src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.appletgui;\r
  19 \r
  20 import java.net.*;\r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  28 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  29 import jalview.commands.*;\r
  30 import jalview.datamodel.*;\r
  31 import jalview.io.*;\r
  32 import jalview.schemes.*;\r
  33 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  34 \r
  35 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,\r
  36         ItemListener, KeyListener\r
  37 {\r
  38   public AlignmentPanel alignPanel;\r
  39 \r
  40   public AlignViewport viewport;\r
  41 \r
  42   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
  43 \r
  44   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
  45 \r
  46   String jalviewServletURL;\r
  47 \r
  48   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet,\r
  49           String title, boolean embedded)\r
  50   {\r
  51 \r
  52     if (applet != null)\r
  53     {\r
  54       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
  55     }\r
  56 \r
  57     try\r
  58     {\r
  59       jbInit();\r
  60     } catch (Exception ex)\r
  61     {\r
  62       ex.printStackTrace();\r
  63     }\r
  64 \r
  65     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
  66     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
  67 \r
  68     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
  69     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
  70 \r
  71     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
  72     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowunconserved());\r
  73     followMouseOverFlag.setState(viewport.getFollowHighlight());\r
  74     showGroupConsensus.setState(viewport.showGroupConsensus);\r
  75     showGroupConservation.setState(viewport.showGroupConservation);\r
  76     showConsensusHistogram.setState(viewport.showConsensusHistogram);\r
  77     showSequenceLogo.setState(viewport.showSequenceLogo);\r
  78 \r
  79     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
  80 \r
  81     if (applet != null)\r
  82     {\r
  83       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
  84       if (param != null)\r
  85       {\r
  86         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
  87         {\r
  88           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
  89         }\r
  90         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
  91         {\r
  92           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
  93         }\r
  94         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
  95         {\r
  96           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
  97         }\r
  98       }\r
  99 \r
 100       param = applet.getParameter("wrap");\r
 101       if (param != null)\r
 102       {\r
 103         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 104         {\r
 105           wrapMenuItem.setState(true);\r
 106           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 107         }\r
 108       }\r
 109       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 110       if (param != null)\r
 111       {\r
 112         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 113         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 114       }\r
 115       try\r
 116       {\r
 117         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 118         if (param != null)\r
 119         {\r
 120           int width = Integer.parseInt(param);\r
 121           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 122         }\r
 123         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 124         if (param != null)\r
 125         {\r
 126           int height = Integer.parseInt(param);\r
 127           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 128         }\r
 129       } catch (Exception ex)\r
 130       {\r
 131       }\r
 132 \r
 133     }\r
 134 \r
 135     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 136     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 137     // now\r
 138     this.addKeyListener(this);\r
 139     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 140     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 141     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 142     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 143     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 144     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 145     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 146     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
 147 \r
 148     validate();\r
 149     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 150     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 151   }\r
 152 \r
 153   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 154   {\r
 155     return viewport;\r
 156   }\r
 157 \r
 158   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 159   {\r
 160     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 161   }\r
 162 \r
 163   /**\r
 164    * Load a features file onto the alignment\r
 165    * \r
 166    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 167    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 168    */\r
 169 \r
 170   public void parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 171   {\r
 172     parseFeaturesFile(file, type, true);\r
 173   }\r
 174   \r
 175   /**\r
 176    * Load a features file onto the alignment\r
 177    * \r
 178    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 179    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 180    * @param autoenabledisplay when true, display features flag will be automatically enabled if features are loaded\r
 181    */\r
 182   public void parseFeaturesFile(String file, String type, boolean autoenabledisplay)\r
 183   {    \r
 184     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 185     boolean featuresFile = false;\r
 186     try\r
 187     {\r
 188       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
 189               .parse(viewport.alignment,\r
 190                       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours,\r
 191                       featureLinks, true, viewport.applet.getDefaultParameter("relaxedidmatch", false));\r
 192     } catch (Exception ex)\r
 193     {\r
 194       ex.printStackTrace();\r
 195     }\r
 196 \r
 197     if (featuresFile)\r
 198     {\r
 199       if (featureLinks.size() > 0)\r
 200       {\r
 201         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 202       }\r
 203       if (autoenabledisplay)\r
 204       {\r
 205         viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 206         sequenceFeatures.setState(true);\r
 207       }\r
 208       if (viewport.featureSettings != null)\r
 209       {\r
 210         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 211       }\r
 212       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 213     }\r
 214 \r
 215   }\r
 216 \r
 217   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 218   {\r
 219     if (viewport.cursorMode\r
 220             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 221                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 222                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 223             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 224       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 225 \r
 226     switch (evt.getKeyCode())\r
 227     {\r
 228     case 27: // escape key\r
 229       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 230       \r
 231       alignPanel.alabels.cancelDrag(); \r
 232       break;\r
 233     case KeyEvent.VK_X:\r
 234       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 235       {\r
 236         cut_actionPerformed();\r
 237       }\r
 238       break;\r
 239     case KeyEvent.VK_C:\r
 240       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 241       {\r
 242         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 243       }\r
 244       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 245       {\r
 246         copy_actionPerformed();\r
 247       }\r
 248       break;\r
 249     case KeyEvent.VK_V:\r
 250       if (evt.isControlDown())\r
 251       {\r
 252         paste(evt.isShiftDown());\r
 253       }\r
 254       break;\r
 255     case KeyEvent.VK_A:\r
 256       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 257       {\r
 258         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 259       }\r
 260       break;\r
 261     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 262       if (viewport.cursorMode)\r
 263       {\r
 264         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 265       }\r
 266       else\r
 267       {\r
 268         moveSelectedSequences(false);\r
 269       }\r
 270       break;\r
 271 \r
 272     case KeyEvent.VK_UP:\r
 273       if (viewport.cursorMode)\r
 274       {\r
 275         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 276       }\r
 277       else\r
 278       {\r
 279         moveSelectedSequences(true);\r
 280       }\r
 281       break;\r
 282 \r
 283     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 284       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 285         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 286       else\r
 287         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 288       break;\r
 289 \r
 290     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 291       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 292         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 293       else\r
 294         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 295       break;\r
 296 \r
 297     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 298       if (viewport.cursorMode)\r
 299       {\r
 300         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 301                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 302       }\r
 303       break;\r
 304 \r
 305     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 306     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 307       if (viewport.cursorMode)\r
 308       {\r
 309         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 310                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 311       }\r
 312       else\r
 313       {\r
 314         cut_actionPerformed();\r
 315         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 316       }\r
 317       break;\r
 318 \r
 319     case KeyEvent.VK_S:\r
 320       if (viewport.cursorMode)\r
 321       {\r
 322         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 323       }\r
 324       break;\r
 325     case KeyEvent.VK_P:\r
 326       if (viewport.cursorMode)\r
 327       {\r
 328         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 329       }\r
 330       break;\r
 331 \r
 332     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 333     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 334       if (viewport.cursorMode)\r
 335       {\r
 336         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 337       }\r
 338       break;\r
 339 \r
 340     case KeyEvent.VK_Q:\r
 341       if (viewport.cursorMode)\r
 342       {\r
 343         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 344       }\r
 345       break;\r
 346     case KeyEvent.VK_M:\r
 347       if (viewport.cursorMode)\r
 348       {\r
 349         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 350       }\r
 351       break;\r
 352 \r
 353     case KeyEvent.VK_F2:\r
 354       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 355       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "\r
 356               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 357       if (viewport.cursorMode)\r
 358       {\r
 359         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 360         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 361       }\r
 362       break;\r
 363 \r
 364     case KeyEvent.VK_F:\r
 365       if (evt.isControlDown())\r
 366       {\r
 367         findMenuItem_actionPerformed();\r
 368       }\r
 369       break;\r
 370 \r
 371     case KeyEvent.VK_H:\r
 372     {\r
 373       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 374       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 375       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 376       break;\r
 377     }\r
 378 \r
 379     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 380       if (viewport.wrapAlignment)\r
 381       {\r
 382         alignPanel.scrollUp(true);\r
 383       }\r
 384       else\r
 385       {\r
 386         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 387                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 388       }\r
 389       break;\r
 390 \r
 391     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 392       if (viewport.wrapAlignment)\r
 393       {\r
 394         alignPanel.scrollUp(false);\r
 395       }\r
 396       else\r
 397       {\r
 398         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 399                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 400       }\r
 401       break;\r
 402 \r
 403     case KeyEvent.VK_Z:\r
 404       if (evt.isControlDown())\r
 405       {\r
 406         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 407       }\r
 408       break;\r
 409 \r
 410     case KeyEvent.VK_Y:\r
 411       if (evt.isControlDown())\r
 412       {\r
 413         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 414       }\r
 415       break;\r
 416 \r
 417     case KeyEvent.VK_L:\r
 418       if (evt.isControlDown())\r
 419       {\r
 420         trimAlignment(true);\r
 421       }\r
 422       break;\r
 423 \r
 424     case KeyEvent.VK_R:\r
 425       if (evt.isControlDown())\r
 426       {\r
 427         trimAlignment(false);\r
 428       }\r
 429       break;\r
 430 \r
 431     case KeyEvent.VK_E:\r
 432       if (evt.isControlDown())\r
 433       {\r
 434         if (evt.isShiftDown())\r
 435         {\r
 436           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 437         }\r
 438         else\r
 439         {\r
 440           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 441         }\r
 442       }\r
 443       break;\r
 444     case KeyEvent.VK_I:\r
 445       if (evt.isControlDown())\r
 446       {\r
 447         if (evt.isAltDown())\r
 448         {\r
 449           invertColSel_actionPerformed();\r
 450         }\r
 451         else\r
 452         {\r
 453           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 454         }\r
 455       }\r
 456       break;\r
 457 \r
 458     case KeyEvent.VK_U:\r
 459       if (evt.isControlDown())\r
 460       {\r
 461         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 462       }\r
 463       break;\r
 464 \r
 465     case KeyEvent.VK_T:\r
 466       if (evt.isControlDown())\r
 467       {\r
 468         newView(null);\r
 469       }\r
 470       break;\r
 471 \r
 472     }\r
 473     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 474   }\r
 475 \r
 476   /**\r
 477    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 478    * \r
 479    * @param toggleSeqs\r
 480    * @param toggleCols\r
 481    */\r
 482   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 483   {\r
 484     boolean hide = false;\r
 485     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 486     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 487     {\r
 488       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 489       // invert and then hide\r
 490       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 491       if ((viewport.colSel != null && viewport.colSel.getSelected() != null && viewport.colSel\r
 492               .getSelected().size() > 0)\r
 493               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 494                       .getEndRes()))\r
 495       {\r
 496         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 497         // that no hiding is required.\r
 498         if (sg != null)\r
 499         {\r
