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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>8/8/2017</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em>General</em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
  81               and memory efficiency (~30x faster)
  82             </li>
  83             <li>
  84               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
  85               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
  86               and other calculations
  87               <ul>
  88                 <li>
  89                   <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
  90                   files within the Jalview codebase
  91                 <li>
  92                   <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
  93                   Similarity may have different topology due to
  94                   increased precision
  95                 </li>
  96               </ul>
  97             </li>
  98             <li>
  99               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 100               a calculation dialog box
 101             </li>
 102             <li>
 103               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 104               model for alignments and groups
 105             </li>
 106             <li>
 107               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 108               scripts
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views
 112               via Overview or sequence motif search operations
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 116               with alignment and overview windows
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 120               omitted in Overview
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 124               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 128               extension when importing structure files without embedded
 129               names or PDB accessions
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 133               opened by double clicking gaps within sequence feature
 134               extent
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 138               included in the example feature file
 139             </li>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 142               ungapped positions in each column of the alignment.
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 146               aligned positions were available to create a 3D structure
 147               superposition.
 148             </li>
 149           </ul>
 150           <em>Application</em>
 151           <ul>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 154               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 155               the application.
 156             </li>
 157             <li>
 158               <!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when
 159               there are not enough columns to superimpose structures in
 160               Chimera
 161             </li>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 164               file-based command exchange
 165             </li>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 168               cross-references provided by identifiers.org and the
 169               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 170             </li>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 176               format sequence substitution matrices
 177             </li>
 178             <li>
 179             <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows Cached Structures rather than querying the PDBe if structures are already available for sequences
 180             </li>
 181           </ul>
 182           <em>Experimental features</em>
 183           <ul>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 186               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 187               features, and vice-versa.
 188             </li>
 189           </ul>
 190           <em>Applet</em>
 191           <ul>
 192             <li>
 193               <!--  -->
 194             </li>
 195           </ul>
 196           <em>Test Suite</em>
 197           <ul>
 198             <li>
 199               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 203               during tests
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!--  --> <em>Scripting</em>
 207               <ul>
 208                 <li>
 209                   <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing
 210                   and identifying file formats (instead of String
 211                   constants)
 212                 </li>
 213                 <li>
 214                   <!-- JAL- -->
 215                 </li>
 216
 217
 218               </ul>
 219           </ul>
 220         </div></td>
 221       <td><div align="left">
 222           <em>General</em>
 223           <ul>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 226               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 227               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 231               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 232               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 233               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 234               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 235               non-gaps - so different costs were applied, which meant
 236               Jalview's PCAs were different to those produced by
 237               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 238               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 239               behaviour<br />
 240               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 241               2.10.1 mode<br />
 242               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 243               restore 2.10.2 mode
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 247               doesn't reselect a specific sequence's associated
 248               annotation after it was used for colouring a view
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 252               coloured in linked structure views
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 256               opened on a region of alignment without groups
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 260               of an alignment with overlapping groups
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 264               name and description match
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 268               hidden regions results in incorrect hidden regions
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 272               generating output report when working with highly
 273               redundant alignments
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with
 277               lightGray or darkGray via features file
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 281               erratically when hidden rows or columns are present
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 285               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 286               sequence colouring
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 290               colour and group colour menu for protein alignments
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 294               changing colour does not apply Conservation slider value
 295               to all groups
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 299               reflect currently selected view or group's shading
 300               thresholds
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 304               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 308               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 312               gaps before start of features
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 316               load
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 320               restored to UI when feature colour is edited
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 324               when rendered on overview and structures when opacity at
 325               100%
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 329               as graduate feature colour settings are modified via the
 330               dialog box
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 334               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 338               when a group defined on the alignment is resized
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 342               wrapped view result in positional status updates
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2563 -->Status bar shows position for ambiguous
 346               amino acid and nucleotide symbols
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 350               alignment included gapped columns
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 354               overview when features overlaid on alignment
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL- -->
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL- -->
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL- -->
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!-- JAL- -->
 367             </li>
 368           </ul>
 369           <strong>Documentation</strong>
 370           <ul>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readibility
 373               with the built-in Java help viewer
 374             </li>
 375           </ul>
 376           <em>Application</em>
 377           <ul>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 380               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 381               new documentation and tooltips added)
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 385               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 389               new features are added to alignment
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 393               selection menu changes colours of alignment views
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 397               appear enabled in Preferences->Connections
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 401               from alignment calculation workers after alignment has
 402               been closed
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 406               groups now 'Create Group'
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 410               Create/Undefine group doesn't always work
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 414               shown again after pressing 'Cancel'
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 418               removed from console output
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 422               when alignment view imported from project
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2465 -->No mappings generated between structure
 426               and sequences extracted from structure files imported via
 427               URL
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 431               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 432               the project is loaded and the structure viewed
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 436               adjusts start position in wrap mode
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 440               ambiguous amino acids
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp menu excludes
 444               gaps in selection, current sequence and only within
 445               selected columns
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 449               Ensembl by Peptide ID
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 453               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 454               proteins
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus not shown
 458             </li>
 459
 460
 461           </ul>
 462           <em>Applet</em>
 463           <ul>
 464             <li>
 465               <!-- JAL- -->
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 469               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 473               overview or linked structure view
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 477               work (since 2.8)
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 481               user-defined colourscheme doesn't restore original
 482               colourscheme
 483             </li>
 484           </ul>
 485           <em>New Known Issues</em>
 486           <ul>
 487             <li>
 488               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 489               phase after a sequence motif find operation
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 493               containing just upper and lower case letters are
 494               interpreted as WUSS rna secondary structure symbols
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2590 -->Cannot load Newick trees from eggnog
 498               ortholog database
 499             </li>
 500           </ul>
 501           <em>Test Suite</em>
 502           <ul>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 505               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL- -->
 509             </li>
 510           </ul>
 511         </div>
 512     <tr>
 513       <td width="60" nowrap>
 514         <div align="center">
 515           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 516         </div>
 517       </td>
 518       <td><div align="left">
 519           <em>General</em>
 520           <ul>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 523               for all consensus calculations
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 527               3rd Oct 2016)
 528             </li>
 529             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 530               for 2016-2017</li>
 531           </ul>
 532           <em>Application</em>
 533           <ul>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 536               set of database cross-references, sorted alphabetically
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 540               from database cross references. Users with custom links
 541               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 542                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 546               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 547               Chimera session
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 551               the Chimera it is connected to is shut down
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 555               columns menu item to mark columns containing highlighted
 556               regions (e.g. from structure selections or results of a
 557               Find operation)
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 561               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 562               MSAviewer
 563             </li>
 564           </ul>
 565         </div></td>
 566       <td>
 567         <div align="left">
 568           <em>General</em>
 569           <ul>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 572               are not coloured or thresholded according to percent
 573               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 577               hydrophobic
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 581               threshold, amino acid properties)
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 585               reported as mapped to residues in a structure file in the
 586               View Mapping report
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 590               could be added multiple times to a sequence
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 594               bond features shown as two highlighted residues rather
 595               than a range in linked structure views, and treated
 596               correctly when selecting and computing trees from features
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 600               cross-references are matched to database name regardless
 601               of case
 602             </li>
 603
 604           </ul>
 605           <em>Application</em>
 606           <ul>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 609               names without regular expressions also offer links from
 610               Sequence ID
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 614               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 615               update Jalview configuration
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 619               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 623               files with similarly named sequences if dropped onto the
 624               alignment
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 628               entries where more chains exist in the PDB accession than
 629               are reported in the SIFTS file
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 633               the structure view when displayed with Chimera
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 637               panel's View->Show Chains submenu
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 641               work for wrapped alignment views
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 645               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 649               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 650               first annotation row
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 654               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 658               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 659             </li>
 660             <!-- JAL-2319 -->
 661             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 662             coordindate data
 663             </li>
 664           </ul>
 665           <!--           <em>New Known Issues</em>
 666           <ul>
 667             <li></li>
 668           </ul> -->
 669         </div>
 670       </td>
 671     </tr>
 672     <td width="60" nowrap>
 673       <div align="center">
 674         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 675           <em>25/10/2016</em></strong>
 676       </div>
 677     </td>
 678     <td><em>Application</em>
 679       <ul>
 680         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 681           view if structures already loaded</li>
 682         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 683           structure views</li>
 684       </ul></td>
 685     <td>
 686       <div align="left">
 687         <em>General</em>
 688         <ul>
 689           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 690             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 691           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 692             example sequences/projects/trees</li>
 693         </ul>
 694         <em>Application</em>
 695         <ul>
 696           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 697             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 698           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 699             without timeout for structures with multiple models or
 700             multiple sequences in alignment</li>
 701           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 702             PDB ID HEADER line</li>
 703           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 704             is performed</li>
 705           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 706             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 707           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 708           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 709             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 710             option</li>
 711           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 712             is created on the alignment</li>
 713           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 714             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 715             pop-up menu</li>
 716         </ul>
 717         <em>Build and deployment</em>
 718         <ul>
 719           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 720             tags</li>
 721         </ul>
 722         <em>New Known Issues</em>
 723         <ul>
 724           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 725             on Windows</li>
 726         </ul>
 727       </div>
 728     </td>
 729     </tr>
 730     <tr>
 731       <td width="60" nowrap>
 732         <div align="center">
 733           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 734         </div>
 735       </td>
 736       <td><em>General</em>
 737         <ul>
 738           <li>
 739             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 740           </li>
 741           <li>
 742             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 743             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 744             better PDB parsing.
