src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.bin.JalviewLite;
  28 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand;
  30 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  36 import jalview.datamodel.SequenceI;
  37 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  38 import jalview.io.DataSourceType;
  39 import jalview.io.FileFormatI;
  40 import jalview.io.FileFormats;
  41 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  42 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  43 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  44 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  45 import jalview.schemes.CollectionColourScheme;
  46 import jalview.schemes.CollectionColourSchemeI;
  47 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  48 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  49 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  50 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  51 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  52 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  53 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  54 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  55 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  56 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  57 import jalview.util.MessageManager;
  58 import jalview.util.UrlLink;
  59
  60 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  61 import java.awt.Frame;
  62 import java.awt.Menu;
  63 import java.awt.MenuItem;
  64 import java.awt.event.ActionEvent;
  65 import java.awt.event.ActionListener;
  66 import java.awt.event.ItemEvent;
  67 import java.awt.event.ItemListener;
  68 import java.util.Arrays;
  69 import java.util.Collection;
  70 import java.util.Collections;
  71 import java.util.LinkedHashMap;
  72 import java.util.List;
  73 import java.util.Map;
  74 import java.util.SortedMap;
  75 import java.util.TreeMap;
  76 import java.util.Vector;
  77
  78 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  79         ActionListener, ItemListener
  80 {
  81   Menu groupMenu = new Menu();
  82
  83   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  84
  85   CheckboxMenuItem noColour = new CheckboxMenuItem();
  86
  87   protected CheckboxMenuItem clustalColour = new CheckboxMenuItem();
  88
  89   protected CheckboxMenuItem zappoColour = new CheckboxMenuItem();
  90
  91   protected CheckboxMenuItem taylorColour = new CheckboxMenuItem();
  92
  93   protected CheckboxMenuItem hydrophobicityColour = new CheckboxMenuItem();
  94
  95   protected CheckboxMenuItem helixColour = new CheckboxMenuItem();
  96
  97   protected CheckboxMenuItem strandColour = new CheckboxMenuItem();
  98
  99   protected CheckboxMenuItem turnColour = new CheckboxMenuItem();
 100
 101   protected CheckboxMenuItem buriedColour = new CheckboxMenuItem();
 102
 103   protected CheckboxMenuItem PIDColour = new CheckboxMenuItem();
 104
 105   protected CheckboxMenuItem BLOSUM62Colour = new CheckboxMenuItem();
 106
 107   CheckboxMenuItem nucleotideColour = new CheckboxMenuItem();
 108
 109   CheckboxMenuItem purinePyrimidineColour = new CheckboxMenuItem();
 110
 111   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
 112
 113   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
 114
 115   protected CheckboxMenuItem conservationColour = new CheckboxMenuItem();
 116
 117   final AlignmentPanel ap;
 118
 119   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
 120
 121   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
 122
 123   Menu colourMenu = new Menu();
 124
 125   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
 126
 127   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
 128
 129   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
 130
 131   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
 132
 133   Menu seqShowAnnotationsMenu = new Menu(
 134           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 135
 136   Menu seqHideAnnotationsMenu = new Menu(
 137           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 138
 139   MenuItem seqAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 140           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 141
 142   Menu groupShowAnnotationsMenu = new Menu(
 143           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 144
 145   Menu groupHideAnnotationsMenu = new Menu(
 146           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 147
 148   MenuItem groupAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 149           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 150
 151   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
 152
 153   MenuItem copy = new MenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
 154
 155   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
 156
 157   MenuItem toUpper = new MenuItem(
 158           MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
 159
 160   MenuItem toLower = new MenuItem(
 161           MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
 162
 163   MenuItem toggleCase = new MenuItem(
 164           MessageManager.getString("label.toggle_case"));
 165
 166   Menu outputmenu = new Menu();
 167
 168   Menu seqMenu = new Menu();
 169
 170   MenuItem pdb = new MenuItem();
 171
 172   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 173
 174   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 175
 176   MenuItem sequenceName = new MenuItem(
 177           MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 178
 179   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(
 180           MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 181
 182   MenuItem editSequence = new MenuItem(
 183           MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 184
 185   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(
 186           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 187
 188   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(
 189           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 190
 191   MenuItem makeReferenceSeq = new MenuItem();
 192
 193   SequenceI seq;
 194
 195   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 196
 197   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 198
 199   /**
 200    * index of sequence to be revealed
 201    */
 202   int revealSeq_index = -1;
 203
 204   Menu menu1 = new Menu();
 205
