimera session
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1046               the Chimera it is connected to is shut down
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1050               columns menu item to mark columns containing highlighted
1051               regions (e.g. from structure selections or results of a
1052               Find operation)
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1056               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1057               MSAviewer
1058             </li>
1059           </ul>
1060         </div></td>
1061       <td>
1062         <div align="left">
1063           <em>General</em>
1064           <ul>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1067               are not coloured or thresholded according to percent
1068               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1072               hydrophobic
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1076               threshold, amino acid properties)
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1080               reported as mapped to residues in a structure file in the
1081               View Mapping report
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1085               could be added multiple times to a sequence
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1089               bond features shown as two highlighted residues rather
1090               than a range in linked structure views, and treated
1091               correctly when selecting and computing trees from features
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1095               cross-references are matched to database name regardless
1096               of case
1097             </li>
1098
1099           </ul>
1100           <em>Application</em>
1101           <ul>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1104               names without regular expressions also offer links from
1105               Sequence ID
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1109               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1110               update Jalview configuration
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1114               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1118               files with similarly named sequences if dropped onto the
1119               alignment
1120             </li>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1123               entries where more chains exist in the PDB accession than
1124               are reported in the SIFTS file
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1128               the structure view when displayed with Chimera
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1132               panel's View->Show Chains submenu
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1136               work for wrapped alignment views
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1140               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1144               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1145               first annotation row
1146             </li>
1147             <li>
1148               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1149               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1153               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1154             </li>
1155             <!-- JAL-2319 -->
1156             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1157             coordindate data
1158             </li>
1159           </ul>
1160           <!--           <em>New Known Issues</em>
1161           <ul>
1162             <li></li>
1163           </ul> -->
1164         </div>
1165       </td>
1166     </tr>
1167     <td width="60" nowrap>
1168       <div align="center">
1169         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1170           <em>25/10/2016</em></strong>
1171       </div>
1172     </td>
1173     <td><em>Application</em>
1174       <ul>
1175         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1176           view if structures already loaded</li>
1177         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1178           structure views</li>
1179       </ul></td>
1180     <td>
1181       <div align="left">
1182         <em>General</em>
1183         <ul>
1184           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1185             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1186           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1187             example sequences/projects/trees</li>
1188         </ul>
1189         <em>Application</em>
1190         <ul>
1191           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1192             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1193           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1194             without timeout for structures with multiple models or
1195             multiple sequences in alignment</li>
1196           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1197             PDB ID HEADER line</li>
1198           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1199             is performed</li>
1200           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1201             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1202           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1203           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1204             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1205             option</li>
1206           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1207             is created on the alignment</li>
1208           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1209             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1210             pop-up menu</li>
1211         </ul>
1212         <em>Build and deployment</em>
1213         <ul>
1214           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1215             tags</li>
1216         </ul>
1217         <em>New Known Issues</em>
1218         <ul>
1219           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1220             on Windows</li>
1221         </ul>
1222       </div>
1223     </td>
1224     </tr>
1225     <tr>
1226       <td width="60" nowrap>
1227         <div align="center">
1228           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1229         </div>
1230       </td>
1231       <td><em>General</em>
1232         <ul>
1233           <li>
1234             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1235           </li>
1236           <li>
1237             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1238             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1239             better PDB parsing.
1240           </li>
1241           <li>
1242             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1243             reference sequence
1244           </li>
1245           <li>
1246             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1247             mousing over sequence associated annotation
1248           </li>
1249           <li>
1250             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1251             for manual entry
1252           </li>
1253           <li>
1254             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1255             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1256             for each column
1257           </li>
1258           <li>
1259             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1260             showing or hiding columns containing a feature
1261           </li>
1262           <li>
1263             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1264             group and sequence associated annotation labels
1265           </li>
1266           <li>
1267             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1268             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1269             dialogs
1270           </li>
1271
1272         </ul> <em>Application</em>
1273         <ul>
1274           <li>
1275             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1276             gene/transcript view
1277           </li>
1278           <li>
1279             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1280             dialog
1281           </li>
1282           <li>
1283             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1284             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1285           </li>
1286           <li>
1287             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1288             Pfam sources to xfam.org
1289           </li>
1290           <li>
1291             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1292           </li>
1293           <li>
1294             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1295             over sequences in Jalview
1296           </li>
1297           <li>
1298             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1299             regions in ENA and EMBL
1300           </li>
1301           <li>
1302             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1303             for record retrieval via ENA rest API
1304           </li>
1305           <li>
1306             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1307             complement operator
1308           </li>
1309           <li>
1310             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1311             groovy script execution
1312           </li>
1313           <li>
1314             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1315             alignment window's Calculate menu
1316           </li>
1317           <li>
1318             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1319             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1320           </li>
1321           <li>
1322             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1323             calculation workers from groovy scripts
1324           </li>
1325           <li>
1326             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1327             Jalview projects
1328           </li>
1329           <li>
1330             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1331             associations are now saved/restored from project
1332           </li>
1333           <li>
1334             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1335             before sequence fetcher is opened
1336           </li>
1337           <li>
1338             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1339             database chooser opens a sequence fetcher
1340           </li>
1341           <li>
1342             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1343             the UniProt REST API
1344           </li>
1345           <li>
1346             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1347             the news reader opening
1348           </li>
1349           <li>
1350             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1351             querying stored in preferences
1352           </li>
1353           <li>
1354             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1355             search results
1356           </li>
1357           <li>
1358             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1359           </li>
1360           <li>
1361             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1362             menu for nucleotide sequences
1363           </li>
1364           <li>
1365             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1366             and feature counts preserves alignment ordering (and
1367             debugged for complex feature sets).
1368           </li>
1369           <li>
1370             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1371             viewing structures with Jalview 2.10
1372           </li>
1373           <li>
1374             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1375             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1376             Ensembl Genomes REST API
1377           </li>
1378           <li>
1379             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1380             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1381             (Ensembl)
1382           </li>
1383           <li>
1384             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1385             sequences
1386           </li>
1387           <li>
1388             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1389             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1390             data from external database records.
1391           </li>
1392           <li>
1393             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1394             efficient recovery of sequence coding and alignment
1395             annotation relationships.
