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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>1/05/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->Structure Chooser controls to
  81               control superposition of multiple structures and open
  82               structures in existing views
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
  86               ID and annotation area margins can be click-dragged to
  87               adjust them.
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
  91               Ensembl services
  92             </li>
  93             <li>
  94               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
  95               and lots of hidden columns
  96             </li>
  97           </ul>
  98           </div>
  99       </td>
 100       <td><div align="left">
 101           <ul>
 102             <li>
 103               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 104               overlapping alignment panel
 105             </li>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 108               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 112               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 116               columns in annotation row
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
 120               honored in interactive and batch mode
 121             </li>
 122           </ul>
 123           <em>Applet</em>
 124           <ul>
 125             <li>
 126               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 127               should copy the group consensus when popup is opened on it
 128             </li>
 129
 130           </ul>
 131         </div></td>
 132     </tr>
 133     <tr>
 134       <td width="60" nowrap>
 135         <div align="center">
 136           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 137         </div>
 138       </td>
 139       <td><div align="left">
 140           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 141               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 142       <td><div align="left">
 143           <em>Desktop</em><ul>
 144           <ul>
 145             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 146             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 147             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 148             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 149             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 150             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 151             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 152           </ul>
 153           </div>
 154       </td>
 155     </tr>
 156     <tr>
 157       <td width="60" nowrap>
 158         <div align="center">
 159           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 160         </div>
 161       </td>
 162       <td><div align="left">
 163           <em></em>
 164           <ul>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 167               rendering of sequence features
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 171               429 rate limit request hander
 172             </li>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 175               their colours have changed
 176             </li>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 179               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 180             </li>
 181             <li>
 182               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 183               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 184             </li>
 185             <li>
 186               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 187               view from Ensembl locus cross-references
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 191               Alignment report
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 195               feature can be disabled
 196             </li>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 199               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 203               Uniprot
 204             </li>
 205           </ul>
 206           <em>Scripting</em>
 207           <ul>
 208             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 209             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 210               percent identity scores for current alignment.</li>
 211           </ul>
 212           <em>Testing and Deployment</em>
 213           <ul>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 216             </li>
 217           </ul>
 218         </div></td>
 219       <td><div align="left">
 220           <em>General</em>
 221           <ul>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 224               threshold text field doesn't trigger an update to the
 225               alignment view
 226             </li>
 227             <li>
 228               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 229               strings in parallel
 230             </li>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 233               alignment window is closed
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 237               group visibility
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 241               takes a long time in Cursor mode
 242             </li>
 243           </ul>
 244           <em>Desktop</em>
 245           <ul>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 248               cannot be viewed in Chimera
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 252               CDS/Protein view
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 256               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 257               Search Dialogs
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 267               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 271               scrolling right in unwapped alignment view
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 275               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 276               database
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 280               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 284               features of same type and group to be selected for
 285               amending
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 289               alignments when hidden columns are present
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 293               displaying several structures
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 297               moving a window
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 301               within the Jalview desktop on OSX
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 305               when in wrapped alignment mode
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 309               hand end of alignment
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 313               each selected sequence do not have correct start/end
 314               positions
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 318               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 322               restoring project until a new view is created
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 326               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 327               configured (since 2.10.2b2)
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 331               position is adjusted
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 335               in a multi-chain structure when viewing alignment
 336               involving more than one chain (since 2.10)
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 340               if new selection moves alignment window
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 344               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 348               that produces correctly annotated transcripts and products
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 352               doesn't update associated structure view
 353             </li>
 354           </ul>
 355           <em>Applet</em><br />
 356           <ul>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 359               closing alignment panel
 360             </li>
 361           </ul>
 362           <em>BioJSON</em><br />
 363           <ul>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 366               non-positional features
 367             </li>
 368           </ul>
 369           <em>New Known Issues</em>
 370           <ul>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 373               sequence features correctly (for many previous versions of
 374               Jalview)
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 378               using cursor in wrapped panel other than top
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 382               graduated colour threshold
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 386               always preserve numbering and sequence features
 387             </li>
 388           </ul>
 389           <em>Known Java 9 Issues</em>
 390           <ul>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 393               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 394               9.01, OSX 10.10)
 395             </li>
 396           </ul>
 397         </div></td>
 398     </tr>
 399     <tr>
 400       <td width="60" nowrap>
 401         <div align="center">
 402           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 403             <em>2/10/2017</em></strong>
 404         </div>
 405       </td>
 406       <td><div align="left">
 407           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 408           <ul>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 411             </li>
 412             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 413             </li>
 414           </ul>
 415         </div></td>
 416       <td><div align="left">
 417         </div></td>
 418     </tr>
 419     <tr>
 420       <td width="60" nowrap>
 421         <div align="center">
 422           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 423             <em>7/9/2017</em></strong>
 424         </div>
 425       </td>
 426       <td><div align="left">
 427           <em></em>
 428           <ul>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 431               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 432               white)
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 436               Preferences
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 440               in size and progress bar shown as higher resolution
 441               overview is recalculated
 442             </li>
 443
 444           </ul>
 445         </div></td>
 446       <td><div align="left">
 447           <em></em>
 448           <ul>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 451               column region row by row
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 455               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 459               format setting is unticked
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 463               if group has show boxes format setting unticked
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 467               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 468               include sequences and columns not currently displayed
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 472               assemblies are imported via CIF file
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 476               displayed when threshold or conservation colouring is also
 477               enabled.
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 481               server version
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 485               dragging a selected region off the visible region of the
 486               alignment
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 490               colourscheme to all groups in a view
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 494               initially after font size change using the Font chooser or
 495               middle-mouse zoom
 496             </li>
 497           </ul>
 498         </div></td>
 499     </tr>
 500     <tr>
 501       <td width="60" nowrap>
 502         <div align="center">
 503           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 504         </div>
 505       </td>
 506       <td><div align="left">
 507           <em>Calculations</em>
 508           <ul>
 509
 510             <li>
 511               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 512               ungapped positions in each column of the alignment.
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 516               a calculation dialog box
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 520               and memory efficiency (~30x faster)
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 524               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 525               and other calculations
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 529               files within the Jalview codebase
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 533               Similarity may have different topology due to increased
 534               precision
 535             </li>
 536           </ul>
 537           <em>Rendering</em>
 538           <ul>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 541               model for alignments and groups
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 545               scripts
 546             </li>
 547           </ul>
 548           <em>Overview</em>
 549           <ul>
 550             <li>
 551               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 552               with alignment and overview windows
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 556               overview
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 560               omitted in Overview
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 564               adjustment of visible position
 565             </li>
 566           </ul>
 567
 568           <em>Data import/export</em>
 569           <ul>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 572               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 576               annotation input/output via stockholm flatfile
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 580               extension when importing structure files without embedded
 581               names or PDB accessions
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 585               format sequence substitution matrices
 586             </li>
 587           </ul>
 588           <em>User Interface</em>
 589           <ul>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 592               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 593               the application.
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 597               via Overview or sequence motif search operations
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 601               opened by double clicking gaps within sequence feature
 602               extent
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 606               aligned positions were available to create a 3D structure
 607               superposition.
 608             </li>
 609           </ul>
 610           <em>3D Structure</em>
 611           <ul>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 614               coloured in linked structure views
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 618               file-based command exchange
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 622               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 623               structures are already available for sequences
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 627               the Jalview project rather than downloaded again when the
 628               project is reopened.
