src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.bin.JalviewLite;
  28 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand;
  30 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  34 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  35 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  36 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  37 import jalview.datamodel.SequenceI;
  38 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  39 import jalview.io.DataSourceType;
  40 import jalview.io.FileFormat;
  41 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  42 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  43 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  44 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  45 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  46 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  47 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  48 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  49 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  50 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  51 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  52 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  53 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  54 import jalview.util.MessageManager;
  55 import jalview.util.UrlLink;
  56
  57 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  58 import java.awt.Frame;
  59 import java.awt.Menu;
  60 import java.awt.MenuItem;
  61 import java.awt.event.ActionEvent;
  62 import java.awt.event.ActionListener;
  63 import java.awt.event.ItemEvent;
  64 import java.awt.event.ItemListener;
  65 import java.util.Arrays;
  66 import java.util.Collections;
  67 import java.util.LinkedHashMap;
  68 import java.util.List;
  69 import java.util.Map;
  70 import java.util.TreeMap;
  71 import java.util.Vector;
  72
  73 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  74         ActionListener, ItemListener
  75 {
  76   Menu groupMenu = new Menu();
  77
  78   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  79
  80   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  81
  82   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  83
  84   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  85
  86   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  87
  88   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  89
  90   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  91
  92   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  93
  94   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  95
  96   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  97
  98   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  99
 100   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
 101
 102   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
 103
 104   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
 105
 106   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
 107
 108   final AlignmentPanel ap;
 109
 110   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
 111
 112   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
 113
 114   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
 115
 116   Menu colourMenu = new Menu();
 117
 118   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
 119
 120   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
 121
 122   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
 123
 124   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
 125
 126   Menu seqShowAnnotationsMenu = new Menu(
 127           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 128
 129   Menu seqHideAnnotationsMenu = new Menu(
 130           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 131
 132   MenuItem seqAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 133           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 134
 135   Menu groupShowAnnotationsMenu = new Menu(
 136           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 137
 138   Menu groupHideAnnotationsMenu = new Menu(
 139           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 140
 141   MenuItem groupAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 142           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 143
 144   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
 145
 146   MenuItem copy = new MenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
 147
 148   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
 149
 150   MenuItem toUpper = new MenuItem(
 151           MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
 152
 153   MenuItem toLower = new MenuItem(
 154           MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
 155
 156   MenuItem toggleCase = new MenuItem(
 157           MessageManager.getString("label.toggle_case"));
 158
 159   Menu outputmenu = new Menu();
 160
 161   Menu seqMenu = new Menu();
 162
 163   MenuItem pdb = new MenuItem();
 164
 165   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 166
 167   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 168
 169   MenuItem sequenceName = new MenuItem(
 170           MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 171
 172   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(
 173           MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 174
 175   MenuItem editSequence = new MenuItem(
 176           MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 177
 178   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(
 179           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 180
 181   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(
 182           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 183
 184   MenuItem makeReferenceSeq = new MenuItem();
 185
 186   SequenceI seq;
 187
 188   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 189
 190   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 191
 192   /**
 193    * index of sequence to be revealed
 194    */
 195   int revealSeq_index = -1;
 196
 197   Menu menu1 = new Menu();
 198
 199   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final SequenceI seq,
 200           Vector<String> links)
 201   {
 202     // /////////////////////////////////////////////////////////
 203     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 204     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 205     //
 206     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 207     // ////////////////////////////////////////////////////////
 208
 209     this.ap = apanel;
 210     this.seq = seq;
 211
 212     try
 213     {
 214       jbInit();
 215     } catch (Exception e)
 216     {
 217       e.printStackTrace();
 218     }
 219
 220     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 221     {
 222       MenuItem item = new MenuItem(
 223               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 224
 225       item.addActionListener(this);
 226       outputmenu.add(item);
 227     }
 228
 229     buildAnnotationSubmenus();
 230
 231     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 232     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 233     {
 234       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 235               "label.name_param", new Object[] { sg.getName() }));
 236       showText.setState(sg.getDisplayText());
 237       showColourText.setState(sg.getColourText());
 238       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 239       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 240       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 241       {
 242         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 243         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 244       }
 245       else
 246       {
