src/MCview/AppletPDBViewer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.appletgui.AlignmentPanel;
  24 import jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer;
  25 import jalview.appletgui.EmbmenuFrame;
  26 import jalview.bin.JalviewLite;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  30 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  31 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  32 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  33 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  34 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  35 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37
  38 import java.awt.BorderLayout;
  39 import java.awt.CheckboxGroup;
  40 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  41 import java.awt.Frame;
  42 import java.awt.Menu;
  43 import java.awt.MenuBar;
  44 import java.awt.MenuItem;
  45 import java.awt.event.ActionEvent;
  46 import java.awt.event.ActionListener;
  47 import java.awt.event.ItemEvent;
  48 import java.awt.event.ItemListener;
  49
  50 public class AppletPDBViewer extends EmbmenuFrame implements
  51         ActionListener, ItemListener
  52 {
  53   AppletPDBCanvas pdbcanvas;
  54
  55   public AppletPDBViewer(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
  56           String[] chains, AlignmentPanel ap, String protocol)
  57   {
  58     try
  59     {
  60       jbInit();
  61     } catch (Exception ex)
  62     {
  63       ex.printStackTrace();
  64     }
  65
  66     pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(pdbentry, seq, chains, ap, protocol);
  67
  68     embedMenuIfNeeded(pdbcanvas);
  69     add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);
  70
  71     StringBuffer title = new StringBuffer(seq[0].getName() + ":"
  72             + pdbcanvas.pdbentry.getFile());
  73
  74     JalviewLite.addFrame(this, title.toString(), 400, 400);
  75
  76   }
  77
  78   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  79   {
  80     if (evt.getSource() == mapping)
  81     {
  82       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);
  83       Frame frame = new Frame();
  84       frame.add(cap);
  85       JalviewLite.addFrame(frame,
  86               MessageManager.getString("label.pdb_sequence_mapping"), 500,
  87               600);
  88       cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());
  89
  90     }
  91     else if (evt.getSource() == charge)
  92     {
  93       pdbcanvas.bysequence = false;
  94       pdbcanvas.pdb.setChargeColours();
  95     }
  96
  97     else if (evt.getSource() == chain)
  98     {
  99       pdbcanvas.bysequence = false;
 100       pdbcanvas.pdb.setChainColours();
 101     }
 102     else if (evt.getSource() == seqButton)
 103     {
 104       pdbcanvas.bysequence = true;
 105       pdbcanvas.colourBySequence();
 106
 107     }
 108     else if (evt.getSource() == zappo)
 109     {
 110       pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());
 111     }
 112     else if (evt.getSource() == taylor)
 113     {
 114       pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());
 115     }
 116     else if (evt.getSource() == hydro)
 117     {
 118       pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());
 119     }
 120     else if (evt.getSource() == helix)
 121     {
 122       pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());
 123     }
 124     else if (evt.getSource() == strand)
 125     {
 126       pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());
 127     }
 128     else if (evt.getSource() == turn)
 129     {
 130       pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());
 131     }
 132     else if (evt.getSource() == buried)
 133     {
 134       pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());
 135     }
 136     else if (evt.getSource() == user)
 137     {
 138       pdbcanvas.bysequence = false;
 139       new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);
 140     }
 141
 142     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 143     pdbcanvas.repaint();
 144
 145   }
 146
 147   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 148   {
 149     if (evt.getSource() == allchains)
 150     {
 151       pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());
 152     }
 153     else if (evt.getSource() == wire)
 154     {
 155       pdbcanvas.wire = !pdbcanvas.wire;