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 632               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 633               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 634                 Feature</strong>)
 635             </li>
 636           </ul>
 637           <em>Web Services</em>
 638           <ul>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 644               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 645               Analysis services
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 649               cross-references provided by identifiers.org and the
 650               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 651             </li>
 652           </ul>
 653
 654           <em>Scripting</em>
 655           <ul>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 658               identifying file formats (instead of String constants)
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 662               efficiency when counting all displayed features (not
 663               backwards compatible with 2.10.1)
 664             </li>
 665           </ul>
 666           <em>Example files</em>
 667           <ul>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 670               included in the example feature file
 671             </li>
 672           </ul>
 673           <em>Documentation</em>
 674           <ul>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 677               with the built-in Java help viewer
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 681               sequence description' option
 682             </li>
 683           </ul>
 684           <em>Test Suite</em>
 685           <ul>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 688               Uniprot REST Free Text Search Client
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 695               during tests
 696             </li>
 697           </ul>
 698         </div></td>
 699       <td><div align="left">
 700           <em>Calculations</em>
 701           <ul>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 704               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 705               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 706             </li>
 707             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 708               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 709               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 710               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 711               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 712               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 713               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 714               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 715               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 716               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 717               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 718               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 719               // for 2.10.1 mode <br />
 720               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 721               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 722                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 723                 calculations (not recommended)</em></li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 726               scaling of branch lengths for trees computed using
 727               Sequence Feature Similarity.
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 731               generating output report when working with highly
 732               redundant alignments
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 736               right of selected region when gaps present on right-hand
 737               boundary
 738             </li>
 739           </ul>
 740           <em>User Interface</em>
 741           <ul>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 744               doesn't reselect a specific sequence's associated
 745               annotation after it was used for colouring a view
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 749               opened on a region of alignment without groups
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 753               of an alignment with overlapping groups
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 757               name and description match
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 761               hidden regions results in incorrect hidden regions
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 765               changing colour does not apply Conservation slider value
 766               to all groups
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 770               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 774               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 778               gaps before start of features
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 782               restored to UI when feature colour is edited
 783             </li>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 786               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 790               as graduate feature colour settings are modified via the
 791               dialog box
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 795               when a group defined on the alignment is resized
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 799               wrapped view result in positional status updates
 800             </li>
 801
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 804               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 808               alignment included gapped columns
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 812               widgets don't permanently disappear
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 816               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 817               T-Coffee column reliability scores)
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 821               sequence feature on gaps only
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 825               button from a Find inherit previously defined feature type
 826               rather than the Find query string
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 830               exporting tree calculated in Jalview
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 834               and then revealing them reorders sequences on the
 835               alignment
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 839               doesn't update to reflect available set of groups after
 840               interactively adding or modifying features
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 844               Linux
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 848               only excluded gaps in current sequence and ignored
 849               selection.
 850             </li>
 851           </ul>
 852           <em>Rendering</em>
 853           <ul>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 856               erratically when hidden rows or columns are present
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 860               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 861               sequence colouring
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 865               colour and group colour menu for protein alignments
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 869               reflect currently selected view or group's shading
 870               thresholds
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 874               when rendered on overview and structures when opacity at
 875               100%
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 879               overview when features overlaid on alignment
 880             </li>
 881           </ul>
 882           <em>Data import/export</em>
 883           <ul>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 886               load
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 890               added after a sequence was imported are not written to
 891               Stockholm File
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 895               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 899               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 903               with lightGray or darkGray via features file (but can
 904               specify lightgray)
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 908               when alignment view imported from project
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 912               structure and sequences extracted from structure files
 913               imported via URL and viewed in Jmol
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 917               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 918               the project is loaded and the structure viewed
 919             </li>
 920           </ul>
 921           <em>Web Services</em>
 922           <ul>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 925               release of Ensembl v.88
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 929               appear enabled in Preferences->Connections
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 933               removed from console output
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 937               Ensembl by Peptide ID
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 941               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 942               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 943               due to 'null' string rather than empty string used for
 944               residues with no corresponding PDB mapping).
 945             </li>
 946           </ul>
 947           <em>Application UI</em>
 948           <ul>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 951               menu
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 955               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 956               new documentation and tooltips added)
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 960               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 964               new features are added to alignment
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 968               changes to feature colours via the Amend features dialog
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 972               edit graduated feature colour via amend features dialog
 973               box
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 977               selection menu changes colours of alignment views
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 981               from alignment calculation workers after alignment has
 982               been closed
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 986               groups now 'Create Group'
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 990               Create/Undefine group doesn't always work
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 994               shown again after pressing 'Cancel'
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 998               adjusts start position in wrap mode
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1002               ambiguous amino acids
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1006               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1007               proteins
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1011               Defined' don't appear in Colours menu
1012             </li>
1013           </ul>
1014           <em>Applet</em>
1015           <ul>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1018               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1022               overview or linked structure view
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1026               work (since 2.8)
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1030               user-defined colourscheme doesn't restore original
1031               colourscheme
1032             </li>
1033           </ul>
1034           <em>Test Suite</em>
1035           <ul>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1038               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1042               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1043               problems with deep array comparison equality asserts in
1044               successive versions of TestNG
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1048               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1049             </li>
1050           </ul>
1051           <em>New Known Issues</em>
1052           <ul>
1053             <li>
1054               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1055               phase after a sequence motif find operation
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1059               containing just upper and lower case letters are
1060               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1064               reliably from eggnog Ortholog database
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1068               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1069               to mark columns containing highlighted regions.
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1073               doesn't always add secondary structure annotation.
1074             </li>
1075           </ul>
1076         </div>
1077     <tr>
1078       <td width="60" nowrap>
1079         <div align="center">
1080           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1081         </div>
1082       </td>
1083       <td><div align="left">
1084           <em>General</em>
1085           <ul>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1088               for all consensus calculations
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1092               3rd Oct 2016)
1093             </li>
1094             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1095               for 2016-2017</li>
1096           </ul>
1097           <em>Application</em>
1098           <ul>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1101               set of database cross-references, sorted alphabetically
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1105               from database cross references. Users with custom links
1106               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1107                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1111               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1112               Chimera session
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1116               the Chimera it is connected to is shut down
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1120               columns menu item to mark columns containing highlighted
1121               regions (e.g. from structure selections or results of a
1122               Find operation)
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1126               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1127               MSAviewer
1128             </li>
1129           </ul>
1130         </div></td>
1131       <td>
1132         <div align="left">
1133           <em>General</em>
1134           <ul>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1137               are not coloured or thresholded according to percent
1138               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1142               hydrophobic
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1146               threshold, amino acid properties)
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1150               reported as mapped to residues in a structure file in the
1151               View Mapping report
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1155               could be added multiple times to a sequence
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1159               bond features shown as two highlighted residues rather
1160               than a range in linked structure views, and treated
1161               correctly when selecting and computing trees from features
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1165               cross-references are matched to database name regardless
1166               of case
1167             </li>
1168
1169           </ul>
1170           <em>Application</em>
1171           <ul>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1174               names without regular expressions also offer links from
1175               Sequence ID
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1179               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1180               update Jalview configuration
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1184               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1188               files with similarly named sequences if dropped onto the
1189               alignment
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1193               entries where more chains exist in the PDB accession than
1194               are reported in the SIFTS file
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1198               the structure view when displayed with Chimera
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1202               panel's View->Show Chains submenu
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1206               work for wrapped alignment views
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1210               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1214               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1215               first annotation row
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1219               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1223               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1224             </li>
1225             <!-- JAL-2319 -->
1226             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1227             coordindate data
1228             </li>
1229           </ul>
1230           <!--           <em>New Known Issues</em>
1231           <ul>
1232             <li></li>
1233           </ul> -->
1234         </div>
1235       </td>
1236     </tr>
1237     <td width="60" nowrap>
1238       <div align="center">
1239         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1240           <em>25/10/2016</em></strong>
1241       </div>
1242     </td>
1243     <td><em>Application</em>
1244       <ul>
1245         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1246           view if structures already loaded</li>
1247         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1248           structure views</li>
1249       </ul></td>
1250     <td>
1251       <div align="left">
1252         <em>General</em>
1253         <ul>
1254           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1255             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1256           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1257             example sequences/projects/trees</li>
1258         </ul>
1259         <em>Application</em>
1260         <ul>
1261           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1262             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1263           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1264             without timeout for structures with multiple models or
1265             multiple sequences in alignment</li>
1266           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1267             PDB ID HEADER line</li>
1268           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1269             is performed</li>
1270           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1271             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1272           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1273           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1274             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1275             option</li>
1276           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1277             is created on the alignment</li>
1278           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1279             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1280             pop-up menu</li>
1281         </ul>
1282         <em>Build and deployment</em>
1283         <ul>
1284           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1285             tags</li>
1286         </ul>
1287         <em>New Known Issues</em>
1288         <ul>
1289           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1290             on Windows</li>
1291         </ul>
1292       </div>
1293     </td>
1294     </tr>
1295     <tr>
1296       <td width="60" nowrap>
1297         <div align="center">
1298           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1299         </div>
1300       </td>
1301       <td><em>General</em>
1302         <ul>
1303           <li>
1304             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1305           </li>
1306           <li>
1307             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1308             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1309             better PDB parsing.
