help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>What's new in Jalview 2.10.2 ?</strong>
  28   </p>
  29   <p>This August 2018 release of Jalview introduces new user interface features, improved and more extensible tree and PCA analysis, more robust 3D structure viewing with UCSF Chimera and an updated service client for JABAWS. The full list of bug fixes and new features can be found in the <a
  30       href="releases.html#Jalview.2.10.2"> 2.10.2 Release Notes</a>, but the
  31     highlights are below.
  32   </p>
  33   <ul>
  34     <li><strong>New dialog and faster and more
  35         configurable Tree and PCA calculations</strong><br> Menu entries for
  36       calculating PCA and different types of tree have been replaced by
  37       a single <a href="calculations/calculations.html"><em>Calculations</em>
  38         dialog box</a>. The underlying implementation for the PCA and tree
  39       calculations have been made faster and more memory efficient.</li>
  40     <li><strong>Extensible score models</strong><br />A new
  41       framework has also been created for the score models used to
  42       calculate distances between sequences and shade alignments. This
  43       framework allows import of substitution matrices in NCBI and
  44       AAIndex format.<br />
  45     <strong>PCA Bug Fixes</strong>. Jalview's implementation of PCA
  46       differed in its treatment of gaps and non-standard residues. The
  47       BLOSUM62 matrix also included a typo that affected results. See the
  48       <a href="releases.html#2102scoremodelbugs">2.10.2 release note
  49         about score model bugs</a> for details and how to reinstate legacy
  50       behaviour.</li>
  51     <li><strong>Update to JABAWS 2.2</strong><br />Jalview's
  52       alignment, protein conservation analysis, and protein disorder and
  53       RNA secondary structure prediction services are now provided by <a
  54       href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">JABAWS 2.2</a>.
  55       Several of the programs provided as JABAWS 2.2 services have been
  56       updated, so their options and parameters have changed.</li>
  57     <li><strong>URL linkouts to other bioinformatics
  58         databases</strong><br />New preferences for <a
  59       href="webServices/urllinks.html">opening web pages for
  60         database cross-references</a> via the UK Elixir's EMBL-EBI's MIRIAM
  61       database and identifiers.org services.</li>
  62     <li><strong>Showing and hiding regions</strong> <br /> <a
  63       href="menus/popupMenu.html#hideinserts">Hide insertions</a> in the
  64       PopUp menu has changed its behaviour. Prior to 2.10.2, columns
  65       were only shown or hidden according to gaps in the sequence under
  66       the popup menu. Now, only columns that are gapped in all selected
  67       sequences as well as the sequence under the popup menu are hidden,
  68       and column visibility outside the selected region is left as is.
  69       This makes it easy to filter insertions from the alignment view
  70       (just select the region containing insertions to remove) without
  71       affecting the rest of the hidden columns.</li>
  72     <li><strong>Recent search history for Find, PDBe and
  73         Uniprot</strong><br />Easily repeat a previous search for <a
  74       href="features/search.html#queryhistory">Find</a> and the free
  75       text search system (for querying Uniprot and the PDBe).</li>
  76     <li><strong>Improved Overview Window</strong><br />The <a
  77       href="features/overview.html">alignment overview</a> is now easier
  78       to use when working with alignments of more than 5000 rows and
  79       columns, and features a new pop-up menu that allows hidden regions
  80       to be excluded from the overview. It also works with CDS/Protein
  81       alignments and MSA views in wrapped mode.</li>
  82     <li><strong>3D Structure</strong><br />Jalview's communication
  83       with UCSF Chimera has been made more robust, particularly when
  84       working with many structures and long sequences. Regions in
  85       structures that correspond to hidden regions in an alignment view
  86       are now left un-coloured, making it easier to highlight specific
  87       features in 3D. See below for <a href="#experimental">experimental
  88         features for exchanging annotation between Chimera and Jalview.</a></li>
  89   </ul>
  90   <p>
  91     <strong>Scripting</strong><br />New <a
  92       href="http://www.jalview.org/examples/groovy">groovy examples</a>
  93     demonstrate Jalview 2.10.2 APIs for creation of data-driven
  94     colourschemes, and custom alignment file handlers. The <a
  95       href="groovy/featuresCounter.html">FeatureAnnotationWorker</a>
  96     introduced in Jalview 2.10 has also been refactored to allow
  97     efficient counting across multiple feature types. Please be aware
  98     that feature counter scripts created for earlier versions will not
  99     execute in Jalview 2.10.2.
 100   </p>
 101   <p>
 102     <strong><a name="experimental">Experimental Features</a></strong>
 103   </p>
 104   <p>
 105     This release of Jalview introduces an <em>Experimental Features</em>
 106     option in the Jalview Desktop's <em>Tools</em> menu that allows you
 107     to try out features that are still in development. To access the
 108     experimental features below - first enable the <strong>Tools&#8594;Enable
 109       Experimental Features</strong> option, and then restart Jalview.
 110   </p>
 111   <ul>
 112     <li><em>Annotation transfer between Chimera and Jalview</em><br />Two
 113       <a href="features/chimera.html#experimental">new entries in
 114         the Chimera viewer's Chimera menu</a> allow positional annotation to
 115       be exchanged between Chimera and Jalview.</li>
 116   </ul>
 117
 118 </body>
 119 </html>