 206   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final SequenceI seq,
 207           Vector<String> links)
 208   {
 209     // /////////////////////////////////////////////////////////
 210     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 211     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 212     //
 213     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 214     // ////////////////////////////////////////////////////////
 215
 216     this.ap = apanel;
 217     this.seq = seq;
 218
 219     try
 220     {
 221       jbInit();
 222     } catch (Exception e)
 223     {
 224       e.printStackTrace();
 225     }
 226
 227     for (String ff : FileFormats.getInstance().getWritableFormats(true))
 228     {
 229       MenuItem item = new MenuItem(ff);
 230
 231       item.addActionListener(this);
 232       outputmenu.add(item);
 233     }
 234
 235     buildAnnotationSubmenus();
 236
 237     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 238     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 239     {
 240       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 241               "label.name_param", new Object[] { sg.getName() }));
 242       showText.setState(sg.getDisplayText());
 243       showColourText.setState(sg.getColourText());
 244       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 245       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 246       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 247       {
 248         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 249         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 250       }
 251       else
 252       {
 253         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 254         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 255         if (sg.cs != null)
 256         {
 257           abovePIDColour.setState(sg.cs.getThreshold() > 0);
 258           conservationColour.setState(sg.cs.conservationApplied());
 259         }
 260       }
 261       setSelectedColour(sg.cs);
 262     }
 263     else
 264     {
 265       remove(hideSeqs);
 266       remove(groupMenu);
 267     }
 268
 269     if (links != null && links.size() > 0)
 270     {
 271       addFeatureLinks(seq, links);
 272     }
 273
 274     // TODO: add group link menu entry here
 275     if (seq != null)
 276     {
 277       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 278       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 279       {
 280         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 281                 .getString("action.unmark_as_reference"));// Unmark
 282                                                           // representative");
 283       }
 284       else
 285       {
 286         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 287                 .getString("action.set_as_reference")); // );
 288       }
 289       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 290               "label.represent_group_with", new Object[] { seq.getName() }));
 291     }
 292     else
 293     {
 294       remove(seqMenu);
 295     }
 296
 297     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 298     {
 299       remove(revealAll);
 300       remove(revealSeq);
 301     }
 302     else
 303     {
 304       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 305
 306       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 307               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 308       {
 309         revealSeq_index = index;
 310       }
 311       else
 312       {
 313         remove(revealSeq);
 314       }
 315     }
 316   }
 317
 318   /**
 319    * Select the menu item (if any) matching the current colour scheme. This
 320    * works by matching the menu item name (not display text) to the canonical
 321    * name of the colour scheme.
 322    *
 323    * @param cs
 324    */
 325   protected void setSelectedColour(CollectionColourSchemeI cs)
 326   {
 327     if (cs == null || cs.getColourScheme() == null)
 328     {
 329       noColour.setState(true);
 330     }
 331     else
 332     {
 333       String name = cs.getColourScheme().getSchemeName();
 334       for (int i = 0; i < colourMenu.getItemCount(); i++)
 335       {
 336         MenuItem item = colourMenu.getItem(i);
 337         if (item instanceof CheckboxMenuItem)
 338         {
 339           if (name.equals(item.getName()))
 340           {
 341             ((CheckboxMenuItem) item).setState(true);
 342           }
 343         }
 344       }
 345     }
 346   }
 347
 348   /**
 349    * Adds a 'Link' menu item with a sub-menu item for each hyperlink provided.
 350    *
 351    * @param seq
 352    * @param links
 353    */
 354   void addFeatureLinks(final SequenceI seq, List<String> links)
 355   {
 356     Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 357     Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<String, List<String>>();
 358
 359     for (String link : links)
 360     {
 361       UrlLink urlLink = null;
 362       try
 363       {
 364         urlLink = new UrlLink(link);
 365       } catch (Exception foo)
 366       {
 367         System.err.println("Exception for URLLink '" + link + "': "
 368                 + foo.getMessage());
 369         continue;
 370       }
 371
 372       if (!urlLink.isValid())
 373       {
 374         System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 375         continue;
 376       }
 377
 378       urlLink.createLinksFromSeq(seq, linkset);
 379     }
 380
 381     addshowLinks(linkMenu, linkset.values());
 382
 383     // disable link menu if there are no valid entries
 384     if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 385     {
 386       linkMenu.setEnabled(true);
 387     }
 388     else
 389     {
 390       linkMenu.setEnabled(false);
 391     }
 392
 393     if (seq != null)
 394     {
 395       seqMenu.add(linkMenu);
 396     }
 397     else
 398     {
 399       add(linkMenu);
 400     }
 401
 402   }
 403
 404   private void addshowLinks(Menu linkMenu, Collection<List<String>> linkset)
 405   {
 406     for (List<String> linkstrset : linkset)
 407     {
 408       // split linkstr into label and url
 409       addshowLink(linkMenu, linkstrset.get(1), linkstrset.get(3));
 410     }
 411   }
 412
 413   /**
 414    * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 415    * 'reference annotations' that may be added to the alignment.
