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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92           </ul>
  93           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
  94       </td>
  95       <td><div align="left">
  96           <em></em>
  97           <ul>
  98             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
  99             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 100             </li>
 101             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 102             </li>
 103             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 104             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 105             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 106             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 107             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 108             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 109            </ul>
 110           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 111            <ul>
 112             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 113           </ul>
 114       </td>
 115     </tr>
 116     <tr>
 117       <td width="60" nowrap>
 118         <div align="center">
 119           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 120             <em>2/10/2017</em></strong>
 121         </div>
 122       </td>
 123       <td><div align="left">
 124           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 125           <ul>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 128             </li>
 129             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 130             </li>
 131           </ul>
 132         </div></td>
 133       <td><div align="left">
 134         </div></td>
 135     </tr>
 136     <tr>
 137       <td width="60" nowrap>
 138         <div align="center">
 139           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 140             <em>7/9/2017</em></strong>
 141         </div>
 142       </td>
 143       <td><div align="left">
 144           <em></em>
 145           <ul>
 146             <li>
 147               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 148               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 149               white)
 150             </li>
 151             <li>
 152               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 153               Preferences
 154             </li>
 155             <li>
 156               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 157               in size and progress bar shown as higher resolution
 158               overview is recalculated
 159             </li>
 160
 161           </ul>
 162         </div></td>
 163       <td><div align="left">
 164           <em></em>
 165           <ul>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 168               column region row by row
 169             </li>
 170             <li>
 171               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 172               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 176               format setting is unticked
 177             </li>
 178             <li>
 179               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 180               if group has show boxes format setting unticked
 181             </li>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 184               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 185               include sequences and columns not currently displayed
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 189               assemblies are imported via CIF file
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 193               displayed when threshold or conservation colouring is also
 194               enabled.
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 198               server version
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 202               dragging a selected region off the visible region of the
 203               alignment
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 207               colourscheme to all groups in a view
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 211               initially after font size change using the Font chooser or
 212               middle-mouse zoom
 213             </li>
 214           </ul>
 215         </div></td>
 216     </tr>
 217     <tr>
 218       <td width="60" nowrap>
 219         <div align="center">
 220           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 221         </div>
 222       </td>
 223       <td><div align="left">
 224           <em>Calculations</em>
 225           <ul>
 226
 227             <li>
 228               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 229               ungapped positions in each column of the alignment.
 230             </li>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 233               a calculation dialog box
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 237               and memory efficiency (~30x faster)
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 241               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 242               and other calculations
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 246               files within the Jalview codebase
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 250               Similarity may have different topology due to increased
 251               precision
 252             </li>
 253           </ul>
 254           <em>Rendering</em>
 255           <ul>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 258               model for alignments and groups
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 262               scripts
 263             </li>
 264           </ul>
 265           <em>Overview</em>
 266           <ul>
 267             <li>
 268               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 269               with alignment and overview windows
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 273               overview
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 277               omitted in Overview
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 281               adjustment of visible position
 282             </li>
 283           </ul>
 284
 285           <em>Data import/export</em>
 286           <ul>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 289               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 293               annotation input/output via stockholm flatfile
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 297               extension when importing structure files without embedded
 298               names or PDB accessions
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 302               format sequence substitution matrices
 303             </li>
 304           </ul>
 305           <em>User Interface</em>
 306           <ul>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 309               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 310               the application.
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 314               via Overview or sequence motif search operations
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 318               opened by double clicking gaps within sequence feature
 319               extent
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 323               aligned positions were available to create a 3D structure
 324               superposition.
 325             </li>
 326           </ul>
 327           <em>3D Structure</em>
 328           <ul>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 331               coloured in linked structure views
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 335               file-based command exchange
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 339               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 340               structures are already available for sequences
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 344               the Jalview project rather than downloaded again when the
 345               project is reopened.
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 349               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 350               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 351                 Feature</strong>)
 352             </li>
 353           </ul>
 354           <em>Web Services</em>
 355           <ul>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 361               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 362               Analysis services
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 366               cross-references provided by identifiers.org and the
 367               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 368             </li>
 369           </ul>
 370
 371           <em>Scripting</em>
 372           <ul>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 375               identifying file formats (instead of String constants)
 376             </li>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 379               efficiency when counting all displayed features (not
 380               backwards compatible with 2.10.1)
 381             </li>
 382           </ul>
 383           <em>Example files</em>
 384           <ul>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 387               included in the example feature file
 388             </li>
 389           </ul>
 390           <em>Documentation</em>
 391           <ul>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 394               with the built-in Java help viewer
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 398               sequence description' option
 399             </li>
 400           </ul>
 401           <em>Test Suite</em>
 402           <ul>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 405               Uniprot REST Free Text Search Client
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 412               during tests
 413             </li>
 414           </ul>
 415         </div></td>
 416       <td><div align="left">
 417           <em>Calculations</em>
 418           <ul>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 421               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 422               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 423             </li>
 424             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 425               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 426               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 427               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 428               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 429               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 430               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 431               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 432               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 433               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 434               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 435               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 436               // for 2.10.1 mode <br />
 437               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 438               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 439                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 440                 calculations (not recommended)</em></li>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 443               scaling of branch lengths for trees computed using
 444               Sequence Feature Similarity.
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 448               generating output report when working with highly
 449               redundant alignments
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 453               right of selected region when gaps present on right-hand
 454               boundary
 455             </li>
 456           </ul>
 457           <em>User Interface</em>
 458           <ul>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 461               doesn't reselect a specific sequence's associated
 462               annotation after it was used for colouring a view
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 466               opened on a region of alignment without groups
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 470               of an alignment with overlapping groups
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 474               name and description match
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 478               hidden regions results in incorrect hidden regions
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 482               changing colour does not apply Conservation slider value
 483               to all groups
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 487               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 491               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 495               gaps before start of features
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 499               restored to UI when feature colour is edited
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 503               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 507               as graduate feature colour settings are modified via the
 508               dialog box
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 512               when a group defined on the alignment is resized
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 516               wrapped view result in positional status updates
 517             </li>
 518
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 521               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 525               alignment included gapped columns
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 529               widgets don't permanently disappear
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 533               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 534               T-Coffee column reliability scores)
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 538               sequence feature on gaps only
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 542               button from a Find inherit previously defined feature type
 543               rather than the Find query string
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 547               exporting tree calculated in Jalview
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 551               and then revealing them reorders sequences on the
 552               alignment
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 556               doesn't update to reflect available set of groups after
 557               interactively adding or modifying features
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 561               Linux
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 565               only excluded gaps in current sequence and ignored
 566               selection.
 567             </li>
 568           </ul>
 569           <em>Rendering</em>
 570           <ul>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 573               erratically when hidden rows or columns are present
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 577               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 578               sequence colouring
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 582               colour and group colour menu for protein alignments
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 586               reflect currently selected view or group's shading
 587               thresholds
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 591               when rendered on overview and structures when opacity at
 592               100%
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 596               overview when features overlaid on alignment
 597             </li>
 598           </ul>
 599           <em>Data import/export</em>
 600           <ul>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 603               load
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 607               added after a sequence was imported are not written to
 608               Stockholm File
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 612               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 616               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 620               with lightGray or darkGray via features file (but can
 621               specify lightgray)
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 625               when alignment view imported from project
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 629               structure and sequences extracted from structure files
 630               imported via URL and viewed in Jmol
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 634               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 635               the project is loaded and the structure viewed
 636             </li>
 637           </ul>
 638           <em>Web Services</em>
 639           <ul>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 642               release of Ensembl v.88
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 646               appear enabled in Preferences->Connections
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 650               removed from console output
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 654               Ensembl by Peptide ID
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 658               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 659               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 660               due to 'null' string rather than empty string used for
 661               residues with no corresponding PDB mapping).
