help/html/releases.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Release History</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Release History</strong> </p>\r
   5 <table border="1">\r
   6   <tr> \r
   7     <td width="60" nowrap><div align="center"><em><strong>Release</strong></em></div></td>\r
   8     <td ><div align="center"><em><strong>New Features</strong></em></div></td>\r
   9     <td ><div align="center"><em><strong>Issues Resolved</strong></em></div></td>\r
  10   </tr>\r
  11   <tr> \r
  12     <td><div align="center"><strong>2.1</strong><br>\r
  13         21/8/06</div></td>\r
  14     <td><ul>\r
  15         <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>\r
  16         <li>DAS Feature fetching</li>\r
  17         <li>Hide sequences and columns</li>\r
  18         <li>Export Annotations and Features</li>\r
  19         <li>GFF file reading / writing</li>\r
  20         <li>Associate structures with sequences from local PDB files</li>\r
  21         <li>Add sequences to exisiting alignment</li>\r
  22         <li>Recently opened files / URL lists</li>\r
  23         <li>Applet can launch the full application</li>\r
  24         <li>Applet has transparency for features (Java 1.2 required)</li>\r
  25         <li>Applet has user defined colours parameter</li>\r
  26       </ul></td>\r
  27     <td><ul>\r
  28         <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>\r
  29         <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>\r
  30         <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>\r
  31       </ul></td>\r
  32   </tr>\r
  33   <tr> \r
  34     <td><div align="center"><strong>2.08.1</strong><br>\r
  35         2/5/06</div></td>\r
  36     <td><ul>\r
  37         <li>Change case of selected region from Popup menu</li>\r
  38         <li>Choose to match case when searching</li>\r
  39         <li>Middle mouse button and mouse movement can compress / expand the visible \r
  40           width and height of the alignment</li>\r
  41       </ul></td>\r
  42     <td><ul>\r
  43         <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>\r
  44       </ul></td>\r
  45   </tr>\r
  46   <tr> \r
  47     <td><div align="center"><strong>2.08b</strong><br>\r
  48         18/4/06</div></td>\r
  49     <td>&nbsp;</td>\r
  50     <td><ul>\r
  51         <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>\r
  52         <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct value</li>\r
  53       </ul></td>\r
  54   </tr>\r
  55   <tr> \r
  56     <td><div align="center"><strong>2.08</strong><br>\r
  57         10/4/06</div></td>\r
  58     <td><ul>\r
  59         <li>Editing can be locked to the selection area</li>\r
  60         <li>Keyboard editing</li>\r
  61         <li>Create sequence features from searches</li>\r
  62         <li>Precalculated annotations can be loaded onto alignments</li>\r
  63         <li>Features file allows grouping of features</li>\r
  64         <li>Annotation Colouring scheme added</li>\r
  65         <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>\r
  66         <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>\r
  67       </ul></td>\r
  68     <td><ul>\r
  69         <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>\r
  70         <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence descriptions saved. \r
  71         </li>\r
  72       </ul></td>\r
  73   </tr>\r
  74   <tr> \r
  75     <td><div align="center"><strong>2.07</strong><br>\r
  76         12/12/05</div></td>\r
  77     <td><ul>\r
  78         <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>\r
  79         <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>\r
  80         <li>Choose to output sequence start-end after sequence name for file output</li>\r
  81         <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>\r
  82         <li>Applet can read feature files, PDB files and can be used for HTML \r
  83           form input</li>\r
  84       </ul></td>\r
  85     <td><ul>\r
  86         <li>HTML output writes groups and features</li>\r
  87         <li>Group editing is Control and mouse click</li>\r
