src/jalview/appletgui/AppletJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.structure.*;
  28 import jalview.io.*;
  29
  30 import org.jmol.api.*;
  31 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  32
  33
  34 import org.jmol.popup.*;
  35 import jalview.schemes.*;
  36
  37
  38 public class AppletJmol extends Frame
  39     implements  StructureListener, JmolStatusListener,
  40     KeyListener, ActionListener, ItemListener
  41
  42 {
  43   Menu fileMenu = new Menu("File");
  44   Menu viewMenu = new Menu("View");
  45   Menu coloursMenu = new Menu("Colours");
  46   Menu chainMenu = new Menu("Show Chain");
  47   Menu helpMenu = new Menu("Help");
  48   MenuItem mappingMenuItem = new MenuItem("View Mapping");
  49
  50   CheckboxMenuItem seqColour = new CheckboxMenuItem("By Sequence", true);
  51   MenuItem chain = new MenuItem("By Chain");
  52   MenuItem charge = new MenuItem("Charge & Cysteine");
  53   MenuItem zappo = new MenuItem("Zappo");
  54   MenuItem taylor = new MenuItem("Taylor");
  55   MenuItem hydro = new MenuItem("Hydrophobicity");
  56   MenuItem helix = new MenuItem("Helix Propensity");
  57   MenuItem strand = new MenuItem("Strand Propensity");
  58   MenuItem turn = new MenuItem("Turn Propensity");
  59   MenuItem buried = new MenuItem("Buried Index");
  60   MenuItem user = new MenuItem("User Defined Colours");
  61
  62   MenuItem jmolHelp = new MenuItem("Jmol Help");
  63
  64   JmolViewer viewer;
  65   JmolPopup jmolpopup;
  66
  67   Panel scriptWindow;
  68   TextField inputLine;
  69   TextArea history;
  70   SequenceI[] sequence;
  71   StructureSelectionManager ssm;
  72   RenderPanel renderPanel;
  73   AlignmentPanel ap;
  74   String fileLoadingError;
  75   boolean loadedInline;
  76   PDBEntry pdbentry;
  77   boolean colourBySequence = true;
  78   Vector atomsPicked = new Vector();
  79
  80   public AppletJmol(PDBEntry pdbentry,
  81                     SequenceI[] seq,
  82                     AlignmentPanel ap,
  83                     String protocol)
  84   {
  85     this.ap = ap;
  86     this.sequence = seq;
  87     this.pdbentry = pdbentry;
  88
  89    String alreadyMapped = StructureSelectionManager
  90         .getStructureSelectionManager()
  91         .alreadyMappedToFile(pdbentry.getId());
  92
  93     if (alreadyMapped != null)
  94     {
  95        StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
  96             .setMapping(seq, pdbentry.getFile(), protocol);
  97         return;
  98     }
  99
 100     renderPanel = new RenderPanel();
 101
 102     this.add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 103
 104     viewer = JmolViewer.allocateViewer(renderPanel, new SmarterJmolAdapter());
 105
 106     viewer.setAppletContext("jalview",
 107                        ap.av.applet.getDocumentBase(),
 108                             ap.av.applet.getCodeBase(),
 109                             null);
 110
 111     viewer.setJmolStatusListener(this);
 112
 113     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);
 114
 115     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 116         {
 117           public void windowClosing(WindowEvent evt)
 118           {
 119             closeViewer();
 120           }
 121         });
 122
 123     MenuBar menuBar = new MenuBar();
 124     menuBar.add(fileMenu);
 125     fileMenu.add(mappingMenuItem);
 126     menuBar.add(viewMenu);
 127     mappingMenuItem.addActionListener(this);
 128     viewMenu.add(chainMenu);
 129     menuBar.add(coloursMenu);
 130     menuBar.add(helpMenu);
 131
 132     charge.addActionListener(this);
 133     hydro.addActionListener(this);
 134     chain.addActionListener(this);
 135     seqColour.addItemListener(this);
 136     zappo.addActionListener(this);
 137     taylor.addActionListener(this);
 138     helix.addActionListener(this);
 139     strand.addActionListener(this);
 140     turn.addActionListener(this);
 141     buried.addActionListener(this);
 142     user.addActionListener(this);
 143
 144     jmolHelp.addActionListener(this);
 145
 146     coloursMenu.add(seqColour);
 147     coloursMenu.add(chain);
 148     coloursMenu.add(charge);
 149     coloursMenu.add(zappo);
 150     coloursMenu.add(taylor);
 151     coloursMenu.add(hydro);
 152     coloursMenu.add(helix);
 153     coloursMenu.add(strand);
 154     coloursMenu.add(turn);
 155     coloursMenu.add(buried);
 156     coloursMenu.add(user);
 157
 158     helpMenu.add(jmolHelp);
 159
 160     this.setMenuBar(menuBar);
 161
 162     if(pdbentry.getFile()!=null)
 163     {
 164       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 165         loadInline(pdbentry.getFile());
 166       else
 167           viewer.openFile(pdbentry.getFile());
 168     }
 169
 170     this.setBounds(400, 400, 400, 400);
