src/jalview/analysis/scoremodels/SmithWatermanModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis.scoremodels;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.math.Matrix;
  28 import jalview.math.MatrixI;
  29 import jalview.util.Comparison;
  30
  31 /**
  32  * A class that computes pairwise similarity scores using the Smith-Waterman
  33  * alignment algorithm
  34  */
  35 public class SmithWatermanModel extends SimilarityScoreModel
  36 {
  37   private static final String NAME = "Smith Waterman Score";
  38
  39   private String description;
  40
  41   /**
  42    * Constructor
  43    */
  44   public SmithWatermanModel()
  45   {
  46   }
  47
  48   @Override
  49   public MatrixI findSimilarities(AlignmentView seqData,
  50           SimilarityParamsI options)
  51   {
  52     SequenceI[] sequenceString = seqData.getVisibleAlignment(
  53             Comparison.GAP_SPACE).getSequencesArray();
  54     int noseqs = sequenceString.length;
  55     double[][] distances = new double[noseqs][noseqs];
  56
  57     double max = -1;
  58
  59     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  60     {
  61       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  62       {
  63         AlignSeq as = new AlignSeq(sequenceString[i], sequenceString[j],
  64                 seqData.isNa() ? "dna" : "pep");
  65         as.calcScoreMatrix();
  66         as.traceAlignment();
  67         as.printAlignment(System.out);
  68         distances[i][j] = as.maxscore;
  69
  70         if (max < distances[i][j])
  71         {
  72           max = distances[i][j];
  73         }
  74       }
  75     }
  76
  77     return new Matrix(distances);
  78   }
  79
  80   @Override
  81   public String getName()
  82   {
  83     return NAME;
  84   }
  85
  86   @Override
  87   public boolean isDNA()
  88   {
  89     return true;
  90   }
  91
  92   @Override
  93   public boolean isProtein()
  94   {
  95     return true;
  96   }
  97
  98   @Override
  99   public String getDescription()
 100   {
 101     return description;
 102   }
 103 }