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   2 version: 2.11.3.0
   3 date: 2023-07-19
   4 channel: "release"
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   7 ## New Features
   8 - <!-- JAL-4064 --> Native M1 build for macOS using Adoptium JRE 11 macos-aarch64
   9 - <!-- JAL-4054 --> Installers built with install4j10
  10 - <!-- JAL-3676 --> Allow log level configuration via Jalview's Java Console, and a Copy to Clipboard button
  11 - <!-- JAL-3416 --> FlatLAF default look and feel on Linux, OSX and everywhere else ?
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  13 - <!-- JAL-4019 --> Ambiguous Base Colourscheme
  14 - <!-- JAL-4061 --> Find can search sequence features' type and description
  15 - <!-- JAL-4062 --> Hold down Shift + CMD/CTRL C to copy highlighted regions as new sequences
  16 - <!-- JAL-1556 --> Quickly enable select and/or colour by for displayed annotation row via its popup menu
  17 - <!-- JAL-4094 --> Shift+Click+Drag to adjust height of all annotation tracks of same type
  18 - <!-- JAL-4190 --> Pressing escape in tree panel clears any current selection
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  20 - <!-- JAL-4089 --> Use selected columns for superposition
  21 - <!-- JAL-4086 --> Highlight aligned positions on all associated structures when mousing over a column
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  23 - <!-- JAL-4221 --> sequence descriptions are updated from database reference sources if not already defined
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  26 ### Improved support for working with computationally determined models
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  28 - <!-- JAL-3895 --> Alphafold red/orange/yellow/green colourscheme for structures
  29 - <!-- JAL-4095 --> Interactive picking of low pAE score regions
  30 - <!-- JAL-4027 --> contact matrix datatype in Jalview
  31 - <!-- JAL-4033 --> Selections with visual feedback via contact matrix annotation
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  33 - <!-- JAL-3855 --> Discover and import alphafold2 models and metadata from https://alphafold.ebi.ac.uk/
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  35 - <!-- JAL-4091 --> Visual indication of relationship with associated sequence to distinguish different sequence associated annotation rows
  36 - <!-- JAL-4123 --> GUI and command line allows configuration of how temperature factor in imported 3D structure data should be interpreted
  37 - <!-- JAL-3914 --> Import model reliability scores encoded as temperature factor annotation with their correct name and semantics
  38 - <!-- JAL-3858 --> Import and display alphafold alignment uncertainty matrices from JSON
  39 - <!-- JAL-4134,JAL-4158 --> Column-wise alignment groups and selections and interactive tree viewer for PAE matrices
  40 - <!-- JAL-4124 --> Store/Restore PAE data and visualisation settings from Jalview Project
  41 - <!-- JAL-4083 --> Multiple residue sidechain highlighting in structure viewers from PAE mouseovers
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  44 ### Jalview on the command line
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  46 - <!-- JAL-4160,JAL-629 --> New command line argument framework allowing flexible batch processing, figure generation, and import of structures, pae matrices and other sequence associated data
  47 - <!-- JAL-4121 --> Assume --headless when jalview is run with a command line argument that generates output
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  49 ### Other improvements
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  52 - <!-- JAL-4250 --> Secondary structure annotation glyphs are rendered anti-aliasing when enabled
  53 - <!-- JAL-325 --> Helix and Sheet glyphs vertically centered with respect to grey coil secondary structure annotation track
  54 - <!-- JAL-4253 --> Lower line of the sequence group border does not align with vertical and background residue box
  55 - <!-- JAL-4250 --> Updated JFreeSVG (https://www.jfree.org/jfreesvg) from 2.1 to 3.4.3
  56 - <!-- JAL-3119 --> Name of alignment and view included in overview window's title
  57 - <!-- JAL-4213 --> "add reference annotation" add all positions in reference annotation tracks, not just positions in the currently highlighted columns/selection range
  58 - <!-- JAL-4119 --> EMBL-EBI SIFTS file downloads now use split directories