1310           </li>
1311           <li>
1312             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1313             reference sequence
1314           </li>
1315           <li>
1316             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1317             mousing over sequence associated annotation
1318           </li>
1319           <li>
1320             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1321             for manual entry
1322           </li>
1323           <li>
1324             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1325             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1326             for each column
1327           </li>
1328           <li>
1329             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1330             showing or hiding columns containing a feature
1331           </li>
1332           <li>
1333             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1334             group and sequence associated annotation labels
1335           </li>
1336           <li>
1337             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1338             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1339             dialogs
1340           </li>
1341
1342         </ul> <em>Application</em>
1343         <ul>
1344           <li>
1345             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1346             gene/transcript view
1347           </li>
1348           <li>
1349             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1350             dialog
1351           </li>
1352           <li>
1353             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1354             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1355           </li>
1356           <li>
1357             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1358             Pfam sources to xfam.org
1359           </li>
1360           <li>
1361             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1362           </li>
1363           <li>
1364             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1365             over sequences in Jalview
1366           </li>
1367           <li>
1368             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1369             regions in ENA and EMBL
1370           </li>
1371           <li>
1372             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1373             for record retrieval via ENA rest API
1374           </li>
1375           <li>
1376             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1377             complement operator
1378           </li>
1379           <li>
1380             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1381             groovy script execution
1382           </li>
1383           <li>
1384             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1385             alignment window's Calculate menu
1386           </li>
1387           <li>
1388             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1389             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1390           </li>
1391           <li>
1392             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1393             calculation workers from groovy scripts
1394           </li>
1395           <li>
1396             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1397             Jalview projects
1398           </li>
1399           <li>
1400             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1401             associations are now saved/restored from project
1402           </li>
1403           <li>
1404             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1405             before sequence fetcher is opened
1406           </li>
1407           <li>
1408             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1409             database chooser opens a sequence fetcher
1410           </li>
1411           <li>
1412             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1413             the UniProt REST API
1414           </li>
1415           <li>
1416             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1417             the news reader opening
1418           </li>
1419           <li>
1420             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1421             querying stored in preferences
1422           </li>
1423           <li>
1424             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1425             search results
1426           </li>
1427           <li>
1428             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1429           </li>
1430           <li>
1431             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1432             menu for nucleotide sequences
1433           </li>
1434           <li>
1435             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1436             and feature counts preserves alignment ordering (and
1437             debugged for complex feature sets).
1438           </li>
1439           <li>
1440             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1441             viewing structures with Jalview 2.10
1442           </li>
1443           <li>
1444             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1445             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1446             Ensembl Genomes REST API
1447           </li>
1448           <li>
1449             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1450             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1451             (Ensembl)
1452           </li>
1453           <li>
1454             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1455             sequences
1456           </li>
1457           <li>
1458             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1459             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1460             data from external database records.
1461           </li>
1462           <li>
1463             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1464             efficient recovery of sequence coding and alignment
1465             annotation relationships.
1466           </li>
1467         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1468         <ul>
1469           <li>
1470             -- JAL---
1471           </li>
1472         </ul> --></td>
1473       <td>
1474         <div align="left">
1475           <em>General</em>
1476           <ul>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1479               menu on OSX
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1483               includes graduated colourschemes
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1487               working with big alignments and lots of hidden columns
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1491               at right of alignment window
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1495               contents
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1499               for DNA alignments
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1503               based tree calculation
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1507               unconserved enabled for group on alignment
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1511               set as reference
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1515               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1516               annotation
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1520               hidden columns present
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1524               user created annotation added to alignment
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1528               '()' base pair annotation
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1532               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1533               Consensus
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1537               feature not working
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1541               beginning of sequence
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1545               entry 3a6s
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1549               from a tree when t-coffee scores are shown
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1553               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1557               some structures
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1561               to Clustal, PIR and PileUp output
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1565               not visible causes alignment window to repaint
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1569               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1570               scores associated with features and annotation rows
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1574               calculation should be case independent
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1578               columns
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1582               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1583               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1587               problems when reference sequence defined and 'show
1588               non-conserved' enabled
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1592               load even when Consensus calculation is disabled
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1596               alignment does nothing
1597             </li>
1598           </ul>
1599           <em>Application</em>
1600           <ul>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1603               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1604               yet fixed for El Capitan)
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1608               output when running on non-gb/us i18n platforms
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1612               hidden sequences as flat-file alignment
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1616               launching Chimera
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1620               (also hotfix for 2.9.0b2)
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1624               reference sequence defined
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1628               alignments and views when revealing hidden columns
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1632               view in a cDNA/Protein splitframe
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1636               sequence from project when only one sequence is
1637               represented
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1641               in Structure Chooser
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1645               structure consensus didn't refresh annotation panel
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1649               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1653               dialogs format columns correctly, don't display array
1654               data, sort columns according to type
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1658               file chooser is cancelled during an image export
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1662               sequence name containing special characters
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1666               case insensitive
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1670               formatting don't wrap
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1674               truncated so L looks like I in consensus annotation
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1678               currently displayed features for the current selection or
1679               view
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1683               after fetching cross-references, and restoring from
1684               project
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1688               followed in the structure viewer
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1692               splitframe not restored from project
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1696               trailing end of protein alignment in transcript/product
1697               splitview when pad-gaps not enabled by default
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1701               is case dependent
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1705               article has been read (reopened issue due to
1706               internationalisation problems)
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1710               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1711               cross-references
1712             </li>
1713
1714             <li>
1715               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1716               alignment as HTML
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1720               multiple structures are shown for one or more sequences.
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1724               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1725               is enabled.
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1729               specific PDB id for sequence
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1733               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1734               columns' is disabled.
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1738               selects lowest rather than highest resolution structures
1739               for each sequence
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1743               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1747               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1751               after clicking on it to create new annotation for a
1752               column.
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1756               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1757             </li>
1758             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1759             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1760           </ul>
1761           <em>Applet</em>
1762           <ul>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1765               hidden columns present before start of sequence
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1769               (JSON jars)
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1773               sequences are hidden in applet
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1777               deployment on examples pages.
1778             </li>
1779           </ul>
1780         </div>
1781       </td>
1782     </tr>
1783     <tr>
1784       <td width="60" nowrap>
1785         <div align="center">
1786           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1787             <em>16/10/2015</em></strong>
1788         </div>
1789       </td>
1790       <td><em>General</em>
1791         <ul>
1792           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1793             jars</li>
1794         </ul></td>
1795       <td>
1796         <div align="left">
1797           <em>Application</em>
1798           <ul>
1799             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1800               shown when tree is partitioned</li>
1801             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1802               multiple cDNA/Protein split views</li>
1803           </ul>
1804         </div>
1805       </td>
1806     </tr>
1807     <tr>
1808       <td width="60" nowrap>
1809         <div align="center">
1810           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1811             <em>8/10/2015</em></strong>
1812         </div>
1813       </td>
1814       <td><em>General</em>
1815         <ul>
1816           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1817             2.9</li>
1818         </ul> <em>Application</em>
1819         <ul>
1820           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1821           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1822           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1823         </ul> <em>Applet</em>
1824         <ul>
1825           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1826         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1827         <ul>
1828           <li>
1829             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1830             suite
1831           </li>
1832         </ul></td>
1833       <td>
1834         <div align="left">
1835           <em>General</em>
1836           <ul>
1837             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1838               incorrect when sequence start > 1</li>
1839             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1840               documentation</li>
1841             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1842             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1843               loading a features file containing HTML tags in feature
1844               description</li>
1845
1846           </ul>
1847           <em>Application</em>
1848           <ul>
1849             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1850               reimport</li>
1851             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1852               with 'trim retrieved sequences'</li>
1853             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1854               deleting selected columns</li>
1855             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1856               JNLP templates for webstart launch</li>
1857             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1858               unreleased structures for download or viewing</li>
1859             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1860               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1861             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1862               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1863             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1864               recovered from jalview project</li>
1865             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1866               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1867               alignment view</li>
1868             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1869               color schemes from BioJSON</li>
1870           </ul>
1871           <em>Applet</em>
