src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.analysis.*;
  26 import jalview.commands.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.schemes.*;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30 import jalview.util.UrlLink;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  33
  34 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  35         ActionListener, ItemListener
  36 {
  37   Menu groupMenu = new Menu();
  38
  39   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  40
  41   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  42
  43   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  44
  45   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  46
  47   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  48
  49   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  50
  51   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  52
  53   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  54
  55   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  56
  57   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  58
  59   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  60
  61   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  62
  63   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  64
  65   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  66
  67   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  68
  69   final AlignmentPanel ap;
  70
  71   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  72
  73   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
  74
  75   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  76
  77   Menu colourMenu = new Menu();
  78
  79   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  80
  81   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  82
  83   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  84
  85   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  86
  87   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
  88
  89   MenuItem copy = new MenuItem(MessageManager.getString("label.jalview_copy"));
  90
  91   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("label.jalview_cut"));
  92
  93   MenuItem toUpper = new MenuItem(MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
  94
  95   MenuItem toLower = new MenuItem(MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
  96
  97   MenuItem toggleCase = new MenuItem(MessageManager.getString("label.toggle_case"));
  98
  99   Menu outputmenu = new Menu();
 100
 101   Menu seqMenu = new Menu();
 102
 103   MenuItem pdb = new MenuItem();
 104
 105   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 106
 107   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 108
 109   MenuItem sequenceName = new MenuItem(MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 110
 111   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 112
 113   MenuItem editSequence = new MenuItem(MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 114
 115   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
 116
 117   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
 118
 119   Sequence seq;
 120
 121   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 122
 123   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 124
 125   /**
 126    * index of sequence to be revealed
 127    */
 128   int revealSeq_index = -1;
 129
 130   Menu menu1 = new Menu();
 131
 132   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 133   {
 134     // /////////////////////////////////////////////////////////
 135     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 136     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 137     //
 138     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 139     // ////////////////////////////////////////////////////////
 140
 141     this.ap = apanel;
 142     this.seq = seq;
 143
 144     try
 145     {
 146       jbInit();
 147     } catch (Exception e)
 148     {
 149       e.printStackTrace();
 150     }
 151
 152     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 153     {
 154       MenuItem item = new MenuItem(
 155               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 156
 157       item.addActionListener(this);
 158       outputmenu.add(item);
 159     }
 160
 161     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 162
 163     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 164     {
 165       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage("label.name_param", new String[]{sg.getName()}));
 166       showText.setState(sg.getDisplayText());
 167       showColourText.setState(sg.getColourText());
 168       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 169       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 170       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 171       {
 172         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 173         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 174       } else {
 175         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 176         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 177       }
 178
 179     }
 180     else
 181     {
 182       remove(hideSeqs);
 183       remove(groupMenu);
 184     }
 185
 186     if (links != null && links.size() > 0)
 187     {
 188       Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 189       String link;
 190       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 191       {
 192         link = links.elementAt(i).toString();
 193         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 194         if (!urlLink.isValid())
 195         {
 196           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 197           continue;
 198         }
 199         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 200         // link.indexOf("|"));
 201         final String label = urlLink.getLabel();
 202         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 203         {
 204
 205           // collect matching db-refs
 206           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 207                   seq.getDBRef(), new String[]
 208                   { target });
 209           // collect id string too
 210           String id = seq.getName();
 211           String descr = seq.getDescription();
 212           if (descr != null && descr.length() < 1)
 213           {
 214             descr = null;
 215           }
 216           if (dbr != null)
 217           {
 218             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 219             {
 220               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 221               {
 222                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 223                 // string with this link
 224                 id = null;
 225               }
 226               // create Bare ID link for this RUL
 227               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 228                       true);
 229               if (urls != null)
 230               {
 231                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 232                 {
 233                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 234                 }
 235               }
