src/jalview/analysis/CrossRef.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.analysis;\r
  20 \r
  21 import java.util.Enumeration;\r
  22 import java.util.Vector;\r
  23 import java.util.Hashtable;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;\r
  26 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  28 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
  29 import jalview.datamodel.DBRefEntry;\r
  30 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  32 import jalview.ws.SequenceFetcher;\r
  33 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;\r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * Functions for cross-referencing sequence databases. user must first specify\r
  37  * if cross-referencing from protein or dna (set dna==true)\r
  38  * \r
  39  * @author JimP\r
  40  * \r
  41  */\r
  42 public class CrossRef\r
  43 {\r
  44   /**\r
  45    * get the DNA or protein references for a protein or dna sequence\r
  46    * \r
  47    * @param dna\r
  48    * @param rfs\r
  49    * @return\r
  50    */\r
  51   public static DBRefEntry[] findXDbRefs(boolean dna, DBRefEntry[] rfs)\r
  52   {\r
  53     if (dna)\r
  54     {\r
  55       rfs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(rfs, DBRefSource.PROTEINDBS);\r
  56     }\r
  57     else\r
  58     {\r
  59       rfs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(rfs,\r
  60               DBRefSource.DNACODINGDBS); // could attempt to find other cross\r
  61       // refs and return here - ie PDB xrefs\r
  62       // (not dna, not protein seq)\r
  63     }\r
  64     return rfs;\r
  65   }\r
  66 \r
  67   public static Hashtable classifyDbRefs(DBRefEntry[] rfs)\r
  68   {\r
  69     Hashtable classes = new Hashtable();\r
  70     classes.put(DBRefSource.PROTEINDBS, jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(\r
  71             rfs, DBRefSource.PROTEINDBS));\r
  72     classes.put(DBRefSource.DNACODINGDBS, jalview.util.DBRefUtils\r
  73             .selectRefs(rfs, DBRefSource.DNACODINGDBS));\r
  74     classes.put(DBRefSource.DOMAINDBS, jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(\r
  75             rfs, DBRefSource.DOMAINDBS));\r
  76     // classes.put(OTHER, )\r
  77     return classes;\r
  78   }\r
  79 \r
  80   /**\r
  81    * @param dna\r
  82    *                true if seqs are DNA seqs\r
  83    * @param seqs\r
  84    * @return a list of sequence database cross reference source types\r
  85    */\r
  86   public static String[] findSequenceXrefTypes(boolean dna, SequenceI[] seqs)\r
  87   {\r
  88     return findSequenceXrefTypes(dna, seqs, null);\r
  89   }\r
  90 \r
  91   /**\r
  92    * Indirect references are references from other sequences from the dataset to\r
  93    * any of the direct DBRefEntrys on the given sequences.\r
  94    * \r
  95    * @param dna\r
  96    *                true if seqs are DNA seqs\r
  97    * @param seqs\r
  98    * @return a list of sequence database cross reference source types\r
  99    */\r
 100   public static String[] findSequenceXrefTypes(boolean dna,\r
 101           SequenceI[] seqs, AlignmentI dataset)\r
 102   {\r
 103     String[] dbrefs = null;\r
 104     Vector refs = new Vector();\r
 105     for (int s = 0; s < seqs.length; s++)\r
 106     {\r
 107       SequenceI dss = seqs[s];\r
 108       while (dss.getDatasetSequence() != null)\r
 109       {\r
 110         dss = dss.getDatasetSequence();\r
 111       }\r
 112       DBRefEntry[] rfs = findXDbRefs(dna, dss.getDBRef());\r
 113       for (int r = 0; rfs != null && r < rfs.length; r++)\r
 114       {\r
 115         if (!refs.contains(rfs[r].getSource()))\r
 116         {\r
 117           refs.addElement(rfs[r].getSource());\r
 118         }\r
 119       }\r
 120       if (dataset != null)\r
 121       {\r
 122         // search for references to this sequence's direct references.\r
 123         DBRefEntry[] lrfs = CrossRef.findXDbRefs(!dna, seqs[s].getDBRef());\r
