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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>8/8/2017</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em>General</em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
  81               and memory efficiency (~30x faster)
  82             </li>
  83             <li>
  84               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
  85               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
  86               and other calculations
  87               <ul>
  88                 <li>
  89                   <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
  90                   files within the Jalview codebase
  91                 <li>
  92                   <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
  93                   Similarity may have different topology due to
  94                   increased precision
  95                 </li>
  96               </ul>
  97             </li>
  98             <li>
  99               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 100               model for alignments and groups
 101             </li>
 102             <li>
 103               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 104               scripts
 105             </li>
 106             <li>
 107               <!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views
 108               via Overview or sequence motif search operations
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 112               with alignment and overview windows
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 116               omitted in Overview
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 120               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 124               extension when importing structure files without embedded
 125               names or PDB accessions
 126             </li>
 127             <li>
 128               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 129               opened by double clicking gaps within sequence feature
 130               extent
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 134               included in the example feature file
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 138               ungapped positions in each column of the alignment.
 139             </li>
 140           </ul>
 141           <em>Application</em>
 142           <ul>
 143             <li>
 144               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 145               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 146               the application.
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when
 150               there are not enough columns to superimpose structures in
 151               Chimera
 152             </li>
 153             <li>
 154               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 155               file-based command exchange
 156             </li>
 157             <li>
 158               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 159               cross-references provided by identifiers.org and the
 160               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 161             </li>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 164             </li>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 167               format sequence substitution matrices
 168             </li>
 169             <li>
 170             <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows Cached Structures rather than querying the PDBe if structures are already available for sequences
 171             </li>
 172           </ul>
 173           <em>Experimental features</em>
 174           <ul>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 177               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 178               features, and vice-versa.
 179             </li>
 180           </ul>
 181           <em>Applet</em>
 182           <ul>
 183             <li>
 184               <!--  -->
 185             </li>
 186           </ul>
 187           <em>Test Suite</em>
 188           <ul>
 189             <li>
 190               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 194               during tests
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!--  --> <em>Scripting</em>
 198               <ul>
 199                 <li>
 200                   <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing
 201                   and identifying file formats (instead of String
 202                   constants)
 203                 </li>
 204                 <li>
 205                   <!-- JAL- -->
 206                 </li>
 207
 208
 209               </ul>
 210           </ul>
 211         </div></td>
 212       <td><div align="left">
 213           <em>General</em>
 214           <ul>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 217               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 218               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 222               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 223               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 224               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 225               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 226               non-gaps - so different costs were applied, which meant
 227               Jalview's PCAs were different to those produced by
 228               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 229               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 230               behaviour<br />
 231               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 232               2.10.1 mode<br />
 233               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 234               restore 2.10.2 mode
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 238               doesn't reselect a specific sequence's associated
 239               annotation after it was used for colouring a view
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 243               coloured in linked structure views
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 247               opened on a region of alignment without groups
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 251               of an alignment with overlapping groups
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 255               name and description match
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 259               hidden regions results in incorrect hidden regions
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 263               generating output report when working with highly
 264               redundant alignments
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with
 268               lightGray or darkGray via features file
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 272               erratically when hidden rows or columns are present
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 276               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 277               sequence colouring
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 281               colour and group colour menu for protein alignments
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 285               changing colour does not apply Conservation slider value
 286               to all groups
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 290               reflect currently selected view or group's shading
 291               thresholds
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 295               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 299               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 303               gaps before start of features
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 307               load
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 311               restored to UI when feature colour is edited
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 315               when rendered on overview and structures when opacity at
 316               100%
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 320               as graduate feature colour settings are modified via the
 321               dialog box
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 325               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 329               when a group defined on the alignment is resized
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 333               wrapped view result in positional status updates
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2563 -->Status bar shows position for ambiguous
 337               amino acid and nucleotide symbols
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 341               alignment included gapped columns
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 345               overview when features overlaid on alignment
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL- -->
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL- -->
 352             </li>
 353             <li>
 354               <!-- JAL- -->
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL- -->
 358             </li>
 359           </ul>
 360           <strong>Documentation</strong>
 361           <ul>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readibility
 364               with the built-in Java help viewer
 365             </li>
 366           </ul>
 367           <em>Application</em>
 368           <ul>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 371               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 372               new documentation and tooltips added)
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 376               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 380               new features are added to alignment
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 384               selection menu changes colours of alignment views
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 388               appear enabled in Preferences->Connections
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 392               from alignment calculation workers after alignment has
 393               been closed
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 397               groups now 'Create Group'
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 401               Create/Undefine group doesn't always work
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 405               shown again after pressing 'Cancel'
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 409               removed from console output
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 413               when alignment view imported from project
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-2465 -->No mappings generated between structure
 417               and sequences extracted from structure files imported via
 418               URL
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 422               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 423               the project is loaded and the structure viewed
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 427               adjusts start position in wrap mode
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 431               ambiguous amino acids
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp menu excludes
 435               gaps in selection, current sequence and only within
 436               selected columns
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 440               Ensembl by Peptide ID
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 444               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 445               proteins
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus not shown
 449             </li>
 450
 451
 452           </ul>
 453           <em>Applet</em>
 454           <ul>
 455             <li>
 456               <!-- JAL- -->
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 460               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 464               overview or linked structure view
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 468               work (since 2.8)
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 472               user-defined colourscheme doesn't restore original
 473               colourscheme
 474             </li>
 475           </ul>
 476           <em>New Known Issues</em>
 477           <ul>
 478             <li>
 479               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 480               phase after a sequence motif find operation
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 484               containing just upper and lower case letters are
 485               interpreted as WUSS rna secondary structure symbols
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2590 -->Cannot load Newick trees from eggnog
 489               ortholog database
 490             </li>
 491           </ul>
 492           <em>Test Suite</em>
 493           <ul>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 496               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL- -->
 500             </li>
 501           </ul>
 502         </div>
 503     <tr>
 504       <td width="60" nowrap>
 505         <div align="center">
 506           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 507         </div>
 508       </td>
 509       <td><div align="left">
 510           <em>General</em>
 511           <ul>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 514               for all consensus calculations
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 518               3rd Oct 2016)
 519             </li>
 520             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 521               for 2016-2017</li>
 522           </ul>
 523           <em>Application</em>
 524           <ul>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 527               set of database cross-references, sorted alphabetically
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 531               from database cross references. Users with custom links
 532               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 533                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 537               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 538               Chimera session
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 542               the Chimera it is connected to is shut down
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 546               columns menu item to mark columns containing highlighted
 547               regions (e.g. from structure selections or results of a
 548               Find operation)
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 552               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 553               MSAviewer
 554             </li>
 555           </ul>
 556         </div></td>
 557       <td>
 558         <div align="left">
 559           <em>General</em>
 560           <ul>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 563               are not coloured or thresholded according to percent
 564               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 568               hydrophobic
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 572               threshold, amino acid properties)
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 576               reported as mapped to residues in a structure file in the
 577               View Mapping report
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 581               could be added multiple times to a sequence
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 585               bond features shown as two highlighted residues rather
 586               than a range in linked structure views, and treated
 587               correctly when selecting and computing trees from features
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 591               cross-references are matched to database name regardless
 592               of case
 593             </li>
 594
 595           </ul>
 596           <em>Application</em>
 597           <ul>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 600               names without regular expressions also offer links from
 601               Sequence ID
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 605               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 606               update Jalview configuration
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 610               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 614               files with similarly named sequences if dropped onto the
 615               alignment
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 619               entries where more chains exist in the PDB accession than
 620               are reported in the SIFTS file
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 624               the structure view when displayed with Chimera
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 628               panel's View->Show Chains submenu
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 632               work for wrapped alignment views
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 636               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 640               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 641               first annotation row
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 645               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 649               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 650             </li>
 651             <!-- JAL-2319 -->
 652             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 653             coordindate data
 654             </li>
 655           </ul>
 656           <!--           <em>New Known Issues</em>
 657           <ul>
 658             <li></li>
 659           </ul> -->
 660         </div>
 661       </td>
 662     </tr>
 663     <td width="60" nowrap>
 664       <div align="center">
 665         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 666           <em>25/10/2016</em></strong>
 667       </div>
 668     </td>
 669     <td><em>Application</em>
 670       <ul>
 671         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 672           view if structures already loaded</li>
 673         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 674           structure views</li>
 675       </ul></td>
 676     <td>
 677       <div align="left">
 678         <em>General</em>
 679         <ul>
 680           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 681             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 682           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 683             example sequences/projects/trees</li>
 684         </ul>
 685         <em>Application</em>
 686         <ul>
 687           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 688             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 689           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 690             without timeout for structures with multiple models or
 691             multiple sequences in alignment</li>
 692           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 693             PDB ID HEADER line</li>
 694           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 695             is performed</li>
 696           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 697             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 698           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 699           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 700             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 701             option</li>
 702           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 703             is created on the alignment</li>
 704           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 705             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 706             pop-up menu</li>
 707         </ul>
 708         <em>Build and deployment</em>
 709         <ul>
 710           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 711             tags</li>
 712         </ul>
 713         <em>New Known Issues</em>
 714         <ul>
 715           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 716             on Windows</li>
 717         </ul>
 718       </div>
 719     </td>
 720     </tr>
 721     <tr>
 722       <td width="60" nowrap>
 723         <div align="center">
 724           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 725         </div>
 726       </td>
 727       <td><em>General</em>
 728         <ul>
 729           <li>
 730             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 731           </li>
 732           <li>
 733             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 734             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 735             better PDB parsing.
