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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
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  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
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  37   padding-left: 6px;
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  39
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  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>27/02/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence ID and annotation area margins can be click-dragged to adjust them.</li>
  81             <li>
  82             <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and Ensembl services
  83             </li>
  84             <li>
  85             <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments and lots of hidden columns
  86             </li>
  87           </ul>
  88           </div>
  89       </td>
  90       <td><div align="left">
  91           <ul>
  92             <li>
  93               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown overlapping alignment panel
  94             </li>
  95             <li>
  96               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
  97             </li>
  98           </ul>
  99       </div>
 100       </td>
 101     </tr>
 102     <tr>
 103       <td width="60" nowrap>
 104         <div align="center">
 105           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 106         </div>
 107       </td>
 108       <td><div align="left">
 109           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 110               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 111       <td><div align="left">
 112           <em>Desktop</em><ul>
 113           <ul>
 114             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 115             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 116             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 117             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 118             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 119             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 120             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 121           </ul>
 122           </div>
 123       </td>
 124     </tr>
 125     <tr>
 126       <td width="60" nowrap>
 127         <div align="center">
 128           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 129         </div>
 130       </td>
 131       <td><div align="left">
 132           <em></em>
 133           <ul>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 136               rendering of sequence features
 137             </li>
 138             <li>
 139               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 140               429 rate limit request hander
 141             </li>
 142             <li>
 143               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 144               their colours have changed
 145             </li>
 146             <li>
 147               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 148               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 149             </li>
 150             <li>
 151               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 152               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 153             </li>
 154             <li>
 155               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 156               view from Ensembl locus cross-references
 157             </li>
 158             <li>
 159               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 160               Alignment report
 161             </li>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 164               feature can be disabled
 165             </li>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 168               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 169             </li>
 170             <li>
 171               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 172               Uniprot
 173             </li>
 174           </ul>
 175           <em>Scripting</em>
 176           <ul>
 177             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 178             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 179               percent identity scores for current alignment.</li>
 180           </ul>
 181           <em>Testing and Deployment</em>
 182           <ul>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 185             </li>
 186           </ul>
 187         </div></td>
 188       <td><div align="left">
 189           <em>General</em>
 190           <ul>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 193               threshold text field doesn't trigger an update to the
 194               alignment view
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 198               strings in parallel
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 202               alignment window is closed
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 206               group visibility
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 210               takes a long time in Cursor mode
 211             </li>
 212           </ul>
 213           <em>Desktop</em>
 214           <ul>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 217               cannot be viewed in Chimera
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 221               CDS/Protein view
 222             </li>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 225               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 226               Search Dialogs
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 230             </li>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 236               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 240               scrolling right in unwapped alignment view
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 244               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 245               database
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 249               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 253               features of same type and group to be selected for
 254               amending
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 258               alignments when hidden columns are present
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 262               displaying several structures
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 266               moving a window
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 270               within the Jalview desktop on OSX
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 274               when in wrapped alignment mode
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 278               hand end of alignment
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 282               each selected sequence do not have correct start/end
 283               positions
 284             </li>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 287               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 288             </li>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 291               restoring project until a new view is created
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 295               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 296               configured (since 2.10.2b2)
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 300               position is adjusted
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 304               in a multi-chain structure when viewing alignment
 305               involving more than one chain (since 2.10)
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 309               if new selection moves alignment window
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 313               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 317               that produces correctly annotated transcripts and products
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 321               doesn't update associated structure view
 322             </li>
 323           </ul>
 324           <em>Applet</em><br />
 325           <ul>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 328               closing alignment panel
 329             </li>
 330           </ul>
 331           <em>BioJSON</em><br />
 332           <ul>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 335               non-positional features
 336             </li>
 337           </ul>
 338           <em>New Known Issues</em>
 339           <ul>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 342               sequence features correctly (for many previous versions of
 343               Jalview)
 344             </li>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 347               using cursor in wrapped panel other than top
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 351               graduated colour threshold
 352             </li>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 355               always preserve numbering and sequence features
 356             </li>
 357           </ul>
 358           <em>Known Java 9 Issues</em>
 359           <ul>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 362               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 363               9.01, OSX 10.10)
 364             </li>
 365           </ul>
 366         </div></td>
 367     </tr>
 368     <tr>
 369       <td width="60" nowrap>
 370         <div align="center">
 371           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 372             <em>2/10/2017</em></strong>
 373         </div>
 374       </td>
 375       <td><div align="left">
 376           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 377           <ul>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 380             </li>
 381             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 382             </li>
 383           </ul>
 384         </div></td>
 385       <td><div align="left">
 386         </div></td>
 387     </tr>
 388     <tr>
 389       <td width="60" nowrap>
 390         <div align="center">
 391           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 392             <em>7/9/2017</em></strong>
 393         </div>
 394       </td>
 395       <td><div align="left">
 396           <em></em>
 397           <ul>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 400               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 401               white)
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 405               Preferences
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 409               in size and progress bar shown as higher resolution
 410               overview is recalculated
 411             </li>
 412
 413           </ul>
 414         </div></td>
 415       <td><div align="left">
 416           <em></em>
 417           <ul>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 420               column region row by row
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 424               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 428               format setting is unticked
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 432               if group has show boxes format setting unticked
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 436               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 437               include sequences and columns not currently displayed
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 441               assemblies are imported via CIF file
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 445               displayed when threshold or conservation colouring is also
 446               enabled.
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 450               server version
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 454               dragging a selected region off the visible region of the
 455               alignment
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 459               colourscheme to all groups in a view
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 463               initially after font size change using the Font chooser or
 464               middle-mouse zoom
 465             </li>
 466           </ul>
 467         </div></td>
 468     </tr>
 469     <tr>
 470       <td width="60" nowrap>
 471         <div align="center">
 472           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 473         </div>
 474       </td>
 475       <td><div align="left">
 476           <em>Calculations</em>
 477           <ul>
 478
 479             <li>
 480               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 481               ungapped positions in each column of the alignment.
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 485               a calculation dialog box
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 489               and memory efficiency (~30x faster)
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 493               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 494               and other calculations
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 498               files within the Jalview codebase
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 502               Similarity may have different topology due to increased
 503               precision
 504             </li>
 505           </ul>
 506           <em>Rendering</em>
 507           <ul>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 510               model for alignments and groups
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 514               scripts
 515             </li>
 516           </ul>
 517           <em>Overview</em>
 518           <ul>
 519             <li>
 520               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 521               with alignment and overview windows
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 525               overview
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 529               omitted in Overview
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 533               adjustment of visible position
 534             </li>
 535           </ul>
 536
 537           <em>Data import/export</em>
 538           <ul>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 541               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 545               annotation input/output via stockholm flatfile
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 549               extension when importing structure files without embedded
 550               names or PDB accessions
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 554               format sequence substitution matrices
 555             </li>
 556           </ul>
 557           <em>User Interface</em>
 558           <ul>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 561               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 562               the application.
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 566               via Overview or sequence motif search operations
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 570               opened by double clicking gaps within sequence feature
 571               extent
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 575               aligned positions were available to create a 3D structure
 576               superposition.
 577             </li>
 578           </ul>
 579           <em>3D Structure</em>
 580           <ul>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 583               coloured in linked structure views
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 587               file-based command exchange
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 591               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 592               structures are already available for sequences
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 596               the Jalview project rather than downloaded again when the
 597               project is reopened.
