src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbappletgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener\r
  11 {\r
  12 \r
  13   AlignViewport     av;\r
  14   OverviewPanel overviewPanel;\r
  15   SeqPanel   seqPanel;\r
  16   IdPanel    idPanel;\r
  17   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  18   public AlignFrame alignFrame;\r
  19   ScalePanel scalePanel;\r
  20   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  21   AnnotationLabels alabels;\r
  22 \r
  23   // this value is set false when selection area being dragged\r
  24   boolean fastPaint = true;\r
  25 \r
  26   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  27   {\r
  28     alignFrame = af;\r
  29     this.av         = av;\r
  30     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  31     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  32     scalePanel      = new ScalePanel(av, this);\r
  33     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  34     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  35     alabels         = new AnnotationLabels(this);\r
  36 \r
  37 \r
  38     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  39     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  40     annotationScroller.add(annotationPanel);\r
  41     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  42     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  43     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  44 \r
  45     fontChanged();\r
  46     setScrollValues(0, 0);\r
  47 \r
  48     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  49     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  50 \r
  51    seqPanel.seqCanvas.addKeyListener( new MyKeyAdapter() );\r
  52    idPanel.idCanvas.addKeyListener( new MyKeyAdapter() );\r
  53 \r
  54    addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  55      {\r
  56        public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  57        {\r
  58          setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
  59          repaint();\r
  60        }\r
  61      });\r
  62 \r
  63      Dimension d = calculateIdWidth();\r
  64      idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
  65 \r
  66      hscrollFillerPanel.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
  67      annotationScroller.setSize(annotationPanel.getSize());\r
  68 \r
  69      idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
  70      annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,annotationPanel.getSize().height);\r
  71      alabels.setSize(d.width,annotationPanel.getSize().height);\r
  72 \r
  73   }\r
  74 \r
  75   class MyKeyAdapter extends KeyAdapter\r
  76   {\r
  77      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  78      {\r
  79        // System.out.println(evt.getKeyCode()); log.\r
  80        switch(evt.getKeyCode())\r
  81        {\r
  82          case  27: // escape key\r
  83            av.setSelectionGroup(null);\r
  84            alignFrame.alignPanel.repaint();\r
  85            break;\r
  86          case KeyEvent.VK_X:\r
  87            if(evt.isControlDown())\r
  88            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
  89            break;\r
  90          case KeyEvent.VK_C:\r
  91          if(evt.isControlDown())\r
  92            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
  93            break;\r
  94          case KeyEvent.VK_V:\r
  95           if(evt.isControlDown())\r
  96            alignFrame.paste(true);\r
  97            break;\r
  98          case KeyEvent.VK_A:\r
  99          if(evt.isControlDown())\r
 100            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 101            break;\r
 102         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 103           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 104           break;\r
 105         case KeyEvent.VK_UP:\r
 106           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 107           break;\r
 108         case KeyEvent.VK_F:\r
 109          if(evt.isControlDown())\r
 110           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 111           break;\r
 112        }\r
 113      }\r
 114   }\r
 115 \r
 116   public void fontChanged()\r
 117   {\r
 118     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 119     // to prevent drawing old image\r
 120     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 121 \r
 122     scalePanel.setSize(new Dimension(10, av.charHeight+fm.getDescent()));\r
 123     idwidthAdjuster.setSize(new Dimension(10, av.charHeight+fm.getDescent()));\r
 124 \r
 125     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 126     annotationPanel.repaint();\r
 127     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 128     d.setSize(d.width + 4, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 129     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
 130     hscrollFillerPanel.setSize(d);\r
 131 \r
 132     alignFrame.pack();\r
 133   }\r
 134 \r
 135   public void setIdWidth(int w, int h)\r
 136   {\r
 137     idPanel.idCanvas.setSize(w,h);\r
 138     idPanelHolder.setSize(w,idPanelHolder.getSize().height);\r
 139     alabels.setSize(w,alabels.getSize().height);\r
 140     validate();\r
 141   }\r
 142   Dimension calculateIdWidth()\r
 143   {\r
 144     Frame frame = new Frame();\r
 145     frame.addNotify();\r
 146     Graphics g = frame.getGraphics();\r
 147     if(g==null)\r
 148     {\r
 149       Frame f = new Frame();\r
 150       f.addNotify();\r
 151       g = f.getGraphics();\r
 152     }\r
 153 \r
 154     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 155     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 156 \r
 157        int i   = 0;\r
 158        int idWidth = 0;\r
 159        String id;\r
 160        while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 161        {\r
 162          SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
 163          if(av.getShowFullId())\r
 164            id   = s.getDisplayId();\r
 165          else\r
 166            id = s.getName();\r
 167 \r
 168          if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 169            idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 170          i++;\r
 171        }\r
 172 \r
 173        // Also check annotation label widths\r
 174        i=0;\r
 175        if(al.getAlignmentAnnotation()!=null)\r
 176        {\r
 177          fm = g.getFontMetrics(frame.getFont());\r
 178          while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 179          {\r
 180            String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 181            if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 182              idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 183            i++;\r
 184          }\r
 185        }\r
 186 \r
 187        return new Dimension(idWidth, idPanel.idCanvas.getSize().height);\r
 188   }\r
 189 \r
 190 \r
 191  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 192  {\r
 193    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 194 \r
 195    // do we need to scroll the panel?\r
 196    if(results!=null)\r
 197     {\r
 198       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 199       int start = seq.findIndex( results[1] )-1;\r
 200       int end = seq.findIndex( results[2] )-1;\r
 201       if( av.getStartRes() > start\r
 202           || av.getEndRes() < end\r