 736           </li>
 737           <li>
 738             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 739             reference sequence
 740           </li>
 741           <li>
 742             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 743             mousing over sequence associated annotation
 744           </li>
 745           <li>
 746             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 747             for manual entry
 748           </li>
 749           <li>
 750             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 751             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 752             for each column
 753           </li>
 754           <li>
 755             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 756             showing or hiding columns containing a feature
 757           </li>
 758           <li>
 759             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 760             group and sequence associated annotation labels
 761           </li>
 762           <li>
 763             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 764             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 765             dialogs
 766           </li>
 767
 768         </ul> <em>Application</em>
 769         <ul>
 770           <li>
 771             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 772             gene/transcript view
 773           </li>
 774           <li>
 775             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 776             dialog
 777           </li>
 778           <li>
 779             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 780             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 781           </li>
 782           <li>
 783             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 784             Pfam sources to xfam.org
 785           </li>
 786           <li>
 787             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 788           </li>
 789           <li>
 790             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 791             over sequences in Jalview
 792           </li>
 793           <li>
 794             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 795             regions in ENA and EMBL
 796           </li>
 797           <li>
 798             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 799             for record retrieval via ENA rest API
 800           </li>
 801           <li>
 802             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 803             complement operator
 804           </li>
 805           <li>
 806             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 807             groovy script execution
 808           </li>
 809           <li>
 810             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 811             alignment window's Calculate menu
 812           </li>
 813           <li>
 814             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 815             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 816           </li>
 817           <li>
 818             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 819             calculation workers from groovy scripts
 820           </li>
 821           <li>
 822             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 823             Jalview projects
 824           </li>
 825           <li>
 826             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 827             associations are now saved/restored from project
 828           </li>
 829           <li>
 830             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 831             before sequence fetcher is opened
 832           </li>
 833           <li>
 834             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 835             database chooser opens a sequence fetcher
 836           </li>
 837           <li>
 838             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 839             the UniProt REST API
 840           </li>
 841           <li>
 842             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 843             the news reader opening
 844           </li>
 845           <li>
 846             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 847             querying stored in preferences
 848           </li>
 849           <li>
 850             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 851             search results
 852           </li>
 853           <li>
 854             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 855           </li>
 856           <li>
 857             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 858             menu for nucleotide sequences
 859           </li>
 860           <li>
 861             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 862             and feature counts preserves alignment ordering (and
 863             debugged for complex feature sets).
 864           </li>
 865           <li>
 866             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 867             viewing structures with Jalview 2.10
 868           </li>
 869           <li>
 870             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 871             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 872             Ensembl Genomes REST API
 873           </li>
 874           <li>
 875             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 876             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 877             (Ensembl)
 878           </li>
 879           <li>
 880             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 881             sequences
 882           </li>
 883           <li>
 884             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 885             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 886             data from external database records.
 887           </li>
 888           <li>
 889             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 890             efficient recovery of sequence coding and alignment
 891             annotation relationships.
 892           </li>
 893         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 894         <ul>
 895           <li>
 896             -- JAL---
 897           </li>
 898         </ul> --></td>
 899       <td>
 900         <div align="left">
 901           <em>General</em>
 902           <ul>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 905               menu on OSX
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 909               includes graduated colourschemes
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 913               working with big alignments and lots of hidden columns
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 917               at right of alignment window
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 921               contents
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 925               for DNA alignments
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 929               based tree calculation
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 933               unconserved enabled for group on alignment
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 937               set as reference
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 941               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 942               annotation
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 946               hidden columns present
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 950               user created annotation added to alignment
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 954               '()' base pair annotation
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 958               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 959               Consensus
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 963               feature not working
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 967               beginning of sequence
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 971               entry 3a6s
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 975               from a tree when t-coffee scores are shown
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 979               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 983               some structures
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 987               to Clustal, PIR and PileUp output
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 991               not visible causes alignment window to repaint
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 995               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 996               scores associated with features and annotation rows
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1000               calculation should be case independent
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1004               columns
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1008               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1009               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1013               problems when reference sequence defined and 'show
1014               non-conserved' enabled
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1018               load even when Consensus calculation is disabled
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1022               alignment does nothing
1023             </li>
1024           </ul>
1025           <em>Application</em>
1026           <ul>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1029               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1030               yet fixed for El Capitan)
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1034               output when running on non-gb/us i18n platforms
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1038               hidden sequences as flat-file alignment
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1042               launching Chimera
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1046               (also hotfix for 2.9.0b2)
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1050               reference sequence defined
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1054               alignments and views when revealing hidden columns
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1058               view in a cDNA/Protein splitframe
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1062               sequence from project when only one sequence is
1063               represented
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1067               in Structure Chooser
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1071               structure consensus didn't refresh annotation panel
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1075               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1079               dialogs format columns correctly, don't display array
1080               data, sort columns according to type
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1084               file chooser is cancelled during an image export
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1088               sequence name containing special characters
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1092               case insensitive
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1096               formatting don't wrap
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1100               truncated so L looks like I in consensus annotation
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1104               currently displayed features for the current selection or
1105               view
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1109               after fetching cross-references, and restoring from
1110               project
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1114               followed in the structure viewer
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1118               splitframe not restored from project
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1122               trailing end of protein alignment in transcript/product
1123               splitview when pad-gaps not enabled by default
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1127               is case dependent
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1131               article has been read (reopened issue due to
1132               internationalisation problems)
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1136               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1137               cross-references
1138             </li>
1139
1140             <li>
1141               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1142               alignment as HTML
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1146               multiple structures are shown for one or more sequences.
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1150               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1151               is enabled.
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1155               specific PDB id for sequence
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1159               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1160               columns' is disabled.
