src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 \r
  28 public class AnnotationLabels\r
  29     extends Panel implements ActionListener, MouseListener, MouseMotionListener\r
  30 {\r
  31   Image image;\r
  32   boolean active = false;\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34   AlignViewport av;\r
  35   boolean resizing = false;\r
  36   int oldY, mouseX;\r
  37   static String EDITNAME = "Edit label/description";\r
  38   static String HIDE = "Hide this row";\r
  39   static String DELETE = "Delete this row";\r
  40   static String SHOWALL = "Show all hidden rows";\r
  41   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";\r
  42   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";\r
  43 \r
  44   int selectedRow = 0;\r
  45   int scrollOffset = 0;\r
  46 \r
  47   Tooltip tooltip;\r
  48 \r
  49   Dialog editNameDialog;\r
  50   Button okDialog = new Button("Accept");\r
  51   Button cancelDialog = new Button("Cancel");\r
  52 \r
  53 \r
  54   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)\r
  55   {\r
  56     this.ap = ap;\r
  57     this.av = ap.av;\r
  58     setLayout(null);\r
  59     addMouseListener(this);\r
  60     addMouseMotionListener(this);\r
  61     okDialog.addActionListener(this);\r
  62     cancelDialog.addActionListener(this);\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public AnnotationLabels(AlignViewport av)\r
  66 {\r
  67   this.av = av;\r
  68 }\r
  69 \r
  70 \r
  71   public void setScrollOffset(int y)\r
  72   {\r
  73     scrollOffset = y;\r
  74     repaint();\r
  75   }\r
  76 \r
  77   void getSelectedRow(int y)\r
  78   {\r
  79     selectedRow = -1;\r
  80     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  81 \r
  82     if(aa==null)\r
  83       return;\r
  84 \r
  85     int height = 0;\r
  86     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  87     {\r
  88       if (!aa[i].visible)\r
  89       {\r
  90         continue;\r
  91       }\r
  92 \r
  93       height += aa[i].height;\r
  94       if (y < height)\r
  95       {\r
  96         selectedRow = i;\r
  97         break;\r
  98       }\r
  99     }\r
 100   }\r
 101 \r
 102   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 103   {\r
 104     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 105 \r
 106     if(evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))\r
 107     {\r
 108       TextField id = new TextField(aa[selectedRow].label, 40);\r
 109       TextField description = new TextField(aa[selectedRow].description, 40);\r
 110       Panel panel = new Panel(new BorderLayout());\r
 111       Panel panel2 = new Panel(new BorderLayout());\r
 112       panel2.add(new Label("       Annotation Label "), BorderLayout.WEST);\r
 113       panel2.add(id, BorderLayout.CENTER);\r
 114       panel.add(panel2, BorderLayout.NORTH);\r
 115       panel2 = new Panel(new BorderLayout());\r
 116       panel2.add(new Label("Annotation Description "), BorderLayout.WEST);\r
 117       panel2.add(description, BorderLayout.CENTER);\r
 118       panel.add(panel2, BorderLayout.CENTER);\r
 119 \r
 120       panel2 = new Panel(new FlowLayout());\r
 121 \r
 122       panel2.add(okDialog);\r
 123       panel2.add(cancelDialog);\r
 124 \r
 125       panel.add(panel2, BorderLayout.SOUTH);\r
 126 \r
 127       editNameDialog = new Dialog(ap.alignFrame,\r
 128         "Edit Annotation Name / Description",\r
 129         true);\r
 130 \r
 131       editNameDialog.add(panel, BorderLayout.NORTH);\r
 132 \r
 133       editNameDialog.setBounds(ap.alignFrame.getBounds().x\r
 134                                +(ap.alignFrame.getSize().width-500)/2 ,\r
 135                                ap.alignFrame.getBounds().y\r
 136                                +(ap.alignFrame.getSize().height-120)/2,\r
 137                                500, 130);\r
 138 \r
 139       editNameDialog.show();\r
 140 \r
 141       if (editNameDialog != null)\r
 142       {\r
 143         aa[selectedRow].label=id.getText();\r
 144         aa[selectedRow].description=description.getText();\r
 145         repaint();\r
 146       }\r
 147 \r
 148     }\r
 149     if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))\r
 150     {\r
 151       aa[selectedRow].visible = false;\r
 152     }\r
 153     else if (evt.getSource() == okDialog || evt.getSource() == cancelDialog)\r
 154     {\r
 155       editNameDialog.setVisible(false);\r
 156       if (evt.getSource() == cancelDialog)\r
 157         editNameDialog = null;\r
 158     }\r
 159     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))\r
 160     {\r
 161       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 162       {\r
 163         aa[i].visible = true;\r
 164       }\r
 165     }\r
 166     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))\r
 167     {\r
 168       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);\r
 169       Frame frame = new Frame();\r
 170       frame.add(cap);\r
 171       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 172                                        ap.alignFrame.getTitle() + " - " +\r
 173                                        aa[selectedRow].label, 500, 100);\r
 174       cap.setText(aa[selectedRow].toString());\r
 175     }\r
 176     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))\r
 177     {\r
 178       SequenceI cons=av.getConsensusSeq();\r
 179       if (cons!=null)\r
 180         copy_annotseqtoclipboard(cons);\r
 181 \r
 182     }\r
 183     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 184     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 185     ap.validate();\r