1396           </li>
1397         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1398         <ul>
1399           <li>
1400             -- JAL---
1401           </li>
1402         </ul> --></td>
1403       <td>
1404         <div align="left">
1405           <em>General</em>
1406           <ul>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1409               menu on OSX
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1413               includes graduated colourschemes
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1417               working with big alignments and lots of hidden columns
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1421               at right of alignment window
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1425               contents
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1429               for DNA alignments
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1433               based tree calculation
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1437               unconserved enabled for group on alignment
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1441               set as reference
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1445               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1446               annotation
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1450               hidden columns present
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1454               user created annotation added to alignment
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1458               '()' base pair annotation
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1462               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1463               Consensus
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1467               feature not working
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1471               beginning of sequence
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1475               entry 3a6s
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1479               from a tree when t-coffee scores are shown
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1483               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1487               some structures
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1491               to Clustal, PIR and PileUp output
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1495               not visible causes alignment window to repaint
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1499               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1500               scores associated with features and annotation rows
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1504               calculation should be case independent
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1508               columns
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1512               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1513               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1517               problems when reference sequence defined and 'show
1518               non-conserved' enabled
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1522               load even when Consensus calculation is disabled
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1526               alignment does nothing
1527             </li>
1528           </ul>
1529           <em>Application</em>
1530           <ul>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1533               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1534               yet fixed for El Capitan)
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1538               output when running on non-gb/us i18n platforms
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1542               hidden sequences as flat-file alignment
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1546               launching Chimera
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1550               (also hotfix for 2.9.0b2)
1551             </li>
1552             <li>
1553               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1554               reference sequence defined
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1558               alignments and views when revealing hidden columns
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1562               view in a cDNA/Protein splitframe
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1566               sequence from project when only one sequence is
1567               represented
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1571               in Structure Chooser
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1575               structure consensus didn't refresh annotation panel
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1579               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1583               dialogs format columns correctly, don't display array
1584               data, sort columns according to type
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1588               file chooser is cancelled during an image export
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1592               sequence name containing special characters
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1596               case insensitive
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1600               formatting don't wrap
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1604               truncated so L looks like I in consensus annotation
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1608               currently displayed features for the current selection or
1609               view
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1613               after fetching cross-references, and restoring from
1614               project
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1618               followed in the structure viewer
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1622               splitframe not restored from project
1623             </li>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1626               trailing end of protein alignment in transcript/product
1627               splitview when pad-gaps not enabled by default
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1631               is case dependent
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1635               article has been read (reopened issue due to
1636               internationalisation problems)
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1640               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1641               cross-references
1642             </li>
1643
1644             <li>
1645               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1646               alignment as HTML
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1650               multiple structures are shown for one or more sequences.
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1654               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1655               is enabled.
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1659               specific PDB id for sequence
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1663               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1664               columns' is disabled.
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1668               selects lowest rather than highest resolution structures
1669               for each sequence
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1673               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1677               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1681               after clicking on it to create new annotation for a
1682               column.
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1686               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1687             </li>
1688             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1689             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1690           </ul>
1691           <em>Applet</em>
1692           <ul>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1695               hidden columns present before start of sequence
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1699               (JSON jars)
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1703               sequences are hidden in applet
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1707               deployment on examples pages.
1708             </li>
1709           </ul>
1710         </div>
1711       </td>
1712     </tr>
1713     <tr>
1714       <td width="60" nowrap>
1715         <div align="center">
1716           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1717             <em>16/10/2015</em></strong>
1718         </div>
1719       </td>
1720       <td><em>General</em>
1721         <ul>
1722           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1723             jars</li>
1724         </ul></td>
1725       <td>
1726         <div align="left">
1727           <em>Application</em>
1728           <ul>
1729             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1730               shown when tree is partitioned</li>
1731             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1732               multiple cDNA/Protein split views</li>
1733           </ul>
1734         </div>
1735       </td>
1736     </tr>
1737     <tr>
1738       <td width="60" nowrap>
1739         <div align="center">
1740           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1741             <em>8/10/2015</em></strong>
1742         </div>
1743       </td>
1744       <td><em>General</em>
1745         <ul>
1746           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1747             2.9</li>
1748         </ul> <em>Application</em>
1749         <ul>
1750           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1751           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1752           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1753         </ul> <em>Applet</em>
1754         <ul>
1755           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1756         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1757         <ul>
1758           <li>
1759             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1760             suite
1761           </li>
1762         </ul></td>
1763       <td>
1764         <div align="left">
1765           <em>General</em>
1766           <ul>
1767             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1768               incorrect when sequence start > 1</li>
1769             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1770               documentation</li>
1771             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1772             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1773               loading a features file containing HTML tags in feature
1774               description</li>
1775
1776           </ul>
1777           <em>Application</em>
1778           <ul>
1779             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1780               reimport</li>
1781             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1782               with 'trim retrieved sequences'</li>
1783             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1784               deleting selected columns</li>
1785             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1786               JNLP templates for webstart launch</li>
1787             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1788               unreleased structures for download or viewing</li>
1789             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1790               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1791             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1792               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1793             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1794               recovered from jalview project</li>
1795             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1796               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1797               alignment view</li>
1798             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1799               color schemes from BioJSON</li>
1800           </ul>
1801           <em>Applet</em>
1802           <ul>
1803             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1804               frame</li>
1805             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1806           </ul>
1807         </div>
1808       </td>
1809     </tr>
1810     <tr>
1811       <td><div align="center">
1812           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1813         </div></td>
1814       <td><em>General</em>
1815         <ul>
1816           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1817             alignments:
1818             <ul>
1819               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1820                 and DNA alignment views</li>
1821               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1822                 cDNA alignment views</li>
1823               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1824                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1825               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1826                 protein sequences</li>
1827             </ul>
1828           </li>
1829           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1830           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1831             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1832           <li>New alignment annotation file statements for
1833             reference sequences and marking hidden columns</li>
1834           <li>Reference sequence based alignment shading to
1835             highlight variation</li>
1836           <li>Select or hide columns according to alignment
1837             annotation</li>
1838           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1839           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1840             acid conservation row</li>
1841           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1842         </ul> <em>Application</em>
1843         <ul>
1844           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1845             <ul>
1846               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1847                 view with cDNA/Protein</li>
1848               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1849                 sequences are placed in the same alignment</li>
1850               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1851                 projects</li>
1852             </ul>
1853           </li>
1854
1855           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1856           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1857             Jalview windows</li>
