src/MCview/PDBChain.java

   1 /* Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   2  *\r
   3  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   4  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   5  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   6  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   7  *\r
   8  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
   9  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  10  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  11  * GNU General Public License for more details.\r
  12  *\r
  13  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  14  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  15  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  16  */\r
  17 package MCview;\r
  18 \r
  19 import jalview.datamodel.*;\r
  20 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 \r
  26 public class PDBChain {\r
  27 \r
  28   public String id;\r
  29   public Vector bonds = new Vector();\r
  30   public Vector atoms = new Vector();\r
  31   public Vector residues = new Vector();\r
  32   public int offset;\r
  33 \r
  34   public Sequence sequence;\r
  35   public boolean isVisible = false;\r
  36 \r
  37   public int pdbstart=0, pdbend=0, seqstart=0, seqend=0;\r
  38 \r
  39   //public DrawableSequence ds;\r
  40 \r
  41   public PDBChain(String id) {\r
  42     this.id = id;\r
  43   }\r
  44 \r
  45 \r
  46   public String print() {\r
  47     String tmp = "";\r
  48     for (int i=0; i < bonds.size() ;i++) {\r
  49       tmp = tmp + ((Bond)bonds.elementAt(i)).at1.resName + " " + ((Bond)bonds.elementAt(i)).at1.resNumber +" " + offset+ "\n";\r
  50     }\r
  51     return tmp;\r
  52   }\r
  53   public void makeCaBondList() {\r
  54     for (int i = 0; i < (residues.size() - 1) ; i++) {\r
  55       Residue tmpres = (Residue)residues.elementAt(i);\r
  56       Residue tmpres2 = (Residue)residues.elementAt(i+1);\r
  57       myAtom at1 = tmpres.findAtom("CA");\r
  58       myAtom at2 = tmpres2.findAtom("CA");\r
  59       if ((at1 != null) && (at2 != null)) {\r
  60         if (at1.chain.equals(at2.chain)) {\r
  61           makeBond(at1,at2);\r
  62         }\r
  63       }\r
  64     }\r
  65   }\r
  66 \r
  67   public void makeBond(myAtom at1, myAtom at2) {\r
  68     float[] start = new float[3];\r
  69     float[] end = new float[3];\r
  70 \r
  71     start[0] = at1.x;\r
  72     start[1] = at1.y;\r
  73     start[2] = at1.z;\r
  74 \r
  75     end[0] = at2.x;\r
  76     end[1] = at2.y;\r
  77     end[2] = at2.z;\r
  78 \r
  79     bonds.addElement(new Bond(start, end, at1,at2));\r
  80   }\r
  81 \r
  82   public void makeResidueList() {\r
  83     int count = 0;\r
  84     String seq = "";\r
  85     for (int i = 0; i < atoms.size(); i++) {\r
  86 \r
  87       myAtom tmp = (myAtom)atoms.elementAt(i);\r
  88       String resName = tmp.resName;\r
  89       int resNumber = tmp.resNumber;\r
  90       int res = resNumber;\r
  91 \r
  92       if (i ==0) {\r
  93         offset = resNumber;\r
  94       }\r
  95       Vector resAtoms = new Vector();\r
  96 \r
  97       resAtoms.addElement((myAtom)atoms.elementAt(i));\r
  98       i++;\r
  99       resNumber = ((myAtom)atoms.elementAt(i)).resNumber;\r
 100 \r
 101       //Add atoms to a vector while the residue number\r
 102       //remains the same\r
 103       while ((resNumber == res) && (i < atoms.size())) {\r
 104 \r
 105         resAtoms.addElement((myAtom)atoms.elementAt(i));\r
 106         i++;\r
 107         if (i < atoms.size()) {\r
 108           resNumber = ((myAtom)atoms.elementAt(i)).resNumber;\r
 109         } else {\r
 110           resNumber++;\r
 111         }\r
 112       }\r
 113 \r
 114       //We need this to keep in step with the outer for i = loop\r
 115       i--;\r
 116 \r
 117       //Make a new Residue object with the new atoms vector\r
 118       residues.addElement(new Residue(resAtoms, resNumber - 1,count));\r
 119       count++;\r
 120       Residue tmpres = (Residue)residues.lastElement();\r
 121       myAtom tmpat = (myAtom)tmpres.atoms.elementAt(0);\r
 122 \r
 123       // Keep totting up the sequence\r
 124       if (ResidueProperties.getAA3Hash().get(tmpat.resName) == null) {\r
 125         System.err.println("PDBReader:Null aa3Hash for " + tmpat.resName);\r
 126       } else {\r
 127         String tmpres2 =\r
 128           ResidueProperties.aa[((Integer)ResidueProperties.getAA3Hash().get(tmpat.resName)).intValue()];\r
 129         seq = seq + tmpres2;\r
 130       }\r
 131       //      System.out.println(tmpat.resName + " " + tmpres2);\r
 132     }\r
 133     sequence = new Sequence("PDB_seq",seq,1,seq.length());\r
 134     System.out.println("PDB Sequence is :\nSequence = " + seq);\r
 135     System.out.println("No of residues = " +residues.size());\r
 136   }\r
 137 \r
 138   public void setChargeColours() {\r
 139     for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 140       try {\r
 141         Bond b = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 142 \r
