src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.appletgui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 public class AnnotationColourChooser\r
  30     extends Panel implements ActionListener,\r
  31     AdjustmentListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   Frame frame;\r
  34   AlignViewport av;\r
  35   AlignmentPanel ap;\r
  36   ColourSchemeI oldcs;\r
  37   Hashtable oldgroupColours;\r
  38   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;\r
  39   boolean adjusting = false;\r
  40 \r
  41   public AnnotationColourChooser(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  42   {\r
  43     try\r
  44     {\r
  45       jbInit();\r
  46     }\r
  47     catch (Exception ex)\r
  48     {}\r
  49 \r
  50     oldcs = av.getGlobalColourScheme();\r
  51     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
  52     {\r
  53       oldgroupColours = new Hashtable();\r
  54       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
  55       SequenceGroup sg;\r
  56       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
  57       {\r
  58         sg = (SequenceGroup) allGroups.elementAt(g);\r
  59         oldgroupColours.put(sg, sg.cs);\r
  60       }\r
  61     }\r
  62     this.av = av;\r
  63     this.ap = ap;\r
  64 \r
  65     slider.addAdjustmentListener(this);\r
  66 \r
  67     if (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null)\r
  68     {\r
  69       return;\r
  70     }\r
  71 \r
  72     if (oldcs instanceof AnnotationColourGradient)\r
  73     {\r
  74       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient) oldcs;\r
  75       minColour.setBackground(acg.getMinColour());\r
  76       maxColour.setBackground(acg.getMaxColour());\r
  77     }\r
  78     else\r
  79     {\r
  80       minColour.setBackground(Color.orange);\r
  81       maxColour.setBackground(Color.red);\r
  82     }\r
  83 \r
  84     adjusting = true;\r
  85     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
  86     {\r
  87       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph > 0)\r
  88       {\r
  89         annotations.addItem(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].label);\r
  90       }\r
  91     }\r
  92 \r
  93     threshold.addItem("No Threshold");\r
  94     threshold.addItem("Above Threshold");\r
  95     threshold.addItem("Below Threshold");\r
  96 \r
  97     adjusting = false;\r
  98 \r
  99     changeColour();\r
 100 \r
 101     frame = new Frame();\r
 102     frame.add(this);\r
 103     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Colour by Annotation", 480, 145);\r
 104     validate();\r
 105   }\r
 106 \r
 107   public AnnotationColourChooser()\r
 108   {\r
 109     try\r
 110     {\r
 111       jbInit();\r
 112     }\r
 113     catch (Exception ex)\r
 114     {\r
 115       ex.printStackTrace();\r
 116     }\r
 117   }\r
 118 \r
 119   private void jbInit()\r
 120       throws Exception\r
 121   {\r
 122     minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 123     minColour.setLabel("Min Colour");\r
 124     minColour.addActionListener(this);\r
 125 \r
 126     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 127     maxColour.setLabel("Max Colour");\r
 128     maxColour.addActionListener(this);\r
 129 \r
 130     ok.setLabel("OK");\r
 131     ok.addActionListener(this);\r
 132 \r
 133     cancel.setLabel("Cancel");\r
 134     cancel.addActionListener(this);\r
 135 \r
 136     this.setLayout(borderLayout1);\r
 137     jPanel2.setLayout(flowLayout1);\r
 138     annotations.addItemListener(this);\r
 139 \r
 140     jPanel1.setBackground(Color.white);\r
 141     jPanel2.setBackground(Color.white);\r
 142     threshold.addItemListener(this);\r
 143     jPanel3.setLayout(null);\r
 144     thresholdValue.addActionListener(this);\r
 145 \r
 146     slider.setBackground(Color.white);\r
 147     slider.setEnabled(false);\r
 148     slider.setBounds(new Rectangle(172, 7, 120, 16));\r
 149     thresholdValue.setEnabled(false);\r
 150     thresholdValue.setBounds(new Rectangle(295, 4, 83, 22));\r
 151     thresholdValue.setColumns(10);\r
 152     jPanel3.setBackground(Color.white);\r
 153     currentColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 154     currentColours.setLabel("Use Original Colours");\r
 155     currentColours.addItemListener(this);\r
 156 \r
 157     threshold.setBounds(new Rectangle(19, 4, 141, 22));\r