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1164               selects lowest rather than highest resolution structures
1165               for each sequence
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1169               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1173               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1177               after clicking on it to create new annotation for a
1178               column.
1179             </li>
1180             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1181             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1182           </ul>
1183           <em>Applet</em>
1184           <ul>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1187               hidden columns present before start of sequence
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1191               (JSON jars)
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1195               sequences are hidden in applet
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1199               deployment on examples pages.
1200             </li>
1201           </ul>
1202         </div>
1203       </td>
1204     </tr>
1205     <tr>
1206       <td width="60" nowrap>
1207         <div align="center">
1208           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1209             <em>16/10/2015</em></strong>
1210         </div>
1211       </td>
1212       <td><em>General</em>
1213         <ul>
1214           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1215             jars</li>
1216         </ul></td>
1217       <td>
1218         <div align="left">
1219           <em>Application</em>
1220           <ul>
1221             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1222               shown when tree is partitioned</li>
1223             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1224               multiple cDNA/Protein split views</li>
1225           </ul>
1226         </div>
1227       </td>
1228     </tr>
1229     <tr>
1230       <td width="60" nowrap>
1231         <div align="center">
1232           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1233             <em>8/10/2015</em></strong>
1234         </div>
1235       </td>
1236       <td><em>General</em>
1237         <ul>
1238           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1239             2.9</li>
1240         </ul> <em>Application</em>
1241         <ul>
1242           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1243           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1244           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1245         </ul> <em>Applet</em>
1246         <ul>
1247           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1248         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1249         <ul>
1250           <li>
1251             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1252             suite
1253           </li>
1254         </ul></td>
1255       <td>
1256         <div align="left">
1257           <em>General</em>
1258           <ul>
1259             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1260               incorrect when sequence start > 1</li>
1261             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1262               documentation</li>
1263             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1264             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1265               loading a features file containing HTML tags in feature
1266               description</li>
1267
1268           </ul>
1269           <em>Application</em>
1270           <ul>
1271             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1272               reimport</li>
1273             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1274               with 'trim retrieved sequences'</li>
1275             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1276               deleting selected columns</li>
1277             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1278               JNLP templates for webstart launch</li>
1279             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1280               unreleased structures for download or viewing</li>
1281             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1282               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1283             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1284               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1285             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1286               recovered from jalview project</li>
1287             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1288               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1289               alignment view</li>
1290             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1291               color schemes from BioJSON</li>
1292           </ul>
1293           <em>Applet</em>
1294           <ul>
1295             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1296               frame</li>
1297             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1298           </ul>
1299         </div>
1300       </td>
1301     </tr>
1302     <tr>
1303       <td><div align="center">
1304           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1305         </div></td>
1306       <td><em>General</em>
1307         <ul>
1308           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1309             alignments:
1310             <ul>
1311               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1312                 and DNA alignment views</li>
1313               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1314                 cDNA alignment views</li>
1315               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1316                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1317               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1318                 protein sequences</li>
1319             </ul>
1320           </li>
1321           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1322           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1323             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1324           <li>New alignment annotation file statements for
1325             reference sequences and marking hidden columns</li>
1326           <li>Reference sequence based alignment shading to
1327             highlight variation</li>
1328           <li>Select or hide columns according to alignment
1329             annotation</li>
1330           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1331           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1332             acid conservation row</li>
1333           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1334         </ul> <em>Application</em>
1335         <ul>
1336           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1337             <ul>
1338               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1339                 view with cDNA/Protein</li>
1340               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1341                 sequences are placed in the same alignment</li>
1342               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1343                 projects</li>
1344             </ul>
1345           </li>
1346
1347           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1348           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1349             Jalview windows</li>
1350
1351           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1352           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1353           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1354             be shown in VARNA</li>
1355
1356           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1357             as the active selected region</li>
1358
1359           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1360             similarity</li>
1361           <li>New Export options
1362             <ul>
1363               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1364                 region export in flat file generation</li>
1365
1366               <li>Export alignment views for display with the <a
1367                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1368
1369               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1370               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1371                 alignment figures to HTML</li>
1372           </li>
1373           <li>3D structure retrieval and display
1374             <ul>
1375               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1376                 Search API</li>
1377               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1378                 PDB structures for a sequence set</li>
1379             </ul>
1380           </li>
1381
1382           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1383             predictions</li>
1384           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1385             for one or a group of sequences</li>
1386           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1387             from the JPred4 web server</li>
1388           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1389             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1390             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1391           </li>
1392           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1393             VARNA 2D Structure'</li>
1394           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1395             Structure ..."</li>
1396
1397         </ul> <em>Applet</em>
1398         <ul>
1399           <li>New layout for applet example pages</li>
1400           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1401             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1402           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1403             Protein alignments</li>
1404         </ul> <em>Development and deployment</em>
1405         <ul>
1406           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1407           <li>Include installation type and git revision in build
1408             properties and console log output</li>
1409           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1410             storing BioJsMSA Templates</li>
1411           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1412         </ul></td>
1413       <td>
1414         <!-- <em>General</em>
1415         <ul>
1416         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1417         <ul>
1418           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1419           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1420           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1421             predictions are not highlighted in amber</li>
1422           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1423             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1424           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1425             associated structure views</li>
1426           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1427             width checkbox not enabled</li>
1428           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1429             creating user defined colours</li>
1430           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1431             mappings for just that viewer's sequences</li>
1432           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1433             multiple models in Chimera</li>
1434           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1435             over Jmol structure</li>
1436           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1437             output to text box</li>
1438           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1439             have incorrect sequence start/end</li>
1440           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1441             Jalview fails</li>
1442           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1443             work for nucleotide</li>
1444           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1445             to a grey/invisible alignment window</li>
1446           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1447             imports to different position</li>
1448           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1449             on some platforms</li>
1450           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1451             populated</li>
1452           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1453             console if Chimera has been opened</li>
1454           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1455           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1456             retrieved</li>
1457           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1458           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1459             either sequence shows on first structure</li>
1460           <li>'Show annotations' options should not make
1461             non-positional annotations visible</li>
1462           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1463             in right place after 'view flanking regions'</li>
1464           <li>File Save As type unset when current file format is
1465             unknown</li>
1466           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1467             projects</li>
1468           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1469             responsive</li>
1470           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1471             several views on same alignment</li>
1472           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1473           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1474             spaces</li>
1475         </ul> <em>Applet</em>
1476         <ul>
1477           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1478           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1479             descriptions containing angle brackets</li>
1480         </ul> <em>General</em>
1481         <ul>
1482           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1483             via jalview annotation file</li>
1484           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1485             with RNA secondary structure</li>
1486           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1487             translation doesn't work.</li>
1488           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1489           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1490             positions</li>
1491           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1492             choosing 1pt font</li>
1493           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1494             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1495             'h'</li>
1496           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1497             new feature</li>
1498           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1499             order dependent</li>
1500           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1501             sequences</li>
1502           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1503         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1504         <ul>
1505           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1506             www.jalview.org</li>
1507         </ul> <em>Application Known issues</em>
1508         <ul>
1509           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1510           <li>Misleading message appears after trying to delete
1511             solid column.</li>
1512           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1513             version launches</li>
1514           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1515             fails with a sequence mismatch</li>