 171
 172     this.setVisible(true);
 173   }
 174
 175   public void loadInline(String string)
 176   {
 177     loadedInline = true;
 178     viewer.openStringInline(string);
 179   }
 180
 181
 182   void setChainMenuItems(Vector chains)
 183   {
 184     chainMenu.removeAll();
 185
 186     MenuItem menuItem = new MenuItem("All");
 187     menuItem.addActionListener(this);
 188
 189     chainMenu.add(menuItem);
 190
 191     CheckboxMenuItem menuItemCB;
 192     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 193     {
 194       menuItemCB = new CheckboxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);
 195       menuItemCB.addItemListener(this);
 196       chainMenu.add(menuItemCB);
 197     }
 198   }
 199
 200   boolean allChainsSelected = false;
 201   void centerViewer()
 202   {
 203     StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 204     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 205     {
 206       if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 207       {
 208         CheckboxMenuItem item = (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 209         if (item.getState())
 210           cmd.append(":" + item.getLabel() + " or ");
 211       }
 212     }
 213
 214     if (cmd.length() > 0)
 215       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 216
 217     viewer.evalString("select *;restrict "
 218                       + cmd + ";cartoon;center " + cmd);
 219   }
 220
 221
 222   void closeViewer()
 223   {
 224     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);
 225     viewer.evalStringQuiet("zap");
 226     viewer.setJmolStatusListener(null);
 227     viewer = null;
 228
 229     //We'll need to find out what other
 230     // listeners need to be shut down in Jmol
 231     StructureSelectionManager
 232         .getStructureSelectionManager()
 233         .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getId());
 234
 235     this.setVisible(false);
 236   }
 237
 238   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 239   {
 240     if(evt.getSource()==mappingMenuItem)
 241     {
 242       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap
 243           = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);
 244       Frame frame = new Frame();
 245       frame.add(cap);
 246
 247       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 550,
 248                                        600);
 249       cap.setText(
 250           StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager().printMapping(
 251               pdbentry.getFile())
 252           );
 253     }
 254     else if (evt.getSource() == charge)
 255     {
 256       colourBySequence = false;
 257       seqColour.setState(false);
 258       viewer.evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 259                       +"select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 260     }
 261
 262     else if (evt.getSource() == chain)
 263     {
 264       colourBySequence = false;
 265       seqColour.setState(false);
 266       viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");
 267     }
 268     else if (evt.getSource() == zappo)
 269     {
 270       setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 271     }
 272     else if (evt.getSource() == taylor)
 273     {
 274      setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 275     }
 276     else if (evt.getSource() == hydro)
 277     {
 278       setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 279     }
 280     else if (evt.getSource() == helix)
 281     {
 282       setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 283     }
 284     else if (evt.getSource() == strand)
 285     {
 286       setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 287     }
 288     else if (evt.getSource() == turn)
 289     {
 290       setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 291     }
 292     else if (evt.getSource() == buried)
 293     {
 294       setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 295     }
 296     else if (evt.getSource() == user)
 297     {
 298       new UserDefinedColours(this);
 299     }
 300     else if(evt.getSource() == jmolHelp)
 301     {
 302       try{
 303         ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 304             new java.net.URL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/"),
 305             "jmolHelp");
 306       }catch(java.net.MalformedURLException ex){}
 307     }
 308     else
 309     {
 310       allChainsSelected = true;
 311       for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 312       {
 313         if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 314           ( (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setState(true);
