src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  28 import jalview.commands.EditCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  36 import jalview.datamodel.SequenceI;
  37 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  38 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  39 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  40 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  41 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  42 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  43 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  44 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  45 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  46 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  47 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  48 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  49 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  50 import jalview.util.MessageManager;
  51 import jalview.util.UrlLink;
  52
  53 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  54 import java.awt.Frame;
  55 import java.awt.Menu;
  56 import java.awt.MenuItem;
  57 import java.awt.event.ActionEvent;
  58 import java.awt.event.ActionListener;
  59 import java.awt.event.ItemEvent;
  60 import java.awt.event.ItemListener;
  61 import java.util.Arrays;
  62 import java.util.Collections;
  63 import java.util.LinkedHashMap;
  64 import java.util.List;
  65 import java.util.Map;
  66 import java.util.TreeMap;
  67 import java.util.Vector;
  68
  69 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  70         ActionListener, ItemListener
  71 {
  72   Menu groupMenu = new Menu();
  73
  74   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  75
  76   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  77
  78   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  79
  80   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  81
  82   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  83
  84   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  85
  86   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  87
  88   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  89
  90   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  91
  92   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  93
  94   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  95
  96   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  97
  98   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  99
 100   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
 101
 102   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
 103
 104   final AlignmentPanel ap;
 105
 106   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
 107
 108   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
 109
 110   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
 111
 112   Menu colourMenu = new Menu();
 113
 114   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
 115
 116   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
 117
 118   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
 119
 120   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
 121
 122   Menu seqShowAnnotationsMenu = new Menu(
 123           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 124
 125   Menu seqHideAnnotationsMenu = new Menu(
 126           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 127
 128   MenuItem seqAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 129           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 130
 131   Menu groupShowAnnotationsMenu = new Menu(
 132           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 133
 134   Menu groupHideAnnotationsMenu = new Menu(
 135           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 136
 137   MenuItem groupAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 138           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 139
 140   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
 141
 142   MenuItem copy = new MenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
 143
 144   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
 145
 146   MenuItem toUpper = new MenuItem(
 147           MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
 148
 149   MenuItem toLower = new MenuItem(
 150           MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
 151
 152   MenuItem toggleCase = new MenuItem(
 153           MessageManager.getString("label.toggle_case"));
 154
 155   Menu outputmenu = new Menu();
 156
 157   Menu seqMenu = new Menu();
 158
 159   MenuItem pdb = new MenuItem();
 160
 161   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 162
 163   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 164
 165   MenuItem sequenceName = new MenuItem(
 166           MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 167
 168   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(
 169           MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 170
 171   MenuItem editSequence = new MenuItem(
 172           MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 173
 174   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(
 175           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 176
 177   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(
 178           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 179
 180   MenuItem makeReferenceSeq = new MenuItem();
 181
 182   SequenceI seq;
 183
 184   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 185
 186   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 187
 188   /**
 189    * index of sequence to be revealed
 190    */
 191   int revealSeq_index = -1;
 192
 193   Menu menu1 = new Menu();
 194
 195   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final SequenceI seq,
 196           Vector<String> links)
 197   {
 198     // /////////////////////////////////////////////////////////
 199     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 200     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 201     //
 202     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 203     // ////////////////////////////////////////////////////////
 204
 205     this.ap = apanel;
 206     this.seq = seq;
 207
 208     try
 209     {
 210       jbInit();
 211     } catch (Exception e)
 212     {
 213       e.printStackTrace();
 214     }
 215
 216     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 217     {
 218       MenuItem item = new MenuItem(
 219               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 220
 221       item.addActionListener(this);
 222       outputmenu.add(item);
 223     }
 224
 225     buildAnnotationSubmenus();
 226
 227     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 228     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 229     {
 230       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 231               "label.name_param", new Object[] { sg.getName() }));
 232       showText.setState(sg.getDisplayText());
 233       showColourText.setState(sg.getColourText());
 234       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 235       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 236       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 237       {
 238         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 239         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 240       }
 241       else
 242       {
 243         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 244         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 245       }
 246
 247     }
 248     else
 249     {
 250       remove(hideSeqs);
 251       remove(groupMenu);