 416    */
 417   private void buildAnnotationSubmenus()
 418   {
 419     /*
 420      * First for the currently selected sequence (if there is one):
 421      */
 422     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null ? Collections
 423             .<SequenceI> emptyList() : Arrays.asList(seq));
 424     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 425             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 426     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 427             selectedSequence);
 428
 429     /*
 430      * and repeat for the current selection group (if there is one):
 431      */
 432     final List<SequenceI> selectedGroup = (ap.av.getSelectionGroup() == null ? Collections
 433             .<SequenceI> emptyList() : ap.av.getSelectionGroup()
 434             .getSequences());
 435     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 436             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 437     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 438             selectedGroup);
 439   }
 440
 441   /**
 442    * Determine whether or not to enable 'add reference annotations' menu item.
 443    * It is enable if there are any annotations, on any of the selected
 444    * sequences, which are not yet on the alignment (visible or not).
 445    *
 446    * @param menu
 447    * @param forSequences
 448    */
 449   private void configureReferenceAnnotationsMenu(MenuItem menuItem,
 450           List<SequenceI> forSequences)
 451   {
 452     menuItem.setEnabled(false);
 453
 454     /*
 455      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
 456      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
 457      */
 458     SortedMap<String, String> tipEntries = new TreeMap<String, String>();
 459     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>>();
 460     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
 461     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences,
 462             tipEntries, candidates, al);
 463     if (!candidates.isEmpty())
 464     {
 465       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
 466       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
 467
 468       /*
 469        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
 470        * configure its action.
 471        */
 472       menuItem.setEnabled(true);
 473
 474       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 475       {
 476         @Override
 477         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 478         {
 479           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
 480         }
 481       });
 482     }
 483   }
 484
 485   /**
 486    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
 487    *
 488    * @param candidates
 489    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
 490    *          of annotations to add to each sequence
 491    */
 492   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
 493           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
 494   {
 495     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
 496     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
 497     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
 498             selectionGroup);
 499     refresh();
 500   }
 501
 502   /**
 503    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 504    *
 505    * @param linkMenu
 506    * @param target
 507    *          - menu label string
 508    * @param url
 509    *          - url to open
 510    */
 511   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 512           final String url)
 513   {
 514     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 515   }
 516
 517   /**
 518    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 519    *
 520    * @param linkMenu
 521    * @param target
 522    *          - URL target window
 523    * @param label
 524    *          - menu label string
 525    * @param url
 526    *          - url to open
 527    */
 528   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 529           final String label, final String url)
 530   {
 531     MenuItem item = new MenuItem(label);
 532     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 533     {
 534       @Override
 535       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 536       {
 537         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 538       }
 539     });
 540     linkMenu.add(item);
 541   }
 542
 543   /**
 544    * Actions on selecting / unselecting a checkbox menu item
 545    */
 546   @Override
 547   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 548   {
 549     Object source = evt.getSource();
 550     if (source == noColour)
 551     {
 552       noColourmenuItem_actionPerformed();
 553     }
 554     else if (source == clustalColour)
 555     {
 556       clustalColour_actionPerformed();
 557     }
 558     else if (source == BLOSUM62Colour)
 559     {
 560       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 561     }
 562     else if (evt.getSource() == PIDColour)
 563     {
 564       PIDColour_actionPerformed();
 565     }
 566     else if (source == zappoColour)
 567     {
 568       zappoColour_actionPerformed();
 569     }
 570     else if (source == taylorColour)
 571     {
 572       taylorColour_actionPerformed();
 573     }
 574     else if (source == hydrophobicityColour)
 575     {
 576       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 577     }
 578     else if (source == helixColour)
 579     {
 580       helixColour_actionPerformed();
 581     }
 582     else if (source == strandColour)
 583     {
 584       strandColour_actionPerformed();
 585     }
 586     else if (source == turnColour)
 587     {
 588       turnColour_actionPerformed();
 589     }
 590     else if (source == buriedColour)
 591     {
 592       buriedColour_actionPerformed();
 593     }
 594     else if (source == nucleotideColour)
 595     {
