src/jalview/analysis/Dna.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.analysis;
  19
  20 import java.util.Enumeration;
  21 import java.util.Hashtable;
  22 import java.util.Vector;
  23
  24 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.Annotation;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  31 import jalview.datamodel.FeatureProperties;
  32 import jalview.datamodel.Mapping;
  33 import jalview.datamodel.Sequence;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  37 import jalview.util.MapList;
  38 import jalview.util.ShiftList;
  39
  40 public class Dna
  41 {
  42   /**
  43    *
  44    * @param cdp1
  45    * @param cdp2
  46    * @return -1 if cdp1 aligns before cdp2, 0 if in the same column or cdp2 is
  47    *         null, +1 if after cdp2
  48    */
  49   private static int compare_codonpos(int[] cdp1, int[] cdp2)
  50   {
  51     if (cdp2 == null
  52             || (cdp1[0] == cdp2[0] && cdp1[1] == cdp2[1] && cdp1[2] == cdp2[2]))
  53       return 0;
  54     if (cdp1[0] < cdp2[0] || cdp1[1] < cdp2[1] || cdp1[2] < cdp2[2])
  55       return -1; // one base in cdp1 precedes the corresponding base in the
  56     // other codon
  57     return 1; // one base in cdp1 appears after the corresponding base in the
  58     // other codon.
  59   }
  60
  61   /**
  62    * DNA->mapped protein sequence alignment translation given set of sequences
  63    * 1. id distinct coding regions within selected region for each sequence 2.
  64    * generate peptides based on inframe (or given) translation or (optionally
  65    * and where specified) out of frame translations (annotated appropriately) 3.
  66    * align peptides based on codon alignment
  67    */
  68   /**
  69    * id potential products from dna 1. search for distinct products within
  70    * selected region for each selected sequence 2. group by associated DB type.
  71    * 3. return as form for input into above function
  72    */
  73   /**
  74    *
  75    */
  76   /**
  77    * create a new alignment of protein sequences by an inframe translation of
  78    * the provided NA sequences
  79    *
  80    * @param selection
  81    * @param seqstring
  82    * @param viscontigs
  83    * @param gapCharacter
  84    * @param annotations
  85    * @param aWidth
  86    * @param dataset
  87    *          destination dataset for translated sequences and mappings
  88    * @return
  89    */
  90   public static AlignmentI CdnaTranslate(SequenceI[] selection,
  91           String[] seqstring, int viscontigs[], char gapCharacter,
  92           AlignmentAnnotation[] annotations, int aWidth, Alignment dataset)
  93   {
  94     return CdnaTranslate(selection, seqstring, null, viscontigs,
  95             gapCharacter, annotations, aWidth, dataset);
  96   }
  97
  98   /**
  99    *
 100    * @param selection
 101    * @param seqstring
 102    * @param product
 103    *          - array of DbRefEntry objects from which exon map in seqstring is
 104    *          derived
 105    * @param viscontigs
 106    * @param gapCharacter
 107    * @param annotations
 108    * @param aWidth
 109    * @param dataset
 110    * @return
 111    */
 112   public static AlignmentI CdnaTranslate(SequenceI[] selection,
 113           String[] seqstring, DBRefEntry[] product, int viscontigs[],
 114           char gapCharacter, AlignmentAnnotation[] annotations, int aWidth,
 115           Alignment dataset)
 116   {
 117     AlignedCodonFrame codons = new AlignedCodonFrame(aWidth); // stores hash of
 118     // subsequent
 119     // positions for
 120     // each codon
 121     // start position
 122     // in alignment
 123     int s, sSize = selection.length;
 124     Vector pepseqs = new Vector();
 125     for (s = 0; s < sSize; s++)
 126     {
 127       SequenceI newseq = translateCodingRegion(selection[s], seqstring[s],
 128               viscontigs, codons, gapCharacter,
 129               (product != null) ? product[s] : null); // possibly anonymous
 130       // product
 131       if (newseq != null)
 132       {
 133         pepseqs.addElement(newseq);
 134         SequenceI ds = newseq;
 135         while (ds.getDatasetSequence() != null)
 136         {
 137           ds = ds.getDatasetSequence();
 138         }
 139         dataset.addSequence(ds);
 140       }
 141     }
 142     if (codons.aaWidth == 0)
 143       return null;
 144     SequenceI[] newseqs = new SequenceI[pepseqs.size()];
 145     pepseqs.copyInto(newseqs);
 146     AlignmentI al = new Alignment(newseqs);
 147     al.padGaps(); // ensure we look aligned.