 662             </li>
 663           </ul>
 664           <em>Application UI</em>
 665           <ul>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 668               menu
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 672               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 673               new documentation and tooltips added)
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 677               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 681               new features are added to alignment
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 685               changes to feature colours via the Amend features dialog
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 689               edit graduated feature colour via amend features dialog
 690               box
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 694               selection menu changes colours of alignment views
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 698               from alignment calculation workers after alignment has
 699               been closed
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 703               groups now 'Create Group'
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 707               Create/Undefine group doesn't always work
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 711               shown again after pressing 'Cancel'
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 715               adjusts start position in wrap mode
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 719               ambiguous amino acids
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 723               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 724               proteins
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 728               Defined' don't appear in Colours menu
 729             </li>
 730           </ul>
 731           <em>Applet</em>
 732           <ul>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 735               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 739               overview or linked structure view
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 743               work (since 2.8)
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 747               user-defined colourscheme doesn't restore original
 748               colourscheme
 749             </li>
 750           </ul>
 751           <em>Test Suite</em>
 752           <ul>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 755               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 759               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 760               problems with deep array comparison equality asserts in
 761               successive versions of TestNG
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 765               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 766             </li>
 767           </ul>
 768           <em>New Known Issues</em>
 769           <ul>
 770             <li>
 771               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 772               phase after a sequence motif find operation
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 776               containing just upper and lower case letters are
 777               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 781               reliably from eggnog Ortholog database
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 785               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 786               to mark columns containing highlighted regions.
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 790               doesn't always add secondary structure annotation.
 791             </li>
 792           </ul>
 793         </div>
 794     <tr>
 795       <td width="60" nowrap>
 796         <div align="center">
 797           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 798         </div>
 799       </td>
 800       <td><div align="left">
 801           <em>General</em>
 802           <ul>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 805               for all consensus calculations
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 809               3rd Oct 2016)
 810             </li>
 811             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 812               for 2016-2017</li>
 813           </ul>
 814           <em>Application</em>
 815           <ul>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 818               set of database cross-references, sorted alphabetically
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 822               from database cross references. Users with custom links
 823               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 824                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 828               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 829               Chimera session
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 833               the Chimera it is connected to is shut down
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 837               columns menu item to mark columns containing highlighted
 838               regions (e.g. from structure selections or results of a
 839               Find operation)
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 843               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 844               MSAviewer
 845             </li>
 846           </ul>
 847         </div></td>
 848       <td>
 849         <div align="left">
 850           <em>General</em>
 851           <ul>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 854               are not coloured or thresholded according to percent
 855               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 859               hydrophobic
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 863               threshold, amino acid properties)
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 867               reported as mapped to residues in a structure file in the
 868               View Mapping report
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 872               could be added multiple times to a sequence
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 876               bond features shown as two highlighted residues rather
 877               than a range in linked structure views, and treated
 878               correctly when selecting and computing trees from features
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 882               cross-references are matched to database name regardless
 883               of case
 884             </li>
 885
 886           </ul>
 887           <em>Application</em>
 888           <ul>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 891               names without regular expressions also offer links from
 892               Sequence ID
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 896               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 897               update Jalview configuration
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 901               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 905               files with similarly named sequences if dropped onto the
 906               alignment
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 910               entries where more chains exist in the PDB accession than
 911               are reported in the SIFTS file
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 915               the structure view when displayed with Chimera
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 919               panel's View->Show Chains submenu
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 923               work for wrapped alignment views
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 927               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 931               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 932               first annotation row
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 936               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 940               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 941             </li>
 942             <!-- JAL-2319 -->
 943             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 944             coordindate data
 945             </li>
 946           </ul>
 947           <!--           <em>New Known Issues</em>
 948           <ul>
 949             <li></li>
 950           </ul> -->
 951         </div>
 952       </td>
 953     </tr>
 954     <td width="60" nowrap>
 955       <div align="center">
 956         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 957           <em>25/10/2016</em></strong>
 958       </div>
 959     </td>
 960     <td><em>Application</em>
 961       <ul>
 962         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 963           view if structures already loaded</li>
 964         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 965           structure views</li>
 966       </ul></td>
 967     <td>
 968       <div align="left">
 969         <em>General</em>
 970         <ul>
 971           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 972             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 973           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 974             example sequences/projects/trees</li>
 975         </ul>
 976         <em>Application</em>
 977         <ul>
 978           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 979             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 980           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 981             without timeout for structures with multiple models or
 982             multiple sequences in alignment</li>
 983           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 984             PDB ID HEADER line</li>
 985           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 986             is performed</li>
 987           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 988             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 989           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 990           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 991             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 992             option</li>
 993           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 994             is created on the alignment</li>
 995           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 996             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 997             pop-up menu</li>
 998         </ul>
 999         <em>Build and deployment</em>
1000         <ul>
1001           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1002             tags</li>
1003         </ul>
1004         <em>New Known Issues</em>
1005         <ul>
1006           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1007             on Windows</li>
1008         </ul>
1009       </div>
1010     </td>
1011     </tr>
1012     <tr>
1013       <td width="60" nowrap>
1014         <div align="center">
1015           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1016         </div>
1017       </td>
1018       <td><em>General</em>
1019         <ul>
1020           <li>
1021             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1022           </li>
1023           <li>
1024             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1025             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1026             better PDB parsing.
1027           </li>
1028           <li>
1029             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1030             reference sequence
1031           </li>
1032           <li>
1033             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1034             mousing over sequence associated annotation
1035           </li>
1036           <li>
1037             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1038             for manual entry
1039           </li>
1040           <li>
1041             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1042             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1043             for each column
1044           </li>
1045           <li>
1046             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1047             showing or hiding columns containing a feature
1048           </li>
1049           <li>
1050             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1051             group and sequence associated annotation labels
1052           </li>
1053           <li>
1054             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1055             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1056             dialogs
1057           </li>
1058
1059         </ul> <em>Application</em>
1060         <ul>
1061           <li>
1062             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1063             gene/transcript view
1064           </li>
1065           <li>
1066             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1067             dialog
1068           </li>
1069           <li>
1070             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1071             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1072           </li>
1073           <li>
1074             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1075             Pfam sources to xfam.org
1076           </li>
1077           <li>
1078             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1079           </li>
1080           <li>
1081             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1082             over sequences in Jalview
1083           </li>
1084           <li>
1085             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1086             regions in ENA and EMBL
1087           </li>
1088           <li>
1089             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1090             for record retrieval via ENA rest API
1091           </li>
1092           <li>
1093             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1094             complement operator
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1098             groovy script execution
1099           </li>
1100           <li>
1101             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1102             alignment window's Calculate menu
1103           </li>
1104           <li>
1105             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1106             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1107           </li>
1108           <li>
1109             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1110             calculation workers from groovy scripts
1111           </li>
1112           <li>
1113             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1114             Jalview projects
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1118             associations are now saved/restored from project
1119           </li>
1120           <li>
1121             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1122             before sequence fetcher is opened
1123           </li>
1124           <li>
1125             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1126             database chooser opens a sequence fetcher
1127           </li>
1128           <li>
1129             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1130             the UniProt REST API
1131           </li>
1132           <li>
1133             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1134             the news reader opening
1135           </li>
1136           <li>
1137             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1138             querying stored in preferences
1139           </li>
1140           <li>
1141             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1142             search results
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1146           </li>
1147           <li>
1148             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1149             menu for nucleotide sequences
1150           </li>
1151           <li>
1152             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1153             and feature counts preserves alignment ordering (and
1154             debugged for complex feature sets).
1155           </li>
1156           <li>
1157             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1158             viewing structures with Jalview 2.10
1159           </li>
1160           <li>
1161             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1162             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1163             Ensembl Genomes REST API
1164           </li>
1165           <li>
1166             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1167             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1168             (Ensembl)
1169           </li>
1170           <li>
1171             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1172             sequences
1173           </li>
1174           <li>
1175             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1176             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1177             data from external database records.
1178           </li>
1179           <li>
1180             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1181             efficient recovery of sequence coding and alignment
1182             annotation relationships.