 596       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 597     }
 598     else if (source == purinePyrimidineColour)
 599     {
 600       purinePyrimidineColour_actionPerformed();
 601     }
 602     else if (source == abovePIDColour)
 603     {
 604       abovePIDColour_itemStateChanged();
 605     }
 606     else if (source == conservationColour)
 607     {
 608       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 609     }
 610     else if (source == showColourText)
 611     {
 612       showColourText_itemStateChanged();
 613     }
 614     else if (source == showText)
 615     {
 616       showText_itemStateChanged();
 617     }
 618     else if (source == showBoxes)
 619     {
 620       showBoxes_itemStateChanged();
 621     }
 622     else if (source == displayNonconserved)
 623     {
 624       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 625     }
 626   }
 627
 628   /**
 629    * Actions on clicking a menu item
 630    */
 631   @Override
 632   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 633   {
 634     Object source = evt.getSource();
 635     if (source == userDefinedColour)
 636     {
 637       userDefinedColour_actionPerformed();
 638     }
 639     else if (source == unGroupMenuItem)
 640     {
 641       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 642     }
 643
 644     else if (source == createGroupMenuItem)
 645     {
 646       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 647     }
 648
 649     else if (source == sequenceName)
 650     {
 651       editName();
 652     }
 653     else if (source == makeReferenceSeq)
 654     {
 655       makeReferenceSeq_actionPerformed();
 656     }
 657     else if (source == sequenceDetails)
 658     {
 659       showSequenceDetails();
 660     }
 661     else if (source == selSeqDetails)
 662     {
 663       showSequenceSelectionDetails();
 664     }
 665     else if (source == pdb)
 666     {
 667       addPDB();
 668     }
 669     else if (source == hideSeqs)
 670     {
 671       hideSequences(false);
 672     }
 673     else if (source == repGroup)
 674     {
 675       hideSequences(true);
 676     }
 677     else if (source == revealSeq)
 678     {
 679       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 680     }
 681     else if (source == revealAll)
 682     {
 683       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 684     }
 685
 686     else if (source == editGroupName)
 687     {
 688       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 689               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 690               "Group Description", ap.alignFrame,
 691               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 692
 693       if (dialog.accept)
 694       {
 695         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 696         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 697       }
 698
 699     }
 700     else if (source == copy)
 701     {
 702       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 703     }
 704     else if (source == cut)
 705     {
 706       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 707     }
 708     else if (source == editSequence)
 709     {
 710       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 711
 712       if (sg != null)
 713       {
 714         if (seq == null)
 715         {
 716           seq = sg.getSequenceAt(0);
 717         }
 718
 719         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 720                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 721                 "Edit Sequence ", null,
 722
 723                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 724
 725         if (dialog.accept)
 726         {
 727           EditCommand editCommand = new EditCommand(
 728                   MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
 729                   Action.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 730                           ap.av.getGapCharacter()),
 731                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 732                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 733                   ap.av.getAlignment());
 734
 735           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 736
 737           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 738                   .getSequences());
 739         }
 740       }
 741     }
 742     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 743     {
 744       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 745       if (sg != null)
 746       {
 747         List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 748                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 749
 750         String description;
 751         int caseChange;
 752
 753         if (source == toggleCase)
 754         {
 755           description = "Toggle Case";
 756           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 757         }
 758         else if (source == toUpper)
 759         {
 760           description = "To Upper Case";
 761           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 762         }
 763         else
 764         {
 765           description = "To Lower Case";
 766           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 767         }
 768
 769         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 770                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 771                 startEnd, caseChange);
 772
 773         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 774
 775         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 776                 .getSequences());
 777
 778       }
 779     }
 780     else if (source == sequenceFeature)
 781     {
 782       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 783       if (sg == null)
 784       {
 785         return;
 786       }
 787
 788       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 789       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 790       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 791