 252     }
 253
 254     if (links != null && links.size() > 0)
 255     {
 256       Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 257       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 258       {
 259         String link = links.elementAt(i);
 260         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 261         if (!urlLink.isValid())
 262         {
 263           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 264           continue;
 265         }
 266         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 267         // link.indexOf("|"));
 268         final String label = urlLink.getLabel();
 269         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 270         {
 271
 272           // collect matching db-refs
 273           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 274                   seq.getDBRefs(), new String[] { target });
 275           // collect id string too
 276           String id = seq.getName();
 277           String descr = seq.getDescription();
 278           if (descr != null && descr.length() < 1)
 279           {
 280             descr = null;
 281           }
 282           if (dbr != null)
 283           {
 284             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 285             {
 286               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 287               {
 288                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 289                 // string with this link
 290                 id = null;
 291               }
 292               // create Bare ID link for this RUL
 293               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 294                       true);
 295               if (urls != null)
 296               {
 297                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 298                 {
 299                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 300                 }
 301               }
 302             }
 303           }
 304           if (id != null)
 305           {
 306             // create Bare ID link for this RUL
 307             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 308             if (urls != null)
 309             {
 310               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 311               {
 312                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 313               }
 314             }
 315             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 316           }
 317           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 318           // URL links
 319           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 320           {
 321             // create link for this URL from description only if regex matches
 322             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 323             if (urls != null)
 324             {
 325               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 326               {
 327                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 328               }
 329             }
 330           }
 331         }
 332         else
 333         {
 334           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 335         }
 336         /*
 337          * final String url;
 338          *
 339          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 340          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 341          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 342          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 343          *
 344          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 345          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 346          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 347          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 348          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 349          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 350          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 351          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 352          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 353          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 354          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 355          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 356          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 357          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 358          */
 359       }
 360       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 361       {
 362         if (seq != null)
 363         {
 364           seqMenu.add(linkMenu);
 365         }
 366         else
 367         {
 368           add(linkMenu);
 369         }
 370       }
 371     }
 372     // TODO: add group link menu entry here
 373     if (seq != null)
 374     {
 375       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 376       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 377       {
 378         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 379                 .getString("action.unmark_as_reference"));// Unmark
 380                                                           // representative");
 381       }
 382       else
 383       {
 384         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 385                 .getString("action.set_as_reference")); // );
 386       }
 387       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 388               "label.represent_group_with", new Object[] { seq.getName() }));
 389     }
 390     else
 391     {
 392       remove(seqMenu);
 393     }
 394
 395     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 396     {
 397       remove(revealAll);
 398       remove(revealSeq);
 399     }
 400     else
 401     {
 402       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 403
 404       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 405               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 406       {
 407         revealSeq_index = index;
 408       }
 409       else
 410       {
 411         remove(revealSeq);
 412       }
 413     }
 414   }
 415
 416   /**
 417    * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 418    * 'reference annotations' that may be added to the alignment.
 419    */
 420   private void buildAnnotationSubmenus()
 421   {
 422     /*
 423      * First for the currently selected sequence (if there is one):
 424      */
 425     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null ? Collections
 426             .<SequenceI> emptyList() : Arrays.asList(seq));
 427     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 428             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 429     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 430             selectedSequence);
 431
 432     /*
 433      * and repeat for the current selection group (if there is one):
 434      */
 435     final List<SequenceI> selectedGroup = (ap.av.getSelectionGroup() == null ? Collections
 436             .<SequenceI> emptyList() : ap.av.getSelectionGroup()
 437             .getSequences());
 438     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 439             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 440     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 441             selectedGroup);
 442   }
 443
 444   /**
 445    * Determine whether or not to enable 'add reference annotations' menu item.
 446    * It is enable if there are any annotations, on any of the selected
 447    * sequences, which are not yet on the alignment (visible or not).