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 601               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 602               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 603                 Feature</strong>)
 604             </li>
 605           </ul>
 606           <em>Web Services</em>
 607           <ul>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 613               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 614               Analysis services
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 618               cross-references provided by identifiers.org and the
 619               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 620             </li>
 621           </ul>
 622
 623           <em>Scripting</em>
 624           <ul>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 627               identifying file formats (instead of String constants)
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 631               efficiency when counting all displayed features (not
 632               backwards compatible with 2.10.1)
 633             </li>
 634           </ul>
 635           <em>Example files</em>
 636           <ul>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 639               included in the example feature file
 640             </li>
 641           </ul>
 642           <em>Documentation</em>
 643           <ul>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 646               with the built-in Java help viewer
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 650               sequence description' option
 651             </li>
 652           </ul>
 653           <em>Test Suite</em>
 654           <ul>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 657               Uniprot REST Free Text Search Client
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 664               during tests
 665             </li>
 666           </ul>
 667         </div></td>
 668       <td><div align="left">
 669           <em>Calculations</em>
 670           <ul>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 673               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 674               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 675             </li>
 676             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 677               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 678               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 679               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 680               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 681               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 682               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 683               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 684               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 685               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 686               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 687               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 688               // for 2.10.1 mode <br />
 689               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 690               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 691                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 692                 calculations (not recommended)</em></li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 695               scaling of branch lengths for trees computed using
 696               Sequence Feature Similarity.
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 700               generating output report when working with highly
 701               redundant alignments
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 705               right of selected region when gaps present on right-hand
 706               boundary
 707             </li>
 708           </ul>
 709           <em>User Interface</em>
 710           <ul>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 713               doesn't reselect a specific sequence's associated
 714               annotation after it was used for colouring a view
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 718               opened on a region of alignment without groups
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 722               of an alignment with overlapping groups
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 726               name and description match
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 730               hidden regions results in incorrect hidden regions
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 734               changing colour does not apply Conservation slider value
 735               to all groups
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 739               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 743               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 747               gaps before start of features
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 751               restored to UI when feature colour is edited
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 755               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 759               as graduate feature colour settings are modified via the
 760               dialog box
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 764               when a group defined on the alignment is resized
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 768               wrapped view result in positional status updates
 769             </li>
 770
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 773               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 777               alignment included gapped columns
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 781               widgets don't permanently disappear
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 785               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 786               T-Coffee column reliability scores)
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 790               sequence feature on gaps only
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 794               button from a Find inherit previously defined feature type
 795               rather than the Find query string
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 799               exporting tree calculated in Jalview
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 803               and then revealing them reorders sequences on the
 804               alignment
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 808               doesn't update to reflect available set of groups after
 809               interactively adding or modifying features
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 813               Linux
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 817               only excluded gaps in current sequence and ignored
 818               selection.
 819             </li>
 820           </ul>
 821           <em>Rendering</em>
 822           <ul>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 825               erratically when hidden rows or columns are present
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 829               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 830               sequence colouring
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 834               colour and group colour menu for protein alignments
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 838               reflect currently selected view or group's shading
 839               thresholds
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 843               when rendered on overview and structures when opacity at
 844               100%
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 848               overview when features overlaid on alignment
 849             </li>
 850           </ul>
 851           <em>Data import/export</em>
 852           <ul>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 855               load
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 859               added after a sequence was imported are not written to
 860               Stockholm File
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 864               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 868               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 872               with lightGray or darkGray via features file (but can
 873               specify lightgray)
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 877               when alignment view imported from project
 878             </li>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 881               structure and sequences extracted from structure files
 882               imported via URL and viewed in Jmol
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 886               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 887               the project is loaded and the structure viewed
 888             </li>
 889           </ul>
 890           <em>Web Services</em>
 891           <ul>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 894               release of Ensembl v.88
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 898               appear enabled in Preferences->Connections
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 902               removed from console output
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 906               Ensembl by Peptide ID
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 910               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 911               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 912               due to 'null' string rather than empty string used for
 913               residues with no corresponding PDB mapping).
 914             </li>
 915           </ul>
 916           <em>Application UI</em>
 917           <ul>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 920               menu
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 924               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 925               new documentation and tooltips added)
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 929               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 933               new features are added to alignment
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 937               changes to feature colours via the Amend features dialog
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 941               edit graduated feature colour via amend features dialog
 942               box
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 946               selection menu changes colours of alignment views
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 950               from alignment calculation workers after alignment has
 951               been closed
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 955               groups now 'Create Group'
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 959               Create/Undefine group doesn't always work
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 963               shown again after pressing 'Cancel'
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 967               adjusts start position in wrap mode
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 971               ambiguous amino acids
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 975               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 976               proteins
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 980               Defined' don't appear in Colours menu
 981             </li>
 982           </ul>
 983           <em>Applet</em>
 984           <ul>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 987               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 991               overview or linked structure view
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 995               work (since 2.8)
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 999               user-defined colourscheme doesn't restore original
1000               colourscheme
1001             </li>
1002           </ul>
1003           <em>Test Suite</em>
1004           <ul>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1007               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1011               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1012               problems with deep array comparison equality asserts in
1013               successive versions of TestNG
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1017               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1018             </li>
1019           </ul>
1020           <em>New Known Issues</em>
1021           <ul>
1022             <li>
1023               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1024               phase after a sequence motif find operation
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1028               containing just upper and lower case letters are
1029               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1030             </li>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1033               reliably from eggnog Ortholog database
1034             </li>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1037               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1038               to mark columns containing highlighted regions.
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1042               doesn't always add secondary structure annotation.
1043             </li>
1044           </ul>
1045         </div>
1046     <tr>
1047       <td width="60" nowrap>
1048         <div align="center">
1049           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1050         </div>
1051       </td>
1052       <td><div align="left">
1053           <em>General</em>
1054           <ul>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1057               for all consensus calculations
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1061               3rd Oct 2016)
1062             </li>
1063             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1064               for 2016-2017</li>
1065           </ul>
1066           <em>Application</em>
1067           <ul>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1070               set of database cross-references, sorted alphabetically
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1074               from database cross references. Users with custom links
1075               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1076                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1080               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1081               Chimera session
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1085               the Chimera it is connected to is shut down
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1089               columns menu item to mark columns containing highlighted
1090               regions (e.g. from structure selections or results of a
1091               Find operation)
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1095               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1096               MSAviewer
1097             </li>
1098           </ul>
1099         </div></td>
1100       <td>
1101         <div align="left">
1102           <em>General</em>
1103           <ul>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1106               are not coloured or thresholded according to percent
1107               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1111               hydrophobic
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1115               threshold, amino acid properties)
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1119               reported as mapped to residues in a structure file in the
1120               View Mapping report
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1124               could be added multiple times to a sequence
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1128               bond features shown as two highlighted residues rather
1129               than a range in linked structure views, and treated
1130               correctly when selecting and computing trees from features
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1134               cross-references are matched to database name regardless
1135               of case
1136             </li>
1137
1138           </ul>
1139           <em>Application</em>
1140           <ul>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1143               names without regular expressions also offer links from
1144               Sequence ID
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1148               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1149               update Jalview configuration
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1153               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1157               files with similarly named sequences if dropped onto the
1158               alignment
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1162               entries where more chains exist in the PDB accession than
1163               are reported in the SIFTS file
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1167               the structure view when displayed with Chimera
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1171               panel's View->Show Chains submenu
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1175               work for wrapped alignment views
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1179               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1183               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1184               first annotation row
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1188               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1192               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1193             </li>
1194             <!-- JAL-2319 -->
1195             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1196             coordindate data
1197             </li>
1198           </ul>
1199           <!--           <em>New Known Issues</em>
1200           <ul>
1201             <li></li>
1202           </ul> -->
1203         </div>
1204       </td>
1205     </tr>
1206     <td width="60" nowrap>
1207       <div align="center">
1208         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1209           <em>25/10/2016</em></strong>
1210       </div>
1211     </td>
1212     <td><em>Application</em>
1213       <ul>
1214         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1215           view if structures already loaded</li>
1216         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1217           structure views</li>
1218       </ul></td>
1219     <td>
1220       <div align="left">
1221         <em>General</em>
1222         <ul>
1223           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1224             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1225           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1226             example sequences/projects/trees</li>
1227         </ul>
1228         <em>Application</em>
1229         <ul>
1230           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1231             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1232           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1233             without timeout for structures with multiple models or
1234             multiple sequences in alignment</li>
1235           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1236             PDB ID HEADER line</li>
1237           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1238             is performed</li>
1239           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1240             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1241           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1242           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1243             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1244             option</li>
1245           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1246             is created on the alignment</li>
1247           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1248             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1249             pop-up menu</li>
1250         </ul>
1251         <em>Build and deployment</em>
1252         <ul>
1253           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1254             tags</li>
1255         </ul>
1256         <em>New Known Issues</em>
1257         <ul>
1258           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1259             on Windows</li>
1260         </ul>
1261       </div>
1262     </td>
1263     </tr>
1264     <tr>
1265       <td width="60" nowrap>
1266         <div align="center">
1267           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1268         </div>
1269       </td>
1270       <td><em>General</em>
1271         <ul>
1272           <li>
1273             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1274           </li>
1275           <li>
1276             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1277             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1278             better PDB parsing.