 500           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 501           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 502           toggleSeqs = true;\r
 503 \r
 504         }\r
 505         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 506         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 507         // selection and indicate it should be hidden.\r
 508         invertColSel_actionPerformed();\r
 509         toggleCols = true;\r
 510       }\r
 511     }\r
 512 \r
 513     if (toggleSeqs)\r
 514     {\r
 515       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.alignment.getHeight())\r
 516       {\r
 517         hide = true;\r
 518         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 519       }\r
 520       else if (!(toggleCols && viewport.colSel.getSelected().size() > 0))\r
 521       {\r
 522         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 523       }\r
 524     }\r
 525 \r
 526     if (toggleCols)\r
 527     {\r
 528       if (viewport.colSel.getSelected().size() > 0)\r
 529       {\r
 530         viewport.hideSelectedColumns();\r
 531         if (!toggleSeqs)\r
 532         {\r
 533           viewport.selectionGroup = sg;\r
 534         }\r
 535       }\r
 536       else if (!hide)\r
 537       {\r
 538         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 539       }\r
 540     }\r
 541   }\r
 542 \r
 543   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 544   {\r
 545   }\r
 546 \r
 547   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 548   {\r
 549   }\r
 550 \r
 551   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 552   {\r
 553     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
 554     {\r
 555       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 556     }\r
 557     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 558     {\r
 559       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 560     }\r
 561     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 562     {\r
 563       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 564     }\r
 565     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 566     {\r
 567       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 568     }\r
 569     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 570     {\r
 571       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 572     }\r
 573     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 574     {\r
 575       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 576     }\r
 577     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 578     {\r
 579       seqLimits_itemStateChanged();\r
 580     }\r
 581     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 582     {\r
 583       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 584     }\r
 585     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 586     {\r
 587       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 588     }\r
 589     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 590     {\r
 591       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 592     }\r
 593     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 594     {\r
 595       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 596       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 597     }\r
 598     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 599     {\r
 600       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 601       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 602     }\r
 603     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 604     {\r
 605       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 606     }\r
 607     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 608     {\r
 609       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 610     }\r
 611     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 612     {\r
 613       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 614     }\r
 615     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 616     {\r
 617       viewport.autocalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 618     }\r
 619     else if (evt.getSource() == sortByTree)\r
 620     {\r
 621       viewport.sortByTree = sortByTree.getState();\r
 622     }\r
 623     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)\r
 624     {\r
 625       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 626     }\r
 627     else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)\r
 628     {\r
 629       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 630     }\r
 631     else if (evt.getSource() == showGroupConsensus)\r
 632     {\r
 633       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 634     }\r
 635     else if (evt.getSource() == showGroupConservation)\r
 636     {\r
 637       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 638     }\r
 639     else if (evt.getSource() == showSequenceLogo)\r
 640     {\r
 641       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 642     }\r
 643     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
 644     {\r
 645       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 646     }\r
 647     else if (evt.getSource() == applyAutoAnnotationSettings)\r
 648     {\r
 649       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 650     }\r
 651     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 652   }\r
 653 \r
 654   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 655   {\r
 656     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();\r
 657     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 658     // searchresults.\r
 659   }\r
 660 \r
 661   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 662   {\r
 663     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 664     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 665   }\r
 666 \r
 667   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 668   {\r
 669     Object source = evt.getSource();\r
 670 \r
 671     if (source == inputText)\r
 672     {\r
 673       inputText_actionPerformed();\r
 674     }\r
 675     else if (source == loadTree)\r
 676     {\r
 677       loadTree_actionPerformed();\r
 678     }\r
 679     else if (source == loadApplication)\r
 680     {\r
 681       launchFullApplication();\r
 682     }\r
 683     else if (source == loadAnnotations)\r
 684     {\r
 685       loadAnnotations();\r
 686     }\r
 687     else if (source == outputAnnotations)\r
 688     {\r
 689       outputAnnotations(true);\r
 690     }\r
 691     else if (source == outputFeatures)\r
 692     {\r
 693       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 694     }\r
 695     else if (source == closeMenuItem)\r
 696     {\r
 697       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 698     }\r
 699     else if (source == copy)\r
 700     {\r
 701       copy_actionPerformed();\r
 702     }\r
 703     else if (source == undoMenuItem)\r
 704     {\r
 705       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 706     }\r
 707     else if (source == redoMenuItem)\r
 708     {\r
 709       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 710     }\r
 711     else if (source == inputText)\r
 712     {\r
 713       inputText_actionPerformed();\r
 714     }\r
 715     else if (source == closeMenuItem)\r
 716     {\r
 717       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 718     }\r
 719     else if (source == undoMenuItem)\r
 720     {\r
 721       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 722     }\r
 723     else if (source == redoMenuItem)\r
 724     {\r
 725       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 726     }\r
 727     else if (source == copy)\r
 728     {\r
 729       copy_actionPerformed();\r
 730     }\r
 731     else if (source == pasteNew)\r
 732     {\r
 733       pasteNew_actionPerformed();\r
 734     }\r
 735     else if (source == pasteThis)\r
 736     {\r
 737       pasteThis_actionPerformed();\r
 738     }\r
 739     else if (source == cut)\r
 740     {\r
 741       cut_actionPerformed();\r
 742     }\r
 743     else if (source == delete)\r
 744     {\r
 745       delete_actionPerformed();\r
 746     }\r
 747     else if (source == grpsFromSelection)\r
 748     {\r
 749       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
 750     }\r
 751     else if (source == deleteGroups)\r
 752     {\r
 753       deleteGroups_actionPerformed();\r
 754     }\r
 755     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 756     {\r
 757       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 758     }\r
 759     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 760     {\r
 761       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 762     }\r
 763     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 764     {\r
 765       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 766     }\r
 767     else if (source == invertColSel)\r
 768     {\r
 769       viewport.invertColumnSelection();\r
 770       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 771     }\r
 772     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 773     {\r
 774       trimAlignment(true);\r
 775     }\r
 776     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 777     {\r
 778       trimAlignment(false);\r
 779     }\r
 780     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 781     {\r
 782       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 783     }\r
 784     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 785     {\r
 786       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 787     }\r
 788     else if (source == findMenuItem)\r
 789     {\r
 790       findMenuItem_actionPerformed();\r
 791     }\r
 792     else if (source == font)\r
 793     {\r
 794       new FontChooser(alignPanel);\r
 795     }\r
 796     else if (source == newView)\r
 797     {\r
 798       newView(null);\r
 799     }\r
 800     else if (source == showColumns)\r
 801     {\r
 802       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 803       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 804     }\r
 805     else if (source == showSeqs)\r
 806     {\r
 807       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 808       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 809     }\r
 810     else if (source == hideColumns)\r
 811     {\r
 812       viewport.hideSelectedColumns();\r
 813       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 814     }\r
 815     else if (source == hideSequences\r
 816             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 817     {\r
 818       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 819       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 820     }\r
 821     else if (source == hideAllButSelection)\r
 822     {\r
 823       toggleHiddenRegions(false, false);\r
 824       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 825     }\r
 826     else if (source == hideAllSelection)\r
 827     {\r
 828       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 829       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
 830       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 831       viewport.hideSelectedColumns();\r
 832       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 833     }\r
 834     else if (source == showAllHidden)\r
 835     {\r
 836       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 837       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 838       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 839     }\r
 840     else if (source == showGroupConsensus)\r
 841     {\r
 842       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 843     }\r
 844     else if (source == showGroupConservation)\r
 845     {\r
 846       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 847     }\r
 848     else if (source == showSequenceLogo)\r
 849     {\r
 850       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 851     }\r
 852     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 853     {\r
 854       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 855     }\r
 856     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 857     {\r
 858       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 859     }\r
 860     else if (source == featureSettings)\r
 861     {\r
 862       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 863     }\r
 864     else if (source == alProperties)\r
 865     {\r
 866       StringBuffer contents = new jalview.io.AlignmentProperties(\r
 867               viewport.alignment).formatAsString();\r
 868       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 869       cap.setText(contents.toString());\r
 870       Frame frame = new Frame();\r
 871       frame.add(cap);\r
 872       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "\r
 873               + getTitle(), 400, 250);\r
 874     }\r
 875     else if (source == overviewMenuItem)\r
 876     {\r
 877       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 878     }\r
 879     else if (source == noColourmenuItem)\r
 880     {\r
 881       changeColour(null);\r
 882     }\r
 883     else if (source == clustalColour)\r
 884     {\r
 885       abovePIDThreshold.setState(false);\r
 886       changeColour(new ClustalxColourScheme(\r
 887               viewport.alignment.getSequences(),\r
 888               viewport.alignment.getWidth()));\r
 889     }\r
 890     else if (source == zappoColour)\r
 891     {\r
 892       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
 893     }\r
 894     else if (source == taylorColour)\r
 895     {\r
 896       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
 897     }\r
 898     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 899     {\r
 900       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
 901     }\r
 902     else if (source == helixColour)\r
 903     {\r
 904       changeColour(new HelixColourScheme());\r
 905     }\r
 906     else if (source == strandColour)\r
 907     {\r
 908       changeColour(new StrandColourScheme());\r
 909     }\r
 910     else if (source == turnColour)\r
 911     {\r
 912       changeColour(new TurnColourScheme());\r
 913     }\r
 914     else if (source == buriedColour)\r
 915     {\r
 916       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
 917     }\r
 918     else if (source == nucleotideColour)\r
 919     {\r
 920       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
 921     }\r
 922     else if (source == modifyPID)\r
 923     {\r
 924       modifyPID_actionPerformed();\r
 925     }\r
 926     else if (source == modifyConservation)\r
 927     {\r
 928       modifyConservation_actionPerformed();\r
 929     }\r
 930     else if (source == userDefinedColour)\r
 931     {\r
 932       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
 933     }\r
 934     else if (source == PIDColour)\r
 935     {\r
 936       changeColour(new PIDColourScheme());\r
 937     }\r
 938     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 939     {\r
 940       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
 941     }\r
 942     else if (source == annotationColour)\r
 943     {\r
 944       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
 945     }\r
 946     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
 947     {\r
 948       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 949     }\r
 950     else if (source == sortIDMenuItem)\r
 951     {\r
 952       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 953     }\r
 954     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
 955     {\r
 956       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 957     }\r
 958     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
 959     {\r
 960       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 961     }\r
 962     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
 963     {\r
 964       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
 965     }\r
 966     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
 967     {\r
 968       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
 969     }\r
 970     else if (source == PCAMenuItem)\r
 971     {\r
 972       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
 973     }\r
