help/html/releases.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Release History</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Release History</strong> </p>\r
   5 <table border="1">\r
   6   <tr>\r
   7     <td width="60" nowrap><div align="center"><em><strong>Release</strong></em></div></td>\r
   8     <td ><div align="center"><em><strong>New Features</strong></em></div></td>\r
   9     <td ><div align="center"><em><strong>Issues Resolved</strong></em></div></td>\r
  10   </tr>\r
  11   <tr>\r
  12     <td><div align="center"><strong>2.3</strong><br>\r
  13         9/5/07</div></td>\r
  14     <td><ul>\r
  15         <li>Jmol 11.0.2 integration</li>\r
  16             <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>\r
  17         <li>Slide sequences</li>\r
  18         <li>Edit sequence in place</li>\r
  19         <li>EMBL CDS features</li>\r
  20         <li>DAS Feature mapping</li>\r
  21         <li>Feature ordering</li>\r
  22         <li>Alignment Properties</li>\r
  23         <li>Annotation Scores</li>\r
  24         <li>Sort by scores</li>\r
  25         <li>Feature/annotation editing in applet</li>\r
  26 </ul></td><td>\r
  27         <ul>\r
  28         <li>Headless state operation in 2.2.1</li>\r
  29         <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>\r
  30         <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>\r
  31         <li>Feature group display state in XML</li>\r
  32         <li>Feature ordering in XML</li>\r
  33         <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>\r
  34         <li>Stockholm alignment properties</li>\r
  35         <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>\r
  36         <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>\r
  37         <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>\r
  38         <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>\r
  39       </ul>\r
  40   </td>\r
  41 \r
  42   </tr>\r
  43   <tr>\r
  44     <td><div align="center"><strong>2.2.1</strong><br>\r
  45         12/2/07</div></td>\r
  46     <td><ul>\r
  47         <li>Non standard characters can be read and displayed\r
  48         <li>Annotations/Features can be imported/exported to the applet via textbox\r
  49         <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group name &amp; description\r
  50         <li>Preference setting to display sequence name in italics\r
  51         <li>Annotation file format extended to allow Sequence_groups\r
  52         to be defined\r
  53         <li>Default opening of alignment overview panel can be specified in\r
  54         preferences\r
  55         <li>PDB residue numbering annotation added to associated sequences\r
  56         </ul></td>\r
  57     <td> <ul>\r
  58         <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6 installed\r
  59         <li>Annotation file export / import bugs fixed\r
  60         <li>PNG / EPS image output bugs fixed</ul></td>\r
  61   </tr>\r
  62   <tr>\r
  63     <td><div align="center"><strong>2.2</strong><br>\r
  64         27/11/06</div></td>\r
  65     <td><ul>\r
  66         <li>Multiple views on alignment\r
  67         <li>Sequence feature editing\r
  68         <li>&quot;Reload&quot; alignment\r
  69         <li>&quot;Save&quot; to current filename\r
  70         <li>Background dependent text colour\r
  71         <li>Right align sequence ids\r
  72         <li>User-defined lower case residue colours\r
  73         <li>Format Menu\r
  74         <li>Select Menu\r
  75         <li>Menu item accelerator keys\r
  76         <li>Control-V pastes to current alignment\r
  77         <li>Cancel button for DAS Feature Fetching\r
  78         <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller\r
  79         <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection\r
  80         <li>'New Window' button on the 'Output to Text box' </ul></td>\r
  81     <td> <ul>\r
  82         <li>New memory efficient Undo/Redo System\r
  83         <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus calculations\r
  84         <li>Region Conservation/Consensus recalculated after edits\r
  85         <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end of alignment)\r
  86         <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.\r
  87         <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions display correctly\r
  88         <li>Re-instated Zoom function for PCA\r