 315       }
 316       centerViewer();
 317       allChainsSelected = false;
 318     }
 319   }
 320
 321   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 322   {
 323     colourBySequence = false;
 324     seqColour.setState(false);
 325
 326     if(cs==null)
 327       return;
 328
 329     String res;
 330     int index;
 331     Color col;
 332
 333     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();
 334     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");
 335     while(en.hasMoreElements())
 336     {
 337       res = en.nextElement().toString();
 338       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();
 339       if(index>20)
 340         continue;
 341
 342       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));
 343
 344       command.append("select "+res+";color["
 345                         + col.getRed() + ","
 346                         + col.getGreen() + ","
 347                         + col.getBlue() + "];");
 348     }
 349
 350     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 351   }
 352
 353   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 354   {
 355     if (evt.getSource() == seqColour)
 356     {
 357       colourBySequence = seqColour.getState();
 358       colourBySequence(ap);
 359     }
 360     else if (!allChainsSelected)
 361       centerViewer();
 362   }
 363
 364   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 365   {
 366     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER
 367         && scriptWindow.isVisible())
 368     {
 369       viewer.evalString(inputLine.getText());
 370       history.append("\n$ "+inputLine.getText());
 371       inputLine.setText("");
 372     }
 373
 374   }
 375
 376   public void keyTyped(KeyEvent evt)
 377   {  }
 378
 379   public void keyReleased(KeyEvent evt){}
 380
 381   //////////////////////////////////
 382   ///StructureListener
 383   public String getPdbFile()
 384   {
 385     return "???";
 386   }
 387
 388
 389
 390   String lastMessage;
 391   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 392   {
 393       int pdbResNum;
 394
 395       int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 396
 397       if(chainSeparator==-1)
 398         chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 399
 400       pdbResNum = Integer.parseInt(
 401           strInfo.substring(strInfo.indexOf("]")+ 1, chainSeparator));
 402
 403       String chainId;
 404
 405       if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 406         chainId = strInfo.substring
 407             (strInfo.indexOf(":")+1, strInfo.indexOf("."));
 408       else
 409       {
 410         chainId = " ";
 411       }
 412
 413       if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 414         ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());
 415
 416       lastMessage = strInfo;
 417   }
 418
 419   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 420   StringBuffer eval = new StringBuffer();
 421
 422   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
 423   {
 424     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 425       return;
 426
 427     if (resetLastRes.length() > 0)
 428     {
 429       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 430     }
 431
 432     eval.setLength(0);
 433     eval.append("select " + pdbResNum);
 434
 435     resetLastRes.setLength(0);
 436     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);
 437
 438     if (!chain.equals(" "))
 439     {
 440       eval.append(":" + chain);
 441       resetLastRes.append(":" + chain);
 442     }
 443
 444     eval.append(";color gold;wireframe 100");
 445
 446     Color col = new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 447
 448     resetLastRes.append(";color["
 449                         + col.getRed() + ","
 450                         + col.getGreen() + ","
 451                         + col.getBlue() + "];wireframe 0");
 452
 453     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());
 454
 455   }
 456
 457   public void updateColours(Object source)
 458   {
 459     colourBySequence( (AlignmentPanel) source);
 460   }
 461
 462 //End StructureListener
 463 ////////////////////////////
 464
 465   FeatureRenderer fr;
 466   public void colourBySequence(AlignmentPanel ap)
 467   {
 468     if(!colourBySequence)
 469       return;
 470
 471
 472     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 473
 474     if (mapping.length < 1)
 475       return;
 476
 477     SequenceRenderer sr = ap.seqPanel.seqCanvas.getSequenceRenderer();
 478
 479     boolean showFeatures = false;
 480     if (ap.av.showSequenceFeatures)
 481     {
 482       showFeatures = true;
 483       if (fr == null)
 484       {
 485         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 486       }