 974     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
 975     {\r
 976       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
 977     }\r
 978     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
 979     {\r
 980       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
 981     }\r
 982     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
 983     {\r
 984       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
 985     }\r
 986     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
 987     {\r
 988       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
 989     }\r
 990     else if (source == documentation)\r
 991     {\r
 992       documentation_actionPerformed();\r
 993     }\r
 994     else if (source == about)\r
 995     {\r
 996       about_actionPerformed();\r
 997     }\r
 998 \r
 999   }\r
1000 \r
1001   public void inputText_actionPerformed()\r
1002   {\r
1003     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1004     Frame frame = new Frame();\r
1005     frame.add(cap);\r
1006     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
1007   }\r
1008 \r
1009   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1010   {\r
1011     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1012     Frame frame = new Frame();\r
1013     frame.add(cap);\r
1014     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
1015             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);\r
1016     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
1017             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
1018             viewport.showJVSuffix));\r
1019   }\r
1020 \r
1021   public void loadAnnotations()\r
1022   {\r
1023     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1024     cap.setText("Paste your features / annotations file here.");\r
1025     cap.setAnnotationImport();\r
1026     Frame frame = new Frame();\r
1027     frame.add(cap);\r
1028     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
1029 \r
1030   }\r
1031 \r
1032   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1033   {\r
1034     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
1035             viewport.showAnnotation ? viewport.alignment\r
1036                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport.alignment\r
1037                     .getGroups(),\r
1038             ((Alignment) viewport.alignment).alignmentProperties);\r
1039 \r
1040     if (displayTextbox)\r
1041     {\r
1042       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1043       Frame frame = new Frame();\r
1044       frame.add(cap);\r
1045       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);\r
1046       cap.setText(annotation);\r
1047     }\r
1048 \r
1049     return annotation;\r
1050   }\r
1051 \r
1052   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
1053   {\r
1054     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null && viewport.featuresDisplayed!=null)\r
1055     {\r
1056       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
1057       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
1058       Enumeration en = viewport.featuresDisplayed.keys();\r
1059       while (en.hasMoreElements())\r
1060       {\r
1061         Object col = en.nextElement();\r
1062         fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
1063       }\r
1064       return fcols;\r
1065     }\r
1066     return null;\r
1067   }\r
1068 \r
1069   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1070   {\r
1071     String features;\r
1072     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1073     {\r
1074       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
1075               viewport.alignment.getSequencesArray(),\r
1076               getDisplayedFeatureCols());\r
1077     }\r
1078     else\r
1079     {\r
1080       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
1081               viewport.alignment.getSequencesArray(),\r
1082               getDisplayedFeatureCols());\r
1083     }\r
1084 \r
1085     if (displayTextbox)\r
1086     {\r
1087       boolean frimport=false;\r
1088       if (features==null || features.equals("No Features Visible"))\r
1089       {\r
1090         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
1091         frimport=true;\r
1092       }\r
1093       \r
1094       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
1095       if (frimport)\r
1096       {\r
1097         cap.setAnnotationImport();\r
1098       }\r
1099       Frame frame = new Frame();\r
1100       frame.add(cap);\r
1101       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
1102       cap.setText(features);\r
1103     } else {\r
1104       if (features==null)\r
1105         features = "";\r
1106     }\r
1107 \r
1108     return features;\r
1109   }\r
1110 \r
1111   void launchFullApplication()\r
1112   {\r
1113     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1114 \r
1115     url.append("?open="\r
1116             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1117 \r
1118     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1119     {\r
1120       url.append("&features=");\r
1121       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1122     }\r
1123 \r
1124     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1125     {\r
1126       url.append("&annotations=");\r
1127       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1128     }\r
1129 \r
1130     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1131     {\r
1132       url.append("&annotations=");\r
1133       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1134     }\r
1135 \r
1136     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1137     {\r
1138       url.append("&colour="\r
1139               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1140                       .getParameter("defaultColour")));\r
1141     }\r
1142 \r
1143     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1144     {\r
1145       url.append("&colour="\r
1146               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1147                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1148     }\r
1149     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1150     {\r
1151       url.append("&tree="\r
1152               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1153     }\r
1154     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1155     {\r
1156       url.append("&tree="\r
1157               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1158     }\r
1159 \r
1160     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1161   }\r
1162 \r
1163   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1164   {\r
1165     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1166     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1167     {\r
1168       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1169       {\r
1170         sb.append("%20");\r
1171       }\r
1172       else\r
1173       {\r
1174         sb.append(colour.charAt(i));\r
1175       }\r
1176     }\r
1177 \r
1178     return sb.toString();\r
1179   }\r
1180 \r
1181   String appendProtocol(String url)\r
1182   {\r
1183     try\r
1184     {\r
1185       new URL(url);\r
1186       url = URLEncoder.encode(url);\r
1187     }\r
1188     /*\r
1189      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1190      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1191      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1192      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1193      * ex.printStackTrace(); }\r
1194      */\r
1195     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1196     {\r
1197       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1198     }\r
1199     return url;\r
1200   }\r
1201 \r
1202   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1203   {\r
1204     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1205     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1206     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1207 \r
1208     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1209     {\r
1210       System.exit(0);\r
1211     } else {\r
1212     }\r
1213     viewport = null;\r
1214     alignPanel = null;\r
1215     this.dispose();\r
1216   }\r
1217 \r
1218   /**\r
1219    * DOCUMENT ME!\r
1220    */\r
1221   void updateEditMenuBar()\r
1222   {\r
1223 \r
1224     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1225     {\r
1226       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1227       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1228       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1229     }\r
1230     else\r
1231     {\r
1232       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1233       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1234     }\r
1235 \r
1236     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1237     {\r
1238       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1239 \r
1240       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1241       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1242     }\r
1243     else\r
1244     {\r
1245       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1246       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1247     }\r
1248   }\r
1249 \r
1250   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1251   {\r
1252     if (command.getSize() > 0)\r
1253     {\r
1254       viewport.historyList.push(command);\r
1255       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1256       updateEditMenuBar();\r
1257       viewport.hasHiddenColumns = viewport.colSel.getHiddenColumns() != null;\r
1258     }\r
1259   }\r
1260 \r
1261   /**\r
1262    * DOCUMENT ME!\r
1263    * \r
1264    * @param e\r
1265    *          DOCUMENT ME!\r
1266    */\r
1267   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1268   {\r
1269     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1270     {\r
1271       return;\r
1272     }\r
1273 \r
1274     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1275     viewport.redoList.push(command);\r
1276     command.undoCommand(null);\r
1277 \r
1278     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1279 \r
1280     originalSource.hasHiddenColumns = viewport.colSel.getHiddenColumns() != null;\r
1281     updateEditMenuBar();\r
1282     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1283             originalSource.alignment.getSequences());\r
1284   }\r
1285 \r
1286   /**\r
1287    * DOCUMENT ME!\r
1288    * \r
1289    * @param e\r
1290    *          DOCUMENT ME!\r
1291    */\r
1292   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1293   {\r
1294     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1295     {\r
1296       return;\r
1297     }\r
1298 \r
1299     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1300     viewport.historyList.push(command);\r
1301     command.doCommand(null);\r
1302 \r
1303     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1304     originalSource.hasHiddenColumns = viewport.colSel.getHiddenColumns() != null;\r
1305 \r
1306     updateEditMenuBar();\r
1307     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1308             originalSource.alignment.getSequences());\r
1309   }\r
1310 \r
1311   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1312   {\r
1313     AlignViewport originalSource = null;\r
1314     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1315     // the property change event FROM the viewport where the\r
1316     // original alignment was altered\r
1317     AlignmentI al = null;\r
1318     if (command instanceof EditCommand)\r
1319     {\r
1320       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1321       al = editCommand.getAlignment();\r
1322       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1323               .getSequenceSetId());\r
1324       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1325       {\r
1326         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1327         {\r
1328           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.alignment)\r
1329           {\r
1330             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1331             break;\r
1332           }\r
1333         }\r
1334       }\r
1335     }\r
1336 \r
1337     if (originalSource == null)\r
1338     {\r
1339       // The original view is closed, we must validate\r
1340       // the current view against the closed view first\r
1341       if (al != null)\r
1342       {\r
1343         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.alignment);\r
1344       }\r
1345 \r
1346       originalSource = viewport;\r
1347     }\r
1348 \r
1349     return originalSource;\r
1350   }\r
1351 \r
1352   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1353   {\r
1354     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1355     if (sg == null)\r
1356     {\r
1357       return;\r
1358     }\r
1359 \r
1360     if (up)\r
1361     {\r
1362       for (int i = 1; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)\r
1363       {\r
1364         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
1365         if (!sg.getSequences(null).contains(seq))\r
1366         {\r
1367           continue;\r
1368         }\r
1369 \r
1370         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i - 1);\r
1371         if (sg.getSequences(null).contains(temp))\r
1372         {\r
1373           continue;\r
1374         }\r
1375 \r
1376         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1377         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
1378       }\r
1379     }\r
1380     else\r
1381     {\r
1382       for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
1383       {\r
1384         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
1385         if (!sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences).contains(seq))\r
1386         {\r
1387           continue;\r
1388         }\r
1389 \r
1390         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i + 1);\r
1391         if (sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences).contains(temp))\r
1392         {\r
1393           continue;\r
1394         }\r
1395 \r
1396         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1397         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
1398       }\r
1399     }\r
1400 \r
1401     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1402   }\r
1403 \r
1404   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1405   {\r
1406     Vector sg = new Vector();\r
1407     if (viewport.cursorMode)\r
1408     {\r
1409       sg.addElement(viewport.alignment\r
1410               .getSequenceAt(alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1411     }\r
1412     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1413             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport.alignment\r
1414                     .getHeight())\r
1415     {\r
1416       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1417               viewport.hiddenRepSequences);\r
1418     }\r
1419 \r
1420     if (sg.size() < 1)\r
1421     {\r
1422       return;\r
1423     }\r
1424 \r
1425     Vector invertGroup = new Vector();\r
1426 \r
1427     for (int i = 0; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)\r
1428     {\r
1429       if (!sg.contains(viewport.alignment.getSequenceAt(i)))\r
1430         invertGroup.addElement(viewport.alignment.getSequenceAt(i));\r
1431     }\r
1432 \r
1433     SequenceI[] seqs1 = new SequenceI[sg.size()];\r
1434     for (int i = 0; i < sg.size(); i++)\r
1435       seqs1[i] = (SequenceI) sg.elementAt(i);\r
1436 \r
1437     SequenceI[] seqs2 = new SequenceI[invertGroup.size()];\r
1438     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1439       seqs2[i] = (SequenceI) invertGroup.elementAt(i);\r
1440 \r
1441     SlideSequencesCommand ssc;\r
1442     if (right)\r
1443       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1444               size, viewport.getGapCharacter());\r
1445     else\r
1446       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1447               size, viewport.getGapCharacter());\r
1448 \r
1449     int groupAdjustment = 0;\r
1450     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1451     {\r
1452       if (viewport.cursorMode)\r