1279           </li>
1280           <li>
1281             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1282             reference sequence
1283           </li>
1284           <li>
1285             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1286             mousing over sequence associated annotation
1287           </li>
1288           <li>
1289             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1290             for manual entry
1291           </li>
1292           <li>
1293             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1294             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1295             for each column
1296           </li>
1297           <li>
1298             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1299             showing or hiding columns containing a feature
1300           </li>
1301           <li>
1302             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1303             group and sequence associated annotation labels
1304           </li>
1305           <li>
1306             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1307             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1308             dialogs
1309           </li>
1310
1311         </ul> <em>Application</em>
1312         <ul>
1313           <li>
1314             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1315             gene/transcript view
1316           </li>
1317           <li>
1318             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1319             dialog
1320           </li>
1321           <li>
1322             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1323             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1324           </li>
1325           <li>
1326             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1327             Pfam sources to xfam.org
1328           </li>
1329           <li>
1330             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1331           </li>
1332           <li>
1333             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1334             over sequences in Jalview
1335           </li>
1336           <li>
1337             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1338             regions in ENA and EMBL
1339           </li>
1340           <li>
1341             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1342             for record retrieval via ENA rest API
1343           </li>
1344           <li>
1345             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1346             complement operator
1347           </li>
1348           <li>
1349             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1350             groovy script execution
1351           </li>
1352           <li>
1353             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1354             alignment window's Calculate menu
1355           </li>
1356           <li>
1357             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1358             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1359           </li>
1360           <li>
1361             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1362             calculation workers from groovy scripts
1363           </li>
1364           <li>
1365             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1366             Jalview projects
1367           </li>
1368           <li>
1369             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1370             associations are now saved/restored from project
1371           </li>
1372           <li>
1373             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1374             before sequence fetcher is opened
1375           </li>
1376           <li>
1377             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1378             database chooser opens a sequence fetcher
1379           </li>
1380           <li>
1381             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1382             the UniProt REST API
1383           </li>
1384           <li>
1385             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1386             the news reader opening
1387           </li>
1388           <li>
1389             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1390             querying stored in preferences
1391           </li>
1392           <li>
1393             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1394             search results
1395           </li>
1396           <li>
1397             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1398           </li>
1399           <li>
1400             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1401             menu for nucleotide sequences
1402           </li>
1403           <li>
1404             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1405             and feature counts preserves alignment ordering (and
1406             debugged for complex feature sets).
1407           </li>
1408           <li>
1409             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1410             viewing structures with Jalview 2.10
1411           </li>
1412           <li>
1413             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1414             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1415             Ensembl Genomes REST API
1416           </li>
1417           <li>
1418             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1419             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1420             (Ensembl)
1421           </li>
1422           <li>
1423             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1424             sequences
1425           </li>
1426           <li>
1427             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1428             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1429             data from external database records.
1430           </li>
1431           <li>
1432             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1433             efficient recovery of sequence coding and alignment
1434             annotation relationships.
1435           </li>
1436         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1437         <ul>
1438           <li>
1439             -- JAL---
1440           </li>
1441         </ul> --></td>
1442       <td>
1443         <div align="left">
1444           <em>General</em>
1445           <ul>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1448               menu on OSX
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1452               includes graduated colourschemes
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1456               working with big alignments and lots of hidden columns
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1460               at right of alignment window
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1464               contents
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1468               for DNA alignments
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1472               based tree calculation
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1476               unconserved enabled for group on alignment
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1480               set as reference
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1484               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1485               annotation
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1489               hidden columns present
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1493               user created annotation added to alignment
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1497               '()' base pair annotation
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1501               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1502               Consensus
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1506               feature not working
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1510               beginning of sequence
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1514               entry 3a6s
1515             </li>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1518               from a tree when t-coffee scores are shown
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1522               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1526               some structures
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1530               to Clustal, PIR and PileUp output
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1534               not visible causes alignment window to repaint
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1538               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1539               scores associated with features and annotation rows
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1543               calculation should be case independent
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1547               columns
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1551               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1552               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1556               problems when reference sequence defined and 'show
1557               non-conserved' enabled
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1561               load even when Consensus calculation is disabled
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1565               alignment does nothing
1566             </li>
1567           </ul>
1568           <em>Application</em>
1569           <ul>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1572               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1573               yet fixed for El Capitan)
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1577               output when running on non-gb/us i18n platforms
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1581               hidden sequences as flat-file alignment
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1585               launching Chimera
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1589               (also hotfix for 2.9.0b2)
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1593               reference sequence defined
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1597               alignments and views when revealing hidden columns
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1601               view in a cDNA/Protein splitframe
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1605               sequence from project when only one sequence is
1606               represented
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1610               in Structure Chooser
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1614               structure consensus didn't refresh annotation panel
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1618               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1622               dialogs format columns correctly, don't display array
1623               data, sort columns according to type
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1627               file chooser is cancelled during an image export
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1631               sequence name containing special characters
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1635               case insensitive
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1639               formatting don't wrap
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1643               truncated so L looks like I in consensus annotation
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1647               currently displayed features for the current selection or
1648               view
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1652               after fetching cross-references, and restoring from
1653               project
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1657               followed in the structure viewer
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1661               splitframe not restored from project
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1665               trailing end of protein alignment in transcript/product
1666               splitview when pad-gaps not enabled by default
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1670               is case dependent
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1674               article has been read (reopened issue due to
1675               internationalisation problems)
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1679               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1680               cross-references
1681             </li>
1682
1683             <li>
1684               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1685               alignment as HTML
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1689               multiple structures are shown for one or more sequences.
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1693               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1694               is enabled.
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1698               specific PDB id for sequence
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1702               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1703               columns' is disabled.
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1707               selects lowest rather than highest resolution structures
1708               for each sequence
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1712               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1716               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1720               after clicking on it to create new annotation for a
1721               column.
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1725               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1726             </li>
1727             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1728             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1729           </ul>
1730           <em>Applet</em>
1731           <ul>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1734               hidden columns present before start of sequence
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1738               (JSON jars)
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1742               sequences are hidden in applet
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1746               deployment on examples pages.
1747             </li>
1748           </ul>
1749         </div>
1750       </td>
1751     </tr>
1752     <tr>
1753       <td width="60" nowrap>
1754         <div align="center">
1755           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1756             <em>16/10/2015</em></strong>
1757         </div>
1758       </td>
1759       <td><em>General</em>
1760         <ul>
1761           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1762             jars</li>
1763         </ul></td>
1764       <td>
1765         <div align="left">
1766           <em>Application</em>
1767           <ul>
1768             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1769               shown when tree is partitioned</li>
1770             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1771               multiple cDNA/Protein split views</li>
1772           </ul>
1773         </div>
1774       </td>
1775     </tr>
1776     <tr>
1777       <td width="60" nowrap>
1778         <div align="center">
1779           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1780             <em>8/10/2015</em></strong>
1781         </div>
1782       </td>
1783       <td><em>General</em>
1784         <ul>
1785           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1786             2.9</li>
1787         </ul> <em>Application</em>
1788         <ul>
1789           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1790           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1791           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1792         </ul> <em>Applet</em>
1793         <ul>
1794           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1795         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1796         <ul>
1797           <li>
1798             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1799             suite
1800           </li>
1801         </ul></td>
1802       <td>
1803         <div align="left">
1804           <em>General</em>
1805           <ul>
1806             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1807               incorrect when sequence start > 1</li>
1808             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1809               documentation</li>
1810             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1811             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1812               loading a features file containing HTML tags in feature
1813               description</li>
1814
1815           </ul>
1816           <em>Application</em>
1817           <ul>
1818             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1819               reimport</li>
1820             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1821               with 'trim retrieved sequences'</li>
1822             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1823               deleting selected columns</li>
1824             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1825               JNLP templates for webstart launch</li>
1826             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1827               unreleased structures for download or viewing</li>
1828             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1829               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1830             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1831               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1832             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1833               recovered from jalview project</li>
1834             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1835               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1836               alignment view</li>
1837             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1838               color schemes from BioJSON</li>
