help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   4  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>What's new ?</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23  <p>
  24   <strong>What's new ?</strong>
  25  </p>
  26  <p>Jalview 2.8 includes a brand new logo, which you'll see in file
  27   browsers, splash screens, and also on the new look Jalview site.</p>
  28  <p>
  29   In addition to our new look, Jalview 2.8 includes a number of new
  30   features.. some of which have been in development since July 2010. The
  31   highlights are below, and - as usual, for a comprehensive list, take a
  32   look at the <a href="releases.html#Jalview2.8">Jalview 2.8 Release
  33    Notes</a>.
  34  </p>
  35  <p>
  36   <strong>Highlights in Jalview Version 2.8</strong>
  37  </p>
  38  <ul>
  39   <li><strong>Improved <a href="webServices/JABAWS.html">JABAWS</a> client and new JABAWS 2.0 Services</strong>
  40    <ul>
  41     <li><a href="webServices/AACon.html">AACon alignment conservation</a></li>
  42     <li><a href="webServices/proteinDisorder.html">Protein disorder</a> - DisEMBL, RONN, GlobPlot and IUPred</li>
  43     <li>Clustal Omega for creating huge protein alignments</li>
  44    </ul>
  45   </li>
  46   <li><strong>Support for <a href="na/index.html">RNA</a></strong>
  47    <ul>
  48     <li>Import sequence and alignment associated WUSS or VIENNA dot-bracket
  49      notation from files and the <strong>RFAM</strong> database</li>
  50     <li>Interactive editing of RNA secondary structure annotation</li>
  51     <li>Colour scheme for purine/pyrimidine and to highlight RNA
  52      helices</li>
  53     <li>RNA canonical <a href="calculations/structureconsensus.html">base pair consensus score</a> and sequence logo</li>
  54     <li>Embedded <a href="features/varna.html">VARNA</a> RNA
  55      secondary structure viewer in the Desktop
  56     </li>
  57    </ul></li>
  58   <li>Parse and display <a href="io/tcoffeescores.html">T-COFFEE alignment quality scores</a> (thanks to Paolo Tomassi of the Notredame Group)</li>
  59   <li><a href="colourSchemes/annotationColouring.html">Per sequence alignment annotation shading</a></li>
  60   <li>Enhanced <a href="calculations/pca.html">PCA viewer</a>: more export options, and switch between
  61    different PCA modes and residue score models</li>
  62   <li>New Jalview Desktop <a href="webServices/dbreffetcher.html">database fetcher</a> GUI</li>
  63   <li>Support for DAS 1.6 and DAS 2.0 sources (thanks to new JDAS Distributed Annotation client library)</li>
  64   <li>Export sequence database annotation as <a href="io/exportseqreport.html">HTML report</a></li>
  65   <li>Normalised <a href="calculations/consensus.html">Sequence Logo Display</a></li>
  66  </ul>
  67  <p>
  68   <strong>Issues Resolved (a select list - see the <a
  69    href="releases.html#Jalview2.8">release history</a> for full details)
  70   </strong>
  71  </p>
  72  <p>
  73   <strong>Issues in the Jalview Desktop</strong>
  74  <ul>
  75   <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via wsdbfetch
  76    REST service<!--<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-636'>JAL-636</a>-->
  77   </li>
  78   <li>
  79    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-368'>JAL-368</a>] -         -->
  80    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-153'>JAL-153</a>] -        -->Stop
  81    windows being moved outside desktop on OSX
  82   </li>
  83   <li>
  84    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-758'>JAL-758</a>] -         -->Filetype
  85    associations not installed for webstart launch
  86   </li>
  87   <li>
  88    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-849'>JAL-849</a>] -         -->Jalview
  89    does not always retrieve progress of a JABAWS job execution in full
  90    once it is complete
  91   </li>
  92   <li>
  93    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-983'>JAL-983</a>] -         -->View
  94    all structures superposed fails with exception
  95   </li>
  96   <li>
  97    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-994'>JAL-994</a>] -         -->Jnet
  98    job queues forever if a very short sequence is submitted for
  99    prediction
 100   </li>
 101   <li>
 102    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1022'>JAL-1022</a>] -         -->Structure
 103    view highlighting doesn&#39;t work on windows 7
 104   </li>
 105   <li>
 106    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1026'>JAL-1026</a>] -         -->Jalview
 107    desktop fails to launch with exception when using proxy
 108   </li>
 109   <li>
 110    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1031'>JAL-1031</a>] -         -->Tree
 111    calculation reports &#39;you must have 2 or more sequences
 112    selected&#39; when selection is empty
 113   </li>
 114   <li>
 115    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1062'>JAL-1062</a>] -         -->DAS
 116    Sequence retrieval with range qualification results in sequence xref
 117    which includes range qualification
 118   </li>
 119   <li>
 120    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1111'>JAL-1111</a>] -         -->Cannot
 121    close news reader when JABAWS server warning dialog is shown
 122   </li>
 123   <li>
 124    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1131'>JAL-1131</a>] -         -->Edited
 125    sequence not submitted to web service
 126   </li>
 127   <li>
 128    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1134'>JAL-1134</a>] -         -->Jalview
 129    2.7 Webstart and InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
 130    on OSX Mountain Lion
 131    <ul>
 132     <li>The workaround for webstart is to go into the Security
 133      panel (gatekeeper symbol) under System settings, and select the
 134      'allow any code to run' setting.</li>
 135    </ul>
 136   </li>
 137   <li>
 138    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1144'>JAL-1144</a>] -         -->Annotation
 139    panel not given a scroll bar when sequences with alignment annotation
 140    are pasted into the alignment
 141   </li>
 142   <li>
 143    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1148'>JAL-1148</a>] -         -->Sequence
 144    associated annotation rows not associated when loaded from jalview
 145    project
 146   </li>
 147   <li>
 148    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1145'>JAL-1145</a>] -         -->Exceptions
 149    when copy/paste sequences with grouped annotation rows to new window
 150   </li>
 151   <li>
 152    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1149'>JAL-1149</a>] -         -->Browser
 153    launch fails with NPE on java 1.7
 154   </li>
 155
 156  </ul>
 157
 158  <strong>Issues specific to the JalviewLite Applet</strong>
 159  <ul>
 160   <li>
 161    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-962'>JAL-962</a>] -         -->Sequence
 162    features are momentarily displayed before they are hidden using
 163    hidefeaturegroups applet parameter
 164   </li>
 165   <li>
 166    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-965'>JAL-965</a>] -         -->loading
 167    features via javascript API automatically enables feature display
 168   </li>
 169   <li>
 170    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1170'>JAL-1170</a>] -         -->scrollToColumnIn
 171    javascript API method doesn&#39;t work
 172   </li>
 173  </ul>
 174  <strong>Issues affecting both applet and application</strong>
 175  <ul>
 176   <li>
 177    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1007'>JAL-1007</a>] -         -->Redundancy
 178    removal fails for rna alignment
 179   </li>
 180   <li>
 181    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1033'>JAL-1033</a>] -         -->PCA
 182    window shows grey box when first opened on OSX
 183   </li>
 184   <li>
 185    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1086'>JAL-1086</a>] -        -->Letters
 186    coloured pink in sequence logo when alignment coloured with clustalx
 187   </li>
 188   <li>
 189    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1099'>JAL-1099</a>] -         -->Choosing
 190    fonts without letter symbols defined causes exceptions and redraw
 191    errors
 192   </li>
 193   <li>
 194    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1123'>JAL-1123</a>] -         -->Initial
 195    PCA plot view is not same as manually reconfigured view
 196   </li>
 197  </ul>
 198 </body>
 199 </html>