 124         Vector rseqs = new Vector();\r
 125         CrossRef.searchDatasetXrefs(seqs[s], !dna, lrfs, dataset, rseqs,\r
 126                 null); // don't need to specify codon frame for mapping here\r
 127         Enumeration lr = rseqs.elements();\r
 128         while (lr.hasMoreElements())\r
 129         {\r
 130           SequenceI rs = (SequenceI) lr.nextElement();\r
 131           DBRefEntry[] xrs = findXDbRefs(dna, rs.getDBRef());\r
 132           for (int r = 0; rfs != null && r < rfs.length; r++)\r
 133           {\r
 134             if (!refs.contains(rfs[r].getSource()))\r
 135             {\r
 136               refs.addElement(rfs[r].getSource());\r
 137             }\r
 138           }\r
 139         }\r
 140       }\r
 141     }\r
 142     if (refs.size() > 0)\r
 143     {\r
 144       dbrefs = new String[refs.size()];\r
 145       refs.copyInto(dbrefs);\r
 146     }\r
 147     return dbrefs;\r
 148   }\r
 149 \r
 150   /*\r
 151    * if (dna) { if (rfs[r].hasMap()) { // most likely this is a protein cross\r
 152    * reference if (!refs.contains(rfs[r].getSource())) {\r
 153    * refs.addElement(rfs[r].getSource()); } } }\r
 154    */\r
 155   public static boolean hasCdnaMap(SequenceI[] seqs)\r
 156   {\r
 157     String[] reftypes = findSequenceXrefTypes(false, seqs);\r
 158     for (int s = 0; s < reftypes.length; s++)\r
 159     {\r
 160       if (reftypes.equals(DBRefSource.EMBLCDS))\r
 161       {\r
 162         return true;\r
 163         // no map\r
 164       }\r
 165     }\r
 166     return false;\r
 167   }\r
 168 \r
 169   public static SequenceI[] getCdnaMap(SequenceI[] seqs)\r
 170   {\r
 171     Vector cseqs = new Vector();\r
 172     for (int s = 0; s < seqs.length; s++)\r
 173     {\r
 174       DBRefEntry[] cdna = findXDbRefs(true, seqs[s].getDBRef());\r
 175       for (int c = 0; c < cdna.length; c++)\r
 176       {\r
 177         if (cdna[c].getSource().equals(DBRefSource.EMBLCDS))\r
 178         {\r
 179           System.err\r
 180                   .println("TODO: unimplemented sequence retrieval for coding region sequence.");\r
 181           // TODO: retrieve CDS dataset sequences\r
 182           // need global dataset sequence retriever/resolver to reuse refs\r
 183           // and construct Mapping entry.\r
 184           // insert gaps in CDS according to peptide gaps.\r
 185           // add gapped sequence to cseqs\r
 186         }\r
 187       }\r
 188     }\r
 189     if (cseqs.size() > 0)\r
 190     {\r
 191       SequenceI[] rsqs = new SequenceI[cseqs.size()];\r
 192       cseqs.copyInto(rsqs);\r
 193       return rsqs;\r
 194     }\r
 195     return null;\r
 196 \r
 197   }\r
 198 \r
 199   /**\r
 200    * \r
 201    * @param dna\r
 202    * @param seqs\r
 203    * @return\r
 204    */\r
 205   public static Alignment findXrefSequences(SequenceI[] seqs, boolean dna,\r
 206           String source)\r
 207   {\r
 208     return findXrefSequences(seqs, dna, source, null);\r
 209   }\r
 210 \r
 211   /**\r
 212    * \r
 213    * @param seqs\r
 214    * @param dna\r
 215    * @param source\r
 216    * @param dataset\r
 217    *                alignment to search for product sequences.\r
 218    * @return products (as dataset sequences)\r
 219    */\r
 220   public static Alignment findXrefSequences(SequenceI[] seqs, boolean dna,\r
 221           String source, AlignmentI dataset)\r
 222   {\r
 223     Vector rseqs = new Vector();\r
 224     Alignment ral = null;\r
 225     AlignedCodonFrame cf = new AlignedCodonFrame(0); // nominal width\r
 226     for (int s = 0; s < seqs.length; s++)\r
 227     {\r
 228       SequenceI dss = seqs[s];\r
 229       while (dss.getDatasetSequence() != null)\r
 230       {\r
 231         dss = dss.getDatasetSequence();\r
 232       }\r
 233       boolean found = false;\r
 234       DBRefEntry[] xrfs = CrossRef.findXDbRefs(dna, dss.getDBRef());\r
 235       if ((xrfs == null || xrfs.length == 0) && dataset != null)\r
 236       {\r