 236             }
 237           }
 238           if (id != null)
 239           {
 240             // create Bare ID link for this RUL
 241             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 242             if (urls != null)
 243             {
 244               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 245               {
 246                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 247               }
 248             }
 249             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 250           }
 251           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 252           // URL links
 253           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 254           {
 255             // create link for this URL from description only if regex matches
 256             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 257             if (urls != null)
 258             {
 259               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 260               {
 261                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 262               }
 263             }
 264           }
 265         }
 266         else
 267         {
 268           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 269         }
 270         /*
 271          * final String url;
 272          *
 273          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 274          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 275          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 276          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 277          *
 278          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 279          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 280          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 281          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 282          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 283          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 284          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 285          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 286          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 287          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 288          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 289          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 290          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 291          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 292          */
 293       }
 294       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 295       {
 296         if (seq != null)
 297         {
 298           seqMenu.add(linkMenu);
 299         }
 300         else
 301         {
 302           add(linkMenu);
 303         }
 304       }
 305     }
 306     // TODO: add group link menu entry here
 307     if (seq != null)
 308     {
 309       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 310       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage("label.represent_group_with", new String[]{seq.getName()}));
 311     }
 312     else
 313     {
 314       remove(seqMenu);
 315     }
 316
 317     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 318     {
 319       remove(revealAll);
 320       remove(revealSeq);
 321     }
 322     else
 323     {
 324       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 325
 326       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 327               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 328       {
 329         revealSeq_index = index;
 330       }
 331       else
 332       {
 333         remove(revealSeq);
 334       }
 335     }
 336   }
 337
 338   /**
 339    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 340    *
 341    * @param linkMenu
 342    * @param target
 343    *          - menu label string
 344    * @param url
 345    *          - url to open
 346    */
 347   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 348           final String url)
 349   {
 350     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 351   }
 352
 353   /**
 354    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 355    *
 356    * @param linkMenu
 357    * @param target
 358    *          - URL target window
 359    * @param label
 360    *          - menu label string
 361    * @param url
 362    *          - url to open
 363    */
 364   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 365           final String label, final String url)
 366   {
 367     MenuItem item = new MenuItem(label);
 368     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 369     {
 370       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 371       {
 372         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 373       }
 374     });
 375     linkMenu.add(item);
 376   }
 377
 378   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 379   {
 380     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 381     {
 382       abovePIDColour_itemStateChanged();
 383     }
 384     else if (evt.getSource() == showColourText)
 385     {
 386       showColourText_itemStateChanged();
 387     }
 388     else if (evt.getSource() == showText)
 389     {
 390       showText_itemStateChanged();
 391     }
 392     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 393     {
 394       showBoxes_itemStateChanged();
 395     }
 396     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 397     {
 398       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 399     }
 400   }
 401
 402   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 403   {
 404     Object source = evt.getSource();
 405     if (source == clustalColour)
 406     {
 407       clustalColour_actionPerformed();
 408     }
 409     else if (source == zappoColour)
 410     {
 411       zappoColour_actionPerformed();
 412     }
 413     else if (source == taylorColour)
 414     {
 415       taylorColour_actionPerformed();
 416     }
 417     else if (source == hydrophobicityColour)
 418     {
 419       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 420     }
 421     else if (source == helixColour)
 422     {
 423       helixColour_actionPerformed();
 424     }
 425     else if (source == strandColour)
 426     {
 427       strandColour_actionPerformed();
 428     }
 429     else if (source == turnColour)
 430     {
 431       turnColour_actionPerformed();
 432     }
 433     else if (source == buriedColour)
 434     {
 435       buriedColour_actionPerformed();
 436     }
 437     else if (source == nucleotideMenuItem)
 438     {
 439       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 440     }
 441
 442     else if (source == userDefinedColour)
 443     {
 444       userDefinedColour_actionPerformed();
 445     }
 446     else if (source == PIDColour)
 447     {
 448       PIDColour_actionPerformed();
 449     }
 450     else if (source == BLOSUM62Colour)
 451     {
 452       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 453     }
 454     else if (source == noColourmenuItem)
 455     {
 456       noColourmenuItem_actionPerformed();
 457     }
 458     else if (source == conservationMenuItem)
 459     {