1839           </ul>
1840           <em>Applet</em>
1841           <ul>
1842             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1843               frame</li>
1844             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1845           </ul>
1846         </div>
1847       </td>
1848     </tr>
1849     <tr>
1850       <td><div align="center">
1851           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1852         </div></td>
1853       <td><em>General</em>
1854         <ul>
1855           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1856             alignments:
1857             <ul>
1858               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1859                 and DNA alignment views</li>
1860               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1861                 cDNA alignment views</li>
1862               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1863                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1864               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1865                 protein sequences</li>
1866             </ul>
1867           </li>
1868           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1869           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1870             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1871           <li>New alignment annotation file statements for
1872             reference sequences and marking hidden columns</li>
1873           <li>Reference sequence based alignment shading to
1874             highlight variation</li>
1875           <li>Select or hide columns according to alignment
1876             annotation</li>
1877           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1878           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1879             acid conservation row</li>
1880           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1881         </ul> <em>Application</em>
1882         <ul>
1883           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1884             <ul>
1885               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1886                 view with cDNA/Protein</li>
1887               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1888                 sequences are placed in the same alignment</li>
1889               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1890                 projects</li>
1891             </ul>
1892           </li>
1893
1894           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1895           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1896             Jalview windows</li>
1897
1898           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1899           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1900           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1901             be shown in VARNA</li>
1902
1903           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1904             as the active selected region</li>
1905
1906           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1907             similarity</li>
1908           <li>New Export options
1909             <ul>
1910               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1911                 region export in flat file generation</li>
1912
1913               <li>Export alignment views for display with the <a
1914                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1915
1916               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1917               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1918                 alignment figures to HTML</li>
1919           </li>
1920           <li>3D structure retrieval and display
1921             <ul>
1922               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1923                 Search API</li>
1924               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1925                 PDB structures for a sequence set</li>
1926             </ul>
1927           </li>
1928
1929           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1930             predictions</li>
1931           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1932             for one or a group of sequences</li>
1933           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1934             from the JPred4 web server</li>
1935           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1936             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1937             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1938           </li>
1939           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1940             VARNA 2D Structure'</li>
1941           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1942             Structure ..."</li>
1943
1944         </ul> <em>Applet</em>
1945         <ul>
1946           <li>New layout for applet example pages</li>
1947           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1948             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1949           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1950             Protein alignments</li>
1951         </ul> <em>Development and deployment</em>
1952         <ul>
1953           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1954           <li>Include installation type and git revision in build
1955             properties and console log output</li>
1956           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1957             storing BioJsMSA Templates</li>
1958           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1959         </ul></td>
1960       <td>
1961         <!-- <em>General</em>
1962         <ul>
1963         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1964         <ul>
1965           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1966           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1967           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1968             predictions are not highlighted in amber</li>
1969           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1970             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1971           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1972             associated structure views</li>
1973           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1974             width checkbox not enabled</li>
1975           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1976             creating user defined colours</li>
1977           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1978             mappings for just that viewer's sequences</li>
1979           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1980             multiple models in Chimera</li>
1981           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1982             over Jmol structure</li>
1983           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1984             output to text box</li>
1985           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1986             have incorrect sequence start/end</li>
1987           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1988             Jalview fails</li>
1989           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1990             work for nucleotide</li>
1991           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1992             to a grey/invisible alignment window</li>
1993           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1994             imports to different position</li>
1995           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1996             on some platforms</li>
1997           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1998             populated</li>
1999           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2000             console if Chimera has been opened</li>
2001           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2002           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2003             retrieved</li>
2004           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2005           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2006             either sequence shows on first structure</li>
2007           <li>'Show annotations' options should not make
2008             non-positional annotations visible</li>
2009           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2010             in right place after 'view flanking regions'</li>
2011           <li>File Save As type unset when current file format is
2012             unknown</li>
2013           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2014             projects</li>
2015           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2016             responsive</li>
2017           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2018             several views on same alignment</li>
2019           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2020           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2021             spaces</li>
2022         </ul> <em>Applet</em>
2023         <ul>
2024           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2025           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2026             descriptions containing angle brackets</li>
2027         </ul> <em>General</em>
2028         <ul>
2029           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2030             via jalview annotation file</li>
2031           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2032             with RNA secondary structure</li>
2033           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2034             translation doesn't work.</li>
2035           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2036           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2037             positions</li>
2038           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2039             choosing 1pt font</li>
2040           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2041             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2042             'h'</li>
2043           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2044             new feature</li>
2045           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2046             order dependent</li>
2047           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2048             sequences</li>
2049           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2050         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2051         <ul>
2052           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2053             www.jalview.org</li>
2054         </ul> <em>Application Known issues</em>
2055         <ul>
2056           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2057           <li>Misleading message appears after trying to delete
2058             solid column.</li>
2059           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2060             version launches</li>
2061           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2062             fails with a sequence mismatch</li>
2063           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2064             scrolling alignment to right</li>
2065           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2066             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2067           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2068             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2069           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2070             ultra-high resolution</li>
2071           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2072             quality and conservation</li>
2073           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2074             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2075         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2076         <ul>
2077           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2078           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2079             window is being resized</li>
2080
2081         </ul>
2082       </td>
2083     </tr>
2084     <tr>
2085       <td><div align="center">
2086           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2087         </div></td>
2088       <td><em>General</em>
2089         <ul>
2090           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2091             Certum.PL.</li>
2092           <li>Features and annotation preserved when performing
2093             pairwise alignment</li>
2094           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2095             imported/exported/displayed</li>
2096           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2097             protein secondary structure</li>
2098           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2099               post-hoc with 2.9 release</em>)
2100           </li>
2101
2102         </ul> <em>Application</em>
2103         <ul>
2104           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2105             with 3D structures</li>
2106           <li>Support for parsing RNAML</li>
2107           <li>Annotations menu for layout
2108             <ul>
2109               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2110               <li>place sequence annotation above/below alignment
2111                 annotation</li>
2112             </ul>
2113           <li>Output in Stockholm format</li>
2114           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2115             translation</li>
2116           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2117           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2118             shared between alignments</li>
2119           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2120             Jalview</li>
2121           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2122             all or current selection</li>
2123           <li>disorder and secondary structure predictions
2124             available as dataset annotation</li>
2125           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2126
2127
2128           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2129             alignments from Rfam</li>
2130           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2131
2132           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2133             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2134           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2135           <li>include installation type in build properties and
2136             console log output</li>
2137           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2138             annotation</li>
2139         </ul></td>
2140       <td>
2141         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2142         <ul>
2143           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2144             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2145           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2146             alignment</li>
2147           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2148           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2149           <li>Double click on sequence associated annotation
2150             selects only first column</li>
2151           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2152             leaves shown in tree</li>
2153           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2154             properly</li>
2155           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2156           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2157             screen and buttons not visible</li>
2158           <li>author list isn't updated if already written to
2159             Jalview properties</li>
2160           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2161             from database</li>
2162           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2163           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2164             browser search window</li>
2165           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2166             in feature settings dialog</li>
2167           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2168             desktop</li>
2169           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2170             pass validation</li>
2171           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2172             fit on screen</li>
2173           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2174             tooltip</li>
2175           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2176             defined user preset</li>
2177           <li>MSA web services warns user if they were launched
2178             with invalid input</li>
2179           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2180             Java 8</li>
2181           <li>
2182             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2183             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2184             created
2185           </li>
2186
2187         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2188         <ul>
2189         </ul> <em>General</em>
2190         <ul>
2191         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2192         <ul>
2193           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2194             memory allocation</li>
2195           <li>launchApp service doesn't automatically open
2196             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2197           <li>
2198             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2199             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2200             1.7_055 is available
2201           </li>
2202         </ul> <em>Application Known issues</em>
2203         <ul>
2204           <li>
2205             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2206             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2207             alignment to right
2208           </li>
2209           <li>
2210             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2211             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2212             with large number of ID
2213           </li>
2214           <li>
2215             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2216             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2217             start/end
2218           </li>
2219           <li>
