src/MCview/PDBfile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27
  28 public class PDBfile
  29     extends jalview.io.AlignFile
  30 {
  31   public Vector chains;
  32   public String id;
  33
  34   public PDBfile(String inFile, String inType)
  35       throws IOException
  36   {
  37     super(inFile, inType);
  38   }
  39
  40   public String print()
  41   {
  42     return null;
  43   }
  44
  45   public void parse()
  46       throws IOException
  47   {
  48     try
  49     {
  50       chains = new Vector();
  51
  52       PDBChain tmpchain;
  53       String line;
  54       boolean modelFlag = false;
  55       boolean terFlag = false;
  56
  57       int index = 0;
  58       while ( (line = nextLine()) != null)
  59       {
  60         if (line.indexOf("HEADER") == 0)
  61         {
  62           id = line.substring(62, 67).trim();
  63           continue;
  64         }
  65         // Were we to do anything with SEQRES - we start it here
  66         if (line.indexOf("SEQRES") == 0)
  67         {
  68         }
  69
  70         if (line.indexOf("MODEL") == 0)
  71         {
  72           modelFlag = true;
  73         }
  74
  75         if (line.indexOf("TER") == 0)
  76         {
  77           terFlag = true;
  78         }
  79
  80         if (modelFlag && line.indexOf("ENDMDL") == 0)
  81         {
  82           break;
  83         }
  84         if (line.indexOf("ATOM") == 0
  85             || (line.indexOf("HETATM") == 0 && !terFlag)
  86             )
  87         {
  88           terFlag = false;
  89
  90           //Jalview is only interested in CA bonds????
  91           if (!line.substring(12, 15).trim().equals("CA"))
  92           {
  93             continue;
  94           }
  95
  96           Atom tmpatom = new Atom(line);
  97           tmpchain = findChain(tmpatom.chain);
  98           if (tmpchain != null)
  99           {
 100             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 101           }
 102           else
 103           {
 104             tmpchain = new PDBChain(id, tmpatom.chain);
 105             chains.addElement(tmpchain);
 106             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 107           }
 108         }
 109         index++;
 110       }
 111
 112       makeResidueList();
 113       makeCaBondList();
 114
 115       if (id == null)
 116       {
 117         id = inFile.getName();
 118       }
 119       for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 120       {
 121         SequenceI dataset = ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).
 122             sequence;
 123         dataset.setName(id + "|" + dataset.getName());
 124         PDBEntry entry = new PDBEntry();
 125         entry.setId(id);
 126         if (inFile != null)
 127         {
 128           entry.setFile(inFile.getAbsolutePath());
 129         }
 130         dataset.addPDBId(entry);
 131         getSeqs().addElement(dataset.deriveSequence()); // PDBChain objects maintain reference to dataset
 132       }
 133     }
 134     catch (OutOfMemoryError er)
 135     {
 136       System.out.println("OUT OF MEMORY LOADING PDB FILE");
 137       throw new IOException("Out of memory loading PDB File");
 138     }
 139   }
 140
 141   public void makeResidueList()
 142   {
 143     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 144     {
 145       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();
 146     }
 147   }
 148
 149   public void makeCaBondList()
 150   {
 151     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 152     {
 153       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();
 154     }
 155   }
 156
 157   public PDBChain findChain(String id)
 158   {
 159     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 160     {
 161       if ( ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id))
 162       {
 163         return (PDBChain) chains.elementAt(i);
 164       }
 165     }
 166
 167     return null;
 168   }
 169
 170   public void setChargeColours()
 171   {
 172     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 173     {
 174       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();
 175     }
 176   }
 177
 178   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 179   {
 180     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 181     {
 182       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);
 183     }
 184   }
 185
 186   public void setChainColours()
 187   {
 188     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 189     {
 190       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(
 191           Color.getHSBColor(1.0f / (float) i, .4f, 1.0f)
 192           );
 193     }
 194   }
 195 }