JAL-2944 tidies for review comments
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 label.scheme_changed = Changes to scheme ''{0}'' have not been saved.<br><br>Save changes, or continue without saving to make a new colour scheme.
7 label.save_changes = Save Changes
8 label.dont_save_changes = Don't Save
9 action.save_image = Save Image
10 action.paste = Paste
11 action.show_html_source = Show HTML Source
12 action.print = Print...
13 action.web_service = Web Service
14 action.cancel_job = Cancel Job
15 action.start_job = Start Job
16 action.revert = Revert
17 action.move_down = Move Down
18 action.move_up = Move Up
19 action.remove_return_datatype = Remove return datatype
20 action.add_return_datatype = Add return datatype
21 action.remove_input_parameter = Remove selected input parameter
22 action.add_input_parameter = Add input parameter
23 action.edit = Edit
24 action.new = New
25 action.open_file = Open file
26 action.show_unconserved = Show Unconserved
27 action.open_new_alignment = Open new alignment
28 action.raise_associated_windows = Raise Associated Windows
29 action.minimize_associated_windows = Minimize Associated Windows
30 action.close_all = Close all
31 action.load_project = Load Project
32 action.save_project = Save Project
33 action.quit = Quit
34 action.expand_views = Expand Views
35 action.gather_views = Gather Views
36 action.page_setup = Page Setup...
37 action.reload = Reload
38 action.load = Load
39 action.open = Open
40 action.cancel = Cancel
41 action.create = Create
42 action.update = Update
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44 action.clear = Clear
45 action.accept = Accept
46 action.select_ddbb = --- Select Database ---
47 action.undo = Undo
48 action.redo = Redo
49 action.reset = Reset
50 action.remove_left = Remove left
51 action.remove_right = Remove right
52 action.remove_empty_columns = Remove Empty Columns
53 action.remove_all_gaps = Remove All Gaps
54 action.left_justify_alignment = Left Justify Alignment
55 action.right_justify_alignment = Right Justify Alignment
56 action.boxes = Boxes
57 action.text = Text
58 action.by_pairwise_id = By Pairwise Identity
59 action.by_id = By Id
60 action.by_length = By Length
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63 action.set_as_reference = Set as Reference 
64 action.remove = Remove
65 action.remove_redundancy = Remove Redundancy...
66 action.pairwise_alignment = Pairwise Alignment
67 action.user_defined = User Defined...
68 action.by_conservation = By Conservation
69 action.wrap = Wrap
70 action.show_gaps = Show Gaps
71 action.show_hidden_markers = Show Hidden Markers
72 action.find = Find
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75 action.copy = Copy
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77 action.font = Font...
78 action.scale_above = Scale Above
79 action.scale_left = Scale Left
80 action.scale_right = Scale Right
81 action.by_tree_order = By Tree Order
82 action.sort = Sort
83 action.calculate_tree = Calculate Tree...
84 action.calculate_tree_pca = Calculate Tree or PCA...
85 action.help = Help
86 action.by_annotation = By Annotation...
87 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
88 action.invert_column_selection = Invert Column Selection
89 action.show = Show
90 action.hide = Hide
91 action.ok = OK
92 action.set_defaults = Defaults
93 action.create_group = Create Group
94 action.remove_group = Remove Group
95 action.edit_group = Edit Group
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100 action.ids = IDS
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102 action.reveal_all = Reveal All
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104 action.find_all = Find all
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106 action.file = File
107 action.view = View
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109 action.change_params = Change Parameters
110 action.apply = Apply
111 action.apply_threshold_all_groups = Apply threshold to all groups
112 action.apply_all_groups = Apply to all Groups
113 action.by_chain = By Chain
114 action.by_sequence = By Sequence
115 action.paste_annotations = Paste Annotations
116 action.format = Format
117 action.select = Select
118 action.new_view = New View
119 action.close = Close
120 action.add = Add
121 action.save_as_default = Save as default
122 action.save_as = Save as...