 792       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 793       {
 794         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 795         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 796         if (start <= end)
 797         {
 798           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 799           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 800                   end, "Jalview");
 801           rsize++;
 802         }
 803       }
 804       rseqs = new SequenceI[rsize];
 805       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 806       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 807       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 808       features = tfeatures;
 809       seqs = rseqs;
 810
 811       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 812               features, true, ap))
 813       {
 814         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 815         ap.av.setShowSequenceFeatures(true);
 816         ;
 817         ap.highlightSearchResults(null);
 818       }
 819     }
 820     else
 821     {
 822       outputText(evt);
 823     }
 824
 825   }
 826
 827   void outputText(ActionEvent e)
 828   {
 829     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 830
 831     Frame frame = new Frame();
 832     frame.add(cap);
 833     JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 834             "label.selection_output_command",
 835             new Object[] { e.getActionCommand() }), 600, 500);
 836     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 837     // now returns a full copy of sequence data
 838     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 839
 840     FileFormatI fileFormat = FileFormats.getInstance().forName(
 841             e.getActionCommand());
 842     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(fileFormat,
 843             ap.av.getShowJVSuffix(), ap, true));
 844
 845   }
 846
 847   protected void showSequenceSelectionDetails()
 848   {
 849     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 850   }
 851
 852   protected void showSequenceDetails()
 853   {
 854     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { seq });
 855   }
 856
 857   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 858   {
 859
 860     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 861
 862     StringBuilder contents = new StringBuilder(128);
 863     for (SequenceI seq : sequences)
 864     {
 865       contents.append(MessageManager.formatMessage(
 866               "label.annotation_for_displayid",
 867               new Object[] { seq.getDisplayId(true) }));
 868       new SequenceAnnotationReport(null).createSequenceAnnotationReport(
 869               contents,
 870               seq,
 871               true,
 872               true,
 873               (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr
 874                       .getMinMax() : null);
 875       contents.append("</p>");
 876     }
 877     Frame frame = new Frame();
 878     frame.add(cap);
 879     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 880             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 881                     : "Selection"), 600, 500);
 882     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content",
 883             new Object[] { contents.toString() }));
 884   }
 885
 886   void editName()
 887   {
 888     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 889             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 890             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 891             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 892
 893     if (dialog.accept)
 894     {
 895       seq.setName(dialog.getName());
 896       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 897       ap.paintAlignment(false);
 898     }
 899   }
 900
 901   void addPDB()
 902   {
 903     Vector<PDBEntry> pdbs = seq.getAllPDBEntries();
 904     if (pdbs != null&& !pdbs.isEmpty())
 905     {
 906       PDBEntry entry = pdbs.firstElement();
 907
 908       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 909       {
 910         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new SequenceI[] { seq },
 911                 null, ap, DataSourceType.URL);
 912       }
 913       else
 914       {
 915         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new SequenceI[] { seq }, null,
 916                 ap, DataSourceType.URL);
 917       }
 918
 919     }
 920     else
 921     {
 922       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 923       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 924       cap.setPDBImport(seq);
 925       Frame frame = new Frame();
 926       frame.add(cap);
 927       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 928               "label.paste_pdb_file_for_sequence",
 929               new Object[] { seq.getName() }), 400, 300);
 930     }
 931   }
 932
 933   private void jbInit() throws Exception
 934   {
 935     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 936     sequenceFeature.addActionListener(this);
 937
 938     editGroupName.addActionListener(this);
 939     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 940             .getString("action.remove_group"));
 941     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 942
 943     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 944             .getString("action.create_group"));
 945     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 946
 947     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 948     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));
 949     showBoxes.setState(true);
 950     showBoxes.addItemListener(this);
 951     sequenceName.addActionListener(this);
 952     sequenceDetails.addActionListener(this);
 953     selSeqDetails.addActionListener(this);
 954     displayNonconserved.setLabel(MessageManager
