src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.analysis.*;
  26 import jalview.commands.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.schemes.*;
  29 import jalview.util.UrlLink;
  30 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  31
  32 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  33         ActionListener, ItemListener
  34 {
  35   Menu groupMenu = new Menu();
  36
  37   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  38
  39   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  40
  41   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  42
  43   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  44
  45   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  46
  47   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  48
  49   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  50
  51   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  52
  53   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  54
  55   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  56
  57   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  58
  59   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  60
  61   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  62
  63   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  64
  65   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  66
  67   final AlignmentPanel ap;
  68
  69   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  70
  71   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  72
  73   Menu colourMenu = new Menu();
  74
  75   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  76
  77   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  78
  79   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  80
  81   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  82
  83   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  84
  85   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  86
  87   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  88
  89   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  90
  91   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  92
  93   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  94
  95   Menu outputmenu = new Menu();
  96
  97   Menu seqMenu = new Menu();
  98
  99   MenuItem pdb = new MenuItem();
 100
 101   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 102
 103   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 104
 105   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
 106
 107   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
 108
 109   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
 110
 111   Sequence seq;
 112
 113   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 114
 115   Menu menu1 = new Menu();
 116
 117   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 118   {
 119     // /////////////////////////////////////////////////////////
 120     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 121     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 122     //
 123     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 124     // ////////////////////////////////////////////////////////
 125
 126     this.ap = apanel;
 127     this.seq = seq;
 128
 129     try
 130     {
 131       jbInit();
 132     } catch (Exception e)
 133     {
 134       e.printStackTrace();
 135     }
 136
 137     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 138     {
 139       MenuItem item = new MenuItem(
 140               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 141
 142       item.addActionListener(this);
 143       outputmenu.add(item);
 144     }
 145
 146     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 147
 148     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 149     {
 150       editGroupName.setLabel(sg.getName());
 151       showText.setState(sg.getDisplayText());
 152       showColourText.setState(sg.getColourText());
 153       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 154       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 155       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))
 156       {
 157         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 158       }
 159
 160     }
 161     else
 162     {
 163       remove(hideSeqs);
 164       remove(groupMenu);
 165     }
 166
 167     if (links != null && links.size() > 0)
 168     {
 169       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 170       String link;
 171       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 172       {
 173         link = links.elementAt(i).toString();
 174         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 175         if (!urlLink.isValid())
 176         {
 177           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 178           continue;
 179         }
 180         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 181         // link.indexOf("|"));
 182         final String label = urlLink.getLabel();
 183         if (urlLink.isDynamic())
 184         {
 185
 186           // collect matching db-refs
 187           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 188                   seq.getDBRef(), new String[]
 189                   { target });
 190           // collect id string too
 191           String id = seq.getName();
 192           String descr = seq.getDescription();
 193           if (descr != null && descr.length() < 1)
 194           {
 195             descr = null;
 196           }
 197           if (dbr != null)
 198           {
 199             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 200             {
 201               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 202               {
 203                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 204                 // string with this link
 205                 id = null;
 206               }
 207               // create Bare ID link for this RUL
 208               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 209                       true);
 210               if (urls != null)
 211               {
 212                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 213                 {
 214                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 215                 }
 216               }
 217             }
 218           }
 219           if (id != null)
 220           {
 221             // create Bare ID link for this RUL
 222             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 223             if (urls != null)
