src/jalview/analysis/CrossRef.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.analysis;\r
  19 \r
  20 import java.util.Enumeration;\r
  21 import java.util.List;\r
  22 import java.util.Vector;\r
  23 import java.util.Hashtable;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;\r
  26 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  28 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
  29 import jalview.datamodel.DBRefEntry;\r
  30 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  32 import jalview.ws.SequenceFetcher;\r
  33 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;\r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * Functions for cross-referencing sequence databases. user must first specify\r
  37  * if cross-referencing from protein or dna (set dna==true)\r
  38  * \r
  39  * @author JimP\r
  40  * \r
  41  */\r
  42 public class CrossRef\r
  43 {\r
  44   /**\r
  45    * get the DNA or protein references for a protein or dna sequence\r
  46    * \r
  47    * @param dna\r
  48    * @param rfs\r
  49    * @return\r
  50    */\r
  51   public static DBRefEntry[] findXDbRefs(boolean dna, DBRefEntry[] rfs)\r
  52   {\r
  53     if (dna)\r
  54     {\r
  55       rfs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(rfs, DBRefSource.PROTEINDBS);\r
  56     }\r
  57     else\r
  58     {\r
  59       rfs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(rfs,\r
  60               DBRefSource.DNACODINGDBS); // could attempt to find other cross\r
  61       // refs and return here - ie PDB xrefs\r
  62       // (not dna, not protein seq)\r
  63     }\r
  64     return rfs;\r
  65   }\r
  66 \r
  67   public static Hashtable classifyDbRefs(DBRefEntry[] rfs)\r
  68   {\r
  69     Hashtable classes = new Hashtable();\r
  70     classes.put(DBRefSource.PROTEINDBS,\r
  71             jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(rfs, DBRefSource.PROTEINDBS));\r
  72     classes.put(DBRefSource.DNACODINGDBS, jalview.util.DBRefUtils\r
  73             .selectRefs(rfs, DBRefSource.DNACODINGDBS));\r
  74     classes.put(DBRefSource.DOMAINDBS,\r
  75             jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(rfs, DBRefSource.DOMAINDBS));\r
  76     // classes.put(OTHER, )\r
  77     return classes;\r
  78   }\r
  79 \r
  80   /**\r
  81    * @param dna\r
  82    *          true if seqs are DNA seqs\r
  83    * @param seqs\r
  84    * @return a list of sequence database cross reference source types\r
  85    */\r
  86   public static String[] findSequenceXrefTypes(boolean dna, SequenceI[] seqs)\r
  87   {\r
  88     return findSequenceXrefTypes(dna, seqs, null);\r
  89   }\r
  90 \r
  91   /**\r
  92    * Indirect references are references from other sequences from the dataset to\r
  93    * any of the direct DBRefEntrys on the given sequences.\r
  94    * \r
  95    * @param dna\r
  96    *          true if seqs are DNA seqs\r
  97    * @param seqs\r
  98    * @return a list of sequence database cross reference source types\r
  99    */\r
 100   public static String[] findSequenceXrefTypes(boolean dna,\r
 101           SequenceI[] seqs, AlignmentI dataset)\r
 102   {\r
 103     String[] dbrefs = null;\r
 104     Vector refs = new Vector();\r
 105     for (int s = 0; s < seqs.length; s++)\r
 106     {\r
 107       if (seqs[s] != null)\r
 108       {\r
 109 \r
 110         SequenceI dss = seqs[s];\r
 111         while (dss.getDatasetSequence() != null)\r
 112         {\r
 113           dss = dss.getDatasetSequence();\r
 114         }\r
 115         DBRefEntry[] rfs = findXDbRefs(dna, dss.getDBRef());\r
 116         for (int r = 0; rfs != null && r < rfs.length; r++)\r
 117         {\r
 118           if (!refs.contains(rfs[r].getSource()))\r
 119           {\r
 120             refs.addElement(rfs[r].getSource());\r
 121           }\r
 122         }\r
 123         if (dataset != null)\r
 124         {\r
 125           // search for references to this sequence's direct references.\r
