src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.analysis.*;
  26 import jalview.commands.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.schemes.*;
  29 import jalview.util.UrlLink;
  30 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  31 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  32
  33 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  34         ActionListener, ItemListener
  35 {
  36   Menu groupMenu = new Menu();
  37
  38   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  39
  40   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  41
  42   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  43
  44   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  45
  46   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  47
  48   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  49
  50   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  51
  52   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  53
  54   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  55
  56   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  57
  58   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  59
  60   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  61
  62   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  63
  64   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  65
  66   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  67
  68   final AlignmentPanel ap;
  69
  70   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  71
  72   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  73
  74   Menu colourMenu = new Menu();
  75
  76   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  77
  78   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  79
  80   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  81
  82   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  83
  84   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  85
  86   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  87
  88   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  89
  90   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  91
  92   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  93
  94   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  95
  96   Menu outputmenu = new Menu();
  97
  98   Menu seqMenu = new Menu();
  99
 100   MenuItem pdb = new MenuItem();
 101
 102   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 103
 104   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 105
 106   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
 107
 108   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
 109
 110   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
 111
 112   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem("Sequence Details ...");
 113
 114   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem("Sequence Details ...");
 115
 116   MenuItem makeReferenceSeq = new MenuItem();
 117
 118   Sequence seq;
 119
 120   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 121
 122   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 123
 124   /**
 125    * index of sequence to be revealed
 126    */
 127   int revealSeq_index = -1;
 128
 129   Menu menu1 = new Menu();
 130
 131   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 132   {
 133     // /////////////////////////////////////////////////////////
 134     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 135     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 136     //
 137     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 138     // ////////////////////////////////////////////////////////
 139
 140     this.ap = apanel;
 141     this.seq = seq;
 142
 143     try
 144     {
 145       jbInit();
 146     } catch (Exception e)
 147     {
 148       e.printStackTrace();
 149     }
 150
 151     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 152     {
 153       MenuItem item = new MenuItem(
 154               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 155
 156       item.addActionListener(this);
 157       outputmenu.add(item);
 158     }
 159
 160     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 161
 162     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 163     {
 164       editGroupName.setLabel("Name: " + sg.getName());
 165       showText.setState(sg.getDisplayText());
 166       showColourText.setState(sg.getColourText());
 167       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 168       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 169       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 170       {
 171         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 172       }
 173
 174     }
 175     else
 176     {
 177       remove(hideSeqs);
 178       remove(groupMenu);
 179     }
 180
 181     if (links != null && links.size() > 0)
 182     {
 183       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 184       String link;
 185       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 186       {
 187         link = links.elementAt(i).toString();
 188         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 189         if (!urlLink.isValid())
 190         {
 191           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 192           continue;
 193         }
 194         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 195         // link.indexOf("|"));
 196         final String label = urlLink.getLabel();
 197         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 198         {
 199
 200           // collect matching db-refs
 201           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 202                   seq.getDBRef(), new String[]
 203                   { target });
 204           // collect id string too
 205           String id = seq.getName();
 206           String descr = seq.getDescription();
 207           if (descr != null && descr.length() < 1)
 208           {
 209             descr = null;
 210           }
 211           if (dbr != null)
 212           {
 213             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 214             {
 215               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 216               {
 217                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 218                 // string with this link
 219                 id = null;
 220               }
 221               // create Bare ID link for this RUL
 222               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 223                       true);
 224               if (urls != null)
 225               {
 226                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 227                 {
 228                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 229                 }
 230               }
 231             }
 232           }
 233           if (id != null)
 234           {
 235             // create Bare ID link for this RUL