123 action.save = Save
124 action.cancel_fetch = Cancel Fetch
125 action.change_font = Change Font
126 action.change_font_tree_panel = Change Font (Tree Panel)
127 action.colour = Colour
128 action.calculate = Calculate
129 action.select_all = Select all
130 action.select_highlighted_columns = Select Highlighted Columns
131 tooltip.select_highlighted_columns = Press B to mark highlighted columns, Ctrl-(or Cmd)-B to toggle, and Alt-B to mark all but highlighted columns 
132 action.deselect_all = Deselect all
133 action.invert_selection = Invert selection
134 action.using_jmol = Using Jmol
135 action.link = Link
136 action.group_link = Group Link
137 action.show_chain = Show Chain
138 action.show_group = Show Group
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140 action.view_flanking_regions = Show flanking regions
141 label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment
142 label.structures_manager = Structures Manager
143 label.nickname = Nickname:
144 label.url = URL
145 label.url\: = URL:
146 label.input_file_url = Enter URL or Input File
147 label.select_feature = Select feature
148 label.name = Name
149 label.name\: = Name:
150 label.name_param = Name: {0}
151 label.group = Group
152 label.group\: = Group:
153 label.group_name = Group Name
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155 label.edit_group_name_description = Edit Group Name/Description
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157 label.description = Description
158 label.description\: = Description:
159 label.start = Start:
160 label.end = End:
161 label.current_parameter_set_name = Current parameter set name:
162 label.service_action = Service Action:
163 label.post_url = POST URL:
164 label.url_suffix = URL Suffix
165 label.sequence_source = Sequence Source
166 label.per_seq = per Sequence
167 label.result_vertically_separable = Results are vertically separable
168 label.amend = Amend
169 label.undo_command = Undo {0}
170 label.redo_command = Redo {0}
171 label.principal_component_analysis = Principal Component Analysis
172 label.average_distance_identity = Average Distance Using % Identity
173 label.neighbour_joining_identity = Neighbour Joining Using % Identity
174 label.choose_calculation = Choose Calculation
175 label.treecalc_title = {0} Using {1}
176 label.tree_calc_av = Average Distance
177 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
178 label.select_score_model = Select score model
179 label.score_model_pid = % Identity
180 label.score_model_blosum62 = BLOSUM62
181 label.score_model_pam250 = PAM 250
182 label.score_model_smithwatermanscore = Score between two sequences aligned with Smith-Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix
183 label.score_model_sequencefeaturesimilarity = Distance measure of average number of features not shared at sequence positions 
184 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
185 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
186 label.status_bar = Status bar
187 label.out_to_textbox = Output to Textbox
188 label.occupancy = Occupancy
189 # delete Clustal - use FileFormat name instead
190 label.clustal = Clustal
191 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme
192 label.colourScheme_clustal = Clustalx
193 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
194 label.colourScheme_%_identity = Percentage Identity
195 label.colourScheme_zappo = Zappo
196 label.colourScheme_taylor = Taylor
197 label.colourScheme_hydrophobic = Hydrophobicity
198 label.colourScheme_helix_propensity = Helix Propensity
199 label.colourScheme_strand_propensity = Strand Propensity
200 label.colourScheme_turn_propensity = Turn Propensity
201 label.colourScheme_buried_index = Buried Index
202 label.colourScheme_purine/pyrimidine = Purine/Pyrimidine
203 label.colourScheme_nucleotide = Nucleotide
204 label.colourScheme_t-coffee_scores = T-Coffee Scores
205 label.colourScheme_rna_helices = By RNA Helices
206 label.blc = BLC
207 label.fasta = Fasta
208 label.msf = MSF
209 label.pfam = PFAM
210 label.pileup = Pileup
211 label.pir = PIR
212 label.average_distance_blosum62 = Average Distance Using BLOSUM62
213 label.neighbour_blosum62 = Neighbour Joining Using BLOSUM62
214 label.show_annotations = Show annotations
215 label.hide_annotations = Hide annotations
216 label.show_all_seq_annotations = Show sequence related
217 label.hide_all_seq_annotations = Hide sequence related
218 label.show_all_al_annotations = Show alignment related
219 label.hide_all_al_annotations = Hide alignment related
220 label.hide_all = Hide all
221 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
222 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
223 label.colour_text = Colour Text
224 label.show_non_conserved = Show nonconserved
225 label.overview_window = Overview Window
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228 label.show_sequence_features = Show Sequence Features
229 label.nucleotide = Nucleotide
230 label.protein = Protein
231 label.nucleotides = Nucleotides
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237 label.modify_conservation_threshold = Modify Conservation Threshold...