 126           DBRefEntry[] lrfs = CrossRef\r
 127                   .findXDbRefs(!dna, seqs[s].getDBRef());\r
 128           Vector rseqs = new Vector();\r
 129           CrossRef.searchDatasetXrefs(seqs[s], !dna, lrfs, dataset, rseqs,\r
 130                   null); // don't need to specify codon frame for mapping here\r
 131           Enumeration lr = rseqs.elements();\r
 132           while (lr.hasMoreElements())\r
 133           {\r
 134             SequenceI rs = (SequenceI) lr.nextElement();\r
 135             DBRefEntry[] xrs = findXDbRefs(dna, rs.getDBRef());\r
 136             for (int r = 0; rfs != null && r < rfs.length; r++)\r
 137             {\r
 138               if (!refs.contains(rfs[r].getSource()))\r
 139               {\r
 140                 refs.addElement(rfs[r].getSource());\r
 141               }\r
 142             }\r
 143           }\r
 144         }\r
 145       }\r
 146     }\r
 147     if (refs.size() > 0)\r
 148     {\r
 149       dbrefs = new String[refs.size()];\r
 150       refs.copyInto(dbrefs);\r
 151     }\r
 152     return dbrefs;\r
 153   }\r
 154 \r
 155   /*\r
 156    * if (dna) { if (rfs[r].hasMap()) { // most likely this is a protein cross\r
 157    * reference if (!refs.contains(rfs[r].getSource())) {\r
 158    * refs.addElement(rfs[r].getSource()); } } }\r
 159    */\r
 160   public static boolean hasCdnaMap(SequenceI[] seqs)\r
 161   {\r
 162     String[] reftypes = findSequenceXrefTypes(false, seqs);\r
 163     for (int s = 0; s < reftypes.length; s++)\r
 164     {\r
 165       if (reftypes.equals(DBRefSource.EMBLCDS))\r
 166       {\r
 167         return true;\r
 168         // no map\r
 169       }\r
 170     }\r
 171     return false;\r
 172   }\r
 173 \r
 174   public static SequenceI[] getCdnaMap(SequenceI[] seqs)\r
 175   {\r
 176     Vector cseqs = new Vector();\r
 177     for (int s = 0; s < seqs.length; s++)\r
 178     {\r
 179       DBRefEntry[] cdna = findXDbRefs(true, seqs[s].getDBRef());\r
 180       for (int c = 0; c < cdna.length; c++)\r
 181       {\r
 182         if (cdna[c].getSource().equals(DBRefSource.EMBLCDS))\r
 183         {\r
 184           System.err\r
 185                   .println("TODO: unimplemented sequence retrieval for coding region sequence.");\r
 186           // TODO: retrieve CDS dataset sequences\r
 187           // need global dataset sequence retriever/resolver to reuse refs\r
 188           // and construct Mapping entry.\r
 189           // insert gaps in CDS according to peptide gaps.\r
 190           // add gapped sequence to cseqs\r
 191         }\r
 192       }\r
 193     }\r
 194     if (cseqs.size() > 0)\r
 195     {\r
 196       SequenceI[] rsqs = new SequenceI[cseqs.size()];\r
 197       cseqs.copyInto(rsqs);\r
 198       return rsqs;\r
 199     }\r
 200     return null;\r
 201 \r
 202   }\r
 203 \r
 204   /**\r
 205    * \r
 206    * @param dna\r
 207    * @param seqs\r
 208    * @return\r
 209    */\r
 210   public static Alignment findXrefSequences(SequenceI[] seqs, boolean dna,\r
 211           String source)\r
 212   {\r
 213     return findXrefSequences(seqs, dna, source, null);\r
 214   }\r
 215 \r
 216   /**\r
 217    * \r
 218    * @param seqs\r
 219    * @param dna\r
 220    * @param source\r
 221    * @param dataset\r
 222    *          alignment to search for product sequences.\r
 223    * @return products (as dataset sequences)\r
 224    */\r
 225   public static Alignment findXrefSequences(SequenceI[] seqs, boolean dna,\r
 226           String source, AlignmentI dataset)\r
 227   {\r
 228     Vector rseqs = new Vector();\r
 229     Alignment ral = null;\r
 230     AlignedCodonFrame cf = new AlignedCodonFrame(0); // nominal width\r
 231     for (int s = 0; s < seqs.length; s++)\r
 232     {\r
 233       SequenceI dss = seqs[s];\r
 234       while (dss.getDatasetSequence() != null)\r
 235       {\r
 236         dss = dss.getDatasetSequence();\r
 237       }\r
