src/jalview/api/FeatureSettingsModelI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.api;
  22
  23 import java.util.Comparator;
  24
  25 /**
  26  * An interface that describes the settings configurable in the Feature Settings
  27  * dialog.
  28  *
  29  * @author gmcarstairs
  30  */
  31 public interface FeatureSettingsModelI extends Comparator<String>
  32 {
  33
  34   // note Java 8 will allow default implementations of these methods in the
  35   // interface, simplifying instantiating classes
  36
  37   /**
  38    * Answers true if the specified feature type is displayed
  39    *
  40    * @param type
  41    * @return
  42    */
  43   boolean isFeatureDisplayed(String type);
  44
  45   /**
  46    * Answers true if the specified feature group is displayed
  47    *
  48    * @param group
  49    * @return
  50    */
  51   boolean isGroupDisplayed(String group);
  52
  53   /**
  54    * Returns the colour (or graduated colour) for the feature type, or null if
  55    * not known
  56    *
  57    * @param type
  58    * @return
  59    */
  60   FeatureColourI getFeatureColour(String type);
  61
  62   /**
  63    * Returns the transparency value, from 0 (fully transparent) to 1 (fully
  64    * opaque)
  65    *
  66    * @return
  67    */
  68   float getTransparency();
  69
  70   /**
  71    * Returns -1 if feature1 'precedes' (is displayed on top of) feature 2, +1 if
  72    * feature2 is on top of feature1, or 0 if we don't care
  73    *
  74    * @param feature1
  75    * @param feature2
  76    * @return
  77    */
  78   @Override
  79   int compare(String feature1, String feature2);
  80
  81   /**
  82    * Answers true if features should be initially sorted so that features with a
  83    * shorter average length are displayed on top of those with a longer average
  84    * length
  85    *
  86    * @return
  87    */
  88   boolean optimiseOrder();
  89
  90 }