  88         <li>File IO bugs</li>\r
  89       </ul></td>\r
  90   </tr>\r
  91   <tr> \r
  92     <td><div align="center"><strong>2.06</strong><br>\r
  93         28/9/05</div></td>\r
  94     <td><ul>\r
  95         <li>View annotations in wrapped mode</li>\r
  96         <li>More options for PCA viewer</li>\r
  97       </ul></td>\r
  98     <td><ul>\r
  99         <li>GUI bugs resolved</li>\r
 100         <li>Runs with -nodisplay from command line</li>\r
 101       </ul></td>\r
 102   </tr>\r
 103   <tr> \r
 104     <td height="63"> <div align="center"><strong>2.05b</strong><br>\r
 105         15/9/05</div></td>\r
 106     <td><ul>\r
 107         <li>Choose EPS export as lineart or text</li>\r
 108         <li>Jar files are executable</li>\r
 109         <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>\r
 110       </ul></td>\r
 111     <td><ul>\r
 112         <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>\r
 113         <li>Overview window calculated more efficiently</li>\r
 114         <li>Several GUI bugs resolved</li>\r
 115       </ul></td>\r
 116   </tr>\r
 117   <tr> \r
 118     <td><div align="center"><strong>2.05</strong><br>\r
 119         30/8/05</div></td>\r
 120     <td><ul>\r
 121         <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>\r
 122       </ul></td>\r
 123     <td><ul>\r
 124         <li>Several GUI bugs resolved</li>\r
 125       </ul></td>\r
 126   </tr>\r
 127   <tr> \r
 128     <td><div align="center"><strong>2.04</strong><br>\r
 129         24/8/05</div></td>\r
 130     <td><ul>\r
 131         <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font size</li>\r
 132       </ul></td>\r
 133     <td><ul>\r
 134         <li>Improved JPred client reliability</li>\r
 135         <li>Improved loading of Jalview files</li>\r
 136       </ul></td>\r
 137   </tr>\r
 138   <tr> \r
 139     <td> <div align="center"><strong>2.03</strong><br>\r
 140         18/8/05</div></td>\r
 141     <td><ul>\r
 142         <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>\r
 143         <li>Multiple URL links from sequence ids</li>\r
 144         <li>User Defined Colours can have a scheme name and added to Colour Menu</li>\r
 145         <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>\r
 146         <li>Unix users can set default web browser</li>\r
 147         <li>Runs without GUI for batch processing</li>\r
 148         <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>\r
 149       </ul></td>\r
 150     <td><ul>\r
 151         <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>\r
 152       </ul></td>\r
 153   </tr>\r
 154   <tr> \r
 155     <td> <div align="center"><strong>2.02</strong><br>\r
 156         18/7/05</div></td>\r
 157     <td>&nbsp;</td>\r
 158     <td><ul>\r
 159         <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains alignment order.</li>\r
 160       </ul></td>\r
 161   </tr>\r
 162   <tr> \r
 163     <td><div align="center"><strong>2.01</strong><br>\r
 164         12/7/05</div></td>\r
 165     <td><ul>\r
 166         <li>Use delete key for deleting selection.</li>\r
 167         <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>\r
 168         <li>Help file updated to describe how to add alignment annotations.</li>\r
 169         <li>Version and build date written to build properties file.</li>\r
 170         <li>InstallAnywhere installation will check for updates at launch of Jalview.</li>\r
 171       </ul></td>\r
 172     <td><ul>\r
 173         <li>Delete gaps bug fixed.</li>\r
 174         <li>FileChooser sorts columns.</li>\r
 175         <li>Can remove groups one by one.</li>\r
 176         <li>Filechooser icons installed.</li>\r
 177         <li>Finder ignores return character when searching. Return key will initiate \r
 178           a search.<br>\r
 179         </li>\r
 180       </ul></td>\r
 181   </tr>\r
 182   <tr> \r
 183     <td> <div align="center"><strong>2.0</strong><br>\r
 184         20/6/05</div></td>\r
 185     <td ><ul>\r
 186         <li> New codebase</li>\r
 187       </ul></td>\r
 188     <td >&nbsp;</td>\r
 189   </tr>\r
 190 </table>\r
 191 <p>&nbsp;</p>\r
 192 </body>\r
 193 </html>\r