 448    *
 449    * @param menu
 450    * @param forSequences
 451    */
 452   private void configureReferenceAnnotationsMenu(MenuItem menuItem,
 453           List<SequenceI> forSequences)
 454   {
 455     menuItem.setEnabled(false);
 456
 457     /*
 458      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
 459      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
 460      */
 461     Map<String, String> tipEntries = new TreeMap<String, String>();
 462     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>>();
 463     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
 464     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences,
 465             tipEntries, candidates, al);
 466     if (!candidates.isEmpty())
 467     {
 468       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
 469       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
 470
 471       /*
 472        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
 473        * configure its action.
 474        */
 475       menuItem.setEnabled(true);
 476
 477       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 478       {
 479         @Override
 480         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 481         {
 482           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
 483         }
 484       });
 485     }
 486   }
 487
 488   /**
 489    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
 490    *
 491    * @param candidates
 492    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
 493    *          of annotations to add to each sequence
 494    */
 495   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
 496           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
 497   {
 498     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
 499     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
 500     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
 501             selectionGroup);
 502     refresh();
 503   }
 504
 505   /**
 506    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 507    *
 508    * @param linkMenu
 509    * @param target
 510    *          - menu label string
 511    * @param url
 512    *          - url to open
 513    */
 514   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 515           final String url)
 516   {
 517     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 518   }
 519
 520   /**
 521    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 522    *
 523    * @param linkMenu
 524    * @param target
 525    *          - URL target window
 526    * @param label
 527    *          - menu label string
 528    * @param url
 529    *          - url to open
 530    */
 531   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 532           final String label, final String url)
 533   {
 534     MenuItem item = new MenuItem(label);
 535     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 536     {
 537       @Override
 538       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 539       {
 540         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 541       }
 542     });
 543     linkMenu.add(item);
 544   }
 545
 546   @Override
 547   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 548   {
 549     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 550     {
 551       abovePIDColour_itemStateChanged();
 552     }
 553     else if (evt.getSource() == showColourText)
 554     {
 555       showColourText_itemStateChanged();
 556     }
 557     else if (evt.getSource() == showText)
 558     {
 559       showText_itemStateChanged();
 560     }
 561     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 562     {
 563       showBoxes_itemStateChanged();
 564     }
 565     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 566     {
 567       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 568     }
 569   }
 570
 571   @Override
 572   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 573   {
 574     Object source = evt.getSource();
 575     if (source == clustalColour)
 576     {
 577       clustalColour_actionPerformed();
 578     }
 579     else if (source == zappoColour)
 580     {
 581       zappoColour_actionPerformed();
 582     }
 583     else if (source == taylorColour)
 584     {
 585       taylorColour_actionPerformed();
 586     }
 587     else if (source == hydrophobicityColour)
 588     {
 589       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 590     }
 591     else if (source == helixColour)
 592     {
 593       helixColour_actionPerformed();
 594     }
 595     else if (source == strandColour)
 596     {
 597       strandColour_actionPerformed();
 598     }
 599     else if (source == turnColour)
 600     {
 601       turnColour_actionPerformed();
 602     }
 603     else if (source == buriedColour)
 604     {
 605       buriedColour_actionPerformed();
 606     }
 607     else if (source == nucleotideMenuItem)
 608     {
 609       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 610     }
 611
 612     else if (source == userDefinedColour)
 613     {
 614       userDefinedColour_actionPerformed();
 615     }
 616     else if (source == PIDColour)
 617     {
 618       PIDColour_actionPerformed();
 619     }
 620     else if (source == BLOSUM62Colour)
 621     {
 622       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 623     }
 624     else if (source == noColourmenuItem)
 625     {
 626       noColourmenuItem_actionPerformed();
 627     }
 628     else if (source == conservationMenuItem)
 629     {
 630       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 631     }
 632     else if (source == unGroupMenuItem)
 633     {
 634       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 635     }
 636
 637     else if (source == createGroupMenuItem)
 638     {
 639       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 640     }
 641
 642     else if (source == sequenceName)
 643     {
 644       editName();
 645     }
 646     else if (source == makeReferenceSeq)
 647     {
 648       makeReferenceSeq_actionPerformed();
 649     }
 650     else if (source == sequenceDetails)
 651     {
 652       showSequenceDetails();
 653     }
 654     else if (source == selSeqDetails)
 655     {
 656       showSequenceSelectionDetails();
 657     }
 658     else if (source == pdb)
 659     {
 660       addPDB();
 661     }
 662     else if (source == hideSeqs)
 663     {
 664       hideSequences(false);
 665     }
 666     else if (source == repGroup)
 667     {