1183           </li>
1184         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1185         <ul>
1186           <li>
1187             -- JAL---
1188           </li>
1189         </ul> --></td>
1190       <td>
1191         <div align="left">
1192           <em>General</em>
1193           <ul>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1196               menu on OSX
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1200               includes graduated colourschemes
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1204               working with big alignments and lots of hidden columns
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1208               at right of alignment window
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1212               contents
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1216               for DNA alignments
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1220               based tree calculation
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1224               unconserved enabled for group on alignment
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1228               set as reference
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1232               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1233               annotation
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1237               hidden columns present
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1241               user created annotation added to alignment
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1245               '()' base pair annotation
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1249               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1250               Consensus
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1254               feature not working
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1258               beginning of sequence
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1262               entry 3a6s
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1266               from a tree when t-coffee scores are shown
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1270               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1274               some structures
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1278               to Clustal, PIR and PileUp output
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1282               not visible causes alignment window to repaint
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1286               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1287               scores associated with features and annotation rows
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1291               calculation should be case independent
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1295               columns
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1299               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1300               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1304               problems when reference sequence defined and 'show
1305               non-conserved' enabled
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1309               load even when Consensus calculation is disabled
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1313               alignment does nothing
1314             </li>
1315           </ul>
1316           <em>Application</em>
1317           <ul>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1320               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1321               yet fixed for El Capitan)
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1325               output when running on non-gb/us i18n platforms
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1329               hidden sequences as flat-file alignment
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1333               launching Chimera
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1337               (also hotfix for 2.9.0b2)
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1341               reference sequence defined
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1345               alignments and views when revealing hidden columns
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1349               view in a cDNA/Protein splitframe
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1353               sequence from project when only one sequence is
1354               represented
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1358               in Structure Chooser
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1362               structure consensus didn't refresh annotation panel
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1366               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1370               dialogs format columns correctly, don't display array
1371               data, sort columns according to type
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1375               file chooser is cancelled during an image export
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1379               sequence name containing special characters
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1383               case insensitive
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1387               formatting don't wrap
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1391               truncated so L looks like I in consensus annotation
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1395               currently displayed features for the current selection or
1396               view
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1400               after fetching cross-references, and restoring from
1401               project
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1405               followed in the structure viewer
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1409               splitframe not restored from project
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1413               trailing end of protein alignment in transcript/product
1414               splitview when pad-gaps not enabled by default
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1418               is case dependent
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1422               article has been read (reopened issue due to
1423               internationalisation problems)
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1427               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1428               cross-references
1429             </li>
1430
1431             <li>
1432               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1433               alignment as HTML
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1437               multiple structures are shown for one or more sequences.
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1441               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1442               is enabled.
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1446               specific PDB id for sequence
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1450               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1451               columns' is disabled.
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1455               selects lowest rather than highest resolution structures
1456               for each sequence
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1460               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1464               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1468               after clicking on it to create new annotation for a
1469               column.
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1473               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1474             </li>
1475             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1476             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1477           </ul>
1478           <em>Applet</em>
1479           <ul>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1482               hidden columns present before start of sequence
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1486               (JSON jars)
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1490               sequences are hidden in applet
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1494               deployment on examples pages.
1495             </li>
1496           </ul>
1497         </div>
1498       </td>
1499     </tr>
1500     <tr>
1501       <td width="60" nowrap>
1502         <div align="center">
1503           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1504             <em>16/10/2015</em></strong>
1505         </div>
1506       </td>
1507       <td><em>General</em>
1508         <ul>
1509           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1510             jars</li>
1511         </ul></td>
1512       <td>
1513         <div align="left">
1514           <em>Application</em>
1515           <ul>
1516             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1517               shown when tree is partitioned</li>
1518             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1519               multiple cDNA/Protein split views</li>
1520           </ul>
1521         </div>
1522       </td>
1523     </tr>
1524     <tr>
1525       <td width="60" nowrap>
1526         <div align="center">
1527           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1528             <em>8/10/2015</em></strong>
1529         </div>
1530       </td>
1531       <td><em>General</em>
1532         <ul>
1533           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1534             2.9</li>
1535         </ul> <em>Application</em>
1536         <ul>
1537           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1538           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1539           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1540         </ul> <em>Applet</em>
1541         <ul>
1542           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1543         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1544         <ul>
1545           <li>
1546             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1547             suite
1548           </li>
1549         </ul></td>
1550       <td>
1551         <div align="left">
1552           <em>General</em>
1553           <ul>
1554             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1555               incorrect when sequence start > 1</li>
1556             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1557               documentation</li>
1558             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1559             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1560               loading a features file containing HTML tags in feature
1561               description</li>
1562
1563           </ul>
1564           <em>Application</em>
1565           <ul>
1566             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1567               reimport</li>
1568             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1569               with 'trim retrieved sequences'</li>
1570             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1571               deleting selected columns</li>
1572             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1573               JNLP templates for webstart launch</li>
1574             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1575               unreleased structures for download or viewing</li>
1576             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1577               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1578             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1579               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1580             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1581               recovered from jalview project</li>
1582             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1583               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1584               alignment view</li>
1585             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1586               color schemes from BioJSON</li>
1587           </ul>
1588           <em>Applet</em>
1589           <ul>
1590             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1591               frame</li>
1592             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1593           </ul>
1594         </div>
1595       </td>
1596     </tr>
1597     <tr>
1598       <td><div align="center">
1599           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1600         </div></td>
1601       <td><em>General</em>
1602         <ul>
1603           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1604             alignments:
1605             <ul>
1606               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1607                 and DNA alignment views</li>
1608               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1609                 cDNA alignment views</li>
1610               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1611                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1612               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1613                 protein sequences</li>
1614             </ul>
1615           </li>
1616           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1617           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1618             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1619           <li>New alignment annotation file statements for
1620             reference sequences and marking hidden columns</li>
1621           <li>Reference sequence based alignment shading to
1622             highlight variation</li>
1623           <li>Select or hide columns according to alignment
1624             annotation</li>
1625           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1626           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1627             acid conservation row</li>
1628           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1629         </ul> <em>Application</em>
1630         <ul>
1631           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1632             <ul>
1633               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1634                 view with cDNA/Protein</li>
1635               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1636                 sequences are placed in the same alignment</li>
1637               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1638                 projects</li>
1639             </ul>
1640           </li>
1641
1642           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1643           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1644             Jalview windows</li>
1645
1646           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1647           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1648           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1649             be shown in VARNA</li>
1650
1651           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1652             as the active selected region</li>
1653
1654           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1655             similarity</li>
1656           <li>New Export options
1657             <ul>
1658               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1659                 region export in flat file generation</li>
1660
1661               <li>Export alignment views for display with the <a
1662                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1663
1664               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1665               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1666                 alignment figures to HTML</li>
1667           </li>
1668           <li>3D structure retrieval and display
1669             <ul>
1670               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1671                 Search API</li>
1672               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1673                 PDB structures for a sequence set</li>
1674             </ul>
1675           </li>
1676
1677           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1678             predictions</li>
1679           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1680             for one or a group of sequences</li>
1681           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1682             from the JPred4 web server</li>
1683           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1684             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1685             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1686           </li>
1687           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1688             VARNA 2D Structure'</li>
1689           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1690             Structure ..."</li>
1691
1692         </ul> <em>Applet</em>
1693         <ul>
1694           <li>New layout for applet example pages</li>
1695           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1696             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1697           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1698             Protein alignments</li>
1699         </ul> <em>Development and deployment</em>
1700         <ul>
1701           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1702           <li>Include installation type and git revision in build
1703             properties and console log output</li>
1704           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1705             storing BioJsMSA Templates</li>
1706           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1707         </ul></td>
1708       <td>
1709         <!-- <em>General</em>
1710         <ul>
1711         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1712         <ul>
1713           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1714           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1715           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1716             predictions are not highlighted in amber</li>
1717           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1718             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1719           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1720             associated structure views</li>
1721           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1722             width checkbox not enabled</li>
1723           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1724             creating user defined colours</li>
1725           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1726             mappings for just that viewer's sequences</li>
1727           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1728             multiple models in Chimera</li>
1729           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1730             over Jmol structure</li>
1731           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1732             output to text box</li>
1733           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1734             have incorrect sequence start/end</li>
1735           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1736             Jalview fails</li>
1737           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1738             work for nucleotide</li>
1739           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1740             to a grey/invisible alignment window</li>