2220             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2221             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2222             structure tracks are rearranged
2223           </li>
2224           <li>
2225             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2226             invalid rna structure positional highlighting does not
2227             highlight position of invalid base pairs
2228           </li>
2229           <li>
2230             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2231             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2232             project from alignment window file menu
2233           </li>
2234           <li>
2235             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2236             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2237             structures
2238           </li>
2239           <li>
2240             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2241             colour by RNA Helices not enabled when user created
2242             annotation added to alignment
2243           </li>
2244           <li>
2245             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2246             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2247           </li>
2248         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2249         <ul>
2250           <li>
2251             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2252             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2253           </li>
2254           <li>
2255             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2256             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2257           </li>
2258
2259           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2260             when selected</li>
2261         </ul>
2262       </td>
2263     </tr>
2264     <tr>
2265       <td><div align="center">
2266           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2267         </div></td>
2268       <td>
2269         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2270         <em>General</em>
2271         <ul>
2272           <li>Internationalisation of user interface (usually
2273             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2274           <li>Define/Undefine group on current selection with
2275             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2276           <li>Improved group creation/removal options in
2277             alignment/sequence Popup menu</li>
2278           <li>Sensible precision for symbol distribution
2279             percentages shown in logo tooltip.</li>
2280           <li>Annotation panel height set according to amount of
2281             annotation when alignment first opened</li>
2282         </ul> <em>Application</em>
2283         <ul>
2284           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2285             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2286           <li>Select columns containing particular features from
2287             Feature Settings dialog</li>
2288           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2289             sequences</li>
2290           <li>Update Jalview project format:
2291             <ul>
2292               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2293               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2294                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2295               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2296                 colouring</li>
2297             </ul>
2298           </li>
2299           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2300             (PAM250)</li>
2301           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2302             flanking regions for an alignment</li>
2303         </ul>
2304       </td>
2305       <td>
2306         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2307         <ul>
2308           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2309             running after job is cancelled</li>
2310           <li>cannot export features from alignments imported from
2311             Jalview/VAMSAS projects</li>
2312           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2313             float values</li>
2314           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2315             have 'display all symbols' flag set</li>
2316           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2317             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2318           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2319             Jalview</li>
2320           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2321             Lion/Webstart</li>
2322           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2323           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2324           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2325             alignment onto desktop</li>
2326           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2327             'extract scores' function</li>
2328           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2329             alignment window</li>
2330           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2331             performing IUPred disorder prediction</li>
2332           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2333             changing 'normalise logo' display setting</li>
2334           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2335             nothing matches query</li>
2336           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2337             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2338           </li>
2339           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2340             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2341           </li>
2342           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2343             Jalview's menu</li>
2344           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2345             'invalid literal/length code'</li>
2346           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2347             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2348           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2349             colourscheme</li>
2350
2351         </ul> <em>Applet</em>
2352         <ul>
2353           <li>Remove group option is shown even when selection is
2354             not a group</li>
2355           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2356             don't affect groups</li>
2357           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2358             colourscheme name</li>
2359           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2360             Annotation panel is not displayed</li>
2361           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2362             embedded windows</li>
2363         </ul> <em>Other</em>
2364         <ul>
2365           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2366             single sequence were not calculated</li>
2367           <li>annotation files that contain only groups imported as
2368             annotation and junk sequences</li>
2369           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2370             recognised as PFAM or BLC</li>
2371           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2372             doesn't affect background (2.8.0b1)
2373           <li></li>
2374           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2375           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2376             trailing gaps</li>
2377           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2378             registered correctly on import</li>
2379           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2380             certain alignments</li>
2381           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2382             existing annotation based 'use original colours'
2383             colourscheme loses original colours setting</li>
2384         </ul>
2385       </td>
2386     </tr>
2387     <tr>
2388       <td><div align="center">
2389           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2390             <em>30/1/2014</em></strong>
2391         </div></td>
2392       <td>
2393         <ul>
2394           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2395             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2396             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2397             open source project).
2398           </li>
2399           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2400           <li>Output in Stockholm format</li>
2401           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2402           <li>Export/import group and sequence associated line
2403             graph thresholds</li>
2404           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2405             ambiguity codes</li>
2406           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2407             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2408             works</li>
2409           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2410         </ul> <em>Other improvements</em>
2411         <ul>
2412           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2413           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2414             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2415           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2416             files</li>
2417           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2418           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2419             link but no description</li>
2420           <li>Select primary source when selecting authority in
2421             database fetcher GUI</li>
2422           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2423             Jalview</li>
2424           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2425         </ul>
2426       </td>
2427       <td>
2428         <ul>
2429           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2430             displayed</li>
2431           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2432             secondary structure annotation line</li>
2433           <li>Sequence database accessions not imported when
2434             fetching alignments from Rfam</li>
2435           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2436             identical IDs</li>
2437           <li>View all structures does not always superpose
2438             structures</li>
2439           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2440             reflect user or preset settings</li>
2441           <li>Null pointer exceptions for some services without
2442             presets or adjustable parameters</li>
2443           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2444             discover PDB xRefs</li>
2445           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2446             features with DAS</li>
2447           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2448             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2449           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2450             residue follows a gap</li>
2451           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2452             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2453           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2454             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2455           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2456             annotation already exists on alignment</li>
2457           <li>oninit javascript function should be called after
2458             initialisation completes</li>
2459           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2460             alignment window display</li>
2461           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2462           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2463             to annotation file</li>
2464           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2465             groups created</li>
2466           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2467             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2468           <li>Pressing return several times causes Number Format
2469             exceptions in keyboard mode</li>
2470           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2471             correct partitions for input data</li>
2472           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2473           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2474           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2475           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2476             mode</li>
2477           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2478             changes one row&#39;s threshold</li>
2479           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2480             doesn&#39;t open</li>
2481           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2482             quality histograms</li>
2483         </ul>
2484       </td>
2485     </tr>
2486     <tr>
2487       <td><div align="center">
2488           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2489         </div></td>
2490       <td><em>Application</em>
2491         <ul>
2492           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2493             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2494           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2495             preferences</li>
2496           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2497             in Jalview alignment window</li>
2498           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2499             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2500           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2501             RNA and ambiguity codes</li>
2502
2503           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2504           <li>Support fetching and database reference look up
2505             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2506             refs')</li>
2507           <li>Jalview project improvements
2508             <ul>
2509               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2510                 flag for annotation</li>
2511               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2512                 alignment</li>
2513               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2514                 Jalview project</li>
2515
2516             </ul>
2517           </li>
2518           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2519           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2520             running</li>
2521           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2522           <li>visual indication that web service results are still
2523             being retrieved from server</li>
2524           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2525             starts up for first time</li>
2526           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2527             services</li>
2528           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2529             client library</li>
2530           <li>Examples directory and Groovy library included in
2531             InstallAnywhere distribution</li>
2532         </ul> <em>Applet</em>
2533         <ul>
2534           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2535             visualization applet example</li>
2536         </ul> <em>General</em>
2537         <ul>
2538           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2539           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2540             defaults</li>
2541           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2542             calculation</li>
2543           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2544             matrices
2545           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2546             in HTML</li>
2547           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2548             structure contacts</li>
2549           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2550           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2551           <li>Parse sequence associated secondary structure
2552             information in Stockholm files</li>
2553           <li>HTML Export database accessions and annotation
2554             information presented in tooltip for sequences</li>
2555           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2556             style RNA alignment files</li>
2557           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2558             alignment</li>
2559           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2560             shade each sequence according to its associated alignment
2561             annotation</li>
2562           <li>New Jalview Logo</li>
2563         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2564         <ul>
2565           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2566           <li>New Website!</li>
2567         </ul></td>
2568       <td><em>Application</em>
2569         <ul>
2570           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2571             wsdbfetch REST service</li>
2572           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2573           <li>Filetype associations not installed for webstart
2574             launch</li>
2575           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2576             job execution in full once it is complete</li>
2577           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2578             uploaded via ali_file parameter</li>
2579           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2580           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2581           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2582             submitted for prediction</li>
2583           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2584             desktop window</li>
2585           <li>Putting fractional value into integer text box in
2586             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2587           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2588             windows 7</li>
2589           <li>View all structures fails with exception shown in
