src/MCview/PDBfile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.io.FileParse;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 import java.awt.Color;
  33 import java.io.IOException;
  34 import java.util.ArrayList;
  35 import java.util.Hashtable;
  36 import java.util.Vector;
  37
  38 public class PDBfile extends jalview.io.AlignFile
  39 {
  40   public Vector chains;
  41
  42   public String id;
  43
  44   /**
  45    * set to true to add chain alignment annotation as visible annotation.
  46    */
  47   boolean VisibleChainAnnotation = false;
  48
  49   boolean processSecondaryStructure=true;
  50
  51
  52   public PDBfile(boolean visibleChainAnnotation,
  53           boolean processSecondaryStructure)
  54   {
  55     super();
  56     VisibleChainAnnotation = visibleChainAnnotation;
  57     this.processSecondaryStructure = processSecondaryStructure;
  58   }
  59
  60   public PDBfile(boolean visibleChainAnnotation,
  61           boolean processSecondaryStructure, String file, String protocol) throws IOException
  62   {
  63     super(false, file, protocol);
  64     VisibleChainAnnotation = visibleChainAnnotation;
  65     this.processSecondaryStructure = processSecondaryStructure;
  66     doParse();
  67   }
  68
  69   public PDBfile(boolean visibleChainAnnotation,
  70           boolean processSecondaryStructure, FileParse source) throws IOException
  71   {
  72     super(false, source);
  73     VisibleChainAnnotation = visibleChainAnnotation;
  74     this.processSecondaryStructure = processSecondaryStructure;
  75     doParse();
  76   }
  77
  78   public String print()
  79   {
  80     return null;
  81   }
  82
  83   public void parse() throws IOException
  84   {
  85     // TODO set the filename sensibly - try using data source name.
  86     id = safeName(getDataName());
  87
  88     chains = new Vector();
  89     ArrayList<SequenceI> rna = new ArrayList<SequenceI>(), prot = new ArrayList<SequenceI>();
  90     PDBChain tmpchain;
  91     String line = null;
  92     boolean modelFlag = false;
  93     boolean terFlag = false;
  94     String lastID = "";
  95
  96     int index = 0;
  97     String atomnam = null;
  98     try
  99     {
 100       while ((line = nextLine()) != null)
 101       {
 102         if (line.indexOf("HEADER") == 0)
 103         {
 104           if (line.length() > 62)
 105           {
 106             String tid;
 107             if (line.length() > 67)
 108             {
 109               tid = line.substring(62, 67).trim();
 110             }
 111             else
 112             {
 113               tid = line.substring(62).trim();
 114             }
 115             if (tid.length() > 0)
 116             {
 117               id = tid;
 118             }
 119             continue;
 120           }
 121         }
 122         // Were we to do anything with SEQRES - we start it here
 123         if (line.indexOf("SEQRES") == 0)
 124         {
 125         }
 126
 127         if (line.indexOf("MODEL") == 0)
 128         {
 129           modelFlag = true;
 130         }
 131
 132         if (line.indexOf("TER") == 0)
 133         {
 134           terFlag = true;
 135         }
 136
 137         if (modelFlag && line.indexOf("ENDMDL") == 0)
 138         {
 139           break;
 140         }
 141         if (line.indexOf("ATOM") == 0
 142                 || (line.indexOf("HETATM") == 0 && !terFlag))
 143         {
 144           terFlag = false;
 145
 146           // Jalview is only interested in CA bonds????
 147           atomnam = line.substring(12, 15).trim();
 148           if (!atomnam.equals("CA") && !atomnam.equals("P"))
 149           {
 150             continue;
 151           }
 152
 153           Atom tmpatom = new Atom(line);
 154           tmpchain = findChain(tmpatom.chain);
 155           if (tmpchain != null)
 156           {
 157             if (tmpatom.resNumIns.trim().equals(lastID))
 158             {
 159               // phosphorylated protein - seen both CA and P..