 247         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 248         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 249       }
 250
 251     }
 252     else
 253     {
 254       remove(hideSeqs);
 255       remove(groupMenu);
 256     }
 257
 258     if (links != null && links.size() > 0)
 259     {
 260       Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 261       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 262       {
 263         String link = links.elementAt(i);
 264         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 265         if (!urlLink.isValid())
 266         {
 267           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 268           continue;
 269         }
 270         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 271         // link.indexOf("|"));
 272         final String label = urlLink.getLabel();
 273         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 274         {
 275
 276           // collect matching db-refs
 277           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 278                   seq.getDBRefs(), new String[] { target });
 279           // collect id string too
 280           String id = seq.getName();
 281           String descr = seq.getDescription();
 282           if (descr != null && descr.length() < 1)
 283           {
 284             descr = null;
 285           }
 286           if (dbr != null)
 287           {
 288             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 289             {
 290               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 291               {
 292                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 293                 // string with this link
 294                 id = null;
 295               }
 296               // create Bare ID link for this RUL
 297               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 298                       true);
 299               if (urls != null)
 300               {
 301                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 302                 {
 303                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 304                 }
 305               }
 306             }
 307           }
 308           if (id != null)
 309           {
 310             // create Bare ID link for this RUL
 311             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 312             if (urls != null)
 313             {
 314               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 315               {
 316                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 317               }
 318             }
 319             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 320           }
 321           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 322           // URL links
 323           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 324           {
 325             // create link for this URL from description only if regex matches
 326             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 327             if (urls != null)
 328             {
 329               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 330               {
 331                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 332               }
 333             }
 334           }
 335         }
 336         else
 337         {
 338           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 339         }
 340         /*
 341          * final String url;
 342          *
 343          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 344          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 345          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 346          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 347          *
 348          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 349          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 350          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 351          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 352          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 353          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 354          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 355          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 356          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 357          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 358          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 359          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 360          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 361          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 362          */
 363       }
 364       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 365       {
 366         if (seq != null)
 367         {
 368           seqMenu.add(linkMenu);
 369         }
 370         else
 371         {
 372           add(linkMenu);
 373         }
 374       }
 375     }
 376     // TODO: add group link menu entry here
 377     if (seq != null)
 378     {
 379       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 380       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 381       {
 382         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 383                 .getString("action.unmark_as_reference"));// Unmark
 384                                                           // representative");
 385       }
 386       else
 387       {
 388         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 389                 .getString("action.set_as_reference")); // );
 390       }
 391       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 392               "label.represent_group_with", new Object[] { seq.getName() }));
 393     }
 394     else
 395     {
 396       remove(seqMenu);
 397     }
 398
 399     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 400     {
 401       remove(revealAll);
 402       remove(revealSeq);
 403     }
 404     else
 405     {
 406       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 407
 408       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 409               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 410       {
 411         revealSeq_index = index;
 412       }
 413       else
 414       {
 415         remove(revealSeq);
 416       }
 417     }
 418   }
 419
 420   /**
 421    * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 422    * 'reference annotations' that may be added to the alignment.
 423    */
 424   private void buildAnnotationSubmenus()
 425   {
 426     /*
 427      * First for the currently selected sequence (if there is one):
 428      */
 429     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null ? Collections
 430             .<SequenceI> emptyList() : Arrays.asList(seq));
 431     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 432             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 433     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 434             selectedSequence);
 435
 436     /*
 437      * and repeat for the current selection group (if there is one):
 438      */
 439     final List<SequenceI> selectedGroup = (ap.av.getSelectionGroup() == null ? Collections
 440             .<SequenceI> emptyList() : ap.av.getSelectionGroup()
 441             .getSequences());
 442     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 443             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 444     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 445             selectedGroup);
 446   }
 447
 448   /**
 449    * Determine whether or not to enable 'add reference annotations' menu item.
 450    * It is enable if there are any annotations, on any of the selected
 451    * sequences, which are not yet on the alignment (visible or not).