238 label.input_from_textbox = Input from textbox
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243 label.show_sequence_limits = Show Sequence Limits
244 action.feature_settings = Feature Settings...
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251 label.all_but_selected_region = All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)
252 label.selected_region = Selected Region
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256 label.group_consensus = Group Consensus
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259 label.show_consensus_logo = Show Consensus Logo
260 label.norm_consensus_logo = Normalise Consensus Logo
261 label.apply_all_groups = Apply to all groups
262 label.autocalculated_annotation = Autocalculated Annotation
263 label.show_first = Show first
264 label.show_last = Show last
265 label.struct_from_pdb = Process secondary structure from PDB
266 label.use_rnaview = Use RNAView for secondary structure
267 label.autoadd_secstr = Add secondary structure annotation to alignment
268 label.autoadd_temp = Add Temperature Factor annotation to alignment
269 label.structure_viewer = Default structure viewer
270 label.chimera_path = Path to Chimera program
271 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
272 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
273 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
274 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
275 label.min_colour = Minimum Colour
276 label.max_colour = Maximum Colour
277 label.use_original_colours = Use Original Colours
278 label.threshold_minmax = Threshold is min/max
279 label.represent_group_with = Represent Group with {0}
280 label.selection = Selection
281 label.group_colour = Group Colour
282 label.sequence = Sequence
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284 label.min = Min:
285 label.max = Max:
286 label.colour_by_label = Colour by label
287 label.new_feature = New Feature
288 label.match_case = Match Case
289 label.view_alignment_editor = View in alignment editor
290 label.labels = Labels
291 label.output_values = Output Values...
292 label.output_points = Output points...
293 label.output_transformed_points = Output transformed points
294 label.input_data = Input Data...
295 label.nucleotide_matrix = Nucleotide matrix
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297 label.show_bootstrap_values = Show Bootstrap Values
298 label.show_distances = Show distances
299 label.mark_unassociated_leaves = Mark Unassociated Leaves
300 label.fit_to_window = Fit To Window
301 label.newick_format = Newick Format
302 label.select_newick_like_tree_file = Select a newick-like tree file
303 label.colours = Colours
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305 label.wireframe = Wireframe
306 label.depthcue = Depthcue
307 label.z_buffering = Z Buffering
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309 label.all_chains_visible = All Chains Visible
310 label.successfully_added_features_alignment = Successfully added features to alignment
311 label.keyboard_editing_mode = Keyboard editing mode is {0}
312 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
313 label.removed_columns = Removed {0} columns.
314 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
315 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
316 label.order_by_params = Order by {0}
317 label.html_content = <html>{0}</html>
318 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
319 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
320 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
321 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
322 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
323 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
324 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
325 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
326 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
327 label.paste_your = Paste your
328 label.finished_searching = Finished searching
329 label.search_results= Search results {0} : {1}
330 label.found_match_for = Found match for {0}
331 label.font = Font:
332 label.size = Size:
333 label.style = Style:
334 label.calculating = Calculating....
335 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
336 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
337 label.set_this_label_text = set this label text
338 label.sequences_from = Sequences from {0}
339 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
340 label.successfully_loaded_matrix  = Successfully loaded score matrix {0}
341 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
342 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
343 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
344 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
345 label.source_to_target = {0} ... {1}
346 label.per_sequence_only= Per-sequence only
347 label.to_file = to File
348 label.to_textbox = to Textbox
349 label.jalview = Jalview
350 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
351 label.status = Status
352 label.channels = Channels
353 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
354 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
355 label.select_das_service_from_table = Select a DAS service from the table to read a full description here.</font></html>
356 label.session_update = Session Update
357 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
358 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
359 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
360 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
361 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
362 label.groovy_console = Groovy Console...