2590             structure view</li>
2591           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2592             escaped in a platform independent way</li>
2593           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2594             using proxy</li>
2595           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2596             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2597           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2598             failure when java web start temporary file caching is
2599             disabled</li>
2600           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2601             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2602           <li>Errors during processing of command line arguments
2603             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2604           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2605             DAS sources in sequence fetcher</li>
2606           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2607             dialog is shown</li>
2608           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2609           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2610           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2611           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2612             on OSX Mountain Lion</li>
2613           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2614             sequences with alignment annotation are pasted into the
2615             alignment</li>
2616           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2617             when loaded from Jalview project</li>
2618           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2619           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2620             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2621           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2622             associated with all views</li>
2623           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2624             annotation rows to new window</li>
2625         </ul> <em>Applet</em>
2626         <ul>
2627           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2628             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2629           <li>loading features via javascript API automatically
2630             enables feature display</li>
2631           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2632             work</li>
2633         </ul> <em>General</em>
2634         <ul>
2635           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2636           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2637             and then deselected</li>
2638           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2639           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2640             coloured with clustalx</li>
2641           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2642             exceptions and redraw errors</li>
2643           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2644             reconfigured view</li>
2645           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2646             colour</li>
2647           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2648             for lots of labels</li>
2649         </ul>
2650     </tr>
2651     <tr>
2652       <td>
2653         <div align="center">
2654           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2655         </div>
2656       </td>
2657       <td><em>Application</em>
2658         <ul>
2659           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2660           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2661           <li>View/alignment association menu to enable user to
2662             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2663             its colours/correspondences from</li>
2664           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2665           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2666             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2667           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2668           <li>Annotation row column label formatting attributes
2669             stored in project file</li>
2670           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2671             rows preserved in Jalview project file</li>
2672           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2673             saved using Desktop window menu</li>
2674           <li>Visual indication that command line arguments are
2675             still being processed</li>
2676           <li>Groovy script execution from URL</li>
2677           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2678             preferences</li>
2679           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2680             alignment with sequences that have high similarity and
2681             matching IDs</li>
2682           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2683           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2684             structures in same window</li>
2685           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2686           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2687             analysis function in its own submenu</li>
2688         </ul> <em>Applet</em>
2689         <ul>
2690           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2691             groups</li>
2692           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2693           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2694           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2695           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2696           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2697             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2698           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2699           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2700             parameters are treated as such</li>
2701           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2702             <ul>
2703               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2704               <li>Javascript callbacks for
2705                 <ul>
2706                   <li>Applet initialisation</li>
2707                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2708                 </ul>
2709               </li>
2710               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2711                 functions</li>
2712               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2713               <li>javascript structure viewer harness to pass
2714                 messages between Jmol and Jalview when running as
2715                 distinct applets</li>
2716               <li>sortBy method</li>
2717               <li>Set of applet and application examples shipped
2718                 with documentation</li>
2719               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2720                 javascript message exchange</li>
2721             </ul>
2722         </ul> <em>General</em>
2723         <ul>
2724           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2725             multiple alignments</li>
2726           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2727           <li>User configurable link to enable redirects to a
2728             www.Jalview.org mirror</li>
2729           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2730           <li>Configurable newline string when writing alignment
2731             and other flat files</li>
2732           <li>Allow alignment annotation description lines to
2733             contain html tags</li>
2734         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2735         <ul>
2736           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2737             examples</li>
2738           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2739             using a web service before displaying the result in the
2740             Jalview desktop</li>
2741           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2742           <li>Ant target to publish example html files with applet
2743             archive</li>
2744           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2745           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2746         </ul></td>
2747       <td><em>Application</em>
2748         <ul>
2749           <li>User defined colourscheme throws exception when
2750             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2751           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2752             dialog for valid filename/format</li>
2753           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2754           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2755             P37173</li>
2756           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2757             which sequence is to be associated with the file</li>
2758           <li>Find All raises null pointer exception when query
2759             only matches sequence IDs</li>
2760           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2761           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2762             2.4 cannot be loaded</li>
2763           <li>Filetype associations not installed for webstart
2764             launch</li>
2765           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2766             with sequences in different alignments do not get coloured
2767             by their associated sequence</li>
2768           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2769             not preserved when project is loaded</li>
2770           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2771             stored in Jalview project</li>
2772           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2773             Jalview project</li>
2774           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2775           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2776             by conservation</li>
2777           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2778             created on new view</li>
2779           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2780             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2781           <li>Alignment quality not updated after alignment
2782             annotation row is hidden then shown</li>
2783           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2784             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2785           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2786             properly</li>
2787           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2788             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2789           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2790           <li>Structures imported from file and saved in project
2791             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2792           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2793             job execution in full once it is complete</li>
2794         </ul> <em>Applet</em>
2795         <ul>
2796           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2797             annotation rows are displayed</li>
2798           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2799             codebase</li>
2800           <li>View follows highlighting does not work for positions
2801             in sequences</li>
2802           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2803           <li>Export features raises exception when no features
2804             exist</li>
2805           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2806             for javascript api is modified when separator string
2807             provided as parameter</li>
2808           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2809             alignment with no existing selection</li>
2810           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2811             to applet&#39;s codebase</li>
2812           <li>Status bar not updated after finished searching and
2813             search wraps around to first result</li>
2814           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2815             several Jalview applets causes race conditions and memory
2816             leaks</li>
2817           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2818             not sent from Jmol in applet</li>
2819           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2820             applet API fatally hang browser</li>
2821         </ul> <em>General</em>
2822         <ul>
2823           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2824             position with wrapped view and hidden regions</li>
2825           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2826             with/without hidden columns</li>
2827           <li>Sequence length given in alignment properties window
2828             is off by 1</li>
2829           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2830             import PDB like structure files</li>
2831           <li>Positional search results are only highlighted
2832             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2833           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2834           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2835             given sequence position</li>
2836           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2837             output</li>
2838           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2839             from nucleotide chains correctly</li>
2840           <li>Structure colours not updated when tree partition
2841             changed in alignment</li>
2842           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2843             parsed in interleaved stockholm</li>
2844           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2845             state</li>
2846           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2847             properly</li>
2848           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2849             properly associated with their pdb files</li>
2850         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2851         <ul>
2852           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2853             ApplyCopyright tool</li>
2854         </ul></td>
2855     </tr>
2856     <tr>
2857       <td>
2858         <div align="center">
2859           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2860         </div>
2861       </td>
2862       <td><em>Application</em>
2863         <ul>
2864           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2865             contact web services</li>
2866           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2867             service job window</li>
2868           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2869         </ul></td>
2870       <td>
2871         <ul>
2872           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2873             pir file emitted by Jalview</li>
2874           <li>Existing feature settings transferred to new
2875             alignment view created from cut'n'paste</li>
2876           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2877             parsing PDB files</li>
2878           <li>Consensus and conservation annotation rows
2879             occasionally become blank for all new windows</li>
2880           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2881             in wrapped view mode</li>
2882         </ul> <em>Application</em>
2883         <ul>
2884           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2885             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2886           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2887             parameter names</li>
2888           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2889             is down</li>
2890         </ul>
2891       </td>
2892     </tr>
2893     <tr>
2894       <td>
2895         <div align="center">
2896           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2897         </div>
2898       </td>
2899       <td><em>Application</em>
2900         <ul>
2901           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2902             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2903             (JABAWS)
2904           </li>
2905           <li>Web Services preference tab</li>
2906           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2907             preferences</li>
2908           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2909           <li>Superpose structures using associated sequence
2910             alignment</li>
2911           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2912             viewer</li>
2913         </ul> <em>Applet</em>
2914         <ul>
2915           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2916             link out mechanism</li>
2917         </ul> <em>Other</em>
2918         <ul>
2919           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2920             series 12</li>
2921           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2922             require Java 1.5</li>
2923           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2924             sequence annotation files</li>
2925           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2926             type colour specification</li>
2927           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2928             script to check if it being run in an interactive session or
2929             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2930         </ul></td>
2931       <td>
2932         <ul>
2933           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2934             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2935         </ul> <em>Application</em>
2936         <ul>
2937           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2938             selected Regions menu item</li>
2939           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2940             part of a valid accession ID</li>
2941           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2942             runs out of memory</li>
2943           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2944             analysis results</li>
2945           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2946             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2947           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2948         </ul> <em>Applet</em>