 238       boolean found = false;\r
 239       DBRefEntry[] xrfs = CrossRef.findXDbRefs(dna, dss.getDBRef());\r
 240       if ((xrfs == null || xrfs.length == 0) && dataset != null)\r
 241       {\r
 242         System.out.println("Attempting to find ds Xrefs refs.");\r
 243         DBRefEntry[] lrfs = CrossRef.findXDbRefs(!dna, seqs[s].getDBRef()); // less\r
 244         // ambiguous\r
 245         // would\r
 246         // be a\r
 247         // 'find\r
 248         // primary\r
 249         // dbRefEntry'\r
 250         // method.\r
 251         // filter for desired source xref here\r
 252         found = CrossRef.searchDatasetXrefs(dss, !dna, lrfs, dataset,\r
 253                 rseqs, cf);\r
 254       }\r
 255       for (int r = 0; xrfs != null && r < xrfs.length; r++)\r
 256       {\r
 257         if (source != null && !source.equals(xrfs[r].getSource()))\r
 258           continue;\r
 259         if (xrfs[r].hasMap())\r
 260         {\r
 261           if (xrfs[r].getMap().getTo() != null)\r
 262           {\r
 263             Sequence rsq = new Sequence(xrfs[r].getMap().getTo());\r
 264             rseqs.addElement(rsq);\r
 265             if (xrfs[r].getMap().getMap().getFromRatio() != xrfs[r]\r
 266                     .getMap().getMap().getToRatio())\r
 267             {\r
 268               // get sense of map correct for adding to product alignment.\r
 269               if (dna)\r
 270               {\r
 271                 // map is from dna seq to a protein product\r
 272                 cf.addMap(dss, rsq, xrfs[r].getMap().getMap());\r
 273               }\r
 274               else\r
 275               {\r
 276                 // map should be from protein seq to its coding dna\r
 277                 cf.addMap(rsq, dss, xrfs[r].getMap().getMap().getInverse());\r
 278               }\r
 279             }\r
 280             found = true;\r
 281           }\r
 282         }\r
 283         if (!found)\r
 284         {\r
 285           // do a bit more work - search for sequences with references matching\r
 286           // xrefs on this sequence.\r
 287           if (dataset != null)\r
 288           {\r
 289             found |= searchDataset(dss, xrfs[r], dataset, rseqs, cf); // ,false,!dna);\r
 290             if (found)\r
 291               xrfs[r] = null; // we've recovered seqs for this one.\r
 292           }\r
 293         }\r
 294       }\r
 295       if (!found)\r
 296       {\r
 297         if (xrfs != null && xrfs.length > 0)\r
 298         {\r
 299           // Try and get the sequence reference...\r
 300           /*\r
 301            * Ideal world - we ask for a sequence fetcher implementation here if\r
 302            * (jalview.io.RunTimeEnvironment.getSequenceFetcher()) (\r
 303            */\r
 304           ASequenceFetcher sftch = new SequenceFetcher();\r
 305           SequenceI[] retrieved = null;\r
 306           int l = xrfs.length;\r
 307           for (int r = 0; r < xrfs.length; r++)\r
 308           {\r
 309             // filter out any irrelevant or irretrievable references\r
 310             if (xrfs[r] == null\r
 311                     || ((source != null && !source.equals(xrfs[r]\r
 312                             .getSource())) || !sftch.isFetchable(xrfs[r]\r
 313                             .getSource())))\r
 314             {\r
 315               l--;\r
 316               xrfs[r] = null;\r
 317             }\r
 318           }\r
 319           if (l > 0)\r
 320           {\r
 321             System.out\r
 322                     .println("Attempting to retrieve cross referenced sequences.");\r
 323             DBRefEntry[] t = new DBRefEntry[l];\r
 324             l = 0;\r
 325             for (int r = 0; r < xrfs.length; r++)\r
 326             {\r
 327               if (xrfs[r] != null)\r
 328                 t[l++] = xrfs[r];\r
 329             }\r
 330             xrfs = t;\r
 331             try\r
 332             {\r
 333               retrieved = sftch.getSequences(xrfs); // problem here is we don't\r