1453         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1454       else\r
1455         groupAdjustment = size;\r
1456     }\r
1457     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1458     {\r
1459       if (viewport.cursorMode)\r
1460         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1461       else\r
1462         groupAdjustment = -size;\r
1463     }\r
1464 \r
1465     if (groupAdjustment != 0)\r
1466     {\r
1467       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1468               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1469       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1470               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1471     }\r
1472 \r
1473     boolean appendHistoryItem = false;\r
1474     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1475             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1476     {\r
1477       appendHistoryItem = ssc\r
1478               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1479                       .peek());\r
1480     }\r
1481 \r
1482     if (!appendHistoryItem)\r
1483       addHistoryItem(ssc);\r
1484 \r
1485     repaint();\r
1486   }\r
1487 \r
1488   static StringBuffer copiedSequences;\r
1489 \r
1490   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1491 \r
1492   protected void copy_actionPerformed()\r
1493   {\r
1494     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1495     {\r
1496       return;\r
1497     }\r
1498 \r
1499     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1500     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1501     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1502     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1503     {\r
1504       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1505       int index = viewport.alignment.findIndex(seq);\r
1506       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1507     }\r
1508 \r
1509     int index = 0, startRes, endRes;\r
1510     char ch;\r
1511 \r
1512     if (viewport.hasHiddenColumns && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1513     {\r
1514       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1515       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1516       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1517               .size(); i++)\r
1518       {\r
1519         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1520                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1521 \r
1522         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1523         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1524       }\r
1525     }\r
1526     else\r
1527     {\r
1528       copiedHiddenColumns = null;\r
1529     }\r
1530 \r
1531     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1532     {\r
1533       SequenceI seq = null;\r
1534 \r
1535       while (seq == null)\r
1536       {\r
1537         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1538         {\r
1539           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1540           index++;\r
1541 \r
1542           break;\r
1543         }\r
1544         else\r
1545         {\r
1546           index++;\r
1547         }\r
1548       }\r
1549 \r
1550       // FIND START RES\r
1551       // Returns residue following index if gap\r
1552       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1553 \r
1554       // FIND END RES\r
1555       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1556       endRes = 0;\r
1557 \r
1558       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1559       {\r
1560         ch = seq.getCharAt(j);\r
1561         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))\r
1562         {\r
1563           endRes++;\r
1564         }\r
1565       }\r
1566 \r
1567       if (endRes > 0)\r
1568       {\r
1569         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1570       }\r
1571 \r
1572       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1573               + "\t"\r
1574               + startRes\r
1575               + "\t"\r
1576               + endRes\r
1577               + "\t"\r
1578               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1579                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1580     }\r
1581 \r
1582   }\r
1583 \r
1584   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1585   {\r
1586     paste(true);\r
1587   }\r
1588 \r
1589   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1590   {\r
1591     paste(false);\r
1592   }\r
1593 \r
1594   void paste(boolean newAlignment)\r
1595   {\r
1596     try\r
1597     {\r
1598 \r
1599       if (copiedSequences == null)\r
1600       {\r
1601         return;\r
1602       }\r
1603 \r
1604       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1605       Vector seqs = new Vector();\r
1606       while (st.hasMoreElements())\r
1607       {\r
1608         String name = st.nextToken();\r
1609         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1610         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1611         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1612       }\r
1613       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1614       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1615       {\r
1616         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1617       }\r
1618 \r
1619       if (newAlignment)\r
1620       {\r
1621         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1622         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1623         {\r
1624           newtitle = getTitle();\r
1625         }\r
1626         else\r
1627         {\r
1628           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1629         }\r
1630         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1631                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1632         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1633         {\r
1634           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1635           {\r
1636             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1637             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1638           }\r
1639         }\r
1640 \r
1641         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1642                 DEFAULT_HEIGHT);\r
1643       }\r
1644       else\r
1645       {\r
1646         addSequences(newSeqs);\r
1647       }\r
1648 \r
1649     } catch (Exception ex)\r
1650     {\r
1651     } // could be anything being pasted in here\r
1652 \r
1653   }\r
1654 \r
1655   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1656   {\r
1657     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1658     {\r
1659       viewport.alignment.addSequence(seqs[i]);\r
1660     }\r
1661 \r
1662     // !newAlignment\r
1663     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1664             seqs, 0, viewport.alignment.getWidth(), viewport.alignment));\r
1665 \r
1666     viewport.setEndSeq(viewport.alignment.getHeight());\r
1667     viewport.alignment.getWidth();\r
1668     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1669             viewport.alignment.getSequences());\r
1670 \r
1671   }\r
1672 \r
1673   protected void cut_actionPerformed()\r
1674   {\r
1675     copy_actionPerformed();\r
1676     delete_actionPerformed();\r
1677   }\r
1678 \r
1679   protected void delete_actionPerformed()\r
1680   {\r
1681 \r
1682     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1683     if (sg == null)\r
1684     {\r
1685       return;\r
1686     }\r
1687 \r
1688     Vector seqs = new Vector();\r
1689     SequenceI seq;\r
1690     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1691     {\r
1692       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1693       seqs.addElement(seq);\r
1694     }\r
1695 \r
1696     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1697     if (sg.getSize() == viewport.alignment.getHeight())\r
1698     {\r
1699       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1700               sg.getEndRes() + 1);\r
1701     }\r
1702 \r
1703     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1704     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1705     {\r
1706       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1707     }\r
1708 \r
1709     /*\r
1710      * //ADD HISTORY ITEM\r
1711      */\r
1712     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
1713             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1714             viewport.alignment));\r
1715 \r
1716     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1717     viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
1718 \r
1719     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1720             .getSequences());\r
1721 \r
1722     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1723     {\r
1724       this.setVisible(false);\r
1725     }\r
1726     viewport.sendSelection();\r
1727   }\r
1728 \r
1729   /**\r
1730    * group consensus toggled\r
1731    * \r
1732    */\r
1733   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
1734   {\r
1735     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
1736     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1737 \r
1738   }\r
1739 \r
1740   /**\r
1741    * group conservation toggled.\r
1742    */\r
1743   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
1744   {\r
1745     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
1746     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1747   }\r
1748 \r
1749   /*\r
1750    * (non-Javadoc)\r
1751    * \r
1752    * @see\r
1753    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
1754    * .event.ActionEvent)\r
1755    */\r
1756   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
1757   {\r
1758     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
1759     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1760   }\r
1761   /*\r
1762    * (non-Javadoc)\r
1763    * \r
1764    * @see\r
1765    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
1766    * .event.ActionEvent)\r
1767    */\r
1768   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
1769   {\r
1770     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
1771     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1772   }\r
1773 \r
1774   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
1775   {\r
1776     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1777   }\r
1778 \r
1779   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
1780   {\r
1781     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1782     {\r
1783       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
1784               viewport.getSequenceSelection(),\r
1785               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
1786                       viewport.getGapCharacter()),\r
1787               viewport.alignment.getGroups());\r
1788       viewport.alignment.deleteAllGroups();\r
1789       viewport.sequenceColours = null;\r
1790       viewport.setSelectionGroup(null);\r
1791       // set view properties for each group\r
1792       for (int g = 0; g < gps.length; g++)\r
1793       {\r
1794         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());\r
1795         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());\r
1796         viewport.alignment.addGroup(gps[g]);\r
1797         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
1798                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
1799         col = col.brighter();\r
1800         for (Enumeration sq = gps[g].getSequences(null).elements(); sq\r
1801                 .hasMoreElements(); viewport.setSequenceColour(\r
1802                 (SequenceI) sq.nextElement(), col))\r
1803           ;\r
1804       }\r
1805       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
1806       alignPanel.updateAnnotation();\r
1807       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1808     }\r
1809   }\r
1810 \r
1811   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1812   {\r
1813     viewport.alignment.deleteAllGroups();\r
1814     viewport.sequenceColours = null;\r
1815     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1816 \r
1817     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1818   }\r
1819 \r
1820   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1821   {\r
1822     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1823     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1824     {\r
1825       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1826     }\r
1827     sg.setEndRes(viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
1828     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1829     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1830     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1831     viewport.sendSelection();\r
1832   }\r
1833 \r
1834   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1835   {\r
1836     if (viewport.cursorMode)\r
1837     {\r
1838       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1839       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1840     }\r
1841     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1842     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1843     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1844     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1845     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1846     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1847     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1848     viewport.sendSelection();\r
1849   }\r
1850 \r
1851   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1852   {\r
1853     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1854     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1855     {\r
1856       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1857     }\r
1858 \r
1859     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1860     viewport.sendSelection();\r
1861   }\r
1862 \r
1863   public void invertColSel_actionPerformed()\r
1864   {\r
1865     viewport.invertColumnSelection();\r
1866     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1867     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1868     viewport.sendSelection();\r
1869   }\r
1870 \r
1871   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1872   {\r
1873     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1874     int column;\r
1875 \r
1876     if (colSel.size() > 0)\r
1877     {\r
1878       if (trimLeft)\r
1879       {\r
1880         column = colSel.getMin();\r
1881       }\r
1882       else\r
1883       {\r
1884         column = colSel.getMax();\r
1885       }\r
1886 \r
1887       SequenceI[] seqs;\r
1888       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1889       {\r
1890         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1891                 viewport.hiddenRepSequences);\r
1892       }\r
1893       else\r
1894       {\r
1895         seqs = viewport.alignment.getSequencesArray();\r
1896       }\r
1897 \r
1898       TrimRegionCommand trimRegion;\r
1899       if (trimLeft)\r
1900       {\r
1901         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
1902                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
1903                 viewport.alignment, viewport.colSel,\r
1904                 viewport.selectionGroup);\r
1905         viewport.setStartRes(0);\r
1906       }\r
1907       else\r
1908       {\r
1909         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
1910                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
1911                 viewport.alignment, viewport.colSel,\r
1912                 viewport.selectionGroup);\r
1913       }\r
1914 \r
1915       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
1916 \r
1917       addHistoryItem(trimRegion);\r
1918 \r
1919       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
1920 \r
1921       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1922       {\r
1923         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
1924 \r
1925         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
1926                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