 148     al.setDataset(dataset);
 149     translateAlignedAnnotations(annotations, al, codons);
 150     al.addCodonFrame(codons);
 151     return al;
 152   }
 153
 154   /**
 155    * fake the collection of DbRefs with associated exon mappings to identify if
 156    * a translation would generate distinct product in the currently selected
 157    * region.
 158    *
 159    * @param selection
 160    * @param viscontigs
 161    * @return
 162    */
 163   public static boolean canTranslate(SequenceI[] selection,
 164           int viscontigs[])
 165   {
 166     for (int gd = 0; gd < selection.length; gd++)
 167     {
 168       SequenceI dna = selection[gd];
 169       jalview.datamodel.DBRefEntry[] dnarefs = jalview.util.DBRefUtils
 170               .selectRefs(dna.getDBRef(),
 171                       jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 172       if (dnarefs != null)
 173       {
 174         // intersect with pep
 175         // intersect with pep
 176         Vector mappedrefs = new Vector();
 177         DBRefEntry[] refs = dna.getDBRef();
 178         for (int d = 0; d < refs.length; d++)
 179         {
 180           if (refs[d].getMap() != null && refs[d].getMap().getMap() != null
 181                   && refs[d].getMap().getMap().getFromRatio() == 3
 182                   && refs[d].getMap().getMap().getToRatio() == 1)
 183           {
 184             mappedrefs.addElement(refs[d]); // add translated protein maps
 185           }
 186         }
 187         dnarefs = new DBRefEntry[mappedrefs.size()];
 188         mappedrefs.copyInto(dnarefs);
 189         for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 190         {
 191           Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 192           if (mp != null)
 193           {
 194             for (int vc = 0; vc < viscontigs.length; vc += 2)
 195             {
 196               int[] mpr = mp.locateMappedRange(viscontigs[vc],
 197                       viscontigs[vc + 1]);
 198               if (mpr != null)
 199               {
 200                 return true;
 201               }
 202             }
 203           }
 204         }
 205       }
 206     }
 207     return false;
 208   }
 209
 210   /**
 211    * generate a set of translated protein products from annotated sequenceI
 212    *
 213    * @param selection
 214    * @param viscontigs
 215    * @param gapCharacter
 216    * @param dataset
 217    *          destination dataset for translated sequences
 218    * @param annotations
 219    * @param aWidth
 220    * @return
 221    */
 222   public static AlignmentI CdnaTranslate(SequenceI[] selection,
 223           int viscontigs[], char gapCharacter, Alignment dataset)
 224   {
 225     int alwidth = 0;
 226     Vector cdnasqs = new Vector();
 227     Vector cdnasqi = new Vector();
 228     Vector cdnaprod = new Vector();
 229     for (int gd = 0; gd < selection.length; gd++)
 230     {
 231       SequenceI dna = selection[gd];
 232       jalview.datamodel.DBRefEntry[] dnarefs = jalview.util.DBRefUtils
 233               .selectRefs(dna.getDBRef(),
 234                       jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 235       if (dnarefs != null)
 236       {
 237         // intersect with pep
 238         Vector mappedrefs = new Vector();
 239         DBRefEntry[] refs = dna.getDBRef();
 240         for (int d = 0; d < refs.length; d++)
 241         {
 242           if (refs[d].getMap() != null && refs[d].getMap().getMap() != null
 243                   && refs[d].getMap().getMap().getFromRatio() == 3
 244                   && refs[d].getMap().getMap().getToRatio() == 1)
 245           {
 246             mappedrefs.addElement(refs[d]); // add translated protein maps
 247           }
 248         }
 249         dnarefs = new DBRefEntry[mappedrefs.size()];
 250         mappedrefs.copyInto(dnarefs);
 251         for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 252         {
 253           Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 254           StringBuffer sqstr = new StringBuffer();
 255           if (mp != null)
 256           {
