src/jalview/appletgui/AlignViewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.TreeModel;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  26 import jalview.bin.JalviewLite;
  27 import jalview.commands.CommandI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  31 import jalview.datamodel.SearchResults;
  32 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  33 import jalview.datamodel.Sequence;
  34 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.renderer.ResidueShader;
  37 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  38 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  39 import jalview.structure.SelectionSource;
  40 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  41 import jalview.structure.VamsasSource;
  42 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  43
  44 import java.awt.Font;
  45
  46 public class AlignViewport extends AlignmentViewport implements
  47         SelectionSource
  48 {
  49   boolean cursorMode = false;
  50
  51   Font font = new Font("SansSerif", Font.PLAIN, 10);
  52
  53   boolean validCharWidth = true;
  54
  55   TreeModel currentTree = null;
  56
  57   public jalview.bin.JalviewLite applet;
  58
  59   boolean MAC = false;
  60
  61   private AnnotationColumnChooser annotationColumnSelectionState;
  62
  63   @Override
  64   public void finalize()
  65   {
  66     applet = null;
  67     quality = null;
  68     alignment = null;
  69     colSel = null;
  70   }
  71
  72   public AlignViewport(AlignmentI al, JalviewLite applet)
  73   {
  74     super(al);
  75     calculator = new jalview.workers.AlignCalcManager();
  76     this.applet = applet;
  77
  78     // we always pad gaps
  79     this.setPadGaps(true);
  80
  81     if (applet != null)
  82     {
  83       // get the width and height scaling factors if they were specified
  84       String param = applet.getParameter("widthScale");
  85       if (param != null)
  86       {
  87         try
  88         {
  89           widthScale = new Float(param).floatValue();
  90         } catch (Exception e)
  91         {
  92         }
  93         if (widthScale <= 1.0)
  94         {
  95           System.err
  96                   .println("Invalid alignment character width scaling factor ("
  97                           + widthScale + "). Ignoring.");
  98           widthScale = 1;
  99         }
 100         if (JalviewLite.debug)
 101         {
 102           System.err
 103                   .println("Alignment character width scaling factor is now "
 104                           + widthScale);
 105         }
 106       }
 107       param = applet.getParameter("heightScale");
 108       if (param != null)
 109       {
 110         try
 111         {
 112           heightScale = new Float(param).floatValue();
 113         } catch (Exception e)
 114         {
 115         }
 116         if (heightScale <= 1.0)
 117         {
 118           System.err
 119                   .println("Invalid alignment character height scaling factor ("
 120                           + heightScale + "). Ignoring.");
 121           heightScale = 1;
 122         }
 123         if (JalviewLite.debug)
 124         {
 125           System.err
 126                   .println("Alignment character height scaling factor is now "
 127                           + heightScale);
 128         }
 129       }
 130     }
 131     setFont(font);
 132
 133     MAC = new jalview.util.Platform().isAMac();
 134
 135     if (applet != null)
 136     {
 137       setShowJVSuffix(applet.getDefaultParameter("showFullId",
 138               getShowJVSuffix()));
 139
 140       setShowAnnotation(applet.getDefaultParameter("showAnnotation",
 141               isShowAnnotation()));
 142
 143       showConservation = applet.getDefaultParameter("showConservation",
 144               showConservation);
 145
 146       showQuality = applet.getDefaultParameter("showQuality", showQuality);
 147
 148       showConsensus = applet.getDefaultParameter("showConsensus",
 149               showConsensus);
 150
 151       showOccupancy = applet.getDefaultParameter("showOccupancy",
 152               showOccupancy);
 153
 154       setShowUnconserved(applet.getDefaultParameter("showUnconserved",
 155               getShowUnconserved()));
 156
 157       setScaleProteinAsCdna(applet.getDefaultParameter(
 158               "scaleProteinAsCdna", isScaleProteinAsCdna()));
 159
 160       String param = applet.getParameter("upperCase");
 161       if (param != null)
 162       {
 163         if (param.equalsIgnoreCase("bold"))
 164         {
 165           setUpperCasebold(true);
 166         }
 167       }
 168       sortByTree = applet.getDefaultParameter("sortByTree", sortByTree);
 169
 170       setFollowHighlight(applet.getDefaultParameter("automaticScrolling",
 171               isFollowHighlight()));
 172       followSelection = isFollowHighlight();
 173
 174       showSequenceLogo = applet.getDefaultParameter("showSequenceLogo",
 175               showSequenceLogo);
 176
 177       normaliseSequenceLogo = applet.getDefaultParameter(