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  60 - <!-- JAL-4195,JAL-4194,JAL-4193 --> sensible responses from the CLI when things go wrong during image export
  61 Add a command line option to set Jalview properties for this session only
  62 Add a command line option to suppress opening the startup file for this session
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  65 JAL-4187         Powershell launcher script fails when given no arguments with the old ArgsParser
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  67 known issue ? <!-- JAL-4127     --> 'Reload' for a jalview project results in all windows being duplicated
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  70 - <!-- JAL-3830 --> Command-line wrapper script for macOS bundle, linux and Windows installations (bash, powershell and .bat wrappers)
  71 - <!-- JAL-3820 --> In Linux desktops' task-managers, the grouped Jalview windows get a generic name
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  73 ## Still in progress (delete on release)
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  75 - <!-- JAL-2382 --> Import and display sequence-associated contact predictions in CASP-RR format
  76 - <!-- JAL-2349 --> Contact prediction visualisation
  77 - <!-- JAL-2348 --> modularise annotation renderer
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  79 ### Development and Deployment
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  81 - <!-- JAL-4167 --> Create separate gradle test task for some tests
  82 - <!-- JAL-4111 --> Allow gradle build to create suffixed DEVELOP-... builds with channel appbase
  83 - <!-- JAL-4243 --> Jalview bio.tools description maintained under jalview's git repo and bundled with source release
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  85 ## Issues Resolved
  86 - <!-- JAL-2961 --> Jmol view not always centred on structures when multiple structures are viewed
  87 - <!-- JAL-3776 --> Cancelling interactive calculation leaves empty progress bar.
  88 - <!-- JAL-3772 --> Unsaved Alignment windows close without prompting to save, individually or at application quit.
  89 - <!-- JAL-1988 --> Can quit Jalview while 'save project' is in progress
  90 - <!-- JAL-4126 --> 'Use original colours' option of colour by annotation not honoured when restoring view from project
  91 - <!-- JAL-4116 --> PDB structures slow to view when Jalview Java Console is open (2.11.2.7 patch)
  92 - <!-- JAL-3784 --> Multiple overview windows can be opened for a particular alignment view when multiple views are present
  93 - <!-- JAL-3785 --> Overview windows opened automatically (due to preferences settings) lack title
  94 - <!-- JAL-2353 --> Show Crossrefs fails to retrieve CDS from ENA or Ensembl for sequences retrieved from Uniprot due to version numbers in cross-reference accession
  95 - <!-- JAL-4184 --> Stockholm export does not include sequence descriptions
  96 - <!-- JAL-4075 --> Don't add string label version of DSSP secondary structure codes in secondary structure annotation rows
  97 - <!-- JAL-4182 --> reference annotation not correctly transferred to alignment containing a sub-sequence when a selection is active
  98 - <!-- JAL-4177 --> Can press 'Add' or 'New View' multiple times when manually adding and viewing a 3D structure via structure chooser
  99 - <!-- JAL-4133 --> Jalview project does not preserve font aspect ratio when Viewport is zoomed with mouse
 100 - <!-- JAL-4128 --> Resizing overview quickly with solid-drags enabled causes exception
 101 - <!-- JAL-4150 --> Sequences copied to clipboard from within Jalview cannot be pasted via the desktop's popup menu to a new alignment window
 102 - <!-- JAL-2528, JAL-1713 --> Overview window is saved in project file, and state of 'show hidden regions' is preserved.
 103 - <!-- JAL-4153 --> JvCacheableInputBoxTest flaky on build server
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 105 ## New Known defects
 106 - <!-- JAL-4178 --> Cannot cancel structure view open action once it has been started via the structure chooser dialog
 107 - <!-- JAL-4142 --> Example project's multiple views do not open in distinct locations when eXpand views is used to show them all separately
 108 - <!-- JAL-4165 --> Missing last letter when copying consensus sequence from alignment if first column is hidden
 109 - <!-- JAL-4261 --> Last sequence ID in alignment not shown and annotation labels are misaligned in HTML export
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