1741           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1742             imports to different position</li>
1743           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1744             on some platforms</li>
1745           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1746             populated</li>
1747           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1748             console if Chimera has been opened</li>
1749           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1750           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1751             retrieved</li>
1752           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1753           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1754             either sequence shows on first structure</li>
1755           <li>'Show annotations' options should not make
1756             non-positional annotations visible</li>
1757           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1758             in right place after 'view flanking regions'</li>
1759           <li>File Save As type unset when current file format is
1760             unknown</li>
1761           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1762             projects</li>
1763           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1764             responsive</li>
1765           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1766             several views on same alignment</li>
1767           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1768           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1769             spaces</li>
1770         </ul> <em>Applet</em>
1771         <ul>
1772           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1773           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1774             descriptions containing angle brackets</li>
1775         </ul> <em>General</em>
1776         <ul>
1777           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1778             via jalview annotation file</li>
1779           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1780             with RNA secondary structure</li>
1781           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1782             translation doesn't work.</li>
1783           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1784           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1785             positions</li>
1786           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1787             choosing 1pt font</li>
1788           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1789             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1790             'h'</li>
1791           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1792             new feature</li>
1793           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1794             order dependent</li>
1795           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1796             sequences</li>
1797           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1798         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1799         <ul>
1800           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1801             www.jalview.org</li>
1802         </ul> <em>Application Known issues</em>
1803         <ul>
1804           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1805           <li>Misleading message appears after trying to delete
1806             solid column.</li>
1807           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1808             version launches</li>
1809           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1810             fails with a sequence mismatch</li>
1811           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1812             scrolling alignment to right</li>
1813           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1814             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1815           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1816             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1817           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1818             ultra-high resolution</li>
1819           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1820             quality and conservation</li>
1821           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1822             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1823         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1824         <ul>
1825           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1826           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1827             window is being resized</li>
1828
1829         </ul>
1830       </td>
1831     </tr>
1832     <tr>
1833       <td><div align="center">
1834           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1835         </div></td>
1836       <td><em>General</em>
1837         <ul>
1838           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1839             Certum.PL.</li>
1840           <li>Features and annotation preserved when performing
1841             pairwise alignment</li>
1842           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1843             imported/exported/displayed</li>
1844           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1845             protein secondary structure</li>
1846           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1847               post-hoc with 2.9 release</em>)
1848           </li>
1849
1850         </ul> <em>Application</em>
1851         <ul>
1852           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1853             with 3D structures</li>
1854           <li>Support for parsing RNAML</li>
1855           <li>Annotations menu for layout
1856             <ul>
1857               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1858               <li>place sequence annotation above/below alignment
1859                 annotation</li>
1860             </ul>
1861           <li>Output in Stockholm format</li>
1862           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1863             translation</li>
1864           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1865           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1866             shared between alignments</li>
1867           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1868             Jalview</li>
1869           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1870             all or current selection</li>
1871           <li>disorder and secondary structure predictions
1872             available as dataset annotation</li>
1873           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1874
1875
1876           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1877             alignments from Rfam</li>
1878           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1879
1880           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1881             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1882           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1883           <li>include installation type in build properties and
1884             console log output</li>
1885           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1886             annotation</li>
1887         </ul></td>
1888       <td>
1889         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1890         <ul>
1891           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1892             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1893           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1894             alignment</li>
1895           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1896           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1897           <li>Double click on sequence associated annotation
1898             selects only first column</li>
1899           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1900             leaves shown in tree</li>
1901           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1902             properly</li>
1903           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1904           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1905             screen and buttons not visible</li>
1906           <li>author list isn't updated if already written to
1907             Jalview properties</li>
1908           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1909             from database</li>
1910           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1911           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1912             browser search window</li>
1913           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1914             in feature settings dialog</li>
1915           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1916             desktop</li>
1917           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1918             pass validation</li>
1919           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1920             fit on screen</li>
1921           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1922             tooltip</li>
1923           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1924             defined user preset</li>
1925           <li>MSA web services warns user if they were launched
1926             with invalid input</li>
1927           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1928             Java 8</li>
1929           <li>
1930             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1931             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1932             created
1933           </li>
1934
1935         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1936         <ul>
1937         </ul> <em>General</em>
1938         <ul>
1939         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1940         <ul>
1941           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1942             memory allocation</li>
1943           <li>launchApp service doesn't automatically open
1944             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1945           <li>
1946             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1947             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1948             1.7_055 is available
1949           </li>
1950         </ul> <em>Application Known issues</em>
1951         <ul>
1952           <li>
1953             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1954             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1955             alignment to right
1956           </li>
1957           <li>
1958             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1959             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1960             with large number of ID
1961           </li>
1962           <li>
1963             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1964             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1965             start/end
1966           </li>
1967           <li>
1968             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1969             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1970             structure tracks are rearranged
1971           </li>
1972           <li>
1973             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1974             invalid rna structure positional highlighting does not
1975             highlight position of invalid base pairs
1976           </li>
1977           <li>
1978             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1979             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1980             project from alignment window file menu
1981           </li>
1982           <li>
1983             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1984             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1985             structures
1986           </li>
1987           <li>
1988             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1989             colour by RNA Helices not enabled when user created
1990             annotation added to alignment
1991           </li>
1992           <li>
1993             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1994             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1995           </li>
1996         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1997         <ul>
1998           <li>
1999             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2000             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2001           </li>
2002           <li>
2003             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2004             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2005           </li>
2006
2007           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2008             when selected</li>
2009         </ul>
2010       </td>
2011     </tr>
2012     <tr>
2013       <td><div align="center">
2014           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2015         </div></td>
2016       <td>
2017         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2018         <em>General</em>
2019         <ul>
2020           <li>Internationalisation of user interface (usually
2021             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2022           <li>Define/Undefine group on current selection with
2023             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2024           <li>Improved group creation/removal options in
2025             alignment/sequence Popup menu</li>
2026           <li>Sensible precision for symbol distribution
2027             percentages shown in logo tooltip.</li>
2028           <li>Annotation panel height set according to amount of
2029             annotation when alignment first opened</li>
2030         </ul> <em>Application</em>
2031         <ul>
2032           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2033             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2034           <li>Select columns containing particular features from
2035             Feature Settings dialog</li>
2036           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2037             sequences</li>
2038           <li>Update Jalview project format:
2039             <ul>
2040               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2041               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2042                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2043               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2044                 colouring</li>
2045             </ul>
2046           </li>
2047           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2048             (PAM250)</li>
2049           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2050             flanking regions for an alignment</li>
2051         </ul>
2052       </td>
2053       <td>
2054         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2055         <ul>
2056           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2057             running after job is cancelled</li>
2058           <li>cannot export features from alignments imported from
2059             Jalview/VAMSAS projects</li>
2060           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2061             float values</li>
2062           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2063             have 'display all symbols' flag set</li>
2064           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2065             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2066           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2067             Jalview</li>
2068           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2069             Lion/Webstart</li>
2070           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2071           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2072           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2073             alignment onto desktop</li>
2074           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2075             'extract scores' function</li>
2076           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2077             alignment window</li>
2078           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2079             performing IUPred disorder prediction</li>
2080           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2081             changing 'normalise logo' display setting</li>
2082           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2083             nothing matches query</li>
2084           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2085             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2086           </li>
2087           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2088             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2089           </li>
2090           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2091             Jalview's menu</li>
2092           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2093             'invalid literal/length code'</li>
2094           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2095             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2096           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2097             colourscheme</li>
2098
2099         </ul> <em>Applet</em>
2100         <ul>
2101           <li>Remove group option is shown even when selection is
2102             not a group</li>
2103           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2104             don't affect groups</li>
2105           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2106             colourscheme name</li>
2107           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2108             Annotation panel is not displayed</li>
2109           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2110             embedded windows</li>
2111         </ul> <em>Other</em>
2112         <ul>
2113           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2114             single sequence were not calculated</li>
2115           <li>annotation files that contain only groups imported as
2116             annotation and junk sequences</li>
2117           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2118             recognised as PFAM or BLC</li>
2119           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2120             doesn't affect background (2.8.0b1)
2121           <li></li>
2122           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2123           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2124             trailing gaps</li>
2125           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2126             registered correctly on import</li>
2127           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2128             certain alignments</li>
2129           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2130             existing annotation based 'use original colours'
2131             colourscheme loses original colours setting</li>
2132         </ul>
2133       </td>
2134     </tr>
2135     <tr>
2136       <td><div align="center">
2137           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2138             <em>30/1/2014</em></strong>
2139         </div></td>
2140       <td>
2141         <ul>
2142           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2143             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2144             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2145             open source project).
