src/jalview/appletgui/AlignViewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.NJTree;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  26 import jalview.bin.JalviewLite;
  27 import jalview.commands.CommandI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.datamodel.SearchResults;
  31 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  32 import jalview.datamodel.Sequence;
  33 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  34 import jalview.datamodel.SequenceI;
  35 import jalview.renderer.ResidueShader;
  36 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  37 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  38 import jalview.structure.SelectionSource;
  39 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  40 import jalview.structure.VamsasSource;
  41 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  42
  43 import java.awt.Font;
  44
  45 public class AlignViewport extends AlignmentViewport implements
  46         SelectionSource
  47 {
  48   boolean cursorMode = false;
  49
  50   Font font = new Font("SansSerif", Font.PLAIN, 10);
  51
  52   boolean validCharWidth = true;
  53
  54   NJTree currentTree = null;
  55
  56   public jalview.bin.JalviewLite applet;
  57
  58   boolean MAC = false;
  59
  60   private AnnotationColumnChooser annotationColumnSelectionState;
  61
  62   @Override
  63   public void finalize()
  64   {
  65     applet = null;
  66     quality = null;
  67     alignment = null;
  68     colSel = null;
  69   }
  70
  71   public AlignViewport(AlignmentI al, JalviewLite applet)
  72   {
  73     super();
  74     calculator = new jalview.workers.AlignCalcManager();
  75     this.applet = applet;
  76     alignment = al;
  77     // we always pad gaps
  78     this.setPadGaps(true);
  79     this.startRes = 0;
  80     this.endRes = al.getWidth() - 1;
  81     this.startSeq = 0;
  82     this.endSeq = al.getHeight() - 1;
  83     if (applet != null)
  84     {
  85       // get the width and height scaling factors if they were specified
  86       String param = applet.getParameter("widthScale");
  87       if (param != null)
  88       {
  89         try
  90         {
  91           widthScale = new Float(param).floatValue();
  92         } catch (Exception e)
  93         {
  94         }
  95         if (widthScale <= 1.0)
  96         {
  97           System.err
  98                   .println("Invalid alignment character width scaling factor ("
  99                           + widthScale + "). Ignoring.");
 100           widthScale = 1;
 101         }
 102         if (JalviewLite.debug)
 103         {
 104           System.err
 105                   .println("Alignment character width scaling factor is now "
 106                           + widthScale);
 107         }
 108       }
 109       param = applet.getParameter("heightScale");
 110       if (param != null)
 111       {
 112         try
 113         {
 114           heightScale = new Float(param).floatValue();
 115         } catch (Exception e)
 116         {
 117         }
 118         if (heightScale <= 1.0)
 119         {
 120           System.err
 121                   .println("Invalid alignment character height scaling factor ("
 122                           + heightScale + "). Ignoring.");
 123           heightScale = 1;
 124         }
 125         if (JalviewLite.debug)
 126         {
 127           System.err
 128                   .println("Alignment character height scaling factor is now "
 129                           + heightScale);
 130         }
 131       }
 132     }
 133     setFont(font);
 134
 135     MAC = new jalview.util.Platform().isAMac();
 136
 137     if (applet != null)
 138     {
 139       setShowJVSuffix(applet.getDefaultParameter("showFullId",
 140               getShowJVSuffix()));
 141
 142       setShowAnnotation(applet.getDefaultParameter("showAnnotation",
 143               isShowAnnotation()));
 144
 145       showConservation = applet.getDefaultParameter("showConservation",
 146               showConservation);
 147
 148       showQuality = applet.getDefaultParameter("showQuality", showQuality);
 149
 150       showConsensus = applet.getDefaultParameter("showConsensus",
 151               showConsensus);
 152
 153       setShowUnconserved(applet.getDefaultParameter("showUnconserved",
 154               getShowUnconserved()));
 155
 156       setScaleProteinAsCdna(applet.getDefaultParameter(
 157               "scaleProteinAsCdna", isScaleProteinAsCdna()));
 158
 159       String param = applet.getParameter("upperCase");
 160       if (param != null)
 161       {
 162         if (param.equalsIgnoreCase("bold"))
 163         {
 164           setUpperCasebold(true);
 165         }
 166       }
 167       sortByTree = applet.getDefaultParameter("sortByTree", sortByTree);
 168
 169       setFollowHighlight(applet.getDefaultParameter("automaticScrolling",
 170               isFollowHighlight()));
 171       followSelection = isFollowHighlight();
 172
 173       showSequenceLogo = applet.getDefaultParameter("showSequenceLogo",