 237         System.out.println("Attempting to find ds Xrefs refs.");\r
 238         DBRefEntry[] lrfs = CrossRef.findXDbRefs(!dna, seqs[s].getDBRef()); // less\r
 239         // ambiguous\r
 240         // would\r
 241         // be a\r
 242         // 'find\r
 243         // primary\r
 244         // dbRefEntry'\r
 245         // method.\r
 246         // filter for desired source xref here\r
 247         found = CrossRef.searchDatasetXrefs(dss, !dna, lrfs, dataset,\r
 248                 rseqs, cf);\r
 249       }\r
 250       for (int r = 0; xrfs != null && r < xrfs.length; r++)\r
 251       {\r
 252         if (source != null && !source.equals(xrfs[r].getSource()))\r
 253           continue;\r
 254         if (xrfs[r].hasMap())\r
 255         {\r
 256           if (xrfs[r].getMap().getTo() != null)\r
 257           {\r
 258             Sequence rsq = new Sequence(xrfs[r].getMap().getTo());\r
 259             rseqs.addElement(rsq);\r
 260             if (xrfs[r].getMap().getMap().getFromRatio() != xrfs[r]\r
 261                     .getMap().getMap().getToRatio())\r
 262             {\r
 263               // get sense of map correct for adding to product alignment.\r
 264               if (dna)\r
 265               {\r
 266                 // map is from dna seq to a protein product\r
 267                 cf.addMap(dss, rsq, xrfs[r].getMap().getMap());\r
 268               }\r
 269               else\r
 270               {\r
 271                 // map should be from protein seq to its coding dna\r
 272                 cf.addMap(rsq, dss, xrfs[r].getMap().getMap().getInverse());\r
 273               }\r
 274             }\r
 275             found = true;\r
 276           }\r
 277         }\r
 278         if (!found)\r
 279         {\r
 280           // do a bit more work - search for sequences with references matching\r
 281           // xrefs on this sequence.\r
 282           if (dataset != null)\r
 283           {\r
 284             found |= searchDataset(dss, xrfs[r], dataset, rseqs, cf);\r
 285             if (found)\r
 286               xrfs[r] = null; // we've recovered seqs for this one.\r
 287           }\r
 288         }\r
 289       }\r
 290       if (!found)\r
 291       {\r
 292         if (xrfs != null && xrfs.length > 0)\r
 293         {\r
 294           // Try and get the sequence reference...\r
 295           /*\r
 296            * Ideal world - we ask for a sequence fetcher implementation here if\r
 297            * (jalview.io.RunTimeEnvironment.getSequenceFetcher()) (\r
 298            */\r
 299           ASequenceFetcher sftch = new SequenceFetcher();\r
 300           SequenceI[] retrieved = null;\r
 301           int l = xrfs.length;\r
 302           for (int r = 0; r < xrfs.length; r++)\r
 303           {\r
 304             // filter out any irrelevant or irretrievable references\r
 305             if (xrfs[r] == null\r
 306                     || ((source != null && !source.equals(xrfs[r]\r
 307                             .getSource())) || !sftch.isFetchable(xrfs[r]\r
 308                             .getSource())))\r
 309             {\r
 310               l--;\r
 311               xrfs[r] = null;\r
 312             }\r
 313           }\r
 314           if (l > 0)\r
 315           {\r
 316             System.out\r
 317                     .println("Attempting to retrieve cross referenced sequences.");\r
 318             DBRefEntry[] t = new DBRefEntry[l];\r
 319             l = 0;\r
 320             for (int r = 0; r < xrfs.length; r++)\r
 321             {\r
 322               if (xrfs[r] != null)\r
 323                 t[l++] = xrfs[r];\r
 324             }\r
 325             xrfs = t;\r
 326             try\r
 327             {\r
 328               retrieved = sftch.getSequences(xrfs); // problem here is we don't\r
 329                                                     // know which of xrfs\r
 330                                                     // resulted in which\r