 186     ap.repaint();\r
 187   }\r
 188 \r
 189   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 190   {\r
 191     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);\r
 192 \r
 193     if (selectedRow > -1)\r
 194     {\r
 195       if (tooltip == null)\r
 196         tooltip = new Tooltip(ap.av.alignment.\r
 197                                           getAlignmentAnnotation()[selectedRow].\r
 198                                           description,\r
 199                                           this);\r
 200       else\r
 201         tooltip.setTip(ap.av.alignment.\r
 202                      getAlignmentAnnotation()[selectedRow].description);\r
 203 \r
 204       tooltip.repaint();\r
 205 \r
 206     }\r
 207     else if (tooltip != null)\r
 208     {\r
 209       tooltip.setTip("");\r
 210     }\r
 211 \r
 212   }\r
 213 \r
 214   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 215   {}\r
 216   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 217   {}\r
 218   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 219   {}\r
 220   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 221   {}\r
 222   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 223   {}\r
 224   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 225   {\r
 226     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 227 \r
 228     PopupMenu pop = new PopupMenu("Annotations");\r
 229 \r
 230     MenuItem item = new MenuItem(EDITNAME);\r
 231     item.addActionListener(this);\r
 232     pop.add(item);\r
 233     item = new MenuItem(HIDE);\r
 234     item.addActionListener(this);\r
 235     pop.add(item);\r
 236     item = new MenuItem(SHOWALL);\r
 237     item.addActionListener(this);\r
 238     pop.add(item);\r
 239     this.add(pop);\r
 240     item = new MenuItem(OUTPUT_TEXT);\r
 241     item.addActionListener(this);\r
 242     pop.add(item);\r
 243 \r
 244     if (aa[selectedRow]==ap.av.consensus)\r
 245     {\r
 246       pop.addSeparator();\r
 247       final CheckboxMenuItem cbmi = new CheckboxMenuItem(\r
 248           "Ignore Gaps In Consensus",\r
 249           ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 250 \r
 251       cbmi.addItemListener(new ItemListener()\r
 252       {\r
 253         public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 254         {\r
 255           ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());\r
 256           ap.repaint();\r
 257         }\r
 258       });\r
 259       pop.add(cbmi);\r
 260       final MenuItem cpcons=new MenuItem(COPYCONS_SEQ);\r
 261       cpcons.addActionListener(this);\r
 262       pop.add(cpcons);\r
 263     }\r
 264 \r
 265      pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 266 \r
 267   }\r
 268 /**\r
 269      * DOCUMENT ME!\r
 270      *\r
 271      * @param e DOCUMENT ME!\r
 272      */\r
 273     protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)\r
 274     {\r
 275       if (sq==null || sq.getLength()<1)\r
 276         return;\r
 277       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences = new StringBuffer();\r
 278       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences.append(sq.getName() + "\t" +\r
 279           sq.getStart() + "\t" +\r
 280           sq.getEnd() + "\t" +\r
 281           sq.getSequenceAsString() + "\n");\r
 282       if (av.hasHiddenColumns)\r
 283       {\r
 284         jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns=new Vector();\r
 285         for(int i=0; i<av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 286         {\r
 287           int[] region = (int[])\r
 288               av.getColumnSelection().getHiddenColumns().elementAt(i);\r
 289 \r
 290           jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns.addElement(new int[]{region[0],\r
 291                             region[1]});\r
 292         }\r
 293       }\r
 294     }\r
 295 \r
 296     public void update(Graphics g)\r
 297     {\r
 298       paint(g);\r
 299     }\r
 300 \r
 301   public void paint(Graphics g)\r
 302   {\r
 303     int w = getSize().width;\r
 304     if (image == null || w != image.getWidth(this))\r
 305     {\r
 306       image = createImage(w, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 307     }\r
 308 \r
 309     drawComponent(image.getGraphics(), w);\r
 310     g.drawImage(image,0,0,this);\r
 311   }\r
 312 \r
 313   public void drawComponent(Graphics g, int width)\r
 314   {\r
 315     g.setFont(av.getFont());\r
 316     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());\r
 317     g.setColor(Color.white);\r
 318     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 319 \r
 320     g.translate(0, scrollOffset);\r
 321     g.setColor(Color.black);\r
 322 \r
 323     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 324     int y = g.getFont().getSize();\r
 325     int x = 0;\r
 326 \r
 327     if (aa != null)\r
 328     {\r
 329       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 330       {\r
 331         if (!aa[i].visible)\r
 332         {\r
 333           continue;\r
 334         }\r
 335 \r
 336         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;\r
 337 \r
 338         if (aa[i].graph>0)\r
 339         {\r
 340           y += (aa[i].height / 3);\r
 341         }\r
 342 \r
 343         g.drawString(aa[i].label, x, y);\r
 344 \r
 345         if (aa[i].graph>0)\r
 346         {\r
 347           y += (2 * aa[i].height / 3);\r
 348         }\r
 349         else\r
 350         {\r
 351           y += aa[i].height;\r
 352         }\r
 353       }\r
 354     }\r
 355   }\r
 356 \r
 357 }\r