1927         {\r
1928           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
1929         }\r
1930       }\r
1931 \r
1932       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
1933               .getAlignment().getSequences());\r
1934     }\r
1935   }\r
1936 \r
1937   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
1938   {\r
1939     int start = 0, end = viewport.alignment.getWidth() - 1;\r
1940 \r
1941     SequenceI[] seqs;\r
1942     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1943     {\r
1944       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1945               viewport.hiddenRepSequences);\r
1946       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1947       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
1948     }\r
1949     else\r
1950     {\r
1951       seqs = viewport.alignment.getSequencesArray();\r
1952     }\r
1953 \r
1954     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
1955             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end, viewport.alignment);\r
1956 \r
1957     addHistoryItem(removeGapCols);\r
1958 \r
1959     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()\r
1960             + " empty columns.");\r
1961 \r
1962     // This is to maintain viewport position on first residue\r
1963     // of first sequence\r
1964     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
1965     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
1966     // ShiftList shifts;\r
1967     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
1968     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
1969     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
1970     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
1971     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
1972     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1973             .getSequences());\r
1974 \r
1975   }\r
1976 \r
1977   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
1978   {\r
1979     int start = 0, end = viewport.alignment.getWidth() - 1;\r
1980 \r
1981     SequenceI[] seqs;\r
1982     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1983     {\r
1984       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1985               viewport.hiddenRepSequences);\r
1986       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1987       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
1988     }\r
1989     else\r
1990     {\r
1991       seqs = viewport.alignment.getSequencesArray();\r
1992     }\r
1993 \r
1994     // This is to maintain viewport position on first residue\r
1995     // of first sequence\r
1996     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
1997     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
1998 \r
1999     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2000             viewport.alignment));\r
2001 \r
2002     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2003 \r
2004     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2005             .getSequences());\r
2006 \r
2007   }\r
2008 \r
2009   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
2010   {\r
2011     new Finder(alignPanel);\r
2012   }\r
2013 \r
2014   /**\r
2015    * create a new view derived from the current view\r
2016    * \r
2017    * @param viewtitle\r
2018    * @return frame for the new view\r
2019    */\r
2020   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
2021   {\r
2022     AlignmentI newal;\r
2023     if (viewport.hasHiddenRows)\r
2024     {\r
2025       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
2026               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
2027     }\r
2028     else\r
2029     {\r
2030       newal = new Alignment(viewport.alignment.getSequencesArray());\r
2031     }\r
2032 \r
2033     if (viewport.alignment.getAlignmentAnnotation() != null)\r
2034     {\r
2035       for (int i = 0; i < viewport.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2036       {\r
2037         if (!viewport.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2038         {\r
2039           newal.addAnnotation(viewport.alignment.getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2040         }\r
2041       }\r
2042     }\r
2043 \r
2044     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2045 \r
2046     newaf.viewport.sequenceSetID = alignPanel.av.getSequenceSetId();\r
2047     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2048     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2049             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2050 \r
2051     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2052             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2053     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2054             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2055 \r
2056     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2057             .getSequenceSetId());\r
2058     int viewSize = -1;\r
2059     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2060     {\r
2061       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2062       {\r
2063         viewSize++;\r
2064       }\r
2065     }\r
2066 \r
2067     String title = new String(this.getTitle());\r
2068     if (viewtitle != null)\r
2069     {\r
2070       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2071     }\r
2072     else\r
2073     {\r
2074       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2075       {\r
2076         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2077       }\r
2078       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2079     }\r
2080 \r
2081     newaf.setTitle(title.toString());\r
2082 \r
2083     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
2084     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
2085     return newaf;\r
2086   }\r
2087 \r
2088   /**\r
2089    * \r
2090    * @return list of feature groups on the view\r
2091    */\r
2092   public String[] getFeatureGroups()\r
2093   {\r
2094     FeatureRenderer fr = null;\r
2095     if (alignPanel != null\r
2096             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2097     {\r
2098       return fr.getGroups();\r
2099     }\r
2100     return null;\r
2101   }\r
2102 \r
2103   /**\r
2104    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2105    * \r
2106    * @param visible\r
2107    *          true is visible\r
2108    * @return list\r
2109    */\r
2110   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2111   {\r
2112     FeatureRenderer fr = null;\r
2113     if (alignPanel != null\r
2114             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2115     {\r
2116       return fr.getGroups(visible);\r
2117     }\r
2118     return null;\r
2119   }\r
2120 \r
2121   /**\r
2122    * Change the display state for the given feature groups\r
2123    * \r
2124    * @param groups\r
2125    *          list of group strings\r
2126    * @param state\r
2127    *          visible or invisible\r
2128    */\r
2129   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2130   {\r
2131     FeatureRenderer fr = null;\r
2132     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2133     viewport.showSequenceFeatures(true);\r
2134     if (alignPanel != null\r
2135             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2136     {\r
2137       fr.setGroupState(groups, state);\r
2138       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2139       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2140       {\r
2141         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2142       }\r
2143     }\r
2144   }\r
2145 \r
2146   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2147   {\r
2148     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2149     alignPanel.fontChanged();\r
2150     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2151   }\r
2152 \r
2153   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2154   {\r
2155     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2156     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2157   }\r
2158 \r
2159   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2160   {\r
2161     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2162     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2163   }\r
2164 \r
2165   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2166   {\r
2167     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2168     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2169     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2170     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2171     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2172     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2173   }\r
2174 \r
2175   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2176   {\r
2177     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2178     {\r
2179       return;\r
2180     }\r
2181 \r
2182     Frame frame = new Frame();\r
2183     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2184     frame.add(overview);\r
2185     // +50 must allow for applet frame window\r
2186     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
2187             overview.getPreferredSize().width,\r
2188             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2189 \r
2190     frame.pack();\r
2191     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2192     {\r
2193       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2194       {\r
2195         alignPanel.setOverviewPanel(null);\r
2196       };\r
2197     });\r
2198 \r
2199     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2200 \r
2201   }\r
2202 \r
2203   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2204   {\r
2205     int threshold = 0;\r
2206 \r
2207     if (cs != null)\r
2208     {\r
2209       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2210       {\r
2211         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
2212                 "Background");\r
2213 \r
2214         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2215 \r
2216         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2217       }\r
2218       else\r
2219       {\r
2220         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2221       }\r
2222 \r
2223       if (viewport.getConservationSelected())\r
2224       {\r
2225 \r
2226         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;\r
2227         Conservation c = new Conservation("All",\r
2228                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
2229                 al.getWidth() - 1);\r
2230 \r
2231         c.calculate();\r
2232         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
2233 \r
2234         cs.setConservation(c);\r
2235 \r
2236         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2237                 cs, "Background"));\r
2238 \r
2239       }\r
2240       else\r
2241       {\r
2242         cs.setConservation(null);\r
2243       }\r
2244 \r
2245       cs.setConsensus(viewport.hconsensus);\r
2246 \r
2247     }\r
2248     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2249 \r
2250     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
2251     {\r
2252       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
2253       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
2254       {\r
2255         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
2256 \r
2257         if (cs == null)\r
2258         {\r
2259           sg.cs = null;\r
2260           continue;\r
2261         }\r
2262         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
2263         {\r
2264           sg.cs = new ClustalxColourScheme(\r
2265                   sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences),\r
2266                   sg.getWidth());\r
2267         }\r
2268         else\r
2269         {\r
2270           try\r
2271           {\r
2272             sg.cs = (ColourSchemeI) cs.getClass().newInstance();\r
2273           } catch (Exception ex)\r
2274           {\r
2275             ex.printStackTrace();\r
2276             sg.cs = cs;\r
2277           }\r
2278         }\r
2279 \r
2280         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2281                 || cs instanceof PIDColourScheme\r
2282                 || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
2283         {\r
2284           sg.cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2285           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(\r
2286                   sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences), 0,\r
2287                   sg.getWidth()));\r
2288         }\r
2289         else\r
2290         {\r
2291           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2292         }\r
2293 \r
2294         if (viewport.getConservationSelected())\r
2295         {\r
2296           Conservation c = new Conservation("Group",\r
2297                   ResidueProperties.propHash, 3,\r
2298                   sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences), 0,\r
2299                   viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
2300           c.calculate();\r
2301           c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
2302           sg.cs.setConservation(c);\r
2303         }\r
2304         else\r
2305         {\r
2306           sg.cs.setConservation(null);\r
2307           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2308         }\r
2309 \r
2310       }\r
2311     }\r
2312 \r
2313     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2314     {\r
2315       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2316     }\r
2317 \r
2318     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
2319             .getStructureSelectionManager(viewport.applet).sequenceColoursChanged(\r
2320                     alignPanel);\r
2321 \r
2322     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2323   }\r
2324 \r
2325   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2326   {\r
2327     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2328             && viewport.globalColourScheme != null)\r
2329     {\r
2330       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2331               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2332       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2333     }\r
2334   }\r
2335 \r
2336   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2337   {\r
2338     if (viewport.getConservationSelected()\r
2339             && viewport.globalColourScheme != null)\r
2340     {\r
2341       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2342               viewport.globalColourScheme, "Background");\r
2343       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2344     }\r
2345   }\r
2346 \r
2347   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2348   {\r
2349     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2350 \r
2351     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2352     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2353 \r
2354     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2355 \r
2356     modifyConservation_actionPerformed();\r
2357   }\r
2358 \r
2359   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2360   {\r
2361     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2362 \r
2363     conservationMenuItem.setState(false);\r
2364     viewport.setConservationSelected(false);\r
2365 \r
2366     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2367 \r
2368     modifyPID_actionPerformed();\r
2369   }\r
2370 \r
2371   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2372   {\r
2373     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2374     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2375             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2376 \r
2377     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2378             viewport.alignment));\r
2379     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2380   }\r
2381 \r
2382   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2383   {\r
2384     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2385     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2386     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder, viewport.alignment));\r