  89         <li>Sequence descriptions conserved in web service analysis results\r
  90         <li>Uniprot ID discoverer uses any word separated by &#8739;\r
  91         <li>WsDbFetch query/result association resolved\r
  92         <li>Tree leaf to sequence mapping improved\r
  93         <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box. </ul></td>\r
  94   </tr>\r
  95   <tr>\r
  96     <td> <div align="center"><strong>2.1.1</strong><br>\r
  97         12/9/06</div></td>\r
  98     <td><ul>\r
  99         <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>\r
 100       </ul></td>\r
 101     <td><ul>\r
 102         <li>Image output - rightmost residues are rendered if sequence id panel\r
 103           has been resized</li>\r
 104         <li>Image output - all offscreen group boundaries are rendered </li>\r
 105         <li>Annotation files with sequence references - all elements in file are\r
 106           relative to sequence position</li>\r
 107         <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>\r
 108       </ul></td>\r
 109   </tr>\r
 110   <tr>\r
 111     <td><div align="center"><strong>2.1</strong><br>\r
 112         22/8/06</div></td>\r
 113     <td><ul>\r
 114         <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>\r
 115         <li>DAS Feature fetching</li>\r
 116         <li>Hide sequences and columns</li>\r
 117         <li>Export Annotations and Features</li>\r
 118         <li>GFF file reading / writing</li>\r
 119         <li>Associate structures with sequences from local PDB files</li>\r
 120         <li>Add sequences to exisiting alignment</li>\r
 121         <li>Recently opened files / URL lists</li>\r
 122         <li>Applet can launch the full application</li>\r
 123         <li>Applet has transparency for features (Java 1.2 required)</li>\r
 124         <li>Applet has user defined colours parameter</li>\r
 125         <li>Applet can load sequences from parameter &quot;sequence<em>x</em>&quot;</li>\r
 126       </ul></td>\r
 127     <td><ul>\r
 128         <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>\r
 129         <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>\r
 130         <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>\r
 131       </ul></td>\r
 132   </tr>\r
 133   <tr>\r
 134     <td><div align="center"><strong>2.08.1</strong><br>\r
 135         2/5/06</div></td>\r
 136     <td><ul>\r
 137         <li>Change case of selected region from Popup menu</li>\r
 138         <li>Choose to match case when searching</li>\r
 139         <li>Middle mouse button and mouse movement can compress / expand the visible\r
 140           width and height of the alignment</li>\r
 141       </ul></td>\r
 142     <td><ul>\r
 143         <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>\r
 144       </ul></td>\r
 145   </tr>\r
 146   <tr>\r
 147     <td><div align="center"><strong>2.08b</strong><br>\r
 148         18/4/06</div></td>\r
 149     <td>&nbsp;</td>\r
 150     <td><ul>\r
 151         <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>\r
 152         <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct value</li>\r
 153       </ul></td>\r
 154   </tr>\r
 155   <tr>\r
 156     <td><div align="center"><strong>2.08</strong><br>\r
 157         10/4/06</div></td>\r
 158     <td><ul>\r
 159         <li>Editing can be locked to the selection area</li>\r
 160         <li>Keyboard editing</li>\r
 161         <li>Create sequence features from searches</li>\r
 162         <li>Precalculated annotations can be loaded onto alignments</li>\r
 163         <li>Features file allows grouping of features</li>\r
 164         <li>Annotation Colouring scheme added</li>\r
 165         <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>\r
 166         <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>\r
 167       </ul></td>\r
 168     <td><ul>\r
 169         <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>\r
 170         <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence descriptions saved.\r
 171         </li>\r
 172       </ul></td>\r
 173   </tr>\r
 174   <tr>\r
 175     <td><div align="center"><strong>2.07</strong><br>\r
 176         12/12/05</div></td>\r
 177     <td><ul>\r
 178         <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>\r
 179         <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>\r
 180         <li>Choose to output sequence start-end after sequence name for file output</li>\r
 181         <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>\r