 745           </li>
 746           <li>
 747             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 748             reference sequence
 749           </li>
 750           <li>
 751             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 752             mousing over sequence associated annotation
 753           </li>
 754           <li>
 755             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 756             for manual entry
 757           </li>
 758           <li>
 759             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 760             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 761             for each column
 762           </li>
 763           <li>
 764             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 765             showing or hiding columns containing a feature
 766           </li>
 767           <li>
 768             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 769             group and sequence associated annotation labels
 770           </li>
 771           <li>
 772             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 773             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 774             dialogs
 775           </li>
 776
 777         </ul> <em>Application</em>
 778         <ul>
 779           <li>
 780             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 781             gene/transcript view
 782           </li>
 783           <li>
 784             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 785             dialog
 786           </li>
 787           <li>
 788             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 789             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 790           </li>
 791           <li>
 792             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 793             Pfam sources to xfam.org
 794           </li>
 795           <li>
 796             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 797           </li>
 798           <li>
 799             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 800             over sequences in Jalview
 801           </li>
 802           <li>
 803             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 804             regions in ENA and EMBL
 805           </li>
 806           <li>
 807             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 808             for record retrieval via ENA rest API
 809           </li>
 810           <li>
 811             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 812             complement operator
 813           </li>
 814           <li>
 815             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 816             groovy script execution
 817           </li>
 818           <li>
 819             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 820             alignment window's Calculate menu
 821           </li>
 822           <li>
 823             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 824             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 825           </li>
 826           <li>
 827             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 828             calculation workers from groovy scripts
 829           </li>
 830           <li>
 831             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 832             Jalview projects
 833           </li>
 834           <li>
 835             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 836             associations are now saved/restored from project
 837           </li>
 838           <li>
 839             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 840             before sequence fetcher is opened
 841           </li>
 842           <li>
 843             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 844             database chooser opens a sequence fetcher
 845           </li>
 846           <li>
 847             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 848             the UniProt REST API
 849           </li>
 850           <li>
 851             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 852             the news reader opening
 853           </li>
 854           <li>
 855             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 856             querying stored in preferences
 857           </li>
 858           <li>
 859             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 860             search results
 861           </li>
 862           <li>
 863             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 864           </li>
 865           <li>
 866             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 867             menu for nucleotide sequences
 868           </li>
 869           <li>
 870             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 871             and feature counts preserves alignment ordering (and
 872             debugged for complex feature sets).
 873           </li>
 874           <li>
 875             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 876             viewing structures with Jalview 2.10
 877           </li>
 878           <li>
 879             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 880             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 881             Ensembl Genomes REST API
 882           </li>
 883           <li>
 884             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 885             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 886             (Ensembl)
 887           </li>
 888           <li>
 889             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 890             sequences
 891           </li>
 892           <li>
 893             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 894             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 895             data from external database records.
 896           </li>
 897           <li>
 898             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 899             efficient recovery of sequence coding and alignment
 900             annotation relationships.
 901           </li>
 902         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 903         <ul>
 904           <li>
 905             -- JAL---
 906           </li>
 907         </ul> --></td>
 908       <td>
 909         <div align="left">
 910           <em>General</em>
 911           <ul>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 914               menu on OSX
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 918               includes graduated colourschemes
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 922               working with big alignments and lots of hidden columns
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 926               at right of alignment window
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 930               contents
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 934               for DNA alignments
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 938               based tree calculation
 939             </li>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 942               unconserved enabled for group on alignment
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 946               set as reference
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 950               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 951               annotation
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 955               hidden columns present
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 959               user created annotation added to alignment
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 963               '()' base pair annotation
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 967               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 968               Consensus
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 972               feature not working
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 976               beginning of sequence
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 980               entry 3a6s
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 984               from a tree when t-coffee scores are shown
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 988               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 992               some structures
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 996               to Clustal, PIR and PileUp output
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1000               not visible causes alignment window to repaint
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1004               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1005               scores associated with features and annotation rows
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1009               calculation should be case independent
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1013               columns
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1017               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1018               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1022               problems when reference sequence defined and 'show
1023               non-conserved' enabled
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1027               load even when Consensus calculation is disabled
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1031               alignment does nothing
1032             </li>
1033           </ul>
1034           <em>Application</em>
1035           <ul>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1038               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1039               yet fixed for El Capitan)
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1043               output when running on non-gb/us i18n platforms
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1047               hidden sequences as flat-file alignment
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1051               launching Chimera
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1055               (also hotfix for 2.9.0b2)
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1059               reference sequence defined
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1063               alignments and views when revealing hidden columns
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1067               view in a cDNA/Protein splitframe
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1071               sequence from project when only one sequence is
1072               represented
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1076               in Structure Chooser
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1080               structure consensus didn't refresh annotation panel
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1084               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1088               dialogs format columns correctly, don't display array
1089               data, sort columns according to type
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1093               file chooser is cancelled during an image export
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1097               sequence name containing special characters
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1101               case insensitive
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1105               formatting don't wrap
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1109               truncated so L looks like I in consensus annotation
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1113               currently displayed features for the current selection or
1114               view
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1118               after fetching cross-references, and restoring from
1119               project
1120             </li>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1123               followed in the structure viewer
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1127               splitframe not restored from project
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1131               trailing end of protein alignment in transcript/product
1132               splitview when pad-gaps not enabled by default
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1136               is case dependent
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1140               article has been read (reopened issue due to
1141               internationalisation problems)
1142             </li>
1143             <li>
1144               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1145               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1146               cross-references
1147             </li>
1148
1149             <li>
1150               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1151               alignment as HTML
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1155               multiple structures are shown for one or more sequences.
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1159               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1160               is enabled.
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1164               specific PDB id for sequence
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1168               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1169               columns' is disabled.