 224             {
 225               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 226               {
 227                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 228               }
 229             }
 230             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 231           }
 232           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 233           // URL links
 234           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 235           {
 236             // create link for this URL from description only if regex matches
 237             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 238             if (urls != null)
 239             {
 240               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 241               {
 242                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 243               }
 244             }
 245           }
 246         }
 247         else
 248         {
 249           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 250         }
 251         /*
 252          * final String url;
 253          *
 254          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 255          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 256          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 257          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 258          *
 259          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 260          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 261          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 262          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 263          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 264          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 265          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 266          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 267          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 268          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 269          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 270          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 271          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 272          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 273          */
 274       }
 275       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 276       {
 277         if (seq != null)
 278         {
 279           seqMenu.add(linkMenu);
 280         }
 281         else
 282         {
 283           add(linkMenu);
 284         }
 285       }
 286     }
 287     // TODO: add group link menu entry here
 288     if (seq != null)
 289     {
 290       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 291       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 292     }
 293     else
 294     {
 295       remove(seqMenu);
 296     }
 297
 298     if (!ap.av.hasHiddenRows)
 299     {
 300       remove(revealAll);
 301     }
 302   }
 303
 304   /**
 305    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 306    *
 307    * @param linkMenu
 308    * @param target
 309    *          - menu label string
 310    * @param url
 311    *          - url to open
 312    */
 313   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 314           final String url)
 315   {
 316     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 317   }
 318
 319   /**
 320    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 321    *
 322    * @param linkMenu
 323    * @param target
 324    *          - URL target window
 325    * @param label
 326    *          - menu label string
 327    * @param url
 328    *          - url to open
 329    */
 330   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 331           final String label, final String url)
 332   {
 333     MenuItem item = new MenuItem(label);
 334     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 335     {
 336       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 337       {
 338         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 339       }
 340     });
 341     linkMenu.add(item);
 342   }
 343
 344   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 345   {
 346     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 347     {
 348       abovePIDColour_itemStateChanged();
 349     }
 350     else if (evt.getSource() == showColourText)
 351     {
 352       showColourText_itemStateChanged();
 353     }
 354     else if (evt.getSource() == showText)
 355     {
 356       showText_itemStateChanged();
 357     }
 358     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 359     {
 360       showBoxes_itemStateChanged();
 361     }
 362     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 363     {
 364       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 365     }
 366   }
 367
 368   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 369   {
 370     Object source = evt.getSource();
 371     if (source == clustalColour)
 372     {
 373       clustalColour_actionPerformed();
 374     }
 375     else if (source == zappoColour)
 376     {
 377       zappoColour_actionPerformed();
 378     }
 379     else if (source == taylorColour)
 380     {
 381       taylorColour_actionPerformed();
 382     }
 383     else if (source == hydrophobicityColour)
 384     {
 385       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 386     }
 387     else if (source == helixColour)
 388     {
 389       helixColour_actionPerformed();
 390     }
 391     else if (source == strandColour)
 392     {
 393       strandColour_actionPerformed();
 394     }
 395     else if (source == turnColour)
 396     {
 397       turnColour_actionPerformed();
 398     }
 399     else if (source == buriedColour)
 400     {
 401       buriedColour_actionPerformed();
 402     }
 403     else if (source == nucleotideMenuItem)
 404     {
 405       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 406     }
 407
 408     else if (source == userDefinedColour)
 409     {
 410       userDefinedColour_actionPerformed();
 411     }
 412     else if (source == PIDColour)
 413     {
 414       PIDColour_actionPerformed();
 415     }
 416     else if (source == BLOSUM62Colour)
 417     {
 418       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 419     }
 420     else if (source == noColourmenuItem)
 421     {
 422       noColourmenuItem_actionPerformed();
 423     }
 424     else if (source == conservationMenuItem)
 425     {
 426       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 427     }