 257             Mapping intersect = mp.intersectVisContigs(viscontigs);
 258             // generate seqstring for this sequence based on mapping
 259
 260             if (sqstr.length() > alwidth)
 261               alwidth = sqstr.length();
 262             cdnasqs.addElement(sqstr.toString());
 263             cdnasqi.addElement(dna);
 264             cdnaprod.addElement(intersect);
 265           }
 266         }
 267       }
 268       SequenceI[] cdna = new SequenceI[cdnasqs.size()];
 269       DBRefEntry[] prods = new DBRefEntry[cdnaprod.size()];
 270       String[] xons = new String[cdnasqs.size()];
 271       cdnasqs.copyInto(xons);
 272       cdnaprod.copyInto(prods);
 273       cdnasqi.copyInto(cdna);
 274       return CdnaTranslate(cdna, xons, prods, viscontigs, gapCharacter,
 275               null, alwidth, dataset);
 276     }
 277     return null;
 278   }
 279
 280   /**
 281    * translate na alignment annotations onto translated amino acid alignment al
 282    * using codon mapping codons
 283    *
 284    * @param annotations
 285    * @param al
 286    * @param codons
 287    */
 288   public static void translateAlignedAnnotations(
 289           AlignmentAnnotation[] annotations, AlignmentI al,
 290           AlignedCodonFrame codons)
 291   {
 292     // //////////////////////////////
 293     // Copy annotations across
 294     //
 295     // Can only do this for columns with consecutive codons, or where
 296     // annotation is sequence associated.
 297
 298     int pos, a, aSize;
 299     if (annotations != null)
 300     {
 301       for (int i = 0; i < annotations.length; i++)
 302       {
 303         // Skip any autogenerated annotation
 304         if (annotations[i].autoCalculated)
 305         {
 306           continue;
 307         }
 308
 309         aSize = codons.getaaWidth(); // aa alignment width.
 310         jalview.datamodel.Annotation[] anots = (annotations[i].annotations == null) ? null
 311                 : new jalview.datamodel.Annotation[aSize];
 312         if (anots != null)
 313         {
 314           for (a = 0; a < aSize; a++)
 315           {
 316             // process through codon map.
 317             if (codons.codons[a] != null
 318                     && codons.codons[a][0] == (codons.codons[a][2] - 2))
 319             {
 320               anots[a] = getCodonAnnotation(codons.codons[a],
 321                       annotations[i].annotations);
 322             }
 323           }
 324         }
 325
 326         jalview.datamodel.AlignmentAnnotation aa = new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation(
 327                 annotations[i].label, annotations[i].description, anots);
 328         aa.graph = annotations[i].graph;
 329         aa.graphGroup = annotations[i].graphGroup;
 330         aa.graphHeight = annotations[i].graphHeight;
 331         if (annotations[i].getThreshold() != null)
 332         {
 333           aa.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine(annotations[i]
 334                   .getThreshold()));
 335         }
 336         if (annotations[i].hasScore)
 337         {
 338           aa.setScore(annotations[i].getScore());
 339         }
 340         if (annotations[i].sequenceRef != null)
 341         {
 342           SequenceI aaSeq = codons
 343                   .getAaForDnaSeq(annotations[i].sequenceRef);
 344           if (aaSeq != null)
 345           {
 346             // aa.compactAnnotationArray(); // throw away alignment annotation
 347             // positioning
 348             aa.setSequenceRef(aaSeq);
 349             aa.createSequenceMapping(aaSeq, aaSeq.getStart(), true); // rebuild
 350             // mapping
 351             aa.adjustForAlignment();
 352             aaSeq.addAlignmentAnnotation(aa);
 353           }
 354
 355         }
 356         al.addAnnotation(aa);
 357       }
 358     }
 359   }
 360
 361   private static Annotation getCodonAnnotation(int[] is,
 362           Annotation[] annotations)
 363   {
 364     // Have a look at all the codon positions for annotation and put the first
 365     // one found into the translated annotation pos.