1872           <ul>
1873             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1874               frame</li>
1875             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1876           </ul>
1877         </div>
1878       </td>
1879     </tr>
1880     <tr>
1881       <td><div align="center">
1882           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1883         </div></td>
1884       <td><em>General</em>
1885         <ul>
1886           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1887             alignments:
1888             <ul>
1889               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1890                 and DNA alignment views</li>
1891               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1892                 cDNA alignment views</li>
1893               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1894                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1895               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1896                 protein sequences</li>
1897             </ul>
1898           </li>
1899           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1900           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1901             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1902           <li>New alignment annotation file statements for
1903             reference sequences and marking hidden columns</li>
1904           <li>Reference sequence based alignment shading to
1905             highlight variation</li>
1906           <li>Select or hide columns according to alignment
1907             annotation</li>
1908           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1909           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1910             acid conservation row</li>
1911           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1912         </ul> <em>Application</em>
1913         <ul>
1914           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1915             <ul>
1916               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1917                 view with cDNA/Protein</li>
1918               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1919                 sequences are placed in the same alignment</li>
1920               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1921                 projects</li>
1922             </ul>
1923           </li>
1924
1925           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1926           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1927             Jalview windows</li>
1928
1929           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1930           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1931           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1932             be shown in VARNA</li>
1933
1934           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1935             as the active selected region</li>
1936
1937           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1938             similarity</li>
1939           <li>New Export options
1940             <ul>
1941               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1942                 region export in flat file generation</li>
1943
1944               <li>Export alignment views for display with the <a
1945                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1946
1947               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1948               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1949                 alignment figures to HTML</li>
1950           </li>
1951           <li>3D structure retrieval and display
1952             <ul>
1953               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1954                 Search API</li>
1955               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1956                 PDB structures for a sequence set</li>
1957             </ul>
1958           </li>
1959
1960           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1961             predictions</li>
1962           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1963             for one or a group of sequences</li>
1964           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1965             from the JPred4 web server</li>
1966           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1967             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1968             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1969           </li>
1970           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1971             VARNA 2D Structure'</li>
1972           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1973             Structure ..."</li>
1974
1975         </ul> <em>Applet</em>
1976         <ul>
1977           <li>New layout for applet example pages</li>
1978           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1979             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1980           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1981             Protein alignments</li>
1982         </ul> <em>Development and deployment</em>
1983         <ul>
1984           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1985           <li>Include installation type and git revision in build
1986             properties and console log output</li>
1987           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1988             storing BioJsMSA Templates</li>
1989           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1990         </ul></td>
1991       <td>
1992         <!-- <em>General</em>
1993         <ul>
1994         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1995         <ul>
1996           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1997           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1998           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1999             predictions are not highlighted in amber</li>
2000           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2001             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2002           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2003             associated structure views</li>
2004           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2005             width checkbox not enabled</li>
2006           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2007             creating user defined colours</li>
2008           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2009             mappings for just that viewer's sequences</li>
2010           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2011             multiple models in Chimera</li>
2012           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2013             over Jmol structure</li>
2014           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2015             output to text box</li>
2016           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2017             have incorrect sequence start/end</li>
2018           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2019             Jalview fails</li>
2020           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2021             work for nucleotide</li>
2022           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2023             to a grey/invisible alignment window</li>
2024           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2025             imports to different position</li>
2026           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2027             on some platforms</li>
2028           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2029             populated</li>
2030           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2031             console if Chimera has been opened</li>
2032           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2033           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2034             retrieved</li>
2035           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2036           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2037             either sequence shows on first structure</li>
2038           <li>'Show annotations' options should not make
2039             non-positional annotations visible</li>
2040           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2041             in right place after 'view flanking regions'</li>
2042           <li>File Save As type unset when current file format is
2043             unknown</li>
2044           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2045             projects</li>
2046           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2047             responsive</li>
2048           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2049             several views on same alignment</li>
2050           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2051           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2052             spaces</li>
2053         </ul> <em>Applet</em>
2054         <ul>
2055           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2056           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2057             descriptions containing angle brackets</li>
2058         </ul> <em>General</em>
2059         <ul>
2060           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2061             via jalview annotation file</li>
2062           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2063             with RNA secondary structure</li>
2064           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2065             translation doesn't work.</li>
2066           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2067           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2068             positions</li>
2069           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2070             choosing 1pt font</li>
2071           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2072             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2073             'h'</li>
2074           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2075             new feature</li>
2076           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2077             order dependent</li>
2078           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2079             sequences</li>
2080           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2081         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2082         <ul>
2083           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2084             www.jalview.org</li>
2085         </ul> <em>Application Known issues</em>
2086         <ul>
2087           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2088           <li>Misleading message appears after trying to delete
2089             solid column.</li>
2090           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2091             version launches</li>
2092           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2093             fails with a sequence mismatch</li>
2094           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2095             scrolling alignment to right</li>
2096           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2097             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2098           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2099             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2100           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2101             ultra-high resolution</li>
2102           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2103             quality and conservation</li>
2104           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2105             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2106         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2107         <ul>
2108           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2109           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2110             window is being resized</li>
2111
2112         </ul>
2113       </td>
2114     </tr>
2115     <tr>
2116       <td><div align="center">
2117           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2118         </div></td>
2119       <td><em>General</em>
2120         <ul>
2121           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2122             Certum.PL.</li>
2123           <li>Features and annotation preserved when performing
2124             pairwise alignment</li>
2125           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2126             imported/exported/displayed</li>
2127           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2128             protein secondary structure</li>
2129           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2130               post-hoc with 2.9 release</em>)
2131           </li>
2132
2133         </ul> <em>Application</em>
2134         <ul>
2135           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2136             with 3D structures</li>
2137           <li>Support for parsing RNAML</li>
2138           <li>Annotations menu for layout
2139             <ul>
2140               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2141               <li>place sequence annotation above/below alignment
2142                 annotation</li>
2143             </ul>
2144           <li>Output in Stockholm format</li>
2145           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2146             translation</li>
2147           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2148           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2149             shared between alignments</li>
2150           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2151             Jalview</li>
2152           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2153             all or current selection</li>
2154           <li>disorder and secondary structure predictions
2155             available as dataset annotation</li>
2156           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2157
2158
2159           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2160             alignments from Rfam</li>
2161           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2162
2163           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2164             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2165           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2166           <li>include installation type in build properties and
2167             console log output</li>
2168           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2169             annotation</li>
2170         </ul></td>
2171       <td>
2172         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2173         <ul>
2174           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2175             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2176           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2177             alignment</li>
2178           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2179           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2180           <li>Double click on sequence associated annotation
2181             selects only first column</li>
2182           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2183             leaves shown in tree</li>
2184           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2185             properly</li>
2186           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2187           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2188             screen and buttons not visible</li>
2189           <li>author list isn't updated if already written to
2190             Jalview properties</li>
2191           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2192             from database</li>
2193           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2194           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2195             browser search window</li>
2196           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2197             in feature settings dialog</li>
2198           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2199             desktop</li>
2200           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2201             pass validation</li>
2202           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2203             fit on screen</li>
2204           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2205             tooltip</li>
2206           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2207             defined user preset</li>
2208           <li>MSA web services warns user if they were launched
2209             with invalid input</li>
2210           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2211             Java 8</li>
2212           <li>
2213             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2214             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2215             created
2216           </li>
2217
2218         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2219         <ul>
2220         </ul> <em>General</em>
2221         <ul>
2222         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2223         <ul>
2224           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2225             memory allocation</li>
2226           <li>launchApp service doesn't automatically open
2227             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2228           <li>
2229             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2230             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2231             1.7_055 is available
2232           </li>
2233         </ul> <em>Application Known issues</em>
2234         <ul>
2235           <li>
2236             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2237             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2238             alignment to right
2239           </li>
2240           <li>
2241             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2242             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2243             with large number of ID
2244           </li>
2245           <li>
2246             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2247             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2248             start/end
2249           </li>
2250           <li>