 203           || (av.getStartSeq() > results[0]\r
 204           || av.getEndSeq() < results[0]))\r
 205         setScrollValues(start, results[0]);\r
 206     }\r
 207 \r
 208  }\r
 209 \r
 210 \r
 211  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 212  {\r
 213    return overviewPanel;\r
 214  }\r
 215 \r
 216  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 217  {\r
 218    overviewPanel = op;\r
 219  }\r
 220 \r
 221 \r
 222   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 223   {\r
 224     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 225     annotationScroller.setVisible(b);\r
 226     validate();\r
 227     repaint();\r
 228   }\r
 229 \r
 230 \r
 231   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 232   {\r
 233     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 234     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 235     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 236 \r
 237     av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 238     annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 239     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 240     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 241 \r
 242     validate();\r
 243     repaint();\r
 244 \r
 245   }\r
 246 \r
 247 \r
 248   public void setColourScheme()\r
 249   {\r
 250     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 251 \r
 252     if(av.getConservationSelected())\r
 253     {\r
 254 \r
 255        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 256        Conservation c = new Conservation("All",\r
 257                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 258                             al.getWidth() );\r
 259 \r
 260        c.calculate();\r
 261        c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 262        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 263 \r
 264        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 265 \r
 266     }\r
 267 \r
 268     repaint();\r
 269   }\r
 270 \r
 271 \r
 272   int hextent = 0;\r
 273   int vextent = 0;\r
 274 \r
 275   // return value is true if the scroll is valid\r
 276   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 277   {\r
 278     if(up)\r
 279     {\r
 280       if(vscroll.getValue()<1)\r
 281         return false;\r
 282       fastPaint  = false;\r
 283       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 284     }\r
 285     else\r
 286     {\r
 287      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 288        return false;\r
 289       fastPaint  = false;\r
 290       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 291     }\r
 292     fastPaint = true;\r
 293     return true;\r
 294   }\r
 295 \r
 296   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 297   {\r
 298 \r
 299     if (right)\r
 300     {\r
 301       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 302         return false;\r
 303       fastPaint = false;\r
 304       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 305     }\r
 306     else\r
 307     {\r
 308       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 309         return false;\r
 310       fastPaint = false;\r
 311       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 312     }\r
 313     fastPaint = true;\r
 314     return true;\r
 315   }\r
 316 \r
 317 \r
 318   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 319   {\r
 320 \r
 321     av.setStartRes(x);\r
 322     av.setStartSeq(y);\r
 323     av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width/av.getCharWidth()-1);\r
 324 \r
 325     hextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().width/av.charWidth;\r
 326     vextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().height/av.charHeight;\r
 327 \r
 328     if(hextent > av.alignment.getWidth())\r
 329       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 330     if(vextent > av.alignment.getHeight())\r
 331       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 332 \r
 333     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 334       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 335 \r
 336     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 337       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 338 \r
 339     if(y<0)\r
 340       y = 0;\r
 341 \r
 342     if(x<0)\r
 343       x=0;\r
 344 \r
 345 \r
 346     int endSeq = y + vextent;\r
 347     if(endSeq>av.alignment.getHeight())\r
 348       endSeq = av.alignment.getHeight();\r
 349 \r
 350 \r
 351     av.setEndSeq( endSeq );\r
 352     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 353     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 354 \r
 355   }\r
 356 \r
 357 \r
 358   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 359   {\r
 360     int oldX = av.getStartRes();\r
 361     int oldY = av.getStartSeq();\r
 362 \r
 363     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 364     {\r
 365       int x = hscroll.getValue();\r
 366       av.setStartRes(x);\r
 367       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width/av.getCharWidth()-1);\r
 368     }\r
 369 \r
 370     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 371     {\r
 372       int offy = vscroll.getValue();\r
 373       if (av.getWrapAlignment())\r
 374       {\r
 375         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);\r
 376         av.setStartRes( vscroll.getValue() * rowSize );\r
 377         av.setEndRes( (vscroll.getValue()+1) * rowSize );\r
 378       }\r
 379       else\r
 380       {\r
 381         av.setStartSeq(offy);\r
 382         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.getCharHeight());\r
 383       }\r
 384     }\r
 385 \r
 386     if(overviewPanel!=null)\r
 387       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 388 \r
 389     if(av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 390       repaint();\r
 391     else\r
 392     {\r
 393       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 394       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 395                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 396 \r
 397       scalePanel.repaint();\r
 398       if (av.getShowAnnotation())\r
 399         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 400     }\r
 401 \r
 402   }\r
 403 \r
 404   public void update(Graphics g)\r
 405   {\r
 406     paint (g);\r
 407   }\r
 408 \r
 409 \r
 410   public void paint(Graphics g)\r
 411   {\r
 412     Dimension d = idPanel.idCanvas.getSize();\r
 413     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 414     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,annotationPanel.getSize().height);\r
 415     alabels.setSize(d.width,annotationPanel.getSize().height);\r
 416 \r
 417     alabels.repaint();\r
 418     idPanel.idCanvas.repaint();\r
 419     seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 420     scalePanel.repaint();\r
 421     annotationPanel.repaint();\r
 422 \r
 423 \r
 424     if (av.getWrapAlignment())\r
 425     {\r
 426       int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);\r
 427       vscroll.setMaximum(max);\r
 428       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 429       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 430     }\r
 431     else\r
 432     {\r
 433       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 434     }\r
 435 \r
 436 \r
 437 \r
 438   }\r
 439 }\r