2387     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2388   }\r
2389 \r
2390   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2391   {\r
2392     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2393     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2394     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2395             viewport.alignment));\r
2396     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2397   }\r
2398 \r
2399   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2400   {\r
2401     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2402     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2403     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2404             viewport.alignment));\r
2405     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2406 \r
2407   }\r
2408 \r
2409   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2410   {\r
2411     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2412   }\r
2413 \r
2414   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2415   {\r
2416     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2417             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2418     {\r
2419       Frame frame = new Frame();\r
2420       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2421       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,\r
2422               500);\r
2423     }\r
2424   }\r
2425 \r
2426   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2427   {\r
2428     // are the sequences aligned?\r
2429     if (!viewport.alignment.isAligned(false))\r
2430     {\r
2431       SequenceI current;\r
2432       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2433 \r
2434       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2435       {\r
2436         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2437 \r
2438         if (current.getLength() < Width)\r
2439         {\r
2440           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2441         }\r
2442       }\r
2443       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2444     }\r
2445 \r
2446     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2447             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2448             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2449             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2450     {\r
2451       return;\r
2452     }\r
2453 \r
2454     try\r
2455     {\r
2456       new PCAPanel(viewport);\r
2457     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2458     {\r
2459     }\r
2460 \r
2461   }\r
2462 \r
2463   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2464   {\r
2465     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2466   }\r
2467 \r
2468   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2469   {\r
2470     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2471   }\r
2472 \r
2473   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2474   {\r
2475     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2476   }\r
2477 \r
2478   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2479   {\r
2480     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2481   }\r
2482 \r
2483   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2484   {\r
2485     // are the sequences aligned?\r
2486     if (!viewport.alignment.isAligned(false))\r
2487     {\r
2488       SequenceI current;\r
2489       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2490 \r
2491       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2492       {\r
2493         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2494 \r
2495         if (current.getLength() < Width)\r
2496         {\r
2497           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2498         }\r
2499       }\r
2500       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2501 \r
2502     }\r
2503 \r
2504     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2505             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2506             || (viewport.getSelectionGroup() == null && viewport.alignment\r
2507                     .getHeight() > 1))\r
2508     {\r
2509       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2510 \r
2511       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2512 \r
2513       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2514     }\r
2515   }\r
2516 \r
2517   void loadTree_actionPerformed()\r
2518   {\r
2519     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2520     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2521     cap.setTreeImport();\r
2522     Frame frame = new Frame();\r
2523     frame.add(cap);\r
2524     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2525   }\r
2526 \r
2527   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2528   {\r
2529     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile, "From File - ", tree);\r
2530     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2531     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2532   }\r
2533 \r
2534   /**\r
2535    * sort the alignment using the given treePanel\r
2536    * \r
2537    * @param treePanel\r
2538    *          tree used to sort view\r
2539    * @param title\r
2540    *          string used for undo event name\r
2541    */\r
2542   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2543   {\r
2544     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2545     AlignmentSorter\r
2546             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2547     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2548     // HistoryItem.SORT));\r
2549     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by " + title, oldOrder,\r
2550             viewport.alignment));\r
2551     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2552   }\r
2553 \r
2554   /**\r
2555    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2556    * the menu structure for the new tree\r
2557    * \r
2558    * @param treePanel\r
2559    * @param title\r
2560    */\r
2561   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2562           final String title)\r
2563   {\r
2564     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2565     sortByTreeMenu.add(item);\r
2566     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2567     {\r
2568       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2569       {\r
2570         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2571       }\r
2572     });\r
2573     \r
2574     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2575     {\r
2576       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2577       {\r
2578         if (viewport.sortByTree)\r
2579         {\r
2580           sortByTree(treePanel, title);\r
2581         }\r
2582         super.windowOpened(e);\r
2583       }\r
2584 \r
2585       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2586       {\r
2587         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2588       };\r
2589     });\r
2590   }\r
2591   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2592   {\r
2593     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment()\r
2594     .getSequencesArray();\r
2595     if (viewport.applet.debug)\r
2596     {\r
2597       System.err.println("Sorting "+alorder.getOrder().size()+" in alignment '"+getTitle()+"'");\r
2598     }\r
2599     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2600     if (undoname!=null)\r
2601     {\r
2602       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder, viewport.alignment));\r
2603     }\r
2604     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2605     return true;\r
2606   }\r
2607 \r
2608   protected void documentation_actionPerformed()\r
2609   {\r
2610     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2611   }\r
2612 \r
2613   protected void about_actionPerformed()\r
2614   {\r
2615 \r
2616     class AboutPanel extends Canvas\r
2617     {\r
2618       String version;\r
2619 \r
2620       String builddate;\r
2621 \r
2622       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2623       {\r
2624         this.version = version;\r
2625         this.builddate = builddate;\r
2626       }\r
2627 \r
2628       public void paint(Graphics g)\r
2629       {\r
2630         g.setColor(Color.white);\r
2631         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2632         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2633         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2634         int fh = fm.getHeight();\r
2635         int y = 5, x = 7;\r
2636         g.setColor(Color.black);\r
2637         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2638         // lite and application\r
2639         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2640         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);\r
2641         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2642         g.drawString("Build date: " + builddate, x, y += fh);\r
2643         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2644         g.drawString(\r
2645                 "Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle,",\r
2646                 x, y += fh * 1.5);\r
2647         g.drawString("David Martin & Geoff Barton.", x + 50, y += fh);\r
2648         g.drawString(\r
2649                 "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",\r
2650                 x, y += fh);\r
2651         g.drawString(\r
2652                 "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",\r
2653                 x, y += fh);\r
2654         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2655         g.drawString(\r
2656                 "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",\r
2657                 x, y += fh);\r
2658         g.drawString(\r
2659                 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",\r
2660                 x, y += fh);\r
2661         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",\r
2662                 x, y += fh);\r
2663       }\r
2664     }\r
2665 \r
2666     Frame frame = new Frame();\r
2667     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2668             .getBuildDate()));\r
2669     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);\r
2670 \r
2671   }\r
2672 \r
2673   public void showURL(String url, String target)\r
2674   {\r
2675     if (viewport.applet == null)\r
2676     {\r
2677       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2678     }\r
2679     else\r
2680     {\r
2681       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2682     }\r
2683   }\r
2684 \r
2685   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2686   // JBuilder Graphics here\r
2687 \r
2688   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2689 \r
2690   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2691 \r
2692   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2693 \r
2694   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2695 \r
2696   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
2697 \r
2698   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2699 \r
2700   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2701 \r
2702   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2703 \r
2704   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2705 \r
2706   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2707 \r
2708   Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2709 \r
2710   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2711 \r
2712   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2713 \r
2714   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2715 \r
2716   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2717 \r
2718   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2719 \r
2720   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2721 \r
2722   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2723 \r
2724   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2725 \r
2726   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2727 \r
2728   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2729 \r
2730   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2731 \r
2732   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2733 \r
2734   MenuItem sortLengthMenuItem = new MenuItem();\r
2735 \r
2736   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2737 \r
2738   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2739 \r
2740   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2741 \r
2742   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2743 \r
2744   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2745 \r
2746   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2747 \r
2748   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2749 \r
2750   public Label statusBar = new Label();\r
2751 \r
2752   Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2753 \r
2754   MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2755 \r
2756   MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2757 \r
2758   MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2759 \r
2760   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2761 \r
2762   MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2763 \r
2764   MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2765 \r
2766   MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2767 \r
2768   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2769 \r
2770   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2771 \r
2772   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2773 \r
2774   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2775 \r
2776   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2777 \r
2778   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2779 \r
2780   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2781 \r
2782   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2783 \r
2784   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2785 \r
2786   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");\r
2787 \r
2788   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2789 \r
2790   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2791 \r
2792   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2793 \r
2794   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2795 \r
2796   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2797 \r
2798   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2799 \r
2800   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2801 \r
2802   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2803 \r
2804   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2805 \r
2806   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2807 \r
2808   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2809 \r
2810   MenuItem grpsFromSelection = new MenuItem();\r
2811 \r
2812   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2813 \r
2814   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2815 \r
2816   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2817 \r
2818   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2819 \r
2820   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2821 \r
2822   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2823 \r
2824   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2825 \r
2826   MenuItem font = new MenuItem();\r
2827 \r
2828   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2829 \r
2830   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2831 \r
2832   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2833 \r
2834   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2835 \r
2836   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2837 \r
2838   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(\r
2839           "Autocalculate Consensus", true);\r
2840 \r
2841   CheckboxMenuItem sortByTree = new CheckboxMenuItem(\r
2842           "Sort Alignment With New Tree", true);\r
2843 \r
2844   Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2845 \r
2846   Menu sort = new Menu();\r
2847 \r
2848   Menu calculate = new Menu();\r
2849 \r
2850   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2851 \r
2852   Menu helpMenu = new Menu();\r