 334               // know which of xrfs\r
 335               // resulted in which\r
 336               // retrieved element\r
 337             } catch (Exception e)\r
 338             {\r
 339               System.err\r
 340                       .println("Problem whilst retrieving cross references for Sequence : "\r
 341                               + seqs[s].getName());\r
 342               e.printStackTrace();\r
 343             }\r
 344             if (retrieved != null)\r
 345             {\r
 346               for (int rs = 0; rs < retrieved.length; rs++)\r
 347               {\r
 348                 // TODO: examine each sequence for 'redundancy'\r
 349                 jalview.datamodel.DBRefEntry[] dbr = retrieved[rs]\r
 350                         .getDBRef();\r
 351                 if (dbr != null && dbr.length > 0)\r
 352                 {\r
 353                   for (int di = 0; di < dbr.length; di++)\r
 354                   {\r
 355                     // find any entry where we should put in the sequence being\r
 356                     // cross-referenced into the map\r
 357                     jalview.datamodel.Mapping map = dbr[di].getMap();\r
 358                     if (map != null)\r
 359                     {\r
 360                       if (map.getTo() != null && map.getMap() != null)\r
 361                       {\r
 362                         // should search the local dataset to find any existing\r
 363                         // candidates for To !\r
 364                         try\r
 365                         {\r
 366                           // compare ms with dss and replace with dss in mapping\r
 367                           // if map is congruent\r
 368                           SequenceI ms = map.getTo();\r
 369                           int sf = map.getMap().getToLowest();\r
 370                           int st = map.getMap().getToHighest();\r
 371                           SequenceI mappedrg = ms.getSubSequence(sf, st);\r
 372                           SequenceI loc = dss.getSubSequence(sf, st);\r
 373                           if (mappedrg.getLength() > 0\r
 374                                   && mappedrg.getSequenceAsString().equals(\r
 375                                           loc.getSequenceAsString()))\r
 376                           {\r
 377                             System.err\r
 378                                     .println("Mapping updated for retrieved crossreference");\r
 379                             // method to update all refs of existing To on\r
 380                             // retrieved sequence with dss and merge any props\r
 381                             // on To onto dss.\r
 382                             map.setTo(dss);\r
 383                           }\r
 384                         } catch (Exception e)\r
 385                         {\r
 386                           System.err\r
 387                                   .println("Exception when consolidating Mapped sequence set...");\r
 388                           e.printStackTrace(System.err);\r
 389                         }\r
 390                       }\r
 391                     }\r
 392                   }\r
 393                 }\r
 394                 retrieved[rs].updatePDBIds();\r
 395                 rseqs.addElement(retrieved[rs]);\r
 396               }\r
 397             }\r
 398           }\r
 399         }\r
 400       }\r
 401     }\r
 402     if (rseqs.size() > 0)\r
 403     {\r
 404       SequenceI[] rsqs = new SequenceI[rseqs.size()];\r
 405       rseqs.copyInto(rsqs);\r
 406       ral = new Alignment(rsqs);\r
 407       if (cf != null && cf.getProtMappings() != null)\r
 408       {\r
 409         ral.addCodonFrame(cf);\r
 410       }\r
 411     }\r
 412     return ral;\r
 413   }\r
 414 \r
 415   /**\r
 416    * find references to lrfs in the cross-reference set of each sequence in\r