2146           </li>
2147           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2148           <li>Output in Stockholm format</li>
2149           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2150           <li>Export/import group and sequence associated line
2151             graph thresholds</li>
2152           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2153             ambiguity codes</li>
2154           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2155             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2156             works</li>
2157           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2158         </ul> <em>Other improvements</em>
2159         <ul>
2160           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2161           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2162             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2163           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2164             files</li>
2165           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2166           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2167             link but no description</li>
2168           <li>Select primary source when selecting authority in
2169             database fetcher GUI</li>
2170           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2171             Jalview</li>
2172           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2173         </ul>
2174       </td>
2175       <td>
2176         <ul>
2177           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2178             displayed</li>
2179           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2180             secondary structure annotation line</li>
2181           <li>Sequence database accessions not imported when
2182             fetching alignments from Rfam</li>
2183           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2184             identical IDs</li>
2185           <li>View all structures does not always superpose
2186             structures</li>
2187           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2188             reflect user or preset settings</li>
2189           <li>Null pointer exceptions for some services without
2190             presets or adjustable parameters</li>
2191           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2192             discover PDB xRefs</li>
2193           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2194             features with DAS</li>
2195           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2196             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2197           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2198             residue follows a gap</li>
2199           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2200             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2201           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2202             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2203           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2204             annotation already exists on alignment</li>
2205           <li>oninit javascript function should be called after
2206             initialisation completes</li>
2207           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2208             alignment window display</li>
2209           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2210           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2211             to annotation file</li>
2212           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2213             groups created</li>
2214           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2215             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2216           <li>Pressing return several times causes Number Format
2217             exceptions in keyboard mode</li>
2218           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2219             correct partitions for input data</li>
2220           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2221           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2222           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2223           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2224             mode</li>
2225           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2226             changes one row&#39;s threshold</li>
2227           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2228             doesn&#39;t open</li>
2229           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2230             quality histograms</li>
2231         </ul>
2232       </td>
2233     </tr>
2234     <tr>
2235       <td><div align="center">
2236           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2237         </div></td>
2238       <td><em>Application</em>
2239         <ul>
2240           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2241             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2242           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2243             preferences</li>
2244           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2245             in Jalview alignment window</li>
2246           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2247             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2248           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2249             RNA and ambiguity codes</li>
2250
2251           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2252           <li>Support fetching and database reference look up
2253             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2254             refs')</li>
2255           <li>Jalview project improvements
2256             <ul>
2257               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2258                 flag for annotation</li>
2259               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2260                 alignment</li>
2261               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2262                 Jalview project</li>
2263
2264             </ul>
2265           </li>
2266           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2267           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2268             running</li>
2269           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2270           <li>visual indication that web service results are still
2271             being retrieved from server</li>
2272           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2273             starts up for first time</li>
2274           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2275             services</li>
2276           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2277             client library</li>
2278           <li>Examples directory and Groovy library included in
2279             InstallAnywhere distribution</li>
2280         </ul> <em>Applet</em>
2281         <ul>
2282           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2283             visualization applet example</li>
2284         </ul> <em>General</em>
2285         <ul>
2286           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2287           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2288             defaults</li>
2289           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2290             calculation</li>
2291           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2292             matrices
2293           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2294             in HTML</li>
2295           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2296             structure contacts</li>
2297           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2298           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2299           <li>Parse sequence associated secondary structure
2300             information in Stockholm files</li>
2301           <li>HTML Export database accessions and annotation
2302             information presented in tooltip for sequences</li>
2303           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2304             style RNA alignment files</li>
2305           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2306             alignment</li>
2307           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2308             shade each sequence according to its associated alignment
2309             annotation</li>
2310           <li>New Jalview Logo</li>
2311         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2312         <ul>
2313           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2314           <li>New Website!</li>
2315         </ul></td>
2316       <td><em>Application</em>
2317         <ul>
2318           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2319             wsdbfetch REST service</li>
2320           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2321           <li>Filetype associations not installed for webstart
2322             launch</li>
2323           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2324             job execution in full once it is complete</li>
2325           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2326             uploaded via ali_file parameter</li>
2327           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2328           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2329           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2330             submitted for prediction</li>
2331           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2332             desktop window</li>
2333           <li>Putting fractional value into integer text box in
2334             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2335           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2336             windows 7</li>
2337           <li>View all structures fails with exception shown in
2338             structure view</li>
2339           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2340             escaped in a platform independent way</li>
2341           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2342             using proxy</li>
2343           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2344             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2345           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2346             failure when java web start temporary file caching is
2347             disabled</li>
2348           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2349             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2350           <li>Errors during processing of command line arguments
2351             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2352           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2353             DAS sources in sequence fetcher</li>
2354           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2355             dialog is shown</li>
2356           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2357           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2358           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2359           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2360             on OSX Mountain Lion</li>
2361           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2362             sequences with alignment annotation are pasted into the
2363             alignment</li>
2364           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2365             when loaded from Jalview project</li>
2366           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2367           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2368             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2369           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2370             associated with all views</li>
2371           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2372             annotation rows to new window</li>
2373         </ul> <em>Applet</em>
2374         <ul>
2375           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2376             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2377           <li>loading features via javascript API automatically
2378             enables feature display</li>
2379           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2380             work</li>
2381         </ul> <em>General</em>
2382         <ul>
2383           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2384           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2385             and then deselected</li>
2386           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2387           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2388             coloured with clustalx</li>
2389           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2390             exceptions and redraw errors</li>
2391           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2392             reconfigured view</li>
2393           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2394             colour</li>
2395           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2396             for lots of labels</li>
2397         </ul>
2398     </tr>
2399     <tr>
2400       <td>
2401         <div align="center">
2402           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2403         </div>
2404       </td>
2405       <td><em>Application</em>
2406         <ul>
2407           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2408           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2409           <li>View/alignment association menu to enable user to
2410             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2411             its colours/correspondences from</li>
2412           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2413           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2414             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2415           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2416           <li>Annotation row column label formatting attributes
2417             stored in project file</li>
2418           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2419             rows preserved in Jalview project file</li>
2420           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2421             saved using Desktop window menu</li>
2422           <li>Visual indication that command line arguments are
2423             still being processed</li>
2424           <li>Groovy script execution from URL</li>
2425           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2426             preferences</li>
2427           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2428             alignment with sequences that have high similarity and
2429             matching IDs</li>
2430           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2431           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2432             structures in same window</li>
2433           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2434           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2435             analysis function in its own submenu</li>
2436         </ul> <em>Applet</em>
2437         <ul>
2438           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2439             groups</li>
2440           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2441           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2442           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2443           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2444           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2445             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2446           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2447           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2448             parameters are treated as such</li>
2449           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2450             <ul>
2451               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2452               <li>Javascript callbacks for
2453                 <ul>
2454                   <li>Applet initialisation</li>
2455                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2456                 </ul>
2457               </li>