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1173               selects lowest rather than highest resolution structures
1174               for each sequence
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1178               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1182               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1186               after clicking on it to create new annotation for a
1187               column.
1188             </li>
1189             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1190             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1191           </ul>
1192           <em>Applet</em>
1193           <ul>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1196               hidden columns present before start of sequence
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1200               (JSON jars)
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1204               sequences are hidden in applet
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1208               deployment on examples pages.
1209             </li>
1210           </ul>
1211         </div>
1212       </td>
1213     </tr>
1214     <tr>
1215       <td width="60" nowrap>
1216         <div align="center">
1217           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1218             <em>16/10/2015</em></strong>
1219         </div>
1220       </td>
1221       <td><em>General</em>
1222         <ul>
1223           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1224             jars</li>
1225         </ul></td>
1226       <td>
1227         <div align="left">
1228           <em>Application</em>
1229           <ul>
1230             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1231               shown when tree is partitioned</li>
1232             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1233               multiple cDNA/Protein split views</li>
1234           </ul>
1235         </div>
1236       </td>
1237     </tr>
1238     <tr>
1239       <td width="60" nowrap>
1240         <div align="center">
1241           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1242             <em>8/10/2015</em></strong>
1243         </div>
1244       </td>
1245       <td><em>General</em>
1246         <ul>
1247           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1248             2.9</li>
1249         </ul> <em>Application</em>
1250         <ul>
1251           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1252           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1253           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1254         </ul> <em>Applet</em>
1255         <ul>
1256           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1257         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1258         <ul>
1259           <li>
1260             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1261             suite
1262           </li>
1263         </ul></td>
1264       <td>
1265         <div align="left">
1266           <em>General</em>
1267           <ul>
1268             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1269               incorrect when sequence start > 1</li>
1270             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1271               documentation</li>
1272             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1273             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1274               loading a features file containing HTML tags in feature
1275               description</li>
1276
1277           </ul>
1278           <em>Application</em>
1279           <ul>
1280             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1281               reimport</li>
1282             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1283               with 'trim retrieved sequences'</li>
1284             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1285               deleting selected columns</li>
1286             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1287               JNLP templates for webstart launch</li>
1288             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1289               unreleased structures for download or viewing</li>
1290             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1291               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1292             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1293               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1294             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1295               recovered from jalview project</li>
1296             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1297               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1298               alignment view</li>
1299             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1300               color schemes from BioJSON</li>
1301           </ul>
1302           <em>Applet</em>
1303           <ul>
1304             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1305               frame</li>
1306             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1307           </ul>
1308         </div>
1309       </td>
1310     </tr>
1311     <tr>
1312       <td><div align="center">
1313           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1314         </div></td>
1315       <td><em>General</em>
1316         <ul>
1317           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1318             alignments:
1319             <ul>
1320               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1321                 and DNA alignment views</li>
1322               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1323                 cDNA alignment views</li>
1324               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1325                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1326               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1327                 protein sequences</li>
1328             </ul>
1329           </li>
1330           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1331           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1332             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1333           <li>New alignment annotation file statements for
1334             reference sequences and marking hidden columns</li>
1335           <li>Reference sequence based alignment shading to
1336             highlight variation</li>
1337           <li>Select or hide columns according to alignment
1338             annotation</li>
1339           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1340           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1341             acid conservation row</li>
1342           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1343         </ul> <em>Application</em>
1344         <ul>
1345           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1346             <ul>
1347               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1348                 view with cDNA/Protein</li>
1349               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1350                 sequences are placed in the same alignment</li>
1351               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1352                 projects</li>
1353             </ul>
1354           </li>
1355
1356           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1357           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1358             Jalview windows</li>
1359
1360           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1361           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1362           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1363             be shown in VARNA</li>
1364
1365           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1366             as the active selected region</li>
1367
1368           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1369             similarity</li>
1370           <li>New Export options
1371             <ul>
1372               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1373                 region export in flat file generation</li>
1374
1375               <li>Export alignment views for display with the <a
1376                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1377
1378               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1379               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1380                 alignment figures to HTML</li>
1381           </li>
1382           <li>3D structure retrieval and display
1383             <ul>
1384               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1385                 Search API</li>
1386               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1387                 PDB structures for a sequence set</li>
1388             </ul>
1389           </li>
1390
1391           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1392             predictions</li>
1393           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1394             for one or a group of sequences</li>
1395           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1396             from the JPred4 web server</li>
1397           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1398             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1399             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1400           </li>
1401           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1402             VARNA 2D Structure'</li>
1403           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1404             Structure ..."</li>
1405
1406         </ul> <em>Applet</em>
1407         <ul>
1408           <li>New layout for applet example pages</li>
1409           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1410             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1411           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1412             Protein alignments</li>
1413         </ul> <em>Development and deployment</em>
1414         <ul>
1415           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1416           <li>Include installation type and git revision in build
1417             properties and console log output</li>
1418           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1419             storing BioJsMSA Templates</li>
1420           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1421         </ul></td>
1422       <td>
1423         <!-- <em>General</em>
1424         <ul>
1425         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1426         <ul>
1427           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1428           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1429           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1430             predictions are not highlighted in amber</li>
1431           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1432             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1433           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1434             associated structure views</li>
1435           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1436             width checkbox not enabled</li>
1437           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1438             creating user defined colours</li>
1439           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1440             mappings for just that viewer's sequences</li>
1441           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1442             multiple models in Chimera</li>
1443           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1444             over Jmol structure</li>
1445           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1446             output to text box</li>
1447           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1448             have incorrect sequence start/end</li>
1449           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1450             Jalview fails</li>
1451           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1452             work for nucleotide</li>
1453           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1454             to a grey/invisible alignment window</li>
1455           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1456             imports to different position</li>
1457           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1458             on some platforms</li>
1459           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1460             populated</li>
1461           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1462             console if Chimera has been opened</li>
1463           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1464           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1465             retrieved</li>
1466           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1467           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1468             either sequence shows on first structure</li>
1469           <li>'Show annotations' options should not make
1470             non-positional annotations visible</li>
1471           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1472             in right place after 'view flanking regions'</li>
1473           <li>File Save As type unset when current file format is
1474             unknown</li>
1475           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1476             projects</li>
1477           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1478             responsive</li>
1479           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1480             several views on same alignment</li>
1481           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1482           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1483             spaces</li>
1484         </ul> <em>Applet</em>
1485         <ul>
1486           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1487           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1488             descriptions containing angle brackets</li>
1489         </ul> <em>General</em>
1490         <ul>
1491           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1492             via jalview annotation file</li>
1493           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1494             with RNA secondary structure</li>
1495           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1496             translation doesn't work.</li>
1497           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1498           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1499             positions</li>
1500           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1501             choosing 1pt font</li>
1502           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1503             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1504             'h'</li>
1505           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1506             new feature</li>
1507           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1508             order dependent</li>
1509           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1510             sequences</li>
1511           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1512         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1513         <ul>
1514           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1515             www.jalview.org</li>
1516         </ul> <em>Application Known issues</em>
1517         <ul>
1518           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1519           <li>Misleading message appears after trying to delete
1520             solid column.</li>
1521           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1522             version launches</li>
1523           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1524             fails with a sequence mismatch</li>