 236             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 237             if (urls != null)
 238             {
 239               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 240               {
 241                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 242               }
 243             }
 244             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 245           }
 246           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 247           // URL links
 248           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 249           {
 250             // create link for this URL from description only if regex matches
 251             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 252             if (urls != null)
 253             {
 254               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 255               {
 256                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 257               }
 258             }
 259           }
 260         }
 261         else
 262         {
 263           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 264         }
 265         /*
 266          * final String url;
 267          *
 268          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 269          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 270          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 271          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 272          *
 273          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 274          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 275          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 276          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 277          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 278          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 279          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 280          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 281          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 282          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 283          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 284          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 285          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 286          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 287          */
 288       }
 289       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 290       {
 291         if (seq != null)
 292         {
 293           seqMenu.add(linkMenu);
 294         }
 295         else
 296         {
 297           add(linkMenu);
 298         }
 299       }
 300     }
 301     // TODO: add group link menu entry here
 302     if (seq != null)
 303     {
 304       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 305       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 306       {
 307         makeReferenceSeq.setLabel("Unmark representative");
 308       } else {
 309         makeReferenceSeq.setLabel("Mark as representative");
 310       }
 311       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 312     }
 313     else
 314     {
 315       remove(seqMenu);
 316     }
 317
 318     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 319     {
 320       remove(revealAll);
 321       remove(revealSeq);
 322     }
 323     else
 324     {
 325       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 326
 327       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 328               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 329       {
 330         revealSeq_index = index;
 331       }
 332       else
 333       {
 334         remove(revealSeq);
 335       }
 336     }
 337   }
 338
 339   /**
 340    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 341    *
 342    * @param linkMenu
 343    * @param target
 344    *          - menu label string
 345    * @param url
 346    *          - url to open
 347    */
 348   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 349           final String url)
 350   {
 351     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 352   }
 353
 354   /**
 355    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 356    *
 357    * @param linkMenu
 358    * @param target
 359    *          - URL target window
 360    * @param label
 361    *          - menu label string
 362    * @param url
 363    *          - url to open
 364    */
 365   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 366           final String label, final String url)
 367   {
 368     MenuItem item = new MenuItem(label);
 369     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 370     {
 371       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 372       {
 373         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 374       }
 375     });
 376     linkMenu.add(item);
 377   }
 378
 379   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 380   {
 381     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 382     {
 383       abovePIDColour_itemStateChanged();
 384     }
 385     else if (evt.getSource() == showColourText)
 386     {
 387       showColourText_itemStateChanged();
 388     }
 389     else if (evt.getSource() == showText)
 390     {
 391       showText_itemStateChanged();
 392     }
 393     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 394     {
 395       showBoxes_itemStateChanged();
 396     }
 397     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 398     {
 399       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 400     }
 401   }
 402
 403   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 404   {
 405     Object source = evt.getSource();
 406     if (source == clustalColour)
 407     {
 408       clustalColour_actionPerformed();
 409     }
 410     else if (source == zappoColour)
 411     {
 412       zappoColour_actionPerformed();
 413     }
 414     else if (source == taylorColour)
 415     {
 416       taylorColour_actionPerformed();
 417     }
 418     else if (source == hydrophobicityColour)
 419     {
 420       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 421     }
 422     else if (source == helixColour)
 423     {
 424       helixColour_actionPerformed();
 425     }
 426     else if (source == strandColour)
 427     {
 428       strandColour_actionPerformed();
 429     }
 430     else if (source == turnColour)
 431     {
 432       turnColour_actionPerformed();
 433     }
 434     else if (source == buriedColour)
 435     {
 436       buriedColour_actionPerformed();
 437     }
 438     else if (source == nucleotideMenuItem)
 439     {
 440       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 441     }
 442
 443     else if (source == userDefinedColour)
 444     {
 445       userDefinedColour_actionPerformed();
 446     }
 447     else if (source == PIDColour)
 448     {
 449       PIDColour_actionPerformed();
 450     }
 451     else if (source == BLOSUM62Colour)
 452     {
