help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
   4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>What's new in Jalview 2.10 ?</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview 2.10 is the next major release in the Jalview 2 series. Full
  31     details are in the <a href="releases.html#Jalview.2.10.0">Jalview
  32       2.10 Release Notes</a>, but the highlights are below.
  33   </p>
  34   <ul>
  35     <li><strong>Ensembl sequence fetcher</strong><br />Annotated
  36       Genes, transcripts and proteins can be retrieved via Jalview's new
  37       <a href="features/ensemblsequencefetcher.html">Ensembl REST
  38         client</a>. Support for import of Ensembl data allows:
  39       <ul>
  40         <li><strong>Aligned locus view</strong><br />Transcripts
  41           retrieved for a gene identifier via the Ensembl or
  42           EnsemblGenomes sequence databases are automatically aligned to
  43           their reference genome, and introns hidden from the view.</li>
  44         <li><strong>Sequence variant data</strong><br />Jalview
  45           propagates variant annotation on genomic regions onto
  46           transcripts and protein products, complete with associated
  47           metadata such as clinical significance.</li>
  48       </ul></li>
  49     <li><strong>Ensembl and ENA 'show cross-references'
  50         support</strong><br />The Calculations menu's <strong>'Show
  51         cross-references'</strong> now offers Ensembl as well as EMBLCDS and
  52       Uniprot when CDS/Protein mapping data is available for download or
  53       display. This allows variant annotation to be added directly to an
  54       alignment of UniProt sequences.</li>
  55     <li><strong>Working with structures</strong>
  56       <ul>
  57         <li><strong>More accurate structure mappings</strong><br />
  58           Jalview now utilises the PDBe's SIFTS database (at EMBL-EBI)
  59           to <a href="features/siftsmapping.html">match structures
  60             to UniProt sequences</a>, even for structures containing
  61           multiple copies of a sequence.</li>
  62         <li><strong>Import structures as mmCIF</strong><br />Jalview
  63           now downloads data from the EMBL-EBI's PDBe site as <a
  64           href="features/mmcif.html">mmCIF</a>. This allows very large
  65           structures to be imported, such as the HIV virus capsid
  66           assembly.</li>
  67         <li><strong>Chimera users will need to upgrade to
  68             1.11.1</strong><br />If you use Chimera to view structures
  69           downloaded by Jalview 2.10, you will need to make sure you are
  70           running the latest version of <a href="features/chimera.html">Chimera</a>.</li>
  71       </ul></li>
  72     <li><strong>UniProt Free Text Search</strong><br />The new
  73       search dialog for UniProt allows you to browse and retrieve
  74       sequences with free-text search, or structured queries.</li>
  75     <li><strong>Reference sequence alignment view</strong><br />
  76       Jalview 2.9 introduced support for reference sequences. In 2.10,
  77       when a reference sequence is defined for the alignment, the
  78       alignment column ruler is now numbered according to the reference
  79       sequence. The reference sequence for alignment views can also be
  80       saved and restored from Jalview projects.</li>
  81   </ul>
  82
  83 </body>
  84 </html>