2458               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2459                 functions</li>
2460               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2461               <li>javascript structure viewer harness to pass
2462                 messages between Jmol and Jalview when running as
2463                 distinct applets</li>
2464               <li>sortBy method</li>
2465               <li>Set of applet and application examples shipped
2466                 with documentation</li>
2467               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2468                 javascript message exchange</li>
2469             </ul>
2470         </ul> <em>General</em>
2471         <ul>
2472           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2473             multiple alignments</li>
2474           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2475           <li>User configurable link to enable redirects to a
2476             www.Jalview.org mirror</li>
2477           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2478           <li>Configurable newline string when writing alignment
2479             and other flat files</li>
2480           <li>Allow alignment annotation description lines to
2481             contain html tags</li>
2482         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2483         <ul>
2484           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2485             examples</li>
2486           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2487             using a web service before displaying the result in the
2488             Jalview desktop</li>
2489           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2490           <li>Ant target to publish example html files with applet
2491             archive</li>
2492           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2493           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2494         </ul></td>
2495       <td><em>Application</em>
2496         <ul>
2497           <li>User defined colourscheme throws exception when
2498             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2499           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2500             dialog for valid filename/format</li>
2501           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2502           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2503             P37173</li>
2504           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2505             which sequence is to be associated with the file</li>
2506           <li>Find All raises null pointer exception when query
2507             only matches sequence IDs</li>
2508           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2509           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2510             2.4 cannot be loaded</li>
2511           <li>Filetype associations not installed for webstart
2512             launch</li>
2513           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2514             with sequences in different alignments do not get coloured
2515             by their associated sequence</li>
2516           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2517             not preserved when project is loaded</li>
2518           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2519             stored in Jalview project</li>
2520           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2521             Jalview project</li>
2522           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2523           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2524             by conservation</li>
2525           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2526             created on new view</li>
2527           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2528             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2529           <li>Alignment quality not updated after alignment
2530             annotation row is hidden then shown</li>
2531           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2532             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2533           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2534             properly</li>
2535           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2536             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2537           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2538           <li>Structures imported from file and saved in project
2539             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2540           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2541             job execution in full once it is complete</li>
2542         </ul> <em>Applet</em>
2543         <ul>
2544           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2545             annotation rows are displayed</li>
2546           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2547             codebase</li>
2548           <li>View follows highlighting does not work for positions
2549             in sequences</li>
2550           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2551           <li>Export features raises exception when no features
2552             exist</li>
2553           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2554             for javascript api is modified when separator string
2555             provided as parameter</li>
2556           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2557             alignment with no existing selection</li>
2558           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2559             to applet&#39;s codebase</li>
2560           <li>Status bar not updated after finished searching and
2561             search wraps around to first result</li>
2562           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2563             several Jalview applets causes race conditions and memory
2564             leaks</li>
2565           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2566             not sent from Jmol in applet</li>
2567           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2568             applet API fatally hang browser</li>
2569         </ul> <em>General</em>
2570         <ul>
2571           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2572             position with wrapped view and hidden regions</li>
2573           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2574             with/without hidden columns</li>
2575           <li>Sequence length given in alignment properties window
2576             is off by 1</li>
2577           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2578             import PDB like structure files</li>
2579           <li>Positional search results are only highlighted
2580             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2581           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2582           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2583             given sequence position</li>
2584           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2585             output</li>
2586           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2587             from nucleotide chains correctly</li>
2588           <li>Structure colours not updated when tree partition
2589             changed in alignment</li>
2590           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2591             parsed in interleaved stockholm</li>
2592           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2593             state</li>
2594           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2595             properly</li>
2596           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2597             properly associated with their pdb files</li>
2598         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2599         <ul>
2600           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2601             ApplyCopyright tool</li>
2602         </ul></td>
2603     </tr>
2604     <tr>
2605       <td>
2606         <div align="center">
2607           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2608         </div>
2609       </td>
2610       <td><em>Application</em>
2611         <ul>
2612           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2613             contact web services</li>
2614           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2615             service job window</li>
2616           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2617         </ul></td>
2618       <td>
2619         <ul>
2620           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2621             pir file emitted by Jalview</li>
2622           <li>Existing feature settings transferred to new
2623             alignment view created from cut'n'paste</li>
2624           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2625             parsing PDB files</li>
2626           <li>Consensus and conservation annotation rows
2627             occasionally become blank for all new windows</li>
2628           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2629             in wrapped view mode</li>
2630         </ul> <em>Application</em>
2631         <ul>
2632           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2633             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2634           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2635             parameter names</li>
2636           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2637             is down</li>
2638         </ul>
2639       </td>
2640     </tr>
2641     <tr>
2642       <td>
2643         <div align="center">
2644           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2645         </div>
2646       </td>
2647       <td><em>Application</em>
2648         <ul>
2649           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2650             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2651             (JABAWS)
2652           </li>
2653           <li>Web Services preference tab</li>
2654           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2655             preferences</li>
2656           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2657           <li>Superpose structures using associated sequence
2658             alignment</li>
2659           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2660             viewer</li>
2661         </ul> <em>Applet</em>
2662         <ul>
2663           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2664             link out mechanism</li>
2665         </ul> <em>Other</em>
2666         <ul>
2667           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2668             series 12</li>
2669           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2670             require Java 1.5</li>
2671           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2672             sequence annotation files</li>
2673           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2674             type colour specification</li>
2675           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2676             script to check if it being run in an interactive session or
2677             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2678         </ul></td>
2679       <td>
2680         <ul>
2681           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2682             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2683         </ul> <em>Application</em>
2684         <ul>
2685           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2686             selected Regions menu item</li>
2687           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2688             part of a valid accession ID</li>
2689           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2690             runs out of memory</li>
2691           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2692             analysis results</li>
2693           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2694             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2695           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2696         </ul> <em>Applet</em>
2697         <ul>
2698           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2699             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2700             defined.</li>
2701         </ul>
2702       </td>
2703     </tr>
2704     <tr>
2705       <td>
2706         <div align="center">
2707           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2708         </div>
2709       </td>
2710       <td></td>
2711       <td>
2712         <ul>
2713           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2714             sequence IDs</li>
2715           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2716             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2717           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2718             import correctly</li>
2719           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2720             number of columns are hidden</li>
2721           <li>annotation label popup menu not providing correct
2722             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2723             present</li>
2724           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2725             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2726           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2727             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2728
2729         </ul> <em>Applet</em>
2730         <ul>
2731           <li>annotation panel disappears when annotation is
2732             hidden/removed</li>
2733         </ul> <em>Application</em>
2734         <ul>
2735           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2736             alignment opened where annotation panel is visible but no
2737             annotations are present on alignment</li>
2738           <li>pasted region containing hidden columns is
2739             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2740           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2741             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2742           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2743             selected Rregions menu item.</li>
2744           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2745             'Un' or 'Non'conserved</li>
2746           <li>Sequence feature settings are being shared by
2747             multiple distinct alignments</li>
2748           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2749             changed</li>
2750           <li>double click on group annotation to select sequences
2751             does not propagate to associated trees</li>
2752           <li>Mac OSX specific issues:
2753             <ul>
2754               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2755                 window background</li>
2756               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2757                 name set correctly</li>
2758               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2759                 save feature colourscheme button</li>
2760             </ul>
2761           </li>
2762         </ul>
2763       </td>
2764     </tr>
2765     <tr>
2766
2767       <td>
2768         <div align="center">
2769           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2770         </div>
2771       </td>
2772       <td><em>New Capabilities</em>
2773         <ul>
2774           <li>URL links generated from description line for
2775             regular-expression based URL links (applet and application)
2776
2777           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2778             menu</li>
2779           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2780             structures</li>
2781           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2782             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2783           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2784             average score or total feature count for each sequence.</li>
2785           <li>Shading features by score or associated description</li>
2786           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2787             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2788           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2789             hide everything but the currently selected region.</li>