 452    *
 453    * @param menu
 454    * @param forSequences
 455    */
 456   private void configureReferenceAnnotationsMenu(MenuItem menuItem,
 457           List<SequenceI> forSequences)
 458   {
 459     menuItem.setEnabled(false);
 460
 461     /*
 462      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
 463      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
 464      */
 465     Map<String, String> tipEntries = new TreeMap<String, String>();
 466     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>>();
 467     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
 468     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences,
 469             tipEntries, candidates, al);
 470     if (!candidates.isEmpty())
 471     {
 472       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
 473       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
 474
 475       /*
 476        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
 477        * configure its action.
 478        */
 479       menuItem.setEnabled(true);
 480
 481       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 482       {
 483         @Override
 484         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 485         {
 486           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
 487         }
 488       });
 489     }
 490   }
 491
 492   /**
 493    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
 494    *
 495    * @param candidates
 496    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
 497    *          of annotations to add to each sequence
 498    */
 499   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
 500           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
 501   {
 502     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
 503     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
 504     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
 505             selectionGroup);
 506     refresh();
 507   }
 508
 509   /**
 510    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 511    *
 512    * @param linkMenu
 513    * @param target
 514    *          - menu label string
 515    * @param url
 516    *          - url to open
 517    */
 518   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 519           final String url)
 520   {
 521     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 522   }
 523
 524   /**
 525    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 526    *
 527    * @param linkMenu
 528    * @param target
 529    *          - URL target window
 530    * @param label
 531    *          - menu label string
 532    * @param url
 533    *          - url to open
 534    */
 535   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 536           final String label, final String url)
 537   {
 538     MenuItem item = new MenuItem(label);
 539     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 540     {
 541       @Override
 542       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 543       {
 544         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 545       }
 546     });
 547     linkMenu.add(item);
 548   }
 549
 550   @Override
 551   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 552   {
 553     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 554     {
 555       abovePIDColour_itemStateChanged();
 556     }
 557     else if (evt.getSource() == showColourText)
 558     {
 559       showColourText_itemStateChanged();
 560     }
 561     else if (evt.getSource() == showText)
 562     {
 563       showText_itemStateChanged();
 564     }
 565     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 566     {
 567       showBoxes_itemStateChanged();
 568     }
 569     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 570     {
 571       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 572     }
 573   }
 574
 575   @Override
 576   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 577   {
 578     Object source = evt.getSource();
 579     if (source == clustalColour)
 580     {
 581       clustalColour_actionPerformed();
 582     }
 583     else if (source == zappoColour)
 584     {
 585       zappoColour_actionPerformed();
 586     }
 587     else if (source == taylorColour)
 588     {
 589       taylorColour_actionPerformed();
 590     }
 591     else if (source == hydrophobicityColour)
 592     {
 593       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 594     }
 595     else if (source == helixColour)
 596     {
 597       helixColour_actionPerformed();
 598     }
 599     else if (source == strandColour)
 600     {
 601       strandColour_actionPerformed();
 602     }
 603     else if (source == turnColour)
 604     {
 605       turnColour_actionPerformed();
 606     }
 607     else if (source == buriedColour)
 608     {
 609       buriedColour_actionPerformed();
 610     }
 611     else if (source == nucleotideMenuItem)
 612     {
 613       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 614     }
 615
 616     else if (source == userDefinedColour)
 617     {
 618       userDefinedColour_actionPerformed();
 619     }
 620     else if (source == PIDColour)
 621     {
 622       PIDColour_actionPerformed();
 623     }
 624     else if (source == BLOSUM62Colour)
 625     {
 626       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 627     }
 628     else if (source == noColourmenuItem)
 629     {
 630       noColourmenuItem_actionPerformed();
 631     }
 632     else if (source == conservationMenuItem)
 633     {
 634       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 635     }
 636     else if (source == unGroupMenuItem)
 637     {
 638       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 639     }
 640
 641     else if (source == createGroupMenuItem)
 642     {
 643       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 644     }
 645
 646     else if (source == sequenceName)
 647     {
 648       editName();
 649     }
 650     else if (source == makeReferenceSeq)
 651     {
 652       makeReferenceSeq_actionPerformed();
 653     }
 654     else if (source == sequenceDetails)
 655     {
 656       showSequenceDetails();
 657     }
 658     else if (source == selSeqDetails)
 659     {
 660       showSequenceSelectionDetails();
 661     }
 662     else if (source == pdb)
 663     {
 664       addPDB();
 665     }
 666     else if (source == hideSeqs)
 667     {
 668       hideSequences(false);
 669     }
 670     else if (source == repGroup)
 671     {