1858
1859           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1860           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1861           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1862             be shown in VARNA</li>
1863
1864           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1865             as the active selected region</li>
1866
1867           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1868             similarity</li>
1869           <li>New Export options
1870             <ul>
1871               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1872                 region export in flat file generation</li>
1873
1874               <li>Export alignment views for display with the <a
1875                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1876
1877               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1878               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1879                 alignment figures to HTML</li>
1880           </li>
1881           <li>3D structure retrieval and display
1882             <ul>
1883               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1884                 Search API</li>
1885               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1886                 PDB structures for a sequence set</li>
1887             </ul>
1888           </li>
1889
1890           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1891             predictions</li>
1892           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1893             for one or a group of sequences</li>
1894           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1895             from the JPred4 web server</li>
1896           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1897             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1898             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1899           </li>
1900           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1901             VARNA 2D Structure'</li>
1902           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1903             Structure ..."</li>
1904
1905         </ul> <em>Applet</em>
1906         <ul>
1907           <li>New layout for applet example pages</li>
1908           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1909             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1910           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1911             Protein alignments</li>
1912         </ul> <em>Development and deployment</em>
1913         <ul>
1914           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1915           <li>Include installation type and git revision in build
1916             properties and console log output</li>
1917           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1918             storing BioJsMSA Templates</li>
1919           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1920         </ul></td>
1921       <td>
1922         <!-- <em>General</em>
1923         <ul>
1924         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1925         <ul>
1926           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1927           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1928           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1929             predictions are not highlighted in amber</li>
1930           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1931             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1932           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1933             associated structure views</li>
1934           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1935             width checkbox not enabled</li>
1936           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1937             creating user defined colours</li>
1938           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1939             mappings for just that viewer's sequences</li>
1940           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1941             multiple models in Chimera</li>
1942           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1943             over Jmol structure</li>
1944           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1945             output to text box</li>
1946           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1947             have incorrect sequence start/end</li>
1948           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1949             Jalview fails</li>
1950           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1951             work for nucleotide</li>
1952           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1953             to a grey/invisible alignment window</li>
1954           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1955             imports to different position</li>
1956           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1957             on some platforms</li>
1958           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1959             populated</li>
1960           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1961             console if Chimera has been opened</li>
1962           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1963           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1964             retrieved</li>
1965           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1966           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1967             either sequence shows on first structure</li>
1968           <li>'Show annotations' options should not make
1969             non-positional annotations visible</li>
1970           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1971             in right place after 'view flanking regions'</li>
1972           <li>File Save As type unset when current file format is
1973             unknown</li>
1974           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1975             projects</li>
1976           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1977             responsive</li>
1978           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1979             several views on same alignment</li>
1980           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1981           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1982             spaces</li>
1983         </ul> <em>Applet</em>
1984         <ul>
1985           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1986           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1987             descriptions containing angle brackets</li>
1988         </ul> <em>General</em>
1989         <ul>
1990           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1991             via jalview annotation file</li>
1992           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1993             with RNA secondary structure</li>
1994           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1995             translation doesn't work.</li>
1996           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1997           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1998             positions</li>
1999           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2000             choosing 1pt font</li>
2001           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2002             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2003             'h'</li>
2004           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2005             new feature</li>
2006           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2007             order dependent</li>
2008           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2009             sequences</li>
2010           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2011         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2012         <ul>
2013           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2014             www.jalview.org</li>
2015         </ul> <em>Application Known issues</em>
2016         <ul>
2017           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2018           <li>Misleading message appears after trying to delete
2019             solid column.</li>
2020           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2021             version launches</li>
2022           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2023             fails with a sequence mismatch</li>
2024           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2025             scrolling alignment to right</li>
2026           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2027             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2028           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2029             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2030           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2031             ultra-high resolution</li>
2032           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2033             quality and conservation</li>
2034           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2035             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2036         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2037         <ul>
2038           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2039           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2040             window is being resized</li>
2041
2042         </ul>
2043       </td>
2044     </tr>
2045     <tr>
2046       <td><div align="center">
2047           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2048         </div></td>
2049       <td><em>General</em>
2050         <ul>
2051           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2052             Certum.PL.</li>
2053           <li>Features and annotation preserved when performing
2054             pairwise alignment</li>
2055           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2056             imported/exported/displayed</li>
2057           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2058             protein secondary structure</li>
2059           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2060               post-hoc with 2.9 release</em>)
2061           </li>
2062
2063         </ul> <em>Application</em>
2064         <ul>
2065           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2066             with 3D structures</li>
2067           <li>Support for parsing RNAML</li>
2068           <li>Annotations menu for layout
2069             <ul>
2070               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2071               <li>place sequence annotation above/below alignment
2072                 annotation</li>
2073             </ul>
2074           <li>Output in Stockholm format</li>
2075           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2076             translation</li>
2077           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2078           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2079             shared between alignments</li>
2080           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2081             Jalview</li>
2082           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2083             all or current selection</li>
2084           <li>disorder and secondary structure predictions
2085             available as dataset annotation</li>
2086           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2087
2088
2089           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2090             alignments from Rfam</li>
2091           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2092
2093           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2094             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2095           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2096           <li>include installation type in build properties and
2097             console log output</li>
2098           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2099             annotation</li>
2100         </ul></td>
2101       <td>
2102         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2103         <ul>
2104           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2105             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2106           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2107             alignment</li>
2108           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2109           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2110           <li>Double click on sequence associated annotation
2111             selects only first column</li>
2112           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2113             leaves shown in tree</li>
2114           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2115             properly</li>
2116           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2117           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2118             screen and buttons not visible</li>
2119           <li>author list isn't updated if already written to
2120             Jalview properties</li>
2121           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2122             from database</li>
2123           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2124           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2125             browser search window</li>
2126           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2127             in feature settings dialog</li>
2128           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2129             desktop</li>
2130           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2131             pass validation</li>
2132           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2133             fit on screen</li>
2134           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2135             tooltip</li>
2136           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2137             defined user preset</li>
2138           <li>MSA web services warns user if they were launched
2139             with invalid input</li>
2140           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2141             Java 8</li>
2142           <li>
2143             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2144             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2145             created
2146           </li>
2147
2148         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2149         <ul>
2150         </ul> <em>General</em>
2151         <ul>
2152         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2153         <ul>
2154           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2155             memory allocation</li>
2156           <li>launchApp service doesn't automatically open
2157             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2158           <li>