1525           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1526             scrolling alignment to right</li>
1527           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1528             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1529           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1530             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1531           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1532             ultra-high resolution</li>
1533           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1534             quality and conservation</li>
1535           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1536             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1537         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1538         <ul>
1539           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1540           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1541             window is being resized</li>
1542
1543         </ul>
1544       </td>
1545     </tr>
1546     <tr>
1547       <td><div align="center">
1548           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1549         </div></td>
1550       <td><em>General</em>
1551         <ul>
1552           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1553             Certum.PL.</li>
1554           <li>Features and annotation preserved when performing
1555             pairwise alignment</li>
1556           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1557             imported/exported/displayed</li>
1558           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1559             protein secondary structure</li>
1560           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1561               post-hoc with 2.9 release</em>)
1562           </li>
1563
1564         </ul> <em>Application</em>
1565         <ul>
1566           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1567             with 3D structures</li>
1568           <li>Support for parsing RNAML</li>
1569           <li>Annotations menu for layout
1570             <ul>
1571               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1572               <li>place sequence annotation above/below alignment
1573                 annotation</li>
1574             </ul>
1575           <li>Output in Stockholm format</li>
1576           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1577             translation</li>
1578           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1579           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1580             shared between alignments</li>
1581           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1582             Jalview</li>
1583           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1584             all or current selection</li>
1585           <li>disorder and secondary structure predictions
1586             available as dataset annotation</li>
1587           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1588
1589
1590           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1591             alignments from Rfam</li>
1592           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1593
1594           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1595             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1596           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1597           <li>include installation type in build properties and
1598             console log output</li>
1599           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1600             annotation</li>
1601         </ul></td>
1602       <td>
1603         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1604         <ul>
1605           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1606             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1607           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1608             alignment</li>
1609           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1610           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1611           <li>Double click on sequence associated annotation
1612             selects only first column</li>
1613           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1614             leaves shown in tree</li>
1615           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1616             properly</li>
1617           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1618           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1619             screen and buttons not visible</li>
1620           <li>author list isn't updated if already written to
1621             Jalview properties</li>
1622           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1623             from database</li>
1624           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1625           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1626             browser search window</li>
1627           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1628             in feature settings dialog</li>
1629           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1630             desktop</li>
1631           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1632             pass validation</li>
1633           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1634             fit on screen</li>
1635           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1636             tooltip</li>
1637           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1638             defined user preset</li>
1639           <li>MSA web services warns user if they were launched
1640             with invalid input</li>
1641           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1642             Java 8</li>
1643           <li>
1644             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1645             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1646             created
1647           </li>
1648
1649         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1650         <ul>
1651         </ul> <em>General</em>
1652         <ul>
1653         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1654         <ul>
1655           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1656             memory allocation</li>
1657           <li>launchApp service doesn't automatically open
1658             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1659           <li>
1660             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1661             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1662             1.7_055 is available
1663           </li>
1664         </ul> <em>Application Known issues</em>
1665         <ul>
1666           <li>
1667             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1668             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1669             alignment to right
1670           </li>
1671           <li>
1672             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1673             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1674             with large number of ID
1675           </li>
1676           <li>
1677             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1678             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1679             start/end
1680           </li>
1681           <li>
1682             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1683             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1684             structure tracks are rearranged
1685           </li>
1686           <li>
1687             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1688             invalid rna structure positional highlighting does not
1689             highlight position of invalid base pairs
1690           </li>
1691           <li>
1692             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1693             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1694             project from alignment window file menu
1695           </li>
1696           <li>
1697             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1698             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1699             structures
1700           </li>
1701           <li>
1702             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1703             colour by RNA Helices not enabled when user created
1704             annotation added to alignment
1705           </li>
1706           <li>
1707             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1708             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1709           </li>
1710         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1711         <ul>
1712           <li>
1713             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1714             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1715           </li>
1716           <li>
1717             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1718             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1719           </li>
1720
1721           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1722             when selected</li>
1723         </ul>
1724       </td>
1725     </tr>
1726     <tr>
1727       <td><div align="center">
1728           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1729         </div></td>
1730       <td>
1731         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1732         <em>General</em>
1733         <ul>
1734           <li>Internationalisation of user interface (usually
1735             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1736           <li>Define/Undefine group on current selection with
1737             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1738           <li>Improved group creation/removal options in
1739             alignment/sequence Popup menu</li>
1740           <li>Sensible precision for symbol distribution
1741             percentages shown in logo tooltip.</li>
1742           <li>Annotation panel height set according to amount of
1743             annotation when alignment first opened</li>
1744         </ul> <em>Application</em>
1745         <ul>
1746           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1747             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1748           <li>Select columns containing particular features from
1749             Feature Settings dialog</li>
1750           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1751             sequences</li>
1752           <li>Update Jalview project format:
1753             <ul>
1754               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1755               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1756                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1757               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1758                 colouring</li>
1759             </ul>
1760           </li>
1761           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1762             (PAM250)</li>
1763           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1764             flanking regions for an alignment</li>
1765         </ul>
1766       </td>
1767       <td>
1768         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1769         <ul>
1770           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1771             running after job is cancelled</li>
1772           <li>cannot export features from alignments imported from
1773             Jalview/VAMSAS projects</li>
1774           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1775             float values</li>
1776           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1777             have 'display all symbols' flag set</li>
1778           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1779             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1780           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1781             Jalview</li>
1782           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1783             Lion/Webstart</li>
1784           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1785           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1786           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1787             alignment onto desktop</li>
1788           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1789             'extract scores' function</li>
1790           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1791             alignment window</li>
1792           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1793             performing IUPred disorder prediction</li>
1794           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1795             changing 'normalise logo' display setting</li>
1796           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1797             nothing matches query</li>
1798           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1799             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1800           </li>
1801           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1802             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1803           </li>
1804           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1805             Jalview's menu</li>
1806           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1807             'invalid literal/length code'</li>
1808           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1809             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1810           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1811             colourscheme</li>
1812
1813         </ul> <em>Applet</em>
1814         <ul>
1815           <li>Remove group option is shown even when selection is
1816             not a group</li>
1817           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1818             don't affect groups</li>
1819           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1820             colourscheme name</li>
1821           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1822             Annotation panel is not displayed</li>
1823           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1824             embedded windows</li>
1825         </ul> <em>Other</em>
1826         <ul>
1827           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1828             single sequence were not calculated</li>
1829           <li>annotation files that contain only groups imported as
1830             annotation and junk sequences</li>
1831           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1832             recognised as PFAM or BLC</li>
1833           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1834             doesn't affect background (2.8.0b1)
1835           <li></li>
1836           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1837           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1838             trailing gaps</li>
1839           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1840             registered correctly on import</li>
1841           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1842             certain alignments</li>
1843           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1844             existing annotation based 'use original colours'
1845             colourscheme loses original colours setting</li>
1846         </ul>
1847       </td>
1848     </tr>
1849     <tr>
1850       <td><div align="center">
1851           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1852             <em>30/1/2014</em></strong>
1853         </div></td>
1854       <td>
1855         <ul>
1856           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1857             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1858             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1859             open source project).