 331                                                     // retrieved element\r
 332             } catch (Exception e)\r
 333             {\r
 334               System.err\r
 335                       .println("Problem whilst retrieving cross references for Sequence : "\r
 336                               + seqs[s].getName());\r
 337               e.printStackTrace();\r
 338             }\r
 339             if (retrieved != null)\r
 340             {\r
 341               for (int rs = 0; rs < retrieved.length; rs++)\r
 342               {\r
 343                 // TODO: examine each sequence for 'redundancy'\r
 344                 jalview.datamodel.DBRefEntry[] dbr = retrieved[rs]\r
 345                         .getDBRef();\r
 346                 if (dbr != null && dbr.length > 0)\r
 347                 {\r
 348                   for (int di = 0; di < dbr.length; di++)\r
 349                   {\r
 350                     // find any entry where we should put in the sequence being\r
 351                     // cross-referenced into the map\r
 352                     jalview.datamodel.Mapping map = dbr[di].getMap();\r
 353                     if (map != null)\r
 354                     {\r
 355                       if (map.getTo() != null && map.getMap() != null)\r
 356                       {\r
 357                         // should search the local dataset to find any existing\r
 358                         // candidates for To !\r
 359                         try\r
 360                         {\r
 361                           // compare ms with dss and replace with dss in mapping\r
 362                           // if map is congruent\r
 363                           SequenceI ms = map.getTo();\r
 364                           int sf = map.getMap().getToLowest();\r
 365                           int st = map.getMap().getToHighest();\r
 366                           SequenceI mappedrg = ms.getSubSequence(sf, st);\r
 367                           SequenceI loc = dss.getSubSequence(sf, st);\r
 368                           if (mappedrg.getLength() > 0\r
 369                                   && mappedrg.getSequenceAsString().equals(\r
 370                                           loc.getSequenceAsString()))\r
 371                           {\r
 372                             System.err\r
 373                                     .println("Mapping updated for retrieved crossreference");\r
 374                             // method to update all refs of existing To on\r
 375                             // retrieved sequence with dss and merge any props\r
 376                             // on To onto dss.\r
 377                             map.setTo(dss);\r
 378                           }\r
 379                         } catch (Exception e)\r
 380                         {\r
 381                           System.err\r
 382                                   .println("Exception when consolidating Mapped sequence set...");\r
 383                           e.printStackTrace(System.err);\r
 384                         }\r
 385                       }\r
 386                     }\r
 387                   }\r
 388                 }\r
 389                 retrieved[rs].updatePDBIds();\r
 390                 rseqs.addElement(retrieved[rs]);\r
 391               }\r
 392             }\r
 393           }\r
 394         }\r
 395       }\r
 396     }\r
 397     if (rseqs.size() > 0)\r
 398     {\r
 399       SequenceI[] rsqs = new SequenceI[rseqs.size()];\r
 400       rseqs.copyInto(rsqs);\r
 401       ral = new Alignment(rsqs);\r
 402       if (cf != null && cf.getProtMappings() != null)\r
 403       {\r
 404         ral.addCodonFrame(cf);\r
 405       }\r
 406     }\r
 407     return ral;\r
 408   }\r
 409 \r
 410   /**\r
 411    * find references to lrfs in the cross-reference set of each sequence in\r
 412    * dataset (that is not equal to sequenceI) Identifies matching DBRefEntry\r