2159             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2160             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2161             1.7_055 is available
2162           </li>
2163         </ul> <em>Application Known issues</em>
2164         <ul>
2165           <li>
2166             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2167             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2168             alignment to right
2169           </li>
2170           <li>
2171             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2172             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2173             with large number of ID
2174           </li>
2175           <li>
2176             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2177             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2178             start/end
2179           </li>
2180           <li>
2181             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2182             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2183             structure tracks are rearranged
2184           </li>
2185           <li>
2186             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2187             invalid rna structure positional highlighting does not
2188             highlight position of invalid base pairs
2189           </li>
2190           <li>
2191             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2192             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2193             project from alignment window file menu
2194           </li>
2195           <li>
2196             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2197             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2198             structures
2199           </li>
2200           <li>
2201             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2202             colour by RNA Helices not enabled when user created
2203             annotation added to alignment
2204           </li>
2205           <li>
2206             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2207             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2208           </li>
2209         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2210         <ul>
2211           <li>
2212             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2213             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2214           </li>
2215           <li>
2216             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2217             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2218           </li>
2219
2220           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2221             when selected</li>
2222         </ul>
2223       </td>
2224     </tr>
2225     <tr>
2226       <td><div align="center">
2227           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2228         </div></td>
2229       <td>
2230         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2231         <em>General</em>
2232         <ul>
2233           <li>Internationalisation of user interface (usually
2234             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2235           <li>Define/Undefine group on current selection with
2236             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2237           <li>Improved group creation/removal options in
2238             alignment/sequence Popup menu</li>
2239           <li>Sensible precision for symbol distribution
2240             percentages shown in logo tooltip.</li>
2241           <li>Annotation panel height set according to amount of
2242             annotation when alignment first opened</li>
2243         </ul> <em>Application</em>
2244         <ul>
2245           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2246             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2247           <li>Select columns containing particular features from
2248             Feature Settings dialog</li>
2249           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2250             sequences</li>
2251           <li>Update Jalview project format:
2252             <ul>
2253               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2254               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2255                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2256               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2257                 colouring</li>
2258             </ul>
2259           </li>
2260           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2261             (PAM250)</li>
2262           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2263             flanking regions for an alignment</li>
2264         </ul>
2265       </td>
2266       <td>
2267         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2268         <ul>
2269           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2270             running after job is cancelled</li>
2271           <li>cannot export features from alignments imported from
2272             Jalview/VAMSAS projects</li>
2273           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2274             float values</li>
2275           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2276             have 'display all symbols' flag set</li>
2277           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2278             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2279           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2280             Jalview</li>
2281           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2282             Lion/Webstart</li>
2283           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2284           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2285           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2286             alignment onto desktop</li>
2287           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2288             'extract scores' function</li>
2289           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2290             alignment window</li>
2291           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2292             performing IUPred disorder prediction</li>
2293           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2294             changing 'normalise logo' display setting</li>
2295           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2296             nothing matches query</li>
2297           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2298             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2299           </li>
2300           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2301             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2302           </li>
2303           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2304             Jalview's menu</li>
2305           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2306             'invalid literal/length code'</li>
2307           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2308             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2309           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2310             colourscheme</li>
2311
2312         </ul> <em>Applet</em>
2313         <ul>
2314           <li>Remove group option is shown even when selection is
2315             not a group</li>
2316           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2317             don't affect groups</li>
2318           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2319             colourscheme name</li>
2320           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2321             Annotation panel is not displayed</li>
2322           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2323             embedded windows</li>
2324         </ul> <em>Other</em>
2325         <ul>
2326           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2327             single sequence were not calculated</li>
2328           <li>annotation files that contain only groups imported as
2329             annotation and junk sequences</li>
2330           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2331             recognised as PFAM or BLC</li>
2332           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2333             doesn't affect background (2.8.0b1)
2334           <li></li>
2335           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2336           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2337             trailing gaps</li>
2338           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2339             registered correctly on import</li>
2340           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2341             certain alignments</li>
2342           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2343             existing annotation based 'use original colours'
2344             colourscheme loses original colours setting</li>
2345         </ul>
2346       </td>
2347     </tr>
2348     <tr>
2349       <td><div align="center">
2350           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2351             <em>30/1/2014</em></strong>
2352         </div></td>
2353       <td>
2354         <ul>
2355           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2356             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2357             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2358             open source project).
2359           </li>
2360           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2361           <li>Output in Stockholm format</li>
2362           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2363           <li>Export/import group and sequence associated line
2364             graph thresholds</li>
2365           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2366             ambiguity codes</li>
2367           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2368             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2369             works</li>
2370           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2371         </ul> <em>Other improvements</em>
2372         <ul>
2373           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2374           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2375             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2376           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2377             files</li>
2378           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2379           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2380             link but no description</li>
2381           <li>Select primary source when selecting authority in
2382             database fetcher GUI</li>
2383           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2384             Jalview</li>
2385           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2386         </ul>
2387       </td>
2388       <td>
2389         <ul>
2390           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2391             displayed</li>
2392           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2393             secondary structure annotation line</li>
2394           <li>Sequence database accessions not imported when
2395             fetching alignments from Rfam</li>
2396           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2397             identical IDs</li>
2398           <li>View all structures does not always superpose
2399             structures</li>
2400           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2401             reflect user or preset settings</li>
2402           <li>Null pointer exceptions for some services without
2403             presets or adjustable parameters</li>
2404           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2405             discover PDB xRefs</li>
2406           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2407             features with DAS</li>
2408           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2409             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2410           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2411             residue follows a gap</li>
2412           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2413             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2414           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2415             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2416           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2417             annotation already exists on alignment</li>
2418           <li>oninit javascript function should be called after
2419             initialisation completes</li>
2420           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2421             alignment window display</li>
2422           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2423           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2424             to annotation file</li>
2425           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2426             groups created</li>
2427           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2428             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2429           <li>Pressing return several times causes Number Format
2430             exceptions in keyboard mode</li>
2431           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2432             correct partitions for input data</li>
2433           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2434           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2435           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2436           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2437             mode</li>
2438           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2439             changes one row&#39;s threshold</li>
2440           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2441             doesn&#39;t open</li>
2442           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2443             quality histograms</li>
2444         </ul>
2445       </td>
2446     </tr>
2447     <tr>
2448       <td><div align="center">
2449           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2450         </div></td>
2451       <td><em>Application</em>
2452         <ul>
2453           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2454             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2455           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2456             preferences</li>
2457           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2458             in Jalview alignment window</li>
2459           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2460             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2461           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2462             RNA and ambiguity codes</li>
2463
2464           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2465           <li>Support fetching and database reference look up