 460       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 461     }
 462     else if (source == unGroupMenuItem)
 463     {
 464       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 465     }
 466
 467     else if (source == createGroupMenuItem)
 468     {
 469       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 470     }
 471
 472     else if (source == sequenceName)
 473     {
 474       editName();
 475     }
 476     else if (source == sequenceDetails)
 477     {
 478       showSequenceDetails();
 479     }
 480     else if (source == selSeqDetails)
 481     {
 482       showSequenceSelectionDetails();
 483     }
 484     else if (source == pdb)
 485     {
 486       addPDB();
 487     }
 488     else if (source == hideSeqs)
 489     {
 490       hideSequences(false);
 491     }
 492     else if (source == repGroup)
 493     {
 494       hideSequences(true);
 495     }
 496     else if (source == revealSeq)
 497     {
 498       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 499     }
 500     else if (source == revealAll)
 501     {
 502       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 503     }
 504
 505     else if (source == editGroupName)
 506     {
 507       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 508               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 509               "Group Description", ap.alignFrame,
 510               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 511
 512       if (dialog.accept)
 513       {
 514         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 515         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 516       }
 517
 518     }
 519     else if (source == copy)
 520     {
 521       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 522     }
 523     else if (source == cut)
 524     {
 525       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 526     }
 527     else if (source == editSequence)
 528     {
 529       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 530
 531       if (sg != null)
 532       {
 533         if (seq == null)
 534           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 535
 536         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 537                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 538                 "Edit Sequence ", null,
 539
 540                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 541
 542         if (dialog.accept)
 543         {
 544           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 545                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 546                           ap.av.getGapCharacter()),
 547                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 548                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 549                   ap.av.getAlignment());
 550
 551           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 552
 553           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 554                   .getSequences());
 555         }
 556       }
 557     }
 558     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 559     {
 560       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 561       Vector regions = new Vector();
 562       if (sg != null)
 563       {
 564         int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 565                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 566
 567         String description;
 568         int caseChange;
 569
 570         if (source == toggleCase)
 571         {
 572           description = "Toggle Case";
 573           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 574         }
 575         else if (source == toUpper)
 576         {
 577           description = "To Upper Case";
 578           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 579         }
 580         else
 581         {
 582           description = "To Lower Case";
 583           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 584         }
 585
 586         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 587                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 588                 startEnd, caseChange);
 589
 590         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 591
 592         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 593                 .getSequences());
 594
 595       }
 596     }
 597     else if (source == sequenceFeature)
 598     {
 599       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 600       if (sg == null)
 601       {
 602         return;
 603       }
 604
 605       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 606       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 607       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 608
 609       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 610       {
 611         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 612         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 613         if (start <= end)
 614         {
 615           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 616           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 617                   end, "Jalview");
 618           rsize++;
 619         }
 620       }
 621       rseqs = new SequenceI[rsize];
 622       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 623       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 624       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 625       features = tfeatures;
 626       seqs = rseqs;
 627
 628       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 629               features, true, ap))
 630       {
 631         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 632         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 633         ap.highlightSearchResults(null);
 634       }
 635     }
 636     else
 637     {
 638       outputText(evt);
 639     }
 640
 641   }
 642
 643   void outputText(ActionEvent e)
 644   {
 645     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 646
 647     Frame frame = new Frame();
 648     frame.add(cap);
 649     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 650                 MessageManager.formatMessage("label.selection_output_command", new String[]{e.getActionCommand()}),600, 500);
 651     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 652     // now returns a full copy of sequence data
 653     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 654
 655     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 656             e.getActionCommand(),
 657             new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),
 658             ap.av.showJVSuffix));
 659
 660   }
 661
 662   protected void showSequenceSelectionDetails()
 663   {
 664     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 665   }
 666
 667   protected void showSequenceDetails()
 668   {
 669     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[]
 670     { seq });
 671   }
 672
 673   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 674   {
 675
 676     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 677
 678     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 679     for (SequenceI seq : sequences)