 160               continue;
 161             }
 162             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 163           }
 164           else
 165           {
 166             tmpchain = new PDBChain(id, tmpatom.chain);
 167             chains.addElement(tmpchain);
 168             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 169           }
 170           lastID = tmpatom.resNumIns.trim();
 171         }
 172         index++;
 173       }
 174
 175       makeResidueList();
 176       makeCaBondList();
 177
 178       if (id == null)
 179       {
 180         id = inFile.getName();
 181       }
 182       for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 183       {
 184         SequenceI dataset = ((PDBChain) chains.elementAt(i)).sequence;
 185         dataset.setName(id + "|" + dataset.getName());
 186         PDBEntry entry = new PDBEntry();
 187         entry.setId(id);
 188         entry.setProperty(new Hashtable());
 189         if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id != null)
 190         {
 191           entry.getProperty().put("CHAIN",
 192                   ((PDBChain) chains.elementAt(i)).id);
 193         }
 194         if (inFile != null)
 195         {
 196           entry.setFile(inFile.getAbsolutePath());
 197         }
 198         else
 199         {
 200           // TODO: decide if we should dump the datasource to disk
 201           entry.setFile(getDataName());
 202         }
 203         dataset.addPDBId(entry);
 204         SequenceI chainseq = dataset.deriveSequence(); // PDBChain objects
 205         // maintain reference to
 206         // dataset
 207         seqs.addElement(chainseq);
 208         if (isRNA(chainseq) == true)
 209         {
 210           rna.add(chainseq);
 211         }
 212         else
 213         {
 214           prot.add(chainseq);
 215         }
 216
 217         AlignmentAnnotation[] chainannot = chainseq.getAnnotation();
 218
 219         if (chainannot != null)
 220         {
 221           for (int ai = 0; ai < chainannot.length; ai++)
 222           {
 223             chainannot[ai].visible = VisibleChainAnnotation;
 224             annotations.addElement(chainannot[ai]);
 225           }
 226         }
 227       }
 228       if (processSecondaryStructure)
 229       {
 230       if (rna.size() > 0)
 231       {
 232         try
 233         {
 234           processPdbFileWithAnnotate3d(rna);
 235         } catch (Exception x)
 236         {
 237           System.err
 238                   .println("Exceptions when dealing with RNA in pdb file");
 239           x.printStackTrace();
 240
 241         }
 242       }
 243       ;
 244       if (prot.size() > 0)
 245       {
 246         try
 247         {
 248           processPdbFileWithJmol(prot);
 249         } catch (Exception x)
 250         {
 251           System.err
 252                   .println("Exceptions from Jmol when processing data in pdb file");
 253           x.printStackTrace();
 254
 255         }
 256       }
 257       }
 258     } catch (OutOfMemoryError er)
 259     {
 260       System.out.println("OUT OF MEMORY LOADING PDB FILE");
 261       throw new IOException(
 262               MessageManager
 263                       .getString("exception.outofmemory_loading_pdb_file"));
 264     } catch (NumberFormatException ex)
 265     {
 266       if (line != null)
 267       {
 268         System.err.println("Couldn't read number from line:");
 269         System.err.println(line);
 270       }
 271     }
 272     markCalcIds();
 273   }
 274
 275   private static String calcIdPrefix = "JalviewPDB:";
 276
 277   public static boolean isCalcIdHandled(String calcId)
 278   {
 279     return calcId != null
 280             && (calcId.startsWith(calcIdPrefix) && calcId.indexOf(
 281                     calcIdPrefix,
 282             calcIdPrefix.length() + 1) > -1);
 283   }
 284   public static boolean isCalcIdForFile(String calcId, String pdbFile)
 285   {
 286     return (calcId != null && calcId.startsWith(calcIdPrefix + pdbFile
 287             + ":" + calcIdPrefix));
 288   }
 289
 290   public static String relocateCalcId(String calcId,
 291           Hashtable<String, String> alreadyLoadedPDB) throws Exception
 292   {
 293     int s = calcIdPrefix.length(), end = calcId.indexOf(calcIdPrefix, s);
 294     String between = calcId.substring(s, end - 1);
 295     return calcIdPrefix + alreadyLoadedPDB.get(between) + ":"
 296             + calcId.substring(end);
 297   }
 298
 299   private void markCalcIds()
 300   {
 301     for (SequenceI sq : seqs)
 302     {
 303       for (AlignmentAnnotation aa : sq.getAnnotation())
 304       {
 305         String oldId = aa.getCalcId();
 306         if (oldId == null)
 307         {
 308           oldId = "";
 309         }
 310         aa.setCalcId("JalviewPDB:" + id + ":JalviewPDB:" + oldId);
 311       }
 312     }
 313   }
 314   private void processPdbFileWithJmol(ArrayList<SequenceI> prot)
 315           throws Exception
 316   {
 317     try
 318     {
 319       Class cl = Class.forName("jalview.ext.jmol.PDBFileWithJmol");
 320       if (cl != null)
 321       {