2949         <ul>
2950           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2951             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2952             defined.</li>
2953         </ul>
2954       </td>
2955     </tr>
2956     <tr>
2957       <td>
2958         <div align="center">
2959           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2960         </div>
2961       </td>
2962       <td></td>
2963       <td>
2964         <ul>
2965           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2966             sequence IDs</li>
2967           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2968             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2969           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2970             import correctly</li>
2971           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2972             number of columns are hidden</li>
2973           <li>annotation label popup menu not providing correct
2974             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2975             present</li>
2976           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2977             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2978           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2979             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2980
2981         </ul> <em>Applet</em>
2982         <ul>
2983           <li>annotation panel disappears when annotation is
2984             hidden/removed</li>
2985         </ul> <em>Application</em>
2986         <ul>
2987           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2988             alignment opened where annotation panel is visible but no
2989             annotations are present on alignment</li>
2990           <li>pasted region containing hidden columns is
2991             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2992           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2993             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2994           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2995             selected Rregions menu item.</li>
2996           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2997             'Un' or 'Non'conserved</li>
2998           <li>Sequence feature settings are being shared by
2999             multiple distinct alignments</li>
3000           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3001             changed</li>
3002           <li>double click on group annotation to select sequences
3003             does not propagate to associated trees</li>
3004           <li>Mac OSX specific issues:
3005             <ul>
3006               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3007                 window background</li>
3008               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3009                 name set correctly</li>
3010               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3011                 save feature colourscheme button</li>
3012             </ul>
3013           </li>
3014         </ul>
3015       </td>
3016     </tr>
3017     <tr>
3018
3019       <td>
3020         <div align="center">
3021           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3022         </div>
3023       </td>
3024       <td><em>New Capabilities</em>
3025         <ul>
3026           <li>URL links generated from description line for
3027             regular-expression based URL links (applet and application)
3028
3029           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3030             menu</li>
3031           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3032             structures</li>
3033           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3034             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3035           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3036             average score or total feature count for each sequence.</li>
3037           <li>Shading features by score or associated description</li>
3038           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3039             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3040           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3041             hide everything but the currently selected region.</li>
3042           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3043         </ul> <em>Application</em>
3044         <ul>
3045           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3046             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3047           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3048             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3049           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3050             database references and protein_name is parsed as
3051             description line (BioSapiens terms).</li>
3052           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3053             references in sequence ID tooltip from View menu in
3054             application.</li>
3055           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3056       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3057           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3058             conservation plots</li>
3059           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3060             and visualized as sequence logos</li>
3061           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3062             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3063           </li>
3064           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3065             when a new tree is opened.</li>
3066           <li>Jalview Java Console</li>
3067           <li>Better placement of desktop window when moving
3068             between different screens.</li>
3069           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3070             consensus annotation</li>
3071           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3072             Workflows</li>
3073           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3074             <ul>
3075               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3076                 used to preserve views, structures, and tree display
3077                 settings)</li>
3078               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3079                 command line</li>
3080               <li>Sharing of selected regions between views and
3081                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3082               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3083             </ul></li>
3084         </ul> <em>Applet</em>
3085         <ul>
3086           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3087           <li>New Parameters
3088             <ul>
3089               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3090                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3091                 opened.</li>
3092               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3093                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3094               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3095                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3096               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3097                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3098                 view</li>
3099               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3100                 increase the height or width of a cell in the alignment
3101                 grid relative to the current font size.</li>
3102             </ul>
3103           </li>
3104           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3105             tooltip</li>
3106         </ul> <em>Other</em>
3107         <ul>
3108           <li>Features format: graduated colour definitions and
3109             specification of feature scores</li>
3110           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3111             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3112             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3113           <li>XML formats extended to support graduated feature
3114             colourschemes, group associated annotation, and profile
3115             visualization settings.</li></td>
3116       <td>
3117         <ul>
3118           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3119             rather than description</li>
3120           <li>Non-positional features are now included in sequence
3121             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3122             visibility in tooltip).</li>
3123           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3124           <li>Added URL embedding instructions to features file
3125             documentation.</li>
3126           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3127             'X' in peptide product</li>
3128           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3129             sequence ID and sequence string and query strings do not
3130             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3131           <li>AMSA files only contain first column of
3132             multi-character column annotation labels</li>
3133           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3134             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3135             exported and re-imported)</li>
3136           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3137             name</li>
3138           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3139             as subsequence matches, and correctly reports total number
3140             of both.</li>
3141           <li>Application:
3142             <ul>
3143               <li>Better handling of exceptions during sequence
3144                 retrieval</li>
3145               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3146                 link text excludes the start_end suffix</li>
3147               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3148                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3149               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3150               <li>Sequence description lines properly shared via
3151                 VAMSAS</li>
3152               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3153                 data sources</li>
3154               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3155                 completes before alignment figures are generated.</li>
3156               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3157                 first time.</li>
3158               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3159                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3160               <li>User defined group colours properly recovered
3161                 from Jalview projects.</li>
3162             </ul>
3163           </li>
3164         </ul>
3165       </td>
3166
3167     </tr>
3168     <tr>
3169       <td>
3170         <div align="center">
3171           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3172         </div>
3173       </td>
3174       <td>
3175         <ul>
3176           <li>Experimental support for google analytics usage
3177             tracking.</li>
3178           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3179         </ul>
3180       </td>
3181       <td>
3182         <ul>
3183           <li>Race condition in applet preventing startup in
3184             jre1.6.0u12+.</li>
3185           <li>Exception when feature created from selection beyond
3186             length of sequence.</li>
3187           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3188           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3189             all sequences with a given id</li>
3190           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3191             ID string searches</li>
3192           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3193             alignment to fail with exception</li>
3194         </ul> <em>Application Issues</em>
3195         <ul>
3196           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3197           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3198             data sources</li>
3199         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3200         <ul>
3201           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3202             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3203           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3204             version (java class versioning error fixed)</li>
3205         </ul>
3206       </td>
3207     </tr>
3208     <tr>
3209       <td>
3210
3211         <div align="center">
3212           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3213         </div>
3214       </td>
3215       <td><em>User Interface</em>
3216         <ul>
3217           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3218             translation and protein products</li>
3219           <li>Linked highlighting of structure associated with
3220             residue mapping to codon position</li>
3221           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3222             and 'clear' button</li>
3223           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3224             Tools menu</li>
3225           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3226             numeric data in description line</li>
3227           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3228           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3229             of sequence</li>
3230         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3231         <ul>
3232           <li>JPred3 web service</li>
3233           <li>Prototype sequence search client (no public services
3234             available yet)</li>
3235           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3236             PFAM</li>
3237           <li>URL Links created for matching database cross
3238             references as well as sequence ID</li>
3239           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3240         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3241         <ul>
3242           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3243             databases</li>
3244           <li>Generalised database reference retrieval and
3245             validation to all fetchable databases</li>
3246           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3247             sequence command</li>
3248         </ul> <em>Import and Export</em>
3249         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3250         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3251           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3252         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3253           File</li>
3254         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3255           triplet as name of colourscheme</li>
3256         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3257         <ul>
3258           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3259           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3260             alignments (experimental)</li>
3261           <li>Create new or select existing session to join</li>
3262           <li>load and save of vamsas documents</li>
3263         </ul> <em>Application command line</em>
3264         <ul>
3265           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3266             from applet)</li>
3267           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3268             of DAS servers to query for alignment features</li>
3269           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3270             that are also automatically queried for features</li>
3271           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3272             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3273         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3274         <ul>
3275           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3276             application (when using &quot;View in full
3277             application&quot;)</li>
3278         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3279         <ul>
3280           <li>feature group display control parameter</li>
3281           <li>debug parameter</li>
3282           <li>showbutton parameter</li>
3283         </ul> <em>Applet API methods</em>
3284         <ul>
3285           <li>newView public method</li>
3286           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3287           <li>Feature display control methods</li>
3288           <li>get list of currently selected sequences</li>
3289         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3290         <ul>
3291           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3292           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3293             Jalview release.</li>
3294           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3295             property controls execution of obfuscator</li>
3296           <li>Build target for generating source distribution</li>
3297           <li>Debug flag for javacc</li>
3298           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3299             jalview.bin.Cache</li>
3300           <li>Continuous Build Integration for stable and
3301             development version of Application, Applet and source
3302             distribution</li>
3303         </ul></td>
3304       <td>
3305         <ul>
3306           <li>selected region output includes visible annotations
3307             (for certain formats)</li>
3308           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3309             for editing</li>
3310           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3311           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3312           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3313           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3314             comments</li>
3315           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3316             filenames containing a ':'</li>
3317           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3318             global sequence features</li>
3319           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3320             references from alignment sequences goes to zero</li>