2466             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2467             refs')</li>
2468           <li>Jalview project improvements
2469             <ul>
2470               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2471                 flag for annotation</li>
2472               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2473                 alignment</li>
2474               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2475                 Jalview project</li>
2476
2477             </ul>
2478           </li>
2479           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2480           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2481             running</li>
2482           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2483           <li>visual indication that web service results are still
2484             being retrieved from server</li>
2485           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2486             starts up for first time</li>
2487           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2488             services</li>
2489           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2490             client library</li>
2491           <li>Examples directory and Groovy library included in
2492             InstallAnywhere distribution</li>
2493         </ul> <em>Applet</em>
2494         <ul>
2495           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2496             visualization applet example</li>
2497         </ul> <em>General</em>
2498         <ul>
2499           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2500           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2501             defaults</li>
2502           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2503             calculation</li>
2504           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2505             matrices
2506           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2507             in HTML</li>
2508           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2509             structure contacts</li>
2510           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2511           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2512           <li>Parse sequence associated secondary structure
2513             information in Stockholm files</li>
2514           <li>HTML Export database accessions and annotation
2515             information presented in tooltip for sequences</li>
2516           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2517             style RNA alignment files</li>
2518           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2519             alignment</li>
2520           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2521             shade each sequence according to its associated alignment
2522             annotation</li>
2523           <li>New Jalview Logo</li>
2524         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2525         <ul>
2526           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2527           <li>New Website!</li>
2528         </ul></td>
2529       <td><em>Application</em>
2530         <ul>
2531           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2532             wsdbfetch REST service</li>
2533           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2534           <li>Filetype associations not installed for webstart
2535             launch</li>
2536           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2537             job execution in full once it is complete</li>
2538           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2539             uploaded via ali_file parameter</li>
2540           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2541           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2542           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2543             submitted for prediction</li>
2544           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2545             desktop window</li>
2546           <li>Putting fractional value into integer text box in
2547             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2548           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2549             windows 7</li>
2550           <li>View all structures fails with exception shown in
2551             structure view</li>
2552           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2553             escaped in a platform independent way</li>
2554           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2555             using proxy</li>
2556           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2557             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2558           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2559             failure when java web start temporary file caching is
2560             disabled</li>
2561           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2562             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2563           <li>Errors during processing of command line arguments
2564             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2565           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2566             DAS sources in sequence fetcher</li>
2567           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2568             dialog is shown</li>
2569           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2570           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2571           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2572           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2573             on OSX Mountain Lion</li>
2574           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2575             sequences with alignment annotation are pasted into the
2576             alignment</li>
2577           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2578             when loaded from Jalview project</li>
2579           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2580           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2581             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2582           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2583             associated with all views</li>
2584           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2585             annotation rows to new window</li>
2586         </ul> <em>Applet</em>
2587         <ul>
2588           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2589             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2590           <li>loading features via javascript API automatically
2591             enables feature display</li>
2592           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2593             work</li>
2594         </ul> <em>General</em>
2595         <ul>
2596           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2597           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2598             and then deselected</li>
2599           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2600           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2601             coloured with clustalx</li>
2602           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2603             exceptions and redraw errors</li>
2604           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2605             reconfigured view</li>
2606           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2607             colour</li>
2608           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2609             for lots of labels</li>
2610         </ul>
2611     </tr>
2612     <tr>
2613       <td>
2614         <div align="center">
2615           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2616         </div>
2617       </td>
2618       <td><em>Application</em>
2619         <ul>
2620           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2621           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2622           <li>View/alignment association menu to enable user to
2623             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2624             its colours/correspondences from</li>
2625           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2626           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2627             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2628           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2629           <li>Annotation row column label formatting attributes
2630             stored in project file</li>
2631           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2632             rows preserved in Jalview project file</li>
2633           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2634             saved using Desktop window menu</li>
2635           <li>Visual indication that command line arguments are
2636             still being processed</li>
2637           <li>Groovy script execution from URL</li>
2638           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2639             preferences</li>
2640           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2641             alignment with sequences that have high similarity and
2642             matching IDs</li>
2643           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2644           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2645             structures in same window</li>
2646           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2647           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2648             analysis function in its own submenu</li>
2649         </ul> <em>Applet</em>
2650         <ul>
2651           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2652             groups</li>
2653           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2654           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2655           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2656           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2657           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2658             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2659           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2660           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2661             parameters are treated as such</li>
2662           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2663             <ul>
2664               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2665               <li>Javascript callbacks for
2666                 <ul>
2667                   <li>Applet initialisation</li>
2668                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2669                 </ul>
2670               </li>
2671               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2672                 functions</li>
2673               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2674               <li>javascript structure viewer harness to pass
2675                 messages between Jmol and Jalview when running as
2676                 distinct applets</li>
2677               <li>sortBy method</li>
2678               <li>Set of applet and application examples shipped
2679                 with documentation</li>
2680               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2681                 javascript message exchange</li>
2682             </ul>
2683         </ul> <em>General</em>
2684         <ul>
2685           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2686             multiple alignments</li>
2687           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2688           <li>User configurable link to enable redirects to a
2689             www.Jalview.org mirror</li>
2690           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2691           <li>Configurable newline string when writing alignment
2692             and other flat files</li>
2693           <li>Allow alignment annotation description lines to
2694             contain html tags</li>
2695         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2696         <ul>
2697           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2698             examples</li>
2699           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2700             using a web service before displaying the result in the
2701             Jalview desktop</li>
2702           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2703           <li>Ant target to publish example html files with applet
2704             archive</li>
2705           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2706           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2707         </ul></td>
2708       <td><em>Application</em>
2709         <ul>
2710           <li>User defined colourscheme throws exception when
2711             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2712           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2713             dialog for valid filename/format</li>
2714           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2715           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2716             P37173</li>
2717           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2718             which sequence is to be associated with the file</li>
2719           <li>Find All raises null pointer exception when query
2720             only matches sequence IDs</li>
2721           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2722           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2723             2.4 cannot be loaded</li>
2724           <li>Filetype associations not installed for webstart
2725             launch</li>
2726           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2727             with sequences in different alignments do not get coloured
2728             by their associated sequence</li>
2729           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2730             not preserved when project is loaded</li>
2731           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2732             stored in Jalview project</li>
2733           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2734             Jalview project</li>
2735           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2736           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2737             by conservation</li>
2738           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2739             created on new view</li>
2740           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2741             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2742           <li>Alignment quality not updated after alignment
2743             annotation row is hidden then shown</li>
2744           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2745             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2746           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2747             properly</li>