 672       hideSequences(true);
 673     }
 674     else if (source == revealSeq)
 675     {
 676       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 677     }
 678     else if (source == revealAll)
 679     {
 680       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 681     }
 682
 683     else if (source == editGroupName)
 684     {
 685       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 686               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 687               "Group Description", ap.alignFrame,
 688               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 689
 690       if (dialog.accept)
 691       {
 692         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 693         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 694       }
 695
 696     }
 697     else if (source == copy)
 698     {
 699       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 700     }
 701     else if (source == cut)
 702     {
 703       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 704     }
 705     else if (source == editSequence)
 706     {
 707       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 708
 709       if (sg != null)
 710       {
 711         if (seq == null)
 712         {
 713           seq = sg.getSequenceAt(0);
 714         }
 715
 716         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 717                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 718                 "Edit Sequence ", null,
 719
 720                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 721
 722         if (dialog.accept)
 723         {
 724           EditCommand editCommand = new EditCommand(
 725                   MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
 726                   Action.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 727                           ap.av.getGapCharacter()),
 728                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 729                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 730                   ap.av.getAlignment());
 731
 732           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 733
 734           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 735                   .getSequences());
 736         }
 737       }
 738     }
 739     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 740     {
 741       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 742       if (sg != null)
 743       {
 744         List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 745                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 746
 747         String description;
 748         int caseChange;
 749
 750         if (source == toggleCase)
 751         {
 752           description = "Toggle Case";
 753           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 754         }
 755         else if (source == toUpper)
 756         {
 757           description = "To Upper Case";
 758           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 759         }
 760         else
 761         {
 762           description = "To Lower Case";
 763           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 764         }
 765
 766         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 767                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 768                 startEnd, caseChange);
 769
 770         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 771
 772         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 773                 .getSequences());
 774
 775       }
 776     }
 777     else if (source == sequenceFeature)
 778     {
 779       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 780       if (sg == null)
 781       {
 782         return;
 783       }
 784
 785       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 786       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 787       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 788
 789       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 790       {
 791         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 792         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 793         if (start <= end)
 794         {
 795           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 796           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 797                   end, "Jalview");
 798           rsize++;
 799         }
 800       }
 801       rseqs = new SequenceI[rsize];
 802       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 803       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 804       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 805       features = tfeatures;
 806       seqs = rseqs;
 807
 808       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 809               features, true, ap))
 810       {
 811         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 812         ap.av.setShowSequenceFeatures(true);
 813         ;
 814         ap.highlightSearchResults(null);
 815       }
 816     }
 817     else
 818     {
 819       outputText(evt);
 820     }
 821
 822   }
 823
 824   void outputText(ActionEvent e)
 825   {
 826     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 827
 828     Frame frame = new Frame();
 829     frame.add(cap);
 830     JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 831             "label.selection_output_command",
 832             new Object[] { e.getActionCommand() }), 600, 500);
 833     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 834     // now returns a full copy of sequence data
 835     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 836
 837     FileFormat fileFormat = FileFormat.valueOf(e.getActionCommand());
 838     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(fileFormat,
 839             ap.av.getShowJVSuffix(), ap, true));
 840
 841   }
 842
 843   protected void showSequenceSelectionDetails()
 844   {
 845     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 846   }
 847
 848   protected void showSequenceDetails()
 849   {
 850     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { seq });
 851   }
 852
 853   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 854   {
 855
 856     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 857
 858     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 859     for (SequenceI seq : sequences)
 860     {
 861       contents.append(MessageManager.formatMessage(