 487
 488       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 489     }
 490
 491     StringBuffer command = new StringBuffer();
 492
 493     int lastPos = -1;
 494     for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 495     {
 496       for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 497       {
 498         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 499         {
 500           for (int r = 0; r < sequence[s].getLength(); r++)
 501           {
 502             int pos = mapping[m].getPDBResNum(
 503                 sequence[s].findPosition(r));
 504
 505             if (pos < 1 || pos==lastPos)
 506               continue;
 507
 508             lastPos = pos;
 509
 510             Color col = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], r);
 511
 512             if (showFeatures)
 513               col = fr.findFeatureColour(col, sequence[s], r);
 514
 515             if (command.toString().endsWith(":" + mapping[m].getChain()+
 516                                             ";color["
 517                                             + col.getRed() + ","
 518                                             + col.getGreen() + ","
 519                                             + col.getBlue() + "]"))
 520             {
 521               command = condenseCommand(command.toString(), pos);
 522               continue;
 523             }
 524
 525             command.append(";select " + pos);
 526
 527             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))
 528             {
 529               command.append(":" + mapping[m].getChain());
 530             }
 531
 532             command.append(";color["
 533                              + col.getRed() + ","
 534                              + col.getGreen() + ","
 535                              + col.getBlue() + "]");
 536
 537           }
 538           break;
 539         }
 540       }
 541     }
 542
 543     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 544   }
 545
 546   StringBuffer condenseCommand(String command, int pos)
 547   {
 548
 549     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command.lastIndexOf("select")+7));
 550
 551     command = command.substring(sb.length());
 552
 553     String start;
 554
 555     if (command.indexOf("-") > -1)
 556     {
 557       start = command.substring(0,command.indexOf("-"));
 558     }
 559     else
 560     {
 561       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));
 562     }
 563
 564     sb.append(start+"-"+pos+command.substring(command.indexOf(":")));
 565
 566     return sb;
 567   }
 568
 569   /////////////////////////////////
 570   //JmolStatusListener
 571
 572   public String eval(String strEval)
 573   {
 574    // System.out.println(strEval);
 575    //"# 'eval' is implemented only for the applet.";
 576     return null;
 577   }
 578
 579   public void createImage(String file, String type, int quality)
 580   {}
 581
 582   public void setCallbackFunction(String callbackType,
 583                                   String callbackFunction)
 584   {}
 585
 586   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,
 587                                String modelName, Object clientFile,
 588                                String errorMsg)
 589   {
 590     if(errorMsg!=null)
 591     {
 592       fileLoadingError = errorMsg;
 593       repaint();
 594       return;
 595     }
 596
 597     fileLoadingError = null;
 598
 599     if (fileName != null)
 600     {
 601       //FILE LOADED OK
 602       jmolpopup.updateComputedMenus();
 603             viewer.evalStringQuiet(
 604           "select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
 605
 606       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 607
 608       MCview.PDBfile pdb;
 609       if (loadedInline)
 610       {
 611         pdb = ssm.setMapping(sequence,
 612                                 pdbentry.getFile(),
 613                                 AppletFormatAdapter.PASTE);
 614         pdbentry.setFile("INLINE"+pdb.id);
 615       }
 616       else
 617       {
 618          pdb = ssm.setMapping(sequence,
 619                               pdbentry.getFile(),
 620                               AppletFormatAdapter.URL);
 621       }
 622
 623       pdbentry.setId(pdb.id);
 624
 625       ssm.addStructureViewerListener(this);
 626
 627       Vector chains = new Vector();
 628       for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 629       {
 630         chains.addElement( ( (MCview.PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).id);
 631       }
 632       setChainMenuItems(chains);
 633
 634       colourBySequence(ap);
 635
 636       StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":" +