 955             .getString("label.show_non_conserved"));
 956     displayNonconserved.setState(false);
 957     displayNonconserved.addItemListener(this);
 958     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));
 959     showText.addItemListener(this);
 960     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 961     showColourText.addItemListener(this);
 962     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 963     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 964     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 965     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 966     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 967             "label.represent_group_with", new Object[] { "" }));
 968     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 969     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 970     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group:"));
 971     add(groupMenu);
 972     this.add(seqMenu);
 973     this.add(hideSeqs);
 974     this.add(revealSeq);
 975     this.add(revealAll);
 976     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 977     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
 978     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
 979     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
 980     groupMenu.add(editMenu);
 981     groupMenu.add(outputmenu);
 982     groupMenu.add(sequenceFeature);
 983     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 984     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 985     groupMenu.add(menu1);
 986
 987     colourMenu.add(noColour);
 988     colourMenu.add(clustalColour);
 989     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 990     colourMenu.add(PIDColour);
 991     colourMenu.add(zappoColour);
 992     colourMenu.add(taylorColour);
 993     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 994     colourMenu.add(helixColour);
 995     colourMenu.add(strandColour);
 996     colourMenu.add(turnColour);
 997     colourMenu.add(buriedColour);
 998     colourMenu.add(nucleotideColour);
 999     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);
1000     colourMenu.add(userDefinedColour);
1001     colourMenu.addSeparator();
1002     colourMenu.add(abovePIDColour);
1003     colourMenu.add(conservationColour);
1004
1005     noColour.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));
1006     noColour.addItemListener(this);
1007
1008     /*
1009      * setName allows setSelectedColour to do its thing
1010      */
1011     clustalColour.setLabel(MessageManager
1012             .getString("label.colourScheme_clustal"));
1013     clustalColour.setName(JalviewColourScheme.Clustal.toString());
1014     clustalColour.addItemListener(this);
1015     BLOSUM62Colour.setLabel(MessageManager
1016             .getString("label.colourScheme_blosum62"));
1017     BLOSUM62Colour.setName(JalviewColourScheme.Blosum62.toString());
1018     BLOSUM62Colour.addItemListener(this);
1019     PIDColour.setLabel(MessageManager
1020             .getString("label.colourScheme_%_identity"));
1021     PIDColour.setName(JalviewColourScheme.PID.toString());
1022     PIDColour.addItemListener(this);
1023     zappoColour.setLabel(MessageManager
1024             .getString("label.colourScheme_zappo"));
1025     zappoColour.setName(JalviewColourScheme.Zappo.toString());
1026     zappoColour.addItemListener(this);
1027     taylorColour.setLabel(MessageManager
1028             .getString("label.colourScheme_taylor"));
1029     taylorColour.setName(JalviewColourScheme.Taylor.toString());
1030     taylorColour.addItemListener(this);
1031     hydrophobicityColour.setLabel(MessageManager
1032             .getString("label.colourScheme_hydrophobic"));
1033     hydrophobicityColour
1034             .setName(JalviewColourScheme.Hydrophobic.toString());
1035     hydrophobicityColour.addItemListener(this);
1036     helixColour.setLabel(MessageManager
1037             .getString("label.colourScheme_helix_propensity"));
1038     helixColour.setName(JalviewColourScheme.Helix.toString());
1039     helixColour.addItemListener(this);
1040     strandColour.setLabel(MessageManager
1041             .getString("label.colourScheme_strand_propensity"));
1042     strandColour.setName(JalviewColourScheme.Strand.toString());
1043     strandColour.addItemListener(this);
1044     turnColour.setLabel(MessageManager
1045             .getString("label.colourScheme_turn_propensity"));
1046     turnColour.setName(JalviewColourScheme.Turn.toString());
1047     turnColour.addItemListener(this);
1048     buriedColour.setLabel(MessageManager
1049             .getString("label.colourScheme_buried_index"));
1050     buriedColour.setName(JalviewColourScheme.Buried.toString());
1051     buriedColour.addItemListener(this);
1052     nucleotideColour.setLabel(MessageManager
1053             .getString("label.colourScheme_nucleotide"));
1054     nucleotideColour.setName(JalviewColourScheme.Nucleotide.toString());
1055     nucleotideColour.addItemListener(this);
1056     purinePyrimidineColour.setLabel(MessageManager
1057             .getString("label.colourScheme_purine/pyrimidine"));
1058     purinePyrimidineColour.setName(JalviewColourScheme.PurinePyrimidine
1059             .toString());
1060     purinePyrimidineColour.addItemListener(this);
1061
1062     userDefinedColour.setLabel(MessageManager
1063             .getString("action.user_defined"));
1064     userDefinedColour.addActionListener(this);
1065
1066     abovePIDColour.setLabel(MessageManager
1067             .getString("label.above_identity_threshold"));
1068     abovePIDColour.addItemListener(this);
1069     conservationColour.setLabel(MessageManager
1070             .getString("label.conservation"));
1071     conservationColour.addItemListener(this);
1072
1073     editMenu.add(copy);
1074     copy.addActionListener(this);
1075     editMenu.add(cut);
1076     cut.addActionListener(this);
1077
1078     editMenu.add(editSequence);