2251             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2252             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2253             structure tracks are rearranged
2254           </li>
2255           <li>
2256             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2257             invalid rna structure positional highlighting does not
2258             highlight position of invalid base pairs
2259           </li>
2260           <li>
2261             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2262             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2263             project from alignment window file menu
2264           </li>
2265           <li>
2266             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2267             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2268             structures
2269           </li>
2270           <li>
2271             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2272             colour by RNA Helices not enabled when user created
2273             annotation added to alignment
2274           </li>
2275           <li>
2276             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2277             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2278           </li>
2279         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2280         <ul>
2281           <li>
2282             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2283             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2284           </li>
2285           <li>
2286             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2287             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2288           </li>
2289
2290           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2291             when selected</li>
2292         </ul>
2293       </td>
2294     </tr>
2295     <tr>
2296       <td><div align="center">
2297           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2298         </div></td>
2299       <td>
2300         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2301         <em>General</em>
2302         <ul>
2303           <li>Internationalisation of user interface (usually
2304             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2305           <li>Define/Undefine group on current selection with
2306             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2307           <li>Improved group creation/removal options in
2308             alignment/sequence Popup menu</li>
2309           <li>Sensible precision for symbol distribution
2310             percentages shown in logo tooltip.</li>
2311           <li>Annotation panel height set according to amount of
2312             annotation when alignment first opened</li>
2313         </ul> <em>Application</em>
2314         <ul>
2315           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2316             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2317           <li>Select columns containing particular features from
2318             Feature Settings dialog</li>
2319           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2320             sequences</li>
2321           <li>Update Jalview project format:
2322             <ul>
2323               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2324               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2325                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2326               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2327                 colouring</li>
2328             </ul>
2329           </li>
2330           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2331             (PAM250)</li>
2332           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2333             flanking regions for an alignment</li>
2334         </ul>
2335       </td>
2336       <td>
2337         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2338         <ul>
2339           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2340             running after job is cancelled</li>
2341           <li>cannot export features from alignments imported from
2342             Jalview/VAMSAS projects</li>
2343           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2344             float values</li>
2345           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2346             have 'display all symbols' flag set</li>
2347           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2348             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2349           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2350             Jalview</li>
2351           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2352             Lion/Webstart</li>
2353           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2354           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2355           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2356             alignment onto desktop</li>
2357           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2358             'extract scores' function</li>
2359           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2360             alignment window</li>
2361           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2362             performing IUPred disorder prediction</li>
2363           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2364             changing 'normalise logo' display setting</li>
2365           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2366             nothing matches query</li>
2367           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2368             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2369           </li>
2370           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2371             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2372           </li>
2373           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2374             Jalview's menu</li>
2375           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2376             'invalid literal/length code'</li>
2377           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2378             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2379           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2380             colourscheme</li>
2381
2382         </ul> <em>Applet</em>
2383         <ul>
2384           <li>Remove group option is shown even when selection is
2385             not a group</li>
2386           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2387             don't affect groups</li>
2388           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2389             colourscheme name</li>
2390           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2391             Annotation panel is not displayed</li>
2392           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2393             embedded windows</li>
2394         </ul> <em>Other</em>
2395         <ul>
2396           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2397             single sequence were not calculated</li>
2398           <li>annotation files that contain only groups imported as
2399             annotation and junk sequences</li>
2400           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2401             recognised as PFAM or BLC</li>
2402           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2403             doesn't affect background (2.8.0b1)
2404           <li></li>
2405           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2406           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2407             trailing gaps</li>
2408           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2409             registered correctly on import</li>
2410           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2411             certain alignments</li>
2412           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2413             existing annotation based 'use original colours'
2414             colourscheme loses original colours setting</li>
2415         </ul>
2416       </td>
2417     </tr>
2418     <tr>
2419       <td><div align="center">
2420           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2421             <em>30/1/2014</em></strong>
2422         </div></td>
2423       <td>
2424         <ul>
2425           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2426             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2427             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2428             open source project).
2429           </li>
2430           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2431           <li>Output in Stockholm format</li>
2432           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2433           <li>Export/import group and sequence associated line
2434             graph thresholds</li>
2435           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2436             ambiguity codes</li>
2437           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2438             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2439             works</li>
2440           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2441         </ul> <em>Other improvements</em>
2442         <ul>
2443           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2444           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2445             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2446           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2447             files</li>
2448           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2449           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2450             link but no description</li>
2451           <li>Select primary source when selecting authority in
2452             database fetcher GUI</li>
2453           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2454             Jalview</li>
2455           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2456         </ul>
2457       </td>
2458       <td>
2459         <ul>
2460           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2461             displayed</li>
2462           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2463             secondary structure annotation line</li>
2464           <li>Sequence database accessions not imported when
2465             fetching alignments from Rfam</li>
2466           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2467             identical IDs</li>
2468           <li>View all structures does not always superpose
2469             structures</li>
2470           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2471             reflect user or preset settings</li>
2472           <li>Null pointer exceptions for some services without
2473             presets or adjustable parameters</li>
2474           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2475             discover PDB xRefs</li>
2476           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2477             features with DAS</li>
2478           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2479             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2480           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2481             residue follows a gap</li>
2482           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2483             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2484           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2485             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2486           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2487             annotation already exists on alignment</li>
2488           <li>oninit javascript function should be called after
2489             initialisation completes</li>
2490           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2491             alignment window display</li>
2492           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2493           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2494             to annotation file</li>
2495           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2496             groups created</li>
2497           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2498             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2499           <li>Pressing return several times causes Number Format
2500             exceptions in keyboard mode</li>
2501           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2502             correct partitions for input data</li>
2503           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2504           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2505           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2506           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2507             mode</li>
2508           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2509             changes one row&#39;s threshold</li>
2510           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2511             doesn&#39;t open</li>
2512           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2513             quality histograms</li>
2514         </ul>
2515       </td>
2516     </tr>
2517     <tr>
2518       <td><div align="center">
2519           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2520         </div></td>
2521       <td><em>Application</em>
2522         <ul>
2523           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2524             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2525           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2526             preferences</li>
2527           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2528             in Jalview alignment window</li>
2529           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2530             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2531           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2532             RNA and ambiguity codes</li>
2533
2534           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2535           <li>Support fetching and database reference look up
2536             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2537             refs')</li>
2538           <li>Jalview project improvements
2539             <ul>
2540               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2541                 flag for annotation</li>
2542               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2543                 alignment</li>
2544               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2545                 Jalview project</li>
2546
2547             </ul>
2548           </li>
2549           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2550           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2551             running</li>
2552           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2553           <li>visual indication that web service results are still
2554             being retrieved from server</li>
2555           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2556             starts up for first time</li>
2557           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2558             services</li>
2559           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2560             client library</li>
2561           <li>Examples directory and Groovy library included in
2562             InstallAnywhere distribution</li>
2563         </ul> <em>Applet</em>
2564         <ul>
2565           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2566             visualization applet example</li>
2567         </ul> <em>General</em>
2568         <ul>
2569           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2570           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2571             defaults</li>
2572           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2573             calculation</li>
2574           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2575             matrices
2576           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2577             in HTML</li>
2578           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2579             structure contacts</li>
2580           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2581           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2582           <li>Parse sequence associated secondary structure
2583             information in Stockholm files</li>
2584           <li>HTML Export database accessions and annotation
2585             information presented in tooltip for sequences</li>
2586           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2587             style RNA alignment files</li>
2588           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2589             alignment</li>
2590           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2591             shade each sequence according to its associated alignment
2592             annotation</li>
2593           <li>New Jalview Logo</li>
2594         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2595         <ul>
2596           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2597           <li>New Website!</li>
2598         </ul></td>
2599       <td><em>Application</em>
2600         <ul>
2601           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2602             wsdbfetch REST service</li>
2603           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2604           <li>Filetype associations not installed for webstart
2605             launch</li>
2606           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2607             job execution in full once it is complete</li>
2608           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2609             uploaded via ali_file parameter</li>
2610           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2611           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2612           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2613             submitted for prediction</li>
2614           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2615             desktop window</li>
2616           <li>Putting fractional value into integer text box in
2617             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2618           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2619             windows 7</li>
2620           <li>View all structures fails with exception shown in
2621             structure view</li>
2622           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2623             escaped in a platform independent way</li>