 428     else if (source == unGroupMenuItem)
 429     {
 430       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 431     }
 432
 433     else if (source == sequenceName)
 434     {
 435       editName();
 436     }
 437     else if (source == pdb)
 438     {
 439       addPDB();
 440     }
 441     else if (source == hideSeqs)
 442     {
 443       hideSequences(false);
 444     }
 445     else if (source == repGroup)
 446     {
 447       hideSequences(true);
 448     }
 449     else if (source == revealAll)
 450     {
 451       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 452     }
 453
 454     else if (source == editGroupName)
 455     {
 456       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 457               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 458               "Group Description", ap.alignFrame,
 459               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 460
 461       if (dialog.accept)
 462       {
 463         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 464         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 465       }
 466
 467     }
 468     else if (source == copy)
 469     {
 470       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 471     }
 472     else if (source == cut)
 473     {
 474       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 475     }
 476     else if (source == editSequence)
 477     {
 478       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 479
 480       if (sg != null)
 481       {
 482         if (seq == null)
 483           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 484
 485         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 486                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 487                 "Edit Sequence ", null,
 488
 489                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 490
 491         if (dialog.accept)
 492         {
 493           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 494                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 495                           ap.av.getGapCharacter()),
 496                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
 497                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.alignment);
 498
 499           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 500
 501           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 502                   .getSequences());
 503         }
 504       }
 505     }
 506     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 507     {
 508       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 509       Vector regions = new Vector();
 510       if (sg != null)
 511       {
 512         int start = sg.getStartRes();
 513         int end = sg.getEndRes() + 1;
 514
 515         do
 516         {
 517           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 518           {
 519             if (start == 0)
 520             {
 521               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);
 522             }
 523
 524             end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);
 525             if (start == end)
 526             {
 527               end = sg.getEndRes() + 1;
 528             }
 529             if (end > sg.getEndRes())
 530             {
 531               end = sg.getEndRes() + 1;
 532             }
 533           }
 534
 535           regions.addElement(new int[]
 536           { start, end });
 537
 538           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 539           {
 540             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);
 541             start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;
 542           }
 543         } while (end < sg.getEndRes());
 544
 545         int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];
 546         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)
 547         {
 548           startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);
 549         }
 550
 551         String description;
 552         int caseChange;
 553
 554         if (source == toggleCase)
 555         {
 556           description = "Toggle Case";
 557           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 558         }
 559         else if (source == toUpper)
 560         {
 561           description = "To Upper Case";
 562           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 563         }
 564         else
 565         {
 566           description = "To Lower Case";
 567           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 568         }
 569
 570         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 571                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences), startEnd,
 572                 caseChange);
 573
 574         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 575
 576         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 577                 .getSequences());
 578
 579       }
 580     }
 581     else if (source == sequenceFeature)
 582     {
 583       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 584       if (sg == null)
 585       {
 586         return;
 587       }
 588
 589       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 590       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 591       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 592
 593       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 594       {
 595         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 596         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 597         if (start <= end)
 598         {
 599           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 600           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 601                   end, "Jalview");
 602           rsize++;
 603         }
 604       }
 605       rseqs = new SequenceI[rsize];
 606       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 607       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 608       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 609       features = tfeatures;
 610       seqs = rseqs;
 611
 612       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 613               features, true, ap))
 614       {
 615         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 616         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 617         ap.highlightSearchResults(null);
 618       }
 619     }
 620     else
 621     {
 622       outputText(evt);
 623     }
 624
 625   }
 626