2853 \r
2854   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2855 \r
2856   MenuItem about = new MenuItem();\r
2857 \r
2858   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2859 \r
2860   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2861   \r
2862   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2863   Menu autoAnnMenu=new Menu();\r
2864   CheckboxMenuItem showSequenceLogo= new CheckboxMenuItem();\r
2865   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
2866   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
2867   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
2868   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
2869 \r
2870   private void jbInit() throws Exception\r
2871   {\r
2872 \r
2873     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2874 \r
2875     MenuItem item;\r
2876 \r
2877     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2878     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
2879     {\r
2880 \r
2881       item = new MenuItem(\r
2882               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2883 \r
2884       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2885       {\r
2886         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2887         {\r
2888           outputText_actionPerformed(e);\r
2889         }\r
2890       });\r
2891 \r
2892       outputTextboxMenu.add(item);\r
2893     }\r
2894     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
2895     loadApplication.addActionListener(this);\r
2896 \r
2897     loadTree.addActionListener(this);\r
2898     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
2899     outputFeatures.addActionListener(this);\r
2900     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
2901     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2902     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2903     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2904     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
2905     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
2906     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
2907     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
2908     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
2909     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
2910     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
2911     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
2912     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
2913     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
2914     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
2915     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
2916     viewTextMenuItem.setState(true);\r
2917     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2918     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
2919     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
2920     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
2921     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
2922     sortLengthMenuItem.setLabel("by Length");\r
2923     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
2924     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
2925     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
2926     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
2927     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
2928     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
2929     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
2930     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
2931     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
2932     averageDistanceTreeMenuItem\r
2933             .setLabel("Average Distance Using % Identity");\r
2934     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2935     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
2936     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2937     statusBar.setBackground(Color.white);\r
2938     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
2939     statusBar.setText("Status bar");\r
2940     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
2941     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
2942 \r
2943     clustalColour.addActionListener(this);\r
2944     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
2945     zappoColour.addActionListener(this);\r
2946     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
2947     taylorColour.addActionListener(this);\r
2948     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
2949     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
2950     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
2951     helixColour.addActionListener(this);\r
2952     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
2953     strandColour.addActionListener(this);\r
2954     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
2955     turnColour.addActionListener(this);\r
2956     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
2957     buriedColour.addActionListener(this);\r
2958     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
2959     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
2960     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
2961     PIDColour.addActionListener(this);\r
2962     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
2963     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
2964     avDistanceTreeBlosumMenuItem\r
2965             .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
2966     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
2967     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
2968     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
2969     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
2970     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
2971     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
2972     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2973     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show nonconserved");\r
2974     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
2975     alProperties.addActionListener(this);\r
2976     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
2977     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
2978     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
2979     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
2980     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
2981     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
2982     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
2983     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
2984     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
2985     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
2986     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
2987     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
2988     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
2989     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
2990     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
2991     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
2992     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
2993     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
2994     findMenuItem.addActionListener(this);\r
2995     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
2996     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
2997     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
2998     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
2999     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
3000     deleteGroups.addActionListener(this);\r
3001     grpsFromSelection.setLabel("Make Groups for selection");\r
3002     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
3003     copy.setLabel("Copy");\r
3004     copy.addActionListener(this);\r
3005     cut.setLabel("Cut");\r
3006     cut.addActionListener(this);\r
3007     delete.setLabel("Delete");\r
3008     delete.addActionListener(this);\r
3009     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
3010     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
3011     pasteNew.addActionListener(this);\r
3012     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
3013     pasteThis.addActionListener(this);\r
3014     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
3015     applyToAllGroups.setState(true);\r
3016     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
3017     font.setLabel("Font...");\r
3018     font.addActionListener(this);\r
3019     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
3020     scaleAbove.setState(true);\r
3021     scaleAbove.setEnabled(false);\r
3022     scaleAbove.addItemListener(this);\r
3023     scaleLeft.setEnabled(false);\r
3024     scaleLeft.setState(true);\r
3025     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
3026     scaleLeft.addItemListener(this);\r
3027     scaleRight.setEnabled(false);\r
3028     scaleRight.setState(true);\r
3029     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
3030     scaleRight.addItemListener(this);\r
3031     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
3032     modifyPID.addActionListener(this);\r
3033     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
3034     modifyConservation.addActionListener(this);\r
3035     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
3036     sort.setLabel("Sort");\r
3037     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
3038     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3039     sortByTree.addItemListener(this);\r
3040     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
3041     inputText.addActionListener(this);\r
3042     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");\r
3043     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3044     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");\r
3045     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3046     helpMenu.setLabel("Help");\r
3047     documentation.setLabel("Documentation");\r
3048     documentation.addActionListener(this);\r
3049 \r
3050     about.setLabel("About...");\r
3051     about.addActionListener(this);\r
3052     seqLimits.setState(true);\r
3053     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
3054     seqLimits.addItemListener(this);\r
3055     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
3056     featureSettings.addActionListener(this);\r
3057     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
3058     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3059     sequenceFeatures.setState(false);\r
3060     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
3061     annotationColour.addActionListener(this);\r
3062     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
3063     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
3064     menu1.setLabel("Show");\r
3065     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
3066     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
3067     menu2.setLabel("Hide");\r
3068     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
3069     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
3070     hideAllButSelection.setLabel("All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)");\r
3071     hideAllSelection.setLabel("Selected Region");\r
3072     showAllHidden.setLabel("All Sequences and Columns");\r
3073     showGroupConsensus.setLabel("Group Consensus");\r
3074     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
3075     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
3076     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
3077     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
3078     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3079     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
3080     \r
3081     invertColSel.addActionListener(this);\r
3082     showColumns.addActionListener(this);\r
3083     showSeqs.addActionListener(this);\r
3084     hideColumns.addActionListener(this);\r
3085     hideSequences.addActionListener(this);\r
3086     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3087     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3088     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3089     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3090     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3091     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3092     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3093     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3094     formatMenu.setLabel("Format");\r
3095     selectMenu.setLabel("Select");\r
3096     newView.setLabel("New View");\r
3097     newView.addActionListener(this);\r
3098     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3099     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3100     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3101     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3102     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3103     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3104     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3105     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3106 \r
3107     fileMenu.add(inputText);\r
3108     fileMenu.add(loadTree);\r
3109     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3110 \r
3111     fileMenu.addSeparator();\r
3112     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3113     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3114     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3115 \r
3116     if (jalviewServletURL != null)\r
3117     {\r
3118       fileMenu.add(loadApplication);\r
3119     }\r
3120 \r
3121     fileMenu.addSeparator();\r
3122     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3123 \r
3124     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3125     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3126     editMenu.add(cut);\r
3127     editMenu.add(copy);\r
3128     editMenu.add(pasteMenu);\r
3129     editMenu.add(delete);\r
3130     editMenu.addSeparator();\r
3131     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3132     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3133     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3134     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3135     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3136     viewMenu.add(newView);\r
3137     viewMenu.addSeparator();\r
3138     viewMenu.add(menu1);\r
3139     viewMenu.add(menu2);\r
3140     viewMenu.addSeparator();\r
3141     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3142     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3143     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3144     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3145     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3146     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3147     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3148     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3149     viewMenu.add(autoAnnMenu);\r
3150     viewMenu.addSeparator();\r
3151     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3152     viewMenu.add(featureSettings);\r
3153     viewMenu.addSeparator();\r
3154     viewMenu.add(alProperties);\r
3155     viewMenu.addSeparator();\r
3156     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3157     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3158     colourMenu.addSeparator();\r
3159     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3160     colourMenu.add(clustalColour);\r
3161     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3162     colourMenu.add(PIDColour);\r
3163     colourMenu.add(zappoColour);\r
3164     colourMenu.add(taylorColour);\r
3165     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3166     colourMenu.add(helixColour);\r
3167     colourMenu.add(strandColour);\r
3168     colourMenu.add(turnColour);\r
3169     colourMenu.add(buriedColour);\r
3170     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3171     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3172     colourMenu.addSeparator();\r