2624           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2625             using proxy</li>
2626           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2627             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2628           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2629             failure when java web start temporary file caching is
2630             disabled</li>
2631           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2632             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2633           <li>Errors during processing of command line arguments
2634             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2635           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2636             DAS sources in sequence fetcher</li>
2637           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2638             dialog is shown</li>
2639           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2640           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2641           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2642           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2643             on OSX Mountain Lion</li>
2644           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2645             sequences with alignment annotation are pasted into the
2646             alignment</li>
2647           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2648             when loaded from Jalview project</li>
2649           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2650           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2651             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2652           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2653             associated with all views</li>
2654           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2655             annotation rows to new window</li>
2656         </ul> <em>Applet</em>
2657         <ul>
2658           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2659             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2660           <li>loading features via javascript API automatically
2661             enables feature display</li>
2662           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2663             work</li>
2664         </ul> <em>General</em>
2665         <ul>
2666           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2667           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2668             and then deselected</li>
2669           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2670           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2671             coloured with clustalx</li>
2672           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2673             exceptions and redraw errors</li>
2674           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2675             reconfigured view</li>
2676           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2677             colour</li>
2678           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2679             for lots of labels</li>
2680         </ul>
2681     </tr>
2682     <tr>
2683       <td>
2684         <div align="center">
2685           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2686         </div>
2687       </td>
2688       <td><em>Application</em>
2689         <ul>
2690           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2691           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2692           <li>View/alignment association menu to enable user to
2693             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2694             its colours/correspondences from</li>
2695           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2696           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2697             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2698           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2699           <li>Annotation row column label formatting attributes
2700             stored in project file</li>
2701           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2702             rows preserved in Jalview project file</li>
2703           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2704             saved using Desktop window menu</li>
2705           <li>Visual indication that command line arguments are
2706             still being processed</li>
2707           <li>Groovy script execution from URL</li>
2708           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2709             preferences</li>
2710           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2711             alignment with sequences that have high similarity and
2712             matching IDs</li>
2713           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2714           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2715             structures in same window</li>
2716           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2717           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2718             analysis function in its own submenu</li>
2719         </ul> <em>Applet</em>
2720         <ul>
2721           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2722             groups</li>
2723           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2724           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2725           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2726           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2727           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2728             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2729           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2730           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2731             parameters are treated as such</li>
2732           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2733             <ul>
2734               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2735               <li>Javascript callbacks for
2736                 <ul>
2737                   <li>Applet initialisation</li>
2738                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2739                 </ul>
2740               </li>
2741               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2742                 functions</li>
2743               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2744               <li>javascript structure viewer harness to pass
2745                 messages between Jmol and Jalview when running as
2746                 distinct applets</li>
2747               <li>sortBy method</li>
2748               <li>Set of applet and application examples shipped
2749                 with documentation</li>
2750               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2751                 javascript message exchange</li>
2752             </ul>
2753         </ul> <em>General</em>
2754         <ul>
2755           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2756             multiple alignments</li>
2757           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2758           <li>User configurable link to enable redirects to a
2759             www.Jalview.org mirror</li>
2760           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2761           <li>Configurable newline string when writing alignment
2762             and other flat files</li>
2763           <li>Allow alignment annotation description lines to
2764             contain html tags</li>
2765         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2766         <ul>
2767           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2768             examples</li>
2769           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2770             using a web service before displaying the result in the
2771             Jalview desktop</li>
2772           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2773           <li>Ant target to publish example html files with applet
2774             archive</li>
2775           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2776           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2777         </ul></td>
2778       <td><em>Application</em>
2779         <ul>
2780           <li>User defined colourscheme throws exception when
2781             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2782           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2783             dialog for valid filename/format</li>
2784           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2785           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2786             P37173</li>
2787           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2788             which sequence is to be associated with the file</li>
2789           <li>Find All raises null pointer exception when query
2790             only matches sequence IDs</li>
2791           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2792           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2793             2.4 cannot be loaded</li>
2794           <li>Filetype associations not installed for webstart
2795             launch</li>
2796           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2797             with sequences in different alignments do not get coloured
2798             by their associated sequence</li>
2799           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2800             not preserved when project is loaded</li>
2801           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2802             stored in Jalview project</li>
2803           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2804             Jalview project</li>
2805           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2806           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2807             by conservation</li>
2808           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2809             created on new view</li>
2810           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2811             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2812           <li>Alignment quality not updated after alignment
2813             annotation row is hidden then shown</li>
2814           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2815             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2816           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2817             properly</li>
2818           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2819             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2820           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2821           <li>Structures imported from file and saved in project
2822             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2823           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2824             job execution in full once it is complete</li>
2825         </ul> <em>Applet</em>
2826         <ul>
2827           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2828             annotation rows are displayed</li>
2829           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2830             codebase</li>
2831           <li>View follows highlighting does not work for positions
2832             in sequences</li>
2833           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2834           <li>Export features raises exception when no features
2835             exist</li>
2836           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2837             for javascript api is modified when separator string
2838             provided as parameter</li>
2839           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2840             alignment with no existing selection</li>
2841           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2842             to applet&#39;s codebase</li>
2843           <li>Status bar not updated after finished searching and
2844             search wraps around to first result</li>
2845           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2846             several Jalview applets causes race conditions and memory
2847             leaks</li>
2848           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2849             not sent from Jmol in applet</li>
2850           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2851             applet API fatally hang browser</li>
2852         </ul> <em>General</em>
2853         <ul>
2854           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2855             position with wrapped view and hidden regions</li>
2856           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2857             with/without hidden columns</li>
2858           <li>Sequence length given in alignment properties window
2859             is off by 1</li>
2860           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2861             import PDB like structure files</li>
2862           <li>Positional search results are only highlighted
2863             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2864           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2865           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2866             given sequence position</li>
2867           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2868             output</li>
2869           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2870             from nucleotide chains correctly</li>
2871           <li>Structure colours not updated when tree partition
2872             changed in alignment</li>
2873           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2874             parsed in interleaved stockholm</li>
2875           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2876             state</li>
2877           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2878             properly</li>
2879           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2880             properly associated with their pdb files</li>
2881         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2882         <ul>
2883           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2884             ApplyCopyright tool</li>
2885         </ul></td>
2886     </tr>
2887     <tr>
2888       <td>
2889         <div align="center">
2890           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2891         </div>
2892       </td>
2893       <td><em>Application</em>
2894         <ul>
2895           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2896             contact web services</li>
2897           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2898             service job window</li>
2899           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2900         </ul></td>
2901       <td>
2902         <ul>
2903           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2904             pir file emitted by Jalview</li>
2905           <li>Existing feature settings transferred to new
2906             alignment view created from cut'n'paste</li>
2907           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2908             parsing PDB files</li>
2909           <li>Consensus and conservation annotation rows
2910             occasionally become blank for all new windows</li>
2911           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2912             in wrapped view mode</li>
2913         </ul> <em>Application</em>
2914         <ul>
2915           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2916             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2917           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2918             parameter names</li>
2919           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2920             is down</li>
2921         </ul>
2922       </td>
2923     </tr>
2924     <tr>
2925       <td>
2926         <div align="center">
2927           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2928         </div>
2929       </td>
2930       <td><em>Application</em>
2931         <ul>
2932           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2933             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2934             (JABAWS)
2935           </li>
2936           <li>Web Services preference tab</li>
2937           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2938             preferences</li>
2939           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2940           <li>Superpose structures using associated sequence
2941             alignment</li>
2942           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2943             viewer</li>
2944         </ul> <em>Applet</em>
2945         <ul>
2946           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2947             link out mechanism</li>
2948         </ul> <em>Other</em>
2949         <ul>
2950           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2951             series 12</li>
2952           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2953             require Java 1.5</li>
2954           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2955             sequence annotation files</li>
2956           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2957             type colour specification</li>
2958           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2959             script to check if it being run in an interactive session or
2960             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2961         </ul></td>
2962       <td>
2963         <ul>
2964           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2965             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2966         </ul> <em>Application</em>
2967         <ul>
2968           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2969             selected Regions menu item</li>
2970           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2971             part of a valid accession ID</li>
2972           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2973             runs out of memory</li>
2974           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2975             analysis results</li>
2976           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2977             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2978           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2979         </ul> <em>Applet</em>
2980         <ul>