1516           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1517             scrolling alignment to right</li>
1518           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1519             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1520           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1521             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1522           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1523             ultra-high resolution</li>
1524           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1525             quality and conservation</li>
1526           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1527             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1528         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1529         <ul>
1530           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1531           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1532             window is being resized</li>
1533
1534         </ul>
1535       </td>
1536     </tr>
1537     <tr>
1538       <td><div align="center">
1539           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1540         </div></td>
1541       <td><em>General</em>
1542         <ul>
1543           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1544             Certum.PL.</li>
1545           <li>Features and annotation preserved when performing
1546             pairwise alignment</li>
1547           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1548             imported/exported/displayed</li>
1549           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1550             protein secondary structure</li>
1551           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1552               post-hoc with 2.9 release</em>)
1553           </li>
1554
1555         </ul> <em>Application</em>
1556         <ul>
1557           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1558             with 3D structures</li>
1559           <li>Support for parsing RNAML</li>
1560           <li>Annotations menu for layout
1561             <ul>
1562               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1563               <li>place sequence annotation above/below alignment
1564                 annotation</li>
1565             </ul>
1566           <li>Output in Stockholm format</li>
1567           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1568             translation</li>
1569           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1570           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1571             shared between alignments</li>
1572           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1573             Jalview</li>
1574           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1575             all or current selection</li>
1576           <li>disorder and secondary structure predictions
1577             available as dataset annotation</li>
1578           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1579
1580
1581           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1582             alignments from Rfam</li>
1583           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1584
1585           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1586             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1587           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1588           <li>include installation type in build properties and
1589             console log output</li>
1590           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1591             annotation</li>
1592         </ul></td>
1593       <td>
1594         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1595         <ul>
1596           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1597             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1598           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1599             alignment</li>
1600           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1601           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1602           <li>Double click on sequence associated annotation
1603             selects only first column</li>
1604           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1605             leaves shown in tree</li>
1606           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1607             properly</li>
1608           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1609           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1610             screen and buttons not visible</li>
1611           <li>author list isn't updated if already written to
1612             Jalview properties</li>
1613           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1614             from database</li>
1615           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1616           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1617             browser search window</li>
1618           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1619             in feature settings dialog</li>
1620           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1621             desktop</li>
1622           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1623             pass validation</li>
1624           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1625             fit on screen</li>
1626           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1627             tooltip</li>
1628           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1629             defined user preset</li>
1630           <li>MSA web services warns user if they were launched
1631             with invalid input</li>
1632           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1633             Java 8</li>
1634           <li>
1635             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1636             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1637             created
1638           </li>
1639
1640         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1641         <ul>
1642         </ul> <em>General</em>
1643         <ul>
1644         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1645         <ul>
1646           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1647             memory allocation</li>
1648           <li>launchApp service doesn't automatically open
1649             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1650           <li>
1651             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1652             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1653             1.7_055 is available
1654           </li>
1655         </ul> <em>Application Known issues</em>
1656         <ul>
1657           <li>
1658             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1659             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1660             alignment to right
1661           </li>
1662           <li>
1663             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1664             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1665             with large number of ID
1666           </li>
1667           <li>
1668             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1669             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1670             start/end
1671           </li>
1672           <li>
1673             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1674             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1675             structure tracks are rearranged
1676           </li>
1677           <li>
1678             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1679             invalid rna structure positional highlighting does not
1680             highlight position of invalid base pairs
1681           </li>
1682           <li>
1683             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1684             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1685             project from alignment window file menu
1686           </li>
1687           <li>
1688             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1689             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1690             structures
1691           </li>
1692           <li>
1693             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1694             colour by RNA Helices not enabled when user created
1695             annotation added to alignment
1696           </li>
1697           <li>
1698             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1699             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1700           </li>
1701         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1702         <ul>
1703           <li>
1704             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1705             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1706           </li>
1707           <li>
1708             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1709             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1710           </li>
1711
1712           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1713             when selected</li>
1714         </ul>
1715       </td>
1716     </tr>
1717     <tr>
1718       <td><div align="center">
1719           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1720         </div></td>
1721       <td>
1722         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1723         <em>General</em>
1724         <ul>
1725           <li>Internationalisation of user interface (usually
1726             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1727           <li>Define/Undefine group on current selection with
1728             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1729           <li>Improved group creation/removal options in
1730             alignment/sequence Popup menu</li>
1731           <li>Sensible precision for symbol distribution
1732             percentages shown in logo tooltip.</li>
1733           <li>Annotation panel height set according to amount of
1734             annotation when alignment first opened</li>
1735         </ul> <em>Application</em>
1736         <ul>
1737           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1738             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1739           <li>Select columns containing particular features from
1740             Feature Settings dialog</li>
1741           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1742             sequences</li>
1743           <li>Update Jalview project format:
1744             <ul>
1745               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1746               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1747                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1748               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1749                 colouring</li>
1750             </ul>
1751           </li>
1752           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1753             (PAM250)</li>
1754           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1755             flanking regions for an alignment</li>
1756         </ul>
1757       </td>
1758       <td>
1759         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1760         <ul>
1761           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1762             running after job is cancelled</li>
1763           <li>cannot export features from alignments imported from
1764             Jalview/VAMSAS projects</li>
1765           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1766             float values</li>
1767           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1768             have 'display all symbols' flag set</li>
1769           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1770             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1771           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1772             Jalview</li>
1773           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1774             Lion/Webstart</li>
1775           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1776           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1777           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1778             alignment onto desktop</li>
1779           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1780             'extract scores' function</li>
1781           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1782             alignment window</li>
1783           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1784             performing IUPred disorder prediction</li>
1785           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1786             changing 'normalise logo' display setting</li>
1787           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1788             nothing matches query</li>
1789           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1790             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1791           </li>
1792           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1793             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1794           </li>
1795           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1796             Jalview's menu</li>
1797           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1798             'invalid literal/length code'</li>
1799           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1800             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1801           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1802             colourscheme</li>
1803
1804         </ul> <em>Applet</em>
1805         <ul>
1806           <li>Remove group option is shown even when selection is
1807             not a group</li>
1808           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1809             don't affect groups</li>
1810           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1811             colourscheme name</li>
1812           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1813             Annotation panel is not displayed</li>
1814           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1815             embedded windows</li>
1816         </ul> <em>Other</em>
1817         <ul>
1818           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1819             single sequence were not calculated</li>
1820           <li>annotation files that contain only groups imported as
1821             annotation and junk sequences</li>
1822           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1823             recognised as PFAM or BLC</li>
1824           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1825             doesn't affect background (2.8.0b1)
1826           <li></li>
1827           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1828           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1829             trailing gaps</li>
1830           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1831             registered correctly on import</li>
1832           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1833             certain alignments</li>
1834           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1835             existing annotation based 'use original colours'
1836             colourscheme loses original colours setting</li>
1837         </ul>
1838       </td>
1839     </tr>
1840     <tr>
1841       <td><div align="center">
1842           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1843             <em>30/1/2014</em></strong>
1844         </div></td>
1845       <td>
1846         <ul>
1847           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1848             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1849             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1850             open source project).
