src/jalview/analysis/scoremodels/PIDScoreModel.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentView;
   5 import jalview.util.Comparison;
   6
   7 public class PIDScoreModel implements ScoreModelI
   8 {
   9
  10   @Override
  11   public float[][] findDistances(AlignmentView seqData)
  12   {
  13     String[] sequenceString = seqData
  14             .getSequenceStrings(Comparison.GapChars.charAt(0));
  15     int noseqs = sequenceString.length;
  16     float[][] distance = new float[noseqs][noseqs];
  17     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  18     {
  19       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  20       {
  21         if (j == i)
  22         {
  23           distance[i][i] = 0;
  24         }
  25         else
  26         {
  27           distance[i][j] = 100 - Comparison.PID(sequenceString[i],
  28                   sequenceString[j]);
  29
  30           distance[j][i] = distance[i][j];
  31         }
  32       }
  33     }
  34     return distance;
  35   }
  36
  37   @Override
  38   public String getName()
  39   {
  40     return "PID";
  41   }
  42
  43   @Override
  44   public boolean isDNA()
  45   {
  46     return true;
  47   }
  48
  49   @Override
  50   public boolean isProtein()
  51   {
  52     return true;
  53   }
  54
  55 }