 680     {
 681       contents.append(MessageManager.formatMessage("label.annotation_for_displayid",new String[]{seq.getDisplayId(true)}));
 682       new SequenceAnnotationReport(null)
 683               .createSequenceAnnotationReport(
 684                       contents,
 685                       seq,
 686                       true,
 687                       true,
 688                       false,
 689                       (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr.minmax
 690                               : null);
 691       contents.append("</p>");
 692     }
 693     Frame frame = new Frame();
 694     frame.add(cap);
 695     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 696             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 697                     : "Selection"), 600, 500);
 698     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content", new String[]{contents.toString()}));
 699   }
 700
 701   void editName()
 702   {
 703     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 704             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 705             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 706             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 707
 708     if (dialog.accept)
 709     {
 710       seq.setName(dialog.getName());
 711       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 712       ap.paintAlignment(false);
 713     }
 714   }
 715
 716   void addPDB()
 717   {
 718     if (seq.getPDBId() != null)
 719     {
 720       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 721
 722       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 723         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 724         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 725       else
 726         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 727         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 728
 729     }
 730     else
 731     {
 732       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 733       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 734       cap.setPDBImport(seq);
 735       Frame frame = new Frame();
 736       frame.add(cap);
 737       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 738               MessageManager.formatMessage("label.paste_pdb_file_for_sequence",  new String[]{seq.getName()}), 400, 300);
 739     }
 740   }
 741
 742   private void jbInit() throws Exception
 743   {
 744     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 745     sequenceFeature.addActionListener(this);
 746
 747     editGroupName.addActionListener(this);
 748     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("action.remove_group"));
 749     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 750
 751     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("action.create_group"));
 752     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 753
 754     nucleotideMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.nucleotide"));
 755     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 756     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 757     abovePIDColour.addItemListener(this);
 758     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 759     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("label.boxes"));
 760     showBoxes.setState(true);
 761     showBoxes.addItemListener(this);
 762     sequenceName.addActionListener(this);
 763     sequenceDetails.addActionListener(this);
 764     selSeqDetails.addActionListener(this);
 765     displayNonconserved.setLabel(MessageManager.getString("label.show_non_conversed"));
 766     displayNonconserved.setState(false);
 767     displayNonconserved.addItemListener(this);
 768     showText.setLabel(MessageManager.getString("label.text"));
 769     showText.addItemListener(this);
 770     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 771     showColourText.addItemListener(this);
 772     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 773     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 774     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 775     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 776     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage("label.represent_group_with", new String[]{""}));
 777     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 778     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 779     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group")+":");
 780     add(groupMenu);
 781     this.add(seqMenu);
 782     this.add(hideSeqs);
 783     this.add(revealSeq);
 784     this.add(revealAll);
 785     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 786     groupMenu.add(editMenu);
 787     groupMenu.add(outputmenu);
 788     groupMenu.add(sequenceFeature);
 789     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 790     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 791     groupMenu.add(menu1);
 792
 793     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 794     colourMenu.add(clustalColour);
 795     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 796     colourMenu.add(PIDColour);
 797     colourMenu.add(zappoColour);
 798     colourMenu.add(taylorColour);
 799     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 800     colourMenu.add(helixColour);
 801     colourMenu.add(strandColour);
 802     colourMenu.add(turnColour);
 803     colourMenu.add(buriedColour);
 804     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 805     colourMenu.add(userDefinedColour);
 806     colourMenu.addSeparator();
 807     colourMenu.add(abovePIDColour);
 808     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 809
 810     noColourmenuItem.setLabel("None");
 811     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 812
 813     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 814     clustalColour.addActionListener(this);
 815     zappoColour.setLabel("Zappo");
 816     zappoColour.addActionListener(this);
 817     taylorColour.setLabel("Taylor");
 818     taylorColour.addActionListener(this);
 819     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 820     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 821     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 822     helixColour.addActionListener(this);
 823     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 824     strandColour.addActionListener(this);
 825     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 826     turnColour.addActionListener(this);
 827     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 828     buriedColour.addActionListener(this);
 829     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 830
 831     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 832     userDefinedColour.addActionListener(this);
 833     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 834     PIDColour.addActionListener(this);
 835     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 836     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 837     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 838
 839     editMenu.add(copy);
 840     copy.addActionListener(this);
 841     editMenu.add(cut);