 322         Object jmf = cl.getConstructor(new Class[]
 323         { FileParse.class }).newInstance(new Object[]
 324         { new FileParse(getDataName(), type) });
 325         Alignment al = new Alignment((SequenceI[]) cl.getMethod(
 326                 "getSeqsAsArray", new Class[]
 327                 {}).invoke(jmf));
 328         cl.getMethod("addAnnotations", new Class[]
 329         { Alignment.class }).invoke(jmf, al);
 330         for (SequenceI sq : al.getSequences())
 331         {
 332           if (sq.getDatasetSequence() != null)
 333           {
 334             if (sq.getDatasetSequence().getPDBId() != null)
 335             {
 336               sq.getDatasetSequence().getPDBId().clear();
 337             }
 338           }
 339           else
 340           {
 341             if (sq.getPDBId() != null)
 342             {
 343               sq.getPDBId().clear();
 344             }
 345           }
 346         }
 347         AlignSeq.replaceMatchingSeqsWith(seqs, annotations, prot, al, AlignSeq.PEP, false);
 348       }
 349     } catch (ClassNotFoundException q)
 350     {
 351     }
 352   }
 353
 354   private void processPdbFileWithAnnotate3d(ArrayList<SequenceI> rna)
 355           throws Exception
 356   {
 357     // System.out.println("this is a PDB format and RNA sequence");
 358     // note: we use reflection here so that the applet can compile and run
 359     // without the HTTPClient bits and pieces needed for accessing Annotate3D
 360     // web service
 361     try
 362     {
 363       Class cl = Class.forName("jalview.ws.jws1.Annotate3D");
 364       if (cl != null)
 365       {
 366         // TODO: use the PDB ID of the structure if one is available, to save
 367         // bandwidth and avoid uploading the whole structure to the service
 368         Object annotate3d = cl.getConstructor(new Class[]
 369         {}).newInstance(new Object[]
 370         {});
 371         AlignmentI al = ((AlignmentI) cl.getMethod("getRNAMLFor",
 372                 new Class[]
 373                 { FileParse.class }).invoke(annotate3d, new Object[]
 374         { new FileParse(getDataName(), type) }));
 375         for (SequenceI sq : al.getSequences())
 376         {
 377           if (sq.getDatasetSequence() != null)
 378           {
 379             if (sq.getDatasetSequence().getPDBId() != null)
 380             {
 381               sq.getDatasetSequence().getPDBId().clear();
 382             }
 383           }
 384           else
 385           {
 386             if (sq.getPDBId() != null)
 387             {
 388               sq.getDatasetSequence().getPDBId().clear();
 389             }
 390           }
 391         }
 392         AlignSeq.replaceMatchingSeqsWith(seqs, annotations, rna, al, AlignSeq.DNA, false);
 393       }
 394     } catch (ClassNotFoundException x)
 395     {
 396       // ignore classnotfounds - occurs in applet
 397     }
 398     ;
 399   }
 400
 401   /**
 402    * make a friendly ID string.
 403    *
 404    * @param dataName
 405    * @return truncated dataName to after last '/'
 406    */
 407   private String safeName(String dataName)
 408   {
 409     int p = 0;
 410     while ((p = dataName.indexOf("/")) > -1 && p < dataName.length())
 411     {
 412       dataName = dataName.substring(p + 1);
 413     }
 414     return dataName;
 415   }
 416
 417   public void makeResidueList()
 418   {
 419     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 420     {
 421       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();
 422     }
 423   }
 424
 425   public void makeCaBondList()
 426   {
 427     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 428     {
 429       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();
 430     }
 431   }
 432
 433   public PDBChain findChain(String id)
 434   {
 435     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 436     {
 437       if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id))
 438       {
 439         return (PDBChain) chains.elementAt(i);
 440       }
 441     }
 442
 443     return null;
 444   }
 445
 446   public void setChargeColours()
 447   {
 448     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 449     {
 450       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();
 451     }
 452   }
 453
 454   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 455   {
 456     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 457     {
 458       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);
 459     }
 460   }
 461
 462   public void setChainColours()
 463   {
 464     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 465     {
 466       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(Color.getHSBColor(
 467               1.0f / i, .4f, 1.0f));
 468     }
 469   }
 470
 471   public boolean isRNA(SequenceI seqs)
 472   {
 473     for (int i = 0; i < seqs.getLength(); i++)
 474     {
 475       if ((seqs.getCharAt(i) != 'A') && (seqs.getCharAt(i) != 'C')
 476               && (seqs.getCharAt(i) != 'G') && (seqs.getCharAt(i) != 'U'))
 477       {
 478         return false;
 479       }
 480     }
 481
 482     return true;
 483
 484   }
 485 }