 453       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 454     }
 455     else if (source == noColourmenuItem)
 456     {
 457       noColourmenuItem_actionPerformed();
 458     }
 459     else if (source == conservationMenuItem)
 460     {
 461       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 462     }
 463     else if (source == unGroupMenuItem)
 464     {
 465       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 466     }
 467
 468     else if (source == sequenceName)
 469     {
 470       editName();
 471     }
 472     else if (source == sequenceDetails)
 473     {
 474       showSequenceDetails();
 475     }
 476     else if (source == selSeqDetails)
 477     {
 478       showSequenceSelectionDetails();
 479     }
 480     else if (source == pdb)
 481     {
 482       addPDB();
 483     }
 484     else if (source == hideSeqs)
 485     {
 486       hideSequences(false);
 487     }
 488     else if (source == repGroup)
 489     {
 490       hideSequences(true);
 491     }
 492     else if (source == revealSeq)
 493     {
 494       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 495     }
 496     else if (source == revealAll)
 497     {
 498       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 499     }
 500
 501     else if (source == editGroupName)
 502     {
 503       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 504               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 505               "Group Description", ap.alignFrame,
 506               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 507
 508       if (dialog.accept)
 509       {
 510         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 511         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 512       }
 513
 514     }
 515     else if (source == copy)
 516     {
 517       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 518     }
 519     else if (source == cut)
 520     {
 521       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 522     }
 523     else if (source == editSequence)
 524     {
 525       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 526
 527       if (sg != null)
 528       {
 529         if (seq == null)
 530           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 531
 532         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 533                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 534                 "Edit Sequence ", null,
 535
 536                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 537
 538         if (dialog.accept)
 539         {
 540           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 541                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 542                           ap.av.getGapCharacter()),
 543                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 544                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 545                   ap.av.getAlignment());
 546
 547           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 548
 549           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 550                   .getSequences());
 551         }
 552       }
 553     }
 554     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 555     {
 556       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 557       Vector regions = new Vector();
 558       if (sg != null)
 559       {
 560         int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 561                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 562
 563         String description;
 564         int caseChange;
 565
 566         if (source == toggleCase)
 567         {
 568           description = "Toggle Case";
 569           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 570         }
 571         else if (source == toUpper)
 572         {
 573           description = "To Upper Case";
 574           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 575         }
 576         else
 577         {
 578           description = "To Lower Case";
 579           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 580         }
 581
 582         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 583                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 584                 startEnd, caseChange);
 585
 586         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 587
 588         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 589                 .getSequences());
 590
 591       }
 592     }
 593     else if (source == sequenceFeature)
 594     {
 595       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 596       if (sg == null)
 597       {
 598         return;
 599       }
 600
 601       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 602       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 603       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 604
 605       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 606       {
 607         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 608         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 609         if (start <= end)
 610         {
 611           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 612           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 613                   end, "Jalview");
 614           rsize++;
 615         }
 616       }
 617       rseqs = new SequenceI[rsize];
 618       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 619       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 620       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 621       features = tfeatures;
 622       seqs = rseqs;
 623
 624       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 625               features, true, ap))
 626       {
 627         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 628         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 629         ap.highlightSearchResults(null);
 630       }
 631     }
 632     else
 633     {
 634       outputText(evt);
 635     }
 636
 637   }
 638
 639   void outputText(ActionEvent e)
 640   {
 641     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 642
 643     Frame frame = new Frame();
 644     frame.add(cap);
 645     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 646             "Selection output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);
 647     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 648     // now returns a full copy of sequence data
 649     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 650
 651     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 652             e.getActionCommand(),
 653             new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),
 654             ap.av.showJVSuffix));
 655
 656   }
 657
 658   protected void showSequenceSelectionDetails()
 659   {
 660     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 661   }
 662
 663   protected void showSequenceDetails()
 664   {