 174               showSequenceLogo);
 175
 176       normaliseSequenceLogo = applet.getDefaultParameter(
 177               "normaliseSequenceLogo", applet.getDefaultParameter(
 178                       "normaliseLogo", normaliseSequenceLogo));
 179
 180       showGroupConsensus = applet.getDefaultParameter("showGroupConsensus",
 181               showGroupConsensus);
 182
 183       showGroupConservation = applet.getDefaultParameter(
 184               "showGroupConservation", showGroupConservation);
 185
 186       showConsensusHistogram = applet.getDefaultParameter(
 187               "showConsensusHistogram", showConsensusHistogram);
 188
 189     }
 190
 191     if (applet != null)
 192     {
 193       String colour = al.isNucleotide() ? applet
 194               .getParameter("defaultColourNuc") : applet
 195               .getParameter("defaultColourProt");
 196       if (colour == null)
 197       {
 198         colour = applet.getParameter("defaultColour");
 199       }
 200       if (colour == null)
 201       {
 202         colour = applet.getParameter("userDefinedColour");
 203         if (colour != null)
 204         {
 205           colour = "User Defined";
 206         }
 207       }
 208
 209       if (colour != null)
 210       {
 211         residueShading = new ResidueShader(
 212                 ColourSchemeProperty.getColourScheme(alignment, colour));
 213         if (residueShading != null)
 214         {
 215           residueShading.setConsensus(hconsensus);
 216         }
 217       }
 218
 219       if (applet.getParameter("userDefinedColour") != null)
 220       {
 221         residueShading = new ResidueShader(
 222                 new UserColourScheme(
 223                         applet.getParameter("userDefinedColour")));
 224       }
 225     }
 226     initAutoAnnotation();
 227
 228   }
 229
 230   /**
 231    * get the consensus sequence as displayed under the PID consensus annotation
 232    * row.
 233    *
 234    * @return consensus sequence as a new sequence object
 235    */
 236   public SequenceI getConsensusSeq()
 237   {
 238     if (consensus == null)
 239     {
 240       updateConsensus(null);
 241     }
 242     if (consensus == null)
 243     {
 244       return null;
 245     }
 246     StringBuilder seqs = new StringBuilder(consensus.annotations.length);
 247     for (int i = 0; i < consensus.annotations.length; i++)
 248     {
 249       if (consensus.annotations[i] != null)
 250       {
 251         if (consensus.annotations[i].description.charAt(0) == '[')
 252         {
 253           seqs.append(consensus.annotations[i].description.charAt(1));
 254         }
 255         else
 256         {
 257           seqs.append(consensus.annotations[i].displayCharacter);
 258         }
 259       }
 260     }
 261     SequenceI sq = new Sequence("Consensus", seqs.toString());
 262     sq.setDescription("Percentage Identity Consensus "
 263             + ((ignoreGapsInConsensusCalculation) ? " without gaps" : ""));
 264     return sq;
 265   }
 266
 267   java.awt.Frame nullFrame;
 268
 269   protected FeatureSettings featureSettings = null;
 270
 271   private float heightScale = 1, widthScale = 1;
 272
 273   public void setFont(Font f)
 274   {
 275     font = f;
 276     if (nullFrame == null)
 277     {
 278       nullFrame = new java.awt.Frame();
 279       nullFrame.addNotify();
 280     }
 281
 282     java.awt.FontMetrics fm = nullFrame.getGraphics().getFontMetrics(font);
 283     setCharHeight((int) (heightScale * fm.getHeight()));
 284     setCharWidth((int) (widthScale * fm.charWidth('M')));
 285
 286     if (isUpperCasebold())
 287     {
 288       Font f2 = new Font(f.getName(), Font.BOLD, f.getSize());
 289       fm = nullFrame.getGraphics().getFontMetrics(f2);
 290       setCharWidth((int) (widthScale * (fm.stringWidth("MMMMMMMMMMM") / 10)));
 291     }
 292   }
 293
 294   public Font getFont()
 295   {
 296     return font;
 297   }
 298
 299   public void resetSeqLimits(int height)
 300   {
 301     setEndSeq(height / getCharHeight());
 302   }
 303
 304   public void setCurrentTree(NJTree tree)
 305   {
 306     currentTree = tree;
 307   }
 308
 309   public NJTree getCurrentTree()
 310   {
 311     return currentTree;
 312   }
 313
 314   boolean centreColumnLabels;
 315
 316   public boolean getCentreColumnLabels()
 317   {
 318     return centreColumnLabels;
 319   }
 320
 321   public boolean followSelection = true;
 322
 323   /**
 324    * @return true if view selection should always follow the selections
 325    *         broadcast by other selection sources
 326    */
 327   public boolean getFollowSelection()
 328   {
 329     return followSelection;
 330   }
 331
 332   @Override
 333   public void sendSelection()
 334   {
 335     getStructureSelectionManager().sendSelection(
 336             new SequenceGroup(getSelectionGroup()),
 337             new ColumnSelection(getColumnSelection()), this);
 338   }
 339
 340   /**
 341    * Returns an instance of the StructureSelectionManager scoped to this applet
 342    * instance.