2748           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2749             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2750           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2751           <li>Structures imported from file and saved in project
2752             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2753           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2754             job execution in full once it is complete</li>
2755         </ul> <em>Applet</em>
2756         <ul>
2757           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2758             annotation rows are displayed</li>
2759           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2760             codebase</li>
2761           <li>View follows highlighting does not work for positions
2762             in sequences</li>
2763           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2764           <li>Export features raises exception when no features
2765             exist</li>
2766           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2767             for javascript api is modified when separator string
2768             provided as parameter</li>
2769           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2770             alignment with no existing selection</li>
2771           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2772             to applet&#39;s codebase</li>
2773           <li>Status bar not updated after finished searching and
2774             search wraps around to first result</li>
2775           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2776             several Jalview applets causes race conditions and memory
2777             leaks</li>
2778           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2779             not sent from Jmol in applet</li>
2780           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2781             applet API fatally hang browser</li>
2782         </ul> <em>General</em>
2783         <ul>
2784           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2785             position with wrapped view and hidden regions</li>
2786           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2787             with/without hidden columns</li>
2788           <li>Sequence length given in alignment properties window
2789             is off by 1</li>
2790           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2791             import PDB like structure files</li>
2792           <li>Positional search results are only highlighted
2793             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2794           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2795           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2796             given sequence position</li>
2797           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2798             output</li>
2799           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2800             from nucleotide chains correctly</li>
2801           <li>Structure colours not updated when tree partition
2802             changed in alignment</li>
2803           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2804             parsed in interleaved stockholm</li>
2805           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2806             state</li>
2807           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2808             properly</li>
2809           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2810             properly associated with their pdb files</li>
2811         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2812         <ul>
2813           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2814             ApplyCopyright tool</li>
2815         </ul></td>
2816     </tr>
2817     <tr>
2818       <td>
2819         <div align="center">
2820           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2821         </div>
2822       </td>
2823       <td><em>Application</em>
2824         <ul>
2825           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2826             contact web services</li>
2827           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2828             service job window</li>
2829           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2830         </ul></td>
2831       <td>
2832         <ul>
2833           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2834             pir file emitted by Jalview</li>
2835           <li>Existing feature settings transferred to new
2836             alignment view created from cut'n'paste</li>
2837           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2838             parsing PDB files</li>
2839           <li>Consensus and conservation annotation rows
2840             occasionally become blank for all new windows</li>
2841           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2842             in wrapped view mode</li>
2843         </ul> <em>Application</em>
2844         <ul>
2845           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2846             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2847           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2848             parameter names</li>
2849           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2850             is down</li>
2851         </ul>
2852       </td>
2853     </tr>
2854     <tr>
2855       <td>
2856         <div align="center">
2857           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2858         </div>
2859       </td>
2860       <td><em>Application</em>
2861         <ul>
2862           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2863             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2864             (JABAWS)
2865           </li>
2866           <li>Web Services preference tab</li>
2867           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2868             preferences</li>
2869           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2870           <li>Superpose structures using associated sequence
2871             alignment</li>
2872           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2873             viewer</li>
2874         </ul> <em>Applet</em>
2875         <ul>
2876           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2877             link out mechanism</li>
2878         </ul> <em>Other</em>
2879         <ul>
2880           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2881             series 12</li>
2882           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2883             require Java 1.5</li>
2884           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2885             sequence annotation files</li>
2886           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2887             type colour specification</li>
2888           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2889             script to check if it being run in an interactive session or
2890             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2891         </ul></td>
2892       <td>
2893         <ul>
2894           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2895             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2896         </ul> <em>Application</em>
2897         <ul>
2898           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2899             selected Regions menu item</li>
2900           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2901             part of a valid accession ID</li>
2902           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2903             runs out of memory</li>
2904           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2905             analysis results</li>
2906           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2907             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2908           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2909         </ul> <em>Applet</em>
2910         <ul>
2911           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2912             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2913             defined.</li>
2914         </ul>
2915       </td>
2916     </tr>
2917     <tr>
2918       <td>
2919         <div align="center">
2920           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2921         </div>
2922       </td>
2923       <td></td>
2924       <td>
2925         <ul>
2926           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2927             sequence IDs</li>
2928           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2929             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2930           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2931             import correctly</li>
2932           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2933             number of columns are hidden</li>
2934           <li>annotation label popup menu not providing correct
2935             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2936             present</li>
2937           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2938             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2939           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2940             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2941
2942         </ul> <em>Applet</em>
2943         <ul>
2944           <li>annotation panel disappears when annotation is
2945             hidden/removed</li>
2946         </ul> <em>Application</em>
2947         <ul>
2948           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2949             alignment opened where annotation panel is visible but no
2950             annotations are present on alignment</li>
2951           <li>pasted region containing hidden columns is
2952             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2953           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2954             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2955           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2956             selected Rregions menu item.</li>
2957           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2958             'Un' or 'Non'conserved</li>
2959           <li>Sequence feature settings are being shared by
2960             multiple distinct alignments</li>
2961           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2962             changed</li>
2963           <li>double click on group annotation to select sequences
2964             does not propagate to associated trees</li>
2965           <li>Mac OSX specific issues:
2966             <ul>
2967               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2968                 window background</li>
2969               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2970                 name set correctly</li>
2971               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2972                 save feature colourscheme button</li>
2973             </ul>
2974           </li>
2975         </ul>
2976       </td>
2977     </tr>
2978     <tr>
2979
2980       <td>
2981         <div align="center">
2982           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2983         </div>
2984       </td>
2985       <td><em>New Capabilities</em>
2986         <ul>
2987           <li>URL links generated from description line for
2988             regular-expression based URL links (applet and application)
2989
2990           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2991             menu</li>
2992           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2993             structures</li>
2994           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2995             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2996           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2997             average score or total feature count for each sequence.</li>
2998           <li>Shading features by score or associated description</li>
2999           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3000             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3001           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3002             hide everything but the currently selected region.</li>
3003           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3004         </ul> <em>Application</em>
3005         <ul>
3006           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3007             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3008           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3009             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3010           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3011             database references and protein_name is parsed as
3012             description line (BioSapiens terms).</li>
3013           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3014             references in sequence ID tooltip from View menu in
3015             application.</li>
3016           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3017       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3018           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3019             conservation plots</li>
3020           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3021             and visualized as sequence logos</li>
3022           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3023             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3024           </li>
3025           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3026             when a new tree is opened.</li>
3027           <li>Jalview Java Console</li>
3028           <li>Better placement of desktop window when moving
3029             between different screens.</li>
3030           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3031             consensus annotation</li>
3032           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3033             Workflows</li>
3034           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3035             <ul>
3036               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3037                 used to preserve views, structures, and tree display
3038                 settings)</li>
3039               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3040                 command line</li>
3041               <li>Sharing of selected regions between views and
3042                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3043               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3044             </ul></li>
3045         </ul> <em>Applet</em>
3046         <ul>
3047           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3048           <li>New Parameters
3049             <ul>
3050               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3051                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3052                 opened.</li>