 417    * dataset (that is not equal to sequenceI) Identifies matching DBRefEntry\r
 418    * based on source and accession string only - Map and Version are nulled.\r
 419    * \r
 420    * @param sequenceI\r
 421    * @param lrfs\r
 422    * @param dataset\r
 423    * @param rseqs\r
 424    * @return true if matches were found.\r
 425    */\r
 426   private static boolean searchDatasetXrefs(SequenceI sequenceI,\r
 427           boolean dna, DBRefEntry[] lrfs, AlignmentI dataset, Vector rseqs,\r
 428           AlignedCodonFrame cf)\r
 429   {\r
 430     boolean found = false;\r
 431     if (lrfs == null)\r
 432       return false;\r
 433     for (int i = 0; i < lrfs.length; i++)\r
 434     {\r
 435       DBRefEntry xref = new DBRefEntry(lrfs[i]);\r
 436       // add in wildcards\r
 437       xref.setVersion(null);\r
 438       xref.setMap(null);\r
 439       found = searchDataset(sequenceI, xref, dataset, rseqs, cf, false, dna);\r
 440     }\r
 441     return found;\r
 442   }\r
 443 \r
 444   /**\r
 445    * search a given sequence dataset for references matching cross-references to\r
 446    * the given sequence\r
 447    * \r
 448    * @param sequenceI\r
 449    * @param xrf\r
 450    * @param dataset\r
 451    * @param rseqs\r
 452    *          set of unique sequences\r
 453    * @param cf\r
 454    * @return true if one or more unique sequences were found and added\r
 455    */\r
 456   public static boolean searchDataset(SequenceI sequenceI, DBRefEntry xrf,\r
 457           AlignmentI dataset, Vector rseqs, AlignedCodonFrame cf)\r
 458   {\r
 459     return searchDataset(sequenceI, xrf, dataset, rseqs, cf, true, false);\r
 460   }\r
 461 \r
 462   /**\r
 463    * TODO: generalise to different protein classifications Search dataset for\r
 464    * DBRefEntrys matching the given one (xrf) and add the associated sequence to\r
 465    * rseq.\r
 466    * \r
 467    * @param sequenceI\r
 468    * @param xrf\r
 469    * @param dataset\r
 470    * @param rseqs\r
 471    * @param direct\r
 472    *          - search all references or only subset\r
 473    * @param dna\r
 474    *          search dna or protein xrefs (if direct=false)\r
 475    * @return true if relationship found and sequence added.\r
 476    */\r
 477   public static boolean searchDataset(SequenceI sequenceI, DBRefEntry xrf,\r
 478           AlignmentI dataset, Vector rseqs, AlignedCodonFrame cf,\r
 479           boolean direct, boolean dna)\r
 480   {\r
 481     boolean found = false;\r
 482     SequenceI[] typer = new SequenceI[1];\r
 483     if (dataset == null)\r
 484       return false;\r
 485     if (dataset.getSequences() == null)\r
 486     {\r
 487       System.err.println("Empty dataset sequence set - NO VECTOR");\r
 488       return false;\r
 489     }\r
 490     List<SequenceI> ds;\r
 491     synchronized (ds=dataset.getSequences())\r
 492     {\r
 493       for (SequenceI nxt:ds)\r
 494       if (nxt != null)\r
 495       {\r
 496         if (nxt.getDatasetSequence() != null)\r
 497         {\r
 498           System.err\r
 499                   .println("Implementation warning: getProducts passed a dataset alignment without dataset sequences in it!");\r
 500         }\r
 501         if (nxt != sequenceI && nxt != sequenceI.getDatasetSequence())\r
 502         {\r
 503           // check if this is the correct sequence type\r
 504           {\r
 505             typer[0] = nxt;\r
 506             boolean isDna = jalview.util.Comparison.isNucleotide(typer);\r
 507             if ((direct && isDna == dna) || (!direct && isDna != dna))\r
 508             {\r
 509               // skip this sequence because it is same molecule type\r
 510               continue;\r
 511             }\r
 512           }\r
 513 \r
 514           // look for direct or indirect references in common\r
 515           DBRefEntry[] poss = nxt.getDBRef(), cands = null;\r
 516           if (direct)\r
 517           {\r
 518             cands = jalview.util.DBRefUtils.searchRefs(poss, xrf);\r