 637                                             pdbentry.getId());
 638
 639       if (pdbentry.getProperty() != null)
 640       {
 641         if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)
 642         {
 643           title.append(" Method: ");
 644           title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));
 645         }
 646         if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)
 647         {
 648           title.append(" Chain:");
 649           title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));
 650         }
 651       }
 652
 653       this.setTitle(title.toString());
 654
 655     }
 656     else
 657       return;
 658   }
 659
 660   public void notifyFrameChanged(int frameNo)
 661   {
 662     boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);
 663   }
 664
 665   public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo)
 666   {}
 667
 668   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 669   {
 670     if (scriptWindow == null)
 671       showConsole(true);
 672
 673     history.append("\n"+strEcho);
 674   }
 675
 676   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 677   {
 678     if(history!=null && strStatus!=null
 679        && !strStatus.equals("Script completed"))
 680     {
 681       history.append("\n"+strStatus);
 682     }
 683   }
 684
 685   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 686   {  }
 687
 688   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 689   {
 690     jmolpopup.show(x, y);
 691   }
 692
 693   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
 694   {
 695     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);
 696   }
 697
 698   public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo)
 699   {}
 700
 701   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo)
 702   {
 703
 704     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 705
 706     if(chainSeparator==-1)
 707       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 708
 709     String picked =
 710         strInfo.substring(strInfo.indexOf("]")+ 1, chainSeparator);
 711
 712
 713     if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 714       picked+=strInfo.substring(strInfo.indexOf(":")+1,
 715                                strInfo.indexOf("."));
 716
 717     picked+=".C";
 718
 719     if (!atomsPicked.contains(picked))
 720     {
 721       viewer.evalString("select "+picked+";label %n %r:%c");
 722       atomsPicked.addElement(picked);
 723     }
 724     else
 725     {
 726       viewer.evalString("select "+picked+";label off");
 727       atomsPicked.removeElement(picked);
 728     }
 729   }
 730
 731   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo)
 732   {
 733     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 734   }
 735
 736   public void sendSyncScript(String script, String appletName)
 737   {}
 738
 739   public void showUrl(String url)
 740   {
 741     try{
 742       ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),
 743           "jmolOutput");
 744     }catch(java.net.MalformedURLException ex)
 745     {}
 746   }
 747
 748   public void showConsole(boolean showConsole)
 749   {
 750     if (scriptWindow == null)
 751     {
 752       scriptWindow = new Panel(new BorderLayout());
 753       inputLine = new TextField();
 754       history = new TextArea(5, 40);
 755       scriptWindow.add(history, BorderLayout.CENTER);
 756       scriptWindow.add(inputLine, BorderLayout.SOUTH);
 757       add(scriptWindow, BorderLayout.SOUTH);
 758       scriptWindow.setVisible(false);
 759       history.setEditable(false);
 760       inputLine.addKeyListener(this);
 761     }
 762
 763     scriptWindow.setVisible(!scriptWindow.isVisible());
 764     validate();
 765   }
 766
 767   public float functionXY(String functionName, int x, int y)
 768   {
 769     return 0;
 770   }
 771
 772   ///End JmolStatusListener
 773   ///////////////////////////////
 774
 775
 776   class RenderPanel
 777       extends Panel
 778   {
 779     Dimension currentSize = new Dimension();
 780     Rectangle rectClip = new Rectangle();
 781
 782     public void update(Graphics g) {
 783       paint(g);
 784     }
 785     public void paint(Graphics g)
 786     {
 787       currentSize = this.getSize();
 788       rectClip = g.getClipBounds();
 789
 790       if (viewer == null)
 791       {
 792         g.setColor(Color.black);
 793         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 794         g.setColor(Color.white);
 795         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 796         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 797       }
 798       else
 799       {
 800         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 801       }
 802     }
 803   }
 804
 805 }