3053               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3054                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3055               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3056                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3057               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3058                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3059                 view</li>
3060               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3061                 increase the height or width of a cell in the alignment
3062                 grid relative to the current font size.</li>
3063             </ul>
3064           </li>
3065           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3066             tooltip</li>
3067         </ul> <em>Other</em>
3068         <ul>
3069           <li>Features format: graduated colour definitions and
3070             specification of feature scores</li>
3071           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3072             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3073             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3074           <li>XML formats extended to support graduated feature
3075             colourschemes, group associated annotation, and profile
3076             visualization settings.</li></td>
3077       <td>
3078         <ul>
3079           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3080             rather than description</li>
3081           <li>Non-positional features are now included in sequence
3082             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3083             visibility in tooltip).</li>
3084           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3085           <li>Added URL embedding instructions to features file
3086             documentation.</li>
3087           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3088             'X' in peptide product</li>
3089           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3090             sequence ID and sequence string and query strings do not
3091             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3092           <li>AMSA files only contain first column of
3093             multi-character column annotation labels</li>
3094           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3095             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3096             exported and re-imported)</li>
3097           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3098             name</li>
3099           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3100             as subsequence matches, and correctly reports total number
3101             of both.</li>
3102           <li>Application:
3103             <ul>
3104               <li>Better handling of exceptions during sequence
3105                 retrieval</li>
3106               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3107                 link text excludes the start_end suffix</li>
3108               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3109                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3110               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3111               <li>Sequence description lines properly shared via
3112                 VAMSAS</li>
3113               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3114                 data sources</li>
3115               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3116                 completes before alignment figures are generated.</li>
3117               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3118                 first time.</li>
3119               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3120                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3121               <li>User defined group colours properly recovered
3122                 from Jalview projects.</li>
3123             </ul>
3124           </li>
3125         </ul>
3126       </td>
3127
3128     </tr>
3129     <tr>
3130       <td>
3131         <div align="center">
3132           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3133         </div>
3134       </td>
3135       <td>
3136         <ul>
3137           <li>Experimental support for google analytics usage
3138             tracking.</li>
3139           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3140         </ul>
3141       </td>
3142       <td>
3143         <ul>
3144           <li>Race condition in applet preventing startup in
3145             jre1.6.0u12+.</li>
3146           <li>Exception when feature created from selection beyond
3147             length of sequence.</li>
3148           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3149           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3150             all sequences with a given id</li>
3151           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3152             ID string searches</li>
3153           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3154             alignment to fail with exception</li>
3155         </ul> <em>Application Issues</em>
3156         <ul>
3157           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3158           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3159             data sources</li>
3160         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3161         <ul>
3162           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3163             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3164           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3165             version (java class versioning error fixed)</li>
3166         </ul>
3167       </td>
3168     </tr>
3169     <tr>
3170       <td>
3171
3172         <div align="center">
3173           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3174         </div>
3175       </td>
3176       <td><em>User Interface</em>
3177         <ul>
3178           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3179             translation and protein products</li>
3180           <li>Linked highlighting of structure associated with
3181             residue mapping to codon position</li>
3182           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3183             and 'clear' button</li>
3184           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3185             Tools menu</li>
3186           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3187             numeric data in description line</li>
3188           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3189           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3190             of sequence</li>
3191         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3192         <ul>
3193           <li>JPred3 web service</li>
3194           <li>Prototype sequence search client (no public services
3195             available yet)</li>
3196           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3197             PFAM</li>
3198           <li>URL Links created for matching database cross
3199             references as well as sequence ID</li>
3200           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3201         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3202         <ul>
3203           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3204             databases</li>
3205           <li>Generalised database reference retrieval and
3206             validation to all fetchable databases</li>
3207           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3208             sequence command</li>
3209         </ul> <em>Import and Export</em>
3210         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3211         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3212           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3213         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3214           File</li>
3215         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3216           triplet as name of colourscheme</li>
3217         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3218         <ul>
3219           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3220           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3221             alignments (experimental)</li>
3222           <li>Create new or select existing session to join</li>
3223           <li>load and save of vamsas documents</li>
3224         </ul> <em>Application command line</em>
3225         <ul>
3226           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3227             from applet)</li>
3228           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3229             of DAS servers to query for alignment features</li>
3230           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3231             that are also automatically queried for features</li>
3232           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3233             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3234         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3235         <ul>
3236           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3237             application (when using &quot;View in full
3238             application&quot;)</li>
3239         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3240         <ul>
3241           <li>feature group display control parameter</li>
3242           <li>debug parameter</li>
3243           <li>showbutton parameter</li>
3244         </ul> <em>Applet API methods</em>
3245         <ul>
3246           <li>newView public method</li>
3247           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3248           <li>Feature display control methods</li>
3249           <li>get list of currently selected sequences</li>
3250         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3251         <ul>
3252           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3253           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3254             Jalview release.</li>
3255           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3256             property controls execution of obfuscator</li>
3257           <li>Build target for generating source distribution</li>
3258           <li>Debug flag for javacc</li>
3259           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3260             jalview.bin.Cache</li>
3261           <li>Continuous Build Integration for stable and
3262             development version of Application, Applet and source
3263             distribution</li>
3264         </ul></td>
3265       <td>
3266         <ul>
3267           <li>selected region output includes visible annotations
3268             (for certain formats)</li>
3269           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3270             for editing</li>
3271           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3272           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3273           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3274           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3275             comments</li>
3276           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3277             filenames containing a ':'</li>
3278           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3279             global sequence features</li>
3280           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3281             references from alignment sequences goes to zero</li>
3282           <li>Close of tree branch colour box without colour
3283             selection causes cascading exceptions</li>
3284           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3285           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3286             file parsing fails.</li>
3287           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3288           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3289             not a valid output format</li>
3290           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3291             vamsas</li>
3292           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3293           <li>error messages passed up and output when data read
3294             fails</li>
3295           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3296             sequence is edited</li>
3297           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3298             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3299           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3300             filetype</li>
3301           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3302             import fixed for PFAM records</li>
3303           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3304             window list</li>
3305           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3306             can be read and written correctly to annotation file</li>
3307           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3308             correctly</li>
3309           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3310             non-italic font for representatives in Applet</li>
3311           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3312             Macs.</li>
3313           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3314             Applet)</li>
3315           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3316             due to null pointer exceptions</li>
3317           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3318             first column of alignment</li>
3319           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3320             July 2008</li>
3321           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3322             file is case-insensitive</li>
3323           <li>Sequence features read from Features file appended to
3324             all sequences with matching IDs</li>
3325           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3326             containing a sub-sequence</li>
3327           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3328           <li>feature and annotation file applet parameters
3329             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3330           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3331           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3332             splash-screen version check to complete</li>
3333           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3334             when passing them to the launchApp service</li>
3335           <li>display name and local features preserved in results
3336             retrieved from web service</li>
3337           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3338             sequence fetcher initialisation</li>
3339           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3340             dasobert DAS client</li>
3341           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3342             association</li>
3343           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3344             sequences
3345           </li>
3346         </ul>
3347       </td>
3348     </tr>