1851           </li>
1852           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
1853           <li>Output in Stockholm format</li>
1854           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1855           <li>Export/import group and sequence associated line
1856             graph thresholds</li>
1857           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1858             ambiguity codes</li>
1859           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1860             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1861             works</li>
1862           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1863         </ul> <em>Other improvements</em>
1864         <ul>
1865           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1866           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1867             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1868           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1869             files</li>
1870           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1871           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1872             link but no description</li>
1873           <li>Select primary source when selecting authority in
1874             database fetcher GUI</li>
1875           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1876             Jalview</li>
1877           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1878         </ul>
1879       </td>
1880       <td>
1881         <ul>
1882           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1883             displayed</li>
1884           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1885             secondary structure annotation line</li>
1886           <li>Sequence database accessions not imported when
1887             fetching alignments from Rfam</li>
1888           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1889             identical IDs</li>
1890           <li>View all structures does not always superpose
1891             structures</li>
1892           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1893             reflect user or preset settings</li>
1894           <li>Null pointer exceptions for some services without
1895             presets or adjustable parameters</li>
1896           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1897             discover PDB xRefs</li>
1898           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1899             features with DAS</li>
1900           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1901             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1902           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1903             residue follows a gap</li>
1904           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1905             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1906           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1907             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1908           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1909             annotation already exists on alignment</li>
1910           <li>oninit javascript function should be called after
1911             initialisation completes</li>
1912           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1913             alignment window display</li>
1914           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1915           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1916             to annotation file</li>
1917           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1918             groups created</li>
1919           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1920             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1921           <li>Pressing return several times causes Number Format
1922             exceptions in keyboard mode</li>
1923           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1924             correct partitions for input data</li>
1925           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1926           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1927           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1928           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1929             mode</li>
1930           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1931             changes one row&#39;s threshold</li>
1932           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1933             doesn&#39;t open</li>
1934           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1935             quality histograms</li>
1936         </ul>
1937       </td>
1938     </tr>
1939     <tr>
1940       <td><div align="center">
1941           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1942         </div></td>
1943       <td><em>Application</em>
1944         <ul>
1945           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1946             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1947           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1948             preferences</li>
1949           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1950             in Jalview alignment window</li>
1951           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1952             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1953           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1954             RNA and ambiguity codes</li>
1955
1956           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1957           <li>Support fetching and database reference look up
1958             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1959             refs')</li>
1960           <li>Jalview project improvements
1961             <ul>
1962               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1963                 flag for annotation</li>
1964               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1965                 alignment</li>
1966               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1967                 Jalview project</li>
1968
1969             </ul>
1970           </li>
1971           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1972           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1973             running</li>
1974           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1975           <li>visual indication that web service results are still
1976             being retrieved from server</li>
1977           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1978             starts up for first time</li>
1979           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1980             services</li>
1981           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1982             client library</li>
1983           <li>Examples directory and Groovy library included in
1984             InstallAnywhere distribution</li>
1985         </ul> <em>Applet</em>
1986         <ul>
1987           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1988             visualization applet example</li>
1989         </ul> <em>General</em>
1990         <ul>
1991           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1992           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1993             defaults</li>
1994           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1995             calculation</li>
1996           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1997             matrices
1998           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1999             in HTML</li>
2000           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2001             structure contacts</li>
2002           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2003           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2004           <li>Parse sequence associated secondary structure
2005             information in Stockholm files</li>
2006           <li>HTML Export database accessions and annotation
2007             information presented in tooltip for sequences</li>
2008           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2009             style RNA alignment files</li>
2010           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2011             alignment</li>
2012           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2013             shade each sequence according to its associated alignment
2014             annotation</li>
2015           <li>New Jalview Logo</li>
2016         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2017         <ul>
2018           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2019           <li>New Website!</li>
2020         </ul></td>
2021       <td><em>Application</em>
2022         <ul>
2023           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2024             wsdbfetch REST service</li>
2025           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2026           <li>Filetype associations not installed for webstart
2027             launch</li>
2028           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2029             job execution in full once it is complete</li>
2030           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2031             uploaded via ali_file parameter</li>
2032           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2033           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2034           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2035             submitted for prediction</li>
2036           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2037             desktop window</li>
2038           <li>Putting fractional value into integer text box in
2039             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2040           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2041             windows 7</li>
2042           <li>View all structures fails with exception shown in
2043             structure view</li>
2044           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2045             escaped in a platform independent way</li>
2046           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2047             using proxy</li>
2048           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2049             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2050           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2051             failure when java web start temporary file caching is
2052             disabled</li>
2053           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2054             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2055           <li>Errors during processing of command line arguments
2056             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2057           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2058             DAS sources in sequence fetcher</li>
2059           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2060             dialog is shown</li>
2061           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2062           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2063           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2064           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2065             on OSX Mountain Lion</li>
2066           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2067             sequences with alignment annotation are pasted into the
2068             alignment</li>
2069           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2070             when loaded from Jalview project</li>
2071           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2072           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2073             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2074           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2075             associated with all views</li>
2076           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2077             annotation rows to new window</li>
2078         </ul> <em>Applet</em>
2079         <ul>
2080           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2081             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2082           <li>loading features via javascript API automatically
2083             enables feature display</li>
2084           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2085             work</li>
2086         </ul> <em>General</em>
2087         <ul>
2088           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2089           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2090             and then deselected</li>
2091           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2092           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2093             coloured with clustalx</li>
2094           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2095             exceptions and redraw errors</li>
2096           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2097             reconfigured view</li>
2098           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2099             colour</li>
2100           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2101             for lots of labels</li>
2102         </ul>
2103     </tr>
2104     <tr>
2105       <td>
2106         <div align="center">
2107           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2108         </div>
2109       </td>
2110       <td><em>Application</em>
2111         <ul>
2112           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2113           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2114           <li>View/alignment association menu to enable user to
2115             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2116             its colours/correspondences from</li>
2117           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2118           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2119             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2120           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2121           <li>Annotation row column label formatting attributes
2122             stored in project file</li>
2123           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2124             rows preserved in Jalview project file</li>
2125           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2126             saved using Desktop window menu</li>
2127           <li>Visual indication that command line arguments are
2128             still being processed</li>
2129           <li>Groovy script execution from URL</li>
2130           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2131             preferences</li>
2132           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2133             alignment with sequences that have high similarity and
2134             matching IDs</li>
2135           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2136           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2137             structures in same window</li>
2138           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2139           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2140             analysis function in its own submenu</li>
2141         </ul> <em>Applet</em>
2142         <ul>
2143           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2144             groups</li>
2145           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2146           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2147           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2148           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2149           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2150             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2151           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2152           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2153             parameters are treated as such</li>
2154           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2155             <ul>
2156               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2157               <li>Javascript callbacks for
2158                 <ul>
2159                   <li>Applet initialisation</li>
2160                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2161                 </ul>
2162               </li>