363 label.lineart = Lineart
364 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
365 label.select_eps_character_rendering_style = Select EPS character rendering style
366 label.invert_selection = Invert Selection
367 label.optimise_order = Optimise Order
368 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
369 label.load_colours = Load Colours
370 label.save_colours = Save Colours
371 label.fetch_das_features = Fetch DAS Features
372 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
373 label.database_param = Database: {0}
374 label.example = Example
375 label.example_param = Example: {0}
376 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
377 label.file_format_not_specified = File format not specified
378 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
379 label.error_saving_file = Error Saving File
380 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
381 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
382 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
383 label.invalid_selection = Invalid Selection
384 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
385 label.you_need_at_least_n_sequences = You need to select at least {0} sequences
386 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
387 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
388 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
389 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
390 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
391 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
392 label.translation_failed = Translation Failed
393 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
394 label.implementation_error  = Implementation error:
395 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
396 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
397 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
398 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
399 label.view_name_original = Original
400 label.enter_view_name = Enter View Name
401 label.enter_label = Enter label
402 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
403 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
404 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
405 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
406 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
407 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
408 label.error_parsing_text = Error parsing text
409 label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
410 label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
411 label.public_das_source = Public DAS source - not editable
412 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
413 label.input_alignment = Input Alignment
414 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
415 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
416 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
417 label.url_not_found = URL not found
418 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
419 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
420 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
421 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
422 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
423 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
424 label.invalid_url = Invalid URL !
425 label.error_loading_file = Error loading file
426 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
427 label.file_open_error = File open error
428 label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
429 label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
430 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
431 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
432 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
433 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
434 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
435 label.alignment_props = Alignment Properties
436 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
437 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
438 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
439 label.annotations = Annotations
440 label.structure_options = Structure Options
441 label.features = Features
442 label.overview_params = Overview {0}
443 label.paste_newick_file = Paste Newick file
444 label.load_tree_from_file = From File - 
445 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
446 label.selection_output_command = Selection output - {0}
447 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
448 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
449 label.pca_details = PCA details
450 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
451 label.user_defined_colours = User defined colours
452 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
453 label.jaview_build_date = Build date: {0}
454 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
455 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
456 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
457 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
458 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
459 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
460 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
461 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
462 label.right_click = Right click
463 label.to_add_annotation = to add annotation
464 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
465 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
466 label.label = Label
467 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
468 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
469 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
470 label.calculating_pca= Calculating PCA
471 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
472 label.jalview_applet = Jalview applet
473 label.loading_data = Loading data
474 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
475 label.calculating_tree = Calculating tree
476 label.state_queueing = queuing
477 label.state_running = running
478 label.state_completed = finished
479 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
480 label.state_job_error = job error!
481 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
482 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
483 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
484 label.structure_type = Structure type
485 label.settings_for_type = Settings for {0}
486 label.view_full_application = View in Full Application
487 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
488 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
489 label.export_features = Export Features...
490 label.export_annotations = Export Annotations...
491 label.to_upper_case = To Upper Case
492 label.to_lower_case = To Lower Case
493 label.toggle_case = Toggle Case
494 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
495 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
496 label.edit_sequence = Edit Sequence
497 label.edit_sequences = Edit Sequences
498 label.sequence_details = Sequence Details
499 label.jmol_help = Jmol Help
500 label.chimera_help = Chimera Help
501 label.close_viewer = Close Viewer
502 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
503 label.all = All
504 label.sort_by = Sort alignment by
505 label.sort_by_score = Sort by Score
506 label.sort_by_density = Sort by Density
507 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
508 label.sort_ann_by = Sort annotations by
509 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
510 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
511 label.reveal = Reveal
512 label.hide_columns = Hide Columns
513 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
514 label.load_tree_file = Load a tree file
515 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
516 label.standard_databases = Standard Databases
517 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
518 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
519 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using {0} selected alignment view(s)
520 label.connect_to_session = Connect to session {0}
521 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
522 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
523 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
524 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
525 label.adjust_threshold = Adjust threshold
526 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
527 label.display_features_same_type_different_label_using_different_colour = Display features of the same type with a different label using a different colour. (e.g. domain features)
528 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
529 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
530 label.open_url_param = Open URL {0}
531 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