1860           </li>
1861           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
1862           <li>Output in Stockholm format</li>
1863           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1864           <li>Export/import group and sequence associated line
1865             graph thresholds</li>
1866           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1867             ambiguity codes</li>
1868           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1869             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1870             works</li>
1871           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1872         </ul> <em>Other improvements</em>
1873         <ul>
1874           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1875           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1876             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1877           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1878             files</li>
1879           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1880           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1881             link but no description</li>
1882           <li>Select primary source when selecting authority in
1883             database fetcher GUI</li>
1884           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1885             Jalview</li>
1886           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1887         </ul>
1888       </td>
1889       <td>
1890         <ul>
1891           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1892             displayed</li>
1893           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1894             secondary structure annotation line</li>
1895           <li>Sequence database accessions not imported when
1896             fetching alignments from Rfam</li>
1897           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1898             identical IDs</li>
1899           <li>View all structures does not always superpose
1900             structures</li>
1901           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1902             reflect user or preset settings</li>
1903           <li>Null pointer exceptions for some services without
1904             presets or adjustable parameters</li>
1905           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1906             discover PDB xRefs</li>
1907           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1908             features with DAS</li>
1909           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1910             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1911           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1912             residue follows a gap</li>
1913           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1914             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1915           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1916             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1917           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1918             annotation already exists on alignment</li>
1919           <li>oninit javascript function should be called after
1920             initialisation completes</li>
1921           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1922             alignment window display</li>
1923           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1924           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1925             to annotation file</li>
1926           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1927             groups created</li>
1928           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1929             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1930           <li>Pressing return several times causes Number Format
1931             exceptions in keyboard mode</li>
1932           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1933             correct partitions for input data</li>
1934           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1935           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1936           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1937           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1938             mode</li>
1939           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1940             changes one row&#39;s threshold</li>
1941           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1942             doesn&#39;t open</li>
1943           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1944             quality histograms</li>
1945         </ul>
1946       </td>
1947     </tr>
1948     <tr>
1949       <td><div align="center">
1950           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1951         </div></td>
1952       <td><em>Application</em>
1953         <ul>
1954           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1955             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1956           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1957             preferences</li>
1958           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1959             in Jalview alignment window</li>
1960           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1961             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1962           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1963             RNA and ambiguity codes</li>
1964
1965           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1966           <li>Support fetching and database reference look up
1967             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1968             refs')</li>
1969           <li>Jalview project improvements
1970             <ul>
1971               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1972                 flag for annotation</li>
1973               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1974                 alignment</li>
1975               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1976                 Jalview project</li>
1977
1978             </ul>
1979           </li>
1980           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1981           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1982             running</li>
1983           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1984           <li>visual indication that web service results are still
1985             being retrieved from server</li>
1986           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1987             starts up for first time</li>
1988           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1989             services</li>
1990           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1991             client library</li>
1992           <li>Examples directory and Groovy library included in
1993             InstallAnywhere distribution</li>
1994         </ul> <em>Applet</em>
1995         <ul>
1996           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1997             visualization applet example</li>
1998         </ul> <em>General</em>
1999         <ul>
2000           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2001           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2002             defaults</li>
2003           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2004             calculation</li>
2005           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2006             matrices
2007           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2008             in HTML</li>
2009           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2010             structure contacts</li>
2011           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2012           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2013           <li>Parse sequence associated secondary structure
2014             information in Stockholm files</li>
2015           <li>HTML Export database accessions and annotation
2016             information presented in tooltip for sequences</li>
2017           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2018             style RNA alignment files</li>
2019           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2020             alignment</li>
2021           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2022             shade each sequence according to its associated alignment
2023             annotation</li>
2024           <li>New Jalview Logo</li>
2025         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2026         <ul>
2027           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2028           <li>New Website!</li>
2029         </ul></td>
2030       <td><em>Application</em>
2031         <ul>
2032           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2033             wsdbfetch REST service</li>
2034           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2035           <li>Filetype associations not installed for webstart
2036             launch</li>
2037           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2038             job execution in full once it is complete</li>
2039           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2040             uploaded via ali_file parameter</li>
2041           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2042           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2043           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2044             submitted for prediction</li>
2045           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2046             desktop window</li>
2047           <li>Putting fractional value into integer text box in
2048             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2049           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2050             windows 7</li>
2051           <li>View all structures fails with exception shown in
2052             structure view</li>
2053           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2054             escaped in a platform independent way</li>
2055           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2056             using proxy</li>
2057           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2058             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2059           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2060             failure when java web start temporary file caching is
2061             disabled</li>
2062           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2063             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2064           <li>Errors during processing of command line arguments
2065             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2066           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2067             DAS sources in sequence fetcher</li>
2068           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2069             dialog is shown</li>
2070           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2071           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2072           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2073           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2074             on OSX Mountain Lion</li>
2075           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2076             sequences with alignment annotation are pasted into the
2077             alignment</li>
2078           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2079             when loaded from Jalview project</li>
2080           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2081           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2082             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2083           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2084             associated with all views</li>
2085           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2086             annotation rows to new window</li>
2087         </ul> <em>Applet</em>
2088         <ul>
2089           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2090             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2091           <li>loading features via javascript API automatically
2092             enables feature display</li>
2093           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2094             work</li>
2095         </ul> <em>General</em>
2096         <ul>
2097           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2098           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2099             and then deselected</li>
2100           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2101           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2102             coloured with clustalx</li>
2103           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2104             exceptions and redraw errors</li>
2105           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2106             reconfigured view</li>
2107           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2108             colour</li>
2109           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2110             for lots of labels</li>
2111         </ul>
2112     </tr>
2113     <tr>
2114       <td>
2115         <div align="center">
2116           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2117         </div>
2118       </td>
2119       <td><em>Application</em>
2120         <ul>
2121           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2122           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2123           <li>View/alignment association menu to enable user to
2124             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2125             its colours/correspondences from</li>
2126           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2127           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2128             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2129           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2130           <li>Annotation row column label formatting attributes
2131             stored in project file</li>
2132           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2133             rows preserved in Jalview project file</li>
2134           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2135             saved using Desktop window menu</li>
2136           <li>Visual indication that command line arguments are
2137             still being processed</li>
2138           <li>Groovy script execution from URL</li>
2139           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2140             preferences</li>
2141           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2142             alignment with sequences that have high similarity and
2143             matching IDs</li>
2144           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2145           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2146             structures in same window</li>
2147           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2148           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2149             analysis function in its own submenu</li>
2150         </ul> <em>Applet</em>
2151         <ul>
2152           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2153             groups</li>
2154           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2155           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2156           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2157           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2158           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2159             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2160           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2161           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2162             parameters are treated as such</li>
2163           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2164             <ul>
2165               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2166               <li>Javascript callbacks for
2167                 <ul>
2168                   <li>Applet initialisation</li>
2169                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2170                 </ul>
2171               </li>