 143         if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("ASP") || b.at1.resName.toUpperCase().equals("GLU")) {\r
 144           b.startCol = Color.red;\r
 145         } else if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("LYS") || b.at1.resName.toUpperCase().equals("ARG")) {\r
 146           b.startCol = Color.blue;\r
 147         } else if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("CYS")) {\r
 148           b.startCol = Color.yellow;\r
 149         } else {\r
 150           int atno = ((Integer)ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 151           b.startCol = Color.lightGray;\r
 152         }\r
 153         if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("ASP") || b.at2.resName.toUpperCase().equals("GLU")) {\r
 154           b.endCol = Color.red;\r
 155         } else if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("LYS") || b.at2.resName.toUpperCase().equals("ARG")) {\r
 156           b.endCol = Color.blue;\r
 157         } else if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("CYS")) {\r
 158           b.endCol = Color.yellow;\r
 159         } else {\r
 160           int atno = ((Integer)ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 161           b.endCol = Color.lightGray;\r
 162         }\r
 163       } catch (Exception e) {\r
 164         Bond b = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 165         b.startCol = Color.gray;\r
 166         b.endCol = Color.gray;\r
 167       }\r
 168     }\r
 169   }\r
 170 \r
 171   public void setHydrophobicityColours() {\r
 172     float hydmin = (float)ResidueProperties.getHydmin();\r
 173     float hydmax = (float)ResidueProperties.getHydmax();\r
 174     double[] hyd  = ResidueProperties.getHyd();\r
 175 \r
 176     Hashtable AA3Hash = ResidueProperties.getAA3Hash();\r
 177 \r
 178     for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 179       try {\r
 180         Bond b = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 181 \r
 182         int   atno = ((Integer)AA3Hash.get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 183         float red  = ((float)hyd[atno] - hydmin)/(hydmax - hydmin);\r
 184 \r
 185         if (red > (float)1.0) {\r
 186           red = (float)1.0;\r
 187         }\r
 188         if (red < (float)0.0) {\r
 189           red = (float)0.0;\r
 190         }\r
 191 \r
 192         b.startCol = new Color(red,(float)0.0,(float)1.0-red);\r
 193         atno = ((Integer)AA3Hash.get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 194 \r
 195         red = ((float)hyd[atno] - hydmin)/(hydmax - hydmin);\r
 196 \r
 197         if (red > (float)1.0) {\r
 198           red = (float)1.0;\r
 199         }\r
 200         if (red < (float)0.0) {\r
 201           red = (float)0.0;\r
 202         }\r
 203 \r
 204         b.endCol = new Color(red,(float)0.2,(float)1.0-red);\r
 205       } catch (Exception e) {\r
 206         Bond b = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 207         b.startCol = Color.gray;\r
 208         b.endCol = Color.gray;\r
 209       }\r
 210     }\r
 211   }\r
 212 \r
 213 \r
 214   public void colourBySequence(jalview.gui.AlignViewport av, Sequence seq) {\r
 215 jalview.gui.SequenceRenderer sr = new jalview.gui.SequenceRenderer(av);\r
 216 \r
 217 \r
 218     for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 219       Bond tmp = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 220       try {\r
 221 \r
 222         if (tmp.at1.resNumber >= (offset + pdbstart - 1) && tmp.at1.resNumber <= (offset + pdbend - 1)) {\r
 223 \r
 224           int pos   = seqstart + (tmp.at1.resNumber - pdbstart - offset) ;\r
 225           int index = seq.findIndex(pos);\r
 226 \r
 227 \r
 228           tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, index);\r
 229 \r
 230         } else {\r
 231           tmp.startCol = Color.gray;\r
 232         }\r
 233 \r
 234         if (tmp.at2.resNumber >= (offset + pdbstart -1) && tmp.at2.resNumber <= (pdbend+offset-1)) {\r
 235 \r
 236           int pos    = seqstart + (tmp.at2.resNumber - pdbstart-offset);\r
 237           int index  = seq.findIndex(pos);\r
 238 \r
 239           tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, index);\r
 240 \r
 241         } else {\r
 242           tmp.endCol = Color.gray;\r
 243         }\r
 244       } catch (Exception e) {\r
 245         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 246         tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 247       }\r
 248     }\r
 249   }\r
 250 \r
 251   public void setChainColours() {\r
 252     for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 253       Bond tmp = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 254       try {\r
 255         tmp.startCol = (Color) ResidueProperties.getChainColours().get(id);\r
 256         tmp.endCol   = (Color) ResidueProperties.getChainColours().get(id);\r
 257       } catch (Exception e) {\r
 258         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 259         tmp.endCol   = Color.lightGray;\r
 260       }\r
 261     }\r
 262   }\r
 263 }\r
 264 \r
 265 \r