 519           }\r
 520           else\r
 521           {\r
 522             poss = CrossRef.findXDbRefs(dna, poss); //\r
 523             cands = jalview.util.DBRefUtils.searchRefs(poss, xrf);\r
 524           }\r
 525           if (cands != null)\r
 526           {\r
 527             if (!rseqs.contains(nxt))\r
 528             {\r
 529               rseqs.addElement(nxt);\r
 530               boolean foundmap = cf != null; // don't search if we aren't given\r
 531               // a codon map object\r
 532               for (int r = 0; foundmap && r < cands.length; r++)\r
 533               {\r
 534                 if (cands[r].hasMap())\r
 535                 {\r
 536                   if (cands[r].getMap().getTo() != null\r
 537                           && cands[r].getMap().getMap().getFromRatio() != cands[r]\r
 538                                   .getMap().getMap().getToRatio())\r
 539                   {\r
 540                     foundmap = true;\r
 541                     // get sense of map correct for adding to product alignment.\r
 542                     if (dna)\r
 543                     {\r
 544                       // map is from dna seq to a protein product\r
 545                       cf.addMap(sequenceI, nxt, cands[r].getMap().getMap());\r
 546                     }\r
 547                     else\r
 548                     {\r
 549                       // map should be from protein seq to its coding dna\r
 550                       cf.addMap(nxt, sequenceI, cands[r].getMap().getMap()\r
 551                               .getInverse());\r
 552                     }\r
 553                   }\r
 554                 }\r
 555               }\r
 556               // TODO: add mapping between sequences if necessary\r
 557               found = true;\r
 558             }\r
 559           }\r
 560 \r
 561         }\r
 562       }\r
 563     }\r
 564     return found;\r
 565   }\r
 566 \r
 567   /**\r
 568    * precalculate different products that can be found for seqs in dataset and\r
 569    * return them.\r
 570    * \r
 571    * @param dna\r
 572    * @param seqs\r
 573    * @param dataset\r
 574    * @param fake\r
 575    *          - don't actually build lists - just get types\r
 576    * @return public static Object[] buildXProductsList(boolean dna, SequenceI[]\r
 577    *         seqs, AlignmentI dataset, boolean fake) { String types[] =\r
 578    *         jalview.analysis.CrossRef.findSequenceXrefTypes( dna, seqs,\r
 579    *         dataset); if (types != null) { System.out.println("Xref Types for:\r
 580    *         "+(dna ? "dna" : "prot")); for (int t = 0; t < types.length; t++) {\r
 581    *         System.out.println("Type: " + types[t]); SequenceI[] prod =\r
 582    *         jalview.analysis.CrossRef.findXrefSequences(seqs, dna, types[t]);\r
 583    *         System.out.println("Found " + ((prod == null) ? "no" : "" +\r
 584    *         prod.length) + " products"); if (prod!=null) { for (int p=0;\r
 585    *         p<prod.length; p++) { System.out.println("Prod "+p+":\r
 586    *         "+prod[p].getDisplayId(true)); } } } } else {\r
 587    *         System.out.println("Trying getProducts for\r
 588    *         "+al.getSequenceAt(0).getDisplayId(true));\r
 589    *         System.out.println("Search DS Xref for: "+(dna ? "dna" : "prot"));\r
 590    *         // have a bash at finding the products amongst all the retrieved\r
 591    *         sequences. SequenceI[] prod =\r
 592    *         jalview.analysis.CrossRef.findXrefSequences(al\r
 593    *         .getSequencesArray(), dna, null, ds); System.out.println("Found " +\r
 594    *         ((prod == null) ? "no" : "" + prod.length) + " products"); if\r
 595    *         (prod!=null) { // select non-equivalent sequences from dataset list\r
 596    *         for (int p=0; p<prod.length; p++) { System.out.println("Prod "+p+":\r
 597    *         "+prod[p].getDisplayId(true)); } } } }\r
 598    */\r
 599 }\r