3321           <li>Close of tree branch colour box without colour
3322             selection causes cascading exceptions</li>
3323           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3324           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3325             file parsing fails.</li>
3326           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3327           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3328             not a valid output format</li>
3329           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3330             vamsas</li>
3331           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3332           <li>error messages passed up and output when data read
3333             fails</li>
3334           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3335             sequence is edited</li>
3336           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3337             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3338           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3339             filetype</li>
3340           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3341             import fixed for PFAM records</li>
3342           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3343             window list</li>
3344           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3345             can be read and written correctly to annotation file</li>
3346           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3347             correctly</li>
3348           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3349             non-italic font for representatives in Applet</li>
3350           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3351             Macs.</li>
3352           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3353             Applet)</li>
3354           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3355             due to null pointer exceptions</li>
3356           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3357             first column of alignment</li>
3358           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3359             July 2008</li>
3360           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3361             file is case-insensitive</li>
3362           <li>Sequence features read from Features file appended to
3363             all sequences with matching IDs</li>
3364           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3365             containing a sub-sequence</li>
3366           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3367           <li>feature and annotation file applet parameters
3368             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3369           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3370           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3371             splash-screen version check to complete</li>
3372           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3373             when passing them to the launchApp service</li>
3374           <li>display name and local features preserved in results
3375             retrieved from web service</li>
3376           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3377             sequence fetcher initialisation</li>
3378           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3379             dasobert DAS client</li>
3380           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3381             association</li>
3382           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3383             sequences
3384           </li>
3385         </ul>
3386       </td>
3387     </tr>
3388     <tr>
3389       <td>
3390         <div align="center">
3391           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3392         </div>
3393       </td>
3394       <td>
3395         <ul>
3396           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3397           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3398           <li>Slide sequences</li>
3399           <li>Edit sequence in place</li>
3400           <li>EMBL CDS features</li>
3401           <li>DAS Feature mapping</li>
3402           <li>Feature ordering</li>
3403           <li>Alignment Properties</li>
3404           <li>Annotation Scores</li>
3405           <li>Sort by scores</li>
3406           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3407         </ul>
3408       </td>
3409       <td>
3410         <ul>
3411           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3412           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3413           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3414           <li>Feature group display state in XML</li>
3415           <li>Feature ordering in XML</li>
3416           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3417           <li>Stockholm alignment properties</li>
3418           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3419           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3420           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3421           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3422         </ul>
3423       </td>
3424
3425     </tr>
3426     <tr>
3427       <td>
3428         <div align="center">
3429           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3430         </div>
3431       </td>
3432       <td>
3433         <ul>
3434           <li>Non standard characters can be read and displayed
3435           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3436             applet via textbox
3437           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3438             name &amp; description
3439           <li>Preference setting to display sequence name in
3440             italics
3441           <li>Annotation file format extended to allow
3442             Sequence_groups to be defined
3443           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3444             specified in preferences
3445           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3446             sequences
3447         </ul>
3448       </td>
3449       <td>
3450         <ul>
3451           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3452             installed
3453           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3454           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3455         </ul>
3456       </td>
3457     </tr>
3458     <tr>
3459       <td>
3460         <div align="center">
3461           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3462         </div>
3463       </td>
3464       <td>
3465         <ul>
3466           <li>Multiple views on alignment
3467           <li>Sequence feature editing
3468           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3469           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3470           <li>Background dependent text colour
3471           <li>Right align sequence ids
3472           <li>User-defined lower case residue colours
3473           <li>Format Menu
3474           <li>Select Menu
3475           <li>Menu item accelerator keys
3476           <li>Control-V pastes to current alignment
3477           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3478           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3479           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3480
3481           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3482         </ul>
3483       </td>
3484       <td>
3485         <ul>
3486           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3487           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3488             calculations
3489           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3490             edits
3491           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3492             of alignment)
3493           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3494
3495           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3496             display correctly
3497           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3498           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3499             analysis results
3500           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3501             &#8739;
3502           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3503           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3504           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3505
3506         </ul>
3507       </td>
3508     </tr>
3509     <tr>
3510       <td>
3511         <div align="center">
3512           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3513         </div>
3514       </td>
3515       <td>
3516         <ul>
3517           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3518         </ul>
3519       </td>
3520       <td>
3521         <ul>
3522           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3523             sequence id panel has been resized</li>
3524           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3525             rendered</li>
3526           <li>Annotation files with sequence references - all
3527             elements in file are relative to sequence position</li>
3528           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3529         </ul>
3530       </td>
3531     </tr>
3532     <tr>
3533       <td>
3534         <div align="center">
3535           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3536         </div>
3537       </td>
3538       <td>
3539         <ul>
3540           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3541           <li>DAS Feature fetching</li>
3542           <li>Hide sequences and columns</li>
3543           <li>Export Annotations and Features</li>
3544           <li>GFF file reading / writing</li>
3545           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3546             files</li>
3547           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3548           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3549           <li>Applet can launch the full application</li>
3550           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3551             required)</li>
3552           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3553           <li>Applet can load sequences from parameter
3554             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3555           </li>
3556         </ul>
3557       </td>
3558       <td>
3559         <ul>
3560           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3561           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3562           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3563         </ul>
3564       </td>
3565     </tr>
3566     <tr>
3567       <td>
3568         <div align="center">
3569           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3570         </div>
3571       </td>
3572       <td>
3573         <ul>
3574           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3575           <li>Choose to match case when searching</li>
3576           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3577             expand the visible width and height of the alignment</li>
3578         </ul>
3579       </td>
3580       <td>
3581         <ul>
3582           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3583         </ul>
3584       </td>
3585     </tr>
3586     <tr>
3587       <td>
3588         <div align="center">
3589           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3590         </div>
3591       </td>
3592       <td>&nbsp;</td>
3593       <td>
3594         <ul>
3595           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3596           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3597             value</li>
3598         </ul>
3599       </td>
3600     </tr>
3601     <tr>
3602       <td>
3603         <div align="center">
3604           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3605         </div>
3606       </td>
3607       <td>
3608         <ul>
3609           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3610           <li>Keyboard editing</li>
3611           <li>Create sequence features from searches</li>
3612           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3613             alignments</li>
3614           <li>Features file allows grouping of features</li>
3615           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3616           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3617           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3618         </ul>
3619       </td>
3620       <td>
3621         <ul>
3622           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3623           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3624             descriptions saved.</li>
3625         </ul>
3626       </td>
3627     </tr>
3628     <tr>
3629       <td>
3630         <div align="center">
3631           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3632         </div>
3633       </td>
3634       <td>
3635         <ul>
3636           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3637           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3638           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3639             name for file output</li>
3640           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3641           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3642             used for HTML form input</li>
3643         </ul>
3644       </td>
3645       <td>
3646         <ul>
3647           <li>HTML output writes groups and features</li>
3648           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3649           <li>File IO bugs</li>
3650         </ul>
3651       </td>
3652     </tr>
3653     <tr>
3654       <td>
3655         <div align="center">
3656           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3657         </div>
3658       </td>
3659       <td>
3660         <ul>
3661           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3662           <li>More options for PCA viewer</li>
3663         </ul>
3664       </td>
3665       <td>
3666         <ul>
3667           <li>GUI bugs resolved</li>
3668           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3669         </ul>
3670       </td>
3671     </tr>
3672     <tr>
3673       <td height="63">
3674         <div align="center">
3675           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3676         </div>
3677       </td>
3678       <td>
3679         <ul>
3680           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3681           <li>Jar files are executable</li>
3682           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3683         </ul>
3684       </td>
3685       <td>
3686         <ul>
3687           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3688           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3689           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3690         </ul>
3691       </td>
3692     </tr>
3693     <tr>
3694       <td>
3695         <div align="center">
3696           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3697         </div>
3698       </td>
3699       <td>
3700         <ul>
3701           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3702         </ul>
3703       </td>
3704       <td>
3705         <ul>
3706           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3707         </ul>
3708       </td>
3709     </tr>
3710     <tr>
3711       <td>
3712         <div align="center">
3713           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3714         </div>
3715       </td>
3716       <td>
3717         <ul>
3718           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3719             size</li>
3720         </ul>
3721       </td>
3722       <td>
3723         <ul>
3724           <li>Improved JPred client reliability</li>
3725           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3726         </ul>
3727       </td>
3728     </tr>
3729     <tr>
3730       <td>
3731         <div align="center">
3732           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3733         </div>
3734       </td>
3735       <td>
3736         <ul>
3737           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3738           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3739           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3740             to Colour Menu</li>
3741           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3742           <li>Unix users can set default web browser</li>
3743           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3744           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3745         </ul>
3746       </td>
3747       <td>
3748         <ul>
3749           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3750         </ul>
3751       </td>
3752     </tr>
3753     <tr>
3754       <td>
3755         <div align="center">
3756           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3757         </div>
3758       </td>
3759       <td>&nbsp;</td>
3760       <td>
3761         <ul>
3762           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3763             alignment order.</li>
3764         </ul>
3765       </td>
3766     </tr>
3767     <tr>
3768       <td>
3769         <div align="center">
3770           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3771         </div>
3772       </td>
3773       <td>
3774         <ul>
3775           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3776           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3777           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3778             annotations.</li>
3779           <li>Version and build date written to build properties
3780             file.</li>
3781           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3782             at launch of Jalview.</li>
3783         </ul>
3784       </td>
3785       <td>
3786         <ul>
3787           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3788           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3789           <li>Can remove groups one by one.</li>
3790           <li>Filechooser icons installed.</li>
3791           <li>Finder ignores return character when searching.
3792             Return key will initiate a search.<br>
3793           </li>
3794         </ul>
3795       </td>
3796     </tr>
3797     <tr>
3798       <td>
3799         <div align="center">
3800           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
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