 668       hideSequences(true);
 669     }
 670     else if (source == revealSeq)
 671     {
 672       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 673     }
 674     else if (source == revealAll)
 675     {
 676       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 677     }
 678
 679     else if (source == editGroupName)
 680     {
 681       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 682               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 683               "Group Description", ap.alignFrame,
 684               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 685
 686       if (dialog.accept)
 687       {
 688         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 689         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 690       }
 691
 692     }
 693     else if (source == copy)
 694     {
 695       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 696     }
 697     else if (source == cut)
 698     {
 699       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 700     }
 701     else if (source == editSequence)
 702     {
 703       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 704
 705       if (sg != null)
 706       {
 707         if (seq == null)
 708         {
 709           seq = sg.getSequenceAt(0);
 710         }
 711
 712         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 713                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 714                 "Edit Sequence ", null,
 715
 716                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 717
 718         if (dialog.accept)
 719         {
 720           EditCommand editCommand = new EditCommand(
 721                   MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
 722                   Action.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 723                           ap.av.getGapCharacter()),
 724                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 725                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 726                   ap.av.getAlignment());
 727
 728           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 729
 730           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 731                   .getSequences());
 732         }
 733       }
 734     }
 735     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 736     {
 737       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 738       if (sg != null)
 739       {
 740         List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 741                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 742
 743         String description;
 744         int caseChange;
 745
 746         if (source == toggleCase)
 747         {
 748           description = "Toggle Case";
 749           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 750         }
 751         else if (source == toUpper)
 752         {
 753           description = "To Upper Case";
 754           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 755         }
 756         else
 757         {
 758           description = "To Lower Case";
 759           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 760         }
 761
 762         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 763                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 764                 startEnd, caseChange);
 765
 766         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 767
 768         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 769                 .getSequences());
 770
 771       }
 772     }
 773     else if (source == sequenceFeature)
 774     {
 775       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 776       if (sg == null)
 777       {
 778         return;
 779       }
 780
 781       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 782       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 783       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 784
 785       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 786       {
 787         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 788         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 789         if (start <= end)
 790         {
 791           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 792           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 793                   end, "Jalview");
 794           rsize++;
 795         }
 796       }
 797       rseqs = new SequenceI[rsize];
 798       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 799       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 800       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 801       features = tfeatures;
 802       seqs = rseqs;
 803
 804       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 805               features, true, ap))
 806       {
 807         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 808         ap.av.setShowSequenceFeatures(true);
 809         ;
 810         ap.highlightSearchResults(null);
 811       }
 812     }
 813     else
 814     {
 815       outputText(evt);
 816     }
 817
 818   }
 819
 820   void outputText(ActionEvent e)
 821   {
 822     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 823
 824     Frame frame = new Frame();
 825     frame.add(cap);
 826     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 827             "label.selection_output_command",
 828             new Object[] { e.getActionCommand() }), 600, 500);
 829     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 830     // now returns a full copy of sequence data
 831     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 832
 833     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 834             e.getActionCommand(), ap.av.getShowJVSuffix(), ap, true));
 835
 836   }
 837
 838   protected void showSequenceSelectionDetails()
 839   {
 840     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 841   }
 842
 843   protected void showSequenceDetails()
 844   {
 845     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { seq });
 846   }
 847
 848   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 849   {
 850
 851     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 852
 853     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 854     for (SequenceI seq : sequences)
 855     {
 856       contents.append(MessageManager.formatMessage(
 857               "label.annotation_for_displayid",