 862               "label.annotation_for_displayid",
 863               new Object[] { seq.getDisplayId(true) }));
 864       new SequenceAnnotationReport(null).createSequenceAnnotationReport(
 865               contents,
 866               seq,
 867               true,
 868               true,
 869               false,
 870               (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr
 871                       .getMinMax() : null);
 872       contents.append("</p>");
 873     }
 874     Frame frame = new Frame();
 875     frame.add(cap);
 876     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 877             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 878                     : "Selection"), 600, 500);
 879     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content",
 880             new Object[] { contents.toString() }));
 881   }
 882
 883   void editName()
 884   {
 885     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 886             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 887             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 888             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 889
 890     if (dialog.accept)
 891     {
 892       seq.setName(dialog.getName());
 893       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 894       ap.paintAlignment(false);
 895     }
 896   }
 897
 898   void addPDB()
 899   {
 900     if (seq.getAllPDBEntries() != null)
 901     {
 902       PDBEntry entry = seq.getAllPDBEntries().firstElement();
 903
 904       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 905       {
 906         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new SequenceI[] { seq },
 907                 null, ap, DataSourceType.URL);
 908       }
 909       else
 910       {
 911         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new SequenceI[] { seq }, null,
 912                 ap, DataSourceType.URL);
 913       }
 914
 915     }
 916     else
 917     {
 918       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 919       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 920       cap.setPDBImport(seq);
 921       Frame frame = new Frame();
 922       frame.add(cap);
 923       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 924               "label.paste_pdb_file_for_sequence",
 925               new Object[] { seq.getName() }), 400, 300);
 926     }
 927   }
 928
 929   private void jbInit() throws Exception
 930   {
 931     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 932     sequenceFeature.addActionListener(this);
 933
 934     editGroupName.addActionListener(this);
 935     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 936             .getString("action.remove_group"));
 937     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 938
 939     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 940             .getString("action.create_group"));
 941     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 942
 943     nucleotideMenuItem.setLabel(MessageManager
 944             .getString("label.nucleotide"));
 945     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 946     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 947     abovePIDColour.addItemListener(this);
 948     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 949     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));
 950     showBoxes.setState(true);
 951     showBoxes.addItemListener(this);
 952     sequenceName.addActionListener(this);
 953     sequenceDetails.addActionListener(this);
 954     selSeqDetails.addActionListener(this);
 955     displayNonconserved.setLabel(MessageManager
 956             .getString("label.show_non_conversed"));
 957     displayNonconserved.setState(false);
 958     displayNonconserved.addItemListener(this);
 959     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));
 960     showText.addItemListener(this);
 961     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 962     showColourText.addItemListener(this);
 963     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 964     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 965     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 966     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 967     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 968             "label.represent_group_with", new Object[] { "" }));
 969     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 970     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 971     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group:"));
 972     add(groupMenu);
 973     this.add(seqMenu);
 974     this.add(hideSeqs);
 975     this.add(revealSeq);
 976     this.add(revealAll);
 977     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 978     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
 979     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
 980     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
 981     groupMenu.add(editMenu);
 982     groupMenu.add(outputmenu);
 983     groupMenu.add(sequenceFeature);
 984     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 985     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 986     groupMenu.add(menu1);
 987
 988     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 989     colourMenu.add(clustalColour);
 990     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 991     colourMenu.add(PIDColour);
 992     colourMenu.add(zappoColour);
 993     colourMenu.add(taylorColour);
 994     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 995     colourMenu.add(helixColour);
 996     colourMenu.add(strandColour);
 997     colourMenu.add(turnColour);
 998     colourMenu.add(buriedColour);
 999     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
1000     colourMenu.add(userDefinedColour);
1001     colourMenu.addSeparator();
1002     colourMenu.add(abovePIDColour);
1003     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1004
1005     noColourmenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));
1006     noColourmenuItem.addActionListener(this);
1007
1008     clustalColour.setLabel(MessageManager
1009             .getString("label.clustalx_colours"));
1010     clustalColour.addActionListener(this);
1011     zappoColour.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));
1012     zappoColour.addActionListener(this);
1013     taylorColour.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));
1014     taylorColour.addActionListener(this);
