src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java

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  35  */
  36 package ext.vamsas;
  37
  38 public class MuscleWSSoapBindingStub extends org.apache.axis.client.Stub
  39         implements ext.vamsas.MuscleWS
  40 {
  41   static org.apache.axis.description.OperationDesc[] _operations;
  42
  43   static
  44   {
  45     _operations = new org.apache.axis.description.OperationDesc[4];
  46     _initOperationDesc1();
  47   }
  48
  49   private java.util.Vector cachedSerClasses = new java.util.Vector();
  50
  51   private java.util.Vector cachedSerQNames = new java.util.Vector();
  52
  53   private java.util.Vector cachedSerFactories = new java.util.Vector();
  54
  55   private java.util.Vector cachedDeserFactories = new java.util.Vector();
  56
  57   public MuscleWSSoapBindingStub() throws org.apache.axis.AxisFault
  58   {
  59     this(null);
  60   }
  61
  62   public MuscleWSSoapBindingStub(java.net.URL endpointURL,
  63           javax.xml.rpc.Service service) throws org.apache.axis.AxisFault
  64   {
  65     this(service);
  66     super.cachedEndpoint = endpointURL;
  67   }
  68
  69   public MuscleWSSoapBindingStub(javax.xml.rpc.Service service)
  70           throws org.apache.axis.AxisFault
  71   {
  72     if (service == null)
  73     {
  74       super.service = new org.apache.axis.client.Service();
  75     }
  76     else
  77     {
  78       super.service = service;
  79     }
  80
  81     java.lang.Class cls;
  82     javax.xml.namespace.QName qName;
  83     java.lang.Class beansf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanSerializerFactory.class;
  84     java.lang.Class beandf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanDeserializerFactory.class;
  85     // java.lang.Class enumsf =
  86     // org.apache.axis.encoding.ser.EnumSerializerFactory.class;
  87     // java.lang.Class enumdf =
  88     // org.apache.axis.encoding.ser.EnumDeserializerFactory.class;
  89     java.lang.Class arraysf = org.apache.axis.encoding.ser.ArraySerializerFactory.class;
  90     java.lang.Class arraydf = org.apache.axis.encoding.ser.ArrayDeserializerFactory.class;
  91     // java.lang.Class simplesf =
  92     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleSerializerFactory.class;
  93     // java.lang.Class simpledf =
  94     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleDeserializerFactory.class;
  95     // java.lang.Class simplelistsf =
  96     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListSerializerFactory.class;
  97     // java.lang.Class simplelistdf =
  98     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListDeserializerFactory.class;
  99     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 100             "Sequence");
 101     cachedSerQNames.add(qName);
 102     cls = vamsas.objects.simple.Sequence.class;
 103     cachedSerClasses.add(cls);
 104     cachedSerFactories.add(beansf);
 105     cachedDeserFactories.add(beandf);
 106
 107     qName = new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "ArrayOf_tns1_Sequence");
 108     cachedSerQNames.add(qName);
 109     cls = vamsas.objects.simple.Sequence[].class;
 110     cachedSerClasses.add(cls);
 111     cachedSerFactories.add(arraysf);
 112     cachedDeserFactories.add(arraydf);
 113
 114     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 115             "MsaResult");
 116     cachedSerQNames.add(qName);
 117     cls = vamsas.objects.simple.MsaResult.class;
 118     cachedSerClasses.add(cls);
 119     cachedSerFactories.add(beansf);
 120     cachedDeserFactories.add(beandf);
 121
 122     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 123             "SequenceSet");
 124     cachedSerQNames.add(qName);
 125     cls = vamsas.objects.simple.SequenceSet.class;
 126     cachedSerClasses.add(cls);
 127     cachedSerFactories.add(beansf);
 128     cachedDeserFactories.add(beandf);
 129
 130     qName = new javax.xml.namespace.QName("http://simple.objects.vamsas",
 131             "Object");
 132     cachedSerQNames.add(qName);
 133     cls = vamsas.objects.simple.Object.class;
 134     cachedSerClasses.add(cls);
 135     cachedSerFactories.add(beansf);
 136     cachedDeserFactories.add(beandf);
 137
 138     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 139             "Alignment");
 140     cachedSerQNames.add(qName);
 141     cls = vamsas.objects.simple.Alignment.class;
 142     cachedSerClasses.add(cls);
 143     cachedSerFactories.add(beansf);
 144     cachedDeserFactories.add(beandf);
 145
 146     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 147             "WsJobId");
 148     cachedSerQNames.add(qName);
 149     cls = vamsas.objects.simple.WsJobId.class;
 150     cachedSerClasses.add(cls);
 151     cachedSerFactories.add(beansf);
 152     cachedDeserFactories.add(beandf);
 153
 154     qName = new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "ArrayOf_xsd_string");
 155     cachedSerQNames.add(qName);
 156     cls = java.lang.String[].class;
 157     cachedSerClasses.add(cls);
 158     cachedSerFactories.add(arraysf);
 159     cachedDeserFactories.add(arraydf);
 160
 161     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas", "Result");
 162     cachedSerQNames.add(qName);