2790           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2791         </ul> <em>Application</em>
2792         <ul>
2793           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2794             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2795           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2796             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2797           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2798             database references and protein_name is parsed as
2799             description line (BioSapiens terms).</li>
2800           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2801             references in sequence ID tooltip from View menu in
2802             application.</li>
2803           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2804       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2805           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2806             conservation plots</li>
2807           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2808             and visualized as sequence logos</li>
2809           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2810             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2811           </li>
2812           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2813             when a new tree is opened.</li>
2814           <li>Jalview Java Console</li>
2815           <li>Better placement of desktop window when moving
2816             between different screens.</li>
2817           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2818             consensus annotation</li>
2819           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2820             Workflows</li>
2821           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2822             <ul>
2823               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2824                 used to preserve views, structures, and tree display
2825                 settings)</li>
2826               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2827                 command line</li>
2828               <li>Sharing of selected regions between views and
2829                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2830               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2831             </ul></li>
2832         </ul> <em>Applet</em>
2833         <ul>
2834           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2835           <li>New Parameters
2836             <ul>
2837               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2838                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2839                 opened.</li>
2840               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2841                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2842               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2843                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2844               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2845                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2846                 view</li>
2847               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2848                 increase the height or width of a cell in the alignment
2849                 grid relative to the current font size.</li>
2850             </ul>
2851           </li>
2852           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2853             tooltip</li>
2854         </ul> <em>Other</em>
2855         <ul>
2856           <li>Features format: graduated colour definitions and
2857             specification of feature scores</li>
2858           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2859             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2860             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2861           <li>XML formats extended to support graduated feature
2862             colourschemes, group associated annotation, and profile
2863             visualization settings.</li></td>
2864       <td>
2865         <ul>
2866           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2867             rather than description</li>
2868           <li>Non-positional features are now included in sequence
2869             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2870             visibility in tooltip).</li>
2871           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2872           <li>Added URL embedding instructions to features file
2873             documentation.</li>
2874           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2875             'X' in peptide product</li>
2876           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2877             sequence ID and sequence string and query strings do not
2878             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2879           <li>AMSA files only contain first column of
2880             multi-character column annotation labels</li>
2881           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2882             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2883             exported and re-imported)</li>
2884           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2885             name</li>
2886           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2887             as subsequence matches, and correctly reports total number
2888             of both.</li>
2889           <li>Application:
2890             <ul>
2891               <li>Better handling of exceptions during sequence
2892                 retrieval</li>
2893               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2894                 link text excludes the start_end suffix</li>
2895               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2896                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2897               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2898               <li>Sequence description lines properly shared via
2899                 VAMSAS</li>
2900               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2901                 data sources</li>
2902               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2903                 completes before alignment figures are generated.</li>
2904               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2905                 first time.</li>
2906               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2907                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2908               <li>User defined group colours properly recovered
2909                 from Jalview projects.</li>
2910             </ul>
2911           </li>
2912         </ul>
2913       </td>
2914
2915     </tr>
2916     <tr>
2917       <td>
2918         <div align="center">
2919           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2920         </div>
2921       </td>
2922       <td>
2923         <ul>
2924           <li>Experimental support for google analytics usage
2925             tracking.</li>
2926           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2927         </ul>
2928       </td>
2929       <td>
2930         <ul>
2931           <li>Race condition in applet preventing startup in
2932             jre1.6.0u12+.</li>
2933           <li>Exception when feature created from selection beyond
2934             length of sequence.</li>
2935           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2936           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2937             all sequences with a given id</li>
2938           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2939             ID string searches</li>
2940           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2941             alignment to fail with exception</li>
2942         </ul> <em>Application Issues</em>
2943         <ul>
2944           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2945           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2946             data sources</li>
2947         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2948         <ul>
2949           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2950             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2951           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2952             version (java class versioning error fixed)</li>
2953         </ul>
2954       </td>
2955     </tr>
2956     <tr>
2957       <td>
2958
2959         <div align="center">
2960           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2961         </div>
2962       </td>
2963       <td><em>User Interface</em>
2964         <ul>
2965           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2966             translation and protein products</li>
2967           <li>Linked highlighting of structure associated with
2968             residue mapping to codon position</li>
2969           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2970             and 'clear' button</li>
2971           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2972             Tools menu</li>
2973           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2974             numeric data in description line</li>
2975           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2976           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2977             of sequence</li>
2978         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2979         <ul>
2980           <li>JPred3 web service</li>
2981           <li>Prototype sequence search client (no public services
2982             available yet)</li>
2983           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2984             PFAM</li>
2985           <li>URL Links created for matching database cross
2986             references as well as sequence ID</li>
2987           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2988         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2989         <ul>
2990           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2991             databases</li>
2992           <li>Generalised database reference retrieval and
2993             validation to all fetchable databases</li>
2994           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2995             sequence command</li>
2996         </ul> <em>Import and Export</em>
2997         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2998         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2999           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3000         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3001           File</li>
3002         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3003           triplet as name of colourscheme</li>
3004         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3005         <ul>
3006           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3007           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3008             alignments (experimental)</li>
3009           <li>Create new or select existing session to join</li>
3010           <li>load and save of vamsas documents</li>
3011         </ul> <em>Application command line</em>
3012         <ul>
3013           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3014             from applet)</li>
3015           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3016             of DAS servers to query for alignment features</li>
3017           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3018             that are also automatically queried for features</li>
3019           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3020             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3021         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3022         <ul>
3023           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3024             application (when using &quot;View in full
3025             application&quot;)</li>
3026         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3027         <ul>
3028           <li>feature group display control parameter</li>
3029           <li>debug parameter</li>
3030           <li>showbutton parameter</li>
3031         </ul> <em>Applet API methods</em>
3032         <ul>
3033           <li>newView public method</li>
3034           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3035           <li>Feature display control methods</li>
3036           <li>get list of currently selected sequences</li>
3037         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3038         <ul>
3039           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3040           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3041             Jalview release.</li>
3042           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3043             property controls execution of obfuscator</li>
3044           <li>Build target for generating source distribution</li>
3045           <li>Debug flag for javacc</li>
3046           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3047             jalview.bin.Cache</li>
3048           <li>Continuous Build Integration for stable and
3049             development version of Application, Applet and source
3050             distribution</li>
3051         </ul></td>
3052       <td>
3053         <ul>
3054           <li>selected region output includes visible annotations
3055             (for certain formats)</li>
3056           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3057             for editing</li>
3058           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3059           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3060           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3061           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3062             comments</li>
3063           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3064             filenames containing a ':'</li>
3065           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3066             global sequence features</li>
3067           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3068             references from alignment sequences goes to zero</li>
3069           <li>Close of tree branch colour box without colour
3070             selection causes cascading exceptions</li>
3071           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3072           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3073             file parsing fails.</li>
3074           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3075           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3076             not a valid output format</li>
3077           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3078             vamsas</li>
3079           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3080           <li>error messages passed up and output when data read
3081             fails</li>
3082           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3083             sequence is edited</li>
3084           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3085             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3086           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3087             filetype</li>
3088           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3089             import fixed for PFAM records</li>
3090           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3091             window list</li>
3092           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3093             can be read and written correctly to annotation file</li>
3094           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3095             correctly</li>
3096           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3097             non-italic font for representatives in Applet</li>
3098           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3099             Macs.</li>
3100           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3101             Applet)</li>
3102           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3103             due to null pointer exceptions</li>
3104           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3105             first column of alignment</li>
3106           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3107             July 2008</li>
3108           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3109             file is case-insensitive</li>