 858               new Object[] { seq.getDisplayId(true) }));
 859       new SequenceAnnotationReport(null).createSequenceAnnotationReport(
 860               contents,
 861               seq,
 862               true,
 863               true,
 864               false,
 865               (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr
 866                       .getMinMax() : null);
 867       contents.append("</p>");
 868     }
 869     Frame frame = new Frame();
 870     frame.add(cap);
 871     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 872             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 873                     : "Selection"), 600, 500);
 874     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content",
 875             new Object[] { contents.toString() }));
 876   }
 877
 878   void editName()
 879   {
 880     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 881             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 882             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 883             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 884
 885     if (dialog.accept)
 886     {
 887       seq.setName(dialog.getName());
 888       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 889       ap.paintAlignment(false);
 890     }
 891   }
 892
 893   void addPDB()
 894   {
 895     Vector<PDBEntry> pdbs = seq.getAllPDBEntries();
 896     if (pdbs != null&& !pdbs.isEmpty())
 897     {
 898       PDBEntry entry = pdbs.firstElement();
 899
 900       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 901       {
 902         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new SequenceI[] { seq },
 903                 null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 904       }
 905       else
 906       {
 907         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new SequenceI[] { seq }, null,
 908                 ap, AppletFormatAdapter.URL);
 909       }
 910
 911     }
 912     else
 913     {
 914       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 915       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 916       cap.setPDBImport(seq);
 917       Frame frame = new Frame();
 918       frame.add(cap);
 919       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 920               "label.paste_pdb_file_for_sequence",
 921               new Object[] { seq.getName() }), 400, 300);
 922     }
 923   }
 924
 925   private void jbInit() throws Exception
 926   {
 927     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 928     sequenceFeature.addActionListener(this);
 929
 930     editGroupName.addActionListener(this);
 931     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 932             .getString("action.remove_group"));
 933     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 934
 935     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 936             .getString("action.create_group"));
 937     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 938
 939     nucleotideMenuItem.setLabel(MessageManager
 940             .getString("label.nucleotide"));
 941     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 942     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 943     abovePIDColour.addItemListener(this);
 944     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 945     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));
 946     showBoxes.setState(true);
 947     showBoxes.addItemListener(this);
 948     sequenceName.addActionListener(this);
 949     sequenceDetails.addActionListener(this);
 950     selSeqDetails.addActionListener(this);
 951     displayNonconserved.setLabel(MessageManager
 952             .getString("label.show_non_conversed"));
 953     displayNonconserved.setState(false);
 954     displayNonconserved.addItemListener(this);
 955     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));
 956     showText.addItemListener(this);
 957     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 958     showColourText.addItemListener(this);
 959     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 960     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 961     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 962     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 963     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 964             "label.represent_group_with", new Object[] { "" }));
 965     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 966     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 967     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group:"));
 968     add(groupMenu);
 969     this.add(seqMenu);
 970     this.add(hideSeqs);
 971     this.add(revealSeq);
 972     this.add(revealAll);
 973     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 974     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
 975     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
 976     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
 977     groupMenu.add(editMenu);
 978     groupMenu.add(outputmenu);
 979     groupMenu.add(sequenceFeature);
 980     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 981     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 982     groupMenu.add(menu1);
 983
 984     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 985     colourMenu.add(clustalColour);
 986     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 987     colourMenu.add(PIDColour);
 988     colourMenu.add(zappoColour);
 989     colourMenu.add(taylorColour);
 990     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 991     colourMenu.add(helixColour);
 992     colourMenu.add(strandColour);
 993     colourMenu.add(turnColour);
 994     colourMenu.add(buriedColour);
 995     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 996     colourMenu.add(userDefinedColour);
 997     colourMenu.addSeparator();
 998     colourMenu.add(abovePIDColour);
 999     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1000
1001     noColourmenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));
1002     noColourmenuItem.addActionListener(this);
1003
1004     clustalColour.setLabel(MessageManager
1005             .getString("label.clustalx_colours"));
1006     clustalColour.addActionListener(this);
1007     zappoColour.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));
1008     zappoColour.addActionListener(this);
1009     taylorColour.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));
