help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <head><title>Release History</title></head>
   3 <body>
   4 <p><strong>Release History</strong> </p>
   5 <table border="1">
   6   <tr>
   7     <td width="60" nowrap><div align="center"><em><strong>Release</strong></em></div></td>
   8     <td ><div align="center"><em><strong>New Features</strong></em></div></td>
   9     <td ><div align="center"><em><strong>Issues Resolved</strong></em></div></td>
  10   </tr>
  11   <tr>
  12   <td><div align="center"><strong>2.2</strong><br>
  13         27/11/06</div></td><td><ul>
  14   <li>Multiple views on alignment
  15 <li>Sequence feature editing
  16 <li>&quot;Reload&quot; alignment
  17 <li>&quot;Save&quot; to current filename
  18 <li>Background dependent text colour
  19 <li>Right align sequence ids
  20 <li>User-defined lower case residue colours
  21 <li>Format Menu
  22 <li>Select Menu
  23 <li>Menu item accelerator keys
  24 <li>Control-V pastes to current alignment
  25 <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
  26 <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
  27 <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
  28 <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
  29 </ul>
  30   </td>
  31   <td>
  32 <ul>
  33 <li>New memory efficient Undo/Redo System
  34 <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus calculations
  35 <li>Region Conservation/Consensus recalculated after edits
  36 <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end of alignment)
  37 <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
  38 <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions display correctly
  39 <li>Re-instated Zoom function for PCA
  40 <li>Sequence descriptions conserved in web service analysis results
  41 <li>Uniprot ID discoverer uses any word separated by &#8739;
  42 <li>WsDbFetch query/result association resolved
  43 <li>Tree leaf to sequence mapping improved
  44 <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
  45 </ul></td>
  46   </tr>
  47   <tr>
  48     <td>
  49 <div align="center"><strong>2.1.1</strong><br>
  50         12/9/06</div></td>
  51     <td><ul>
  52         <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
  53       </ul></td>
  54     <td><ul>
  55         <li>Image output - rightmost residues are rendered if sequence id panel
  56           has been resized</li>
  57         <li>Image output - all offscreen group boundaries are rendered </li>
  58         <li>Annotation files with sequence references - all elements in file are
  59           relative to sequence position</li>
  60         <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
  61       </ul></td>
  62   </tr>
  63   <tr>
  64     <td><div align="center"><strong>2.1</strong><br>
  65         22/8/06</div></td>
  66     <td><ul>
  67         <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
  68         <li>DAS Feature fetching</li>
  69         <li>Hide sequences and columns</li>
  70         <li>Export Annotations and Features</li>
  71         <li>GFF file reading / writing</li>
  72         <li>Associate structures with sequences from local PDB files</li>
  73         <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
  74         <li>Recently opened files / URL lists</li>
  75         <li>Applet can launch the full application</li>
  76         <li>Applet has transparency for features (Java 1.2 required)</li>
  77         <li>Applet has user defined colours parameter</li>
  78         <li>Applet can load sequences from parameter &quot;sequence<em>x</em>&quot;</li>
  79       </ul></td>
  80     <td><ul>
  81         <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
  82         <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
  83         <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
  84       </ul></td>
  85   </tr>
  86   <tr>
  87     <td><div align="center"><strong>2.08.1</strong><br>
  88         2/5/06</div></td>
  89     <td><ul>
  90         <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
  91         <li>Choose to match case when searching</li>
  92         <li>Middle mouse button and mouse movement can compress / expand the visible
  93           width and height of the alignment</li>
  94       </ul></td>
  95     <td><ul>
  96         <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
  97       </ul></td>
  98   </tr>
  99   <tr>
 100     <td><div align="center"><strong>2.08b</strong><br>
 101         18/4/06</div></td>
 102     <td>&nbsp;</td>
 103     <td><ul>
 104         <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
 105         <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct value</li>
 106       </ul></td>
 107   </tr>
 108   <tr>
 109     <td><div align="center"><strong>2.08</strong><br>
 110         10/4/06</div></td>
 111     <td><ul>
 112         <li>Editing can be locked to the selection area</li>
 113         <li>Keyboard editing</li>
 114         <li>Create sequence features from searches</li>
 115         <li>Precalculated annotations can be loaded onto alignments</li>
 116         <li>Features file allows grouping of features</li>
 117         <li>Annotation Colouring scheme added</li>
 118         <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
 119         <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
 120       </ul></td>
 121     <td><ul>
 122         <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
 123         <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence descriptions saved.