 665     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[]
 666     { seq });
 667   }
 668
 669   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 670   {
 671
 672     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 673
 674     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 675     for (SequenceI seq : sequences)
 676     {
 677       contents.append("<p><h2>Annotation for " + seq.getDisplayId(true)
 678               + "</h2></p><p>");
 679       new SequenceAnnotationReport(null)
 680               .createSequenceAnnotationReport(
 681                       contents,
 682                       seq,
 683                       true,
 684                       true,
 685                       false,
 686                       (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr.minmax
 687                               : null);
 688       contents.append("</p>");
 689     }
 690     Frame frame = new Frame();
 691     frame.add(cap);
 692     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 693             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 694                     : "Selection"), 600, 500);
 695     cap.setText("<html>" + contents.toString() + "</html>");
 696   }
 697
 698   void editName()
 699   {
 700     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 701             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 702             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 703             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 704
 705     if (dialog.accept)
 706     {
 707       seq.setName(dialog.getName());
 708       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 709       ap.paintAlignment(false);
 710     }
 711   }
 712
 713   void addPDB()
 714   {
 715     if (seq.getPDBId() != null)
 716     {
 717       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 718
 719       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 720         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 721         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 722       else
 723         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 724         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 725
 726     }
 727     else
 728     {
 729       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 730       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 731       cap.setPDBImport(seq);
 732       Frame frame = new Frame();
 733       frame.add(cap);
 734       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 735               "Paste PDB file for sequence " + seq.getName(), 400, 300);
 736     }
 737   }
 738
 739   private void jbInit() throws Exception
 740   {
 741     groupMenu.setLabel("Group");
 742     groupMenu.setLabel("Selection");
 743     sequenceFeature.addActionListener(this);
 744
 745     editGroupName.addActionListener(this);
 746     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 747     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 748
 749     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 750     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 751     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 752     abovePIDColour.addItemListener(this);
 753     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 754     showBoxes.setLabel("Boxes");
 755     showBoxes.setState(true);
 756     showBoxes.addItemListener(this);
 757     sequenceName.addActionListener(this);
 758     sequenceDetails.addActionListener(this);
 759     selSeqDetails.addActionListener(this);
 760     displayNonconserved.setLabel("Show Nonconserved");
 761     displayNonconserved.setState(false);
 762     displayNonconserved.addItemListener(this);
 763     showText.setLabel("Text");
 764     showText.addItemListener(this);
 765     showColourText.setLabel("Colour Text");
 766     showColourText.addItemListener(this);
 767     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 768     seqMenu.setLabel("Sequence");
 769     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 770     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 771     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 772     revealAll.setLabel("Reveal All");
 773     revealSeq.setLabel("Reveal Sequences");
 774     menu1.setLabel("Group");
 775     add(groupMenu);
 776     this.add(seqMenu);
 777     this.add(hideSeqs);
 778     this.add(revealSeq);
 779     this.add(revealAll);
 780     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 781     groupMenu.add(editGroupName);
 782     groupMenu.add(editMenu);
 783     groupMenu.add(outputmenu);
 784     groupMenu.add(sequenceFeature);
 785     groupMenu.add(menu1);
 786
 787     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 788     colourMenu.add(clustalColour);
 789     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 790     colourMenu.add(PIDColour);
 791     colourMenu.add(zappoColour);
 792     colourMenu.add(taylorColour);
 793     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 794     colourMenu.add(helixColour);
 795     colourMenu.add(strandColour);
 796     colourMenu.add(turnColour);
 797     colourMenu.add(buriedColour);
 798     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 799     colourMenu.add(userDefinedColour);
 800     colourMenu.addSeparator();
 801     colourMenu.add(abovePIDColour);
 802     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 803
 804     noColourmenuItem.setLabel("None");
 805     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 806
 807     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 808     clustalColour.addActionListener(this);
 809     zappoColour.setLabel("Zappo");
 810     zappoColour.addActionListener(this);
 811     taylorColour.setLabel("Taylor");
 812     taylorColour.addActionListener(this);
 813     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 814     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 815     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 816     helixColour.addActionListener(this);
 817     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 818     strandColour.addActionListener(this);
 819     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 820     turnColour.addActionListener(this);
 821     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 822     buriedColour.addActionListener(this);
 823     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 824
 825     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 826     userDefinedColour.addActionListener(this);
 827     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 828     PIDColour.addActionListener(this);
 829     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 830     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 831     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 832
 833     editMenu.add(copy);
 834     copy.addActionListener(this);
 835     editMenu.add(cut);
 836     cut.addActionListener(this);
 837
 838     editMenu.add(editSequence);
 839     editSequence.addActionListener(this);