 182         <li>Applet can read feature files, PDB files and can be used for HTML\r
 183           form input</li>\r
 184       </ul></td>\r
 185     <td><ul>\r
 186         <li>HTML output writes groups and features</li>\r
 187         <li>Group editing is Control and mouse click</li>\r
 188         <li>File IO bugs</li>\r
 189       </ul></td>\r
 190   </tr>\r
 191   <tr>\r
 192     <td><div align="center"><strong>2.06</strong><br>\r
 193         28/9/05</div></td>\r
 194     <td><ul>\r
 195         <li>View annotations in wrapped mode</li>\r
 196         <li>More options for PCA viewer</li>\r
 197       </ul></td>\r
 198     <td><ul>\r
 199         <li>GUI bugs resolved</li>\r
 200         <li>Runs with -nodisplay from command line</li>\r
 201       </ul></td>\r
 202   </tr>\r
 203   <tr>\r
 204     <td height="63"> <div align="center"><strong>2.05b</strong><br>\r
 205         15/9/05</div></td>\r
 206     <td><ul>\r
 207         <li>Choose EPS export as lineart or text</li>\r
 208         <li>Jar files are executable</li>\r
 209         <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>\r
 210       </ul></td>\r
 211     <td><ul>\r
 212         <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>\r
 213         <li>Overview window calculated more efficiently</li>\r
 214         <li>Several GUI bugs resolved</li>\r
 215       </ul></td>\r
 216   </tr>\r
 217   <tr>\r
 218     <td><div align="center"><strong>2.05</strong><br>\r
 219         30/8/05</div></td>\r
 220     <td><ul>\r
 221         <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>\r
 222       </ul></td>\r
 223     <td><ul>\r
 224         <li>Several GUI bugs resolved</li>\r
 225       </ul></td>\r
 226   </tr>\r
 227   <tr>\r
 228     <td><div align="center"><strong>2.04</strong><br>\r
 229         24/8/05</div></td>\r
 230     <td><ul>\r
 231         <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font size</li>\r
 232       </ul></td>\r
 233     <td><ul>\r
 234         <li>Improved JPred client reliability</li>\r
 235         <li>Improved loading of Jalview files</li>\r
 236       </ul></td>\r
 237   </tr>\r
 238   <tr>\r
 239     <td> <div align="center"><strong>2.03</strong><br>\r
 240         18/8/05</div></td>\r
 241     <td><ul>\r
 242         <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>\r
 243         <li>Multiple URL links from sequence ids</li>\r
 244         <li>User Defined Colours can have a scheme name and added to Colour Menu</li>\r
 245         <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>\r
 246         <li>Unix users can set default web browser</li>\r
 247         <li>Runs without GUI for batch processing</li>\r
 248         <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>\r
 249       </ul></td>\r
 250     <td><ul>\r
 251         <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>\r
 252       </ul></td>\r
 253   </tr>\r
 254   <tr>\r
 255     <td> <div align="center"><strong>2.02</strong><br>\r
 256         18/7/05</div></td>\r
 257     <td>&nbsp;</td>\r
 258     <td><ul>\r
 259         <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains alignment order.</li>\r
 260       </ul></td>\r
 261   </tr>\r
 262   <tr>\r
 263     <td><div align="center"><strong>2.01</strong><br>\r
 264         12/7/05</div></td>\r
 265     <td><ul>\r
 266         <li>Use delete key for deleting selection.</li>\r
 267         <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>\r
 268         <li>Help file updated to describe how to add alignment annotations.</li>\r
 269         <li>Version and build date written to build properties file.</li>\r
 270         <li>InstallAnywhere installation will check for updates at launch of Jalview.</li>\r
 271       </ul></td>\r
 272     <td><ul>\r
 273         <li>Delete gaps bug fixed.</li>\r
 274         <li>FileChooser sorts columns.</li>\r
 275         <li>Can remove groups one by one.</li>\r
 276         <li>Filechooser icons installed.</li>\r
 277         <li>Finder ignores return character when searching. Return key will initiate\r
 278           a search.<br>\r
 279         </li>\r
 280       </ul></td>\r
 281   </tr>\r
 282   <tr>\r
 283     <td> <div align="center"><strong>2.0</strong><br>\r
 284         20/6/05</div></td>\r
 285     <td ><ul>\r
 286         <li> New codebase</li>\r
 287       </ul></td>\r
 288     <td >&nbsp;</td>\r
 289   </tr>\r
 290 </table>\r
 291 <p>&nbsp;</p>\r
 292 </body>\r
 293 </html>\r