532 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
533 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
534 label.dark_colour = Dark Colour
535 label.light_colour = Light Colour
536 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
537 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
538 label.copy_format_from = Copy format from
539 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
540 label.select_all_views = Select all views
541 label.select_many_views = Select many views
542 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
543 label.open_local_file = Open local file
544 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
545 label.listen_for_selections = Listen for selections
546 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
547 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
548 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
549 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
550 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
551 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
552 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
553 label.no_services = <No Services>
554 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
555 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
556 label.connect_to = Connect to
557 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
558 label.from_url = from URL
559 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
560 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
561 label.from_textbox = from Textbox
562 label.window = Window
563 label.preferences = Preferences
564 label.tools = Tools
565 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
566 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
567 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
568 label.collect_garbage = Collect Garbage
569 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
570 label.show_java_console = Show Java Console
571 label.show_jalview_news = Show Jalview News
572 label.take_snapshot = Take snapshot
573 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
574 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
575 label.monospaced_font= Monospaced
576 label.quality = Quality
577 label.maximize_window = Maximize Window
578 label.conservation = Conservation
579 label.consensus = Consensus
580 label.histogram = Histogram
581 label.logo = Logo
582 label.non_positional_features = List Non-positional Features
583 label.database_references = List Database References
584 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
585 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
586 label.gap_symbol = Gap Symbol
587 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
588 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
589 label.address = Address
590 label.port = Port
591 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
592 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
593 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
594 label.check_for_latest_version = Check for latest version
595 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
596 label.use_proxy_server = Use a proxy server
597 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
598 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
599 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
600 label.smooth_font = Smooth Font
601 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
602 label.pad_gaps = Pad Gaps
603 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
604 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
605 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
606 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
607 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
608 label.right_align_ids = Right Align Ids
609 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
610 label.open_overview = Open Overview
611 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
612 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
613 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
614 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
615 label.visual = Visual
616 label.connections = Connections
617 label.output = Output
618 label.editing = Editing
619 label.das_settings = DAS Settings
620 label.web_services = Web Services
621 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
622 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
623 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
624 label.fetch_chimera_attributes = Fetch Chimera attributes
625 label.fetch_chimera_attributes_tip = Copy Chimera attribute to Jalview feature
626 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
627 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
628 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
629 label.new_service_url = New Service URL
630 label.edit_service_url = Edit Service URL
631 label.delete_service_url = Delete Service URL
632 label.details = Details
633 label.options = Options
634 label.parameters = Parameters
635 label.available_das_sources = Available DAS Sources
636 label.full_details = Full Details
637 label.authority = Authority
638 label.type = Type
639 label.proxy_server = Proxy Server
640 label.file_output = File Output
641 label.select_input_type = Select input type
642 label.set_options_for_type = Set options for type
643 label.data_input_parameters = Data input parameters
644 label.data_returned_by_service = Data returned by service
645 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
646 label.parsing_errors = Parsing errors
647 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
648 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
649 label.input_parameter_name = Input Parameter name
650 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
651 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
652 label.brief_description_service = Brief description of service
653 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
654 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
655 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
656 label.gap_character = Gap character
657 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
658 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
659 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
660 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
661 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
662 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
663 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
664 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
665 label.input_output = Input/Output
666 label.cut_paste = Cut'n'Paste
667 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
668 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
669 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
670 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
671 label.from_file = From File
672 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id
673 label.enter_pdb_id_tip = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
674 label.text_colour = Text Colour...
675 label.structure = Structure
676 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
677 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
678 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
679 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
680 label.sequence_name = Sequence Name
681 label.sequence_description = Sequence Description
682 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
683 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
684 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
685 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
686 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
687 label.web_browser_not_found = Web browser not found
688 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
689 label.html = HTML
690 label.wrap = Wrap
691 label.show_database_refs = Show Database Refs
692 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
693 label.save_png_image = Save As PNG Image
694 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
695 label.export_image = Export Image
696 label.vamsas_store = VAMSAS store
697 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
698 label.reverse = Reverse
699 label.reverse_complement = Reverse Complement
700 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
701 label.extract_scores = Extract Scores
702 label.get_cross_refs = Get Cross-References
703 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
704 label.add_sequences = Add Sequences
705 label.new_window = New Window
706 label.split_window = Split Window
707 label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
708 label.use_registry = Use Registry
709 label.add_local_source = Add Local Source
710 label.set_as_default = Set as Default
711 label.show_labels = Show labels
712 action.background_colour = Background Colour...
