src/jalview/appletgui/AnnotationRowFilter.java

   1 package jalview.appletgui;
   2
   3 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
   4 import jalview.util.MessageManager;
   5
   6 import java.awt.Button;
   7 import java.awt.Checkbox;
   8 import java.awt.Choice;
   9 import java.awt.Frame;
  10 import java.awt.Panel;
  11 import java.awt.Scrollbar;
  12 import java.awt.TextField;
  13 import java.awt.event.ActionEvent;
  14 import java.util.Vector;
  15
  16
  17
  18 @SuppressWarnings("serial")
  19 public abstract class AnnotationRowFilter extends Panel
  20 {
  21   protected AlignViewport av;
  22
  23   protected AlignmentPanel ap;
  24
  25   protected int[] annmap;
  26
  27   protected boolean enableSeqAss = false;
  28
  29   private jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  30
  31   protected boolean adjusting = false;
  32
  33   protected Checkbox currentColours = new Checkbox();
  34
  35   protected Panel minColour = new Panel();
  36
  37   protected Panel maxColour = new Panel();
  38
  39   protected Checkbox seqAssociated = new Checkbox();
  40
  41   protected Checkbox thresholdIsMin = new Checkbox();
  42
  43   protected Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);
  44
  45   protected TextField thresholdValue = new TextField(20);
  46
  47   protected Frame frame;
  48
  49   protected Button ok = new Button();
  50
  51   protected Button cancel = new Button();
  52
  53   /**
  54    * enabled if the user is dragging the slider - try to keep updates to a
  55    * minimun
  56    */
  57   protected boolean sliderDragging = false;
  58
  59
  60   public AnnotationRowFilter(AlignViewport av, final AlignmentPanel ap)
  61   {
  62     this.av = av;
  63     this.ap = ap;
  64   }
  65
  66   public AnnotationRowFilter()
  67   {
  68
  69   }
  70
  71
  72   public Vector getAnnotationItems(boolean isSeqAssociated)
  73   {
  74     Vector list = new Vector();
  75     int index = 1;
  76     int[] anmap = new int[av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length];
  77     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)
  78     {
  79       if (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].sequenceRef == null)
  80       {
  81         if (isSeqAssociated)
  82         {
  83           continue;
  84         }
  85       }
  86       else
  87       {
  88         enableSeqAss = true;
  89       }
  90       String label = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].label;
  91       if (!list.contains(label))
  92       {
  93         anmap[list.size()] = i;
  94         list.add(label);
  95
  96       }
  97       else
  98       {
  99         if (!isSeqAssociated)
 100         {
 101           anmap[list.size()] = i;
 102           list.add(label + "_" + (index++));
 103         }
 104       }
 105     }
 106     this.annmap = new int[list.size()];
 107     System.arraycopy(anmap, 0, this.annmap, 0, this.annmap.length);
 108     return list;
 109   }
 110
 111   protected int getSelectedThresholdItem(int indexValue)
 112   {
 113     int selectedThresholdItem = -1;
 114     if (indexValue == 1)
 115     {
 116       selectedThresholdItem = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
 117     }
 118     else if (indexValue == 2)
 119     {
 120       selectedThresholdItem = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
 121     }
 122     return selectedThresholdItem;
 123   }
 124
 125   public void modelChanged()
 126   {
 127     seqAssociated.setEnabled(enableSeqAss);
 128   }
 129
 130   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 131   {
 132     updateView();
 133     frame.setVisible(false);
 134   }
 135
 136   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 137   {
 138     reset();
 139     ap.paintAlignment(true);
 140     frame.setVisible(false);
 141   }
 142
 143   public void thresholdCheck_actionPerformed(ActionEvent e)
 144   {
 145     updateView();
 146   }
 147
 148   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 149   {
 150     updateView();
 151   }
 152
 153   public void threshold_actionPerformed(ActionEvent e)
 154   {
 155     updateView();
 156   }
 157
 158   public void thresholdValue_actionPerformed(ActionEvent e)
 159   {
 160     try
 161     {
 162       float f = Float.parseFloat(thresholdValue.getText());
 163       slider.setValue((int) (f * 1000));
 164       updateView();
 165     } catch (NumberFormatException ex)
 166     {
 167     }
 168   }
 169
 170
 171   protected void populateThresholdComboBox(Choice threshold)
 172   {
 173     threshold.addItem(MessageManager
 174             .getString("label.threshold_feature_no_thereshold"));
 175     threshold.addItem(MessageManager
 176             .getString("label.threshold_feature_above_thereshold"));
 177     threshold.addItem(MessageManager
 178             .getString("label.threshold_feature_below_thereshold"));
 179   }
 180
 181
 182   public jalview.datamodel.AlignmentAnnotation getCurrentAnnotation()
 183   {
 184     return currentAnnotation;
 185   }
 186
 187   public void setCurrentAnnotation(
 188           jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation)
 189   {
 190     this.currentAnnotation = currentAnnotation;
 191   }
 192
 193   public abstract void valueChanged(boolean updateAllAnnotation);
 194
 195   public abstract void updateView();
 196
 197   public abstract void reset();
 198 }