1010     taylorColour.addActionListener(this);
1011     hydrophobicityColour.setLabel(MessageManager
1012             .getString("label.hydrophobicity"));
1013     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
1014     helixColour
1015             .setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
1016     helixColour.addActionListener(this);
1017     strandColour.setLabel(MessageManager
1018             .getString("label.strand_propensity"));
1019     strandColour.addActionListener(this);
1020     turnColour.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
1021     turnColour.addActionListener(this);
1022     buriedColour.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));
1023     buriedColour.addActionListener(this);
1024     abovePIDColour.setLabel(MessageManager
1025             .getString("label.above_identity_percentage"));
1026
1027     userDefinedColour.setLabel(MessageManager
1028             .getString("action.user_defined"));
1029     userDefinedColour.addActionListener(this);
1030     PIDColour.setLabel(MessageManager
1031             .getString("label.percentage_identity"));
1032     PIDColour.addActionListener(this);
1033     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
1034     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
1035     conservationMenuItem.setLabel(MessageManager
1036             .getString("label.conservation"));
1037
1038     editMenu.add(copy);
1039     copy.addActionListener(this);
1040     editMenu.add(cut);
1041     cut.addActionListener(this);
1042
1043     editMenu.add(editSequence);
1044     editSequence.addActionListener(this);
1045
1046     editMenu.add(toUpper);
1047     toUpper.addActionListener(this);
1048     editMenu.add(toLower);
1049     toLower.addActionListener(this);
1050     editMenu.add(toggleCase);
1051     seqMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1052     seqMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1053     seqMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1054     seqMenu.add(sequenceName);
1055     seqMenu.add(makeReferenceSeq);
1056     // seqMenu.add(sequenceDetails);
1057
1058     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
1059     {
1060       seqMenu.add(pdb);
1061     }
1062     seqMenu.add(repGroup);
1063     menu1.add(editGroupName);
1064     menu1.add(colourMenu);
1065     menu1.add(showBoxes);
1066     menu1.add(showText);
1067     menu1.add(showColourText);
1068     menu1.add(displayNonconserved);
1069     toggleCase.addActionListener(this);
1070     pdb.addActionListener(this);
1071     hideSeqs.addActionListener(this);
1072     repGroup.addActionListener(this);
1073     revealAll.addActionListener(this);
1074     revealSeq.addActionListener(this);
1075     makeReferenceSeq.addActionListener(this);
1076   }
1077
1078   void refresh()
1079   {
1080     ap.paintAlignment(true);
1081   }
1082
1083   protected void clustalColour_actionPerformed()
1084   {
1085     SequenceGroup sg = getGroup();
1086     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
1087     refresh();
1088   }
1089
1090   protected void zappoColour_actionPerformed()
1091   {
1092     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
1093     refresh();
1094   }
1095
1096   protected void taylorColour_actionPerformed()
1097   {
1098     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
1099     refresh();
1100   }
1101
1102   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1103   {
1104     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
1105     refresh();
1106   }
1107
1108   protected void helixColour_actionPerformed()
1109   {
1110     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
1111     refresh();
1112   }
1113
1114   protected void strandColour_actionPerformed()
1115   {
1116     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
1117     refresh();
1118   }
1119
1120   protected void turnColour_actionPerformed()
1121   {
1122     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
1123     refresh();
1124   }
1125
1126   protected void buriedColour_actionPerformed()
1127   {
1128     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
1129     refresh();
1130   }
1131
1132   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1133   {
1134     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
1135     refresh();
1136   }
1137
1138   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
1139   {
1140     SequenceGroup sg = getGroup();
1141     if (sg.cs == null)
1142     {
1143       return;
1144     }
1145
1146     if (abovePIDColour.getState())
1147     {
1148       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1149               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1150       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1151               .getName());
1152
1153       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1154
1155       SliderPanel.showPIDSlider();
1156
1157     }
1158     else
1159     // remove PIDColouring
1160     {
1161       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1162     }
1163
1164     refresh();
1165
1166   }
1167
1168   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
1169   {
1170     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
1171   }
1172
1173   protected void PIDColour_actionPerformed()
1174   {
1175     SequenceGroup sg = getGroup();
1176     sg.cs = new PIDColourScheme();
1177     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1178             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1179     refresh();
1180   }
1181
1182   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1183   {
1184     SequenceGroup sg = getGroup();
1185
1186     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
1187
1188     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1189             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1190
1191     refresh();
1192   }
1193
1194   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1195   {
1196     getGroup().cs = null;
1197     refresh();
1198   }
1199
1200   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1201   {
1202     SequenceGroup sg = getGroup();
1203     if (sg.cs == null)
1204     {
1205       return;
1206     }
1207
1208     if (conservationMenuItem.getState())
1209     {
1210
1211       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group", 3,
1212               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0, ap.av
1213                       .getAlignment().getWidth(), false, ap.av
1214                       .getConsPercGaps(), false));