 627   void outputText(ActionEvent e)
 628   {
 629     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 630
 631     Frame frame = new Frame();
 632     frame.add(cap);
 633     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 634             "Selection output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);
 635
 636     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 637             e.getActionCommand(),
 638             new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),
 639             ap.av.showJVSuffix));
 640
 641   }
 642
 643   void editName()
 644   {
 645     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 646             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 647             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 648             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 649
 650     if (dialog.accept)
 651     {
 652       seq.setName(dialog.getName());
 653       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 654       ap.paintAlignment(false);
 655     }
 656   }
 657
 658   void addPDB()
 659   {
 660     if (seq.getPDBId() != null)
 661     {
 662       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 663
 664       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 665         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 666         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 667       else
 668         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 669         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 670
 671     }
 672     else
 673     {
 674       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 675       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 676       cap.setPDBImport(seq);
 677       Frame frame = new Frame();
 678       frame.add(cap);
 679       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);
 680     }
 681   }
 682
 683   private void jbInit() throws Exception
 684   {
 685     groupMenu.setLabel("Group");
 686     groupMenu.setLabel("Selection");
 687     sequenceFeature.addActionListener(this);
 688
 689     editGroupName.addActionListener(this);
 690     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 691     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 692
 693     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 694     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 695     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 696     abovePIDColour.addItemListener(this);
 697     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 698     showBoxes.setLabel("Boxes");
 699     showBoxes.setState(true);
 700     showBoxes.addItemListener(this);
 701     sequenceName.addActionListener(this);
 702     displayNonconserved.setLabel("Show Nonconserved");
 703     displayNonconserved.setState(false);
 704     displayNonconserved.addItemListener(this);
 705     showText.setLabel("Text");
 706     showText.addItemListener(this);
 707     showColourText.setLabel("Colour Text");
 708     showColourText.addItemListener(this);
 709     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 710     seqMenu.setLabel("Sequence");
 711     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 712     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 713     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 714     revealAll.setLabel("Reveal All");
 715     menu1.setLabel("Group");
 716     add(groupMenu);
 717     this.add(seqMenu);
 718     this.add(hideSeqs);
 719     this.add(revealAll);
 720     groupMenu.add(editGroupName);
 721     groupMenu.add(editMenu);
 722     groupMenu.add(outputmenu);
 723     groupMenu.add(sequenceFeature);
 724     groupMenu.add(menu1);
 725
 726     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 727     colourMenu.add(clustalColour);
 728     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 729     colourMenu.add(PIDColour);
 730     colourMenu.add(zappoColour);
 731     colourMenu.add(taylorColour);
 732     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 733     colourMenu.add(helixColour);
 734     colourMenu.add(strandColour);
 735     colourMenu.add(turnColour);
 736     colourMenu.add(buriedColour);
 737     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 738     colourMenu.add(userDefinedColour);
 739     colourMenu.addSeparator();
 740     colourMenu.add(abovePIDColour);
 741     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 742
 743     noColourmenuItem.setLabel("None");
 744     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 745
 746     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 747     clustalColour.addActionListener(this);
 748     zappoColour.setLabel("Zappo");
 749     zappoColour.addActionListener(this);
 750     taylorColour.setLabel("Taylor");
 751     taylorColour.addActionListener(this);
 752     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 753     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 754     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 755     helixColour.addActionListener(this);
 756     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 757     strandColour.addActionListener(this);
 758     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 759     turnColour.addActionListener(this);
 760     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 761     buriedColour.addActionListener(this);
 762     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 763
 764     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 765     userDefinedColour.addActionListener(this);
 766     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 767     PIDColour.addActionListener(this);
 768     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 769     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 770     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 771
 772     editMenu.add(copy);
 773     copy.addActionListener(this);
 774     editMenu.add(cut);
 775     cut.addActionListener(this);
 776
 777     editMenu.add(editSequence);
 778     editSequence.addActionListener(this);
 779
 780     editMenu.add(toUpper);
 781     toUpper.addActionListener(this);
 782     editMenu.add(toLower);
 783     toLower.addActionListener(this);
 784     editMenu.add(toggleCase);
 785     seqMenu.add(sequenceName);
 786     seqMenu.add(pdb);
 787     seqMenu.add(repGroup);
 788     menu1.add(unGroupMenuItem);
 789     menu1.add(colourMenu);
 790     menu1.add(showBoxes);
 791     menu1.add(showText);
 792     menu1.add(showColourText);
 793     menu1.add(displayNonconserved);
 794     toggleCase.addActionListener(this);