 163     cls = vamsas.objects.simple.Result.class;
 164     cachedSerClasses.add(cls);
 165     cachedSerFactories.add(beansf);
 166     cachedDeserFactories.add(beandf);
 167   }
 168
 169   private static void _initOperationDesc1()
 170   {
 171     org.apache.axis.description.OperationDesc oper;
 172     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 173     oper.setName("align");
 174     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "seqSet"),
 175             new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 176                     "SequenceSet"),
 177             vamsas.objects.simple.SequenceSet.class,
 178             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 179     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 180             "simple.objects.vamsas", "WsJobId"));
 181     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 182     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "alignReturn"));
 183     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 184     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 185     _operations[0] = oper;
 186
 187     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 188     oper.setName("getalign");
 189     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "job_id"),
 190             new javax.xml.namespace.QName(
 191                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
 192             java.lang.String.class,
 193             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 194     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 195             "simple.objects.vamsas", "Alignment"));
 196     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.Alignment.class);
 197     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "getalignReturn"));
 198     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 199     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 200     _operations[1] = oper;
 201
 202     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 203     oper.setName("getResult");
 204     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "job_id"),
 205             new javax.xml.namespace.QName(
 206                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
 207             java.lang.String.class,
 208             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 209     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 210             "simple.objects.vamsas", "MsaResult"));
 211     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.MsaResult.class);
 212     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "getResultReturn"));
 213     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 214     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 215     _operations[2] = oper;
 216
 217     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 218     oper.setName("cancel");
 219     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "jobId"),
 220             new javax.xml.namespace.QName(
 221                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
 222             java.lang.String.class,
 223             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 224     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 225             "simple.objects.vamsas", "WsJobId"));
 226     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 227     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "cancelReturn"));
 228     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 229     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 230     _operations[3] = oper;
 231   }
 232
 233   protected org.apache.axis.client.Call createCall()
 234           throws java.rmi.RemoteException
 235   {
 236     try
 237     {
 238       org.apache.axis.client.Call _call = (org.apache.axis.client.Call) super.service
 239               .createCall();
 240
 241       if (super.maintainSessionSet)
 242       {
 243         _call.setMaintainSession(super.maintainSession);
 244       }
 245
 246       if (super.cachedUsername != null)
 247       {
 248         _call.setUsername(super.cachedUsername);
 249       }
 250
 251       if (super.cachedPassword != null)
 252       {
 253         _call.setPassword(super.cachedPassword);
 254       }
 255
 256       if (super.cachedEndpoint != null)
 257       {
 258         _call.setTargetEndpointAddress(super.cachedEndpoint);
 259       }
 260
 261       if (super.cachedTimeout != null)
 262       {
 263         _call.setTimeout(super.cachedTimeout);
 264       }
 265
 266       if (super.cachedPortName != null)
 267       {
 268         _call.setPortName(super.cachedPortName);
 269       }
 270
 271       java.util.Enumeration keys = super.cachedProperties.keys();
 272
 273       while (keys.hasMoreElements())
 274       {
 275         java.lang.String key = (java.lang.String) keys.nextElement();
 276         _call.setProperty(key, super.cachedProperties.get(key));
 277       }
 278
 279       // All the type mapping information is registered
 280       // when the first call is made.
 281       // The type mapping information is actually registered in
 282       // the TypeMappingRegistry of the service, which
 283       // is the reason why registration is only needed for the first call.