2981           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2982             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2983             defined.</li>
2984         </ul>
2985       </td>
2986     </tr>
2987     <tr>
2988       <td>
2989         <div align="center">
2990           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2991         </div>
2992       </td>
2993       <td></td>
2994       <td>
2995         <ul>
2996           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2997             sequence IDs</li>
2998           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2999             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3000           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3001             import correctly</li>
3002           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3003             number of columns are hidden</li>
3004           <li>annotation label popup menu not providing correct
3005             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3006             present</li>
3007           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3008             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3009           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3010             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3011
3012         </ul> <em>Applet</em>
3013         <ul>
3014           <li>annotation panel disappears when annotation is
3015             hidden/removed</li>
3016         </ul> <em>Application</em>
3017         <ul>
3018           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3019             alignment opened where annotation panel is visible but no
3020             annotations are present on alignment</li>
3021           <li>pasted region containing hidden columns is
3022             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3023           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3024             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3025           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3026             selected Rregions menu item.</li>
3027           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3028             'Un' or 'Non'conserved</li>
3029           <li>Sequence feature settings are being shared by
3030             multiple distinct alignments</li>
3031           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3032             changed</li>
3033           <li>double click on group annotation to select sequences
3034             does not propagate to associated trees</li>
3035           <li>Mac OSX specific issues:
3036             <ul>
3037               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3038                 window background</li>
3039               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3040                 name set correctly</li>
3041               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3042                 save feature colourscheme button</li>
3043             </ul>
3044           </li>
3045         </ul>
3046       </td>
3047     </tr>
3048     <tr>
3049
3050       <td>
3051         <div align="center">
3052           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3053         </div>
3054       </td>
3055       <td><em>New Capabilities</em>
3056         <ul>
3057           <li>URL links generated from description line for
3058             regular-expression based URL links (applet and application)
3059
3060           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3061             menu</li>
3062           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3063             structures</li>
3064           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3065             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3066           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3067             average score or total feature count for each sequence.</li>
3068           <li>Shading features by score or associated description</li>
3069           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3070             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3071           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3072             hide everything but the currently selected region.</li>
3073           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3074         </ul> <em>Application</em>
3075         <ul>
3076           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3077             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3078           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3079             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3080           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3081             database references and protein_name is parsed as
3082             description line (BioSapiens terms).</li>
3083           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3084             references in sequence ID tooltip from View menu in
3085             application.</li>
3086           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3087       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3088           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3089             conservation plots</li>
3090           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3091             and visualized as sequence logos</li>
3092           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3093             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3094           </li>
3095           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3096             when a new tree is opened.</li>
3097           <li>Jalview Java Console</li>
3098           <li>Better placement of desktop window when moving
3099             between different screens.</li>
3100           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3101             consensus annotation</li>
3102           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3103             Workflows</li>
3104           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3105             <ul>
3106               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3107                 used to preserve views, structures, and tree display
3108                 settings)</li>
3109               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3110                 command line</li>
3111               <li>Sharing of selected regions between views and
3112                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3113               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3114             </ul></li>
3115         </ul> <em>Applet</em>
3116         <ul>
3117           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3118           <li>New Parameters
3119             <ul>
3120               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3121                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3122                 opened.</li>
3123               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3124                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3125               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3126                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3127               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3128                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3129                 view</li>
3130               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3131                 increase the height or width of a cell in the alignment
3132                 grid relative to the current font size.</li>
3133             </ul>
3134           </li>
3135           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3136             tooltip</li>
3137         </ul> <em>Other</em>
3138         <ul>
3139           <li>Features format: graduated colour definitions and
3140             specification of feature scores</li>
3141           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3142             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3143             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3144           <li>XML formats extended to support graduated feature
3145             colourschemes, group associated annotation, and profile
3146             visualization settings.</li></td>
3147       <td>
3148         <ul>
3149           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3150             rather than description</li>
3151           <li>Non-positional features are now included in sequence
3152             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3153             visibility in tooltip).</li>
3154           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3155           <li>Added URL embedding instructions to features file
3156             documentation.</li>
3157           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3158             'X' in peptide product</li>
3159           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3160             sequence ID and sequence string and query strings do not
3161             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3162           <li>AMSA files only contain first column of
3163             multi-character column annotation labels</li>
3164           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3165             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3166             exported and re-imported)</li>
3167           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3168             name</li>
3169           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3170             as subsequence matches, and correctly reports total number
3171             of both.</li>
3172           <li>Application:
3173             <ul>
3174               <li>Better handling of exceptions during sequence
3175                 retrieval</li>
3176               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3177                 link text excludes the start_end suffix</li>
3178               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3179                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3180               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3181               <li>Sequence description lines properly shared via
3182                 VAMSAS</li>
3183               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3184                 data sources</li>
3185               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3186                 completes before alignment figures are generated.</li>
3187               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3188                 first time.</li>
3189               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3190                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3191               <li>User defined group colours properly recovered
3192                 from Jalview projects.</li>
3193             </ul>
3194           </li>
3195         </ul>
3196       </td>
3197
3198     </tr>
3199     <tr>
3200       <td>
3201         <div align="center">
3202           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3203         </div>
3204       </td>
3205       <td>
3206         <ul>
3207           <li>Experimental support for google analytics usage
3208             tracking.</li>
3209           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3210         </ul>
3211       </td>
3212       <td>
3213         <ul>
3214           <li>Race condition in applet preventing startup in
3215             jre1.6.0u12+.</li>
3216           <li>Exception when feature created from selection beyond
3217             length of sequence.</li>
3218           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3219           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3220             all sequences with a given id</li>
3221           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3222             ID string searches</li>
3223           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3224             alignment to fail with exception</li>
3225         </ul> <em>Application Issues</em>
3226         <ul>
3227           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3228           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3229             data sources</li>
3230         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3231         <ul>
3232           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3233             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3234           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3235             version (java class versioning error fixed)</li>
3236         </ul>
3237       </td>
3238     </tr>
3239     <tr>
3240       <td>
3241
3242         <div align="center">
3243           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3244         </div>
3245       </td>
3246       <td><em>User Interface</em>
3247         <ul>
3248           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3249             translation and protein products</li>
3250           <li>Linked highlighting of structure associated with
3251             residue mapping to codon position</li>
3252           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3253             and 'clear' button</li>
3254           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3255             Tools menu</li>
3256           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3257             numeric data in description line</li>
3258           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3259           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3260             of sequence</li>
3261         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3262         <ul>
3263           <li>JPred3 web service</li>
3264           <li>Prototype sequence search client (no public services
3265             available yet)</li>
3266           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3267             PFAM</li>
3268           <li>URL Links created for matching database cross
3269             references as well as sequence ID</li>
3270           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3271         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3272         <ul>
3273           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3274             databases</li>
3275           <li>Generalised database reference retrieval and
3276             validation to all fetchable databases</li>
3277           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3278             sequence command</li>
3279         </ul> <em>Import and Export</em>
3280         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3281         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3282           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3283         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3284           File</li>
3285         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3286           triplet as name of colourscheme</li>
3287         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3288         <ul>
3289           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3290           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3291             alignments (experimental)</li>
3292           <li>Create new or select existing session to join</li>
3293           <li>load and save of vamsas documents</li>
3294         </ul> <em>Application command line</em>
3295         <ul>
3296           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3297             from applet)</li>
3298           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3299             of DAS servers to query for alignment features</li>
3300           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3301             that are also automatically queried for features</li>
3302           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3303             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3304         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3305         <ul>
3306           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3307             application (when using &quot;View in full
3308             application&quot;)</li>
3309         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3310         <ul>
3311           <li>feature group display control parameter</li>
3312           <li>debug parameter</li>
3313           <li>showbutton parameter</li>
3314         </ul> <em>Applet API methods</em>
3315         <ul>
3316           <li>newView public method</li>
3317           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3318           <li>Feature display control methods</li>
3319           <li>get list of currently selected sequences</li>
3320         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3321         <ul>
3322           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3323           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3324             Jalview release.</li>
3325           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3326             property controls execution of obfuscator</li>
3327           <li>Build target for generating source distribution</li>
3328           <li>Debug flag for javacc</li>
3329           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3330             jalview.bin.Cache</li>
3331           <li>Continuous Build Integration for stable and
3332             development version of Application, Applet and source
3333             distribution</li>
3334         </ul></td>
3335       <td>
3336         <ul>
3337           <li>selected region output includes visible annotations
3338             (for certain formats)</li>
3339           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3340             for editing</li>
3341           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3342           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3343           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3344           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3345             comments</li>
3346           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3347             filenames containing a ':'</li>
3348           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3349             global sequence features</li>
3350           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3351             references from alignment sequences goes to zero</li>
3352           <li>Close of tree branch colour box without colour
3353             selection causes cascading exceptions</li>