 366     int contrib = 0;
 367     Annotation annot = null;
 368     for (int p = 0; p < 3; p++)
 369     {
 370       if (annotations[is[p]] != null)
 371       {
 372         if (annot == null)
 373         {
 374           annot = new Annotation(annotations[is[p]]);
 375           contrib = 1;
 376         }
 377         else
 378         {
 379           // merge with last
 380           Annotation cpy = new Annotation(annotations[is[p]]);
 381           if (annot.colour == null)
 382           {
 383             annot.colour = cpy.colour;
 384           }
 385           if (annot.description == null || annot.description.length() == 0)
 386           {
 387             annot.description = cpy.description;
 388           }
 389           if (annot.displayCharacter == null)
 390           {
 391             annot.displayCharacter = cpy.displayCharacter;
 392           }
 393           if (annot.secondaryStructure == 0)
 394           {
 395             annot.secondaryStructure = cpy.secondaryStructure;
 396           }
 397           annot.value += cpy.value;
 398           contrib++;
 399         }
 400       }
 401     }
 402     if (contrib > 1)
 403     {
 404       annot.value /= (float) contrib;
 405     }
 406     return annot;
 407   }
 408
 409   /**
 410    * Translate a na sequence
 411    *
 412    * @param selection
 413    *          sequence displayed under viscontigs visible columns
 414    * @param seqstring
 415    *          ORF read in some global alignment reference frame
 416    * @param viscontigs
 417    *          mapping from global reference frame to visible seqstring ORF read
 418    * @param codons
 419    *          Definition of global ORF alignment reference frame
 420    * @param gapCharacter
 421    * @param newSeq
 422    * @return sequence ready to be added to alignment.
 423    */
 424   public static SequenceI translateCodingRegion(SequenceI selection,
 425           String seqstring, int[] viscontigs, AlignedCodonFrame codons,
 426           char gapCharacter, DBRefEntry product)
 427   {
 428     Vector skip = new Vector();
 429     int skipint[] = null;
 430     ShiftList vismapping = new ShiftList(); // map from viscontigs to seqstring
 431     // intervals
 432     int vc, scontigs[] = new int[viscontigs.length];
 433     int npos = 0;
 434     for (vc = 0; vc < viscontigs.length; vc += 2)
 435     {
 436       if (vc == 0)
 437       {
 438         vismapping.addShift(npos, viscontigs[vc]);
 439       }
 440       else
 441       {
 442         // hidden region
 443         vismapping.addShift(npos, viscontigs[vc] - viscontigs[vc - 1] + 1);
 444       }
 445       scontigs[vc] = viscontigs[vc];
 446       scontigs[vc + 1] = viscontigs[vc + 1];
 447     }
 448
 449     StringBuffer protein = new StringBuffer();
 450     String seq = seqstring.replace('U', 'T');
 451     char codon[] = new char[3];
 452     int cdp[] = new int[3], rf = 0, lastnpos = 0, nend;
 453     int aspos = 0;
 454     int resSize = 0;
 455     for (npos = 0, nend = seq.length(); npos < nend; npos++)
 456     {
 457       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.charAt(npos)))
 458       {
 459         cdp[rf] = npos; // store position
 460         codon[rf++] = seq.charAt(npos); // store base
 461       }
 462       // filled an RF yet ?
 463       if (rf == 3)
 464       {
 465         String aa = ResidueProperties.codonTranslate(new String(codon));
 466         rf = 0;
 467         if (aa == null)
 468         {
 469           aa = String.valueOf(gapCharacter);
 470           if (skipint == null)
 471           {
 472             skipint = new int[]
 473             { cdp[0], cdp[2] };
 474           }
 475           skipint[1] = cdp[2];
 476         }
 477         else
 478         {
 479           if (skipint != null)
 480           {
 481             // edit scontigs
 482             skipint[0] = vismapping.shift(skipint[0]);
 483             skipint[1] = vismapping.shift(skipint[1]);
 484             for (vc = 0; vc < scontigs.length; vc += 2)
 485             {
 486               if (scontigs[vc + 1] < skipint[0])
 487               {
 488                 continue;
 489               }
 490               if (scontigs[vc] <= skipint[0])
 491               {
 492                 if (skipint[0] == scontigs[vc])
 493                 {
 494
 495                 }
 496                 else
 497                 {
 498                   int[] t = new int[scontigs.length + 2];
 499                   System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc - 1);
 500                   // scontigs[vc]; //
 501                 }
 502               }
 503             }
 504             skip.addElement(skipint);
 505             skipint = null;
 506           }
 507           if (aa.equals("STOP"))
 508           {
 509             aa = "X";
 510           }
 511           resSize++;
 512         }
 513         // insert/delete gaps prior to this codon - if necessary
 514         boolean findpos = true;
 515         while (findpos)
 516         {
 517           // first ensure that the codons array is long enough.