 413    * based on source and accession string only - Map and Version are nulled.\r
 414    * \r
 415    * @param sequenceI\r
 416    * @param lrfs\r
 417    * @param dataset\r
 418    * @param rseqs\r
 419    * @return true if matches were found.\r
 420    */\r
 421   private static boolean searchDatasetXrefs(SequenceI sequenceI,\r
 422           boolean dna, DBRefEntry[] lrfs, AlignmentI dataset, Vector rseqs,\r
 423           AlignedCodonFrame cf)\r
 424   {\r
 425     boolean found = false;\r
 426     if (lrfs == null)\r
 427       return false;\r
 428     for (int i = 0; i < lrfs.length; i++)\r
 429     {\r
 430       DBRefEntry xref = new DBRefEntry(lrfs[i]);\r
 431       // add in wildcards\r
 432       xref.setVersion(null);\r
 433       xref.setMap(null);\r
 434       found = searchDataset(sequenceI, xref, dataset, rseqs, cf, false, dna);\r
 435     }\r
 436     return found;\r
 437   }\r
 438 \r
 439   /**\r
 440    * search a given sequence dataset for references matching cross-references to\r
 441    * the given sequence\r
 442    * \r
 443    * @param sequenceI\r
 444    * @param xrf\r
 445    * @param dataset\r
 446    * @param rseqs\r
 447    *                set of unique sequences\r
 448    * @param cf\r
 449    * @return true if one or more unique sequences were found and added\r
 450    */\r
 451   public static boolean searchDataset(SequenceI sequenceI, DBRefEntry xrf,\r
 452           AlignmentI dataset, Vector rseqs, AlignedCodonFrame cf)\r
 453   {\r
 454     return searchDataset(sequenceI, xrf, dataset, rseqs, cf, true, false);\r
 455   }\r
 456 \r
 457   /**\r
 458    * TODO: generalise to different protein classifications Search dataset for\r
 459    * DBRefEntrys matching the given one (xrf) and add the associated sequence to\r
 460    * rseq.\r
 461    * \r
 462    * @param sequenceI\r
 463    * @param xrf\r
 464    * @param dataset\r
 465    * @param rseqs\r
 466    * @param direct -\r
 467    *                search all references or only subset\r
 468    * @param dna\r
 469    *                search dna or protein xrefs (if direct=false)\r
 470    * @return true if relationship found and sequence added.\r
 471    */\r
 472   public static boolean searchDataset(SequenceI sequenceI, DBRefEntry xrf,\r
 473           AlignmentI dataset, Vector rseqs, AlignedCodonFrame cf,\r
 474           boolean direct, boolean dna)\r
 475   {\r
 476     boolean found = false;\r
 477     SequenceI[] typer = new SequenceI[1];\r
 478     if (dataset == null)\r
 479       return false;\r
 480     if (dataset.getSequences() == null)\r
 481     {\r
 482       System.err.println("Empty dataset sequence set - NO VECTOR");\r
 483       return false;\r
 484     }\r
 485     Enumeration e = dataset.getSequences().elements();\r
 486     while (e.hasMoreElements())\r
 487     {\r
 488       SequenceI nxt = (SequenceI) e.nextElement();\r
 489       if (nxt != null)\r
 490       {\r
 491         if (nxt.getDatasetSequence() != null)\r
 492         {\r
 493           System.err\r
 494                   .println("Implementation warning: getProducts passed a dataset alignment without dataset sequences in it!");\r
 495         }\r
 496         if (nxt != sequenceI && nxt != sequenceI.getDatasetSequence())\r
 497         {\r
 498           // check if this is the correct sequence type\r
 499           {\r
 500             typer[0] = nxt;\r
 501             boolean isDna = jalview.util.Comparison.isNucleotide(typer);\r
 502             if ((direct && isDna == dna) || (!direct && isDna != dna))\r
 503             {\r
 504               // skip this sequence because it is same molecule type\r
 505               continue;\r
 506             }\r
 507           }\r
 508 \r
 509           // look for direct or indirect references in common\r
 510           DBRefEntry[] poss = null, cands = null;\r
 511           if (direct)\r
 512           {\r
 513             cands = jalview.util.DBRefUtils.searchRefs(poss = nxt\r
 514                     .getDBRef(), xrf);\r