 840
 841     editMenu.add(toUpper);
 842     toUpper.addActionListener(this);
 843     editMenu.add(toLower);
 844     toLower.addActionListener(this);
 845     editMenu.add(toggleCase);
 846     seqMenu.add(sequenceName);
 847     // seqMenu.add(sequenceDetails);
 848
 849     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
 850     {
 851       seqMenu.add(pdb);
 852     }
 853     seqMenu.add(repGroup);
 854     menu1.add(unGroupMenuItem);
 855     menu1.add(colourMenu);
 856     menu1.add(showBoxes);
 857     menu1.add(showText);
 858     menu1.add(showColourText);
 859     menu1.add(displayNonconserved);
 860     toggleCase.addActionListener(this);
 861     pdb.addActionListener(this);
 862     hideSeqs.addActionListener(this);
 863     repGroup.addActionListener(this);
 864     revealAll.addActionListener(this);
 865     revealSeq.addActionListener(this);
 866   }
 867
 868   void refresh()
 869   {
 870     ap.paintAlignment(true);
 871   }
 872
 873   protected void clustalColour_actionPerformed()
 874   {
 875     SequenceGroup sg = getGroup();
 876     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
 877     refresh();
 878   }
 879
 880   protected void zappoColour_actionPerformed()
 881   {
 882     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 883     refresh();
 884   }
 885
 886   protected void taylorColour_actionPerformed()
 887   {
 888     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 889     refresh();
 890   }
 891
 892   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 893   {
 894     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 895     refresh();
 896   }
 897
 898   protected void helixColour_actionPerformed()
 899   {
 900     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 901     refresh();
 902   }
 903
 904   protected void strandColour_actionPerformed()
 905   {
 906     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 907     refresh();
 908   }
 909
 910   protected void turnColour_actionPerformed()
 911   {
 912     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 913     refresh();
 914   }
 915
 916   protected void buriedColour_actionPerformed()
 917   {
 918     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 919     refresh();
 920   }
 921
 922   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 923   {
 924     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 925     refresh();
 926   }
 927
 928   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 929   {
 930     SequenceGroup sg = getGroup();
 931     if (sg.cs == null)
 932     {
 933       return;
 934     }
 935
 936     if (abovePIDColour.getState())
 937     {
 938       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 939               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 940       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 941               .getName());
 942
 943       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 944
 945       SliderPanel.showPIDSlider();
 946
 947     }
 948     else
 949     // remove PIDColouring
 950     {
 951       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 952     }
 953
 954     refresh();
 955
 956   }
 957
 958   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 959   {
 960     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 961   }
 962
 963   protected void PIDColour_actionPerformed()
 964   {
 965     SequenceGroup sg = getGroup();
 966     sg.cs = new PIDColourScheme();
 967     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 968             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 969     refresh();
 970   }
 971
 972   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 973   {
 974     SequenceGroup sg = getGroup();
 975
 976     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 977
 978     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 979             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 980
 981     refresh();
 982   }
 983
 984   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 985   {
 986     getGroup().cs = null;
 987     refresh();
 988   }
 989
 990   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 991   {
 992     SequenceGroup sg = getGroup();
 993     if (sg.cs == null)
 994     {
 995       return;
 996     }
 997
 998     if (conservationMenuItem.getState())
 999     {
1000
1001       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
1002               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
1003                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
1004                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
1005       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1006       SliderPanel.showConservationSlider();
1007     }
1008     else
1009     // remove ConservationColouring
1010     {
1011       sg.cs.setConservation(null);
1012     }
1013
1014     refresh();
1015   }
1016
1017   SequenceGroup getGroup()
1018   {
1019     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1020
1021     // this method won't add a new group if it already exists
1022     if (sg != null)
1023     {
1024       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1025     }
1026
1027     return sg;
1028   }
1029
1030   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1031   {
1032     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1033     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1034     ap.av.setSelectionGroup(null);
1035     ap.paintAlignment(true);
1036   }
1037
1038   public void showColourText_itemStateChanged()
1039   {
1040     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1041     refresh();
1042   }
1043
1044   public void showText_itemStateChanged()
1045   {
1046     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1047     refresh();
1048   }
1049
1050   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1051   {
1052     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1053     refresh();
1054   }
1055
1056   public void showBoxes_itemStateChanged()
1057   {
1058     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1059     refresh();
1060   }
1061
1062   void hideSequences(boolean representGroup)
1063   {
1064     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1065     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1066     {
1067       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1068       { seq });
1069       return;
1070     }
1071
1072     ap.av.setSelectionGroup(null);
1073
1074     if (representGroup)
1075     {
1076       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1077
1078       return;
1079     }
1080
1081     int gsize = sg.getSize();
1082     SequenceI[] hseqs;
1083
1084     hseqs = new SequenceI[gsize];
1085
1086     int index = 0;
1087     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1088     {
1089       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1090     }
1091
1092     ap.av.hideSequence(hseqs);
1093     ap.av.sendSelection();
1094   }
1095
1096 }