 518           codons.checkCodonFrameWidth(aspos);
 519           // now check to see if we place the aa at the current aspos in the
 520           // protein alignment
 521           switch (Dna.compare_codonpos(cdp, codons.codons[aspos]))
 522           {
 523           case -1:
 524             codons.insertAAGap(aspos, gapCharacter);
 525             findpos = false;
 526             break;
 527           case +1:
 528             // this aa appears after the aligned codons at aspos, so prefix it
 529             // with a gap
 530             aa = "" + gapCharacter + aa;
 531             aspos++;
 532             // if (aspos >= codons.aaWidth)
 533             // codons.aaWidth = aspos + 1;
 534             break; // check the next position for alignment
 535           case 0:
 536             // codon aligns at aspos position.
 537             findpos = false;
 538           }
 539         }
 540         // codon aligns with all other sequence residues found at aspos
 541         protein.append(aa);
 542         lastnpos = npos;
 543         if (codons.codons[aspos] == null)
 544         {
 545           // mark this column as aligning to this aligned reading frame
 546           codons.codons[aspos] = new int[]
 547           { cdp[0], cdp[1], cdp[2] };
 548         }
 549         if (aspos >= codons.aaWidth)
 550         {
 551           // update maximum alignment width
 552           // (we can do this without calling checkCodonFrameWidth because it was
 553           // already done above)
 554           codons.setAaWidth(aspos);
 555         }
 556         // ready for next translated reading frame alignment position (if any)
 557         aspos++;
 558       }
 559     }
 560     if (resSize > 0)
 561     {
 562       SequenceI newseq = new Sequence(selection.getName(),
 563               protein.toString());
 564       if (rf != 0)
 565       {
 566         jalview.bin.Cache.log
 567                 .debug("trimming contigs for incomplete terminal codon.");
 568         // map and trim contigs to ORF region
 569         vc = scontigs.length - 1;
 570         lastnpos = vismapping.shift(lastnpos); // place npos in context of
 571         // whole dna alignment (rather
 572         // than visible contigs)
 573         // incomplete ORF could be broken over one or two visible contig
 574         // intervals.
 575         while (vc >= 0 && scontigs[vc] > lastnpos)
 576         {
 577           if (vc > 0 && scontigs[vc - 1] > lastnpos)
 578           {
 579             vc -= 2;
 580           }
 581           else
 582           {
 583             // correct last interval in list.
 584             scontigs[vc] = lastnpos;
 585           }
 586         }
 587
 588         if (vc > 0 && (vc + 1) < scontigs.length)
 589         {
 590           // truncate map list to just vc elements
 591           int t[] = new int[vc + 1];
 592           System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 1);
 593           scontigs = t;
 594         }
 595         if (vc <= 0)
 596           scontigs = null;
 597       }
 598       if (scontigs != null)
 599       {
 600         npos = 0;
 601         // map scontigs to actual sequence positions on selection
 602         for (vc = 0; vc < scontigs.length; vc += 2)
 603         {
 604           scontigs[vc] = selection.findPosition(scontigs[vc]); // not from 1!
 605           scontigs[vc + 1] = selection.findPosition(scontigs[vc + 1]); // exclusive
 606           if (scontigs[vc + 1] == selection.getEnd())
 607             break;
 608         }
 609         // trim trailing empty intervals.