713 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
714 label.link_name = Link Name
715 label.pdb_file = PDB file
716 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
717 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
718 label.superpose_structures = Superpose Structures
719 error.superposition_failed = Superposition failed: {0}
720 label.insufficient_residues = Not enough aligned residues ({0}) to perform superposition
721 label.jmol = Jmol
722 label.chimera = Chimera
723 label.create_chimera_attributes = Write Jalview features
724 label.create_chimera_attributes_tip = Set Chimera residue attributes for visible features
725 label.attributes_set = {0} attribute values set on Chimera
726 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
727 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
728 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
729 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
730 label.case_sensitive = Case Sensitive
731 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
732 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
733 label.index_by_host = Index by Host
734 label.index_by_type = Index by Type
735 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
736 label.display_warnings = Display Warnings
737 label.move_url_up = Move URL Up
738 label.move_url_down = Move URL Down
739 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
740 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
741 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
742 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
743 label.sequences_updated = Sequences updated
744 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
745 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
746 label.paste_new_window = Paste To New Window
747 label.settings_for_param = Settings for {0}
748 label.view_params = View {0}
749 label.aacon_calculations = AACon Calculations
750 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
751 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
752 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
753 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
754 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
755 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
756 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
757 label.all_views = All Views
758 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
759 label.realign_with_params = Realign with {0}
760 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
761 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
762 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
763 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
764 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
765 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
766 label.view_documentation = View documentation
767 label.select_return_type = Select return type
768 label.translation_of_params = Translation of {0}
769 label.features_for_params = Features for - {0}
770 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
771 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
772 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
773 label.varna_params = VARNA - {0}
774 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
775 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
776 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
777 label.points_for_params = Points for {0}
778 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
779 label.graduated_color_for_params = Graduated Feature Colour for {0}
780 label.select_background_colour = Select Background Colour
781 label.invalid_font = Invalid Font
782 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
783 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
784 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
785 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
786 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
787 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
788 label.example_query_param = Example query: {0}
789 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
790 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
791 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
792 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
793 label.select_columns_containing = Select columns containing
794 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
795 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
796 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
797 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
798 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
799 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
800 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
801 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
802 label.use_sequence_id_4 = 
803 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
804 label.switch_server = Switch server
805 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
806 label.services_at = Services at {0}
807 label.rest_client_submit = {0} using {1}
808 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
809 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
810 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
811 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
812 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
813 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
814 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
815 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
816 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
817 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
818 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
819 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
820 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
821 label.user_preset = User Preset
822 label.service_preset = Service Preset
823 label.run_with_preset = Run {0} with preset
824 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
825 action.by_title_param = By {0}
826 label.source_from_db_source = Sources from {0}
827 label.from_msname = from {0}
828 label.superpose_with = Superpose with
829 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
830 label.add_new_row = Add New Row
831 label.edit_label_description = Edit Label/Description
832 label.hide_row = Hide This Row
833 label.delete_row = Delete This Row
834 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
835 label.export_annotation = Export Annotation
836 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
837 label.helix = Helix
838 label.sheet = Sheet
839 label.rna_helix = RNA Helix
840 label.remove_annotation = Remove Annotation
841 label.colour_by = Colour by...
842 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
843 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
844 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
845 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
846 label.multiharmony = Multi-Harmony
847 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
848 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
849 label.prompt_each_time = Prompt each time
850 label.use_source = Use Source
851 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
852 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
853 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
854 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
855 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
856 label.invalid_name = Invalid name
857 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
858 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
859 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
860 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
861 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
862 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
863 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
864 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
865 label.feature_type = Feature Type
866 label.display = Display
867 label.service_url = Service URL
868 label.copied_sequences = Copied sequences
869 label.cut_sequences = Cut Sequences
870 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
871 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
872 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
873 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
874 label.save_features_to_file = Save Features to File
875 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
876 label.no_features_on_alignment = No features found on alignment
877 label.save_pdb_file = Save PDB File
878 label.save_text_to_file = Save Text to File
879 label.save_state = Save State
880 label.restore_state = Restore State
881 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
882 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
883 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
884 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
885 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
886 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
887 label.select_startup_file = Select startup file
888 label.select_default_browser = Select default web browser
889 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
890 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
891 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
892 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
893 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
894 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
895 label.save_as_html = Save as HTML
896 label.recently_opened = Recently Opened
897 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
898 label.tree = Tree
899 label.tree_from = Tree from {0}
900 label.webservice_job_title = {0} using {1}
901 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
902 label.visible = Visible
903 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
904 label.visible_region_of = visible region of
905 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
906 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
907 label.loading_file = Loading File: {0}
908 label.edit_params = Edit {0}
909 label.as_percentage = As Percentage
910 error.not_implemented = Not implemented
911 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
912 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
913 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
914 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
915 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
916 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
917 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
918 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
919 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
920 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
921 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
922 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
923 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
924 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
925 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
926 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
927 error.implementation_error = Implementation error
928 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
929 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
930 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
931 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
932 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
933 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
934 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
935 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
936 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
937 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
938 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
939 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
940 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
941 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
942 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