2163               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2164                 functions</li>
2165               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2166               <li>javascript structure viewer harness to pass
2167                 messages between Jmol and Jalview when running as
2168                 distinct applets</li>
2169               <li>sortBy method</li>
2170               <li>Set of applet and application examples shipped
2171                 with documentation</li>
2172               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2173                 javascript message exchange</li>
2174             </ul>
2175         </ul> <em>General</em>
2176         <ul>
2177           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2178             multiple alignments</li>
2179           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2180           <li>User configurable link to enable redirects to a
2181             www.Jalview.org mirror</li>
2182           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2183           <li>Configurable newline string when writing alignment
2184             and other flat files</li>
2185           <li>Allow alignment annotation description lines to
2186             contain html tags</li>
2187         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2188         <ul>
2189           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2190             examples</li>
2191           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2192             using a web service before displaying the result in the
2193             Jalview desktop</li>
2194           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2195           <li>Ant target to publish example html files with applet
2196             archive</li>
2197           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2198           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2199         </ul></td>
2200       <td><em>Application</em>
2201         <ul>
2202           <li>User defined colourscheme throws exception when
2203             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2204           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2205             dialog for valid filename/format</li>
2206           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2207           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2208             P37173</li>
2209           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2210             which sequence is to be associated with the file</li>
2211           <li>Find All raises null pointer exception when query
2212             only matches sequence IDs</li>
2213           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2214           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2215             2.4 cannot be loaded</li>
2216           <li>Filetype associations not installed for webstart
2217             launch</li>
2218           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2219             with sequences in different alignments do not get coloured
2220             by their associated sequence</li>
2221           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2222             not preserved when project is loaded</li>
2223           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2224             stored in Jalview project</li>
2225           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2226             Jalview project</li>
2227           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2228           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2229             by conservation</li>
2230           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2231             created on new view</li>
2232           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2233             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2234           <li>Alignment quality not updated after alignment
2235             annotation row is hidden then shown</li>
2236           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2237             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2238           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2239             properly</li>
2240           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2241             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2242           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2243           <li>Structures imported from file and saved in project
2244             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2245           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2246             job execution in full once it is complete</li>
2247         </ul> <em>Applet</em>
2248         <ul>
2249           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2250             annotation rows are displayed</li>
2251           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2252             codebase</li>
2253           <li>View follows highlighting does not work for positions
2254             in sequences</li>
2255           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2256           <li>Export features raises exception when no features
2257             exist</li>
2258           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2259             for javascript api is modified when separator string
2260             provided as parameter</li>
2261           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2262             alignment with no existing selection</li>
2263           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2264             to applet&#39;s codebase</li>
2265           <li>Status bar not updated after finished searching and
2266             search wraps around to first result</li>
2267           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2268             several Jalview applets causes race conditions and memory
2269             leaks</li>
2270           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2271             not sent from Jmol in applet</li>
2272           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2273             applet API fatally hang browser</li>
2274         </ul> <em>General</em>
2275         <ul>
2276           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2277             position with wrapped view and hidden regions</li>
2278           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2279             with/without hidden columns</li>
2280           <li>Sequence length given in alignment properties window
2281             is off by 1</li>
2282           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2283             import PDB like structure files</li>
2284           <li>Positional search results are only highlighted
2285             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2286           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2287           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2288             given sequence position</li>
2289           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2290             output</li>
2291           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2292             from nucleotide chains correctly</li>
2293           <li>Structure colours not updated when tree partition
2294             changed in alignment</li>
2295           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2296             parsed in interleaved stockholm</li>
2297           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2298             state</li>
2299           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2300             properly</li>
2301           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2302             properly associated with their pdb files</li>
2303         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2304         <ul>
2305           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2306             ApplyCopyright tool</li>
2307         </ul></td>
2308     </tr>
2309     <tr>
2310       <td>
2311         <div align="center">
2312           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2313         </div>
2314       </td>
2315       <td><em>Application</em>
2316         <ul>
2317           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2318             contact web services</li>
2319           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2320             service job window</li>
2321           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2322         </ul></td>
2323       <td>
2324         <ul>
2325           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2326             pir file emitted by Jalview</li>
2327           <li>Existing feature settings transferred to new
2328             alignment view created from cut'n'paste</li>
2329           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2330             parsing PDB files</li>
2331           <li>Consensus and conservation annotation rows
2332             occasionally become blank for all new windows</li>
2333           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2334             in wrapped view mode</li>
2335         </ul> <em>Application</em>
2336         <ul>
2337           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2338             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2339           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2340             parameter names</li>
2341           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2342             is down</li>
2343         </ul>
2344       </td>
2345     </tr>
2346     <tr>
2347       <td>
2348         <div align="center">
2349           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2350         </div>
2351       </td>
2352       <td><em>Application</em>
2353         <ul>
2354           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2355             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2356             (JABAWS)
2357           </li>
2358           <li>Web Services preference tab</li>
2359           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2360             preferences</li>
2361           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2362           <li>Superpose structures using associated sequence
2363             alignment</li>
2364           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2365             viewer</li>
2366         </ul> <em>Applet</em>
2367         <ul>
2368           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2369             link out mechanism</li>
2370         </ul> <em>Other</em>
2371         <ul>
2372           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2373             series 12</li>
2374           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2375             require Java 1.5</li>
2376           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2377             sequence annotation files</li>
2378           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2379             type colour specification</li>
2380           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2381             script to check if it being run in an interactive session or
2382             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2383         </ul></td>
2384       <td>
2385         <ul>
2386           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2387             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2388         </ul> <em>Application</em>
2389         <ul>
2390           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2391             selected Regions menu item</li>
2392           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2393             part of a valid accession ID</li>
2394           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2395             runs out of memory</li>
2396           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2397             analysis results</li>
2398           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2399             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2400           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2401         </ul> <em>Applet</em>
2402         <ul>
2403           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2404             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2405             defined.</li>
2406         </ul>
2407       </td>
2408     </tr>
2409     <tr>
2410       <td>
2411         <div align="center">
2412           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2413         </div>
2414       </td>
2415       <td></td>
2416       <td>
2417         <ul>
2418           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2419             sequence IDs</li>
2420           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2421             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2422           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2423             import correctly</li>
2424           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2425             number of columns are hidden</li>
2426           <li>annotation label popup menu not providing correct
2427             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2428             present</li>
2429           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2430             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2431           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2432             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2433
2434         </ul> <em>Applet</em>
2435         <ul>
2436           <li>annotation panel disappears when annotation is
2437             hidden/removed</li>
2438         </ul> <em>Application</em>
2439         <ul>
2440           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2441             alignment opened where annotation panel is visible but no
2442             annotations are present on alignment</li>
2443           <li>pasted region containing hidden columns is
2444             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2445           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2446             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2447           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2448             selected Rregions menu item.</li>
2449           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2450             'Un' or 'Non'conserved</li>
2451           <li>Sequence feature settings are being shared by
2452             multiple distinct alignments</li>
2453           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2454             changed</li>
2455           <li>double click on group annotation to select sequences
2456             does not propagate to associated trees</li>
2457           <li>Mac OSX specific issues:
2458             <ul>
2459               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2460                 window background</li>
2461               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2462                 name set correctly</li>
2463               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2464                 save feature colourscheme button</li>
2465             </ul>
2466           </li>
2467         </ul>
2468       </td>
2469     </tr>
2470     <tr>
2471
2472       <td>
2473         <div align="center">
2474           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2475         </div>
2476       </td>
2477       <td><em>New Capabilities</em>
2478         <ul>
2479           <li>URL links generated from description line for
2480             regular-expression based URL links (applet and application)
2481
2482           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2483             menu</li>
2484           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2485             structures</li>
2486           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2487             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2488           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2489             average score or total feature count for each sequence.</li>
2490           <li>Shading features by score or associated description</li>
2491           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2492             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2493           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2494             hide everything but the currently selected region.</li>