1079     editSequence.addActionListener(this);
1080
1081     editMenu.add(toUpper);
1082     toUpper.addActionListener(this);
1083     editMenu.add(toLower);
1084     toLower.addActionListener(this);
1085     editMenu.add(toggleCase);
1086     seqMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1087     seqMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1088     seqMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1089     seqMenu.add(sequenceName);
1090     seqMenu.add(makeReferenceSeq);
1091     // seqMenu.add(sequenceDetails);
1092
1093     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
1094     {
1095       seqMenu.add(pdb);
1096     }
1097     seqMenu.add(repGroup);
1098     menu1.add(editGroupName);
1099     menu1.add(colourMenu);
1100     menu1.add(showBoxes);
1101     menu1.add(showText);
1102     menu1.add(showColourText);
1103     menu1.add(displayNonconserved);
1104     toggleCase.addActionListener(this);
1105     pdb.addActionListener(this);
1106     hideSeqs.addActionListener(this);
1107     repGroup.addActionListener(this);
1108     revealAll.addActionListener(this);
1109     revealSeq.addActionListener(this);
1110     makeReferenceSeq.addActionListener(this);
1111   }
1112
1113   void refresh()
1114   {
1115     ap.paintAlignment(true);
1116   }
1117
1118   protected void clustalColour_actionPerformed()
1119   {
1120     SequenceGroup sg = getGroup();
1121     sg.cs = new CollectionColourScheme(new ClustalxColourScheme(sg,
1122             ap.av.getHiddenRepSequences()));
1123     refresh();
1124   }
1125
1126   protected void zappoColour_actionPerformed()
1127   {
1128     getGroup().cs = new CollectionColourScheme(new ZappoColourScheme());
1129     refresh();
1130   }
1131
1132   protected void taylorColour_actionPerformed()
1133   {
1134     getGroup().cs = new CollectionColourScheme(new TaylorColourScheme());
1135     refresh();
1136   }
1137
1138   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1139   {
1140     getGroup().cs = new CollectionColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
1141     refresh();
1142   }
1143
1144   protected void helixColour_actionPerformed()
1145   {
1146     getGroup().cs = new CollectionColourScheme(new HelixColourScheme());
1147     refresh();
1148   }
1149
1150   protected void strandColour_actionPerformed()
1151   {
1152     getGroup().cs = new CollectionColourScheme(new StrandColourScheme());
1153     refresh();
1154   }
1155
1156   protected void turnColour_actionPerformed()
1157   {
1158     getGroup().cs = new CollectionColourScheme(new TurnColourScheme());
1159     refresh();
1160   }
1161
1162   protected void buriedColour_actionPerformed()
1163   {
1164     getGroup().cs = new CollectionColourScheme(new BuriedColourScheme());
1165     refresh();
1166   }
1167
1168   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1169   {
1170     getGroup().cs = new CollectionColourScheme(new NucleotideColourScheme());
1171     refresh();
1172   }
1173
1174   public void purinePyrimidineColour_actionPerformed()
1175   {
1176     getGroup().cs = new CollectionColourScheme(
1177             new PurinePyrimidineColourScheme());
1178     refresh();
1179   }
1180
1181   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
1182   {
1183     SequenceGroup sg = getGroup();
1184     if (sg.cs == null)
1185     {
1186       return;
1187     }
1188
1189     if (abovePIDColour.getState())
1190     {
1191       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1192               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1193       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1194               .getName());
1195
1196       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1197
1198       SliderPanel.showPIDSlider();
1199
1200     }
1201     else
1202     // remove PIDColouring
1203     {
1204       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1205     }
1206
1207     refresh();
1208
1209   }
1210
1211   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
1212   {
1213     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
1214   }
1215
1216   protected void PIDColour_actionPerformed()
1217   {
1218     SequenceGroup sg = getGroup();
1219     sg.cs = new CollectionColourScheme(new PIDColourScheme());
1220     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1221             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1222     refresh();
1223   }
1224
1225   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1226   {
1227     SequenceGroup sg = getGroup();
1228
1229     sg.cs = new CollectionColourScheme(new Blosum62ColourScheme());
1230
1231     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1232             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1233
1234     refresh();
1235   }
1236
1237   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1238   {
1239     getGroup().cs = null;
1240     refresh();
1241   }
1242
1243   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1244   {
1245     SequenceGroup sg = getGroup();
1246     if (sg.cs == null)
1247     {
1248       return;
1249     }
1250
1251     if (conservationColour.getState())
1252     {
1253       Conservation conservation = Conservation.calculateConservation(
1254               "Group", sg
1255               .getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0, ap.av
1256               .getAlignment().getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(),
1257               false);
1258       sg.getGroupColourScheme().setConservation(conservation);
1259       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1260       SliderPanel.showConservationSlider();
1261     }
1262     else
1263     // remove ConservationColouring
1264     {
1265       sg.cs.setConservation(null);
1266     }
1267
1268     refresh();
1269   }
1270
1271   SequenceGroup getGroup()
1272   {
1273     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1274
1275     // this method won't add a new group if it already exists
1276     if (sg != null)
1277     {