943 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
944 label.cancelled_params = Cancelled {0}
945 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
946 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
947 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
948 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
949 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
950 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
951 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
952 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
953 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
954 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
955 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
956 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
957 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
958 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
959 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
960 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
961 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
962 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
963 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
964 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
965 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
966 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
967 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
968 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
969 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
970 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
971 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
972 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
973 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
974 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
975 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
976 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
977 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
978 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
979 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
980 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
981 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
982 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
983 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
984 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
985 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
986 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
987 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
988 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
989 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
990 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
991 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
992 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
993 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
994 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
995 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
996 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
997 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
998 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
999 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
1000 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
1001 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
1002 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
1003 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
1004 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1005 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1006 label.toggled = Toggled
1007 label.marked = Marked
1008 label.containing = containing
1009 label.not_containing = not containing
1010 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found.
1011 label.submission_params = Submission {0}
1012 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1013 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1014 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1015 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1016 label.pca_calculating = Calculating PCA
1017 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1018 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1019 label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1020 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1021 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1022 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1023 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1024 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1025 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1026 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1027 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1028 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1029 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1030 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1031 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1032 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1033 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1034 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1035 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1036 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1037 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1038 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1039 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1040 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1041 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1042 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1043 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1044 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1045 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1046 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1047 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1048 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1049 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1050 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1051 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1052 label.mapped = mapped
1053 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1054 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1055 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1056 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1057 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1058 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1059 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1060 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1061 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1062 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1063 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1064 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1065 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1066 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1067 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1068 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1069 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1070 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1071 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1072 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1073 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1074 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1075 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1076 exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
1077 exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
1078 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1079 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1080 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1081 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1082 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1083 label.remove_gaps = Remove Gaps
1084 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1085 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1086 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1087 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1088 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1089 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1090 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1091 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1092 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1093 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1094 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1095 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1096 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1097 warn.service_not_supported = Service not supported!
1098 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1099 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1100 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1101 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1102 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1103 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1104 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1105 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1106 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1107 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1108 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1109 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1110 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1111 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1112 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1113 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1114 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1115 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1116 label.eps_file = EPS file
1117 label.png_image = PNG image
1118 status.saving_file = Saving {0}
1119 status.export_complete = {0} Export completed.
1120 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1121 status.refreshing_news = Refreshing news
1122 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1123 status.opening_params = Opening {0}
1124 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1125 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1126 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1127 status.finshed_querying = Finished querying
1128 status.parsing_results = Parsing results.
1129 status.processing = Processing...
1130 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1131 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1132 status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
1133 status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
1134 status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
1135 status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
1136 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1137 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1138 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1139 status.opening_file_for = opening file for
1140 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1141 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1142 label.font_too_small = Font size is too small
1143 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1144 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1145 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1146 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1147 label.out_of_memory = Out of memory
1148 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1149 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1150 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1151 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1152 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1153 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1154 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1155 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1156 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1157 label.test_server = Test Server?