2495           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2496         </ul> <em>Application</em>
2497         <ul>
2498           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2499             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2500           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2501             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2502           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2503             database references and protein_name is parsed as
2504             description line (BioSapiens terms).</li>
2505           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2506             references in sequence ID tooltip from View menu in
2507             application.</li>
2508           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2509       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2510           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2511             conservation plots</li>
2512           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2513             and visualized as sequence logos</li>
2514           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2515             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2516           </li>
2517           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2518             when a new tree is opened.</li>
2519           <li>Jalview Java Console</li>
2520           <li>Better placement of desktop window when moving
2521             between different screens.</li>
2522           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2523             consensus annotation</li>
2524           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2525             Workflows</li>
2526           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2527             <ul>
2528               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2529                 used to preserve views, structures, and tree display
2530                 settings)</li>
2531               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2532                 command line</li>
2533               <li>Sharing of selected regions between views and
2534                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2535               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2536             </ul></li>
2537         </ul> <em>Applet</em>
2538         <ul>
2539           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2540           <li>New Parameters
2541             <ul>
2542               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2543                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2544                 opened.</li>
2545               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2546                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2547               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2548                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2549               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2550                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2551                 view</li>
2552               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2553                 increase the height or width of a cell in the alignment
2554                 grid relative to the current font size.</li>
2555             </ul>
2556           </li>
2557           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2558             tooltip</li>
2559         </ul> <em>Other</em>
2560         <ul>
2561           <li>Features format: graduated colour definitions and
2562             specification of feature scores</li>
2563           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2564             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2565             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2566           <li>XML formats extended to support graduated feature
2567             colourschemes, group associated annotation, and profile
2568             visualization settings.</li></td>
2569       <td>
2570         <ul>
2571           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2572             rather than description</li>
2573           <li>Non-positional features are now included in sequence
2574             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2575             visibility in tooltip).</li>
2576           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2577           <li>Added URL embedding instructions to features file
2578             documentation.</li>
2579           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2580             'X' in peptide product</li>
2581           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2582             sequence ID and sequence string and query strings do not
2583             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2584           <li>AMSA files only contain first column of
2585             multi-character column annotation labels</li>
2586           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2587             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2588             exported and re-imported)</li>
2589           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2590             name</li>
2591           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2592             as subsequence matches, and correctly reports total number
2593             of both.</li>
2594           <li>Application:
2595             <ul>
2596               <li>Better handling of exceptions during sequence
2597                 retrieval</li>
2598               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2599                 link text excludes the start_end suffix</li>
2600               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2601                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2602               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2603               <li>Sequence description lines properly shared via
2604                 VAMSAS</li>
2605               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2606                 data sources</li>
2607               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2608                 completes before alignment figures are generated.</li>
2609               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2610                 first time.</li>
2611               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2612                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2613               <li>User defined group colours properly recovered
2614                 from Jalview projects.</li>
2615             </ul>
2616           </li>
2617         </ul>
2618       </td>
2619
2620     </tr>
2621     <tr>
2622       <td>
2623         <div align="center">
2624           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2625         </div>
2626       </td>
2627       <td>
2628         <ul>
2629           <li>Experimental support for google analytics usage
2630             tracking.</li>
2631           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2632         </ul>
2633       </td>
2634       <td>
2635         <ul>
2636           <li>Race condition in applet preventing startup in
2637             jre1.6.0u12+.</li>
2638           <li>Exception when feature created from selection beyond
2639             length of sequence.</li>
2640           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2641           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2642             all sequences with a given id</li>
2643           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2644             ID string searches</li>
2645           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2646             alignment to fail with exception</li>
2647         </ul> <em>Application Issues</em>
2648         <ul>
2649           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2650           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2651             data sources</li>
2652         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2653         <ul>
2654           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2655             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2656           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2657             version (java class versioning error fixed)</li>
2658         </ul>
2659       </td>
2660     </tr>
2661     <tr>
2662       <td>
2663
2664         <div align="center">
2665           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2666         </div>
2667       </td>
2668       <td><em>User Interface</em>
2669         <ul>
2670           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2671             translation and protein products</li>
2672           <li>Linked highlighting of structure associated with
2673             residue mapping to codon position</li>
2674           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2675             and 'clear' button</li>
2676           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2677             Tools menu</li>
2678           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2679             numeric data in description line</li>
2680           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2681           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2682             of sequence</li>
2683         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2684         <ul>
2685           <li>JPred3 web service</li>
2686           <li>Prototype sequence search client (no public services
2687             available yet)</li>
2688           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2689             PFAM</li>
2690           <li>URL Links created for matching database cross
2691             references as well as sequence ID</li>
2692           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2693         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2694         <ul>
2695           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2696             databases</li>
2697           <li>Generalised database reference retrieval and
2698             validation to all fetchable databases</li>
2699           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2700             sequence command</li>
2701         </ul> <em>Import and Export</em>
2702         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2703         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2704           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2705         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2706           File</li>
2707         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2708           triplet as name of colourscheme</li>
2709         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2710         <ul>
2711           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2712           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2713             alignments (experimental)</li>
2714           <li>Create new or select existing session to join</li>
2715           <li>load and save of vamsas documents</li>
2716         </ul> <em>Application command line</em>
2717         <ul>
2718           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2719             from applet)</li>
2720           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2721             of DAS servers to query for alignment features</li>
2722           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2723             that are also automatically queried for features</li>
2724           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2725             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2726         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2727         <ul>
2728           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2729             application (when using &quot;View in full
2730             application&quot;)</li>
2731         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2732         <ul>
2733           <li>feature group display control parameter</li>
2734           <li>debug parameter</li>
2735           <li>showbutton parameter</li>
2736         </ul> <em>Applet API methods</em>
2737         <ul>
2738           <li>newView public method</li>
2739           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2740           <li>Feature display control methods</li>
2741           <li>get list of currently selected sequences</li>
2742         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2743         <ul>
2744           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2745           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2746             Jalview release.</li>
2747           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2748             property controls execution of obfuscator</li>
2749           <li>Build target for generating source distribution</li>
2750           <li>Debug flag for javacc</li>
2751           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2752             jalview.bin.Cache</li>
2753           <li>Continuous Build Integration for stable and
2754             development version of Application, Applet and source
2755             distribution</li>
2756         </ul></td>
2757       <td>
2758         <ul>
2759           <li>selected region output includes visible annotations
2760             (for certain formats)</li>
2761           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2762             for editing</li>
2763           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2764           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2765           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2766           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2767             comments</li>
2768           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2769             filenames containing a ':'</li>
2770           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2771             global sequence features</li>
2772           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2773             references from alignment sequences goes to zero</li>
2774           <li>Close of tree branch colour box without colour
2775             selection causes cascading exceptions</li>
2776           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2777           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2778             file parsing fails.</li>
2779           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2780           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2781             not a valid output format</li>
2782           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2783             vamsas</li>
2784           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2785           <li>error messages passed up and output when data read
2786             fails</li>
2787           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2788             sequence is edited</li>
2789           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2790             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2791           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2792             filetype</li>
2793           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2794             import fixed for PFAM records</li>
2795           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2796             window list</li>
2797           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2798             can be read and written correctly to annotation file</li>
2799           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2800             correctly</li>
2801           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2802             non-italic font for representatives in Applet</li>
2803           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2804             Macs.</li>
2805           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2806             Applet)</li>
2807           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2808             due to null pointer exceptions</li>
2809           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2810             first column of alignment</li>
2811           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2812             July 2008</li>
2813           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2814             file is case-insensitive</li>