 610         if ((vc + 2) < scontigs.length)
 611         {
 612           int t[] = new int[vc + 2];
 613           System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 2);
 614           scontigs = t;
 615         }
 616         /*
 617          * delete intervals in scontigs which are not translated. 1. map skip
 618          * into sequence position intervals 2. truncate existing ranges and add
 619          * new ranges to exclude untranslated regions. if (skip.size()>0) {
 620          * Vector narange = new Vector(); for (vc=0; vc<scontigs.length; vc++) {
 621          * narange.addElement(new int[] {scontigs[vc]}); } int sint=0,iv[]; vc =
 622          * 0; while (sint<skip.size()) { skipint = (int[]) skip.elementAt(sint);
 623          * do { iv = (int[]) narange.elementAt(vc); if (iv[0]>=skipint[0] &&
 624          * iv[0]<=skipint[1]) { if (iv[0]==skipint[0]) { // delete beginning of
 625          * range } else { // truncate range and create new one if necessary iv =
 626          * (int[]) narange.elementAt(vc+1); if (iv[0]<=skipint[1]) { // truncate
 627          * range iv[0] = skipint[1]; } else { } } } else if (iv[0]<skipint[0]) {
 628          * iv = (int[]) narange.elementAt(vc+1); } } while (iv[0]) } }
 629          */
 630         MapList map = new MapList(scontigs, new int[]
 631         { 1, resSize }, 3, 1);
 632
 633         // update newseq as if it was generated as mapping from product
 634
 635         if (product != null)
 636         {
 637           newseq.setName(product.getSource() + "|"
 638                   + product.getAccessionId());
 639           if (product.getMap() != null)
 640           {
 641             // Mapping mp = product.getMap();
 642             // newseq.setStart(mp.getPosition(scontigs[0]));
 643             // newseq.setEnd(mp
 644             // .getPosition(scontigs[scontigs.length - 1]));
 645           }
 646         }
 647         transferCodedFeatures(selection, newseq, map, null, null);
 648         SequenceI rseq = newseq.deriveSequence(); // construct a dataset
 649         // sequence for our new
 650         // peptide, regardless.
 651         // store a mapping (this actually stores a mapping between the dataset
 652         // sequences for the two sequences
 653         codons.addMap(selection, rseq, map);
 654         return rseq;
 655       }
 656     }
 657     // register the mapping somehow
 658     //
 659     return null;
 660   }
 661
 662   /**
 663    * Given a peptide newly translated from a dna sequence, copy over and set any
 664    * features on the peptide from the DNA. If featureTypes is null, all features
 665    * on the dna sequence are searched (rather than just the displayed ones), and
 666    * similarly for featureGroups.
 667    *
 668    * @param dna
 669    * @param pep
 670    * @param map
 671    * @param featureTypes
 672    *          hash who's keys are the displayed feature type strings
 673    * @param featureGroups
 674    *          hash where keys are feature groups and values are Boolean objects
 675    *          indicating if they are displayed.
 676    */
 677   private static void transferCodedFeatures(SequenceI dna, SequenceI pep,
 678           MapList map, Hashtable featureTypes, Hashtable featureGroups)
 679   {
 680     SequenceFeature[] sf = dna.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();
 681     Boolean fgstate;
 682     jalview.datamodel.DBRefEntry[] dnarefs = jalview.util.DBRefUtils
 683             .selectRefs(dna.getDBRef(),
 684                     jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 685     if (dnarefs != null)
 686     {
 687       // intersect with pep
 688       for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 689       {
 690         Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 691         if (mp != null)
 692         {
 693         }
 694       }
 695     }
 696     if (sf != null)
 697     {
 698       for (int f = 0; f < sf.length; f++)
 699       {
 700         fgstate = (featureGroups == null) ? null : ((Boolean) featureGroups
 701                 .get(sf[f].featureGroup));
 702         if ((featureTypes == null || featureTypes.containsKey(sf[f]
 703                 .getType())) && (fgstate == null || fgstate.booleanValue()))
 704         {
 705           if (FeatureProperties.isCodingFeature(null, sf[f].getType()))
 706           {
 707             // if (map.intersectsFrom(sf[f].begin, sf[f].end))
 708             {
 709
 710             }
 711           }
 712         }
 713       }
 714     }
 715   }
 716 }