2172               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2173                 functions</li>
2174               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2175               <li>javascript structure viewer harness to pass
2176                 messages between Jmol and Jalview when running as
2177                 distinct applets</li>
2178               <li>sortBy method</li>
2179               <li>Set of applet and application examples shipped
2180                 with documentation</li>
2181               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2182                 javascript message exchange</li>
2183             </ul>
2184         </ul> <em>General</em>
2185         <ul>
2186           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2187             multiple alignments</li>
2188           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2189           <li>User configurable link to enable redirects to a
2190             www.Jalview.org mirror</li>
2191           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2192           <li>Configurable newline string when writing alignment
2193             and other flat files</li>
2194           <li>Allow alignment annotation description lines to
2195             contain html tags</li>
2196         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2197         <ul>
2198           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2199             examples</li>
2200           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2201             using a web service before displaying the result in the
2202             Jalview desktop</li>
2203           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2204           <li>Ant target to publish example html files with applet
2205             archive</li>
2206           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2207           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2208         </ul></td>
2209       <td><em>Application</em>
2210         <ul>
2211           <li>User defined colourscheme throws exception when
2212             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2213           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2214             dialog for valid filename/format</li>
2215           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2216           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2217             P37173</li>
2218           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2219             which sequence is to be associated with the file</li>
2220           <li>Find All raises null pointer exception when query
2221             only matches sequence IDs</li>
2222           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2223           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2224             2.4 cannot be loaded</li>
2225           <li>Filetype associations not installed for webstart
2226             launch</li>
2227           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2228             with sequences in different alignments do not get coloured
2229             by their associated sequence</li>
2230           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2231             not preserved when project is loaded</li>
2232           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2233             stored in Jalview project</li>
2234           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2235             Jalview project</li>
2236           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2237           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2238             by conservation</li>
2239           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2240             created on new view</li>
2241           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2242             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2243           <li>Alignment quality not updated after alignment
2244             annotation row is hidden then shown</li>
2245           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2246             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2247           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2248             properly</li>
2249           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2250             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2251           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2252           <li>Structures imported from file and saved in project
2253             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2254           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2255             job execution in full once it is complete</li>
2256         </ul> <em>Applet</em>
2257         <ul>
2258           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2259             annotation rows are displayed</li>
2260           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2261             codebase</li>
2262           <li>View follows highlighting does not work for positions
2263             in sequences</li>
2264           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2265           <li>Export features raises exception when no features
2266             exist</li>
2267           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2268             for javascript api is modified when separator string
2269             provided as parameter</li>
2270           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2271             alignment with no existing selection</li>
2272           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2273             to applet&#39;s codebase</li>
2274           <li>Status bar not updated after finished searching and
2275             search wraps around to first result</li>
2276           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2277             several Jalview applets causes race conditions and memory
2278             leaks</li>
2279           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2280             not sent from Jmol in applet</li>
2281           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2282             applet API fatally hang browser</li>
2283         </ul> <em>General</em>
2284         <ul>
2285           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2286             position with wrapped view and hidden regions</li>
2287           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2288             with/without hidden columns</li>
2289           <li>Sequence length given in alignment properties window
2290             is off by 1</li>
2291           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2292             import PDB like structure files</li>
2293           <li>Positional search results are only highlighted
2294             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2295           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2296           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2297             given sequence position</li>
2298           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2299             output</li>
2300           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2301             from nucleotide chains correctly</li>
2302           <li>Structure colours not updated when tree partition
2303             changed in alignment</li>
2304           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2305             parsed in interleaved stockholm</li>
2306           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2307             state</li>
2308           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2309             properly</li>
2310           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2311             properly associated with their pdb files</li>
2312         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2313         <ul>
2314           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2315             ApplyCopyright tool</li>
2316         </ul></td>
2317     </tr>
2318     <tr>
2319       <td>
2320         <div align="center">
2321           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2322         </div>
2323       </td>
2324       <td><em>Application</em>
2325         <ul>
2326           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2327             contact web services</li>
2328           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2329             service job window</li>
2330           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2331         </ul></td>
2332       <td>
2333         <ul>
2334           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2335             pir file emitted by Jalview</li>
2336           <li>Existing feature settings transferred to new
2337             alignment view created from cut'n'paste</li>
2338           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2339             parsing PDB files</li>
2340           <li>Consensus and conservation annotation rows
2341             occasionally become blank for all new windows</li>
2342           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2343             in wrapped view mode</li>
2344         </ul> <em>Application</em>
2345         <ul>
2346           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2347             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2348           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2349             parameter names</li>
2350           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2351             is down</li>
2352         </ul>
2353       </td>
2354     </tr>
2355     <tr>
2356       <td>
2357         <div align="center">
2358           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2359         </div>
2360       </td>
2361       <td><em>Application</em>
2362         <ul>
2363           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2364             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2365             (JABAWS)
2366           </li>
2367           <li>Web Services preference tab</li>
2368           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2369             preferences</li>
2370           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2371           <li>Superpose structures using associated sequence
2372             alignment</li>
2373           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2374             viewer</li>
2375         </ul> <em>Applet</em>
2376         <ul>
2377           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2378             link out mechanism</li>
2379         </ul> <em>Other</em>
2380         <ul>
2381           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2382             series 12</li>
2383           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2384             require Java 1.5</li>
2385           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2386             sequence annotation files</li>
2387           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2388             type colour specification</li>
2389           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2390             script to check if it being run in an interactive session or
2391             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2392         </ul></td>
2393       <td>
2394         <ul>
2395           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2396             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2397         </ul> <em>Application</em>
2398         <ul>
2399           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2400             selected Regions menu item</li>
2401           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2402             part of a valid accession ID</li>
2403           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2404             runs out of memory</li>
2405           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2406             analysis results</li>
2407           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2408             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2409           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2410         </ul> <em>Applet</em>
2411         <ul>
2412           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2413             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2414             defined.</li>
2415         </ul>
2416       </td>
2417     </tr>
2418     <tr>
2419       <td>
2420         <div align="center">
2421           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2422         </div>
2423       </td>
2424       <td></td>
2425       <td>
2426         <ul>
2427           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2428             sequence IDs</li>
2429           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2430             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2431           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2432             import correctly</li>
2433           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2434             number of columns are hidden</li>
2435           <li>annotation label popup menu not providing correct
2436             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2437             present</li>
2438           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2439             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2440           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2441             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2442
2443         </ul> <em>Applet</em>
2444         <ul>
2445           <li>annotation panel disappears when annotation is
2446             hidden/removed</li>
2447         </ul> <em>Application</em>
2448         <ul>
2449           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2450             alignment opened where annotation panel is visible but no
2451             annotations are present on alignment</li>
2452           <li>pasted region containing hidden columns is
2453             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2454           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2455             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2456           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2457             selected Rregions menu item.</li>
2458           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2459             'Un' or 'Non'conserved</li>
2460           <li>Sequence feature settings are being shared by
2461             multiple distinct alignments</li>
2462           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2463             changed</li>
2464           <li>double click on group annotation to select sequences
2465             does not propagate to associated trees</li>
2466           <li>Mac OSX specific issues:
2467             <ul>
2468               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2469                 window background</li>
2470               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2471                 name set correctly</li>
2472               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2473                 save feature colourscheme button</li>
2474             </ul>
2475           </li>
2476         </ul>
2477       </td>
2478     </tr>
2479     <tr>
2480
2481       <td>
2482         <div align="center">
2483           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2484         </div>
2485       </td>
2486       <td><em>New Capabilities</em>
2487         <ul>
2488           <li>URL links generated from description line for
2489             regular-expression based URL links (applet and application)
2490
2491           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2492             menu</li>
2493           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2494             structures</li>
2495           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2496             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2497           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2498             average score or total feature count for each sequence.</li>
2499           <li>Shading features by score or associated description</li>
2500           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2501             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2502           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2503             hide everything but the currently selected region.</li>