 156     }
 157     else if (evt.getSource() == depth)
 158     {
 159       pdbcanvas.depthcue = !pdbcanvas.depthcue;
 160     }
 161     else if (evt.getSource() == zbuffer)
 162     {
 163       pdbcanvas.zbuffer = !pdbcanvas.zbuffer;
 164     }
 165     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 166     pdbcanvas.repaint();
 167   }
 168
 169   private void jbInit() throws Exception
 170   {
 171     setMenuBar(jMenuBar1);
 172     fileMenu.setLabel(MessageManager.getString("action.file"));
 173     coloursMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.colours"));
 174     mapping.setLabel(MessageManager.getString("label.view_mapping"));
 175     mapping.addActionListener(this);
 176     wire.setLabel(MessageManager.getString("label.wireframe"));
 177     wire.addItemListener(this);
 178     depth.setState(true);
 179     depth.setLabel(MessageManager.getString("label.depthcue"));
 180     depth.addItemListener(this);
 181     zbuffer.setState(true);
 182     zbuffer.setLabel(MessageManager.getString("label.z_buffering"));
 183     zbuffer.addItemListener(this);
 184     charge.setLabel(MessageManager.getString("label.charge_cysteine"));
 185     charge.addActionListener(this);
 186     hydro.setLabel(MessageManager.getString("label.hydrophobicity"));
 187     hydro.addActionListener(this);
 188     chain.setLabel(MessageManager.getString("action.by_chain"));
 189     chain.addActionListener(this);
 190     seqButton.setLabel(MessageManager.getString("action.by_sequence"));
 191     seqButton.addActionListener(this);
 192     allchains
 193             .setLabel(MessageManager.getString("label.all_chains_visible"));
 194     allchains.addItemListener(this);
 195     viewMenu.setLabel(MessageManager.getString("action.view"));
 196     zappo.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));
 197     zappo.addActionListener(this);
 198     taylor.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));
 199     taylor.addActionListener(this);
 200     helix.setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
 201     helix.addActionListener(this);
 202     strand.setLabel(MessageManager.getString("label.strand_propensity"));
 203     strand.addActionListener(this);
 204     turn.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
 205     turn.addActionListener(this);
 206     buried.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));
 207     buried.addActionListener(this);
 208     user.setLabel(MessageManager.getString("action.user_defined"));
 209     user.addActionListener(this);
 210     jMenuBar1.add(fileMenu);
 211     jMenuBar1.add(coloursMenu);
 212     jMenuBar1.add(viewMenu);
 213     fileMenu.add(mapping);
 214     ;
 215
 216     coloursMenu.add(seqButton);
 217     coloursMenu.add(chain);
 218     coloursMenu.add(charge);
 219     coloursMenu.add(zappo);
 220     coloursMenu.add(taylor);
 221     coloursMenu.add(hydro);
 222     coloursMenu.add(helix);
 223     coloursMenu.add(strand);
 224     coloursMenu.add(turn);
 225     coloursMenu.add(buried);
 226     coloursMenu.add(user);
 227     viewMenu.add(wire);
 228     viewMenu.add(depth);
 229     viewMenu.add(zbuffer);
 230     viewMenu.add(allchains);
 231     allchains.setState(true);
 232   }
 233
 234   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();
 235
 236   Menu fileMenu = new Menu();
 237
 238   Menu coloursMenu = new Menu();
 239
 240   MenuItem mapping = new MenuItem();
 241
 242   CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();
 243
 244   CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();
 245
 246   CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();
 247
 248   CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();
 249
 250   MenuItem charge = new MenuItem();
 251
 252   MenuItem hydro = new MenuItem();
 253
 254   MenuItem chain = new MenuItem();
 255
 256   MenuItem seqButton = new MenuItem();
 257
 258   CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();
 259
 260   Menu viewMenu = new Menu();
 261
 262   MenuItem turn = new MenuItem();
 263
 264   MenuItem strand = new MenuItem();
 265
 266   MenuItem helix = new MenuItem();
 267
 268   MenuItem taylor = new MenuItem();
 269
 270   MenuItem zappo = new MenuItem();
 271
 272   MenuItem buried = new MenuItem();
 273
 274   MenuItem user = new MenuItem();
 275
 276   // End StructureListener
 277   // //////////////////////////
 278
 279 }