 795     pdb.addActionListener(this);
 796     hideSeqs.addActionListener(this);
 797     repGroup.addActionListener(this);
 798     revealAll.addActionListener(this);
 799   }
 800
 801   void refresh()
 802   {
 803     ap.paintAlignment(true);
 804   }
 805
 806   protected void clustalColour_actionPerformed()
 807   {
 808     SequenceGroup sg = getGroup();
 809     sg.cs = new ClustalxColourScheme(
 810             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),
 811             ap.av.alignment.getWidth());
 812     refresh();
 813   }
 814
 815   protected void zappoColour_actionPerformed()
 816   {
 817     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 818     refresh();
 819   }
 820
 821   protected void taylorColour_actionPerformed()
 822   {
 823     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 824     refresh();
 825   }
 826
 827   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 828   {
 829     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 830     refresh();
 831   }
 832
 833   protected void helixColour_actionPerformed()
 834   {
 835     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 836     refresh();
 837   }
 838
 839   protected void strandColour_actionPerformed()
 840   {
 841     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 842     refresh();
 843   }
 844
 845   protected void turnColour_actionPerformed()
 846   {
 847     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 848     refresh();
 849   }
 850
 851   protected void buriedColour_actionPerformed()
 852   {
 853     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 854     refresh();
 855   }
 856
 857   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 858   {
 859     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 860     refresh();
 861   }
 862
 863   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 864   {
 865     SequenceGroup sg = getGroup();
 866     if (sg.cs == null)
 867     {
 868       return;
 869     }
 870
 871     if (abovePIDColour.getState())
 872     {
 873       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
 874               sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 875               ap.av.alignment.getWidth()));
 876       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 877               .getName());
 878
 879       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 880
 881       SliderPanel.showPIDSlider();
 882
 883     }
 884     else
 885     // remove PIDColouring
 886     {
 887       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 888     }
 889
 890     refresh();
 891
 892   }
 893
 894   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 895   {
 896     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 897   }
 898
 899   protected void PIDColour_actionPerformed()
 900   {
 901     SequenceGroup sg = getGroup();
 902     sg.cs = new PIDColourScheme();
 903     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
 904             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 905             ap.av.alignment.getWidth()));
 906     refresh();
 907   }
 908
 909   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 910   {
 911     SequenceGroup sg = getGroup();
 912
 913     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 914
 915     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
 916             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 917             ap.av.alignment.getWidth()));
 918
 919     refresh();
 920   }
 921
 922   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 923   {
 924     getGroup().cs = null;
 925     refresh();
 926   }
 927
 928   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 929   {
 930     SequenceGroup sg = getGroup();
 931     if (sg.cs == null)
 932     {
 933       return;
 934     }
 935
 936     if (conservationMenuItem.getState())
 937     {
 938
 939       Conservation c = new Conservation("Group",
 940               ResidueProperties.propHash, 3,
 941               sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 942               ap.av.alignment.getWidth());
 943
 944       c.calculate();
 945       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);
 946
 947       sg.cs.setConservation(c);
 948
 949       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
 950       SliderPanel.showConservationSlider();
 951     }
 952     else
 953     // remove ConservationColouring
 954     {
 955       sg.cs.setConservation(null);
 956     }
 957
 958     refresh();
 959   }
 960
 961   SequenceGroup getGroup()
 962   {
 963     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 964
 965     // this method won't add a new group if it already exists
 966     if (sg != null)
 967     {
 968       ap.av.alignment.addGroup(sg);
 969     }
 970
 971     return sg;
 972   }
 973
 974   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
 975   {
 976     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 977     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);
 978     ap.av.setSelectionGroup(null);
 979     ap.paintAlignment(true);
 980   }
 981
 982   public void showColourText_itemStateChanged()
 983   {
 984     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
 985     refresh();
 986   }
 987
 988   public void showText_itemStateChanged()
 989   {
 990     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
 991     refresh();
 992   }
 993
 994   public void showNonconserved_itemStateChanged()
 995   {
 996     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
 997     refresh();
 998   }
 999
1000   public void showBoxes_itemStateChanged()
1001   {
1002     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1003     refresh();
1004   }
1005
1006   void hideSequences(boolean representGroup)
1007   {
1008     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1009     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1010     {
1011       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1012       { seq });
1013       return;
1014     }
1015
1016     ap.av.setSelectionGroup(null);
1017
1018     if (representGroup)
1019     {
1020       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1021
1022       return;
1023     }
1024
1025     int gsize = sg.getSize();
1026     SequenceI[] hseqs;
1027
1028     hseqs = new SequenceI[gsize];
1029
1030     int index = 0;
1031     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1032     {
1033       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1034     }
1035
1036     ap.av.hideSequence(hseqs);
1037   }
1038
1039 }