3173     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3174     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3175     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3176     colourMenu.add(modifyPID);\r
3177     colourMenu.add(annotationColour);\r
3178     calculateMenu.add(sort);\r
3179     calculateMenu.add(calculate);\r
3180     calculateMenu.addSeparator();\r
3181     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3182     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3183     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3184     calculateMenu.add(sortByTree);\r
3185     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3186     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3187     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3188     sort.add(sortIDMenuItem);\r
3189     sort.add(sortLengthMenuItem);\r
3190     sort.add(sortByTreeMenu);\r
3191     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
3192     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3193     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3194     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3195     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3196     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3197     helpMenu.add(documentation);\r
3198     helpMenu.add(about);\r
3199     menu1.add(showColumns);\r
3200     menu1.add(showSeqs);\r
3201     menu1.add(showAllHidden);\r
3202     menu2.add(hideColumns);\r
3203     menu2.add(hideSequences);\r
3204     menu2.add(hideAllSelection);\r
3205     menu2.add(hideAllButSelection);\r
3206     formatMenu.add(font);\r
3207     formatMenu.add(seqLimits);\r
3208     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3209     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3210     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3211     formatMenu.add(scaleRight);\r
3212     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3213     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3214     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3215     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3216     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3217     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3218     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3219     selectMenu.addSeparator();\r
3220     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3221     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3222     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3223     selectMenu.add(invertColSel);\r
3224     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3225     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3226 \r
3227   }\r
3228 \r
3229   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
3230 \r
3231   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
3232 \r
3233   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
3234 \r
3235   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
3236 \r
3237   Menu menu1 = new Menu();\r
3238 \r
3239   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
3240 \r
3241   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
3242 \r
3243   Menu menu2 = new Menu();\r
3244 \r
3245   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
3246 \r
3247   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
3248 \r
3249   MenuItem hideAllButSelection = new MenuItem();\r
3250 \r
3251   MenuItem hideAllSelection = new MenuItem();\r
3252 \r
3253   MenuItem showAllHidden = new MenuItem();\r
3254 \r
3255   Menu formatMenu = new Menu();\r
3256 \r
3257   Menu selectMenu = new Menu();\r
3258 \r
3259   MenuItem newView = new MenuItem();\r
3260 \r
3261   /**\r
3262    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3263    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3264    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3265    * \r
3266    * @param reallyEmbedded\r
3267    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3268    *          in a new window\r
3269    */\r
3270   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)\r
3271   {\r
3272     if (reallyEmbedded)\r
3273     {\r
3274       // ////\r
3275       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3276       //\r
3277       // view cannot be closed if its actually on the page\r
3278       fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3279       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator\r
3280       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",\r
3281               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.\r
3282       // and actually add the components to the applet area\r
3283       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
3284       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3285       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3286       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
3287               viewport.applet.getSize().height - embeddedMenu.HEIGHT\r
3288                       - statusBar.HEIGHT);\r
3289       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3290       final AlignFrame me = this;\r
3291       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3292       {\r
3293         \r
3294         @Override\r
3295         public void focusLost(FocusEvent e)\r
3296         {\r
3297           if (me.viewport.applet.currentAlignFrame==me) {\r
3298                   me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
3299         }}\r
3300         \r
3301         @Override\r
3302         public void focusGained(FocusEvent e)\r
3303         {\r
3304           me.viewport.applet.currentAlignFrame = me;\r
3305         }\r
3306       });\r
3307       viewport.applet.validate();\r
3308     }\r
3309     else\r
3310     {\r
3311       // //////\r
3312       // test and embed menu bar if necessary.\r
3313       //\r
3314       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3315       {\r
3316         // adjust for status bar height too\r
3317         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height\r
3318                 - statusBar.HEIGHT);\r
3319       }\r
3320       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3321       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3322       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3323       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
3324               DEFAULT_HEIGHT);\r
3325     }\r
3326   }\r
3327 \r
3328   /**\r
3329    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3330    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3331    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3332    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3333    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3334    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3335    * \r
3336    * @param viewer\r
3337    *          JmolViewer instance\r
3338    * @param sequenceIds\r
3339    *          - sequence Ids to search for associations\r
3340    */\r
3341   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3342           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3343   {\r
3344     org.jmol.api.JmolViewer viewer = null;\r
3345     try\r
3346     {\r
3347       viewer = (org.jmol.api.JmolViewer) jmolviewer;\r
3348     } catch (ClassCastException ex)\r
3349     {\r
3350       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3351               + jmolviewer.getClass());\r
3352     }\r
3353     if (viewer == null)\r
3354     {\r
3355       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3356               + jmolviewer.getClass());\r
3357       return null;\r
3358     }\r
3359     SequenceI[] seqs = null;\r
3360     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3361     {\r
3362       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3363     }\r
3364     else\r
3365     {\r
3366       Vector sqi = new Vector();\r
3367       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3368       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3369       {\r
3370         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3371         if (sq != null)\r
3372         {\r
3373           sqi.addElement(sq);\r
3374         }\r
3375       }\r
3376       if (sqi.size() > 0)\r
3377       {\r
3378         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3379         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3380         {\r
3381           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3382         }\r
3383       }\r
3384       else\r
3385       {\r
3386         return null;\r
3387       }\r
3388     }\r
3389     ExtJmol jmv = null;\r
3390     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3391     if (jmv == null)\r
3392     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3393       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][] {seqs});\r
3394     }\r
3395     return jmv;\r
3396 \r
3397   }\r
3398   /**\r
3399    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3400    * \r
3401    * @param sequenceId\r
3402    *          - sequenceId within the dataset.\r
3403    * @param pdbEntryString\r
3404    *          - the short name for the PDB file\r
3405    * @param pdbFile\r
3406    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3407    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3408    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3409    *         fails.\r
3410    */\r
3411   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3412           String pdbFile)\r
3413   {\r
3414     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3415     boolean needtoadd = false;\r
3416     if (toaddpdb != null)\r
3417     {\r
3418       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3419       PDBEntry pdbentry = null;\r
3420       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3421       {\r
3422         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3423         {\r
3424           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3425           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3426                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3427           {\r
3428             pdbentry = null;\r
3429           }\r
3430           else\r
3431           {\r
3432             continue;\r
3433           }\r
3434         }\r
3435       }\r
3436       if (pdbentry == null)\r
3437       {\r
3438         pdbentry = new PDBEntry();\r
3439         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3440         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3441         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3442       }\r
3443       // resolve data source\r
3444       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3445       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3446       if (protocol == null)\r
3447       {\r
3448         return false;\r
3449       }\r
3450       if (needtoadd)\r
3451       {\r
3452         // make a note of the access mode and add\r
3453         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3454         {\r
3455           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3456         }\r
3457         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3458         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3459       }\r
3460     }\r
3461     return true;\r
3462   }\r
3463 \r
3464   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
3465   {\r
3466     if (seqs != null)\r
3467     {\r
3468       Vector sequences = new Vector();\r
3469       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
3470       {\r
3471         if (seqs[i] != null)\r
3472         {\r
3473           sequences.addElement(new Object[]\r
3474           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
3475         }\r
3476       }\r
3477       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
3478       chains = new String[sequences.size()];\r
3479       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
3480       {\r
3481         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
3482 \r
3483         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
3484         chains[i] = (String) oj[1];\r
3485       }\r
3486     }\r
3487     return new Object[]\r
3488     { seqs, chains };\r
3489 \r
3490   }\r
3491 \r
3492   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
3493           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
3494   {\r
3495     // Scrub any null sequences from the array\r
3496     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
3497     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
3498     chains = (String[]) sqch[1];\r
3499     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
3500     {\r
3501       System.err\r
3502               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
3503     }\r
3504     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
3505             || protocol.equals("null"))\r
3506     {\r
3507       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
3508       if (protocol == null)\r
3509       {\r
3510         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
3511                 + pdb.getId());\r
3512         return;\r
3513       }\r
3514     }\r
3515     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
3516     {\r
3517       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
3518       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet).setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol)==null) {\r
3519         System.err.println("Failed to map "+pdb.getFile()+" ("+protocol+") to any sequences");\r
3520       }\r
3521       return;\r
3522     }\r
3523     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
3524     {\r
3525       // can only do alignments with Jmol\r
3526       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
3527       jalview.appletgui.AppletJmol ajm = null, tajm;\r
3528       Vector jmols = applet\r
3529               .getAppletWindow(jalview.appletgui.AppletJmol.class);\r
3530       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
3531       {\r
3532         tajm = (jalview.appletgui.AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
3533         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
3534         {\r
3535           ajm = tajm;\r
3536           break;\r
3537         }\r
3538       }\r
3539       if (ajm != null)\r
3540       {\r
3541         System.err\r
3542                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
3543         // try and add the pdb structure\r
3544         // ajm.addS\r
3545         ajm = null;\r
3546       }\r
3547     }\r
3548     // otherwise, create a new window\r
3549     if (applet.jmolAvailable)\r
3550     {\r
3551       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel,\r
3552               protocol);\r
3553       applet.lastFrameX += 40;\r
3554       applet.lastFrameY += 40;\r
3555     }\r
3556     else\r
3557     {\r
3558       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
3559     }\r
3560 \r
3561   }\r
3562 \r
3563   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
3564           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
3565   {\r
3566     // TODO Auto-generated method stub\r
3567     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
3568   }\r
3569 \r
3570   /**\r
3571    * modify the current selection, providing the user has not made a selection already.\r
3572    * @param sel - sequences from this alignment \r
3573    * @param csel - columns to be selected on the alignment\r
3574    */\r
3575   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
3576   {\r
3577     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
3578   }\r
3579 \r
3580   public void scrollTo(int row, int column)\r
3581   {\r
3582     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);    \r
3583   }\r
3584   public void scrollToRow(int row)\r
3585   {\r
3586     alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);    \r
3587   }\r
3588   public void scrollToColumn(int column)\r
3589   {\r
3590     alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);    \r
3591   }\r
3592   /**\r
3593    * @return the alignments unique ID.\r
3594    */\r
3595   public String getSequenceSetId() {\r
3596     return viewport.getSequenceSetId();\r
3597   }\r
3598 }\r