2504           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2505         </ul> <em>Application</em>
2506         <ul>
2507           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2508             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2509           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2510             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2511           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2512             database references and protein_name is parsed as
2513             description line (BioSapiens terms).</li>
2514           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2515             references in sequence ID tooltip from View menu in
2516             application.</li>
2517           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2518       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2519           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2520             conservation plots</li>
2521           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2522             and visualized as sequence logos</li>
2523           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2524             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2525           </li>
2526           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2527             when a new tree is opened.</li>
2528           <li>Jalview Java Console</li>
2529           <li>Better placement of desktop window when moving
2530             between different screens.</li>
2531           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2532             consensus annotation</li>
2533           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2534             Workflows</li>
2535           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2536             <ul>
2537               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2538                 used to preserve views, structures, and tree display
2539                 settings)</li>
2540               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2541                 command line</li>
2542               <li>Sharing of selected regions between views and
2543                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2544               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2545             </ul></li>
2546         </ul> <em>Applet</em>
2547         <ul>
2548           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2549           <li>New Parameters
2550             <ul>
2551               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2552                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2553                 opened.</li>
2554               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2555                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2556               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2557                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2558               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2559                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2560                 view</li>
2561               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2562                 increase the height or width of a cell in the alignment
2563                 grid relative to the current font size.</li>
2564             </ul>
2565           </li>
2566           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2567             tooltip</li>
2568         </ul> <em>Other</em>
2569         <ul>
2570           <li>Features format: graduated colour definitions and
2571             specification of feature scores</li>
2572           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2573             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2574             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2575           <li>XML formats extended to support graduated feature
2576             colourschemes, group associated annotation, and profile
2577             visualization settings.</li></td>
2578       <td>
2579         <ul>
2580           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2581             rather than description</li>
2582           <li>Non-positional features are now included in sequence
2583             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2584             visibility in tooltip).</li>
2585           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2586           <li>Added URL embedding instructions to features file
2587             documentation.</li>
2588           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2589             'X' in peptide product</li>
2590           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2591             sequence ID and sequence string and query strings do not
2592             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2593           <li>AMSA files only contain first column of
2594             multi-character column annotation labels</li>
2595           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2596             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2597             exported and re-imported)</li>
2598           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2599             name</li>
2600           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2601             as subsequence matches, and correctly reports total number
2602             of both.</li>
2603           <li>Application:
2604             <ul>
2605               <li>Better handling of exceptions during sequence
2606                 retrieval</li>
2607               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2608                 link text excludes the start_end suffix</li>
2609               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2610                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2611               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2612               <li>Sequence description lines properly shared via
2613                 VAMSAS</li>
2614               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2615                 data sources</li>
2616               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2617                 completes before alignment figures are generated.</li>
2618               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2619                 first time.</li>
2620               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2621                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2622               <li>User defined group colours properly recovered
2623                 from Jalview projects.</li>
2624             </ul>
2625           </li>
2626         </ul>
2627       </td>
2628
2629     </tr>
2630     <tr>
2631       <td>
2632         <div align="center">
2633           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2634         </div>
2635       </td>
2636       <td>
2637         <ul>
2638           <li>Experimental support for google analytics usage
2639             tracking.</li>
2640           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2641         </ul>
2642       </td>
2643       <td>
2644         <ul>
2645           <li>Race condition in applet preventing startup in
2646             jre1.6.0u12+.</li>
2647           <li>Exception when feature created from selection beyond
2648             length of sequence.</li>
2649           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2650           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2651             all sequences with a given id</li>
2652           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2653             ID string searches</li>
2654           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2655             alignment to fail with exception</li>
2656         </ul> <em>Application Issues</em>
2657         <ul>
2658           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2659           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2660             data sources</li>
2661         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2662         <ul>
2663           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2664             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2665           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2666             version (java class versioning error fixed)</li>
2667         </ul>
2668       </td>
2669     </tr>
2670     <tr>
2671       <td>
2672
2673         <div align="center">
2674           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2675         </div>
2676       </td>
2677       <td><em>User Interface</em>
2678         <ul>
2679           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2680             translation and protein products</li>
2681           <li>Linked highlighting of structure associated with
2682             residue mapping to codon position</li>
2683           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2684             and 'clear' button</li>
2685           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2686             Tools menu</li>
2687           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2688             numeric data in description line</li>
2689           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2690           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2691             of sequence</li>
2692         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2693         <ul>
2694           <li>JPred3 web service</li>
2695           <li>Prototype sequence search client (no public services
2696             available yet)</li>
2697           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2698             PFAM</li>
2699           <li>URL Links created for matching database cross
2700             references as well as sequence ID</li>
2701           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2702         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2703         <ul>
2704           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2705             databases</li>
2706           <li>Generalised database reference retrieval and
2707             validation to all fetchable databases</li>
2708           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2709             sequence command</li>
2710         </ul> <em>Import and Export</em>
2711         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2712         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2713           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2714         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2715           File</li>
2716         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2717           triplet as name of colourscheme</li>
2718         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2719         <ul>
2720           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2721           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2722             alignments (experimental)</li>
2723           <li>Create new or select existing session to join</li>
2724           <li>load and save of vamsas documents</li>
2725         </ul> <em>Application command line</em>
2726         <ul>
2727           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2728             from applet)</li>
2729           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2730             of DAS servers to query for alignment features</li>
2731           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2732             that are also automatically queried for features</li>
2733           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2734             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2735         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2736         <ul>
2737           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2738             application (when using &quot;View in full
2739             application&quot;)</li>
2740         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2741         <ul>
2742           <li>feature group display control parameter</li>
2743           <li>debug parameter</li>
2744           <li>showbutton parameter</li>
2745         </ul> <em>Applet API methods</em>
2746         <ul>
2747           <li>newView public method</li>
2748           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2749           <li>Feature display control methods</li>
2750           <li>get list of currently selected sequences</li>
2751         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2752         <ul>
2753           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2754           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2755             Jalview release.</li>
2756           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2757             property controls execution of obfuscator</li>
2758           <li>Build target for generating source distribution</li>
2759           <li>Debug flag for javacc</li>
2760           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2761             jalview.bin.Cache</li>
2762           <li>Continuous Build Integration for stable and
2763             development version of Application, Applet and source
2764             distribution</li>
2765         </ul></td>
2766       <td>
2767         <ul>
2768           <li>selected region output includes visible annotations
2769             (for certain formats)</li>
2770           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2771             for editing</li>
2772           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2773           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2774           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2775           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2776             comments</li>
2777           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2778             filenames containing a ':'</li>
2779           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2780             global sequence features</li>
2781           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2782             references from alignment sequences goes to zero</li>
2783           <li>Close of tree branch colour box without colour
2784             selection causes cascading exceptions</li>
2785           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2786           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2787             file parsing fails.</li>
2788           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2789           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2790             not a valid output format</li>
2791           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2792             vamsas</li>
2793           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2794           <li>error messages passed up and output when data read
2795             fails</li>
2796           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2797             sequence is edited</li>
2798           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2799             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2800           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2801             filetype</li>
2802           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2803             import fixed for PFAM records</li>
2804           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2805             window list</li>
2806           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2807             can be read and written correctly to annotation file</li>
2808           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2809             correctly</li>
2810           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2811             non-italic font for representatives in Applet</li>
2812           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2813             Macs.</li>
2814           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2815             Applet)</li>
2816           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2817             due to null pointer exceptions</li>
2818           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2819             first column of alignment</li>
2820           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2821             July 2008</li>
2822           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2823             file is case-insensitive</li>