1015     hydrophobicityColour.setLabel(MessageManager
1016             .getString("label.hydrophobicity"));
1017     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
1018     helixColour
1019             .setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
1020     helixColour.addActionListener(this);
1021     strandColour.setLabel(MessageManager
1022             .getString("label.strand_propensity"));
1023     strandColour.addActionListener(this);
1024     turnColour.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
1025     turnColour.addActionListener(this);
1026     buriedColour.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));
1027     buriedColour.addActionListener(this);
1028     abovePIDColour.setLabel(MessageManager
1029             .getString("label.above_identity_percentage"));
1030
1031     userDefinedColour.setLabel(MessageManager
1032             .getString("action.user_defined"));
1033     userDefinedColour.addActionListener(this);
1034     PIDColour.setLabel(MessageManager
1035             .getString("label.percentage_identity"));
1036     PIDColour.addActionListener(this);
1037     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
1038     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
1039     conservationMenuItem.setLabel(MessageManager
1040             .getString("label.conservation"));
1041
1042     editMenu.add(copy);
1043     copy.addActionListener(this);
1044     editMenu.add(cut);
1045     cut.addActionListener(this);
1046
1047     editMenu.add(editSequence);
1048     editSequence.addActionListener(this);
1049
1050     editMenu.add(toUpper);
1051     toUpper.addActionListener(this);
1052     editMenu.add(toLower);
1053     toLower.addActionListener(this);
1054     editMenu.add(toggleCase);
1055     seqMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1056     seqMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1057     seqMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1058     seqMenu.add(sequenceName);
1059     seqMenu.add(makeReferenceSeq);
1060     // seqMenu.add(sequenceDetails);
1061
1062     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
1063     {
1064       seqMenu.add(pdb);
1065     }
1066     seqMenu.add(repGroup);
1067     menu1.add(editGroupName);
1068     menu1.add(colourMenu);
1069     menu1.add(showBoxes);
1070     menu1.add(showText);
1071     menu1.add(showColourText);
1072     menu1.add(displayNonconserved);
1073     toggleCase.addActionListener(this);
1074     pdb.addActionListener(this);
1075     hideSeqs.addActionListener(this);
1076     repGroup.addActionListener(this);
1077     revealAll.addActionListener(this);
1078     revealSeq.addActionListener(this);
1079     makeReferenceSeq.addActionListener(this);
1080   }
1081
1082   void refresh()
1083   {
1084     ap.paintAlignment(true);
1085   }
1086
1087   protected void clustalColour_actionPerformed()
1088   {
1089     SequenceGroup sg = getGroup();
1090     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
1091     refresh();
1092   }
1093
1094   protected void zappoColour_actionPerformed()
1095   {
1096     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
1097     refresh();
1098   }
1099
1100   protected void taylorColour_actionPerformed()
1101   {
1102     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
1103     refresh();
1104   }
1105
1106   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1107   {
1108     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
1109     refresh();
1110   }
1111
1112   protected void helixColour_actionPerformed()
1113   {
1114     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
1115     refresh();
1116   }
1117
1118   protected void strandColour_actionPerformed()
1119   {
1120     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
1121     refresh();
1122   }
1123
1124   protected void turnColour_actionPerformed()
1125   {
1126     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
1127     refresh();
1128   }
1129
1130   protected void buriedColour_actionPerformed()
1131   {
1132     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
1133     refresh();
1134   }
1135
1136   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1137   {
1138     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
1139     refresh();
1140   }
1141
1142   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
1143   {
1144     SequenceGroup sg = getGroup();
1145     if (sg.cs == null)
1146     {
1147       return;
1148     }
1149
1150     if (abovePIDColour.getState())
1151     {
1152       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1153               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1154       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1155               .getName());
1156
1157       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1158
1159       SliderPanel.showPIDSlider();
1160
1161     }
1162     else
1163     // remove PIDColouring
1164     {
1165       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1166     }
1167
1168     refresh();
1169
1170   }
1171
1172   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
1173   {
1174     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
1175   }
1176
1177   protected void PIDColour_actionPerformed()
1178   {
1179     SequenceGroup sg = getGroup();
1180     sg.cs = new PIDColourScheme();
1181     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1182             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1183     refresh();
1184   }
1185
1186   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1187   {
1188     SequenceGroup sg = getGroup();
1189
1190     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
1191
1192     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1193             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1194
1195     refresh();
1196   }
1197
1198   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1199   {
1200     getGroup().cs = null;
1201     refresh();
1202   }
1203
1204   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1205   {
1206     SequenceGroup sg = getGroup();
1207     if (sg.cs == null)
1208     {
1209       return;
1210     }
1211
1212     if (conservationMenuItem.getState())
1213     {
1214
1215       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
1216               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
1217                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
1218                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
