src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbappletgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener\r
  11 {\r
  12 \r
  13   AlignViewport     av;\r
  14   OverviewPanel overviewPanel;\r
  15   SeqPanel   seqPanel;\r
  16   IdPanel    idPanel;\r
  17   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  18   public AlignFrame alignFrame;\r
  19   ScalePanel scalePanel;\r
  20   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  21   AnnotationLabels alabels;\r
  22 \r
  23   // this value is set false when selection area being dragged\r
  24   boolean fastPaint = true;\r
  25 \r
  26   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  27   {\r
  28     alignFrame = af;\r
  29     this.av         = av;\r
  30     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  31     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  32     scalePanel      = new ScalePanel(av, this);\r
  33     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  34     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  35     alabels         = new AnnotationLabels(this);\r
  36 \r
  37 \r
  38     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  39     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  40     annotationScroller.add(annotationPanel);\r
  41     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  42     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  43     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  44 \r
  45     fontChanged();\r
  46     setScrollValues(0, 0);\r
  47 \r
  48     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  49     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  50 \r
  51    seqPanel.seqCanvas.addKeyListener( new MyKeyAdapter() );\r
  52    idPanel.idCanvas.addKeyListener( new MyKeyAdapter() );\r
  53 \r
  54    addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  55      {\r
  56        public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  57        {\r
  58          setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
  59          repaint();\r
  60        }\r
  61      });\r
  62 \r
  63      Dimension d = calculateIdWidth();\r
  64      idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
  65 \r
  66      hscrollFillerPanel.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
  67      annotationScroller.setSize(annotationPanel.getSize());\r
  68 \r
  69      idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
  70      annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,annotationPanel.getSize().height);\r
  71      alabels.setSize(d.width,annotationPanel.getSize().height);\r
  72 \r
  73   }\r
  74 \r
  75   class MyKeyAdapter extends KeyAdapter\r
  76   {\r
  77      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  78      {\r
  79        switch(evt.getKeyCode())\r
  80        {\r
  81          case  27: // escape key\r
  82            av.setSelectionGroup(null);\r
  83            alignFrame.alignPanel.repaint();\r
  84            break;\r
  85          case KeyEvent.VK_X:\r
  86            if(evt.isControlDown())\r
  87            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
  88            break;\r
  89          case KeyEvent.VK_C:\r
  90          if(evt.isControlDown())\r
  91            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
  92            break;\r
  93          case KeyEvent.VK_V:\r
  94           if(evt.isControlDown())\r
  95            alignFrame.paste(true);\r
  96            break;\r
  97          case KeyEvent.VK_A:\r
  98          if(evt.isControlDown())\r
  99            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 100            break;\r
 101         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 102           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 103           break;\r
 104         case KeyEvent.VK_UP:\r
 105           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 106           break;\r
 107         case KeyEvent.VK_F:\r
 108          if(evt.isControlDown())\r
 109           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 110           break;\r
 111        }\r
 112      }\r
 113   }\r
 114 \r
 115   public void fontChanged()\r
 116   {\r
 117     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 118     // to prevent drawing old image\r
 119     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 120 \r
 121     scalePanel.setSize(new Dimension(10, av.charHeight+fm.getDescent()));\r
 122     idwidthAdjuster.setSize(new Dimension(10, av.charHeight+fm.getDescent()));\r
 123 \r
 124     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 125     annotationPanel.repaint();\r
 126     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 127     d.setSize(d.width + 4, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 128     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
 129     hscrollFillerPanel.setSize(d);\r
 130 \r
 131     alignFrame.pack();\r
 132   }\r
 133 \r
 134   public void setIdWidth(int w, int h)\r
 135   {\r
 136     idPanel.idCanvas.setSize(w,h);\r
 137     idPanelHolder.setSize(w,idPanelHolder.getSize().height);\r
 138     alabels.setSize(w,alabels.getSize().height);\r
 139     validate();\r
 140   }\r
 141   Dimension calculateIdWidth()\r
 142   {\r
 143     Frame frame = new Frame();\r
 144     frame.addNotify();\r
 145     Graphics g = frame.getGraphics();\r
 146     if(g==null)\r
 147     {\r
 148       Frame f = new Frame();\r
 149       f.addNotify();\r
 150       g = f.getGraphics();\r
 151     }\r
 152 \r
 153     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 154     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 155 \r
 156        int i   = 0;\r
 157        int idWidth = 0;\r
 158        String id;\r
 159        while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 160        {\r
 161          SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
 162          if(av.getShowFullId())\r
 163            id   = s.getDisplayId();\r
 164          else\r
 165            id = s.getName();\r
 166 \r
 167          if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 168            idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 169          i++;\r
 170        }\r
 171 \r
 172        // Also check annotation label widths\r
 173        i=0;\r
 174        if(al.getAlignmentAnnotation()!=null)\r
 175        {\r
 176          fm = g.getFontMetrics(frame.getFont());\r
 177          while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 178          {\r
 179            String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 180            if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 181              idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 182            i++;\r
 183          }\r
 184        }\r
 185 \r
 186        return new Dimension(idWidth, idPanel.idCanvas.getSize().height);\r
 187   }\r
 188 \r
 189 \r
 190  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 191  {\r
 192    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 193 \r
 194    // do we need to scroll the panel?\r
 195    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 196                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 197                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 198                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 199        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 200 \r