1278       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1279     }
1280
1281     return sg;
1282   }
1283
1284   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1285   {
1286     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1287     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1288     ap.av.setSelectionGroup(null);
1289     ap.paintAlignment(true);
1290   }
1291
1292   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1293   {
1294     getGroup(); // implicitly create group
1295     refresh();
1296   }
1297
1298   public void showColourText_itemStateChanged()
1299   {
1300     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1301     refresh();
1302   }
1303
1304   public void showText_itemStateChanged()
1305   {
1306     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1307     refresh();
1308   }
1309
1310   public void makeReferenceSeq_actionPerformed()
1311   {
1312     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1313     {
1314       // initialise the display flags so the user sees something happen
1315       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1316       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1317       ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1318     }
1319     else
1320     {
1321       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == seq)
1322       {
1323         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1324       }
1325       else
1326       {
1327         ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1328       }
1329     }
1330     refresh();
1331   }
1332
1333   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1334   {
1335     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1336     refresh();
1337   }
1338
1339   public void showBoxes_itemStateChanged()
1340   {
1341     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1342     refresh();
1343   }
1344
1345   void hideSequences(boolean representGroup)
1346   {
1347     ap.av.hideSequences(seq, representGroup);
1348   }
1349
1350   /**
1351    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
1352    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
1353    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
1354    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
1355    * <p>
1356    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
1357    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
1358    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
1359    * composite type name, e.g.
1360    * <p>
1361    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
1362    *
1363    * @param seq
1364    */
1365   protected void buildAnnotationTypesMenus(Menu showMenu, Menu hideMenu,
1366           List<SequenceI> forSequences)
1367   {
1368     showMenu.removeAll();
1369     hideMenu.removeAll();
1370
1371     final List<String> all = Arrays.asList(new String[] { MessageManager
1372             .getString("label.all") });
1373     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true, true);
1374     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
1375             false);
1376     showMenu.addSeparator();
1377     hideMenu.addSeparator();
1378
1379     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
1380             .getAlignmentAnnotation();
1381
1382     /*
1383      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1384      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1385      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1386      * alignment.
1387      */
1388     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1389     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1390     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
1391             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
1392
1393     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1394     {
1395       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1396       {
1397         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
1398                 false, true);
1399       }
1400     }
1401     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1402     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1403
1404     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1405     {
1406       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1407       {
1408         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
1409                 false, false);
1410       }
1411     }
1412     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1413     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1414   }
1415
1416   /**
1417    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1418    * menus.
1419    *
1420    * @param showOrHideMenu
1421    *          the menu to add to
1422    * @param forSequences
1423    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1424    * @param calcId
1425    * @param types
1426    *          the label to add
1427    * @param allTypes
1428    *          if true this is a special label meaning 'All'
1429    * @param actionIsShow
1430    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1431    *          type, else hide
1432    */
1433   protected void addAnnotationTypeToShowHide(Menu showOrHideMenu,
1434           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1435           final List<String> types, final boolean allTypes,
1436           final boolean actionIsShow)
1437   {
1438     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1439     label = label.substring(1, label.length() - 1);
1440     final MenuItem item = new MenuItem(label);
1441     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1442     {
1443       @Override
1444       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1445       {
1446         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
1447                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
1448         refresh();
1449       }
1450     });
1451     showOrHideMenu.add(item);
1452   }
1453
1454 }