 343    *
 344    * @return
 345    */
 346   @Override
 347   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
 348   {
 349     return jalview.structure.StructureSelectionManager
 350             .getStructureSelectionManager(applet);
 351   }
 352
 353   @Override
 354   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 355   {
 356     return normaliseSequenceLogo;
 357   }
 358
 359   public void setNormaliseSequenceLogo(boolean state)
 360   {
 361     normaliseSequenceLogo = state;
 362   }
 363
 364   /**
 365    *
 366    * @return true if alignment characters should be displayed
 367    */
 368   @Override
 369   public boolean isValidCharWidth()
 370   {
 371     return validCharWidth;
 372   }
 373
 374   public AnnotationColumnChooser getAnnotationColumnSelectionState()
 375   {
 376     return annotationColumnSelectionState;
 377   }
 378
 379   public void setAnnotationColumnSelectionState(
 380           AnnotationColumnChooser annotationColumnSelectionState)
 381   {
 382     this.annotationColumnSelectionState = annotationColumnSelectionState;
 383   }
 384
 385   @Override
 386   public void mirrorCommand(CommandI command, boolean undo,
 387           StructureSelectionManager ssm, VamsasSource source)
 388   {
 389     // TODO refactor so this can be pulled up to superclass or controller
 390     /*
 391      * Do nothing unless we are a 'complement' of the source. May replace this
 392      * with direct calls not via SSM.
 393      */
 394     if (source instanceof AlignViewportI
 395             && ((AlignViewportI) source).getCodingComplement() == this)
 396     {
 397       // ok to continue;
 398     }
 399     else
 400     {
 401       return;
 402     }
 403
 404     CommandI mappedCommand = ssm.mapCommand(command, undo, getAlignment(),
 405             getGapCharacter());
 406     if (mappedCommand != null)
 407     {
 408       mappedCommand.doCommand(null);
 409       firePropertyChange("alignment", null, getAlignment().getSequences());
 410
 411       // ap.scalePanelHolder.repaint();
 412       // ap.repaint();
 413     }
 414   }
 415
 416   @Override
 417   public VamsasSource getVamsasSource()
 418   {
 419     return this;
 420   }
 421
 422   /**
 423    * If this viewport has a (Protein/cDNA) complement, then scroll the
 424    * complementary alignment to match this one.
 425    */
 426   public void scrollComplementaryAlignment(AlignmentPanel complementPanel)
 427   {
 428     if (complementPanel == null)
 429     {
 430       return;
 431     }
 432
 433     /*
 434      * Populate a SearchResults object with the mapped location to scroll to. If
 435      * there is no complement, or it is not following highlights, or no mapping
 436      * is found, the result will be empty.
 437      */
 438     SearchResultsI sr = new SearchResults();
 439     int seqOffset = findComplementScrollTarget(sr);
 440     if (!sr.isEmpty())
 441     {
 442       complementPanel.setFollowingComplementScroll(true);
 443       complementPanel.scrollToCentre(sr, seqOffset);
 444     }
 445   }
 446
 447   /**
 448    * Applies the supplied feature settings descriptor to currently known
 449    * features. This supports an 'initial configuration' of feature colouring
 450    * based on a preset or user favourite. This may then be modified in the usual
 451    * way using the Feature Settings dialogue.
 452    *
 453    * @param featureSettings
 454    */
 455   @Override
 456   public void applyFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings)
 457   {
 458     // TODO implement for applet
 459   }
 460
 461 }