2824           <li>Sequence features read from Features file appended to
2825             all sequences with matching IDs</li>
2826           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2827             containing a sub-sequence</li>
2828           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2829           <li>feature and annotation file applet parameters
2830             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2831           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2832           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2833             splash-screen version check to complete</li>
2834           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2835             when passing them to the launchApp service</li>
2836           <li>display name and local features preserved in results
2837             retrieved from web service</li>
2838           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2839             sequence fetcher initialisation</li>
2840           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2841             dasobert DAS client</li>
2842           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2843             association</li>
2844           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2845             sequences
2846           </li>
2847         </ul>
2848       </td>
2849     </tr>
2850     <tr>
2851       <td>
2852         <div align="center">
2853           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2854         </div>
2855       </td>
2856       <td>
2857         <ul>
2858           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2859           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2860           <li>Slide sequences</li>
2861           <li>Edit sequence in place</li>
2862           <li>EMBL CDS features</li>
2863           <li>DAS Feature mapping</li>
2864           <li>Feature ordering</li>
2865           <li>Alignment Properties</li>
2866           <li>Annotation Scores</li>
2867           <li>Sort by scores</li>
2868           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2869         </ul>
2870       </td>
2871       <td>
2872         <ul>
2873           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2874           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2875           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2876           <li>Feature group display state in XML</li>
2877           <li>Feature ordering in XML</li>
2878           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2879           <li>Stockholm alignment properties</li>
2880           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2881           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2882           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2883           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2884         </ul>
2885       </td>
2886
2887     </tr>
2888     <tr>
2889       <td>
2890         <div align="center">
2891           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2892         </div>
2893       </td>
2894       <td>
2895         <ul>
2896           <li>Non standard characters can be read and displayed
2897           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2898             applet via textbox
2899           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2900             name &amp; description
2901           <li>Preference setting to display sequence name in
2902             italics
2903           <li>Annotation file format extended to allow
2904             Sequence_groups to be defined
2905           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2906             specified in preferences
2907           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2908             sequences
2909         </ul>
2910       </td>
2911       <td>
2912         <ul>
2913           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2914             installed
2915           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2916           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2917         </ul>
2918       </td>
2919     </tr>
2920     <tr>
2921       <td>
2922         <div align="center">
2923           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2924         </div>
2925       </td>
2926       <td>
2927         <ul>
2928           <li>Multiple views on alignment
2929           <li>Sequence feature editing
2930           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2931           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2932           <li>Background dependent text colour
2933           <li>Right align sequence ids
2934           <li>User-defined lower case residue colours
2935           <li>Format Menu
2936           <li>Select Menu
2937           <li>Menu item accelerator keys
2938           <li>Control-V pastes to current alignment
2939           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2940           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2941           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2942
2943           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2944         </ul>
2945       </td>
2946       <td>
2947         <ul>
2948           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2949           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2950             calculations
2951           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2952             edits
2953           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2954             of alignment)
2955           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2956
2957           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2958             display correctly
2959           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2960           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2961             analysis results
2962           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2963             &#8739;
2964           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2965           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2966           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2967
2968         </ul>
2969       </td>
2970     </tr>
2971     <tr>
2972       <td>
2973         <div align="center">
2974           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2975         </div>
2976       </td>
2977       <td>
2978         <ul>
2979           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2980         </ul>
2981       </td>
2982       <td>
2983         <ul>
2984           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2985             sequence id panel has been resized</li>
2986           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2987             rendered</li>
2988           <li>Annotation files with sequence references - all
2989             elements in file are relative to sequence position</li>
2990           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2991         </ul>
2992       </td>
2993     </tr>
2994     <tr>
2995       <td>
2996         <div align="center">
2997           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2998         </div>
2999       </td>
3000       <td>
3001         <ul>
3002           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3003           <li>DAS Feature fetching</li>
3004           <li>Hide sequences and columns</li>
3005           <li>Export Annotations and Features</li>
3006           <li>GFF file reading / writing</li>
3007           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3008             files</li>
3009           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3010           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3011           <li>Applet can launch the full application</li>
3012           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3013             required)</li>
3014           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3015           <li>Applet can load sequences from parameter
3016             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3017           </li>
3018         </ul>
3019       </td>
3020       <td>
3021         <ul>
3022           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3023           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3024           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3025         </ul>
3026       </td>
3027     </tr>
3028     <tr>
3029       <td>
3030         <div align="center">
3031           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3032         </div>
3033       </td>
3034       <td>
3035         <ul>
3036           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3037           <li>Choose to match case when searching</li>
3038           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3039             expand the visible width and height of the alignment</li>
3040         </ul>
3041       </td>
3042       <td>
3043         <ul>
3044           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3045         </ul>
3046       </td>
3047     </tr>
3048     <tr>
3049       <td>
3050         <div align="center">
3051           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3052         </div>
3053       </td>
3054       <td>&nbsp;</td>
3055       <td>
3056         <ul>
3057           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3058           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3059             value</li>
3060         </ul>
3061       </td>
3062     </tr>
3063     <tr>
3064       <td>
3065         <div align="center">
3066           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3067         </div>
3068       </td>
3069       <td>
3070         <ul>
3071           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3072           <li>Keyboard editing</li>
3073           <li>Create sequence features from searches</li>
3074           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3075             alignments</li>
3076           <li>Features file allows grouping of features</li>
3077           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3078           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3079           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3080         </ul>
3081       </td>
3082       <td>
3083         <ul>
3084           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3085           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3086             descriptions saved.</li>
3087         </ul>
3088       </td>
3089     </tr>
3090     <tr>
3091       <td>
3092         <div align="center">
3093           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3094         </div>
3095       </td>
3096       <td>
3097         <ul>
3098           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3099           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3100           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3101             name for file output</li>
3102           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3103           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3104             used for HTML form input</li>
3105         </ul>
3106       </td>
3107       <td>
3108         <ul>
3109           <li>HTML output writes groups and features</li>
3110           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3111           <li>File IO bugs</li>
3112         </ul>
3113       </td>
3114     </tr>
3115     <tr>
3116       <td>
3117         <div align="center">
3118           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3119         </div>
3120       </td>
3121       <td>
3122         <ul>
3123           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3124           <li>More options for PCA viewer</li>
3125         </ul>
3126       </td>
3127       <td>
3128         <ul>
3129           <li>GUI bugs resolved</li>
3130           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3131         </ul>
3132       </td>
3133     </tr>
3134     <tr>
3135       <td height="63">
3136         <div align="center">
3137           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3138         </div>
3139       </td>
3140       <td>
3141         <ul>
3142           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3143           <li>Jar files are executable</li>
3144           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3145         </ul>
3146       </td>
3147       <td>
3148         <ul>
3149           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3150           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3151           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3152         </ul>
3153       </td>
3154     </tr>
3155     <tr>
3156       <td>
3157         <div align="center">
3158           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3159         </div>
3160       </td>
3161       <td>
3162         <ul>
3163           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3164         </ul>
3165       </td>
3166       <td>
3167         <ul>
3168           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3169         </ul>
3170       </td>
3171     </tr>
3172     <tr>
3173       <td>
3174         <div align="center">
3175           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3176         </div>
3177       </td>
3178       <td>
3179         <ul>
3180           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3181             size</li>
3182         </ul>
3183       </td>
3184       <td>
3185         <ul>
3186           <li>Improved JPred client reliability</li>
3187           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3188         </ul>
3189       </td>
3190     </tr>
3191     <tr>
3192       <td>
3193         <div align="center">
3194           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3195         </div>
3196       </td>
3197       <td>
3198         <ul>
3199           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3200           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3201           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3202             to Colour Menu</li>
3203           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3204           <li>Unix users can set default web browser</li>
3205           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3206           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3207         </ul>
3208       </td>
3209       <td>
3210         <ul>
3211           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3212         </ul>
3213       </td>
3214     </tr>
3215     <tr>
3216       <td>
3217         <div align="center">
3218           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3219         </div>
3220       </td>
3221       <td>&nbsp;</td>
3222       <td>
3223         <ul>
3224           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3225             alignment order.</li>
3226         </ul>
3227       </td>
3228     </tr>
3229     <tr>
3230       <td>
3231         <div align="center">
3232           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3233         </div>
3234       </td>
3235       <td>
3236         <ul>
3237           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3238           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3239           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3240             annotations.</li>
3241           <li>Version and build date written to build properties
3242             file.</li>
3243           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3244             at launch of Jalview.</li>
3245         </ul>
3246       </td>
3247       <td>
3248         <ul>
3249           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3250           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3251           <li>Can remove groups one by one.</li>
3252           <li>Filechooser icons installed.</li>
3253           <li>Finder ignores return character when searching.
3254             Return key will initiate a search.<br>
3255           </li>
3256         </ul>
3257       </td>
3258     </tr>
3259     <tr>
3260       <td>
3261         <div align="center">
3262           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3263         </div>
3264       </td>
3265       <td>
3266         <ul>
3267           <li>New codebase</li>
3268         </ul>
3269       </td>
3270       <td>&nbsp;</td>
3271     </tr>
3272   </table>
3273   <p>&nbsp;</p>
3274 </body>
3275 </html>