3110           <li>Sequence features read from Features file appended to
3111             all sequences with matching IDs</li>
3112           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3113             containing a sub-sequence</li>
3114           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3115           <li>feature and annotation file applet parameters
3116             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3117           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3118           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3119             splash-screen version check to complete</li>
3120           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3121             when passing them to the launchApp service</li>
3122           <li>display name and local features preserved in results
3123             retrieved from web service</li>
3124           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3125             sequence fetcher initialisation</li>
3126           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3127             dasobert DAS client</li>
3128           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3129             association</li>
3130           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3131             sequences
3132           </li>
3133         </ul>
3134       </td>
3135     </tr>
3136     <tr>
3137       <td>
3138         <div align="center">
3139           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3140         </div>
3141       </td>
3142       <td>
3143         <ul>
3144           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3145           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3146           <li>Slide sequences</li>
3147           <li>Edit sequence in place</li>
3148           <li>EMBL CDS features</li>
3149           <li>DAS Feature mapping</li>
3150           <li>Feature ordering</li>
3151           <li>Alignment Properties</li>
3152           <li>Annotation Scores</li>
3153           <li>Sort by scores</li>
3154           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3155         </ul>
3156       </td>
3157       <td>
3158         <ul>
3159           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3160           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3161           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3162           <li>Feature group display state in XML</li>
3163           <li>Feature ordering in XML</li>
3164           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3165           <li>Stockholm alignment properties</li>
3166           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3167           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3168           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3169           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3170         </ul>
3171       </td>
3172
3173     </tr>
3174     <tr>
3175       <td>
3176         <div align="center">
3177           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3178         </div>
3179       </td>
3180       <td>
3181         <ul>
3182           <li>Non standard characters can be read and displayed
3183           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3184             applet via textbox
3185           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3186             name &amp; description
3187           <li>Preference setting to display sequence name in
3188             italics
3189           <li>Annotation file format extended to allow
3190             Sequence_groups to be defined
3191           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3192             specified in preferences
3193           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3194             sequences
3195         </ul>
3196       </td>
3197       <td>
3198         <ul>
3199           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3200             installed
3201           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3202           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3203         </ul>
3204       </td>
3205     </tr>
3206     <tr>
3207       <td>
3208         <div align="center">
3209           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3210         </div>
3211       </td>
3212       <td>
3213         <ul>
3214           <li>Multiple views on alignment
3215           <li>Sequence feature editing
3216           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3217           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3218           <li>Background dependent text colour
3219           <li>Right align sequence ids
3220           <li>User-defined lower case residue colours
3221           <li>Format Menu
3222           <li>Select Menu
3223           <li>Menu item accelerator keys
3224           <li>Control-V pastes to current alignment
3225           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3226           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3227           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3228
3229           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3230         </ul>
3231       </td>
3232       <td>
3233         <ul>
3234           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3235           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3236             calculations
3237           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3238             edits
3239           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3240             of alignment)
3241           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3242
3243           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3244             display correctly
3245           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3246           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3247             analysis results
3248           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3249             &#8739;
3250           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3251           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3252           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3253
3254         </ul>
3255       </td>
3256     </tr>
3257     <tr>
3258       <td>
3259         <div align="center">
3260           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3261         </div>
3262       </td>
3263       <td>
3264         <ul>
3265           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3266         </ul>
3267       </td>
3268       <td>
3269         <ul>
3270           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3271             sequence id panel has been resized</li>
3272           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3273             rendered</li>
3274           <li>Annotation files with sequence references - all
3275             elements in file are relative to sequence position</li>
3276           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3277         </ul>
3278       </td>
3279     </tr>
3280     <tr>
3281       <td>
3282         <div align="center">
3283           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3284         </div>
3285       </td>
3286       <td>
3287         <ul>
3288           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3289           <li>DAS Feature fetching</li>
3290           <li>Hide sequences and columns</li>
3291           <li>Export Annotations and Features</li>
3292           <li>GFF file reading / writing</li>
3293           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3294             files</li>
3295           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3296           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3297           <li>Applet can launch the full application</li>
3298           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3299             required)</li>
3300           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3301           <li>Applet can load sequences from parameter
3302             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3303           </li>
3304         </ul>
3305       </td>
3306       <td>
3307         <ul>
3308           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3309           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3310           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3311         </ul>
3312       </td>
3313     </tr>
3314     <tr>
3315       <td>
3316         <div align="center">
3317           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3318         </div>
3319       </td>
3320       <td>
3321         <ul>
3322           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3323           <li>Choose to match case when searching</li>
3324           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3325             expand the visible width and height of the alignment</li>
3326         </ul>
3327       </td>
3328       <td>
3329         <ul>
3330           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3331         </ul>
3332       </td>
3333     </tr>
3334     <tr>
3335       <td>
3336         <div align="center">
3337           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3338         </div>
3339       </td>
3340       <td>&nbsp;</td>
3341       <td>
3342         <ul>
3343           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3344           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3345             value</li>
3346         </ul>
3347       </td>
3348     </tr>
3349     <tr>
3350       <td>
3351         <div align="center">
3352           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3353         </div>
3354       </td>
3355       <td>
3356         <ul>
3357           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3358           <li>Keyboard editing</li>
3359           <li>Create sequence features from searches</li>
3360           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3361             alignments</li>
3362           <li>Features file allows grouping of features</li>
3363           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3364           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3365           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3366         </ul>
3367       </td>
3368       <td>
3369         <ul>
3370           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3371           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3372             descriptions saved.</li>
3373         </ul>
3374       </td>
3375     </tr>
3376     <tr>
3377       <td>
3378         <div align="center">
3379           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3380         </div>
3381       </td>
3382       <td>
3383         <ul>
3384           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3385           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3386           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3387             name for file output</li>
3388           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3389           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3390             used for HTML form input</li>
3391         </ul>
3392       </td>
3393       <td>
3394         <ul>
3395           <li>HTML output writes groups and features</li>
3396           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3397           <li>File IO bugs</li>
3398         </ul>
3399       </td>
3400     </tr>
3401     <tr>
3402       <td>
3403         <div align="center">
3404           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3405         </div>
3406       </td>
3407       <td>
3408         <ul>
3409           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3410           <li>More options for PCA viewer</li>
3411         </ul>
3412       </td>
3413       <td>
3414         <ul>
3415           <li>GUI bugs resolved</li>
3416           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3417         </ul>
3418       </td>
3419     </tr>
3420     <tr>
3421       <td height="63">
3422         <div align="center">
3423           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3424         </div>
3425       </td>
3426       <td>
3427         <ul>
3428           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3429           <li>Jar files are executable</li>
3430           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3431         </ul>
3432       </td>
3433       <td>
3434         <ul>
3435           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3436           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3437           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3438         </ul>
3439       </td>
3440     </tr>
3441     <tr>
3442       <td>
3443         <div align="center">
3444           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3445         </div>
3446       </td>
3447       <td>
3448         <ul>
3449           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3450         </ul>
3451       </td>
3452       <td>
3453         <ul>
3454           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3455         </ul>
3456       </td>
3457     </tr>
3458     <tr>
3459       <td>
3460         <div align="center">
3461           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3462         </div>
3463       </td>
3464       <td>
3465         <ul>
3466           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3467             size</li>
3468         </ul>
3469       </td>
3470       <td>
3471         <ul>
3472           <li>Improved JPred client reliability</li>
3473           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3474         </ul>
3475       </td>
3476     </tr>
3477     <tr>
3478       <td>
3479         <div align="center">
3480           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3481         </div>
3482       </td>
3483       <td>
3484         <ul>
3485           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3486           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3487           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3488             to Colour Menu</li>
3489           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3490           <li>Unix users can set default web browser</li>
3491           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3492           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3493         </ul>
3494       </td>
3495       <td>
3496         <ul>
3497           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3498         </ul>
3499       </td>
3500     </tr>
3501     <tr>
3502       <td>
3503         <div align="center">
3504           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3505         </div>
3506       </td>
3507       <td>&nbsp;</td>
3508       <td>
3509         <ul>
3510           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3511             alignment order.</li>
3512         </ul>
3513       </td>
3514     </tr>
3515     <tr>
3516       <td>
3517         <div align="center">
3518           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3519         </div>
3520       </td>
3521       <td>
3522         <ul>
3523           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3524           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3525           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3526             annotations.</li>
3527           <li>Version and build date written to build properties
3528             file.</li>
3529           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3530             at launch of Jalview.</li>
3531         </ul>
3532       </td>
3533       <td>
3534         <ul>
3535           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3536           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3537           <li>Can remove groups one by one.</li>
3538           <li>Filechooser icons installed.</li>
3539           <li>Finder ignores return character when searching.
3540             Return key will initiate a search.<br>
3541           </li>
3542         </ul>
3543       </td>
3544     </tr>
3545     <tr>
3546       <td>
3547         <div align="center">
3548           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3549         </div>
3550       </td>
3551       <td>
3552         <ul>
3553           <li>New codebase</li>
3554         </ul>
3555       </td>
3556       <td>&nbsp;</td>
3557     </tr>
3558   </table>
3559   <p>&nbsp;</p>
3560 </body>
3561 </html>