 158     jPanel1.add(ok);\r
 159     jPanel1.add(cancel);\r
 160     jPanel2.add(annotations);\r
 161     jPanel2.add(currentColours);\r
 162     jPanel2.add(minColour);\r
 163     jPanel2.add(maxColour);\r
 164     jPanel3.add(threshold);\r
 165     jPanel3.add(slider);\r
 166     jPanel3.add(thresholdValue);\r
 167     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);\r
 168     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 169     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 170   }\r
 171 \r
 172   Choice annotations = new Choice();\r
 173   Button minColour = new Button();\r
 174   Button maxColour = new Button();\r
 175   Button ok = new Button();\r
 176   Button cancel = new Button();\r
 177   Panel jPanel1 = new Panel();\r
 178   Panel jPanel2 = new Panel();\r
 179   Choice threshold = new Choice();\r
 180   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 181   Panel jPanel3 = new Panel();\r
 182   Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);\r
 183   TextField thresholdValue = new TextField(20);\r
 184   Checkbox currentColours = new Checkbox();\r
 185   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 186 \r
 187   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 188   {\r
 189     if (evt.getSource() == thresholdValue)\r
 190     {\r
 191       try\r
 192       {\r
 193         float f = new Float(thresholdValue.getText()).floatValue();\r
 194         slider.setValue( (int) (f * 1000));\r
 195         adjustmentValueChanged(null);\r
 196       }\r
 197       catch (NumberFormatException ex)\r
 198       {}\r
 199     }\r
 200     else if (evt.getSource() == minColour)\r
 201     {\r
 202       minColour_actionPerformed(null);\r
 203     }\r
 204     else if (evt.getSource() == maxColour)\r
 205     {\r
 206       maxColour_actionPerformed(null);\r
 207     }\r
 208 \r
 209     else if (evt.getSource() == ok)\r
 210     {\r
 211       changeColour();\r
 212       frame.setVisible(false);\r
 213     }\r
 214     else if (evt.getSource() == cancel)\r
 215     {\r
 216       reset();\r
 217       ap.repaint();\r
 218       frame.setVisible(false);\r
 219     }\r
 220 \r
 221     else\r
 222     {\r
 223       changeColour();\r
 224     }\r
 225   }\r
 226 \r
 227   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 228   {\r
 229     if (evt.getSource() == currentColours)\r
 230     {\r
 231       if (currentColours.getState())\r
 232       {\r
 233         reset();\r
 234       }\r
 235 \r
 236       maxColour.setEnabled(!currentColours.getState());\r
 237       minColour.setEnabled(!currentColours.getState());\r
 238 \r
 239     }\r
 240 \r
 241     changeColour();\r
 242   }\r
 243 \r
 244   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 245   {\r
 246     if (!adjusting)\r
 247     {\r
 248       thresholdValue.setText( ( (float) slider.getValue() / 1000f) + "");\r
 249       if (currentColours.getState()\r
 250           && ! (av.getGlobalColourScheme() instanceof AnnotationColourGradient))\r
 251       {\r
 252         changeColour();\r
 253       }\r
 254 \r
 255       currentAnnotation.threshold.value = (float) slider.getValue() / 1000f;\r
 256       ap.repaint();\r
 257     }\r
 258   }\r
 259 \r
 260   public void minColour_actionPerformed(Color newCol)\r
 261   {\r
 262     if (newCol != null)\r
 263     {\r
 264       minColour.setBackground(newCol);\r
 265       minColour.repaint();\r
 266       changeColour();\r
 267     }\r
 268     else\r
 269     {\r
 270       new UserDefinedColours(this, "Min Colour",\r
 271                              minColour.getBackground());\r
 272     }\r
 273 \r
 274   }\r
 275 \r
 276   public void maxColour_actionPerformed(Color newCol)\r
 277   {\r
 278     if (newCol != null)\r
 279     {\r
 280       maxColour.setBackground(newCol);\r
 281       maxColour.repaint();\r
 282       changeColour();\r
 283     }\r
 284     else\r
 285     {\r
 286       new UserDefinedColours(this, "Max Colour",\r
 287                              maxColour.getBackground());\r
 288     }\r
 289   }\r
 290 \r
 291   void changeColour()\r
 292   {\r
 293     // Check if combobox is still adjusting\r
 294     if (adjusting)\r
 295     {\r
 296       return;\r
 297     }\r
 298 \r
 299     // We removed the non-graph annotations when filling the combobox\r
 300     // so allow for them again here\r
 301     int nograph = 0, graph = -1;\r