3354           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3355           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3356             file parsing fails.</li>
3357           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3358           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3359             not a valid output format</li>
3360           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3361             vamsas</li>
3362           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3363           <li>error messages passed up and output when data read
3364             fails</li>
3365           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3366             sequence is edited</li>
3367           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3368             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3369           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3370             filetype</li>
3371           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3372             import fixed for PFAM records</li>
3373           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3374             window list</li>
3375           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3376             can be read and written correctly to annotation file</li>
3377           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3378             correctly</li>
3379           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3380             non-italic font for representatives in Applet</li>
3381           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3382             Macs.</li>
3383           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3384             Applet)</li>
3385           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3386             due to null pointer exceptions</li>
3387           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3388             first column of alignment</li>
3389           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3390             July 2008</li>
3391           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3392             file is case-insensitive</li>
3393           <li>Sequence features read from Features file appended to
3394             all sequences with matching IDs</li>
3395           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3396             containing a sub-sequence</li>
3397           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3398           <li>feature and annotation file applet parameters
3399             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3400           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3401           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3402             splash-screen version check to complete</li>
3403           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3404             when passing them to the launchApp service</li>
3405           <li>display name and local features preserved in results
3406             retrieved from web service</li>
3407           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3408             sequence fetcher initialisation</li>
3409           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3410             dasobert DAS client</li>
3411           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3412             association</li>
3413           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3414             sequences
3415           </li>
3416         </ul>
3417       </td>
3418     </tr>
3419     <tr>
3420       <td>
3421         <div align="center">
3422           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3423         </div>
3424       </td>
3425       <td>
3426         <ul>
3427           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3428           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3429           <li>Slide sequences</li>
3430           <li>Edit sequence in place</li>
3431           <li>EMBL CDS features</li>
3432           <li>DAS Feature mapping</li>
3433           <li>Feature ordering</li>
3434           <li>Alignment Properties</li>
3435           <li>Annotation Scores</li>
3436           <li>Sort by scores</li>
3437           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3438         </ul>
3439       </td>
3440       <td>
3441         <ul>
3442           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3443           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3444           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3445           <li>Feature group display state in XML</li>
3446           <li>Feature ordering in XML</li>
3447           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3448           <li>Stockholm alignment properties</li>
3449           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3450           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3451           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3452           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3453         </ul>
3454       </td>
3455
3456     </tr>
3457     <tr>
3458       <td>
3459         <div align="center">
3460           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3461         </div>
3462       </td>
3463       <td>
3464         <ul>
3465           <li>Non standard characters can be read and displayed
3466           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3467             applet via textbox
3468           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3469             name &amp; description
3470           <li>Preference setting to display sequence name in
3471             italics
3472           <li>Annotation file format extended to allow
3473             Sequence_groups to be defined
3474           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3475             specified in preferences
3476           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3477             sequences
3478         </ul>
3479       </td>
3480       <td>
3481         <ul>
3482           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3483             installed
3484           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3485           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3486         </ul>
3487       </td>
3488     </tr>
3489     <tr>
3490       <td>
3491         <div align="center">
3492           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3493         </div>
3494       </td>
3495       <td>
3496         <ul>
3497           <li>Multiple views on alignment
3498           <li>Sequence feature editing
3499           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3500           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3501           <li>Background dependent text colour
3502           <li>Right align sequence ids
3503           <li>User-defined lower case residue colours
3504           <li>Format Menu
3505           <li>Select Menu
3506           <li>Menu item accelerator keys
3507           <li>Control-V pastes to current alignment
3508           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3509           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3510           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3511
3512           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3513         </ul>
3514       </td>
3515       <td>
3516         <ul>
3517           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3518           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3519             calculations
3520           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3521             edits
3522           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3523             of alignment)
3524           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3525
3526           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3527             display correctly
3528           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3529           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3530             analysis results
3531           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3532             &#8739;
3533           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3534           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3535           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3536
3537         </ul>
3538       </td>
3539     </tr>
3540     <tr>
3541       <td>
3542         <div align="center">
3543           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3544         </div>
3545       </td>
3546       <td>
3547         <ul>
3548           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3549         </ul>
3550       </td>
3551       <td>
3552         <ul>
3553           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3554             sequence id panel has been resized</li>
3555           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3556             rendered</li>
3557           <li>Annotation files with sequence references - all
3558             elements in file are relative to sequence position</li>
3559           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3560         </ul>
3561       </td>
3562     </tr>
3563     <tr>
3564       <td>
3565         <div align="center">
3566           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3567         </div>
3568       </td>
3569       <td>
3570         <ul>
3571           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3572           <li>DAS Feature fetching</li>
3573           <li>Hide sequences and columns</li>
3574           <li>Export Annotations and Features</li>
3575           <li>GFF file reading / writing</li>
3576           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3577             files</li>
3578           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3579           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3580           <li>Applet can launch the full application</li>
3581           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3582             required)</li>
3583           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3584           <li>Applet can load sequences from parameter
3585             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3586           </li>
3587         </ul>
3588       </td>
3589       <td>
3590         <ul>
3591           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3592           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3593           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3594         </ul>
3595       </td>
3596     </tr>
3597     <tr>
3598       <td>
3599         <div align="center">
3600           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3601         </div>
3602       </td>
3603       <td>
3604         <ul>
3605           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3606           <li>Choose to match case when searching</li>
3607           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3608             expand the visible width and height of the alignment</li>
3609         </ul>
3610       </td>
3611       <td>
3612         <ul>
3613           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3614         </ul>
3615       </td>
3616     </tr>
3617     <tr>
3618       <td>
3619         <div align="center">
3620           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3621         </div>
3622       </td>
3623       <td>&nbsp;</td>
3624       <td>
3625         <ul>
3626           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3627           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3628             value</li>
3629         </ul>
3630       </td>
3631     </tr>
3632     <tr>
3633       <td>
3634         <div align="center">
3635           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3636         </div>
3637       </td>
3638       <td>
3639         <ul>
3640           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3641           <li>Keyboard editing</li>
3642           <li>Create sequence features from searches</li>
3643           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3644             alignments</li>
3645           <li>Features file allows grouping of features</li>
3646           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3647           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3648           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3649         </ul>
3650       </td>
3651       <td>
3652         <ul>
3653           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3654           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3655             descriptions saved.</li>
3656         </ul>
3657       </td>
3658     </tr>
3659     <tr>
3660       <td>
3661         <div align="center">
3662           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3663         </div>
3664       </td>
3665       <td>
3666         <ul>
3667           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3668           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3669           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3670             name for file output</li>
3671           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3672           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3673             used for HTML form input</li>
3674         </ul>
3675       </td>
3676       <td>
3677         <ul>
3678           <li>HTML output writes groups and features</li>
3679           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3680           <li>File IO bugs</li>
3681         </ul>
3682       </td>
3683     </tr>
3684     <tr>
3685       <td>
3686         <div align="center">
3687           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3688         </div>
3689       </td>
3690       <td>
3691         <ul>
3692           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3693           <li>More options for PCA viewer</li>
3694         </ul>
3695       </td>
3696       <td>
3697         <ul>
3698           <li>GUI bugs resolved</li>
3699           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3700         </ul>
3701       </td>
3702     </tr>
3703     <tr>
3704       <td height="63">
3705         <div align="center">
3706           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3707         </div>
3708       </td>
3709       <td>
3710         <ul>
3711           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3712           <li>Jar files are executable</li>
3713           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3714         </ul>
3715       </td>
3716       <td>
3717         <ul>
3718           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3719           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3720           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3721         </ul>
3722       </td>
3723     </tr>
3724     <tr>
3725       <td>
3726         <div align="center">
3727           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3728         </div>
3729       </td>
3730       <td>
3731         <ul>
3732           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3733         </ul>
3734       </td>
3735       <td>
3736         <ul>
3737           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3738         </ul>
3739       </td>
3740     </tr>
3741     <tr>
3742       <td>
3743         <div align="center">
3744           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3745         </div>
3746       </td>
3747       <td>
3748         <ul>
3749           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3750             size</li>
3751         </ul>
3752       </td>
3753       <td>
3754         <ul>
3755           <li>Improved JPred client reliability</li>
3756           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3757         </ul>
3758       </td>
3759     </tr>
3760     <tr>
3761       <td>
3762         <div align="center">
3763           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3764         </div>
3765       </td>
3766       <td>
3767         <ul>
3768           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3769           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3770           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3771             to Colour Menu</li>
3772           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3773           <li>Unix users can set default web browser</li>
3774           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3775           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3776         </ul>
3777       </td>
3778       <td>
3779         <ul>
3780           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3781         </ul>
3782       </td>
3783     </tr>
3784     <tr>
3785       <td>
3786         <div align="center">
3787           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3788         </div>
3789       </td>
3790       <td>&nbsp;</td>
3791       <td>
3792         <ul>
3793           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3794             alignment order.</li>
3795         </ul>
3796       </td>
3797     </tr>
3798     <tr>
3799       <td>
3800         <div align="center">
3801           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3802         </div>
3803       </td>
3804       <td>
3805         <ul>
3806           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3807           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3808           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3809             annotations.</li>
3810           <li>Version and build date written to build properties
3811             file.</li>
3812           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3813             at launch of Jalview.</li>
3814         </ul>
3815       </td>
3816       <td>
3817         <ul>
3818           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3819           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3820           <li>Can remove groups one by one.</li>
3821           <li>Filechooser icons installed.</li>
3822           <li>Finder ignores return character when searching.
3823             Return key will initiate a search.<br>
3824           </li>
3825         </ul>
3826       </td>
3827     </tr>
3828     <tr>
3829       <td>
3830         <div align="center">
3831           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3832         </div>
3833       </td>
3834       <td>
3835         <ul>
3836           <li>New codebase</li>
3837         </ul>
3838       </td>
3839       <td>&nbsp;</td>
3840     </tr>
3841   </table>
3842   <p>&nbsp;</p>
3843 </body>
3844 </html>