 842     cut.addActionListener(this);
 843
 844     editMenu.add(editSequence);
 845     editSequence.addActionListener(this);
 846
 847     editMenu.add(toUpper);
 848     toUpper.addActionListener(this);
 849     editMenu.add(toLower);
 850     toLower.addActionListener(this);
 851     editMenu.add(toggleCase);
 852     seqMenu.add(sequenceName);
 853     // seqMenu.add(sequenceDetails);
 854
 855     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
 856     {
 857       seqMenu.add(pdb);
 858     }
 859     seqMenu.add(repGroup);
 860     menu1.add(editGroupName);
 861     menu1.add(colourMenu);
 862     menu1.add(showBoxes);
 863     menu1.add(showText);
 864     menu1.add(showColourText);
 865     menu1.add(displayNonconserved);
 866     toggleCase.addActionListener(this);
 867     pdb.addActionListener(this);
 868     hideSeqs.addActionListener(this);
 869     repGroup.addActionListener(this);
 870     revealAll.addActionListener(this);
 871     revealSeq.addActionListener(this);
 872   }
 873
 874   void refresh()
 875   {
 876     ap.paintAlignment(true);
 877   }
 878
 879   protected void clustalColour_actionPerformed()
 880   {
 881     SequenceGroup sg = getGroup();
 882     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
 883     refresh();
 884   }
 885
 886   protected void zappoColour_actionPerformed()
 887   {
 888     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 889     refresh();
 890   }
 891
 892   protected void taylorColour_actionPerformed()
 893   {
 894     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 895     refresh();
 896   }
 897
 898   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 899   {
 900     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 901     refresh();
 902   }
 903
 904   protected void helixColour_actionPerformed()
 905   {
 906     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 907     refresh();
 908   }
 909
 910   protected void strandColour_actionPerformed()
 911   {
 912     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 913     refresh();
 914   }
 915
 916   protected void turnColour_actionPerformed()
 917   {
 918     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 919     refresh();
 920   }
 921
 922   protected void buriedColour_actionPerformed()
 923   {
 924     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 925     refresh();
 926   }
 927
 928   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 929   {
 930     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 931     refresh();
 932   }
 933
 934   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 935   {
 936     SequenceGroup sg = getGroup();
 937     if (sg.cs == null)
 938     {
 939       return;
 940     }
 941
 942     if (abovePIDColour.getState())
 943     {
 944       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 945               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 946       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 947               .getName());
 948
 949       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 950
 951       SliderPanel.showPIDSlider();
 952
 953     }
 954     else
 955     // remove PIDColouring
 956     {
 957       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 958     }
 959
 960     refresh();
 961
 962   }
 963
 964   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 965   {
 966     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 967   }
 968
 969   protected void PIDColour_actionPerformed()
 970   {
 971     SequenceGroup sg = getGroup();
 972     sg.cs = new PIDColourScheme();
 973     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 974             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 975     refresh();
 976   }
 977
 978   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 979   {
 980     SequenceGroup sg = getGroup();
 981
 982     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 983
 984     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 985             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 986
 987     refresh();
 988   }
 989
 990   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 991   {
 992     getGroup().cs = null;
 993     refresh();
 994   }
 995
 996   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 997   {
 998     SequenceGroup sg = getGroup();
 999     if (sg.cs == null)
1000     {
1001       return;
1002     }
1003
1004     if (conservationMenuItem.getState())
1005     {
1006
1007       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
1008               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
1009                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
1010                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
1011       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1012       SliderPanel.showConservationSlider();
1013     }
1014     else
1015     // remove ConservationColouring
1016     {
1017       sg.cs.setConservation(null);
1018     }
1019
1020     refresh();
1021   }
1022
1023   SequenceGroup getGroup()
1024   {
1025     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1026
1027     // this method won't add a new group if it already exists
1028     if (sg != null)
1029     {
1030       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1031     }
1032
1033     return sg;
1034   }
1035
1036   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1037   {
1038     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1039     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1040     ap.av.setSelectionGroup(null);
1041     ap.paintAlignment(true);
1042   }
1043
1044   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1045   {
1046     getGroup(); // implicitly create group
1047     refresh();
1048   }
1049
1050   public void showColourText_itemStateChanged()
1051   {
1052     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1053     refresh();
1054   }
1055
1056   public void showText_itemStateChanged()
1057   {
1058     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1059     refresh();
1060   }
1061
1062   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1063   {
1064     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1065     refresh();
1066   }
1067
1068   public void showBoxes_itemStateChanged()
1069   {
1070     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1071     refresh();
1072   }
1073
1074   void hideSequences(boolean representGroup)
1075   {
1076     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1077     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1078     {
1079       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1080       { seq });
1081       return;
1082     }
1083
1084     ap.av.setSelectionGroup(null);
1085
1086     if (representGroup)
1087     {
1088       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1089
1090       return;
1091     }
1092
1093     int gsize = sg.getSize();
1094     SequenceI[] hseqs;
1095
1096     hseqs = new SequenceI[gsize];
1097
1098     int index = 0;
1099     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1100     {
1101       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1102     }
1103
1104     ap.av.hideSequence(hseqs);
1105     ap.av.sendSelection();
1106   }
1107
1108 }