 178               "normaliseSequenceLogo", applet.getDefaultParameter(
 179                       "normaliseLogo", normaliseSequenceLogo));
 180
 181       showGroupConsensus = applet.getDefaultParameter("showGroupConsensus",
 182               showGroupConsensus);
 183
 184       showGroupConservation = applet.getDefaultParameter(
 185               "showGroupConservation", showGroupConservation);
 186
 187       showConsensusHistogram = applet.getDefaultParameter(
 188               "showConsensusHistogram", showConsensusHistogram);
 189
 190     }
 191
 192     if (applet != null)
 193     {
 194       String colour = al.isNucleotide() ? applet
 195               .getParameter("defaultColourNuc") : applet
 196               .getParameter("defaultColourProt");
 197       if (colour == null)
 198       {
 199         colour = applet.getParameter("defaultColour");
 200       }
 201       if (colour == null)
 202       {
 203         colour = applet.getParameter("userDefinedColour");
 204         if (colour != null)
 205         {
 206           colour = "User Defined";
 207         }
 208       }
 209
 210       if (colour != null)
 211       {
 212         residueShading = new ResidueShader(
 213                 ColourSchemeProperty.getColourScheme(alignment, colour));
 214         if (residueShading != null)
 215         {
 216           residueShading.setConsensus(hconsensus);
 217         }
 218       }
 219
 220       if (applet.getParameter("userDefinedColour") != null)
 221       {
 222         residueShading = new ResidueShader(
 223                 new UserColourScheme(
 224                         applet.getParameter("userDefinedColour")));
 225       }
 226     }
 227     initAutoAnnotation();
 228
 229   }
 230
 231   /**
 232    * get the consensus sequence as displayed under the PID consensus annotation
 233    * row.
 234    *
 235    * @return consensus sequence as a new sequence object
 236    */
 237   public SequenceI getConsensusSeq()
 238   {
 239     if (consensus == null)
 240     {
 241       updateConsensus(null);
 242     }
 243     if (consensus == null)
 244     {
 245       return null;
 246     }
 247     StringBuilder seqs = new StringBuilder(consensus.annotations.length);
 248     for (int i = 0; i < consensus.annotations.length; i++)
 249     {
 250       if (consensus.annotations[i] != null)
 251       {
 252         if (consensus.annotations[i].description.charAt(0) == '[')
 253         {
 254           seqs.append(consensus.annotations[i].description.charAt(1));
 255         }
 256         else
 257         {
 258           seqs.append(consensus.annotations[i].displayCharacter);
 259         }
 260       }
 261     }
 262     SequenceI sq = new Sequence("Consensus", seqs.toString());
 263     sq.setDescription("Percentage Identity Consensus "
 264             + ((ignoreGapsInConsensusCalculation) ? " without gaps" : ""));
 265     return sq;
 266   }
 267
 268   java.awt.Frame nullFrame;
 269
 270   protected FeatureSettings featureSettings = null;
 271
 272   private float heightScale = 1, widthScale = 1;
 273
 274   public void setFont(Font f)
 275   {
 276     font = f;
 277     if (nullFrame == null)
 278     {
 279       nullFrame = new java.awt.Frame();
 280       nullFrame.addNotify();
 281     }
 282
 283     java.awt.FontMetrics fm = nullFrame.getGraphics().getFontMetrics(font);
 284     setCharHeight((int) (heightScale * fm.getHeight()));
 285     setCharWidth((int) (widthScale * fm.charWidth('M')));
 286
 287     if (isUpperCasebold())
 288     {
 289       Font f2 = new Font(f.getName(), Font.BOLD, f.getSize());
 290       fm = nullFrame.getGraphics().getFontMetrics(f2);
 291       setCharWidth((int) (widthScale * (fm.stringWidth("MMMMMMMMMMM") / 10)));
 292     }
 293   }
 294
 295   public Font getFont()
 296   {
 297     return font;
 298   }
 299
 300   public void resetSeqLimits(int height)
 301   {
 302     ranges.setEndSeq(height / getCharHeight());
 303   }
 304
 305   public void setCurrentTree(TreeModel tree)
 306   {
 307     currentTree = tree;
 308   }
 309
 310   public TreeModel getCurrentTree()
 311   {
 312     return currentTree;
 313   }
 314
 315   boolean centreColumnLabels;
 316
 317   public boolean getCentreColumnLabels()
 318   {
 319     return centreColumnLabels;
 320   }
 321
 322   public boolean followSelection = true;
 323
 324   /**
 325    * @return true if view selection should always follow the selections
 326    *         broadcast by other selection sources
 327    */
 328   public boolean getFollowSelection()
 329   {
 330     return followSelection;
 331   }
 332
 333   @Override
 334   public void sendSelection()
 335   {
 336     getStructureSelectionManager().sendSelection(
 337             new SequenceGroup(getSelectionGroup()),
 338             new ColumnSelection(getColumnSelection()),
 339             new HiddenColumns(getAlignment().getHiddenColumns()), this);
 340   }
 341
 342   /**
 343    * Returns an instance of the StructureSelectionManager scoped to this applet
 344    * instance.