2815           <li>Sequence features read from Features file appended to
2816             all sequences with matching IDs</li>
2817           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2818             containing a sub-sequence</li>
2819           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2820           <li>feature and annotation file applet parameters
2821             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2822           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2823           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2824             splash-screen version check to complete</li>
2825           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2826             when passing them to the launchApp service</li>
2827           <li>display name and local features preserved in results
2828             retrieved from web service</li>
2829           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2830             sequence fetcher initialisation</li>
2831           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2832             dasobert DAS client</li>
2833           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2834             association</li>
2835           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2836             sequences
2837           </li>
2838         </ul>
2839       </td>
2840     </tr>
2841     <tr>
2842       <td>
2843         <div align="center">
2844           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2845         </div>
2846       </td>
2847       <td>
2848         <ul>
2849           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2850           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2851           <li>Slide sequences</li>
2852           <li>Edit sequence in place</li>
2853           <li>EMBL CDS features</li>
2854           <li>DAS Feature mapping</li>
2855           <li>Feature ordering</li>
2856           <li>Alignment Properties</li>
2857           <li>Annotation Scores</li>
2858           <li>Sort by scores</li>
2859           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2860         </ul>
2861       </td>
2862       <td>
2863         <ul>
2864           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2865           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2866           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2867           <li>Feature group display state in XML</li>
2868           <li>Feature ordering in XML</li>
2869           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2870           <li>Stockholm alignment properties</li>
2871           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2872           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2873           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2874           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2875         </ul>
2876       </td>
2877
2878     </tr>
2879     <tr>
2880       <td>
2881         <div align="center">
2882           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2883         </div>
2884       </td>
2885       <td>
2886         <ul>
2887           <li>Non standard characters can be read and displayed
2888           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2889             applet via textbox
2890           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2891             name &amp; description
2892           <li>Preference setting to display sequence name in
2893             italics
2894           <li>Annotation file format extended to allow
2895             Sequence_groups to be defined
2896           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2897             specified in preferences
2898           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2899             sequences
2900         </ul>
2901       </td>
2902       <td>
2903         <ul>
2904           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2905             installed
2906           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2907           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2908         </ul>
2909       </td>
2910     </tr>
2911     <tr>
2912       <td>
2913         <div align="center">
2914           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2915         </div>
2916       </td>
2917       <td>
2918         <ul>
2919           <li>Multiple views on alignment
2920           <li>Sequence feature editing
2921           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2922           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2923           <li>Background dependent text colour
2924           <li>Right align sequence ids
2925           <li>User-defined lower case residue colours
2926           <li>Format Menu
2927           <li>Select Menu
2928           <li>Menu item accelerator keys
2929           <li>Control-V pastes to current alignment
2930           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2931           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2932           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2933
2934           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2935         </ul>
2936       </td>
2937       <td>
2938         <ul>
2939           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2940           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2941             calculations
2942           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2943             edits
2944           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2945             of alignment)
2946           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2947
2948           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2949             display correctly
2950           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2951           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2952             analysis results
2953           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2954             &#8739;
2955           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2956           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2957           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2958
2959         </ul>
2960       </td>
2961     </tr>
2962     <tr>
2963       <td>
2964         <div align="center">
2965           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2966         </div>
2967       </td>
2968       <td>
2969         <ul>
2970           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2971         </ul>
2972       </td>
2973       <td>
2974         <ul>
2975           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2976             sequence id panel has been resized</li>
2977           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2978             rendered</li>
2979           <li>Annotation files with sequence references - all
2980             elements in file are relative to sequence position</li>
2981           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2982         </ul>
2983       </td>
2984     </tr>
2985     <tr>
2986       <td>
2987         <div align="center">
2988           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2989         </div>
2990       </td>
2991       <td>
2992         <ul>
2993           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2994           <li>DAS Feature fetching</li>
2995           <li>Hide sequences and columns</li>
2996           <li>Export Annotations and Features</li>
2997           <li>GFF file reading / writing</li>
2998           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2999             files</li>
3000           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3001           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3002           <li>Applet can launch the full application</li>
3003           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3004             required)</li>
3005           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3006           <li>Applet can load sequences from parameter
3007             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3008           </li>
3009         </ul>
3010       </td>
3011       <td>
3012         <ul>
3013           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3014           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3015           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3016         </ul>
3017       </td>
3018     </tr>
3019     <tr>
3020       <td>
3021         <div align="center">
3022           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3023         </div>
3024       </td>
3025       <td>
3026         <ul>
3027           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3028           <li>Choose to match case when searching</li>
3029           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3030             expand the visible width and height of the alignment</li>
3031         </ul>
3032       </td>
3033       <td>
3034         <ul>
3035           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3036         </ul>
3037       </td>
3038     </tr>
3039     <tr>
3040       <td>
3041         <div align="center">
3042           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3043         </div>
3044       </td>
3045       <td>&nbsp;</td>
3046       <td>
3047         <ul>
3048           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3049           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3050             value</li>
3051         </ul>
3052       </td>
3053     </tr>
3054     <tr>
3055       <td>
3056         <div align="center">
3057           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3058         </div>
3059       </td>
3060       <td>
3061         <ul>
3062           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3063           <li>Keyboard editing</li>
3064           <li>Create sequence features from searches</li>
3065           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3066             alignments</li>
3067           <li>Features file allows grouping of features</li>
3068           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3069           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3070           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3071         </ul>
3072       </td>
3073       <td>
3074         <ul>
3075           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3076           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3077             descriptions saved.</li>
3078         </ul>
3079       </td>
3080     </tr>
3081     <tr>
3082       <td>
3083         <div align="center">
3084           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3085         </div>
3086       </td>
3087       <td>
3088         <ul>
3089           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3090           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3091           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3092             name for file output</li>
3093           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3094           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3095             used for HTML form input</li>
3096         </ul>
3097       </td>
3098       <td>
3099         <ul>
3100           <li>HTML output writes groups and features</li>
3101           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3102           <li>File IO bugs</li>
3103         </ul>
3104       </td>
3105     </tr>
3106     <tr>
3107       <td>
3108         <div align="center">
3109           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3110         </div>
3111       </td>
3112       <td>
3113         <ul>
3114           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3115           <li>More options for PCA viewer</li>
3116         </ul>
3117       </td>
3118       <td>
3119         <ul>
3120           <li>GUI bugs resolved</li>
3121           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3122         </ul>
3123       </td>
3124     </tr>
3125     <tr>
3126       <td height="63">
3127         <div align="center">
3128           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3129         </div>
3130       </td>
3131       <td>
3132         <ul>
3133           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3134           <li>Jar files are executable</li>
3135           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3136         </ul>
3137       </td>
3138       <td>
3139         <ul>
3140           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3141           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3142           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3143         </ul>
3144       </td>
3145     </tr>
3146     <tr>
3147       <td>
3148         <div align="center">
3149           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3150         </div>
3151       </td>
3152       <td>
3153         <ul>
3154           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3155         </ul>
3156       </td>
3157       <td>
3158         <ul>
3159           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3160         </ul>
3161       </td>
3162     </tr>
3163     <tr>
3164       <td>
3165         <div align="center">
3166           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3167         </div>
3168       </td>
3169       <td>
3170         <ul>
3171           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3172             size</li>
3173         </ul>
3174       </td>
3175       <td>
3176         <ul>
3177           <li>Improved JPred client reliability</li>
3178           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3179         </ul>
3180       </td>
3181     </tr>
3182     <tr>
3183       <td>
3184         <div align="center">
3185           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3186         </div>
3187       </td>
3188       <td>
3189         <ul>
3190           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3191           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3192           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3193             to Colour Menu</li>
3194           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3195           <li>Unix users can set default web browser</li>
3196           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3197           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3198         </ul>
3199       </td>
3200       <td>
3201         <ul>
3202           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3203         </ul>
3204       </td>
3205     </tr>
3206     <tr>
3207       <td>
3208         <div align="center">
3209           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3210         </div>
3211       </td>
3212       <td>&nbsp;</td>
3213       <td>
3214         <ul>
3215           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3216             alignment order.</li>
3217         </ul>
3218       </td>
3219     </tr>
3220     <tr>
3221       <td>
3222         <div align="center">
3223           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3224         </div>
3225       </td>
3226       <td>
3227         <ul>
3228           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3229           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3230           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3231             annotations.</li>
3232           <li>Version and build date written to build properties
3233             file.</li>
3234           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3235             at launch of Jalview.</li>
3236         </ul>
3237       </td>
3238       <td>
3239         <ul>
3240           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3241           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3242           <li>Can remove groups one by one.</li>
3243           <li>Filechooser icons installed.</li>
3244           <li>Finder ignores return character when searching.
3245             Return key will initiate a search.<br>
3246           </li>
3247         </ul>
3248       </td>
3249     </tr>
3250     <tr>
3251       <td>
3252         <div align="center">
3253           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3254         </div>
3255       </td>
3256       <td>
3257         <ul>
3258           <li>New codebase</li>
3259         </ul>
3260       </td>
3261       <td>&nbsp;</td>
3262     </tr>
3263   </table>
3264   <p>&nbsp;</p>
3265 </body>
3266 </html>