1219       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1220       SliderPanel.showConservationSlider();
1221     }
1222     else
1223     // remove ConservationColouring
1224     {
1225       sg.cs.setConservation(null);
1226     }
1227
1228     refresh();
1229   }
1230
1231   SequenceGroup getGroup()
1232   {
1233     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1234
1235     // this method won't add a new group if it already exists
1236     if (sg != null)
1237     {
1238       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1239     }
1240
1241     return sg;
1242   }
1243
1244   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1245   {
1246     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1247     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1248     ap.av.setSelectionGroup(null);
1249     ap.paintAlignment(true);
1250   }
1251
1252   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1253   {
1254     getGroup(); // implicitly create group
1255     refresh();
1256   }
1257
1258   public void showColourText_itemStateChanged()
1259   {
1260     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1261     refresh();
1262   }
1263
1264   public void showText_itemStateChanged()
1265   {
1266     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1267     refresh();
1268   }
1269
1270   public void makeReferenceSeq_actionPerformed()
1271   {
1272     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1273     {
1274       // initialise the display flags so the user sees something happen
1275       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1276       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1277       ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1278     }
1279     else
1280     {
1281       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == seq)
1282       {
1283         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1284       }
1285       else
1286       {
1287         ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1288       }
1289     }
1290     refresh();
1291   }
1292
1293   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1294   {
1295     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1296     refresh();
1297   }
1298
1299   public void showBoxes_itemStateChanged()
1300   {
1301     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1302     refresh();
1303   }
1304
1305   void hideSequences(boolean representGroup)
1306   {
1307     ap.av.hideSequences(seq, representGroup);
1308   }
1309
1310   /**
1311    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
1312    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
1313    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
1314    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
1315    * <p>
1316    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
1317    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
1318    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
1319    * composite type name, e.g.
1320    * <p>
1321    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
1322    *
1323    * @param seq
1324    */
1325   protected void buildAnnotationTypesMenus(Menu showMenu, Menu hideMenu,
1326           List<SequenceI> forSequences)
1327   {
1328     showMenu.removeAll();
1329     hideMenu.removeAll();
1330
1331     final List<String> all = Arrays.asList(new String[] { MessageManager
1332             .getString("label.all") });
1333     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true, true);
1334     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
1335             false);
1336     showMenu.addSeparator();
1337     hideMenu.addSeparator();
1338
1339     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
1340             .getAlignmentAnnotation();
1341
1342     /*
1343      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1344      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1345      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1346      * alignment.
1347      */
1348     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1349     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1350     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
1351             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
1352
1353     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1354     {
1355       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1356       {
1357         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
1358                 false, true);
1359       }
1360     }
1361     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1362     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1363
1364     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1365     {
1366       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1367       {
1368         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
1369                 false, false);
1370       }
1371     }
1372     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1373     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1374   }
1375
1376   /**
1377    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1378    * menus.
1379    *
1380    * @param showOrHideMenu
1381    *          the menu to add to
1382    * @param forSequences
1383    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1384    * @param calcId
1385    * @param types
1386    *          the label to add
1387    * @param allTypes
1388    *          if true this is a special label meaning 'All'
1389    * @param actionIsShow
1390    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1391    *          type, else hide
1392    */
1393   protected void addAnnotationTypeToShowHide(Menu showOrHideMenu,
1394           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1395           final List<String> types, final boolean allTypes,
1396           final boolean actionIsShow)
1397   {
1398     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1399     label = label.substring(1, label.length() - 1);
1400     final MenuItem item = new MenuItem(label);
1401     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1402     {
1403       @Override
1404       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1405       {
1406         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
1407                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
1408         refresh();
1409       }
1410     });
1411     showOrHideMenu.add(item);
1412   }
1413
1414 }