 345    *
 346    * @return
 347    */
 348   @Override
 349   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
 350   {
 351     return jalview.structure.StructureSelectionManager
 352             .getStructureSelectionManager(applet);
 353   }
 354
 355   @Override
 356   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 357   {
 358     return normaliseSequenceLogo;
 359   }
 360
 361   public void setNormaliseSequenceLogo(boolean state)
 362   {
 363     normaliseSequenceLogo = state;
 364   }
 365
 366   /**
 367    *
 368    * @return true if alignment characters should be displayed
 369    */
 370   @Override
 371   public boolean isValidCharWidth()
 372   {
 373     return validCharWidth;
 374   }
 375
 376   public AnnotationColumnChooser getAnnotationColumnSelectionState()
 377   {
 378     return annotationColumnSelectionState;
 379   }
 380
 381   public void setAnnotationColumnSelectionState(
 382           AnnotationColumnChooser annotationColumnSelectionState)
 383   {
 384     this.annotationColumnSelectionState = annotationColumnSelectionState;
 385   }
 386
 387   @Override
 388   public void mirrorCommand(CommandI command, boolean undo,
 389           StructureSelectionManager ssm, VamsasSource source)
 390   {
 391     // TODO refactor so this can be pulled up to superclass or controller
 392     /*
 393      * Do nothing unless we are a 'complement' of the source. May replace this
 394      * with direct calls not via SSM.
 395      */
 396     if (source instanceof AlignViewportI
 397             && ((AlignViewportI) source).getCodingComplement() == this)
 398     {
 399       // ok to continue;
 400     }
 401     else
 402     {
 403       return;
 404     }
 405
 406     CommandI mappedCommand = ssm.mapCommand(command, undo, getAlignment(),
 407             getGapCharacter());
 408     if (mappedCommand != null)
 409     {
 410       mappedCommand.doCommand(null);
 411       firePropertyChange("alignment", null, getAlignment().getSequences());
 412
 413       // ap.scalePanelHolder.repaint();
 414       // ap.repaint();
 415     }
 416   }
 417
 418   @Override
 419   public VamsasSource getVamsasSource()
 420   {
 421     return this;
 422   }
 423
 424   /**
 425    * If this viewport has a (Protein/cDNA) complement, then scroll the
 426    * complementary alignment to match this one.
 427    */
 428   public void scrollComplementaryAlignment(AlignmentPanel complementPanel)
 429   {
 430     if (complementPanel == null)
 431     {
 432       return;
 433     }
 434
 435     /*
 436      * Populate a SearchResults object with the mapped location to scroll to. If
 437      * there is no complement, or it is not following highlights, or no mapping
 438      * is found, the result will be empty.
 439      */
 440     SearchResultsI sr = new SearchResults();
 441     int seqOffset = findComplementScrollTarget(sr);
 442     if (!sr.isEmpty())
 443     {
 444       complementPanel.setFollowingComplementScroll(true);
 445       complementPanel.scrollToCentre(sr, seqOffset);
 446     }
 447   }
 448
 449   /**
 450    * Applies the supplied feature settings descriptor to currently known
 451    * features. This supports an 'initial configuration' of feature colouring
 452    * based on a preset or user favourite. This may then be modified in the usual
 453    * way using the Feature Settings dialogue.
 454    *
 455    * @param featureSettings
 456    */
 457   @Override
 458   public void applyFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings)
 459   {
 460     // TODO implement for applet
 461   }
 462
 463 }