src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.List;
   5
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   8
   9 /**
  10  * grab bag of useful alignment manipulation operations
  11  * Expect these to be refactored elsewhere at some point.
  12  * @author jimp
  13  *
  14  */
  15 public class AlignmentUtils
  16 {
  17
  18   /**
  19    * given an existing alignment, create a new alignment including all, or up to flankSize additional symbols from each sequence's dataset sequence
  20    * @param core
  21    * @param flankSize
  22    * @return AlignmentI
  23    */
  24   public static AlignmentI expandContext(AlignmentI core, int flankSize)
  25   {
  26     List<SequenceI> sq = new ArrayList<SequenceI>();
  27     int maxoffset = 0;
  28     for (SequenceI s:core.getSequences())
  29     {
  30       SequenceI newSeq = s.deriveSequence();
  31       if (newSeq.getStart()>maxoffset)
  32       {
  33         maxoffset = newSeq.getStart();
  34       }
  35       sq.add(newSeq);
  36     }
  37     if (flankSize>-1) {
  38       maxoffset = flankSize;
  39     }
  40     // now add offset to create a new expanded alignment
  41     for (SequenceI s:sq)
  42     {
  43       SequenceI ds = s;
  44       while (ds.getDatasetSequence()!=null) {
  45         ds=ds.getDatasetSequence();
  46       }
  47       int s_end = s.findPosition(s.getStart()+s.getLength());
  48       // find available flanking residues for sequence
  49       int ustream_ds=s.getStart()-ds.getStart(),dstream_ds=ds.getEnd()-s_end;
  50
  51       // build new flanked sequence
  52
  53       // compute gap padding to start of flanking sequence
  54       int offset=maxoffset - ustream_ds;
  55
  56       // padding is gapChar x ( maxoffset - min(ustream_ds, flank)
  57       if (flankSize>=0) {
  58         if (flankSize<ustream_ds)
  59         {
  60         // take up to flankSize residues
  61         offset = maxoffset-flankSize;
  62         ustream_ds = flankSize;
  63       }
  64         if (flankSize<dstream_ds)
  65         {
  66           dstream_ds=flankSize;
  67         }
  68       }
  69       char[] upstream = new String(ds.getSequence(s.getStart()-1-ustream_ds, s.getStart()-1)).toLowerCase().toCharArray();
  70       char[] downstream = new String(ds.getSequence(s_end-1,s_end+1+dstream_ds)).toLowerCase().toCharArray();
  71       char[] coreseq=s.getSequence();
  72       char[] nseq = new char[offset+upstream.length+downstream.length+coreseq.length];
  73       char c = core.getGapCharacter();
  74       // TODO could lowercase the flanking regions
  75       int p=0;
  76       for (; p<offset;p++)
  77       {
  78         nseq[p] = c;
  79       }
  80 //      s.setSequence(new String(upstream).toLowerCase()+new String(coreseq) + new String(downstream).toLowerCase());
  81       System.arraycopy(upstream, 0, nseq, p, upstream.length);
  82       System.arraycopy(coreseq, 0, nseq, p+upstream.length, coreseq.length);
  83       System.arraycopy(downstream, 0, nseq, p+coreseq.length+upstream.length, downstream.length);
  84       s.setSequence(new String(nseq));
  85       s.setStart(s.getStart()-ustream_ds);
  86       s.setEnd(s_end+downstream.length);
  87     }
  88     AlignmentI newAl = new jalview.datamodel.Alignment(sq.toArray(new SequenceI[0]));
  89     newAl.setDataset(core.getDataset());
  90     return newAl;
  91   }
  92 }