3349     <tr>
3350       <td>
3351         <div align="center">
3352           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3353         </div>
3354       </td>
3355       <td>
3356         <ul>
3357           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3358           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3359           <li>Slide sequences</li>
3360           <li>Edit sequence in place</li>
3361           <li>EMBL CDS features</li>
3362           <li>DAS Feature mapping</li>
3363           <li>Feature ordering</li>
3364           <li>Alignment Properties</li>
3365           <li>Annotation Scores</li>
3366           <li>Sort by scores</li>
3367           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3368         </ul>
3369       </td>
3370       <td>
3371         <ul>
3372           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3373           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3374           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3375           <li>Feature group display state in XML</li>
3376           <li>Feature ordering in XML</li>
3377           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3378           <li>Stockholm alignment properties</li>
3379           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3380           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3381           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3382           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3383         </ul>
3384       </td>
3385
3386     </tr>
3387     <tr>
3388       <td>
3389         <div align="center">
3390           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3391         </div>
3392       </td>
3393       <td>
3394         <ul>
3395           <li>Non standard characters can be read and displayed
3396           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3397             applet via textbox
3398           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3399             name &amp; description
3400           <li>Preference setting to display sequence name in
3401             italics
3402           <li>Annotation file format extended to allow
3403             Sequence_groups to be defined
3404           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3405             specified in preferences
3406           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3407             sequences
3408         </ul>
3409       </td>
3410       <td>
3411         <ul>
3412           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3413             installed
3414           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3415           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3416         </ul>
3417       </td>
3418     </tr>
3419     <tr>
3420       <td>
3421         <div align="center">
3422           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3423         </div>
3424       </td>
3425       <td>
3426         <ul>
3427           <li>Multiple views on alignment
3428           <li>Sequence feature editing
3429           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3430           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3431           <li>Background dependent text colour
3432           <li>Right align sequence ids
3433           <li>User-defined lower case residue colours
3434           <li>Format Menu
3435           <li>Select Menu
3436           <li>Menu item accelerator keys
3437           <li>Control-V pastes to current alignment
3438           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3439           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3440           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3441
3442           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3443         </ul>
3444       </td>
3445       <td>
3446         <ul>
3447           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3448           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3449             calculations
3450           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3451             edits
3452           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3453             of alignment)
3454           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3455
3456           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3457             display correctly
3458           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3459           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3460             analysis results
3461           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3462             &#8739;
3463           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3464           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3465           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3466
3467         </ul>
3468       </td>
3469     </tr>
3470     <tr>
3471       <td>
3472         <div align="center">
3473           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3474         </div>
3475       </td>
3476       <td>
3477         <ul>
3478           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3479         </ul>
3480       </td>
3481       <td>
3482         <ul>
3483           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3484             sequence id panel has been resized</li>
3485           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3486             rendered</li>
3487           <li>Annotation files with sequence references - all
3488             elements in file are relative to sequence position</li>
3489           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3490         </ul>
3491       </td>
3492     </tr>
3493     <tr>
3494       <td>
3495         <div align="center">
3496           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3497         </div>
3498       </td>
3499       <td>
3500         <ul>
3501           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3502           <li>DAS Feature fetching</li>
3503           <li>Hide sequences and columns</li>
3504           <li>Export Annotations and Features</li>
3505           <li>GFF file reading / writing</li>
3506           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3507             files</li>
3508           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3509           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3510           <li>Applet can launch the full application</li>
3511           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3512             required)</li>
3513           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3514           <li>Applet can load sequences from parameter
3515             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3516           </li>
3517         </ul>
3518       </td>
3519       <td>
3520         <ul>
3521           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3522           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3523           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3524         </ul>
3525       </td>
3526     </tr>
3527     <tr>
3528       <td>
3529         <div align="center">
3530           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3531         </div>
3532       </td>
3533       <td>
3534         <ul>
3535           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3536           <li>Choose to match case when searching</li>
3537           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3538             expand the visible width and height of the alignment</li>
3539         </ul>
3540       </td>
3541       <td>
3542         <ul>
3543           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3544         </ul>
3545       </td>
3546     </tr>
3547     <tr>
3548       <td>
3549         <div align="center">
3550           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3551         </div>
3552       </td>
3553       <td>&nbsp;</td>
3554       <td>
3555         <ul>
3556           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3557           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3558             value</li>
3559         </ul>
3560       </td>
3561     </tr>
3562     <tr>
3563       <td>
3564         <div align="center">
3565           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3566         </div>
3567       </td>
3568       <td>
3569         <ul>
3570           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3571           <li>Keyboard editing</li>
3572           <li>Create sequence features from searches</li>
3573           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3574             alignments</li>
3575           <li>Features file allows grouping of features</li>
3576           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3577           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3578           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3579         </ul>
3580       </td>
3581       <td>
3582         <ul>
3583           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3584           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3585             descriptions saved.</li>
3586         </ul>
3587       </td>
3588     </tr>
3589     <tr>
3590       <td>
3591         <div align="center">
3592           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3593         </div>
3594       </td>
3595       <td>
3596         <ul>
3597           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3598           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3599           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3600             name for file output</li>
3601           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3602           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3603             used for HTML form input</li>
3604         </ul>
3605       </td>
3606       <td>
3607         <ul>
3608           <li>HTML output writes groups and features</li>
3609           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3610           <li>File IO bugs</li>
3611         </ul>
3612       </td>
3613     </tr>
3614     <tr>
3615       <td>
3616         <div align="center">
3617           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3618         </div>
3619       </td>
3620       <td>
3621         <ul>
3622           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3623           <li>More options for PCA viewer</li>
3624         </ul>
3625       </td>
3626       <td>
3627         <ul>
3628           <li>GUI bugs resolved</li>
3629           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3630         </ul>
3631       </td>
3632     </tr>
3633     <tr>
3634       <td height="63">
3635         <div align="center">
3636           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3637         </div>
3638       </td>
3639       <td>
3640         <ul>
3641           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3642           <li>Jar files are executable</li>
3643           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3644         </ul>
3645       </td>
3646       <td>
3647         <ul>
3648           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3649           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3650           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3651         </ul>
3652       </td>
3653     </tr>
3654     <tr>
3655       <td>
3656         <div align="center">
3657           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3658         </div>
3659       </td>
3660       <td>
3661         <ul>
3662           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3663         </ul>
3664       </td>
3665       <td>
3666         <ul>
3667           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3668         </ul>
3669       </td>
3670     </tr>
3671     <tr>
3672       <td>
3673         <div align="center">
3674           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3675         </div>
3676       </td>
3677       <td>
3678         <ul>
3679           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3680             size</li>
3681         </ul>
3682       </td>
3683       <td>
3684         <ul>
3685           <li>Improved JPred client reliability</li>
3686           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3687         </ul>
3688       </td>
3689     </tr>
3690     <tr>
3691       <td>
3692         <div align="center">
3693           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3694         </div>
3695       </td>
3696       <td>
3697         <ul>
3698           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3699           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3700           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3701             to Colour Menu</li>
3702           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3703           <li>Unix users can set default web browser</li>
3704           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3705           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3706         </ul>
3707       </td>
3708       <td>
3709         <ul>
3710           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3711         </ul>
3712       </td>
3713     </tr>
3714     <tr>
3715       <td>
3716         <div align="center">
3717           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3718         </div>
3719       </td>
3720       <td>&nbsp;</td>
3721       <td>
3722         <ul>
3723           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3724             alignment order.</li>
3725         </ul>
3726       </td>
3727     </tr>
3728     <tr>
3729       <td>
3730         <div align="center">
3731           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3732         </div>
3733       </td>
3734       <td>
3735         <ul>
3736           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3737           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3738           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3739             annotations.</li>
3740           <li>Version and build date written to build properties
3741             file.</li>
3742           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3743             at launch of Jalview.</li>
3744         </ul>
3745       </td>
3746       <td>
3747         <ul>
3748           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3749           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3750           <li>Can remove groups one by one.</li>
3751           <li>Filechooser icons installed.</li>
3752           <li>Finder ignores return character when searching.
3753             Return key will initiate a search.<br>
3754           </li>
3755         </ul>
3756       </td>
3757     </tr>
3758     <tr>
3759       <td>
3760         <div align="center">
3761           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3762         </div>
3763       </td>
3764       <td>
3765         <ul>
3766           <li>New codebase</li>
3767         </ul>
3768       </td>
3769       <td>&nbsp;</td>
3770     </tr>
3771   </table>
3772   <p>&nbsp;</p>
3773 </body>
3774 </html>