 302     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 303     {\r
 304       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph == 0)\r
 305       {\r
 306         nograph++;\r
 307       }\r
 308       else\r
 309       {\r
 310         graph++;\r
 311       }\r
 312 \r
 313       if (graph == annotations.getSelectedIndex())\r
 314       {\r
 315         break;\r
 316       }\r
 317     }\r
 318 \r
 319     currentAnnotation = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graph + nograph];\r
 320 \r
 321     int aboveThreshold = -1;\r
 322     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))\r
 323     {\r
 324       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;\r
 325     }\r
 326     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))\r
 327     {\r
 328       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;\r
 329     }\r
 330 \r
 331     slider.setEnabled(true);\r
 332     thresholdValue.setEnabled(true);\r
 333 \r
 334     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 335     {\r
 336       slider.setEnabled(false);\r
 337       thresholdValue.setEnabled(false);\r
 338       thresholdValue.setText("");\r
 339     }\r
 340     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD &&\r
 341              currentAnnotation.threshold == null)\r
 342     {\r
 343       currentAnnotation.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine\r
 344                                      ( (currentAnnotation.graphMax -\r
 345                                         currentAnnotation.graphMin) / 2f,\r
 346                                       "Threshold",\r
 347                                       Color.black));\r
 348     }\r
 349 \r
 350     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 351     {\r
 352       adjusting = true;\r
 353 \r
 354       slider.setMinimum( (int) (currentAnnotation.graphMin * 1000));\r
 355       slider.setMaximum( (int) (currentAnnotation.graphMax * 1000));\r
 356       slider.setValue( (int) (currentAnnotation.threshold.value * 1000));\r
 357       thresholdValue.setText(currentAnnotation.threshold.value + "");\r
 358       slider.setEnabled(true);\r
 359       thresholdValue.setEnabled(true);\r
 360       adjusting = false;\r
 361     }\r
 362 \r
 363     AnnotationColourGradient acg = null;\r
 364     if (currentColours.getState())\r
 365     {\r
 366       acg = new AnnotationColourGradient(\r
 367           currentAnnotation,\r
 368           av.getGlobalColourScheme(), aboveThreshold);\r
 369     }\r
 370     else\r
 371     {\r
 372       acg =\r
 373           new AnnotationColourGradient(\r
 374               currentAnnotation,\r
 375               minColour.getBackground(),\r
 376               maxColour.getBackground(),\r
 377               aboveThreshold);\r
 378     }\r
 379 \r
 380     av.setGlobalColourScheme(acg);\r
 381 \r
 382     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 383     {\r
 384       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 385       SequenceGroup sg;\r
 386       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 387       {\r
 388         sg = (SequenceGroup) allGroups.elementAt(g);\r
 389 \r
 390         if (sg.cs == null)\r
 391         {\r
 392           continue;\r
 393         }\r
 394 \r
 395         if (currentColours.getState())\r
 396         {\r
 397           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 398               currentAnnotation,\r
 399               sg.cs, aboveThreshold);\r
 400         }\r
 401         else\r
 402         {\r
 403           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 404               currentAnnotation,\r
 405               minColour.getBackground(),\r
 406               maxColour.getBackground(),\r
 407               aboveThreshold);\r
 408         }\r
 409 \r
 410       }\r
 411     }\r
 412 \r
 413     ap.repaint();\r
 414   }\r
 415 \r
 416   void reset()\r
 417   {\r
 418     av.setGlobalColourScheme(oldcs);\r
 419     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 420     {\r
 421       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 422       SequenceGroup sg;\r
 423       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 424       {\r
 425         sg = (SequenceGroup) allGroups.elementAt(g);\r
 426         sg.cs = (ColourSchemeI) oldgroupColours.get(sg);\r
 427       }\r
 428     }\r
 429     ap.repaint();\r
 430 \r
 431   }\r
 432 \r
 433 }\r