 284       synchronized (this)
 285       {
 286         if (firstCall())
 287         {
 288           // must set encoding style before registering serializers
 289           _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 290           _call.setEncodingStyle(org.apache.axis.Constants.URI_SOAP11_ENC);
 291
 292           for (int i = 0; i < cachedSerFactories.size(); ++i)
 293           {
 294             java.lang.Class cls = (java.lang.Class) cachedSerClasses.get(i);
 295             javax.xml.namespace.QName qName = (javax.xml.namespace.QName) cachedSerQNames
 296                     .get(i);
 297             java.lang.Class sf = (java.lang.Class) cachedSerFactories
 298                     .get(i);
 299             java.lang.Class df = (java.lang.Class) cachedDeserFactories
 300                     .get(i);
 301             _call.registerTypeMapping(cls, qName, sf, df, false);
 302           }
 303         }
 304       }
 305
 306       return _call;
 307     } catch (java.lang.Throwable _t)
 308     {
 309       throw new org.apache.axis.AxisFault(
 310               "Failure trying to get the Call object", _t);
 311     }
 312   }
 313
 314   public vamsas.objects.simple.WsJobId align(
 315           vamsas.objects.simple.SequenceSet seqSet)
 316           throws java.rmi.RemoteException
 317   {
 318     if (super.cachedEndpoint == null)
 319     {
 320       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 321     }
 322
 323     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 324     _call.setOperation(_operations[0]);
 325     _call.setUseSOAPAction(true);
 326     _call.setSOAPActionURI("");
 327     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 328     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "align"));
 329
 330     setRequestHeaders(_call);
 331     setAttachments(_call);
 332
 333     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 334     { seqSet });
 335
 336     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 337     {
 338       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 339     }
 340     else
 341     {
 342       extractAttachments(_call);
 343
 344       try
 345       {
 346         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) _resp;
 347       } catch (java.lang.Exception _exception)
 348       {
 349         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 350                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 351       }
 352     }
 353   }
 354
 355   public vamsas.objects.simple.Alignment getalign(java.lang.String job_id)
 356           throws java.rmi.RemoteException
 357   {
 358     if (super.cachedEndpoint == null)
 359     {
 360       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 361     }
 362
 363     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 364     _call.setOperation(_operations[1]);
 365     _call.setUseSOAPAction(true);
 366     _call.setSOAPActionURI("");
 367     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 368     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
 369             "getalign"));
 370
 371     setRequestHeaders(_call);
 372     setAttachments(_call);
 373
 374     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 375     { job_id });
 376
 377     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 378     {
 379       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 380     }
 381     else
 382     {
 383       extractAttachments(_call);
 384
 385       try
 386       {
 387         return (vamsas.objects.simple.Alignment) _resp;
 388       } catch (java.lang.Exception _exception)
 389       {
 390         return (vamsas.objects.simple.Alignment) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 391                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.Alignment.class);
 392       }
 393     }
 394   }
 395
 396   public vamsas.objects.simple.MsaResult getResult(java.lang.String job_id)
 397           throws java.rmi.RemoteException
 398   {
 399     if (super.cachedEndpoint == null)
 400     {
 401       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 402     }
 403
 404     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 405     _call.setOperation(_operations[2]);
 406     _call.setUseSOAPAction(true);
 407     _call.setSOAPActionURI("");
 408     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 409     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
 410             "getResult"));
 411
 412     setRequestHeaders(_call);
 413     setAttachments(_call);
 414
 415     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 416     { job_id });
 417
 418     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 419     {
 420       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 421     }
 422     else
 423     {
 424       extractAttachments(_call);
 425
 426       try
 427       {
 428         return (vamsas.objects.simple.MsaResult) _resp;
 429       } catch (java.lang.Exception _exception)
 430       {
 431         return (vamsas.objects.simple.MsaResult) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 432                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.MsaResult.class);
 433       }
 434     }
 435   }
 436
 437   public vamsas.objects.simple.WsJobId cancel(java.lang.String jobId)
 438           throws java.rmi.RemoteException
 439   {
 440     if (super.cachedEndpoint == null)
 441     {
 442       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 443     }
 444
 445     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 446     _call.setOperation(_operations[3]);
 447     _call.setUseSOAPAction(true);
 448     _call.setSOAPActionURI("");
 449     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 450     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "cancel"));
 451
 452     setRequestHeaders(_call);
 453     setAttachments(_call);
 454
 455     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 456     { jobId });
 457
 458     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 459     {
 460       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 461     }
 462     else
 463     {
 464       extractAttachments(_call);
 465
 466       try
 467       {
 468         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) _resp;
 469       } catch (java.lang.Exception _exception)
 470       {
 471         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 472                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 473       }
 474     }
 475   }
 476 }