1215       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1216       SliderPanel.showConservationSlider();
1217     }
1218     else
1219     // remove ConservationColouring
1220     {
1221       sg.cs.setConservation(null);
1222     }
1223
1224     refresh();
1225   }
1226
1227   SequenceGroup getGroup()
1228   {
1229     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1230
1231     // this method won't add a new group if it already exists
1232     if (sg != null)
1233     {
1234       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1235     }
1236
1237     return sg;
1238   }
1239
1240   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1241   {
1242     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1243     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1244     ap.av.setSelectionGroup(null);
1245     ap.paintAlignment(true);
1246   }
1247
1248   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1249   {
1250     getGroup(); // implicitly create group
1251     refresh();
1252   }
1253
1254   public void showColourText_itemStateChanged()
1255   {
1256     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1257     refresh();
1258   }
1259
1260   public void showText_itemStateChanged()
1261   {
1262     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1263     refresh();
1264   }
1265
1266   public void makeReferenceSeq_actionPerformed()
1267   {
1268     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1269     {
1270       // initialise the display flags so the user sees something happen
1271       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1272       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1273       ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1274     }
1275     else
1276     {
1277       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == seq)
1278       {
1279         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1280       }
1281       else
1282       {
1283         ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1284       }
1285     }
1286     refresh();
1287   }
1288
1289   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1290   {
1291     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1292     refresh();
1293   }
1294
1295   public void showBoxes_itemStateChanged()
1296   {
1297     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1298     refresh();
1299   }
1300
1301   void hideSequences(boolean representGroup)
1302   {
1303     ap.av.hideSequences(seq, representGroup);
1304   }
1305
1306   /**
1307    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
1308    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
1309    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
1310    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
1311    * <p>
1312    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
1313    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
1314    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
1315    * composite type name, e.g.
1316    * <p>
1317    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
1318    *
1319    * @param seq
1320    */
1321   protected void buildAnnotationTypesMenus(Menu showMenu, Menu hideMenu,
1322           List<SequenceI> forSequences)
1323   {
1324     showMenu.removeAll();
1325     hideMenu.removeAll();
1326
1327     final List<String> all = Arrays.asList(new String[] { MessageManager
1328             .getString("label.all") });
1329     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true, true);
1330     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
1331             false);
1332     showMenu.addSeparator();
1333     hideMenu.addSeparator();
1334
1335     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
1336             .getAlignmentAnnotation();
1337
1338     /*
1339      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1340      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1341      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1342      * alignment.
1343      */
1344     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1345     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1346     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
1347             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
1348
1349     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1350     {
1351       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1352       {
1353         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
1354                 false, true);
1355       }
1356     }
1357     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1358     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1359
1360     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1361     {
1362       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1363       {
1364         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
1365                 false, false);
1366       }
1367     }
1368     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1369     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1370   }
1371
1372   /**
1373    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1374    * menus.
1375    *
1376    * @param showOrHideMenu
1377    *          the menu to add to
1378    * @param forSequences
1379    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1380    * @param calcId
1381    * @param types
1382    *          the label to add
1383    * @param allTypes
1384    *          if true this is a special label meaning 'All'
1385    * @param actionIsShow
1386    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1387    *          type, else hide
1388    */
1389   protected void addAnnotationTypeToShowHide(Menu showOrHideMenu,
1390           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1391           final List<String> types, final boolean allTypes,
1392           final boolean actionIsShow)
1393   {
1394     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1395     label = label.substring(1, label.length() - 1);
1396     final MenuItem item = new MenuItem(label);
1397     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1398     {
1399       @Override
1400       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1401       {
1402         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
1403                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
1404         refresh();
1405       }
1406     });
1407     showOrHideMenu.add(item);
1408   }
1409
1410 }