 515           }\r
 516           else\r
 517           {\r
 518             cands = jalview.util.DBRefUtils.searchRefs(poss = CrossRef\r
 519                     .findXDbRefs(dna, nxt.getDBRef()), xrf);\r
 520           }\r
 521           if (cands != null)\r
 522           {\r
 523             if (!rseqs.contains(nxt))\r
 524             {\r
 525               rseqs.addElement(nxt);\r
 526               boolean foundmap = cf != null; // don't search if we aren't given\r
 527               // a codon map object\r
 528               for (int r = 0; foundmap && r < cands.length; r++)\r
 529               {\r
 530                 if (cands[r].hasMap())\r
 531                 {\r
 532                   if (cands[r].getMap().getTo() != null\r
 533                           && cands[r].getMap().getMap().getFromRatio() != cands[r]\r
 534                                   .getMap().getMap().getToRatio())\r
 535                   {\r
 536                     foundmap = true;\r
 537                     // get sense of map correct for adding to product alignment.\r
 538                     if (dna)\r
 539                     {\r
 540                       // map is from dna seq to a protein product\r
 541                       cf.addMap(sequenceI, nxt, cands[r].getMap().getMap());\r
 542                     }\r
 543                     else\r
 544                     {\r
 545                       // map should be from protein seq to its coding dna\r
 546                       cf.addMap(nxt, sequenceI, cands[r].getMap().getMap()\r
 547                               .getInverse());\r
 548                     }\r
 549                   }\r
 550                 }\r
 551               }\r
 552               // TODO: add mapping between sequences if necessary\r
 553               found = true;\r
 554             }\r
 555           }\r
 556 \r
 557         }\r
 558       }\r
 559     }\r
 560     return found;\r
 561   }\r
 562 \r
 563   /**\r
 564    * precalculate different products that can be found for seqs in dataset and\r
 565    * return them.\r
 566    * \r
 567    * @param dna\r
 568    * @param seqs\r
 569    * @param dataset\r
 570    * @param fake -\r
 571    *                don't actually build lists - just get types\r
 572    * @return public static Object[] buildXProductsList(boolean dna, SequenceI[]\r
 573    *         seqs, AlignmentI dataset, boolean fake) { String types[] =\r
 574    *         jalview.analysis.CrossRef.findSequenceXrefTypes( dna, seqs,\r
 575    *         dataset); if (types != null) { System.out.println("Xref Types for:\r
 576    *         "+(dna ? "dna" : "prot")); for (int t = 0; t < types.length; t++) {\r
 577    *         System.out.println("Type: " + types[t]); SequenceI[] prod =\r
 578    *         jalview.analysis.CrossRef.findXrefSequences(seqs, dna, types[t]);\r
 579    *         System.out.println("Found " + ((prod == null) ? "no" : "" +\r
 580    *         prod.length) + " products"); if (prod!=null) { for (int p=0; p<prod.length;\r
 581    *         p++) { System.out.println("Prod "+p+":\r
 582    *         "+prod[p].getDisplayId(true)); } } } } else {\r
 583    *         System.out.println("Trying getProducts for\r
 584    *         "+al.getSequenceAt(0).getDisplayId(true));\r
 585    *         System.out.println("Search DS Xref for: "+(dna ? "dna" : "prot")); //\r
 586    *         have a bash at finding the products amongst all the retrieved\r
 587    *         sequences. SequenceI[] prod =\r
 588    *         jalview.analysis.CrossRef.findXrefSequences(al\r
 589    *         .getSequencesArray(), dna, null, ds); System.out.println("Found " +\r
 590    *         ((prod == null) ? "no" : "" + prod.length) + " products"); if\r
 591    *         (prod!=null) { // select non-equivalent sequences from dataset list\r
 592    *         for (int p=0; p<prod.length; p++) { System.out.println("Prod\r
 593    *         "+p+": "+prod[p].getDisplayId(true)); } } } }\r
 594    */\r
 595 }\r