 124         </li>
 125       </ul></td>
 126   </tr>
 127   <tr>
 128     <td><div align="center"><strong>2.07</strong><br>
 129         12/12/05</div></td>
 130     <td><ul>
 131         <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
 132         <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
 133         <li>Choose to output sequence start-end after sequence name for file output</li>
 134         <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
 135         <li>Applet can read feature files, PDB files and can be used for HTML
 136           form input</li>
 137       </ul></td>
 138     <td><ul>
 139         <li>HTML output writes groups and features</li>
 140         <li>Group editing is Control and mouse click</li>
 141         <li>File IO bugs</li>
 142       </ul></td>
 143   </tr>
 144   <tr>
 145     <td><div align="center"><strong>2.06</strong><br>
 146         28/9/05</div></td>
 147     <td><ul>
 148         <li>View annotations in wrapped mode</li>
 149         <li>More options for PCA viewer</li>
 150       </ul></td>
 151     <td><ul>
 152         <li>GUI bugs resolved</li>
 153         <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
 154       </ul></td>
 155   </tr>
 156   <tr>
 157     <td height="63"> <div align="center"><strong>2.05b</strong><br>
 158         15/9/05</div></td>
 159     <td><ul>
 160         <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
 161         <li>Jar files are executable</li>
 162         <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
 163       </ul></td>
 164     <td><ul>
 165         <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
 166         <li>Overview window calculated more efficiently</li>
 167         <li>Several GUI bugs resolved</li>
 168       </ul></td>
 169   </tr>
 170   <tr>
 171     <td><div align="center"><strong>2.05</strong><br>
 172         30/8/05</div></td>
 173     <td><ul>
 174         <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
 175       </ul></td>
 176     <td><ul>
 177         <li>Several GUI bugs resolved</li>
 178       </ul></td>
 179   </tr>
 180   <tr>
 181     <td><div align="center"><strong>2.04</strong><br>
 182         24/8/05</div></td>
 183     <td><ul>
 184         <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font size</li>
 185       </ul></td>
 186     <td><ul>
 187         <li>Improved JPred client reliability</li>
 188         <li>Improved loading of Jalview files</li>
 189       </ul></td>
 190   </tr>
 191   <tr>
 192     <td> <div align="center"><strong>2.03</strong><br>
 193         18/8/05</div></td>
 194     <td><ul>
 195         <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
 196         <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
 197         <li>User Defined Colours can have a scheme name and added to Colour Menu</li>
 198         <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
 199         <li>Unix users can set default web browser</li>
 200         <li>Runs without GUI for batch processing</li>
 201         <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
 202       </ul></td>
 203     <td><ul>
 204         <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
 205       </ul></td>
 206   </tr>
 207   <tr>
 208     <td> <div align="center"><strong>2.02</strong><br>
 209         18/7/05</div></td>
 210     <td>&nbsp;</td>
 211     <td><ul>
 212         <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains alignment order.</li>
 213       </ul></td>
 214   </tr>
 215   <tr>
 216     <td><div align="center"><strong>2.01</strong><br>
 217         12/7/05</div></td>
 218     <td><ul>
 219         <li>Use delete key for deleting selection.</li>
 220         <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
 221         <li>Help file updated to describe how to add alignment annotations.</li>
 222         <li>Version and build date written to build properties file.</li>
 223         <li>InstallAnywhere installation will check for updates at launch of Jalview.</li>
 224       </ul></td>
 225     <td><ul>
 226         <li>Delete gaps bug fixed.</li>
 227         <li>FileChooser sorts columns.</li>
 228         <li>Can remove groups one by one.</li>
 229         <li>Filechooser icons installed.</li>
 230         <li>Finder ignores return character when searching. Return key will initiate
 231           a search.<br>
 232         </li>
 233       </ul></td>
 234   </tr>
 235   <tr>
 236     <td> <div align="center"><strong>2.0</strong><br>
 237         20/6/05</div></td>
 238     <td ><ul>
 239         <li> New codebase</li>
 240       </ul></td>
 241     <td >&nbsp;</td>
 242   </tr>
 243 </table>
 244 <p>&nbsp;</p>
 245 </body>
 246 </html>