 201 \r
 202  }\r
 203 \r
 204 \r
 205  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 206  {\r
 207    return overviewPanel;\r
 208  }\r
 209 \r
 210  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 211  {\r
 212    overviewPanel = op;\r
 213  }\r
 214 \r
 215 \r
 216   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 217   {\r
 218     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 219     annotationScroller.setVisible(b);\r
 220   }\r
 221 \r
 222 \r
 223   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 224   {\r
 225     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 226     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 227     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 228 \r
 229     av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 230     annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 231     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 232     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 233 \r
 234     repaint();\r
 235 \r
 236   }\r
 237 \r
 238 \r
 239   public void setColourScheme()\r
 240   {\r
 241     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 242 \r
 243     if(av.getConservationSelected())\r
 244     {\r
 245 \r
 246        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 247        Conservation c = new Conservation("All",\r
 248                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 249                             al.getWidth() );\r
 250 \r
 251        c.calculate();\r
 252        c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 253        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 254 \r
 255        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 256 \r
 257     }\r
 258 \r
 259     repaint();\r
 260   }\r
 261 \r
 262 \r
 263   int hextent = 0;\r
 264   int vextent = 0;\r
 265 \r
 266   // return value is true if the scroll is valid\r
 267   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 268   {\r
 269     if(up)\r
 270     {\r
 271       if(vscroll.getValue()<1)\r
 272         return false;\r
 273       fastPaint  = false;\r
 274       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 275     }\r
 276     else\r
 277     {\r
 278      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 279        return false;\r
 280       fastPaint  = false;\r
 281       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 282     }\r
 283     fastPaint = true;\r
 284     return true;\r
 285   }\r
 286 \r
 287   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 288   {\r
 289 \r
 290     if (right)\r
 291     {\r
 292       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 293         return false;\r
 294       fastPaint = false;\r
 295       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 296     }\r
 297     else\r
 298     {\r
 299       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 300         return false;\r
 301       fastPaint = false;\r
 302       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 303     }\r
 304     fastPaint = true;\r
 305     return true;\r
 306   }\r
 307 \r
 308 \r
 309   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 310   {\r
 311 \r
 312     av.setStartRes(x);\r
 313     av.setStartSeq(y);\r
 314     av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width/av.getCharWidth()-1);\r
 315 \r
 316     hextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().width/av.charWidth;\r
 317     vextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().height/av.charHeight;\r
 318 \r
 319     if(hextent > av.alignment.getWidth())\r
 320       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 321     if(vextent > av.alignment.getHeight())\r
 322       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 323 \r
 324     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 325       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 326 \r
 327     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 328       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 329 \r
 330     if(y<0)\r
 331       y = 0;\r
 332 \r
 333     if(x<0)\r
 334       x=0;\r
 335 \r
 336 \r
 337     int endSeq = y + vextent;\r
 338     if(endSeq>av.alignment.getHeight())\r
 339       endSeq = av.alignment.getHeight();\r
 340 \r
 341 \r
 342     av.setEndSeq( endSeq );\r
 343     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 344     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 345 \r
 346   }\r
 347 \r
 348 \r
 349   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 350   {\r
 351     int oldX = av.getStartRes();\r
 352     int oldY = av.getStartSeq();\r
 353 \r
 354     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 355     {\r
 356       int x = hscroll.getValue();\r
 357       av.setStartRes(x);\r
 358       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width/av.getCharWidth()-1);\r
 359     }\r
 360 \r
 361     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 362     {\r
 363       int offy = vscroll.getValue();\r
 364       if (av.getWrapAlignment())\r
 365       {\r
 366         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);\r
 367         av.setStartRes( vscroll.getValue() * rowSize );\r
 368         av.setEndRes( (vscroll.getValue()+1) * rowSize );\r
 369       }\r
 370       else\r
 371       {\r
 372         av.setStartSeq(offy);\r
 373         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.getCharHeight());\r
 374       }\r
 375     }\r
 376 \r
 377     if(overviewPanel!=null)\r
 378       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 379 \r
 380     if(av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 381       repaint();\r
 382     else\r
 383     {\r
 384       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 385       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 386                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 387 \r
 388       scalePanel.repaint();\r
 389       if (av.getShowAnnotation())\r
 390         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 391     }\r
 392 \r
 393   }\r
 394 \r
 395   public void update(Graphics g)\r
 396   {\r
 397     paint (g);\r
 398   }\r
 399 \r
 400 \r
 401   public void paint(Graphics g)\r
 402   {\r
 403     Dimension d = idPanel.idCanvas.getSize();\r
 404     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 405     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,annotationPanel.getSize().height);\r
 406     alabels.setSize(d.width,annotationPanel.getSize().height);\r
 407 \r
 408     alabels.repaint();\r
 409     idPanel.idCanvas.repaint();\r
 410     seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 411     scalePanel.repaint();\r
 412     annotationPanel.repaint();\r
 413 \r
 414 \r
 415     if (av.getWrapAlignment())\r
 416     {\r
 417       int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);\r
 418       vscroll.setMaximum(max);\r
 419       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 420       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 421     }\r
 422     else\r
 423     {\r
 424       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 425     }\r
 426 \r
 427 \r
 428 \r
 429   }\r
 430 }\r