1158 info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
1159 label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
1160 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1161 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1162 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1163 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1164 label.file_already_exists = File exists
1165 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1166 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1167 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1168 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1169 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1170 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1171 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1172 label.delete_all = Delete all sequences
1173 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1174 label.add_annotations_for = Add annotations for
1175 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1176 label.choose_annotations = Choose Annotations
1177 label.find = Find
1178 label.invalid_search = Search string invalid
1179 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1180 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1181 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1182 label.show_group_logo = Show Group Logo
1183 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1184 label.show_histogram = Show Histogram
1185 label.show_logo = Show Logo
1186 label.normalise_logo = Normalise Logo
1187 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1188 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1189 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1190 label.open_split_window = Open split window
1191 action.no = No
1192 action.yes = Yes
1193 label.for = for
1194 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1195 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1196 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1197 label.alpha_helix = Alpha Helix
1198 label.beta_strand = Beta Strand
1199 label.turn = Turn
1200 label.select_all = Select All
1201 label.structures_filter = Structures Filter
1202 label.search_filter = Search Filter
1203 label.include_description= Include Description
1204 action.back = Back
1205 label.hide_insertions = Hide Insertions
1206 label.mark_as_representative = Mark as representative
1207 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1208 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1209 label.result = result
1210 label.results = results
1211 label.structure_chooser = Structure Chooser
1212 label.invert = Invert 
1213 label.select_pdb_file = Select PDB File
1214 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1215 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1216 label.search_result = Search Result
1217 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1218 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1219 label.start_jalview = Start Jalview
1220 label.biojs_html_export = BioJS
1221 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1222 label.font_as_cdna = Use same font for cDNA and peptide
1223 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1224 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1225 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1226 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1227 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1228 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1229 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1230 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1231 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1232 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1233 action.export_groups = Export Groups
1234 action.export_annotations = Export Annotations
1235 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1236 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1237 action.export_features = Export Features
1238 label.export_settings = Export Settings
1239 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1240 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1241 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1242 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1243 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1244 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1245 exception.fts_rest_service_no_longer_available = {0} rest services no longer available!
1246 exception.resource_not_be_found = The requested resource could not be found
1247 exception.fts_server_error = There seems to be an error from the {0} server
1248 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1249 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1250 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1251 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1252 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1253 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1254 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1255 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1256 label.run_groovy = Run Groovy console script
1257 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1258 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1259 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1260 action.next_page= >> 
1261 action.prev_page= << 
1262 label.next_page_tooltip=Next Page
1263 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1264 exception.bad_request=Bad request. There is a problem with your input.
1265 exception.service_not_available=Service not available. The server is being updated, try again later.
1266 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1267 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1268 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1269 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1270 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1271 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1272 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1273 label.column = Column
1274 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1275 label.operation_failed = Operation failed
1276 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1277 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1278 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1279 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1280 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1281 label.filter = Filter text:
1282 action.customfilter = Custom only
1283 action.showall = Show All
1284 label.insert = Insert:
1285 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1286 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1287 label.primary = Double Click
1288 label.inmenu = In Menu
1289 label.id = ID
1290 label.database = Database
1291 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1292 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1293 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1294 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1295 label.urllinks = Links
1296 label.default_cache_size = Default Cache Size
1297 action.clear_cached_items = Clear Cached Items
1298 label.togglehidden = Show hidden regions
1299 label.quality_descr = Alignment Quality based on Blosum62 scores
1300 label.conservation_descr = Conservation of total alignment less than {0}% gaps
1301 label.consensus_descr = PID
1302 label.complement_consensus_descr = PID for cDNA
1303 label.strucconsensus_descr = PID for base pairs
1304 label.occupancy_descr = Number of aligned positions 
1305 label.show_experimental = Enable experimental features
1306 label.show_experimental_tip = Enable any new and currently 'experimental' features (see Latest Release Notes for details)
1307 label.warning_hidden = Warning: {0} {1} is currently hidden
1308 label.overview_settings = Overview settings
1309 label.ov_legacy_gap = Use legacy gap colouring (gaps are white)
1310 label.gap_colour = Gap colour:
1311 label.ov_show_hide_default = Show hidden regions when opening overview
1312 label.hidden_colour = Hidden colour:
1313 label.select_gap_colour = Select gap colour
1314 label.select_hidden_colour = Select hidden colour
1315 label.overview = Overview
1316 label.reset_to_defaults = Reset to defaults
1317 label.oview_calc = Recalculating overview...
1318 option.enable_disable_autosearch = When ticked, search is performed automatically
1319 option.autosearch = Autosearch
1320 label.retrieve_ids = Retrieve IDs
1321 label.best_quality = Best Quality
1322 label.best_resolution = Best Resolution
1323 label.most_protein_chain = Most Protein Chain
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1325 label.most_polymer_residues = Most Polymer Residues
1326 label.cached_structures = Cached Structures
1327 label.free_text_search = Free Text Search